Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Чтобы узнать о других значениях, см. Силовое поле .
Силовое поле используется для минимизации энергии растяжения связи этой молекулы этана.

В контексте химии и молекулярного моделирования , А силовое поле является вычислительный метод , который используется для оценки силы между атомами внутри молекул , а также между молекулами. Точнее, силовое поле относится к функциональной форме и наборам параметров, используемым для расчета потенциальной энергии системы атомов или крупнозернистых частиц в молекулярной механике , молекулярной динамике или моделировании Монте-Карло . Параметры для выбранной энергетической функции могут быть получены из экспериментов по физике и химии., вычисления в квантовой механике или и то, и другое. Силовые поля представляют собой межатомные потенциалы и используют ту же концепцию, что и силовые поля в классической физике , с той разницей, что параметры силового поля в химии описывают энергетический ландшафт, из которого действующие силы на каждую частицу выводятся как градиент потенциальной энергии с относительно координат частицы. [1]

Полностью атомные силовые поля обеспечивают параметры для каждого типа атома в системе, включая водород , в то время как межатомные потенциалы объединенного атома рассматривают атомы водорода и углерода в метильных группах и метиленовых мостиках как один центр взаимодействия. [2] Крупнозернистые потенциалы, которые часто используются при длительном моделировании макромолекул, таких как белки , нуклеиновые кислоты и многокомпонентные комплексы, жертвуют химическими деталями ради более высокой эффективности вычислений. [3]

Функциональная форма [ править ]

Функция потенциальной энергии молекулярной механики с непрерывным растворителем.

Базовая функциональная форма потенциальной энергии в молекулярной механике включает в себя связаны условиях для взаимодействия атомов, которые связаны ковалентными связями , и несвязанными (также называемых нековалентным ) терминами , которые описывают дальнодействующий электростатические и ван - дер - ваальсовые сил . Конкретное разложение членов зависит от силового поля, но общий вид полной энергии в аддитивном силовом поле может быть записан как

где компоненты ковалентного и нековалентного вкладов даются следующими суммированиями:

Члены связи и угла обычно моделируются квадратичными функциями энергии, которые не допускают разрыва связи. Более реалистичное описание ковалентной связи при более высоком растяжении дает более дорогой потенциал Морзе . Функциональная форма двугранной энергии меняется от одного силового поля к другому. Могут быть добавлены дополнительные, «неправильные торсионные» термины, чтобы усилить планарность ароматических колец и других сопряженных систем , и «перекрестные термины», которые описывают связывание различных внутренних переменных, таких как углы и длины связей. Некоторые силовые поля также включают явные термины для водородных связей .

Несвязанные термины являются наиболее трудоемкими в вычислительном отношении. Популярный выбор - ограничить взаимодействия парными энергиями. Член Ван-дер-Ваальса обычно вычисляется с помощью потенциала Леннарда-Джонса, а электростатический член - с помощью закона Кулона , хотя оба могут быть буферизированы или масштабированы с помощью постоянного коэффициента для учета электронной поляризуемости . Исследования с этим выражением энергии были сосредоточены на биомолекулах с 1970-х годов и были обобщены на соединения периодической таблицы в начале 2000-х годов, включая металлы, керамику, минералы и органические соединения. [4]

Растяжение связи [ править ]

Поскольку облигации редко значительно отклоняются от своих эталонных значений, в наиболее упрощенных подходах используется формула закона Гука :

Где - силовая постоянная, - это длина связи и это значение длины связи между атомами, и когда все остальные члены в силовом поле установлены на 0. Этот термин часто называют длиной равновесной связи, что может вызвать путаницу. . Равновесная длина связи - это значение, принятое в равновесии при 298 К с учетом всех других членов силового поля и кинетической энергии. Следовательно, часто на несколько процентов отличается от реальной длины связи в экспериментах при 298 К. [4]

Константу растяжения связи можно определить из экспериментального инфракрасного спектра, рамановского спектра или высокоуровневых квантово-механических расчетов. Константа определяет частоты колебаний при моделировании молекулярной динамики . Чем прочнее связь между атомами, тем выше значение силовой постоянной и тем выше волновое число (энергия) в ИК / рамановском спектре. Спектр колебаний в соответствии с заданной силовой постоянной может быть вычислен из коротких траекторий MD (5 пс) с временными шагами ~ 1 фс, вычисления автокорреляционной функции скорости и ее преобразования Фурье. [5]

Хотя формула закона Гука обеспечивает разумный уровень точности при длинах связей, близких к равновесному расстоянию, она становится менее точной по мере удаления. Чтобы лучше смоделировать кривую Морзе, можно использовать кубические и более высокие степени. [2] [6] Однако для большинства практических приложений этими различиями можно пренебречь, а неточности в предсказаниях длин связей составляют порядка одной тысячной ангстрема, что также является пределом надежности для обычных силовых полей. Потенциал Морзе может быть использован вместо того, чтобы позволить разрыв связи и более высокую точность, даже если он является менее эффективным для вычисления.

Электростатические взаимодействия [ править ]

Электростатические взаимодействия представлены кулоновской энергией, которая использует атомные заряды для представления химической связи в диапазоне от ковалентной до полярной, ковалентной и ионной связи . Типичная формула - закон Кулона :

Где расстояние между двумя атомами и . Полная кулоновская энергия является суммой по всем попарным комбинациям атомов и обычно не включает 1, 2 связанных атома, 1, 3 связанных атома, а также 1, 4 связанных атома. [7] [8] [9]

Атомные заряды могут вносить доминирующий вклад в потенциальную энергию, особенно для полярных молекул и ионных соединений, и имеют решающее значение для моделирования геометрии, энергии взаимодействия, а также реакционной способности. Назначение атомных зарядов часто по-прежнему следует эмпирическим и ненадежным квантово-механическим протоколам, что часто приводит к нескольким 100% неопределенности относительно физически обоснованных значений в соответствии с экспериментальными дипольными моментами и теорией. [10] [11] [12] Были разработаны воспроизводимые атомные заряды для силовых полей на основе экспериментальных данных для плотности деформации электронов, внутренних дипольных моментов и расширенной модели Борна. [12] [4] Погрешности <10%, или ± 0,1e, обеспечивают согласованное представление химической связи и до 100 раз более высокую точность вычисленных структур и энергий наряду с физической интерпретацией других параметров в силовом поле.

Параметризация [ править ]

В дополнение к функциональной форме потенциалов силовые поля определяют набор параметров для различных типов атомов, химических связей, двугранных углов, внеплоскостных взаимодействий, не связанных взаимодействий и возможных других терминов. [4] Многие наборы параметров являются эмпирическими, а в некоторых силовых полях используются обширные подгоночные термины, которые трудно дать физической интерпретации. [13] Типы атомов определены для разных элементов, а также для одних и тех же элементов в достаточно разных химических средах. Например, атомы кислорода в воде и атомы кислорода в карбонильной функциональной группе классифицируются как разные типы силового поля. [14]Типичные наборы параметров силового поля включают значения для атомной массы , атомного заряда , параметров Леннарда-Джонса для каждого типа атома, а также равновесные значения длин связей , валентных углов и двугранных углов . [15] Связанные термины относятся к парам, тройкам и четверкам связанных атомов и включают значения эффективной жесткости пружины для каждого потенциала. Большинство параметров текущего силового поля используют модель фиксированного заряда, согласно которой каждому атому присваивается одно значение для атомного заряда, на который не влияет локальная электростатическая среда.[12] [16]

Параметризация силового поля для моделирования с максимальной точностью и переносимостью, например, IFF, соответствует четко определенному протоколу. [4] Рабочий процесс может включать (1) получение рентгеновской кристаллической структуры или химической формулы, (2) определение типов атомов, (3) получение атомных зарядов, (4) присвоение начальных параметров Леннарда-Джонса и связанных параметров, (5) вычислительные испытания плотности и геометрии относительно экспериментальных справочных данных, (6) вычислительные испытания энергетических свойств ( поверхностная энергия , [17] энергия гидратации [18] ) относительно экспериментальных справочных данных, (7) вторичная проверка и уточнение (термическое, механическое , и диффузионные свойства). [19]Основные итерационные циклы происходят между шагами (5) и (4), а также между (6) и (4) / (3). Химическая интерпретация параметров и надежные экспериментальные справочные данные играют решающую роль.

Параметры для молекулярного моделирования биологических макромолекул, таких как белки , ДНК и РНК, часто были получены из наблюдений за небольшими органическими молекулами., которые более доступны для экспериментальных исследований и квантовых расчетов. Таким образом, возникает множество проблем, таких как (1) ненадежные атомные заряды из квантовых расчетов могут повлиять на все вычисленные свойства и внутреннюю согласованность, (2) данные, полученные из квантовой механики для молекул в газовой фазе, могут быть неприменимы для моделирования в конденсированной фазе. фаза, (3) использование данных для малых молекул и применение к более крупным полимерным структурам связано с неопределенностью, (4) несходные экспериментальные данные с вариациями точности и эталонных состояний (например, температуры) могут вызывать отклонения. В результате были получены данные о расходящихся параметрах силового поля для биологических молекул. Экспериментальные справочные данные включены, например, энтальпия из парообразования (OPLS ), энтальпия из сублимации , дипольных моментов , а также различных спектроскопических параметров. [20] [6] [14] Несоответствия можно преодолеть путем интерпретации всех параметров силового поля и выбора согласованного эталонного состояния, например, комнатной температуры и атмосферного давления. [4]

Некоторые силовые поля также включают отсутствие четкого химического обоснования, протокола параметризации, неполной проверки ключевых свойств (структур и энергий), отсутствия интерпретации параметров и обсуждения неопределенностей. [21] В этих случаях сообщалось о больших случайных отклонениях вычисленных свойств.

