Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Выравнивание всего генома - типичный метод сравнительной геномики. Это выравнивание геномов восьми бактерий Yersinia выявило 78 локально коллинеарных блоков, законсервированных среди всех восьми таксонов . Каждая хромосома расположена горизонтально, и гомологичные блоки в каждом геноме показаны как регионы одинакового цвета, связанные в геномах. Области, инвертированные относительно KIM Y. pestis , смещены ниже центральной оси генома. [1]

Сравнительная геномика - это область биологических исследований, в которой сравниваются геномные особенности разных организмов . [2] [3] Геномные особенности могут включать последовательность ДНК , гены , порядок генов , регуляторные последовательности и другие структурные ориентиры генома. [3] В этой области геномики сравниваются целые или большие части геномов, полученные в результате геномных проектов , для изучения основных биологических сходств и различий, а также эволюционных отношений между организмами. [2][4] [5] Главный принцип сравнительной геномики состоит в том, что общие черты двух организмов часто закодированы в ДНК, которая эволюционно сохраняется между ними. [6] Таким образом, сравнительные геномные подходы начинаются с выполнения некоторой формы выравнивания последовательностей генома и поиска ортологичных последовательностей (последовательностей, имеющих общее происхождение ) в выровненных геномах и проверки того, в какой степени эти последовательности сохраняются. На основе этого делается выводо геномной и молекулярной эволюции , и это, в свою очередь, может быть помещено в контекст, например, фенотипической эволюции илипопуляционная генетика . [7]

Практически начавшаяся, как только в 1995 г. стали доступны полные геномы двух организмов (то есть геномы бактерий Haemophilus influenzae и Mycoplasma genitalium ), сравнительная геномика теперь является стандартным компонентом анализа каждой новой последовательности генома. [2] [8] В связи с резким ростом числа геномных проектов из-за достижений в технологиях секвенирования ДНК , особенно методов секвенирования следующего поколения в конце 2000-х годов, эта область стала более сложной, что позволило иметь дело со многими геномами. в одном исследовании. [9]Сравнительная геномика выявила высокий уровень сходства между близкородственными организмами, такими как люди и шимпанзе , и, что более удивительно, сходство между кажущимися отдаленно родственными организмами, такими как человек и дрожжи Saccharomyces cerevisiae . [4] Он также показал чрезвычайное разнообразие генного состава в разных эволюционных линиях. [8]

История [ править ]

Смотрите также : История геномики

Сравнительная геномика уходит корнями в сравнение вирусных геномов в начале 1980-х годов. [8] Например, вирусы с малой РНК, инфицирующие животных ( пикорнавирусы ), и вирусы, инфицирующие растения ( вирус мозаики вигны ), были сравнены, и оказалось, что они имеют значительное сходство последовательностей и, отчасти, порядка их генов. [10] В 1986 году было опубликовано первое сравнительное геномное исследование в более крупном масштабе, в котором сравнивались геномы вируса ветряной оспы и вируса Эпштейна-Барра , каждый из которых содержал более 100 генов. [11]

Первая полная последовательность генома клеточного организма, Haemophilus influenzae Rd, была опубликована в 1995 году. [12] Вторая статья о секвенировании генома относилась к небольшой паразитической бактерии Mycoplasma genitalium, опубликованной в том же году. [13] Начиная с этой статьи, отчеты о новых геномах неизбежно превратились в сравнительно-геномные исследования. [8]

Первая система сравнения полных геномов с высоким разрешением была разработана в 1998 году Артом Делчером, Саймоном Касифом и Стивеном Зальцбергом и применялась для сравнения целых тесно связанных микробных организмов с их сотрудниками в Институте геномных исследований (TIGR). Система называется MUMMER и была описана в публикации Nucleic Acids Research в 1999 году. Система помогает исследователям идентифицировать большие перегруппировки, одноосновные мутации, инверсии, расширения тандемных повторов и другие полиморфизмы. У бактерий MUMMER позволяет идентифицировать полиморфизмы, ответственные за вирулентность, патогенность и устойчивость к антибиотикам. Система также применялась в проекте «Минимальный организм» в ТИГР, а затем и во многих других проектах сравнительной геномики.

