Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Геномные структурные вариации - это вариации в структуре хромосомы организма . Он состоит из множества разновидностей вариаций в геноме одного вида и обычно включает микроскопические и субмикроскопические типы, такие как делеции, дупликации, варианты числа копий , вставки, инверсии и транслокации . Первоначально изменение структуры влияет на длину последовательности от 1 Кбайт до 3 Мбайт, которая больше, чем SNP, и меньше, чем хромосомная аномалия (хотя определения имеют некоторое перекрытие). [1]Однако операционный диапазон структурных вариантов расширился и теперь включает события> 50 б.п. [2] Определение структурной изменчивости ничего не говорит о частоте или фенотипических эффектах. Многие структурные варианты связаны с генетическими заболеваниями , но многие - нет. [3] [4] Недавние исследования SV показывают, что SV труднее обнаружить, чем SNP. Приблизительно 13% генома человека определяется как структурный вариант в нормальной популяции, и существует по крайней мере 240 генов, которые существуют в виде гомозиготных делеционных полиморфизмов в человеческих популяциях, что позволяет предположить, что эти гены незаменимы для людей. [4] Быстро накапливающиеся данные показывают, что структурные вариации могут включать миллионы нуклеотидов неоднородности в каждом геноме и, вероятно, вносят важный вклад в разнообразие людей и восприимчивость к болезням.

Микроскопические структурные изменения [ править ]

Микроскопия означает, что это может быть обнаружено с помощью оптических микроскопов , таких как анеуплоидии , маркерные хромосомы , грубые перестройки и вариации в размере хромосом. [5] [6] Считается, что частота встречаемости в человеческой популяции недооценивается из-за того, что некоторые из них на самом деле нелегко идентифицировать. По предполагаемым данным, эти структурные аномалии существуют у 1 из 375 живорождений. [7]

Субмикроскопические структурные вариации [ править ]

Субмикроскопические структурные варианты гораздо труднее обнаружить из-за их небольшого размера. Первое исследование 2004 года, в котором использовались микроматрицы ДНК, позволило обнаружить десятки генетических локусов, которые демонстрировали вариации числа копий , делеции и дупликации , превышающие 100 килобаз в геноме человека. [8] Однако к 2015 году исследования по секвенированию всего генома могут выявить около 5000 структурных вариантов размером всего 100 пар оснований, составляющих примерно 20 мегабаз в каждом отдельном геноме. [3] [4] Эти структурные варианты включают делеции, тандемные дупликации,инверсии , вставки подвижных элементов . Частота мутаций также намного выше, чем у микроскопических структурных вариантов, по оценкам двух исследований в 16% и 20% соответственно, оба из которых, вероятно, занижены из-за проблем с точным обнаружением структурных вариантов. [3] [9] Также было показано, что генерация спонтанных структурных вариантов значительно увеличивает вероятность генерации дальнейших спонтанных однонуклеотидных вариантов или инделей в пределах 100 килобаз от события структурной вариации. [3]

Вариант номера копии [ править ]

Основная статья: Вариация номера копии

Вариация числа копий (CNV) - это большая категория структурных вариаций, которая включает в себя вставки , удаления и дупликации . В недавних исследованиях вариации числа копий проверяются на людях, не страдающих генетическими заболеваниями, с использованием методов, которые используются для количественного генотипирования SNP. Результаты показывают, что 28% подозрительных областей у людей действительно содержат вариации количества копий. [10] [11] Кроме того, CNV в геноме человека влияют на большее количество нуклеотидов, чем однонуклеотидный полиморфизм (SNP). Также примечательно, что многие CNV не находятся в кодирующих областях. Поскольку CNV обычно вызываются неравномерной рекомбинацией , широко распространенные аналогичные последовательности, такие как LINEsи SINE могут быть общим механизмом создания CNV. [12] [13]

Инверсия [ править ]