Методы [ править ]

Некоторые силовые поля включают явные модели поляризуемости , где на эффективный заряд частицы могут влиять электростатические взаимодействия с ее соседями. Распространены модели ядро-оболочка, которые состоят из положительно заряженной ядерной частицы, представляющей поляризуемый атом, и отрицательно заряженной частицы, присоединенной к сердцевинному атому через пружинный потенциал гармонического осциллятора . [22] [23] [24] Недавние примеры включают поляризуемые модели с виртуальными электронами, которые воспроизводят заряды изображения в металлах [25] и поляризуемые биомолекулярные силовые поля. [26]При добавлении таких степеней свободы для поляризуемости интерпретация параметров становится более сложной и увеличивает риск по отношению к произвольным параметрам соответствия и снижению совместимости. Вычислительные затраты возрастают из-за необходимости многократно вычислять локальное электростатическое поле.

Поляризуемые модели работают хорошо, когда они фиксируют основные химические свойства, а суммарный атомный заряд является относительно точным (в пределах ± 10%). [4] [27] В последнее время такие модели ошибочно называют «потенциалами осциллятора Друде». [28] Подходящим термином для этих моделей является «модели осциллятора Лоренца», поскольку Лоренц [29], а не Друде [30] предложил некоторую форму присоединения электронов к ядрам. [25] Модели Друде предполагают неограниченное движение электронов, например, свободный электронный газ в металлах. [30]

Параметризация [ править ]

Исторически использовалось много подходов к параметризации силового поля. Многочисленные классические силовые поля основывались на относительно непрозрачных протоколах параметризации, например, с использованием приближенных квантово-механических расчетов, часто в газовой фазе, с ожиданием некоторой корреляции со свойствами конденсированной фазы и эмпирических модификаций потенциалов для соответствия экспериментальным наблюдаемым. [31] [32] [33] Протоколы могут не воспроизводиться, и полуавтоматизация часто играет роль для генерации параметров, оптимизации для быстрой генерации параметров и широкого охвата, а не для химической согласованности, интерпретируемости, надежности и устойчивости.

Аналогичные, даже более автоматизированные инструменты стали доступны недавно для параметризации новых силовых полей и помощи пользователям в разработке собственных наборов параметров для химикатов, которые до сих пор не параметризованы. [34] [35] Попытки предоставить открытые исходные коды и методы включают openMM и openMD . Использование полуавтоматики или полной автоматизации без участия химических знаний, вероятно, приведет к увеличению несогласованности на уровне атомных зарядов при назначении оставшихся параметров и, вероятно, снизит интерпретируемость и эффективность параметров.

Силовое поле Interface (IFF) принимает одно одно выражение энергии для всех соединений через периодические (с 9-6 и 12-6 опции LJ) и использует строгую проверку с стандартизованных протоколов моделирования , которые позволяют полностью интерпретируемости и совместимость параметров, а также как высокая точность и доступ к неограниченным комбинациям соединений. [4]

Возможность передачи [ править ]

Функциональные формы и наборы параметров были определены разработчиками межатомных потенциалов и имеют переменную степень самосогласованности и переносимости. Когда функциональные формы потенциальных членов изменяются, параметры одной межатомной потенциальной функции обычно не могут использоваться вместе с другой межатомной потенциальной функцией. [19] В некоторых случаях модификации могут быть сделаны с небольшими усилиями, например, между 9-6 потенциалами Леннарда-Джонса и 12-6 потенциалами Леннарда-Джонса. [9] Переход от потенциалов Букингема к гармоническим потенциалам или от встроенных моделей атомов к гармоническим потенциалам, напротив, потребовал бы многих дополнительных предположений и может оказаться невозможным.

Ограничения [ править ]

Все межатомные потенциалы основаны на приближении и экспериментальных данных, поэтому их часто называют эмпирическими . Производительность варьируется от более высокой точности, чем расчеты теории функционала плотности , с доступом к системам и временным масштабам в миллион раз больше, до случайных предположений в зависимости от силового поля. [36] Использование точных представлений о химической связи в сочетании с воспроизводимыми экспериментальными данными и подтверждением может привести к устойчивым межатомным потенциалам высокого качества с гораздо меньшим количеством параметров и допущений по сравнению с квантовыми методами уровня DFT. [37] [38]

Возможные ограничения включают атомные заряды, также называемые точечными зарядами. Большинство силовых полей полагаются на точечные заряды для воспроизведения электростатического потенциала вокруг молекул, который хуже работает для анизотропных распределений заряда. [39] Средство состоит в том, что точечные заряды имеют четкую интерпретацию [12], а виртуальные электроны могут быть добавлены для захвата основных характеристик электронной структуры, таких как дополнительная поляризуемость в металлических системах для описания потенциала изображения, внутренние мультипольные моменты в π- сопряженные системы и неподеленные пары в воде. [40] [41] [42] Электронная поляризация окружающей среды может быть лучше учтена с помощью поляризуемых силовых полей [43] [44]или используя макроскопическую диэлектрическую проницаемость . Однако применение одного значения диэлектрической проницаемости является грубым приближением в сильно неоднородных средах белков, биологических мембран, минералов или электролитов. [45]

Все типы сил Ван-дер-Ваальса также сильно зависят от окружающей среды, потому что эти силы возникают в результате взаимодействия индуцированных и «мгновенных» диполей (см. Межмолекулярные силы ). Первоначальная теория этих сил Фрица Лондона применима только в вакууме. Более общая теория сил Ван-дер-Ваальса в конденсированных средах была разработана А.Д. Маклахланом в 1963 году и включает оригинальный подход Лондона как частный случай. [46] Теория Маклахлана предсказывает, что притяжения Ван-дер-Ваальса в среде слабее, чем в вакууме, и следуют тому же правилу растворяется, как правило, что означает, что разные типы атомов взаимодействуют слабее, чем атомы идентичных типов. [47]Это контрастирует с комбинаторными правилами или уравнением Слейтера-Кирквуда, применяемыми для развития классических силовых полей. В комбинаторных правилах утверждают , что энергия взаимодействия двух разнородных атомов (например, С ... N) представляет собой среднее значение энергий взаимодействия соответствующего идентичные пары атомов (т.е. C ... C и N ... N). Согласно теории McLachlan, взаимодействие частиц в средах , даже может быть полностью отталкивающим, как это наблюдалось для жидкого гелия , [46] Однако, отсутствие испарения и наличие морозильного точки противоречит теории чисто отталкивающих взаимодействий. Измерения сил притяжения между различными материалами ( постоянная Гамакера ) объясняются следующим образом:Яков Исраэлашвили . [46] Например, « взаимодействие углеводородов через воду составляет около 10% от взаимодействия через вакуум ». [46] Такие эффекты представлены в молекулярной динамике через парные взаимодействия, которые пространственно более плотны в конденсированной фазе по сравнению с газовой фазой и воспроизводятся после проверки параметров для всех фаз для воспроизведения химической связи, плотности и когезионной / поверхностной энергии.

Ощущались ограничения в уточнении структуры белка. Основной основной проблемой является огромное пространство конформации полимерных молекул, которое превышает текущие вычислительные возможности при содержании более ~ 20 мономеров. [48] Участники критической оценки предсказания структуры белка ( CASP ) не пытались усовершенствовать свои модели, чтобы избежать « главного затруднения молекулярной механики, а именно того, что минимизация энергии или молекулярная динамика обычно приводит к модели, которая меньше похожа на экспериментальную структуру. ". [49] Силовые поля успешно применялись для уточнения структуры белков в различной рентгеновской кристаллографии иПриложения для спектроскопии ЯМР , особенно с использованием программы XPLOR. [50] Однако уточнение обусловлено в основном набором экспериментальных ограничений, а межатомные потенциалы служат в основном для устранения межатомных препятствий. Результаты расчетов практически совпадают с потенциалами жестких сфер, реализованными в программе DYANA [51] (расчеты по данным ЯМР), или с программами кристаллографического уточнения, которые вообще не используют энергетические функции. Эти недостатки связаны с межатомными потенциалами и неспособностью эффективно исследовать конформационное пространство больших молекул. [52] Таким образом, разработка параметров для решения таких крупномасштабных проблем требует новых подходов. Конкретная проблемная областьмоделирование гомологии белков. [53] Между тем, альтернативные эмпирические оценочные функции были разработаны для стыковки лигандов , [54] сворачивания белка , [55] [56] [57] уточнения модели гомологии, [58] вычислительного дизайна белка , [59] [60] [61 ] ] и моделирование белков в мембранах. [62]

Также утверждалось, что некоторые силовые поля белка действуют с энергиями, не имеющими отношения к укладке белка или связыванию лиганда. [43] Параметры белков силовых полей воспроизводят энтальпию от сублимации , то есть, энергию испарения молекулярных кристаллов. Однако сворачивание белка и связывание лиганда термодинамически ближе к кристаллизации или переходам жидкость-твердое тело, поскольку эти процессы представляют собой замораживание мобильных молекул в конденсированных средах. [63] [64] [65] Таким образом, ожидается, что изменения свободной энергии во время сворачивания белка или связывания лиганда представляют собой комбинацию энергии, аналогичнойтеплота плавления (энергия, поглощенная при плавлении молекулярных кристаллов), вклад конформационной энтропии и свободная энергия сольватации . Теплота плавления значительно меньше , чем энтальпии сублимации. [46] Следовательно, потенциалы, описывающие сворачивание белка или связывание лиганда, требуют более согласованных протоколов параметризации, например, как описано для IFF. Действительно, энергии водородных связей в белках составляют ~ -1,5 ккал / моль при оценке из белковой инженерии или данных перехода от альфа-спирали к катушке [66] [67], но те же энергии оцениваются по сублимации энтальпия молекулярных кристаллов составляла от -4 до -6 ккал / моль [68], что связано с реформированием существующих водородных связей и отказом от образования водородных связей с нуля. Глубина модифицированных потенциалов Леннарда-Джонса, полученных на основе данных белковой инженерии, также была меньше, чем в типичных потенциальных параметрах, и следовала такому правилу растворяется подобно правилу, как предсказывается теорией Маклахлана. [43]

Широко используемые силовые поля [ править ]

Дополнительная информация: Сравнение реализаций силового поля , программное обеспечение молекулярного дизайна и сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики.