Saccharomyces cerevisiae , пекарские дрожжи, были первым эукариотом , полная последовательность генома которого была опубликована в 1996 году. [14] После публикациигеномакруглого червя Caenorhabditis elegans в 1998 году [15] и вместе сгеномомплодовой мухи Drosophila melanogaster в 2000 году, [16] Джеральд М. Рубин и его команда опубликовали статью под названием «Сравнительная геномика эукариот», в которой они сравнили геномы эукариот D. melanogaster , C. elegans и S. cerevisiae , а также прокариота H. .influenzae .[17] В то же время Бонни Бергер , Эрик Ландер и их команда опубликовали статью о полногеномном сравнении человека и мыши. [18]

С публикацией в 2000-х годах больших геномов позвоночных животных, в том числе человека , японского иглобрюха Takifugu rubripes и мыши , предварительно вычисленные результаты крупных сравнений геномов были выпущены для загрузки или визуализации в браузере генома . Вместо того, чтобы проводить собственный анализ, большинство биологов могут получить доступ к этим крупным межвидовым сравнениям и избежать непрактичности, вызванной размером геномов. [19]

Методы секвенирования нового поколения , которые были впервые представлены в 2007 году, позволили получить огромное количество геномных данных и позволили исследователям одновременно генерировать несколько (прокариотических) черновых последовательностей генома. Эти методы могут также быстро выявить однонуклеотидные полиморфизмы , вставки и делеции путем сопоставления несобранных чтений с хорошо аннотированным эталонным геномом и, таким образом, предоставить список возможных различий генов, которые могут быть основой для любых функциональных вариаций среди штаммов. [9]

Эволюционные принципы [ править ]

Один из характерных черт биологии - эволюция, эволюционная теория также является теоретической основой сравнительной геномики, и в то же время результаты сравнительной геномики беспрецедентно обогатили и развили теорию эволюции. Когда сравниваются две или более последовательности генома, можно вывести эволюционные отношения последовательностей в филогенетическом дереве. Основываясь на разнообразных данных о биологическом геноме и изучении процессов вертикальной и горизонтальной эволюции, можно понять жизненно важные части структуры гена и его регулирующую функцию.

Сходство родственных геномов - основа сравнительной геномики. Если у двух существ недавно был общий предок, различия между геномами двух видов произошли от генома предков. Чем ближе отношения между двумя организмами, тем больше сходства между их геномами. Если между ними существует тесная связь, то их геном будет демонстрировать линейное поведение ( синтению ), а именно, некоторые или все генетические последовательности сохраняются. Таким образом, последовательности генома можно использовать для идентификации функции генов путем анализа их гомологии (сходства последовательностей) с генами известной функции.

Ортологичные последовательности - это родственные последовательности у разных видов: ген существует у исходного вида, виды разделены на два вида, поэтому гены у новых видов ортологичны последовательности в исходном виде. Паралогичные последовательности разделяются путем клонирования гена (дупликации гена): если копируется конкретный ген в геноме, то копия двух последовательностей паралогична исходному гену. Пара ортологичных последовательностей называется ортологичными парами (ортологами), пара паралогичных последовательностей называется коллатеральными парами (паралогами). Ортологические пары обычно выполняют одну и ту же или похожую функцию, что не обязательно имеет место для залоговых пар. В коллатеральных парах последовательности, как правило, имеют разные функции.

Ген человека FOXP2 и его эволюционная консервация показаны на этом изображении из браузера генома UCSC, а на этом изображении показано множественное выравнивание (внизу рисунка) . Обратите внимание, что консервация имеет тенденцию группироваться вокруг кодирующих областей (экзонов).