Основная статья: Хромосомная инверсия

Известно несколько инверсий, связанных с болезнями человека. Так , например, рецидивирующий 400KB инверсия в гене фактора VIII является частой причиной гемофилии А , [14] и более мелкие инверсии , влияющих на idunorate 2-сульфатазный (ИДС) будет вызывать синдром Хантера . [15] Другие примеры включают Angelman синдром и синдром Сотоса . Однако недавние исследования показывают, что у одного человека может быть 56 предполагаемых инверсий, поэтому инверсии, не связанные с болезнью, встречаются чаще, чем предполагалось ранее. Также в этом исследовании указано, что точки останова инверсии обычно связаны с сегментарными дупликациями. [16] Одна инверсия размером 900 Кбайт вхромосома 17 находится под положительным отбором и, по прогнозам, будет чаще встречаться в европейском населении. [17]

Другие варианты конструкции [ править ]

Могут возникнуть более сложные структурные варианты, включая комбинацию вышеперечисленного в одном событии. [3] Наиболее распространенным типом сложных структурных вариаций являются нетандемные дупликации, когда последовательность дублируется и вставляется в инвертированной или прямой ориентации в другую часть генома. [3] Другие классы сложных структурных вариантов включают делеции-инверсии-делеции, дупликации-инверсии-дупликации и тандемные дупликации с вложенными делециями. [3] Существуют также скрытые транслокации и сегментарная однопородная дисомия (UPD). Поступает все больше сообщений об этих вариациях, но их труднее обнаружить, чем традиционные вариации, потому что эти варианты сбалансированы и основаны на массивах илиМетоды, основанные на ПЦР , не могут их обнаружить. [18]

Структурная изменчивость и фенотипы [ править ]

Предполагается, что некоторые генетические заболевания вызваны структурными вариациями, но связь не очень определена. Невозможно разделить эти варианты на два класса: «нормальные» и «болезненные», потому что фактические результаты одного и того же варианта также будут различаться. Кроме того, некоторые из вариантов действительно положительно отобраны для (упомянутых выше). Серия исследований показала, что спонтанные ( de novo ) CNVs нарушают гены при аутизме примерно в четыре раза чаще, чем в контрольной группе, и составляют примерно 5–10% случаев. [3] [19] [20] [21] [22] Унаследованные варианты также вызывают около 5–10% случаев аутизма. [3]

Структурные вариации также играют свою роль в популяционной генетике. Различная частота одной и той же вариации может использоваться в качестве генетического признака для вывода о взаимосвязи между популяциями в разных областях. Полное сравнение структурных вариаций человека и шимпанзе также показало, что некоторые из них могут быть зафиксированы у одного вида из-за его адаптивной функции. [23] Есть также делеции, связанные с устойчивостью к малярии и СПИДу . [24] [25] Также считается, что некоторые сильно изменчивые сегменты вызваны балансирующим отбором, но есть также исследования, опровергающие эту гипотезу. [26]

База данных структурных вариаций [ править ]

Некоторые браузеры генома и биоинформатические базы данных имеют список структурных вариаций генома человека с акцентом на CNV и могут отображать их на странице просмотра генома, например, UCSC Genome Browser . [27] Под страницей просмотра части генома можно включить "Common Cell CNVs" и "Structural Var". В NCBI есть специальная страница [28] для структурных изменений. В этой системе показаны как «внутренние», так и «внешние» координаты; они оба не являются фактическими точками останова, но предполагают минимальный и максимальный диапазон последовательности, на которую влияет структурная вариация. Типы классифицируются как вставка, потеря, усиление, инверсия, LOH, вывернутый, transchr и UPD.[ необходима цитата ]

Методы обнаружения [ править ]

Сигнатуры и паттерны SV для удаления (A), вставки новой последовательности (B), инверсии (C) и тандемного дублирования (D) в счетчике чтения (RC), пары чтения (RP), разделенного чтения (SR), и методы сборки de novo (AS). [29]

Были разработаны новые методы анализа генетической структурной изменчивости человека с высоким разрешением. Методы, используемые для тестирования генома, являются либо целенаправленными, либо общегеномными. Для полногеномных тестов подходы сравнительной гибридизации генома на основе массивов обеспечивают наилучшее сканирование всего генома для поиска новых вариантов числа копий. [30] В этих методах используются фрагменты ДНК, которые помечены из интересующего генома и гибридизуются с другим геномом, помеченным по-другому, с массивами с пятнами клонированных фрагментов ДНК. Это показывает разницу в количестве копий между двумя геномами. [30]