Разные силовые поля предназначены для разных целей. Все они реализованы в различных компьютерных программах .

MM2 был разработан Норманом Аллингером в основном для конформационного анализа углеводородов и других небольших органических молекул. Он предназначен для максимально точного воспроизведения равновесной ковалентной геометрии молекул. Он реализует большой набор параметров, которые постоянно уточняются и обновляются для многих различных классов органических соединений (MM3 и MM4). [69] [70] [71] [72] [73]

CFF был разработан Arieh Warshel , Lifson и соавторами как общий метод для объединения исследований энергий, структур и колебаний общих молекул и молекулярных кристаллов. Программа CFF, разработанная Левиттом и Варшелом, основана на декартовом представлении всех атомов и послужила основой для многих последующих программ моделирования.

ECEPP был разработан специально для моделирования пептидов и белков. Он использует фиксированные геометрические формы аминокислотных остатков, чтобы упростить поверхность потенциальной энергии. Таким образом, минимизация энергии проводится в пространстве торсионных углов белка. И MM2, и ECEPP включают потенциалы для водородных связей и потенциалы кручения для описания поворотов вокруг одинарных связей. ECEPP / 3 был реализован (с некоторыми изменениями) во внутренней механике координат и FANTOM. [74]

AMBER , CHARMM и GROMOS были разработаны в основном для молекулярной динамики макромолекул, хотя они также обычно используются для минимизации энергии. Таким образом, координаты всех атомов рассматриваются как свободные переменные.

Интерфейсное силовое поле (IFF) [75] было разработано как первое согласованное силовое поле для соединений в периодической таблице. Он преодолевает известные ограничения назначения последовательных зарядов, использует стандартные условия в качестве эталонного состояния, воспроизводит структуры, энергии и производные энергии и количественно определяет ограничения для всех включенных соединений. [4] [76] Он совместим с несколькими силовыми полями для моделирования гибридных материалов (CHARMM, AMBER, OPLS-AA, CFF, CVFF, GROMOS).

Классический [ править ]

  • AMBER (Assisted Model Building and Energy Refinement) - широко используется для белков и ДНК.
  • CFF (Consistent Force Field) - семейство силовых полей, адаптированных к широкому спектру органических соединений, включая силовые поля для полимеров, металлов и т. Д.
  • CHARMM (химия в HARvard Molecular Mechanics) - первоначально разработанный в Гарварде, широко используемый как для малых молекул, так и для макромолекул.
  • COSMOS-NMR - гибридное силовое поле QM / MM, адаптированное к множеству неорганических соединений, органических соединений и биологических макромолекул, включая полуэмпирический расчет атомных зарядов и свойств ЯМР. COSMOS-ЯМР оптимизирован для выяснения структуры на основе ЯМР и реализован в пакете молекулярного моделирования COSMOS. [77]
  • CVFF - также широко используется для небольших молекул и макромолекул. [14]
  • ECEPP [78] - первое силовое поле для полипептидных молекул - разработано Ф.А. Момани, Х.А. Шерага и его коллегами. [79] [80]
  • GROMOS (GROningen MOlecular Simulation) - силовое поле, которое входит в состав программного обеспечения GROMOS, универсального пакета компьютерного моделирования молекулярной динамики для исследования биомолекулярных систем. [81] Силовое поле GROMOS A-версия была разработана для применения к водным или аполярным растворам белков, нуклеотидов и сахаров. Также доступна версия B для моделирования изолированных молекул в газовой фазе.
  • IFF (интерфейсное силовое поле) - первое силовое поле для покрытия металлов, минералов, 2D-материалов и полимеров на одной платформе с высочайшей точностью и совместимостью со многими другими силовыми полями (CHARMM, AMBER, OPLS-AA, CFF, CVFF, GROMOS) , включает 12-6 вариантов LJ и 9-6 LJ [4] [75]
  • MMFF ( Merck Molecular Force Field ) - разработан в Merck для широкого круга молекул.
  • OPLS (Оптимизированный потенциал для моделирования жидкостей) (варианты включают OPLS-AA, OPLS-UA, OPLS-2001, OPLS-2005) - разработан Уильямом Л. Йоргенсеном на химическом факультете Йельского университета.
  • QCFF / PI - общие силовые поля для сопряженных молекул. [82] [83]
  • UFF ( универсальное силовое поле) - общее силовое поле с параметрами для полной таблицы Менделеева, включая актиноиды, разработанное в Университете штата Колорадо. [21] Известно, что надежность низкая из-за отсутствия проверки и интерпретации параметров почти всех заявленных соединений, особенно металлов и неорганических соединений. [5] [76]

Поляризуемый [ править ]

  • ЯНТАРЬ - поляризуемое силовое поле, разработанное Джимом Колдуэллом и сотрудниками. [84]
  • AMOEBA (Atomic Multipole Optimized Energy for Biomolecular Applications) - силовое поле, разработанное Pengyu Ren (Техасский университет в Остине) и Jay W. Ponder (Вашингтонский университет). [85] Силовое поле AMOEBA постепенно переходит на AMOEBA + с более богатой физикой. [86] [87]
  • CHARMM - поляризуемое силовое поле, разработанное С. Пателем (Университет штата Делавэр) и К.Л. Бруксом III (Университет штата Мичиган). [26] [88] На основе классического осциллятора Друде, разработанного А. МакКереллом (Университет штата Мэриленд, Балтимор) и Б. Ру (Университет Чикаго). [89] [90]
  • CFF / ind и ENZYMIX - первое поляризуемое силовое поле [91], которое впоследствии использовалось во многих приложениях к биологическим системам. [44]
  • COSMOS-ЯМР (компьютерное моделирование молекулярной структуры) - разработан Ульрихом Штернбергом и соавторами. Гибридное силовое поле QM / MM дает возможность явного квантово-механического расчета электростатических свойств с использованием локализованных орбиталей связи с помощью быстрого формализма BPT. [92] Флуктуация атомного заряда возможна на каждом этапе молекулярной динамики.
  • DRF90 разработан P. Th. ван Дуйнен и его коллеги. [93]
  • IFF (Interface Force Field) - включает поляризуемость для металлов (Au, W) и pi-сопряженных молекул [25] [42] [41]
  • NEMO (неэмпирическая молекулярная орбиталь) - процедура, разработанная Гуннаром Карлстремом и сотрудниками из Лундского университета (Швеция) [94]
  • PIPF - поляризуемый межмолекулярный потенциал для жидкостей - это индуцированное точечное дипольное силовое поле для органических жидкостей и биополимеров. Молекулярная поляризация основана на модели взаимодействующего диполя (TID) Тоула и была разработана исследовательской группой Jiali Gao Gao | в Университете Миннесоты. [95] [96]
  • Поляризуемое силовое поле (PFF) - разработано Ричардом А. Фриснером и его сотрудниками. [97]
  • Уравнивание химического потенциала (CPE) на основе SP - подход, разработанный Р. Челли и П. Прокаччи. [98]
  • PHAST - поляризуемый потенциал, разработанный Крисом Чиоче и соавторами. [99]
  • ORIENT - процедура, разработанная Энтони Дж. Стоуном (Кембриджский университет) и соавторами. [100]
  • Гауссовская электростатическая модель (GEM) - поляризуемое силовое поле, основанное на подгонке плотности, разработанное Томасом А. Дарденом и Дж. Андресом Сиснеросом из NIEHS; и Жан-Филип Пикемаль из Университета Париж VI. [101] [102] [103]
  • Атомистический поляризуемый потенциал для жидкостей, электролитов и полимеров (APPLE & P), разработанный Олегом Борогиным, Дмитрием Бедровым и сотрудниками, который распространяется Wasatch Molecular Incorporated. [104]
  • Поляризуемая процедура, основанная на подходе Ким-Гордона, разработанном Юргом Хаттером и соавторами (Цюрихский университет) [ необходима ссылка ]
  • GFN-FF (Geometry, Frequency, and Noncovalent Interaction Force-Field) - полностью автоматизированное частично поляризуемое общее силовое поле для точного описания структур и динамики больших молекул в периодической таблице, разработанное Стефаном Гримме и Себастьяном Спичером из Университета. Бонна. [105]

Реактивный [ править ]

  • EVB ( эмпирическая валентная связь ) - это реактивное силовое поле, введенное Варшелом и его коллегами, вероятно, является наиболее надежным и физически последовательным способом использования силовых полей при моделировании химических реакций в различных средах. [ согласно кому? ] EVB позволяет рассчитывать свободную энергию активации в конденсированных фазах и ферментах.
  • ReaxFF - реактивное силовое поле (межатомный потенциал), разработанное Адри ван Дуином, Уильямом Годдардом и соавторами. Он медленнее, чем классический MD (50x), требует наборов параметров с конкретной валидацией и не имеет валидации для поверхностной и межфазной энергии. Параметры не интерпретируемы. Это может быть использовано для динамического моделирования химических реакций в атомистическом масштабе. [13] Parallelized ReaxFF позволяет моделировать реактивное моделирование >> 1 000 000 атомов на больших суперкомпьютерах.