Сравнительная геномика использует как сходства, так и различия в белках , РНК и регуляторных областях различных организмов, чтобы сделать вывод о том, как отбор воздействовал на эти элементы. Те элементы, которые отвечают за сходство между разными видами, должны сохраняться во времени ( стабилизирующий отбор ), в то время как те элементы, которые ответственны за различия между видами, должны быть дивергентными ( положительный отбор ). Наконец, те элементы, которые не важны для эволюционного успеха организма, останутся без присмотра (отбор нейтрален).

Одна из важных целей данной области - выявление механизмов эволюции генома эукариот. Однако это часто осложняется множеством событий, которые имели место на протяжении истории отдельных линий, оставляя только искаженные и наложенные следы в геноме каждого живого организма. По этой причине сравнительные исследования геномики небольших модельных организмов (например, модели Caenorhabditis elegans и близкородственного Caenorhabditis briggsae ) имеют большое значение для улучшения нашего понимания общих механизмов эволюции. [20] [21]

Методы [ править ]

Вычислительные подходы к сравнению геномов в последнее время стали общей темой исследований в информатике. Публичная коллекция тематических исследований и демонстраций растет, начиная от сравнения полных геномов и заканчивая анализом экспрессии генов . [22] Это увеличило внедрение различных идей, включая концепции систем и управления, теории информации, анализа строк и интеллектуального анализа данных. [23] Ожидается, что вычислительные подходы станут и останутся стандартной темой для исследований и преподавания, в то время как несколько курсов начнут обучать студентов беглому владению обеими темами. [24]

Инструменты [ править ]

Вычислительные инструменты для анализа последовательностей и полных геномов быстро развиваются из-за доступности большого количества геномных данных. В то же время инструменты сравнительного анализа прогрессируют и совершенствуются. В задачах, связанных с этим анализом, очень важно визуализировать сравнительные результаты. [25]

Визуализация сохранения последовательности - сложная задача сравнительного анализа последовательностей. Как мы знаем, исследовать выравнивание длинных участков генома вручную крайне неэффективно. Интернет-браузеры генома предоставляют множество полезных инструментов для исследования геномных последовательностей за счет интеграции всей основанной на последовательностях биологической информации о геномных областях. Когда мы извлекаем большой объем соответствующих биологических данных, они могут быть очень простыми в использовании и занимать меньше времени. [25]

  • Браузер UCSC : этот сайт содержит эталонную последовательность и рабочие проекты сборок для большой коллекции геномов. [26]
  • Ensembl : Проект Ensembl создает базы данных генома позвоночных и других видов эукариот и делает эту информацию свободно доступной в Интернете. [27]
  • MapView : Map Viewer предоставляет широкий спектр данных по картированию генома и секвенированию. [28]
  • VISTA - это комплексный набор программ и баз данных для сравнительного анализа геномных последовательностей. Он был построен для визуализации результатов сравнительного анализа на основе выравнивания ДНК. Представление сравнительных данных, созданных VISTA, может легко удовлетворить как небольшие, так и большие данные. [29]
  • Браузер генома BlueJay : автономный инструмент визуализации для многомасштабного просмотра аннотированных геномов и других геномных элементов. [30]

Преимущество использования онлайн-инструментов заключается в том, что эти веб-сайты постоянно развиваются и обновляются. Есть много новых настроек, и контент можно использовать в Интернете для повышения эффективности. [25]

Приложения [ править ]

Сельское хозяйство [ править ]

Сельское хозяйство - это область, в которой используются преимущества сравнительной геномики. Определение локусов полезных генов - ключевой шаг в селекции сельскохозяйственных культур, оптимизированных для повышения урожайности, экономической эффективности, качества и устойчивости к болезням. Например, одно общегеномное ассоциативное исследование, проведенное на 517 староместных сортах риса, выявило 80 локусов, связанных с несколькими категориями агрономических показателей, такими как масса зерна, содержание амилозы и засухоустойчивость. Многие из локусов ранее не были охарактеризованы. [31]Эта методология не только мощная, но и быстрая. Предыдущие методы идентификации локусов, связанных с агрономическими показателями, требовали нескольких поколений тщательно контролируемого разведения родительских штаммов, что отнимало много времени и не требовалось для сравнительных геномных исследований. [32]