Для целевых исследований генома лучшие анализы для проверки определенных участков генома в первую очередь основаны на ПЦР. Лучшим из методов, основанных на ПЦР, является количественная полимеразная цепная реакция в реальном времени (КПЦР). [30] Другой подход состоит в том, чтобы специально проверить определенные области, которые окружают известные сегментарные дублирования, поскольку они обычно являются областями изменения количества копий. [30] Метод генотипирования SNP, который предлагает независимую интенсивность флуоресценции для двух аллелей, может использоваться для нацеливания на нуклеотиды между двумя копиями сегментарной дупликации. [30] Отсюда можно наблюдать увеличение интенсивности одного из аллелей по сравнению с другим.

С развитием технологии секвенирования следующего поколения (NGS) было сообщено о четырех классах стратегий для обнаружения структурных вариантов с данными NGS, каждый из которых основан на паттернах, которые являются диагностическими для разных классов SV.[31] [29] [32] [33]

  • Методы глубины чтения или подсчета считывания предполагают случайное распределение (например, распределение Пуассона ) считываний в результате короткой последовательности считывания. Отклонение от этого распределения исследуется для обнаружения дубликатов и удалений. В областях с дублированием будет отображаться более высокая глубина чтения, а в областях с удалением - меньшая глубина чтения.
  • Методы раздельного чтения позволяют обнаруживать вставки (включая вставки мобильных элементов ) и удаления вплоть до разрешения одной пары оснований. Присутствие SV определяется по прерывистому выравниванию с эталонным геномом. Пробел в прочитанном означает удаление, а в ссылках - вставку.
  • Методы чтения пар проверяют длину и ориентацию парных чтений из данных последовательности короткого чтения. Например, если пары считывания дальше друг от друга, чем ожидалось, это означает удаление. Транслокации, инверсии и тандемные дупликации также могут быть обнаружены с помощью пар чтения.
  • Сборка последовательности de novo может применяться с достаточно точными считываниями. Хотя на практике использование этого метода ограничено длиной считывания последовательности, сборки генома на основе длительного считывания предлагают обнаружение структурных вариаций для классов, таких как вставки, которые не обнаруживаются при использовании других методов. [34]

См. Также [ править ]

  • Структурные вариации в геноме человека

Ссылки [ править ]

