Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Myb-подобный ДНК-связывающий домен
Идентификаторы
СимволMyb_DNA-связывание
PfamPF00249
ИнтерПроIPR001005
CATH1irz
SCOP21irz / SCOPe / SUPFAM
CDDcd00167
Доступные белковые структуры:
Pfam  структуры / ECOD  
PDBRCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumрезюме структуры
MYB
Белок MYB PDB 1guu.png
Доступные конструкции
PDBОртолог поиск: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB

1GUU , 1GV2 , 1GV5 , 1GVD , 1H88 , 1H89 , 1IDY , 1IDZ , 1MBE , 1MBF , 1MBG , 1MBH , 1MBJ , 1MBK , 1MSE , 1MSF , 1SB0 , 2AGH

Идентификаторы
ПсевдонимыMYB , Cmyb, c-myb, c-myb_CDS, efg, протоонкоген MYB, фактор транскрипции
Внешние идентификаторыOMIM: 189990 MGI: 97249 HomoloGene: 31311 Генные карты : MYB
Расположение гена (человек)
Chr.Хромосома 6 (человека) [1]
Группа6q23.3Начинать135 181 308 п.н. [1]
Конец135 219 173 п.н. [1]
Расположение гена (Мышь)
Chr.Хромосома 10 (мышь) [2]
Группа10 A3 | 10 9,75 смНачинать21 124 935 п.н. [2]
Конец21 160 984 п.н. [2]
Паттерн экспрессии РНК
Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция• ГО: 0000980 РНК - полимеразы II цис-регуляторную область последовательности ДНК-специфический связывающий
• ДНК связывания
• GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 ДНК-связывающий активатор активности транскрипции РНК - полимеразы II - специфический
• Связывание с белками GO: 0001948
• GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 ДНК-связывающий фактор транскрипции, специфичность к РНК-полимеразе II
Сотовый компонент• ядерный матрикс
• ядро клетки
• нуклеоплазма
Биологический процесс• позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон
• ремоделирование хроматина
• негативная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон
• регулирование транскрипции, ДНК-шаблон
• негативная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II
• позитивная регуляция метилирования гистона H3-K4
• транскрипция , ДНК-шаблон
• позитивная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II
• позитивная регуляция метилирования гистона H3-K9
• позитивная регуляция дифференцировки Т-хелперных клеток
• транскрипция с промотора РНК-полимеразы II
• GO: 0007067 митотический клеточный цикл
• ответ на гипоксию
• позитивная регуляция процесса биосинтеза коллагена
• позитивная регуляция процесса апоптоза нейронов
• позитивная регуляция пролиферации гладкомышечных клеток
• позитивная регуляция пролиферации глиальных клеток
• клеточный ответ на перекись водорода
• клеточный ответ на ретиноевую кислоту кислота
• положительная регуляция продукции трансформирующего фактора роста бета
• позитивная регуляция гибели нейронов
• позитивная регуляция пролиферации звездчатых клеток печени
• позитивная регуляция активации звездчатых клеток печени
• положительная регуляция секреции тестостерона
• регуляция дифференцировки гемопоэтических стволовых клеток
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

4602

17863

Ансамбль

ENSG00000118513

ENSMUSG00000019982

UniProt

P10242
Q708E1

P06876

RefSeq (мРНК)
NM_001130172
NM_001130173
NM_001161656
NM_001161657
NM_001161658

NM_001161659
NM_001161660
NM_005375

NM_001198914
NM_010848
NM_033597

RefSeq (белок)
NP_001123644
NP_001123645
NP_001155128
NP_001155129
NP_001155130

NP_001155131
NP_001155132
NP_005366

NP_001185843
NP_034978

Расположение (UCSC)Chr 6: 135.18 - 135.22 МбChr 10: 21.12 - 21.16 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Myb гены являются частью большого семейства генов из факторов транскрипции , обнаруженных у животных и растений. У людей он включает протоонкоген Myb, такой как 1, и родственный Myb белок B в дополнение к собственно MYB . [5] [6] Члены расширенного семейства SANT / Myb также включают домен SANT и другие подобные полностью спиральные гомеобоксовые домены.