Медицина [ править ]

Сфера медицины также выигрывает от изучения сравнительной геномики. Вакцинология, в частности, добилась значительных успехов в технологиях благодаря геномному подходу к проблемам. В подходе, известном как обратная вакцинология , исследователи могут обнаруживать антигены-кандидаты для разработки вакцины путем анализа генома патогена или семейства патогенов. [33] Применение подхода сравнительной геномики путем анализа геномов нескольких родственных патогенов может привести к разработке вакцин, обладающих множественной защитой. Группа исследователей применила такой подход для создания универсальной вакцины против Streptococcus группы B , группы бактерий, ответственных за тяжелую неонатальную инфекцию. [34]Сравнительная геномика также может использоваться для определения специфичности вакцин против патогенов, которые тесно связаны с комменсальными микроорганизмами. Например, исследователи использовали сравнительный геномный анализ комменсальных и патогенных штаммов E. coli для идентификации генов, специфичных для патогенов, в качестве основы для поиска антигенов, которые вызывают иммунный ответ против патогенных штаммов, но не комменсальных. [35] В мае 2019 года, используя Глобальный набор геномов, группа из Великобритании и Австралии секвенировала тысячи собранных во всем мире изолятов стрептококков группы А , предоставив потенциальные мишени для разработки вакцины против патогена, также известного как S. pyogenes. . [36]

Исследование [ править ]

Сравнительная геномика также открывает новые возможности в других областях исследований. Поскольку технология секвенирования ДНК стала более доступной, количество секвенированных геномов выросло. С увеличением объема доступных геномных данных, эффективность сравнительных геномных выводов также выросла. Примечательный случай такой повышенной активности обнаружен в недавнем исследовании на приматах. Сравнительные геномные методы позволили исследователям собрать информацию о генетической изменчивости, дифференциальной экспрессии генов и эволюционной динамике у приматов, которую невозможно было различить при использовании предыдущих данных и методов. [37] Проект «Геном больших обезьян» использовал сравнительные геномные методы для исследования генетической изменчивости шести человекообразных обезьян.видов, обнаруживая здоровые уровни изменчивости в своем генофонде, несмотря на сокращение численности популяции. [38] Другое исследование показало, что паттерны метилирования ДНК, которые являются известным механизмом регуляции экспрессии генов, различаются в префронтальной коре головного мозга человека и шимпанзе, и причастны к этой разнице в эволюционной дивергенции двух видов. [39]

См. Также [ править ]

  • Сбор данных
  • Молекулярная эволюция
  • Сравнительная анатомия
  • Гомология
  • Последовательный майнинг
  • Анализ последовательности без выравнивания
  • Анализ паттернов ДНК

Ссылки [ править ]