  1. ^ Feuk, Ларс; Карсон, Эндрю Р .; Шерер, Стивен В. (2006). «Структурные вариации в геноме человека». Природа Обзоры Генетики . 7 (2): 85–97. DOI : 10.1038 / nrg1767 . PMID  16418744 . S2CID  17255998 .
  2. ^ Алкан, может; Коу, Брэдли П.; Эйхлер, Эван Э. (01.03.2011). «Обнаружение структурных вариаций генома и генотипирование» . Природа Обзоры Генетики . 12 (5): 363–376. DOI : 10.1038 / nrg2958 . ISSN 1471-0056 . PMC 4108431 . PMID 21358748 .   
  3. ^ a b c d e f g h я Брандлер, Уильям М .; Антаки, Дэнни; Гуджрал, Мадхусудан; Нур, Амина; Розанио, Габриэль; Чапмен, Тимоти Р .; Barrera, Daniel J .; Линь Гуань Нин; Малхотра, Дирадж; Уоттс, Аманда С.; Вонг, Лоуренс С .; Эстабилло, Джаспер А .; Гадомский, Тереза ​​Э .; Хонг, Оань; Фахардо, Карин В. Фуэнтес; Бхандари, Абхишек; Оуэн, Рениус; Бон, Майкл; Юань, Джеффри; Соломон, Терри; Мойзис, Александра Г .; Maile, Michelle S .; Сандерс, Стефан Дж .; Райнер, Гейл Э .; Vaux, Keith K .; Стром, Чарльз М .; Чжан, Канг; Muotri, Alysson R .; Акшумофф, Наташа; Leal, Suzanne M .; Пирс, Карен; Куршен, Эрик; Якучева, Лилия М .; Корселло, Кристина; Себат, Джонатан (24 марта 2016 г.).«Частота и сложность структурной мутации De Novo при аутизме» . Американский журнал генетики человека . 98 (4): 667–79. DOI : 10.1016 / j.ajhg.2016.02.018 . PMC  4833290 . PMID  27018473 .
  4. ^ а б в Судмант, Питер Х .; Рауш, Тобиас; Гарднер, Юджин Дж .; Хандакер, Роберт Э .; Абызов Алексей; Хаддлстон, Джон; Чжан, Ян; Йе, Кай; Джун, Гу; Си-Ян Фриц, Маркус; Konkel, Miriam K .; Мальхотра, Анкит; Stütz, Adrian M .; Ши, Синхуа; Паоло Казале, Франческо; Чен, Цзимин; Хормоздиари, Ферейдун; Даяма, Гарги; Чен, Кен; Малиг, Майка; Chaisson, Mark JP; Вальтер, Клаудиа; Мейерс, Саша; Кашин, Сева; Гаррисон, Эрик; Аутон, Адам; Лам, Хьюго Ю.К .; Жасмин Му, Синьмэн; Алкан, банка; Антаки, Дэнни; Пэ, Тэджон; Сервейра, Элиза; Чайнс, Питер; Чонг, Зечен; Кларк, Лаура; Даль, Элиф; Дин, Ли; Эмери, Сара; Фань, Сиань; Гуджрал, Мадхусудан; Кахведжи, Фатьма; Кидд, Джеффри М .; Kong, Yu; Ламейер, Эрик-Вуббо; Маккарти, Шейн; Фличек, Пол; Гиббс, Ричард А .; Март, Габор; Мейсон, Кристофер Э .; Менелау, Андроники; Музны, Донна М .; Нельсон, Брэдли Дж .; Нур,Амина; Пэрриш, Николас Ф .; Пендлтон, Мэтью; Куитадамо, Эндрю; Редер, Бенджамин; Schadt, Eric E .; Романович, Мэллори; Шлаттль, Андреас; Себра, Роберт; Шабалин, Андрей А .; Унтергассер, Андреас; Уокер, Джелин А .; Ван, Мин; Ю, Фули; Чжан, Чэншэн; Чжан, Цзин; Чжэн-Брэдли, Сянцюнь; Чжоу, Wanding; Зихнер, Томас; Себат, Джонатан; Batzer, Mark A .; МакКэрролл, Стивен А .; Миллс, Райан Э .;Герштейн, Марк Б .; Башир Али; Стегл, Оливер; Дивайн, Скотт Э .; Ли, Чарльз; Эйхлер, Эван Э .; Корбель, Ян О. (30 сентября 2015 г.). «Интегрированная карта структурных вариаций в 2 504 геномах человека» . Природа . 526 (7571): 75–81. Bibcode : 2015Natur.526 ... 75. . DOI : 10.1038 / nature15394 . PMC  4617611 . PMID  26432246 .