Крупнозернистый [ править ]

  • DPD ( динамика диссипативных частиц ) - это метод, обычно применяемый в химической инженерии. Он обычно используется для изучения гидродинамики различных простых и сложных жидкостей, которые требуют рассмотрения масштабов времени и длины, больших, чем те, которые доступны классической молекулярной динамике . Потенциал был первоначально предложен Хугербрюгге и Келманом [106] [107] с более поздними модификациями Эспаньола и Уоррена [108] . Текущее состояние техники было хорошо задокументировано на семинаре CECAM в 2008 году. [109]Недавно была проведена работа по улавливанию некоторых химических субтитров, относящихся к растворам. Это привело к работе, в которой рассматривается автоматическая параметризация потенциалов взаимодействия DPD с экспериментальными наблюдаемыми. [35]
  • MARTINI - крупнозернистый потенциал, разработанный Марринком и его коллегами из Университета Гронингена , первоначально разработанный для молекулярно-динамического моделирования липидов [3], позже распространившийся на различные другие молекулы. Силовое поле применяет отображение четырех тяжелых атомов на один сайт взаимодействия CG и параметризует с целью воспроизведения термодинамических свойств.
  • SIRAH - крупнозернистое силовое поле, разработанное Пантано и его коллегами из группы биомолекулярных симуляций Института Пастера в Монтевидео, Уругвай; разработан для молекулярной динамики воды, ДНК и белков. Бесплатно доступно для пакетов AMBER и GROMACS.
  • VAMM (виртуальная атомная молекулярная механика) - крупнозернистое силовое поле, разработанное Коркутом и Хендриксоном для расчетов молекулярной механики, таких как крупномасштабные конформационные переходы, основанные на виртуальных взаимодействиях атомов C-альфа. Это силовое поле, основанное на знаниях, разработанное для захвата свойств, зависящих от вторичной структуры и контактной информации, специфичной для остатков в белках. [110]

Машинное обучение [ править ]

  • ANI - это переносимый потенциал нейронной сети, построенный из векторов атомарного окружения и способный обеспечить точность DFT с точки зрения энергий. [111]
  • FFLUX (первоначально QCTFF) [112] Набор обученных моделей Кригинга, которые работают вместе, чтобы обеспечить молекулярное силовое поле, обученное атомам в молекулах или энергетическим терминам квантовой химической топологии, включая электростатическую, обменную и электронную корреляцию. [113] [114]
  • TensorMol - это смешанная модель, нейронная сеть обеспечивает краткосрочный потенциал, в то время как более традиционные потенциалы добавляют проверенные долгосрочные условия. [114]
  • Δ-ML - это не метод силового поля, а модель, которая добавляет изученные поправочные параметры энергии к приближенным и относительно дешевым в вычислительном отношении квантово-химическим методам, чтобы обеспечить уровень точности более высокого порядка, более дорогостоящей в вычислительном отношении квантово-химической модели. [115]
  • SchNet - нейронная сеть, использующая сверточные слои с непрерывным фильтром для прогнозирования химических свойств и поверхностей потенциальной энергии. [116]
  • PhysNet - это энергетическая функция на основе нейронной сети для прогнозирования энергий, сил и (флуктуирующих) частичных зарядов. [117]

Вода [ править ]

Основная статья: Водная модель

Набор параметров, используемых для моделирования воды или водных растворов (в основном силовое поле для воды), называется водной моделью . Вода привлекает большое внимание из-за своих необычных свойств и важности как растворителя. Было предложено много водных моделей; некоторые примеры: TIP3P, TIP4P, [118] SPC, гибкая модель воды с простой точечной зарядкой (гибкая SPC), ST2 и мВт. [119] Другие растворители и методы представления растворителей также применяются в вычислительной химии и физике, некоторые примеры приведены на странице Модель растворителя . Недавно были опубликованы новые методы создания водных моделей. [120]

Модифицированные аминокислоты [ править ]

  • Forcefield_PTM - силовое поле и веб-инструмент на основе AMBER для моделирования общих посттрансляционных модификаций аминокислот в белках, разработанный Крисом Флаудасом и его коллегами. Он использует модель заряда ff03 и имеет несколько поправок на кручение боковой цепи, параметризованных в соответствии с квантово-химической поверхностью вращения. [121]
  • Forcefield_NCAA - силовое поле и веб-инструмент на основе AMBER для моделирования общих неприродных аминокислот в белках в моделировании конденсированной фазы с использованием модели заряда ff03. [122] Сообщалось, что заряды коррелируют с энергиями без гидратации соответствующих аналогов боковой цепи. [123]

Другое [ править ]

  • LFMM (Ligand Field Molecular Mechanics) [124] - функции для координационной сферы вокруг переходных металлов на основе модели углового перекрытия (AOM). Реализовано в молекулярной операционной среде (MOE) как DommiMOE и в Tinker [125]
  • VALBOND - функция углового изгиба, основанная на теории валентных связей и работающая для больших угловых искажений, гипервалентных молекул и комплексов переходных металлов . Он может быть включен в другие силовые поля, такие как CHARMM и UFF.

См. Также [ править ]

  • Сравнение реализаций силового поля
  • Молекулярная динамика
  • Молекулярная механика
  • Программное обеспечение для молекулярного дизайна
  • Молекулярное моделирование
  • Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
  • Статистический потенциал
  • Межатомный потенциал
  • Потенциал ордеров на облигации
  • Встроенная модель атома

Ссылки [ править ]

