MDynaMix

Молекулярная динамика смесей
ДНК-моделирование на MDynaMix
Автор (ы) оригинала	Аатто Лааксонен, Александр Любарцев
Разработчики)	Стокгольмский университет , кафедра химии материалов и окружающей среды, кафедра физической химии
Первый выпуск	1993 ; 28 лет назад ( 1993 )

Стабильный выпуск	5.3.0 / 15 января 2019 г . ; 2 года назад ^[1] ( 2019-01-15 )

Написано в	Фортран 77-90
Операционная система	Unix , Unix-подобный , Linux , Windows
Платформа	x86 , x86-64 , Cray
Доступно в	английский
Тип	Молекулярная динамика
Лицензия	GPL
Веб-сайт	www .fos .su .se / ~ sasha / mdynamix

Молекулярная динамика смесей ( MDynaMix ) представляет собой компьютер программное обеспечение пакет для общего назначения молекулярной динамики для имитации смесей молекул, взаимодействующих по AMBER - и CHARMM -как силовых полей в периодических граничных условиях . ^[2]^[3] Включены алгоритмы для NVE, NVT, NPT, анизотропных ансамблей NPT и суммирования Эвальда для обработки электростатических взаимодействий. Код был написан на смеси Fortran 77 и 90 (с интерфейсом передачи сообщений (MPI) для параллельного выполнения). Пакет работает в Unix иUnix-подобные ( Linux ) рабочие станции, кластеры рабочих станций и в Windows в последовательном режиме.

MDynaMix разработан Отделением физической химии, Отделением химии материалов и окружающей среды Стокгольмского университета , Швеция. Он выпущен как программное обеспечение с открытым исходным кодом под Стандартной общественной лицензией GNU (GPL).

Программы [ править ]

md - основной блок MDynaMix
makemol - это утилита, которая помогает создавать файлы, описывающие молекулярную структуру и силовое поле.
tranal - это набор утилит для анализа траекторий
mdee - это версия программы, которая реализует метод расширенного ансамбля для вычисления свободной энергии и химического потенциала (не распараллеливается)
mge предоставляет графический пользовательский интерфейс для построения молекулярных моделей и мониторинга динамических процессов.

Область применения [ править ]

Термодинамические свойства жидкостей ^[4]
Взаимодействие нуклеиновой кислоты с ионами ^[5]
Моделирование липидных бислоев ^[6]
Полиэлектролиты ^[7]
Ионные жидкости ^[8]^[9]
Рентгеновские спектры жидкой воды ^[10]
Развитие силового поля ^[11]^[12]

См. Также [ править ]

Морское ушко (молекулярная механика)
ЯНТАРЬ
Аскалаф Дизайнер
БОСС (молекулярная механика)
ОЧАРОВАНИЕ
GROMACS
Макромодель
Редактор молекул
Молекулярное моделирование
Программное обеспечение для молекулярного дизайна
NAMD
Тинкер (программное обеспечение)
Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики

Ссылки [ править ]

^ "Домашняя страница MDynaMix" . fos.su.se . Проверено 15 апреля 2021 .
^ А.П.Любарцев, А.Лааксонен (2000). «MDynaMix - масштабируемый портативный пакет параллельного МД моделирования для произвольных молекулярных смесей». Компьютерная физика . 128 (3): 565–589. Bibcode : 2000CoPhC.128..565L . DOI : 10.1016 / S0010-4655 (99) 00529-9 .
^ А.П.Любарцев, А.Лааксонен (1998). «Параллельное молекулярно-динамическое моделирование биомолекулярных систем». Прикладные параллельные вычисления для крупных научных и промышленных задач . Конспект лекций по информатике. 1541 . Гейдельберг: Springer Berlin. С. 296–303. DOI : 10.1007 / BFb0095310 . ISBN 978-3-540-65414-8. S2CID 26892490 .
↑ Т. Кузнецова и Б. Квамме (2002). «Термодинамические свойства и межфазное натяжение модельной системы вода – углекислый газ». Phys. Chem. Chem. Phys . 4 (6): 937–941. Bibcode : 2002PCCP .... 4..937K . DOI : 10.1039 / b108726f .
^ Ю. Ченг, Н. Л. Королева & Норденшельд (2006). «Сходства и различия во взаимодействии K + и Na + с конденсированной упорядоченной ДНК. Исследование компьютерного моделирования молекулярной динамики» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (2): 686–696. DOI : 10.1093 / NAR / gkj434 . PMC 1356527 . PMID 16449204 .
^ C.-J. Хёгберг; А.М. Никитин, А.П. Любарцев (2008). «Модификация силового поля CHARMM для липидного бислоя DMPC». Журнал вычислительной химии . 29 (14): 2359–2369. DOI : 10.1002 / jcc.20974 . PMID 18512235 . S2CID 8599984 .
↑ А. Вишняков и А. В. Неймарк (2008). «Особенности сольватации сульфированных полиэлектролитов в воде, диметилметилфосфонате и их смеси: исследование на молекулярном моделировании» . J. Chem. Phys . 128 (16): 164902. Bibcode : 2008JChPh.128p4902V . DOI : 10.1063 / 1.2899327 . PMID 18447495 . S2CID 948639 .
^ Г. Раабе & J. Келер (2008). «Термодинамические и структурные свойства ионных жидкостей на основе имидазолия на основе молекулярного моделирования». J. Chem. Phys . 128 (15): 154509. Bibcode : 2008JChPh.128o4509R . DOI : 10.1063 / 1.2907332 . PMID 18433237 .
^ X. Ву; З. Лю; С. Хуанг; В. Ван (2005). «Молекулярно-динамическое моделирование ионно-жидкой смеси [bmim] [BF ₄ ] и ацетонитрила при комнатной температуре с помощью уточненного силового поля». Phys. Chem. Chem. Phys . 7 (14): 2771–2779. Bibcode : 2005PCCP .... 7.2771W . DOI : 10.1039 / b504681p . PMID 16189592 .
Перейти ↑ RLC Wang, HJ Kreuzer & M. Grunze (2006). «Теоретическое моделирование и интерпретация рентгеновских спектров поглощения жидкой воды». Phys. Chem. Chem. Phys . 8 (41): 4744–4751. Bibcode : 2006PCCP .... 8.4744W . DOI : 10.1039 / b607093k . PMID 17043717 .
↑ AM Никитин, А.П. Любарцев (2007). «Новая модель ацетонитрила с шестью сайтами для моделирования жидкого ацетонитрила и его водной смеси». J. Comput. Chem . 28 (12): 2020–2026. DOI : 10.1002 / jcc.20721 . PMID 17450554 . S2CID 5333395 .
^ ES Böesa; Э. Бернардиа; Х. Стассена; PFB Gonçalves (2008). «Сольватация одновалентных анионов в формамиде и метаноле: параметризация модели IEF-PCM». Химическая физика . 344 (1–2): 101–113. Bibcode : 2008CP .... 344..101B . DOI : 10.1016 / j.chemphys.2007.12.006 .