  5. ^ Райх, Дэвид Э .; Шаффнер, Стивен Ф .; Дэли, Марк Дж .; Маквин, Гил ; Малликин, Джеймс С .; Хиггинс, Джон М .; Рихтер, Дэниел Дж .; Лендер, Эрик С .; Альтшулер, Давид (2002). «Вариации последовательности генома человека и влияние истории генов, мутации и рекомбинации». Генетика природы . 32 (1): 135–42. DOI : 10.1038 / ng947 . PMID 12161752 . S2CID 16822751 .  
  6. ^ Грипенберг, Улла (1964). «Изменение размера и ориентации хромосомы Y человека». Хромосома . 15 (5): 618–29. DOI : 10.1007 / BF00319995 . PMID 14333154 . S2CID 26549548 .  
  7. ^ Wyandt, HE; Тонк, VS (2004). Атлас гетероморфизмов хромосом человека . Нидерланды: Kluwer Academic. ISBN 978-90-481-6296-3.[ требуется страница ]
  8. ^ Sebat, J. (23 июля 2004). «Крупномасштабный полиморфизм числа копий в геноме человека». Наука . 305 (5683): ​​525–528. Bibcode : 2004Sci ... 305..525S . DOI : 10.1126 / science.1098918 . PMID 15273396 . 
  9. ^ Kloosterman, Wigard P .; Francioli, Laurent C .; Хормоздиари, Ферейдун; Маршалл, Тобиас; Hehir-Kwa, Jayne Y .; Абделлауи, Абдель; Ламейер, Эрик-Вуббо; Moed, Matthijs H .; Коваль, Вячеслав; Ренкенс, Иво; van Roosmalen, Markus J .; Арп, Паскаль; Karssen, Lennart C .; Коу, Брэдли П.; Хандакер, Роберт Э .; Сучиман, Эка Д .; Куппен, Эдвин; Тхунг, Джие Тджван; Маквей, Митч; Вендл, Майкл С .; Уиттерлинден, Андре; van Duijn, Cornelia M .; Swertz, Morris A .; Вейменга, Сиска; van Ommen, GertJan B .; Slagboom, P. Eline; Boomsma, Dorret I .; Шёнхут, Александр; Эйхлер, Эван Э .; де Баккер, Пол И. В.; Йе, Кай; Гурьев, Виктор (июнь 2015). «Характеристики структурных изменений de novo в геноме человека» . Геномные исследования .25 (6): 792–801. DOI : 10.1101 / gr.185041.114 . PMC  4448676 . PMID  25883321 .
  10. ^ Sebat, J .; Лакшми, Б; Troge, J; Александр, J; Янг, Дж; Лундин, П; Månér, S; Масса, Н; и другие. (2004). «Крупномасштабный полиморфизм числа копий в геноме человека». Наука . 305 (5683): ​​525–8. Bibcode : 2004Sci ... 305..525S . DOI : 10.1126 / science.1098918 . PMID 15273396 . 
  11. ^ Iafrate, Джон; Феук, Ларс; Ривера, Мигель Н; Листевник, Марк Л; Донахью, Патриция К .; Ци, Инь; Шерер, Стивен В.; Ли, Чарльз (2004). «Обнаружение крупномасштабных вариаций в геноме человека» . Генетика природы . 36 (9): 949–51. DOI : 10.1038 / ng1416 . PMID 15286789 . 
  12. ^ Лупски, Джеймс Р. (2010). «Ретротранспозиция и структурные изменения в геноме человека». Cell . 141 (7): 1110–2. DOI : 10.1016 / j.cell.2010.06.014 . PMID 20602993 . S2CID 2047696 .  
  13. ^ Лам, Хьюго Ю.К .; Му, Жасмин Синьмэн; Штутц, Адриан М; Танзер, Андреа; Кейтинг, Филип Д.; Снайдер, Майкл; Ким, Филип М; Корбель, Ян О ; Герштейн, Марк Б. (2010). «Анализ нуклеотидного разрешения структурных вариантов с использованием BreakSeq и библиотеки точек останова» . Природа Биотехнологии . 28 (1): 47–55. DOI : 10.1038 / nbt.1600 . PMC 2951730 . PMID 20037582 .  