  1. Перейти ↑ Frenkel D (2007). Понимание молекулярного моделирования: от алгоритмов к приложениям . Академическая пресса. ISBN 978-0-12-267351-1. OCLC  254835355 .
  2. ^ a b Выщелачивание A (30 января 2001 г.). Молекулярное моделирование: принципы и приложения (2-е изд.). Харлоу: Прентис Холл. ISBN 9780582382107.
  3. ^ a b Марринк SJ, Risselada HJ, Ефимов S, Tieleman DP, de Vries AH (июль 2007 г.). «Силовое поле MARTINI: крупнозернистая модель для моделирования биомолекул» (PDF) . Журнал физической химии B . 111 (27): 7812–24. DOI : 10.1021 / jp071097f . PMID 17569554 .  
  4. ^ Б с д е е г ч я J Heinz H, Лин TJ, Mishra РК, Эмы FS (февраль 2013 г. ). «Термодинамически согласованные силовые поля для сборки неорганических, органических и биологических наноструктур: силовое поле ИНТЕРФЕЙС». Ленгмюра . 29 (6): 1754–65. DOI : 10.1021 / la3038846 . PMID 23276161 . 
  5. ^ а б Хайнц Х., Кернер Х., Андерсон К.Л., Вайя Р.А., Фермер Б.Л. (ноябрь 2005 г.). «Силовое поле для силикатов типа слюды и динамика цепей октадециламмония, привитых к монтмориллониту». Химия материалов . 17 (23): 5658–5669. DOI : 10.1021 / cm0509328 . ISSN 0897-4756 . 
  6. ^ a b Sun H, Mumby SJ, Maple JR, Hagler AT (апрель 1994). "Ab Initio CFF93 All-Atom Force Field для поликарбонатов". Журнал Американского химического общества . 116 (7): 2978–2987. DOI : 10.1021 / ja00086a030 . ISSN 0002-7863 . 
  7. ^ Huang J, MacKerell AD (сентябрь 2013). «Полностью атомное аддитивное силовое поле белка CHARMM36: проверка основана на сравнении с данными ЯМР» . Журнал вычислительной химии . 34 (25): 2135–45. DOI : 10.1002 / jcc.23354 . PMC 3800559 . PMID 23832629 .  
  8. ↑ Wang J, Wolf RM, Caldwell JW, Kollman PA, Case DA (июль 2004 г.). «Разработка и тестирование общего янтарного силового поля». Журнал вычислительной химии . 25 (9): 1157–74. DOI : 10.1002 / jcc.20035 . PMID 15116359 . 
  9. ^ a b Мишра Р.К., Фернандес-Карраско Л., Флатт Р.Дж., Хайнц Н. (июль 2014 г.). «Силовое поле для трикальцийалюмината для характеристики свойств поверхности, начальной гидратации и органически модифицированных границ раздела в атомном разрешении». Сделки Дальтона . 43 (27): 10602–16. DOI : 10.1039 / c4dt00438h . hdl : 2117/24209 . PMID 24828263 . 
  10. ^ Gross KC, Seybold PG, Хадад CM (2002). «Сравнение различных схем атомных зарядов для прогнозирования вариаций pKa в замещенных анилинах и фенолах». Международный журнал квантовой химии . 90 (1): 445–458. DOI : 10.1002 / qua.10108 . ISSN 0020-7608 . 
  11. ^ Ван B, Li SL, Truhlář DG (декабрь 2014). "Моделирование частичных атомных зарядов в неорганических металлических молекулах и твердых телах и перераспределение заряда в литий-ионных катодах" . Журнал химической теории и вычислений . 10 (12): 5640–50. DOI : 10.1021 / ct500790p . PMID 26583247 . 
  12. ^ a b c d Heinz H, Suter UW (ноябрь 2004 г.). «Атомные заряды для классического моделирования полярных систем». Журнал физической химии B . 108 (47): 18341–18352. Bibcode : 2004APS..MAR.Y8006H . DOI : 10.1021 / jp048142t . ISSN 1520-6106 . 
  13. ^ a b van Duin AC, Dasgupta S, Lorant F, Goddard WA (2001). «ReaxFF: поле реактивной силы для углеводородов» (PDF) . Журнал физической химии . 105 (41): 9396–9409. Bibcode : 2001JPCA..105.9396V . CiteSeerX 10.1.1.507.6992 . DOI : 10.1021 / jp004368u .  
  14. ^ a b c Dauber-Osguthorpe P, Робертс VA, Osguthorpe DJ, Wolff J, Genest M, Hagler AT (1988). «Структура и энергетика связывания лиганда с белками: дигидрофолатредуктаза-триметоприм Escherichia coli, система лекарственное средство-рецептор». Белки . 4 (1): 31–47. DOI : 10.1002 / prot.340040106 . PMID 3054871 . 
  15. ^ Dharmawardhana CC, Kanhaiya К, Т Лин, Garley А, Knecht М.Р., Чжоу J, J Мяо, Хайнц Н (2017-06-19). «Надежный вычислительный дизайн биологических-неорганических материалов в крупном нанометровом масштабе с использованием Interface-FF». Молекулярное моделирование . 43 (13–16): 1394–1405. DOI : 10.1080 / 08927022.2017.1332414 . ISSN 0892-7022 . 
  16. ^ Лю Дж, Tennessen Е, Мяо Дж, Хуан Y, Рондинелли JM, Хайнц Н (2018-05-31). «Понимание химической связи в сплавах и представление в атомистическом моделировании». Журнал физической химии C . 122 (26): 14996–15009. DOI : 10.1021 / acs.jpcc.8b01891 . ISSN 1932-7447 . 
  17. ^ Хайнц Н, Vaia Р.А., фермер Б.Л., Найк РР (2008-10-09). «Точное моделирование поверхностей и границ раздела гранецентрированных кубических металлов с использованием 12-6 и 9-6 потенциалов Леннарда-Джонса». Журнал физической химии C . 112 (44): 17281–17290. DOI : 10.1021 / jp801931d . ISSN 1932-7447 . 
  18. ^ Эмы FS, Puddu В, Берри RJ, Varshney В, С. В. Патвардхана, Перри СС, Хайнц Н (2014-04-02). "Силовое поле и база данных модели поверхности кремнезема для моделирования межфазных свойств в атомном разрешении" (PDF) . Химия материалов . 26 (8): 2647–2658. DOI : 10.1021 / cm500365c . ISSN 0897-4756 .  
  19. ^ а б Хайнц Х, Рамезани-Дахель Х (январь 2016 г.). «Моделирование неорганических-биоорганических интерфейсов для открытия новых материалов: идеи, сравнения с экспериментом, проблемы и возможности». Обзоры химического общества . 45 (2): 412–48. DOI : 10.1039 / c5cs00890e . PMID 26750724 . 
  20. ↑ Jorgensen WL, Maxwell DS, Tirado-Rives J (январь 1996 г.). «Разработка и испытание полностью атомного силового поля OPLS по конформационной энергии и свойствам органических жидкостей». Журнал Американского химического общества . 118 (45): 11225–11236. DOI : 10.1021 / ja9621760 . ISSN 0002-7863 . 
  21. ^ a b Rappé AK, Casewit CJ, Colwell KS, Goddard III WA, Skiff WM (декабрь 1992 г.). «UFF, полное силовое поле периодической таблицы для молекулярной механики и моделирования молекулярной динамики». Журнал Американского химического общества . 114 (25): 10024–10035. DOI : 10.1021 / ja00051a040 . ISSN 0002-7863 . 
  22. ^ Dick BG, Оверхаузер AW (1958-10-01). «Теория диэлектрической проницаемости щелочно-галогенидных кристаллов». Физический обзор . 112 (1): 90–103. Полномочный код : 1958PhRv..112 ... 90D . DOI : 10.1103 / Physrev.112.90 . ISSN 0031-899X . 
  23. ^ Mitchell PJ, Fincham D (1993-02-22). «Моделирование оболочек с помощью адиабатической динамики». Журнал физики: конденсированное вещество . 5 (8): 1031–1038. Bibcode : 1993JPCM .... 5.1031M . DOI : 10.1088 / 0953-8984 / 5/8/006 . ISSN 0953-8984 . 
  24. ^ Ю Н, ван Gunsteren WF (ноябрь 2005). «Учет поляризации в молекулярном моделировании». Компьютерная физика . 172 (2): 69–85. Bibcode : 2005CoPhC.172 ... 69Y . DOI : 10.1016 / j.cpc.2005.01.022 . ISSN 0010-4655 . 
  25. ^ Б с Geada IL, Рамезани-Dakhel H, T, Джамиль Sulpizi M, Heinz H (февраль 2018 г. ). «Понимание индуцированных зарядов на металлических поверхностях и биоинтерфейсах с использованием поляризуемого потенциала Леннарда-Джонса» . Nature Communications . 9 (1): 716. Bibcode : 2018NatCo ... 9..716G . DOI : 10.1038 / s41467-018-03137-8 . PMC 5818522 . PMID 29459638 .  
  26. ^ a b Patel S, Brooks CL (январь 2004 г.). «Поле силы флуктуирующего заряда CHARMM для белков: параметризация и применение для моделирования объемных органических жидкостей». Журнал вычислительной химии . 25 (1): 1–15. DOI : 10.1002 / jcc.10355 . PMID 14634989 . 
  27. ^ Лин Т, Хайнц Н (2016-02-26). «Точные параметры силового поля и модели поверхности с разрешением pH для гидроксиапатита для понимания структуры, механики, гидратации и биологических интерфейсов». Журнал физической химии C . 120 (9): 4975–4992. arXiv : 1512.00122 . DOI : 10.1021 / acs.jpcc.5b12504 . ISSN 1932-7447 . S2CID 51913034 .  
  28. ^ Lemkul JA, Хуанг Дж, Ру Б, MacKerell АД (май 2016). «Эмпирическое поляризуемое силовое поле на основе классической модели осциллятора Друде: история развития и недавние приложения» . Химические обзоры . 116 (9): 4983–5013. DOI : 10.1021 / acs.chemrev.5b00505 . PMC 4865892 . PMID 26815602 .  
  29. ^ Лоренц HA (1905). «Движение электронов в металлических телах, I.». Proc. К. Нед. Акад. Мокрый . 7 : 451. Bibcode : 1904KNAB .... 7..438L .
  30. ^ а б Друде П (1900). "Zur Elekronentheorie der Metalle. I. Teil" . Ann Phys . 306 (3): 566–613. DOI : 10.1002 / andp.19003060312 .
  31. ^ Сю SW, Pluhackova K, Böckmann RA (апрель 2012). «Оптимизация силового поля OPLS-AA для длинных углеводородов». Журнал химической теории и вычислений . 8 (4): 1459–70. DOI : 10.1021 / ct200908r . PMID 26596756 . 