Функция [ править ]

Вирусный [ править ]

Семейство генов Myb названо в честь одноименного гена вируса миелобластоза птиц . Вирус Myb (v-Myb, P01104 ) распознает последовательность 5'- Y AAC K G-3 '. Вызывает миелобластоз (миелоидный лейкоз) у кур. [7] По сравнению с Myb нормальных животных (c-myb), v-myb содержит делеции в С-концевом регуляторном домене, что приводит к аберрантной активации других онкогенов. [8]

Животные [ править ]

Myb протоонкоген белок является членом MYB ( мой Эло б lastosis) семейства факторов транскрипции . Белок содержит три домена: N-концевой ДНК-связывающий домен , центральный домен активации транскрипции и C-концевой домен, участвующий в репрессии транскрипции . Он может играть роль в регуляции клеточного цикла. Как и вирусная версия, этот ген является онкогеном , и перестройка гена (часто включающая делецию в C-концевом домене) вызывает рак. [8]

Растения [ править ]

Факторы MYB представляют собой семейство белков, которые включают консервативный ДНК-связывающий домен MYB. Растения содержат подсемейство белков MYB, которое характеризуется доменом MYB типа R2R3. [9]

У кукурузы флобафены синтезируются путем синтеза флавоноидов [10] в результате полимеризации флаван-4-олов [11] [12], которые кодируют R2R3-подобный myb-подобный активатор транскрипции [13] гена A1, кодирующего дигидрофлавонол 4- редуктаза (восстановление дигидрофлавонолов до флаван-4-олов) [14], в то время как другой ген (супрессор пигментации перикарпия 1 или SPP1) действует как супрессор . [15] Ген Р кукурузы кодирует гомолог Myb, который распознает последовательность CCWACC, в отличие от YAACGG, связанного с белками Myb позвоночных. [16]

У сорго соответствующий ген желтого семени 1 (y1) [17] также кодирует R2R3-тип белка Myb-домена, который регулирует экспрессию генов халконсинтазы , халкон-изомеразы и дигидрофлавонолредуктазы, необходимых для биосинтеза 3-дезоксифлавоноидов . [18]

Рубин является активатором транскрипции MYB генов, производящих антоцианы в цитрусовых. В большинстве сортов цитрусовых рубин не действует, но в кровяных апельсинах он стимулирует выработку антоцианов, чтобы дать плодам характерный красный цвет. [19]

См. Также [ править ]