  1. ^ Дорогая AE; Miklós I .; Раган М.А. (2008). «Динамика перестройки генома в бактериальных популяциях» . PLOS Genetics . 4 (7): e1000128. DOI : 10.1371 / journal.pgen.1000128 . PMC  2483231 . PMID  18650965 .
  2. ^ a b c Touchman, J. (2010). «Сравнительная геномика» . Знания о естественном просвещении . 3 (10): 13.
  3. ^ а б Ся, X. (2013). Сравнительная геномика . SpringerBriefs в генетике. Гейдельберг: Springer. DOI : 10.1007 / 978-3-642-37146-2 . ISBN 978-3-642-37145-5. S2CID  5491782 .
  4. ^ а б Рассел, П.Дж.; Герц, ЧП; Макмиллан, Б. (2011). Биология: динамическая наука (2-е изд.). Бельмонт, Калифорния: Брукс / Коул. С. 409–410.
  5. ^ Примроуз, SB; Твайман, Р.М. (2003). Принципы геномного анализа и геномики (3-е изд.). Мальден, Массачусетс: Издательство Блэквелл.
  6. ^ Хардисон, RC (2003). «Сравнительная геномика» . PLOS Биология . 1 (2): e58. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0000058 . PMC 261895 . PMID 14624258 .  
  7. ^ Ellegren, H. (2008). «Сравнительная геномика и изучение эволюции путем естественного отбора» . Молекулярная экология . 17 (21): 4586–4596. DOI : 10.1111 / j.1365-294X.2008.03954.x . PMID 19140982 . S2CID 43171654 .  
  8. ^ а б в г Кунин Э.В. Гальперин М.Ю. (2003). Последовательность - Эволюция - Функция: Вычислительные подходы в сравнительной геномике . Дордрехт: Springer Science + Business Media.
  9. ^ a b Hu, B .; Xie, G .; Lo, C.-C .; Штаркенбург, SR; Цепь, ПСЖ (2011). «Сравнительная геномика патогенов в эпоху секвенирования следующего поколения: выравнивание геномов, пангеномика и метагеномика» . Брифинги по функциональной геномике . 10 (6): 322–333. DOI : 10.1093 / bfgp / elr042 . PMID 22199376 . 
  10. ^ Argos, P .; Камер, Г .; Никлин, MJ; Виммер, Э. (1984). «Сходство в организации генов и гомология между белками пикорнавирусов животных и комовирусом растений предполагают общее происхождение этих семейств вирусов» . Исследования нуклеиновых кислот . 12 (18): 7251–7267. DOI : 10.1093 / NAR / 12.18.7251 . PMC 320155 . PMID 6384934 .  
  11. ^ McGeoch, DJ; Дэвисон, AJ (1986). «Последовательность ДНК гена вируса простого герпеса типа 1, кодирующего гликопротеин gH, и идентификация гомологов в геномах вируса ветряной оспы и вируса Эпштейна-Барра» . Исследования нуклеиновых кислот . 14 (10): 4281–4292. DOI : 10.1093 / NAR / 14.10.4281 . PMC 339861 . PMID 3012465 .  
  12. ^ Флейшман R, Адамс М, Белый О, R Клейтон, Kirkness Е, Kerlavage А, Булт С, Гробница Дж, Доуэрти В, Меррик J (1995). «Полногеномное случайное секвенирование и сборка Haemophilus influenzae Rd». Наука . 269 (5223): 496–512. Bibcode : 1995Sci ... 269..496F . DOI : 10.1126 / science.7542800 . PMID 7542800 . 
  13. ^ Фрейзер, Клэр М .; и другие. (1995). «Минимальный генный компонент Mycoplasma genitalium ». Наука . 270 (5235): 397–404. Bibcode : 1995Sci ... 270..397F . DOI : 10.1126 / science.270.5235.397 . PMID 7569993 . S2CID 29825758 .  
  14. ^ А. Гоффо; Б.Г. Баррелл; Х. Бусси; Р. У. Дэвис; Б. Дуйон; Х. Фельдманн; Ф. Галиберт; JD Hoheisel; C. Jacq; М. Джонстон; EJ Louis; HW Mewes; Ю. Мураками; П. Филиппсен; Х. Теттелин; С.Г. Оливер (1996). «Жизнь с 6000 генами». Наука . 274 (5287): 546, 563–567. Bibcode : 1996Sci ... 274..546G . DOI : 10.1126 / science.274.5287.546 . PMID 8849441 . S2CID 16763139 .  