  32. ^ Aduri R, Psciuk БТ, Саро Р, Taniga Н, Шлегель НВ, Santalucia J (июль 2007 г.). «Параметры силового поля AMBER для естественно встречающихся модифицированных нуклеозидов в РНК». Журнал химической теории и вычислений . 3 (4): 1464–75. DOI : 10.1021 / ct600329w . PMID 26633217 . 
  33. Перейти ↑ Kirschner KN, Lins RD, Maass A, Soares TA (ноябрь 2012 г.). «Силовое поле на основе гликама для моделирования липополисахаридных мембран: параметризация и проверка». Журнал химической теории и вычислений . 8 (11): 4719–31. DOI : 10.1021 / ct300534j . PMID 26605626 . 
  34. Перейти ↑ Wang LP, Martinez TJ, Pande VS (июнь 2014). «Создание силовых полей: автоматический, систематический и воспроизводимый подход». Журнал писем по физической химии . 5 (11): 1885–91. DOI : 10.1021 / jz500737m . PMID 26273869 . 
  35. ^ a b МакДонах Дж. Л., Шкурти А., Брей DJ, Андерсон Р. Л., Пайзер-Кнапп Е. О. (октябрь 2019 г.). «Использование машинного обучения для эффективной параметризации крупнозернистых молекулярных силовых полей». Журнал химической информации и моделирования . 59 (10): 4278–4288. DOI : 10.1021 / acs.jcim.9b00646 . PMID 31549507 . 
  36. ^ Эмы FS, Puddu В, Берри RJ, Varshney В, С. В. Патвардхана, Перри СС, Хайнц Н (2014-04-22). "Силовое поле и база данных модели поверхности кремнезема для моделирования межфазных свойств в атомном разрешении" (PDF) . Химия материалов . 26 (8): 2647–2658. DOI : 10.1021 / cm500365c . ISSN 0897-4756 .  
  37. ^ Руис В.Г., Лю В., Ткаченко А. (2016-01-15). «Теория функционала плотности с экранированными ван-дер-ваальсовыми взаимодействиями применительно к атомным и молекулярным адсорбатам на плотноупакованных и неплотноупакованных поверхностях». Physical Review B . 93 (3): 035118. Bibcode : 2016PhRvB..93c5118R . DOI : 10.1103 / Physrevb.93.035118 . hdl : 11858 / 00-001M-0000-0029-3035-8 . ISSN 2469-9950 . 
  38. ^ Ruiz В.Г., Liu W, E Zojer, Scheffler М, Ткаченко A (апрель 2012). «Плотностно-функциональная теория с экранированными ван-дер-ваальсовыми взаимодействиями для моделирования гибридных неорганических-органических систем» . Письма с физическим обзором . 108 (14): 146103. Bibcode : 2012PhRvL.108n6103R . DOI : 10.1103 / physrevlett.108.146103 . PMID 22540809 . 
  39. ^ Kramer C, Spinn A, Liedl KR (октябрь 2014). «Анизотропия заряда: где атомные мультиполи имеют наибольшее значение». Журнал химической теории и вычислений . 10 (10): 4488–96. DOI : 10.1021 / ct5005565 . PMID 26588145 . 
  40. ^ Махони МВт, Йоргенсен WL (2000-05-22). «Пятиузельная модель жидкой воды и воспроизведение аномалии плотности с помощью жестких, неполяризуемых потенциальных функций». Журнал химической физики . 112 (20): 8910–8922. Bibcode : 2000JChPh.112.8910M . DOI : 10.1063 / 1.481505 . ISSN 0021-9606 . 
  41. ^ а б Сюй Р., Чен С.К., Ву Л., Скотт М.К., Тайс В., Офус К. и др. (Ноябрь 2015 г.). «Трехмерные координаты отдельных атомов в материалах, выявленные с помощью электронтомографии». Материалы природы . 14 (11): 1099–103. arXiv : 1505.05938 . Bibcode : 2015NatMa..14.1099X . DOI : 10.1038 / nmat4426 . PMID 26390325 . S2CID 5455024 .  
  42. ^ a b Pramanik C, Gissinger JR, Kumar S, Heinz H (декабрь 2017 г.). «Дисперсия углеродных нанотрубок в растворителях и растворах полимеров: механизмы, сборка и предпочтения». САУ Нано . 11 (12): 12805–12816. DOI : 10.1021 / acsnano.7b07684 . PMID 29179536 . 
  43. ^ a b c Ломизе А.Л., Рейбарх М.Ю., Погожева И.Д. (август 2002 г.). «Межатомные потенциалы и параметры сольватации из данных белковой инженерии для захороненных остатков» . Белковая наука . 11 (8): 1984–2000. DOI : 10.1110 / ps.0307002 . PMC 2373680 . PMID 12142453 .  
  44. ^ a b Warshel A, Sharma PK, Kato M, Parson WW (ноябрь 2006 г.). «Моделирование электростатических эффектов в белках». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Белки и протеомика . 1764 (11): 1647–76. DOI : 10.1016 / j.bbapap.2006.08.007 . PMID 17049320 . 
  45. ↑ Schutz CN, Warshel A (сентябрь 2001 г.). «Каковы диэлектрические« константы »белков и как проверить электростатические модели?». Белки . 44 (4): 400–17. DOI : 10.1002 / prot.1106 . PMID 11484218 . 
  46. ^ a b c d e Исраэлачвили JN (2011). Межмолекулярные и поверхностные силы . Эльзевир. стр. iii. DOI : 10.1016 / b978-0-12-391927-4.10024-6 . ISBN 978-0-12-391927-4.
  47. ^ Leckband D, Israelachvili J (май 2001 г.). «Межмолекулярные силы в биологии». Ежеквартальные обзоры биофизики . 34 (2): 105–267. DOI : 10.1017 / S0033583501003687 . PMID 11771120 . 
  48. ^ Pramanik С, Т Джамиль, Gissinger JR, Guittet D, Ариас-Монье PJ, Кумар S, Хайнц Н (2019-10-03). «Взаимодействие полиакрилонитрила с углеродными нанотрубками в растворе: конформации и связывание в зависимости от растворителя, температуры и концентрации» . Современные функциональные материалы . 29 (50): 1905247. DOI : 10.1002 / adfm.201905247 . ISSN 1616-301X . 
  49. ^ Кель P, Levitt M (февраль 1999). «Лучшее будущее для предсказания структуры белка». Структурная биология природы . 6 (2): 108–11. DOI : 10,1038 / 5794 . PMID 10048917 . S2CID 3162636 .  
  50. ^ Brunger AT, Адамс PD (июнь 2002). «Молекулярная динамика применительно к уточнению структуры рентгеновских лучей». Счета химических исследований . 35 (6): 404–12. DOI : 10.1021 / ar010034r . PMID 12069625 . 
  51. ^ Güntert P (май 1998). «Расчет структуры биологических макромолекул по данным ЯМР». Ежеквартальные обзоры биофизики . 31 (2): 145–237. DOI : 10.1017 / S0033583598003436 . PMID 9794034 . S2CID 43575627 .  
  52. ^ Ostermeir K, Захария M (январь 2013). «163 Улучшенный отбор образцов пептидов и белков с помощью нового метода обмена репликами смещения». Журнал биомолекулярной структуры и динамики . 31 (ПОД1): 106. DOI : 10,1080 / 07391102.2013.786405 . ISSN 0739-1102 . S2CID 98441607 .  
  53. Перейти ↑ Tramontano A, Morea V (2003). «Оценка предсказаний на основе гомологии в CASP5». Белки . 53 Дополнение 6: 352–68. DOI : 10.1002 / prot.10543 . PMID 14579324 . 
  54. ^ Gohlke H, Клебе G (август 2002). «Подходы к описанию и предсказанию сродства связывания низкомолекулярных лигандов с макромолекулярными рецепторами». Angewandte Chemie . 41 (15): 2644–76. DOI : 10.1002 / 1521-3773 (20020802) 41:15 <2644 :: АИД-ANIE2644> 3.0.CO; 2-О . PMID 12203463 . 
  55. ^ Edgcomb SP, Murphy КП (февраль 2000). «Структурная энергетика сворачивания и связывания белков». Текущее мнение в области биотехнологии . 11 (1): 62–6. DOI : 10.1016 / s0958-1669 (99) 00055-5 . PMID 10679345 . 
  56. ^ Лазаридис T, Карплус M (апрель 2000). «Эффективные энергетические функции для предсказания структуры белков». Текущее мнение в структурной биологии . 10 (2): 139–45. DOI : 10.1016 / s0959-440x (00) 00063-4 . PMID 10753811 . 
  57. ^ Javidpour L (2012). «Компьютерное моделирование сворачивания белков». Вычислительная техника в науке и технике . 14 (2): 97–103. Bibcode : 2012CSE .... 14b..97J . DOI : 10,1109 / MCSE.2012.21 . S2CID 17613729 . 
  58. ^ Krieger E, Joo K, Lee J, Lee J, Raman S, Thompson J и др. (2009). «Повышение физического реализма, стереохимии и точности боковой цепи в моделировании гомологии: четыре подхода, которые хорошо себя зарекомендовали в CASP8» . Белки . 77 Дополнение 9: 114–22. DOI : 10.1002 / prot.22570 . PMC 2922016 . PMID 19768677 .  
  59. Перейти ↑ Gordon DB, Marshall SA, Mayo SL (август 1999). «Энергетические функции для дизайна белков». Текущее мнение в структурной биологии . 9 (4): 509–13. DOI : 10.1016 / S0959-440X (99) 80072-4 . PMID 10449371 . 
  60. ^ Мендес J, Guerois R, L Serrano (август 2002). «Энергетическая оценка в белковом дизайне». Текущее мнение в структурной биологии . 12 (4): 441–6. DOI : 10.1016 / s0959-440x (02) 00345-7 . PMID 12163065 . 
  61. ^ Рол CA, Strauss CE, Misura К.М., Baker D (2004). «Прогнозирование структуры белка с помощью Rosetta». Численные компьютерные методы, часть D . Методы в энзимологии. 383 . С. 66–93. DOI : 10.1016 / S0076-6879 (04) 83004-0 . ISBN 9780121827885. PMID  15063647 .
  62. ^ Ломизе AL, Погожева ID, Ломизе MA, Mosberg HI (июнь 2006). «Размещение белков в мембранах: вычислительный подход» . Белковая наука . 15 (6): 1318–33. DOI : 10.1110 / ps.062126106 . PMC 2242528 . PMID 16731967 .  
