Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Молекулярная динамика смесей ( MDynaMix ) представляет собой компьютер программное обеспечение пакет для общего назначения молекулярной динамики для имитации смесей молекул, взаимодействующих по AMBER - и CHARMM -как силовых полей в периодических граничных условиях . [2] [3] Включены алгоритмы для NVE, NVT, NPT, анизотропных ансамблей NPT и суммирования Эвальда для обработки электростатических взаимодействий. Код был написан на смеси Fortran 77 и 90 (с интерфейсом передачи сообщений (MPI) для параллельного выполнения). Пакет работает в Unix иUnix-подобные ( Linux ) рабочие станции, кластеры рабочих станций и в Windows в последовательном режиме.

MDynaMix разработан Отделением физической химии, Отделением химии материалов и окружающей среды Стокгольмского университета , Швеция. Он выпущен как программное обеспечение с открытым исходным кодом под Стандартной общественной лицензией GNU (GPL).

Программы [ править ]

Область применения [ править ]

  • Термодинамические свойства жидкостей [4]
  • Взаимодействие нуклеиновой кислоты с ионами [5]
  • Моделирование липидных бислоев [6]
  • Полиэлектролиты [7]
  • Ионные жидкости [8] [9]
  • Рентгеновские спектры жидкой воды [10]
  • Развитие силового поля [11] [12]

См. Также [ править ]

  • Морское ушко (молекулярная механика)
  • ЯНТАРЬ
  • Аскалаф Дизайнер
  • БОСС (молекулярная механика)
  • ОЧАРОВАНИЕ
  • GROMACS
  • Макромодель
  • Редактор молекул
  • Молекулярное моделирование
  • Программное обеспечение для молекулярного дизайна
  • NAMD
  • Тинкер (программное обеспечение)
  • Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики

Ссылки [ править ]

  1. ^ "Домашняя страница MDynaMix" . fos.su.se . Проверено 15 апреля 2021 .
  2. ^ А.П.Любарцев, А.Лааксонен (2000). «MDynaMix - масштабируемый портативный пакет параллельного МД моделирования для произвольных молекулярных смесей». Компьютерная физика . 128 (3): 565–589. Bibcode : 2000CoPhC.128..565L . DOI : 10.1016 / S0010-4655 (99) 00529-9 .
  3. ^ А.П.Любарцев, А.Лааксонен (1998). «Параллельное молекулярно-динамическое моделирование биомолекулярных систем». Прикладные параллельные вычисления для крупных научных и промышленных задач . Конспект лекций по информатике. 1541 . Гейдельберг: Springer Berlin. С. 296–303. DOI : 10.1007 / BFb0095310 . ISBN 978-3-540-65414-8. S2CID  26892490 .
  4. Т. Кузнецова и Б. Квамме (2002). «Термодинамические свойства и межфазное натяжение модельной системы вода – углекислый газ». Phys. Chem. Chem. Phys . 4 (6): 937–941. Bibcode : 2002PCCP .... 4..937K . DOI : 10.1039 / b108726f .
  5. ^ Ю. Ченг, Н. Л. Королева & Норденшельд (2006). «Сходства и различия во взаимодействии K + и Na + с конденсированной упорядоченной ДНК. Исследование компьютерного моделирования молекулярной динамики» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (2): 686–696. DOI : 10.1093 / NAR / gkj434 . PMC 1356527 . PMID 16449204 .  
  6. ^ C.-J. Хёгберг; А.М. Никитин, А.П. Любарцев (2008). «Модификация силового поля CHARMM для липидного бислоя DMPC». Журнал вычислительной химии . 29 (14): 2359–2369. DOI : 10.1002 / jcc.20974 . PMID 18512235 . S2CID 8599984 .  
  7. А. Вишняков и А. В. Неймарк (2008). «Особенности сольватации сульфированных полиэлектролитов в воде, диметилметилфосфонате и их смеси: исследование на молекулярном моделировании» . J. Chem. Phys . 128 (16): 164902. Bibcode : 2008JChPh.128p4902V . DOI : 10.1063 / 1.2899327 . PMID 18447495 . S2CID 948639 .  
  8. ^ Г. Раабе & J. Келер (2008). «Термодинамические и структурные свойства ионных жидкостей на основе имидазолия на основе молекулярного моделирования». J. Chem. Phys . 128 (15): 154509. Bibcode : 2008JChPh.128o4509R . DOI : 10.1063 / 1.2907332 . PMID 18433237 . 
  9. ^ X. Ву; З. Лю; С. Хуанг; В. Ван (2005). «Молекулярно-динамическое моделирование ионно-жидкой смеси [bmim] [BF 4 ] и ацетонитрила при комнатной температуре с помощью уточненного силового поля». Phys. Chem. Chem. Phys . 7 (14): 2771–2779. Bibcode : 2005PCCP .... 7.2771W . DOI : 10.1039 / b504681p . PMID 16189592 . 
  10. Перейти ↑ RLC Wang, HJ Kreuzer & M. Grunze (2006). «Теоретическое моделирование и интерпретация рентгеновских спектров поглощения жидкой воды». Phys. Chem. Chem. Phys . 8 (41): 4744–4751. Bibcode : 2006PCCP .... 8.4744W . DOI : 10.1039 / b607093k . PMID 17043717 . 
  11. AM Никитин, А.П. Любарцев (2007). «Новая модель ацетонитрила с шестью сайтами для моделирования жидкого ацетонитрила и его водной смеси». J. Comput. Chem . 28 (12): 2020–2026. DOI : 10.1002 / jcc.20721 . PMID 17450554 . S2CID 5333395 .  
  12. ^ ES Böesa; Э. Бернардиа; Х. Стассена; PFB Gonçalves (2008). «Сольватация одновалентных анионов в формамиде и метаноле: параметризация модели IEF-PCM». Химическая физика . 344 (1–2): 101–113. Bibcode : 2008CP .... 344..101B . DOI : 10.1016 / j.chemphys.2007.12.006 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный веб-сайт
  • Ascalaph, графическая оболочка для MDynaMix (GNU GPL)