  15. ^ C. Элеганс Секвенирование Consortium (1998). «Последовательность генома нематоды C. elegans : платформа для изучения биологии». Наука . 282 (5396): 2012–2018. Bibcode : 1998Sci ... 282.2012. . DOI : 10.1126 / science.282.5396.2012 . PMID 9851916 . 
  16. ^ Адамс MD, Сельникер С.Е., Холт Р.А. и др. (2000). «Последовательность генома Drosophila melanogaster ». Наука . 287 (5461): 2185–95. Bibcode : 2000Sci ... 287.2185. . CiteSeerX 10.1.1.549.8639 . DOI : 10.1126 / science.287.5461.2185 . PMID 10731132 .  
  17. ^ Рубин, Г .; Yandell, M .; Wortman, J .; Gabor Miklos, G .; Nelson, C .; Hariharan, I .; Fortini, M .; Li, P .; Apweiler, R .; Fleischmann, W .; Cherry, JM; Henikoff, S .; Скупский, депутат; Misra, S .; Эшбернер, М .; Birney, E .; Богуски, MS; Броды, Т .; Brokstein, P .; Celniker, SE; Chervitz, SA; Coates, D .; Кравчик, А .; Габриэлян, А .; Галле, РФ; Гелбарт, ВМ; Джордж, РА; Гольдштейн, LS; Gong, F .; Гуань, П. (2000). «Сравнительная геномика эукариот» . Наука . 287 (5461): 2204–2215. Bibcode : 2000Sci ... 287.2204. . DOI : 10.1126 / science.287.5461.2204 . ЧВК 2754258 . PMID  10731134 .
  18. ^ Серафим Батзоглу, Лиор Пэчтер , Джилл Mesirov , Бонни Бергер и Эрик Ландер (2000). «Структура генов человека и мыши: сравнительный анализ и применение для предсказания экзонов» . Геномные исследования . 10 (7): 950–958. DOI : 10.1101 / gr.10.7.950 . PMC 310911 . PMID 10899144 .  CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  19. ^ Ureta-Vidal, A .; Ettwiller, L .; Бирни, Э. (2003). «Сравнительная геномика: полногеномный анализ у многоклеточных эукариот». Природа Обзоры Генетики . 4 (4): 251–262. DOI : 10.1038 / nrg1043 . PMID 12671656 . S2CID 2037634 .  
  20. ^ Штейн, LD; и другие. (2003). «Последовательность генома Caenorhabditis briggsae: платформа для сравнительной геномики» . PLOS Биология . 1 (2): E45. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0000045 . PMC 261899 . PMID 14624247 .  
  21. ^ "Недавно выделенный червь - благо для биологов-червей" . PLOS Биология . 1 (2): e4. 2003. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0000044 .
  22. Перейти ↑ Cristianini N., Hahn M. (2006). Введение в вычислительную геномику . Издательство Кембриджского университета. ISBN 978-0-521-67191-0.CS1 maint: uses authors parameter (link)
  23. ^ Пратас, Д .; Silva, R .; Pinho, A .; Феррейра, П. (18 мая 2015 г.). «Метод без выравнивания для поиска и визуализации перестроек между парами последовательностей ДНК» . Научные отчеты . 5 : 10203. Bibcode : 2015NatSR ... 510203P . DOI : 10.1038 / srep10203 . PMC 4434998 . PMID 25984837 .  
  24. ^ Виа, Аллегра; Хавьер Де Лас Ривас; Тереза ​​К. Эттвуд; Дэвид Ландсман; Мишель Д. Бразас; Джек А. М. Леуниссен; Анна Трамонтано; Мария Виктория Шнайдер (27.10.2011). «Десять простых правил для разработки краткого учебного курса по биоинформатике» . PLOS Comput Biol . 7 (10): e1002245. Bibcode : 2011PLSCB ... 7E2245V . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1002245 . PMC 3203054 . PMID 22046119 .  
  25. ^ а б в Бергман, NH (2007). Бергман, Н.Х. (ред.). Сравнительная геномика: тома 1 и 2 . Тотова, Нью-Джерси: Humana Press. ISBN 978-193411-537-4. PMID  21250292 .
  26. ^ "Браузер UCSC" .
  27. ^ "Ensembl Genome Browser" . Архивировано из оригинала на 2013-10-21.