  14. ^ Лакич, Делия; Kazazian, Haig H .; Антонаракис, Стилианос Э .; Гитшиер, Джейн (1993). «Инверсии, разрушающие ген фактора VIII, являются частой причиной тяжелой гемофилии А». Генетика природы . 5 (3): 236–41. DOI : 10.1038 / ng1193-236 . PMID 8275087 . S2CID 25636383 .  
  15. ^ Бондесон, Мэр-Луиза; Даль, Никлас; Мальмгрен, Елена; Kleijer, Wim J .; Tönnesen, Tönne; Карлберг, Бритт-Мари; Петтерссон, Ульф (1995). «Инверсия гена IDS в результате рекомбинации с последовательностями, связанными с IDS, является общей причиной синдрома Хантера». Молекулярная генетика человека . 4 (4): 615–21. DOI : 10.1093 / HMG / 4.4.615 . PMID 7633410 . 
  16. ^ Тузун, Эрай; Шарп, Эндрю Дж; Бейли, Джеффри А; Каул, Раджиндер; Моррисон, В. Энн; Pertz, Lisa M; Хауген, Эрик; Хайден, Хиллари; и другие. (2005). «Мелкомасштабные структурные вариации генома человека». Генетика природы . 37 (7): 727–32. DOI : 10.1038 / ng1562 . PMID 15895083 . S2CID 14162962 .  
  17. ^ Стефанссон, Хрейнн; Хельгасон, Агнар; Торлейфссон, Гудмар; Штайнторсдоттир, Валгердур; Массон, Гисли; Барнард, Джон; Бейкер, Адам; Йонасдоттир, Аслауг; и другие. (2005). «Обычная инверсия при отборе у европейцев». Генетика природы . 37 (2): 129–37. DOI : 10.1038 / ng1508 . PMID 15654335 . S2CID 120515 .  
  18. ↑ Sung, Wing-Kin. Алгоритмы секвенирования нового поколения . Бока-Ратон. п. 215. ISBN 978-1-4665-6551-7. OCLC  987790994 .
  19. ^ Sebat, J .; Лакшми, Б .; Malhotra, D .; Troge, J .; Lese-Martin, C .; Walsh, T .; Yamrom, B .; Yoon, S .; Красниц, А .; Kendall, J .; Leotta, A .; Оплаченный.; Zhang, R .; Lee, Y.-H .; Hicks, J .; Спенс, SJ; Ли, AT; Пуура, К .; Lehtimaki, T .; Ledbetter, D .; Грегерсен, ПК; Bregman, J .; Сатклифф, Дж. С.; Jobanputra, V .; Chung, W .; Warburton, D .; King, M.-C .; Скусе, Д .; Geschwind, DH; Гиллиам, ТС; Е, К .; Виглер, М. (20 апреля 2007 г.). «Сильная ассоциация мутаций числа копий De Novo с аутизмом» . Наука . 316 (5823): 445–449. Bibcode : 2007Sci ... 316..445S . DOI : 10.1126 / science.1138659 . PMC 2993504 . PMID  17363630 .
  20. ^ Пинто, Далила; Делаби, Эльза; Мерико, Даниэле; Барбоса, Мафалда; Мерикангас, Элисон; Клей, Ламбертус; Тирувахиндрапурам, Бхома; Сюй, Сяо; Зиман, Роберт; Ван, Чжуочжи; Vorstman, Jacob AS; Томпсон, Энн; Регана, Регина; Пилорж, Марион; Пеллеккья, Джованна; Пагнамента, Алистер Т .; Оливейра, Барбара; Marshall, Christian R .; Magalhaes, Tiago R .; Лоу, Дженнифер К .; Хау, Дженнифер Л .; Грисволд, Энтони Дж .; Гилберт, Джон; Дукетис, Эфтихия; Dombroski, Beth A .; Де Йонге, Марета В .; Куккаро, Майкл; Кроуфорд, Эмили Л .; Correia, Catarina T .; и другие. (Май 2014 г.). «Конвергенция генов и клеточных путей, нарушающих регуляцию при расстройствах аутистического спектра» . Американский журнал генетики человека . 94 (5): 677–694. doi :10.1016 / j.ajhg.2014.03.018 . PMC  4067558 . PMID  24768552 .