Внешние ссылки [ править ]

Официальный веб-сайт
Ascalaph, графическая оболочка для MDynaMix (GNU GPL)

[1] "Домашняя страница MDynaMix" . fos.su.se . Проверено 15 апреля 2021 .

[2] А.П.Любарцев, А.Лааксонен (2000). «MDynaMix - масштабируемый портативный пакет параллельного МД моделирования для произвольных молекулярных смесей». Компьютерная физика . 128 (3): 565–589. Bibcode : 2000CoPhC.128..565L . DOI : 10.1016 / S0010-4655 (99) 00529-9 .

[3] А.П.Любарцев, А.Лааксонен (1998). «Параллельное молекулярно-динамическое моделирование биомолекулярных систем». Прикладные параллельные вычисления для крупных научных и промышленных задач . Конспект лекций по информатике. 1541 . Гейдельберг: Springer Berlin. С. 296–303. DOI : 10.1007 / BFb0095310 . ISBN 978-3-540-65414-8. S2CID 26892490 .

[4] Т. Кузнецова и Б. Квамме (2002). «Термодинамические свойства и межфазное натяжение модельной системы вода – углекислый газ». Phys. Chem. Chem. Phys . 4 (6): 937–941. Bibcode : 2002PCCP .... 4..937K . DOI : 10.1039 / b108726f .

[5] Ю. Ченг, Н. Л. Королева & Норденшельд (2006). «Сходства и различия во взаимодействии K + и Na + с конденсированной упорядоченной ДНК. Исследование компьютерного моделирования молекулярной динамики» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (2): 686–696. DOI : 10.1093 / NAR / gkj434 . PMC 1356527 . PMID 16449204 .

[6] C.-J. Хёгберг; А.М. Никитин, А.П. Любарцев (2008). «Модификация силового поля CHARMM для липидного бислоя DMPC». Журнал вычислительной химии . 29 (14): 2359–2369. DOI : 10.1002 / jcc.20974 . PMID 18512235 . S2CID 8599984 .

[7] А. Вишняков и А. В. Неймарк (2008). «Особенности сольватации сульфированных полиэлектролитов в воде, диметилметилфосфонате и их смеси: исследование на молекулярном моделировании» . J. Chem. Phys . 128 (16): 164902. Bibcode : 2008JChPh.128p4902V . DOI : 10.1063 / 1.2899327 . PMID 18447495 . S2CID 948639 .

[8] Г. Раабе & J. Келер (2008). «Термодинамические и структурные свойства ионных жидкостей на основе имидазолия на основе молекулярного моделирования». J. Chem. Phys . 128 (15): 154509. Bibcode : 2008JChPh.128o4509R . DOI : 10.1063 / 1.2907332 . PMID 18433237 .

[9] X. Ву; З. Лю; С. Хуанг; В. Ван (2005). «Молекулярно-динамическое моделирование ионно-жидкой смеси [bmim] [BF ₄ ] и ацетонитрила при комнатной температуре с помощью уточненного силового поля». Phys. Chem. Chem. Phys . 7 (14): 2771–2779. Bibcode : 2005PCCP .... 7.2771W . DOI : 10.1039 / b504681p . PMID 16189592 .

[10] Перейти ↑ RLC Wang, HJ Kreuzer & M. Grunze (2006). «Теоретическое моделирование и интерпретация рентгеновских спектров поглощения жидкой воды». Phys. Chem. Chem. Phys . 8 (41): 4744–4751. Bibcode : 2006PCCP .... 8.4744W . DOI : 10.1039 / b607093k . PMID 17043717 .

[11] AM Никитин, А.П. Любарцев (2007). «Новая модель ацетонитрила с шестью сайтами для моделирования жидкого ацетонитрила и его водной смеси». J. Comput. Chem . 28 (12): 2020–2026. DOI : 10.1002 / jcc.20721 . PMID 17450554 . S2CID 5333395 .

[12] ES Böesa; Э. Бернардиа; Х. Стассена; PFB Gonçalves (2008). «Сольватация одновалентных анионов в формамиде и метаноле: параметризация модели IEF-PCM». Химическая физика . 344 (1–2): 101–113. Bibcode : 2008CP .... 344..101B . DOI : 10.1016 / j.chemphys.2007.12.006 .

[1]