  28. ^ "Map Viewer" .
  29. ^ "Инструменты VISTA" .
  30. ^ Сох, Юнг; Гордон, Пол МК; Сенсен, Кристоф В. (2002). Браузер генома Bluejay . Текущие протоколы в биоинформатике . Глава 10. John Wiley & Sons, Inc., стр. 10.9.1–10.9.23. DOI : 10.1002 / 0471250953.bi1009s37 . ISBN 9780471250951. PMID  22389011 . S2CID  34553139 .
  31. ^ Хуанг, XH; и другие. (2010). «Полногеномные ассоциации исследований 14 агрономических признаков у староместных сортов риса». Генетика природы . 42 (11): 961–7. DOI : 10.1038 / ng.695 . PMID 20972439 . S2CID 439442 .  
  32. Перейти ↑ Morrell, PL, Buckler, ES, Ross-Ibara, J. (2012). «Геномика сельскохозяйственных культур: достижения и приложения». Природа Обзоры Генетики . 13 (2): 85–96. DOI : 10.1038 / nrg3097 . PMID 22207165 . S2CID 13358998 .  CS1 maint: uses authors parameter (link)
  33. ^ Seib, KL, Zhao, X., Rappuoli, R. (2012). «Разработка вакцин в эпоху геномики: десятилетие обратной вакцинологии» . Клиническая микробиология и инфекция . 18 (SI): 109–116. DOI : 10.1111 / j.1469-0691.2012.03939.x . PMID 22882709 . CS1 maint: uses authors parameter (link)
  34. ^ Maione, D .; и другие. (2005). «Идентификация универсальной вакцины против стрептококка группы B с помощью множественного геномного скрининга» . Наука . 309 (5731): 148–150. Bibcode : 2005Sci ... 309..148M . DOI : 10.1126 / science.1109869 . PMC 1351092 . PMID 15994562 .  
  35. ^ Раско, DA; и другие. (2008). «Структура пангенома Escherichia coli: сравнительный геномный анализ комменсальных и патогенных изолятов E-coli» . Журнал бактериологии . 190 (20): 6881–6893. DOI : 10.1128 / JB.00619-08 . PMC 2566221 . PMID 18676672 .  
  36. ^ https://www.genomeweb.com/sequencing/group-streptococcus-vaccine-target-candidates-identified-global-genome-set#.XRKFu_ZFxPY
  37. ^ Роджерс Дж .; Гиббс Р.А. (2014). "Применение секвенирования следующего поколения Сравнительная геномика приматов: новые модели содержания и динамики генома" . Природа Обзоры Генетики . 15 (5): 347–359. DOI : 10.1038 / nrg3707 . PMC 4113315 . PMID 24709753 .  
  38. ^ Прадо-Мартинес, Дж .; и другие. (2013). «Генетическое разнообразие больших обезьян и история популяции» . Природа . 499 (7459): 471–475. Bibcode : 2013Natur.499..471P . DOI : 10,1038 / природа12228 . PMC 3822165 . PMID 23823723 .  
  39. ^ Zeng, J .; Konopa, G .; Hunt, BG; Preuss, TM; Geschwind, D .; Йи, СВ (2012). "Дивергентные карты метилирования всего генома мозга человека и шимпанзе раскрывают эпигенетические основы эволюции регуляции человека" . Американский журнал генетики человека . 91 (3): 455–465. DOI : 10.1016 / j.ajhg.2012.07.024 . PMC 3511995 . PMID 22922032 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Бергман Н.Х., изд. (2007). Сравнительная геномика: тома 1 и 2 . Тотова (Нью-Джерси): Humana Press. ISBN 978-193411-537-4. PMID  21250292 .
  • Келлис М., Паттерсон Н., Эндриззи М., Биррен Б., Лендер Е. (2003-05-15). «Секвенирование и сравнение видов дрожжей для идентификации генов и регуляторных элементов». Природа . 423 (6937): 241–254. Bibcode : 2003Natur.423..241K . DOI : 10,1038 / природа01644 . PMID  12748633 . S2CID  1530261 .