  • EZH1

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000118513 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000019982 - Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ↑ Chen Y, Xu H, Liu J, Zhang C, Leutz A, Mo X (июль 2007 г.). «C-Myb функционирует как нижележащая мишень для PDGF-опосредованного сигнала выживания в гладкомышечных клетках сосудов». Biochem Biophys Res Commun . 360 (2): 433–6. DOI : 10.1016 / j.bbrc.2007.06.078 . PMID 17599807 . 
  6. ^ "Энтрез Ген: v-myb гомолог вирусного онкогена миелобластоза (птичий)" .
  7. ^ Klempnauer KH, Симондс G, Эван Г.И., Bishop JM (июнь 1984). «Субклеточная локализация белков, кодируемых онкогенами вируса птичьего миелобластоза и вируса птичьего лейкоза E26, а также куриным геном c-myb». Cell . 37 (2): 537–47. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (84) 90384-2 . PMID 6327074 . S2CID 46196167 .  
  8. ^ а б Джордж О.Л., Несс С.А. (октябрь 2014 г.). «Ситуационная осведомленность: регуляция фактора транскрипции myb в дифференцировке, клеточном цикле и онкогенезе» . Раки . 6 (4): 2049–71. DOI : 10,3390 / cancers6042049 . PMC 4276956 . PMID 25279451 .  
  9. ^ Stracke R, Вербер M, Weisshaar B (октябрь 2001). «Семейство генов R2R3-MYB в Arabidopsis thaliana». Curr. Мнение. Plant Biol . 4 (5): 447–56. DOI : 10.1016 / s1369-5266 (00) 00199-0 . PMID 11597504 . 
  10. ^ Himi E, Mares DJ, Янагисава A, Нода K (июль 2002). «Влияние гена окраски зерна (R) на состояние покоя зерна и чувствительность эмбриона к абсцизовой кислоте (ABA) в пшенице» . J. Exp. Бот . 53 (374): 1569–74. DOI : 10.1093 / JXB / erf005 . PMID 12096095 . 
  11. ↑ Винкель-Ширли Б. (июнь 2001 г.). «Биосинтез флавоноидов. Красочная модель для генетики, биохимии, клеточной биологии и биотехнологии» . Plant Physiol . 126 (2): 485–93. DOI : 10.1104 / pp.126.2.485 . PMC 1540115 . PMID 11402179 .  
  12. ^ Чопра S, Cocciolone С.М., бушменов S, Sangar V, McMullen MD, Петерсон T (март 2003). «Фактор нестабильности кукурузы для апельсина1 является доминантным эпигенетическим модификатором тканевого специфически молчащего аллеля цвета околоплодника1» . Генетика . 163 (3): 1135–46. PMC 1462483 . PMID 12663550 .  
  13. ^ Структурный и транскрипционный анализ сложного кластера P1-wr кукурузы. Вольфганг Гёттель, Иоахим Мессинг. Завод и животных геномов XVI Конференция архивации 2012-02-18 в Wayback Machine
  14. ↑ Dong X, Braun EL, Grotewold E (сентябрь 2001 г.). «Функциональная консервация вторичных метаболических ферментов растений, выявленная путем комплементации флавоноидных мутантов Arabidopsis генами кукурузы» (PDF) . Plant Physiol . 127 (1): 46–57. DOI : 10,1104 / pp.127.1.46 . PMC 117961 . PMID 11553733 .   
  15. Перейти ↑ Lee EA, Harper V (2002). «Супрессор пигментации перикарпия 1 (SPP1), новый ген, участвующий в накоплении флобафена в перикарпиях кукурузы (Zea mays L.)». Майдика . 47 (1): 51–58. ИНИСТ : 13772300
  16. ^ Grotewold Е, Драммонд BJ, Боуэна В, Т Петерсон (1994). «Ген Р, гомологичный myb, контролирует пигментацию флобафена в органах цветков кукурузы, напрямую активируя субнабор гена биосинтеза флавоноидов». Cell . 76 (3): 543–554. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (94) 90117-1 . PMID 8313474 . S2CID 42197232 .  
  17. ^ Boddu Дж, Svabek С, Ibraheem Ж, Джонс Д., Чопра S (2005). «Характеристика делеционного аллеля желтых семян гена сорго Myb, показывающая потерю 3-дезоксифлавоноидов». Растениеводство . 169 (3): 542–552. DOI : 10.1016 / j.plantsci.2005.05.007 . ИНИСТ : 16983977
  18. ^ Boddu J, Цзян С, Сангар В, Олсон Т, Т Петерсон, Чопра S (январь 2006). «Сравнительная структурная и функциональная характеристика дупликаций сорго и кукурузы, содержащих ортологичные регуляторы транскрипции myb для биосинтеза 3-дезоксифлавоноидов». Завод Мол. Биол . 60 (2): 185–99. DOI : 10.1007 / s11103-005-3568-1 . PMID 16429259 . S2CID 23841582 .  
  19. ^ Butelli Е, Личчарделло С, Чжан У, Лю Дж, Маккей S, Бейли Р, Reforgiato-Рекуперо G, Мартин С (2012). «Ретротранспозоны контролируют специфическое для фруктов, зависимое от холода накопление антоцианов в кровяных апельсинах» . Растительная клетка . 24 (3): 1242–55. DOI : 10.1105 / tpc.111.095232 . PMC 3336134 . PMID 22427337 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • О, я, Редди EP (1999). «Семейство генов myb в росте, дифференцировке и апоптозе клеток» . Онкоген . 18 (19): 3017–33. DOI : 10.1038 / sj.onc.1202839 . PMID  10378697 .
  • Николаидес NC, Гуальди Р., Касадеваль С., Манцелла Л., Калабретта Б. (1991). «Положительная ауторегуляция экспрессии c-myb через сайты связывания Myb в 5'-фланкирующей области гена c-myb человека» . Мол. Клетка. Биол . 11 (12): 6166–76. DOI : 10.1128 / mcb.11.12.6166 . PMC  361795 . PMID  1944282 .
  • Калькбреннер Ф, Геманн С., Мёллинг К. (1990). «Активация транскрипции человеческими генами c-myb и v-myb». Онкоген . 5 (5): 657–61. PMID  2189102 .