  63. Перейти ↑ Murphy KP, Gill SJ (декабрь 1991 г.). «Твердые модельные соединения и термодинамика разворачивания белков». Журнал молекулярной биологии . 222 (3): 699–709. DOI : 10.1016 / 0022-2836 (91) 90506-2 . PMID 1660931 . 
  64. ^ Шахнович Э.И., Финкельштейн А.В. (октябрь 1989 г.). «Теория кооперативных переходов в белковых молекулах. I. Почему денатурация глобулярного белка - это фазовый переход первого рода». Биополимеры . 28 (10): 1667–80. DOI : 10.1002 / bip.360281003 . PMID 2597723 . 
  65. ^ Грациано О, Р Катанзано, Дель Веккио Р, Джанкола С, Бэроун G (1996). «Термодинамическая стабильность глобулярных белков: надежная модель из исследований малых молекул». Gazetta Chim. Italiana . 126 : 559–567.
  66. ^ Myers JK, Pace CN (октябрь 1996). «Водородная связь стабилизирует глобулярные белки» . Биофизический журнал . 71 (4): 2033–9. Bibcode : 1996BpJ .... 71.2033M . DOI : 10.1016 / S0006-3495 (96) 79401-8 . PMC 1233669 . PMID 8889177 .  
  67. ^ Шольц JM, Marqusee S, Baldwin RL, York EJ, Стюарт JM, Санторо M, Болен DW (апрель 1991). «Калориметрическое определение изменения энтальпии для альфа-спирали, чтобы клубок перехода пептида аланина в воде» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 88 (7): 2854–8. Bibcode : 1991PNAS ... 88.2854S . DOI : 10.1073 / pnas.88.7.2854 . PMC 51338 . PMID 2011594 .  
  68. ^ Gavezzotti A, Filippini G (май 1994). «Геометрия межмолекулярной водородной связи XH. Cntdot .. cntdot .. cntdot. Y (X, Y = N, O) и калибровка эмпирических потенциалов водородной связи». Журнал физической химии . 98 (18): 4831–7. DOI : 10.1021 / j100069a010 .
  69. ^ Allinger NL (декабрь 1977). «Конформационный анализ. 130. MM2. Углеводородное силовое поле, использующее скручивающие условия V1 и V2». Журнал Американского химического общества . 99 (25): 8127–34. DOI : 10.1021 / ja00467a001 .
  70. ^ "Домашняя страница MM2 и MM3" . Архивировано из оригинала на 2009-01-23.
  71. ^ Allinger NL, Yuh YH, Лии JH (ноябрь 1989). «Молекулярная механика. Силовое поле ММ3 для углеводородов. 1». Журнал Американского химического общества . 111 (23): 8551–66. DOI : 10.1021 / ja00205a001 .
  72. ^ Lii JH, Allinger NL (ноябрь 1989). «Молекулярная механика. Силовое поле ММ3 для углеводородов. 2. Частоты колебаний и термодинамика». Журнал Американского химического общества . 111 (23): 8566–75. DOI : 10.1021 / ja00205a002 .
  73. ^ Lii JH, Allinger NL (ноябрь 1989). «Молекулярная механика. Силовое поле MM3 для углеводородов. 3. Потенциалы Ван-дер-Ваальса и данные кристаллов для алифатических и ароматических углеводородов». Журнал Американского химического общества . 111 (23): 8576–82. DOI : 10.1021 / ja00205a003 .
  74. ^ Шауманн Т, Браун Вт, Вютрих К (март 1990). «Программа FANTOM для энергетической очистки полипептидов и белков с использованием минимизатора Ньютона – Рафсона в пространстве торсионных углов». Биополимеры . 29 (4–5): 679–94. DOI : 10.1002 / bip.360290403 .
  75. ^ a b «Интерфейсное силовое поле (IFF)» . Лаборатория Хайнца .
  76. ^ a b Мишра Р.К., Мохамед А.К., Гейссбюлер Д., Манзано Х., Джамиль Т., Шахсавари Р., Калиничев А.Г., Галмарини С., Тао Л., Хайнц Х, Пелленк Р. (декабрь 2017 г.). «База данных силового поля для цементирующих материалов, включая проверки, приложения и возможности» (PDF) . Цемент и бетонные исследования . 102 : 68–89. DOI : 10.1016 / j.cemconres.2017.09.003 .
  77. ^ Möllhoff M, Штернберг U (май 2001). «Молекулярная механика с флуктуирующими атомными зарядами - новое силовое поле с полуэмпирическим расчетом заряда». Ежегодное молекулярное моделирование . 7 (4): 90–102. DOI : 10.1007 / s008940100008 . S2CID 91705326 . 
  78. ^ "ECEPP" . biohpc.cornell.edu .
  79. ^ Momany FA, McGuire РФ, Burgess AW, Scheraga HA (октябрь 1975). «Энергетические параметры в полипептидах. VII. Геометрические параметры, частичные атомные заряды, несвязанные взаимодействия, взаимодействия водородных связей и внутренние торсионные потенциалы для встречающихся в природе аминокислот». Журнал физической химии . 79 (22): 2361–81. DOI : 10.1021 / j100589a006 .
  80. ^ Арнаутов Ю.А., Jagielska A, Scheraga HA (март 2006). «Новое силовое поле (ECEPP-05) для пептидов, белков и органических молекул». Журнал физической химии B . 110 (10): 5025–44. DOI : 10.1021 / jp054994x . PMID 16526746 . 
  81. ^ "ГРОМОС" . www.igc.ethz.ch .
  82. ^ Warshel A (1973). «Метод квантово-механического согласованного силового поля (QCFF / PI): расчеты энергий, конформаций и вибронных взаимодействий основного и возбужденного состояний сопряженных молекул». Израильский химический журнал . 11 (5): 709–17. DOI : 10.1002 / ijch.197300067 .
  83. ^ Warshel A, M Левитт (1974). QCFF / PI: Программа согласованной оценки силового поля равновесных геометрий и частот колебаний молекул (отчет). Университет Индианы: обмен программами по квантовой химии. п. КСРП 247.
  84. ↑ Yang L, Tan CH, Hsieh MJ, Wang J, Duan Y, Cieplak P, Caldwell J, Kollman PA, Luo R (июль 2006 г.). «Янтарное силовое поле объединенного атома нового поколения». Журнал физической химии B . 110 (26): 13166–76. DOI : 10.1021 / jp060163v . PMID 16805629 . 
  85. ^ "Пакет молекулярного моделирования Тинкер" . dasher.wustl.edu .
  86. ^ Лю С, Piquemal ДП, Рен Р (январь 2020). «Реализация зависящего от геометрии потока заряда в поляризуемом потенциале AMOEBA +» . Журнал писем по физической химии . 11 (2): 419–426. DOI : 10.1021 / acs.jpclett.9b03489 . PMC 7384396 . PMID 31865706 .  
  87. ^ Лю C, Piquemal JP, Ren P (июль 2019). «Классический потенциал AMOEBA + для моделирования молекулярных взаимодействий» . Журнал химической теории и вычислений . 15 (7): 4122–4139. DOI : 10.1021 / acs.jctc.9b00261 . PMC 6615954 . PMID 31136175 .  
  88. Перейти ↑ Patel S, Mackerell AD, Brooks CL (сентябрь 2004 г.). «Силовое поле флуктуирующего заряда CHARMM для белков: II свойства белка / растворителя из молекулярно-динамического моделирования с использованием неаддитивной электростатической модели». Журнал вычислительной химии . 25 (12): 1504–14. DOI : 10.1002 / jcc.20077 . PMID 15224394 . 
  89. ↑ Анисимов В.М., Ламурё Г., Воробьев И.В., Хуанг Н., Ру Б., МакКерелл А.Д. (январь 2005 г.). «Определение электростатических параметров поляризуемого силового поля на основе классического осциллятора Друде». Журнал химической теории и вычислений . 1 (1): 153–68. DOI : 10.1021 / ct049930p . PMID 26641126 . 
  90. ↑ Yu H, Whitfield TW, Harder E, Lamoureux G, Vorobyov I, Anisimov VM, Mackerell AD, Roux B (2010). "Моделирование одновалентных и двухвалентных ионов в водном растворе с использованием поляризуемого силового поля Друде" . Журнал химической теории и вычислений . 6 (3): 774–786. DOI : 10.1021 / ct900576a . PMC 2838399 . PMID 20300554 .  
  91. ^ Warshel A, Levitt M (май 1976). «Теоретические исследования ферментативных реакций: диэлектрическая, электростатическая и стерическая стабилизация иона карбония в реакции лизоцима». Журнал молекулярной биологии . 103 (2): 227–49. DOI : 10.1016 / 0022-2836 (76) 90311-9 . PMID 985660 . 
  92. ^ Штернберг U, Koch FT, Möllhoff M (май 1994). «Новый подход к полуэмпирическому расчету атомных зарядов для полипептидов и больших молекулярных систем». Журнал вычислительной химии . 15 (5): 524–31. DOI : 10.1002 / jcc.540150505 .
  93. ^ Суорт M, ван Duijnen PT (май 2006). «DRF90: поляризуемое силовое поле». Молекулярное моделирование . 32 (6): 471–84. DOI : 10.1080 / 08927020600631270 .
  94. ^ Engkvist О, Астранд ПО, Karlström G (ноябрь 2000 г.). «Точные межмолекулярные потенциалы, полученные из молекулярных волновых функций: устранение разрыва между квантовой химией и молекулярным моделированием». Химические обзоры . 100 (11): 4087–108. DOI : 10.1021 / cr9900477 . PMID 11749341 . 
  95. ^ Гао Дж, Habibollazadeh D, L Шао (ноябрь 1995 года). «Поляризуемая межмолекулярная потенциальная функция для моделирования жидких спиртов». Журнал физической химии . 99 (44): 16460–7. DOI : 10.1021 / j100044a039 .
  96. ↑ Xie W, Pu J, Mackerell AD, Gao J (2007). «Разработка поляризуемой межмолекулярной потенциальной функции (PIPF) для жидких амидов и алканов» . Журнал химической теории и вычислений . 3 (6): 1878–1889. DOI : 10.1021 / ct700146x . PMC 2572772 . PMID 18958290 .  
  97. ^ Maple JR, Cao Y, W Дамм, Halgren Т.А., Каминский Г.А., Чжан LY, Friesner RA (июль 2005). "Поляризуемое силовое поле и методология сольватации континуума для моделирования белок-лигандных взаимодействий". Журнал химической теории и вычислений . 1 (4): 694–715. DOI : 10.1021 / ct049855i . PMID 26641692 . 