  • Клифтен П., Сударсанам П., Десикан А. (2004-07-2003). «Обнаружение функциональных особенностей геномов Saccharomyces с помощью филогенетического следа». Наука . 301 (5629): 71–76. Bibcode : 2003Sci ... 301 ... 71C . DOI : 10.1126 / science.1084337 . PMID  12775844 . S2CID  1305166 .
  • Боффели Д., Маколифф Дж., Овчаренко Д., Льюис К.Д., Овчаренко И., Пахтер Л. , Рубин Э.М. (2003). «Филогенетическое наблюдение за последовательностями приматов для поиска функциональных областей генома человека» (PDF) . Наука . 299 (5611): 1391–1394. DOI : 10.1126 / science.1081331 . PMID  12610304 . S2CID  17217612 .CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  • Dujon B; и другие. (2004-07-01). «Эволюция генома дрожжей». Природа . 430 (6995): 35–44. Bibcode : 2004Natur.430 ... 35D . DOI : 10,1038 / природа02579 . PMID  15229592 . S2CID  4399964 .
  • Филипски А., Кумар С. (2005). «Сравнительная геномика эукариот». В TR Григорий (ред.). Эволюция генома . Сан-Диего: Эльзевьер. С. 521–583.
  • Грегори Т.Р., DeSalle R (2005). «Сравнительная геномика прокариот». В TR Григорий (ред.). Эволюция генома . Сан-Диего: Эльзевьер. С. 585–675.
  • Се Х; Лу Дж. Кульбокас EJ; Голуб Т; Mootha V; Lindblad-Toh K; Lander E; Келлис М (2005). «Систематическое открытие регуляторных мотивов в промоторах человека и 3 'UTRs путем сравнения нескольких млекопитающих» . Природа . 434 (7031): 338–345. Bibcode : 2005Natur.434..338X . DOI : 10,1038 / природа03441 . PMC  2923337 . PMID  15735639 .
  • Champ PC, Binnewies TT, Nielsen N, Zinman G, Kiil K, Wu H, Bohlin J, Ussery DW (2006). «Обновление генома: смещение пуриновой цепи в 280 бактериальных хромосомах» . Микробиология . 152 (3): 579–583. DOI : 10.1099 / mic.0.28637-0 . PMID  16514138 .
  • Кумар Л., Брейкспир А., Кистлер А., Ма Л.Дж., Се Х (2010). «Систематическое открытие регуляторных мотивов в Fusarium graminearum путем сравнения четырех геномов Fusarium» . BMC Genomics . 11 : 208. DOI : 10.1186 / 1471-2164-11-208 . PMC  2853525 . PMID  20346147 .
  • Серафим Бацоглу, Лиор Пачтер , Джилл Месиров , Бонни Бергер и Эрик Ландер (2000). «Структура генов человека и мыши: сравнительный анализ и применение для предсказания экзонов» . Геномные исследования . 10 (7): 950–958. DOI : 10.1101 / gr.10.7.950 . PMC  310911 . PMID  10899144 .CS1 maint: multiple names: authors list (link)

Внешние ссылки [ править ]

  • База данных геномов онлайн (GOLD)
  • Сеть новостей генома
  • Комплексный микробный ресурс JCVI
  • Патема: Специализированный ресурсный центр по биоинформатике Clade
  • База данных генома CBS
  • Браузер генома UCSC
  • Национальный институт исследования генома человека США
  • Ensembl Ensembl Геном браузера
  • Genolevures, сравнительная геномика гемиаскомицетных дрожжей
  • Филогенетически предполагаемые группы (PhIG) , недавно разработанный метод, который включает филогенетические сигналы при построении кластеров генов для использования в сравнительной геномике.
  • Metazome , ресурс для филогеномного исследования и анализа семейств генов Metazoan.
  • IMG Интегрированная система микробных геномов для сравнительного анализа генома, проведенного DOE-JGI.
  • Dcode.org Dcode.org Центр сравнительной геномики.
  • SUPERFAMILY Белковые аннотации для всех полностью секвенированных организмов
  • Сравнительная геномика
  • Бластология и открытый исходный код: нужды и дела
  • Инструмент сравнительной геномики без выравнивания