  • Вестин Э. Х., Горс К. М., Кларк М. Ф. (1990). «Альтернативный сплайсинг человеческого гена c-myb». Онкоген . 5 (8): 1117–24. PMID  2202948 .
  • Дасгупта П., Редди EP (1990). «Идентификация альтернативно сплайсированных транскриптов человеческого c-myb: молекулярное клонирование и анализ последовательности последовательностей экзона 9A человеческого c-myb». Онкоген . 4 (12): 1419–23. PMID  2687764 .
  • Янссен Дж. В., Верноле П., де Бур П. А., Остерхейс Дж. В., Коллард Дж. Г. (1986). «Сублокализация c-myb на 6q21 ---- q23 посредством гибридизации in situ и экспрессии c-myb в тератокарциноме человека с перестройками 6q». Cytogenet. Cell Genet . 41 (3): 129–35. DOI : 10.1159 / 000132217 . PMID  3007038 .
  • Slamon DJ, Boone TC, Murdock DC, Keith DE, Press MF, Larson RA, Souza LM (1986). «Исследования человеческого гена c-myb и его продукта при острых лейкозах человека». Наука . 233 (4761): 347–51. Bibcode : 1986Sci ... 233..347S . DOI : 10.1126 / science.3014652 . PMID  3014652 .
  • Majello B, Kenyon LC, Dalla-Favera R (1987). «Протоонкоген c-myb человека: нуклеотидная последовательность кДНК и организация геномного локуса» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 83 (24): 9636–40. DOI : 10.1073 / pnas.83.24.9636 . PMC  387195 . PMID  3540945 .
  • Щилик С., Скорски Т., Ку Д.Х., Николаидес Н.С., Вен С.К., Рудницка Л., Бонати А., Малагуарнера Л., Калабретта Б. (1993). «Регулирование пролиферации и экспрессии цитокинов фибробластов костного мозга: роль c-myb» . J. Exp. Med . 178 (3): 997–1005. DOI : 10,1084 / jem.178.3.997 . PMC  2191153 . PMID  7688794 .
  • Krieg J, Oelgeschläger M, Janknecht R, Lüscher B (1995). «Связывание ДНК с высоким сродством нативного полноразмерного c-Myb и дифференциальная протеолитическая чувствительность его N- и C-концевых доменов». Онкоген . 10 (11): 2221–8. PMID  7784067 .
  • Джейкобс С.М., Горс К.М., Вестин Э.Х. (1994). «Идентификация второго промотора в протоонкогене c-myb человека». Онкоген . 9 (1): 227–35. PMID  8302584 .
  • Фавье Д., Гонда Т.Дж. (1994). «Обнаружение белков, которые связываются с мотивом лейциновой молнии c-Myb». Онкоген . 9 (1): 305–11. PMID  8302594 .
  • Глейзер Р., Лафуз В.П., Бонно Р.Х., Аткинсон С., Киколт-Глейзер Дж. К. (1993). «Стресс-ассоциированная модуляция экспрессии протоонкогена в лейкоцитах периферической крови человека». Behav. Neurosci . 107 (3): 525–9. DOI : 10.1037 / 0735-7044.107.3.525 . PMID  8329139 .
  • Dash AB, Orrico FC, Ness SA (1996). «Мотив EVES опосредует как межмолекулярную, так и внутримолекулярную регуляцию c-Myb» . Genes Dev . 10 (15): 1858–69. DOI : 10,1101 / gad.10.15.1858 . PMID  8756344 .
  • Форбрюгген Г., Ловрич Дж., Мёллинг К. (1997). «Функциональный анализ фосфорилирования серина 532 человеческого c-Myb с помощью MAP-киназы». Биол. Chem . 377 (11): 721–30. DOI : 10.1515 / bchm3.1996.377.11.721 . PMID  8960373 .
  • Тавнер Ф.Дж., Симпсон Р., Таширо С., Фавье Д., Дженкинс Н.А., Гилберт Д.Дж., Коупленд Н.Г., Макмиллан Е.М., Лютвиче Дж., Кео Р.А., Исии С., Гонда Т.Дж. (1998). «Молекулярное клонирование показывает, что белок, связывающий p160 Myb, является новым, преимущественно ядрышковым белком, который может играть роль в трансактивации Myb» . Мол. Клетка. Биол . 18 (2): 989–1002. DOI : 10,1128 / MCB.18.2.989 . PMC  108811 . PMID  9447996 .
  • Хедж С.П., Кумар А., Куршнер С., Шапиро Л.Х. (1998). «c-Maf взаимодействует с c-Myb, чтобы регулировать транскрипцию раннего миелоидного гена во время дифференцировки» . Мол. Клетка. Биол . 18 (5): 2729–37. DOI : 10.1128 / mcb.18.5.2729 . PMC  110652 . PMID  9566892 .
  • Леверсон Дж. Д., Коскинен П. Дж., Оррико Ф. К., Райнио Е. М., Ялканен К. Дж., Даш А. Б., Эйзенман Р. Н., Несс С. А. (1998). «Киназа Pim-1 и p100 взаимодействуют для усиления активности c-Myb». Мол. Cell . 2 (4): 417–25. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (00) 80141-0 . PMID  9809063 .
  • Томпсон М.А., Розенталь М.А., Эллис С.Л., Френд А.Дж., Зорбас М.И., Уайтхед Р.Х., Рамзи Р.Г. (1998). «Подавление c-Myb связано с дифференцировкой клеток толстой кишки человека, апоптозом и снижением экспрессии Bcl-2». Cancer Res . 58 (22): 5168–75. PMID  9823328 .
  • Вербеек В., Гомбарт А.Ф., Чумаков А.М., Мюллер С., Фридман А.Д., Кёффлер Х.П. (1999). «C / EBPepsilon напрямую взаимодействует с ДНК-связывающим доменом c-myb и кооперативно активирует транскрипцию миелоидных промоторов» . Кровь . 93 (10): 3327–37. DOI : 10.1182 / blood.V93.10.3327 . PMID  10233885 .

Внешние ссылки [ править ]

  • MYB + белок, + человек по медицинским предметным рубрикам Национальной медицинской библиотеки США (MeSH)
  • Онкогеноподобный Drosophila Myb - Интерактивная муха
  • Семейство MYB Arabidospsis thaliana в базе данных факторов транскрипции Arabidopsis (DATF)

Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США , находящийся в открытом доступе .