  98. ^ Chelli R, Procacci P (ноябрь 2002). «Переносимое поляризуемое электростатическое силовое поле для молекулярной механики, основанное на принципе выравнивания химического потенциала». Журнал химической физики . 117 (20): 9175–89. Bibcode : 2002JChPh.117.9175C . DOI : 10.1063 / 1.1515773 .
  99. ^ Cioce CR, McLaughlin K, Belof JL, пространство B (декабрь 2013). «Поляризуемый и переносимый потенциал PHAST N2 для использования в моделировании материалов». Журнал химической теории и вычислений . 9 (12): 5550–7. DOI : 10.1021 / ct400526a . PMID 26592288 . 
  100. ^ «Энтони Стоун: компьютерные программы» . www-stone.ch.cam.ac.uk .
  101. ^ Греш N, Киснерос Г.А., Дарден Т.А., Piquemal JP (ноябрь 2007). "Анизотропные поляризуемые молекулярно-механические исследования меж- и внутримолекулярных взаимодействий и комплексов лиганд-макромолекула. ​​Стратегия снизу вверх" . Журнал химической теории и вычислений . 3 (6): 1960–1986. DOI : 10.1021 / ct700134r . PMC 2367138 . PMID 18978934 .  
  102. ^ Piquemal JP, Киснерос Г.А., Reinhardt P, Греш N, Дарден TA (март 2006). «К силовому полю, основанному на подгонке плотности» . Журнал химической физики . 124 (10): 104101. Bibcode : 2006JChPh.124j4101P . DOI : 10.1063 / 1.2173256 . PMC 2080832 . PMID 16542062 .  
  103. ^ Киснерос Г.А., Piquemal JP, Дарден TA (ноябрь 2006). «Обобщение гауссовой электростатической модели: расширение на произвольный угловой момент, распределенные мультиполи и ускорение с помощью методов обратного пространства» . Журнал химической физики . 125 (18): 184101. Bibcode : 2006JChPh.125r4101C . DOI : 10.1063 / 1.2363374 . PMC 2080839 . PMID 17115732 .  
  104. Перейти ↑ Borodin O (август 2009). «Развитие поляризуемого силового поля и моделирование молекулярной динамики ионных жидкостей». Журнал физической химии B . 113 (33): 11463–78. DOI : 10.1021 / jp905220k . PMID 19637900 . 
  105. ^ Spicher S, Grimme S (сентябрь 2020). «Робастное атомистическое моделирование материалов, металлоорганических и биохимических систем» . Angewandte Chemie International Edition . 59 (36): 15665–15673. DOI : 10.1002 / anie.202004239 .
  106. ^ Hoogerbrugge PJ, Koelman JM (1992). "Моделирование микроскопических гидродинамических явлений с помощью диссипативной динамики частиц". Письма Europhysics (EPL) . 19 (3): 155–160. Bibcode : 1992EL ..... 19..155H . DOI : 10.1209 / 0295-5075 / 19/3/001 . ISSN 0295-5075 . 
  107. ^ Koelman JM, Hoogerbrugge PJ (1993). «Динамическое моделирование подвесов твердых сфер при постоянном сдвиге». Письма Europhysics (EPL) . 21 (3): 363–368. Bibcode : 1993EL ..... 21..363K . DOI : 10.1209 / 0295-5075 / 21/3/018 . ISSN 0295-5075 . 
  108. Перейти ↑ Español P, Warren P (1995). «Статистическая механика динамики диссипативных частиц». Письма Europhysics (EPL) . 30 (4): 191–196. Bibcode : 1995EL ..... 30..191E . DOI : 10.1209 / 0295-5075 / 30/4/001 . ISSN 0295-5075 . S2CID 14385201 .  
  109. ^ Динамика диссипативных частиц: устранение недостатков и установление новых границ , семинар CECAM, 16–18 июля 2008 г., Лозанна, Швейцария.
  110. Перейти ↑ Korkut A, Hendrickson WA (сентябрь 2009 г.). «Силовое поле для виртуального атома молекулярной механики белков» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 106 (37): 15667–72. Bibcode : 2009PNAS..10615667K . DOI : 10.1073 / pnas.0907674106 . PMC 2734882 . PMID 19717427 .  
  111. Перейти ↑ Smith JS, Isayev O, Roitberg AE (апрель 2017 г.). «АНИ-1: расширяемый потенциал нейронной сети с точностью ДПФ при затратах на вычисление силового поля» . Химическая наука . 8 (4): 3192–3203. DOI : 10.1039 / C6SC05720A . PMC 5414547 . PMID 28507695 .  
  112. ^ Hughes ZE, Такер JC, Wilson AL, Popelier PL (январь 2019). «Описание потенциальных энергетических поверхностей молекул с использованием моделей машинного обучения FFLUX». Журнал химической теории и вычислений . 15 (1): 116–126. DOI : 10.1021 / acs.jctc.8b00806 . hdl : 10454/16776 . PMID 30507180 . 
  113. ^ Fletcher TL, Popelier PL (июнь 2016). «Прогнозирование многополярной электростатической энергии для всех 20 природных аминокислот с использованием машинного обучения кригинга» . Журнал химической теории и вычислений . 12 (6): 2742–51. DOI : 10.1021 / acs.jctc.6b00457 . PMID 27224739 . 
  114. ^ a b МакДонах Дж. Л., Сильва А. Ф., Винсент М. А., Попелье П. Л. (январь 2018 г.). "Машинное обучение динамической энергии корреляции электронов из топологических атомов" . Журнал химической теории и вычислений . 14 (1): 216–224. DOI : 10.1021 / acs.jctc.7b01157 . PMID 29211469 . 
  115. ^ Рамакришнан R, Dral ПО, Рапп М, фон Лилиенфельд О.А. (май 2015 г.). «Большие данные соответствуют приближениям квантовой химии: подход Δ-машинного обучения». Журнал химической теории и вычислений . 11 (5): 2087–96. arXiv : 1503.04987 . Bibcode : 2015arXiv150304987R . DOI : 10.1021 / acs.jctc.5b00099 . PMID 26574412 . 
  116. ^ Schütt KT, Sauceda HE, Kindermans PJ, Tkatchenko A, Müller KR (июнь 2018 г.). «SchNet - Архитектура глубокого обучения для молекул и материалов». Журнал химической физики . 148 (24): 241722. arXiv : 1712.06113 . Bibcode : 2018JChPh.148x1722S . DOI : 10.1063 / 1.5019779 . PMID 29960322 . S2CID 4897444 .  
  117. ^ ОТ Unke и М. Meuwly (2019). «PhysNet: нейронная сеть для прогнозирования энергии, сил, дипольных моментов и частичных зарядов». J. Chem. Тео. Chem . 15 : 3678–3693 - через https://doi.org/10.1021/acs.jctc.9b00181 .
  118. ^ Абаскаль JL, Vega C (декабрь 2005). «Универсальная модель конденсированных фаз воды: TIP4P / 2005». Журнал химической физики . 123 (23): 234505. Bibcode : 2005JChPh.123w4505A . DOI : 10.1063 / 1.2121687 . PMID 16392929 . S2CID 9757894 .  
  119. ^ Molinero V, Мур EB (апрель 2009). «Вода моделируется как промежуточный элемент между углеродом и кремнием». Журнал физической химии B . 113 (13): 4008–16. arXiv : 0809.2811 . DOI : 10.1021 / jp805227c . PMID 18956896 . S2CID 20782587 .  
  120. ↑ Hughes ZE, Ren E, Thacker JC, Symons BC, Silva AF, Popelier PL (март 2020 г.). «Модель воды FFLUX: гибкая, поляризуемая и с многополярным описанием электростатики» . Журнал вычислительной химии . 41 (7): 619–628. DOI : 10.1002 / jcc.26111 . PMC 7004022 . PMID 31747059 .  
  121. ^ Хури GA, Томпсон JP, Smadbeck J, Kieslich CA, Floudas CA (декабрь 2013 г.). «Параметры Ab Initio Charge и AMBER Forcefield для часто встречающихся посттрансляционных модификаций» . Журнал химической теории и вычислений . 9 (12): 5653–5674. DOI : 10.1021 / ct400556v . PMC 3904396 . PMID 24489522 .  
  122. ^ Хури GA, Smadbeck J, Tamamis P, Vandris AC, Kieslich CA, Floudas CA (декабрь 2014 г.). «Forcefield_NCAA: параметры заряда ab initio для помощи в открытии и разработке терапевтических белков и пептидов с неприродными аминокислотами и их применении для дополнения ингибиторов семейства компстатина» . Синтетическая биология ACS . 3 (12): 855–69. DOI : 10.1021 / sb400168u . PMC 4277759 . PMID 24932669 .  
  123. ^ Хури Г.А., Бхатья N, Floudas CA (2014). «Энергия свободной гидратации, рассчитанная с использованием модели заряда AMBER ff03 для природных и неестественных аминокислот и нескольких моделей воды». Компьютеры и химическая инженерия . 71 : 745–752. DOI : 10.1016 / j.compchemeng.2014.07.017 .
  124. ^ Deeth RJ (2001). «Модель молекулярной механики поля лигандов и стереоэлектронные эффекты d- и s-электронов». Обзоры координационной химии . 212 (212): 11–34. DOI : 10.1016 / S0010-8545 (00) 00354-4 .
  125. ^ Foscato M, Deeth RJ, Jensen VR (июнь 2015). "Интеграция молекулярной механики поля лигандов в Tinker". Журнал химической информации и моделирования . 55 (6): 1282–90. DOI : 10.1021 / acs.jcim.5b00098 . hdl : 1956/10456 . PMID 25970002 . 

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Исраэлачвили Ю.Н. (1992). Межмолекулярные и поверхностные силы . Сан-Диего: Academic Press. ISBN 978-0-12-375181-2.
  • Шлик Т. (2002). Молекулярное моделирование и моделирование: междисциплинарное руководство . Междисциплинарная прикладная математика: математическая биология. Нью-Йорк: Springer-Verlag. ISBN 978-0-387-95404-2.
  • Варшел А (1991). Компьютерное моделирование химических реакций в ферментах и ​​растворах . Нью-Йорк: Джон Вили и сыновья. ISBN 978-0-471-53395-5.