  21. ^ Леви, Дэн; Ронемус, Майкл; Ямром, Борис; Ли, Юн-ха; Леотта, Энтони; Кендалл, Джуд; Маркс, Стивен; Лакшми, Б .; Пай, Дипа; Йе, Кенни; Буя, Андреас; Кригер, Абба; Юн, Сынтай; Троге, Дженнифер; Роджерс, Линда; Иосифов, Иван; Виглер, Майкл (июнь 2011 г.). «Редкое De Novo и изменение числа передаваемых копий при расстройствах аутистического спектра». Нейрон . 70 (5): 886–897. DOI : 10.1016 / j.neuron.2011.05.015 . PMID 21658582 . S2CID 11132936 .  
  22. ^ Сандерс, Стефан Дж .; Эрджан-Сенчичек, А. Гюльхан; Хас, Ванесса; Луо, Руи; Мурта, Майкл Т .; Морено-Де-Лука, Даниэль; Chu, Su H .; Моро, Майкл П .; Gupta, Abha R .; Thomson, Susanne A .; Мейсон, Кристофер Э .; Билгувар, Кая; Селестино-Сопер, Патриция Б.С.; Чой, Мурим; Кроуфорд, Эмили Л .; Дэвис, Ли; Дэвис Райт, Николь Р .; Dhodapkar, Rahul M .; ДиКола, Майкл; ДиЛулло, Николас М .; Фернандес, Томас V .; Филдинг-Сингх, Викрам; Фишман, Дэниел О .; Фрам, Стефани; Гарагалоян, Рубен; Гох, Джеральд С .; Каммела, Синдхуджа; Клей, Ламбертус; Лоу, Дженнифер К .; Lund, Sabata C .; МакГрю, Анна Д .; Мейер, Кайл А .; Моффат, Уильям Дж .; Мердок, Джон Д .; О'Роак, Брайан Дж .; Обер, Гордон Т .; Pottenger, Rebecca S .; Raubeson, Melanie J .; Песня, Youeun; Ван, Ци; Яспан, Брайан Л .; Ю, Тимоти В .; Юркевич, Илана Р .; Beaudet, Arthur L .; Кантор, Рита М .; Curland,Мартин; Грайс, Дороти Э .; Гюнель, Мурат; Лифтон, Ричард П .; Мане, Шрикант М .; Мартин, Донна М .; Shaw, Chad A .; Шелдон, Майкл; Tischfield, Jay A .; Уолш, Кристофер А .; Морроу, Эрик М .; Ледбеттер, Дэвид Х .; Фомбонн, Эрик; Лорд, Екатерина; Мартин, Криста Лезе; Брукс, Эндрю I .; Сатклифф, Джеймс С .; Кук, Эдвин Х .; Гешвинд, Даниэль;Рёдер, Кэтрин ; Девлин, Берни; Государство, Мэтью В. (июнь 2011 г.). «Множественные рецидивирующие CNV De Novo, включая дублирование области синдрома Вильямса 7q11.23, прочно связаны с аутизмом» . Нейрон . 70 (5): 863–885. DOI : 10.1016 / j.neuron.2011.05.002 . PMC  3939065 . PMID  21658581 .
  23. ^ Джонсон, Мэтью E .; Виджиано, Луиджи; Бейли, Джеффри А .; Абдул-Рауф, Мунах; Гудвин, Грэм; Рокки, Мариано; Эйхлер, Эван Э. (2001). «Положительный отбор семейства генов во время появления человека и африканских обезьян». Природа . 413 (6855): 514–9. Bibcode : 2001Natur.413..514J . DOI : 10.1038 / 35097067 . PMID 11586358 . S2CID 4327069 .  
  24. ^ Редон, Ричард; Исикава, Шумпей; Fitch, Karen R .; Феук, Ларс; Перри, Джордж Х .; Эндрюс, Т. Дэниэл; Fiegler, Heike; Шаперо, Майкл Х .; и другие. (2006). «Глобальные вариации числа копий в геноме человека» . Природа . 444 (7118): 444–54. Bibcode : 2006Natur.444..444R . DOI : 10,1038 / природа05329 . PMC 2669898 . PMID 17122850 .  
  25. ^ Gonzalez, E .; Kulkarni, H; Боливар, H; Mangano, A; Санчес, Р. Catano, G; Nibbs, RJ; Фридман, Б.И.; и другие. (2005). «Влияние дупликаций сегментов, содержащих ген CCL3L1, на восприимчивость к ВИЧ-1 / СПИДу». Наука . 307 (5714): 1434–40. Bibcode : 2005Sci ... 307.1434G . DOI : 10.1126 / science.1101160 . PMID 15637236 . 
  26. ^ Бабб, KL; Bovee, D; Бакли, Д; Haugen, E; Кибукава, М; Паддок, М; Palmieri, A; Субраманиан, S; и другие. (2006). «Сканирование генома человека не обнаруживает новых локусов при древнем сбалансированном отборе» . Генетика . 173 (4): 2165–77. DOI : 10.1534 / genetics.106.055715 . PMC 1569689 . PMID 16751668 .  
  27. ^ "Human hg38 chr1: 11 102 837-11 267 747 UCSC Genome Browser v374" .
  28. ^ «Обзор структурных изменений» .
  29. ^ а б Таттини, Лоренцо; Д'Аурицио, Ромина; Волхвы, Альберто (2015). «Обнаружение структурных вариантов генома из данных секвенирования следующего поколения» . Границы биоинженерии и биотехнологии . 3 (92): 92. DOI : 10.3389 / fbioe.2015.00092 . PMC 4479793 . PMID 26161383 .  
  30. ^ a b c d e Feuk, L .; Карсон, Арканзас; Шер, SW (2006). «Структурные вариации в геноме человека». Природа Обзоры Генетики . 7 (2): 85–97. DOI : 10.1038 / nrg1767 . PMID 16418744 . S2CID 17255998 .  
  31. ^ Корбел JO, городской А.Е., Affourtit ДП, Годуин В, Груберт F, Simons ДФ, Ким П.М., Palejev D, Carriero штат Нью - Джерси, Ду L, Taillon ВЕ, Чен Z, Танзер А, Сондерс переменного тока, Чи - J, Ян Р, Картер Н.П., Хёрлс М.Э., Вайсман С.М., Харкинс Т.Т., Герштейн МБ, Эгхолм М., Снайдер М. (октябрь 2007 г.). «Картирование парных концов выявляет обширные структурные вариации в геноме человека» . Наука . 318 (5849): 420–6. DOI : 10.1126 / science.1149504 . PMC 2674581 . PMID 17901297 .  
  32. ^ Алкан, может; Коу, Брэдли П.; Эйхлер, Эван Э. (2011). «Обнаружение структурных вариаций генома и генотипирование» . Природа Обзоры Генетики . 12 (5): 363–376. DOI : 10.1038 / nrg2958 . PMC 4108431 . PMID 21358748 .  
  33. ^ Кузняр, Арнольд; Маассен, Джейсон; Верховен, Стефан; Сантуари, Лука; Шнейдер, Карл; Kloosterman, Wigard P .; де Риддер, Джерун (2020). «sv-callers: портативный параллельный рабочий процесс для обнаружения структурных вариантов в данных последовательности всего генома» . PeerJ . 8 (5): 2167–8359. DOI : 10,7717 / peerj.8214 . PMC 6951283 . PMID 31934500 .  
  34. ^ Эберт Р, Audano ПА, Чж Q, Родригес-Мартин Б, Porubsky Д, Bonder МДж, Sulovari А, Ebler Дж, Чжоу Вт, Серра Мари R, Yilmaz F, Чжао Х, С Р, Ли Дж, Кумар S, Лин Дж., Рауш Т., Чен Й, Рен Дж, Сантамарина М., Хёпс В., Ашраф Х, Чуанг Н. Т., Ян Х, Мансон К. М., Льюис А. П., Фэрли С., Таллон Л. Дж., Кларк В. Е., Базиль А. О., Бирска-Бишоп М., Корвело A, Evani US, Lu TY, Chaisson MJ, Chen J, Li C, Brand H, Wenger AM, Ghareghani M, Harvey W.T., Raeder B, Hasenfeld P, Regier AA, Abel HJ, Hall IM, Flicek P, Stegle O, Gerstein MB, Tubio JM, Mu Z, Li YI, Shi X, Hastie AR, Ye K, Chong Z, Sanders AD, Zody MC, Talkowski ME, Mills RE, Devine SE, Lee C, Korbel JO, Marschall T, Eichler EE (Апрель 2021 г.). «Разнообразные человеческие геномы с разрешением гаплотипов и комплексный анализ структурных вариаций». Наука . 372(6537). DOI : 10.1126 / science.abf7117 . PMID  33632895 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Проект 1000 геномов