Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено из ПО масс-спектрометрии )
Перейти к навигации Перейти к поиску

Программное обеспечение для масс-спектрометрии - это программное обеспечение, используемое для сбора данных [1], анализа или представления в масс-спектрометрии .

Программное обеспечение для протеомики [ править ]

Дополнительная информация: масс-спектрометрия белков

В масс-спектрометрии белков для идентификации белков / пептидов используются эксперименты с тандемной масс-спектрометрией (также известные как МС / МС или МС 2 ) . Алгоритмы идентификации пептидов делятся на два широких класса: поиск в базе данных и поиск de novo . Первый поиск осуществляется в базе данных, содержащей все аминокислотные последовательности, предположительно присутствующие в анализируемом образце, тогда как последний позволяет вывести пептидные последовательности без знания геномных данных.

Алгоритмы поиска в базе данных [ править ]

ИмяТипОписание
ProSightPC и ProSightPDпроприетарныйProSightPC / PD - это программные инструменты для поиска данных тандемной масс-спектрометрии пептидов и белков в базах данных UniProt. Используя набор известных протеоформ, программное обеспечение может эффективно искать известное пространство протеоформ, идентифицируя и характеризуя протеоформы.
TopPICОткрытый исходный кодTopPIC (Идентификация и характеристика протеоформ на основе масс-спектрометрии сверху вниз) идентифицирует и характеризует протеоформы на уровне протеома путем поиска нисходящих тандемных масс-спектров по базе данных последовательностей белков. TopPIC является преемником MS-Align +. Он эффективно идентифицирует протеоформы с неожиданными изменениями, такими как мутации и посттрансляционные модификации (PTM), точно оценивает статистическую значимость идентификации и характеризует зарегистрированные протеоформы с неизвестными массовыми сдвигами. Он использует несколько методов, таких как индексы, спектральное выравнивание, методы функции генерации и оценка идентификации модификации (MIScore), для увеличения скорости, чувствительности и точности. [2]
TopMGОткрытый исходный кодTopMG (Идентификация протеоформ на основе масс-спектрометрии сверху вниз с использованием масс-графиков) - это программный инструмент для идентификации ультрамодифицированных протеоформ путем поиска нисходящих тандемных масс-спектров по базе данных последовательностей белков. Он способен идентифицировать протеоформы с множественными вариабельными PTM и неожиданными изменениями, такие как протеоформы гистонов и фосфорилированные. Он использует массовые графики, которые эффективно представляют кандидаты протеоформ с множеством переменных PTM, чтобы увеличить скорость и чувствительность идентификации протеоформ. Кроме того, для фильтрации последовательностей белков используются приблизительные методы фильтрации на основе спектра, а для оценки статистической значимости идентификаций используется метод Монте-Карло с цепью Маркова (TopMCMC). [3]
Андромеда (часть MaxQuant)бесплатное ПОAndromeda - это система поиска пептидов, основанная на вероятностной оценке. По данным протеома, Andromeda работает так же хорошо, как Mascot, широко используемая коммерческая поисковая машина, если судить по анализу чувствительности и специфичности, основанному на поиске ложных целей. Он может обрабатывать данные с произвольно высокой точностью массы фрагментов, он способен назначать и оценивать сложные шаблоны посттрансляционных модификаций, таких как сильно фосфорилированные пептиды, и вмещает чрезвычайно большие базы данных. Andromeda может работать независимо или интегрироваться в MaxQuant. Эта комбинация позволяет анализировать большие наборы данных на настольном компьютере. Идентификация ко-фрагментированных пептидов увеличивает количество идентифицированных пептидов. Разработано Юргеном Коксом и другими в Институте биохимии Макса Планка . [4]
ByonicпроприетарныйАлгоритм поиска в базе данных, выпущенный в 2011 году компанией Protein Metrics Inc. с оригинальными разработками в PARC [5], который выполняет поиск данных MS / MS со всех типов инструментов и внутренне использует программу Combyne [6], которая объединяет идентификацию пептидов для получения оценок и идентификации белков. вероятности.
КометаОткрытый исходный кодАлгоритм поиска в базе данных, разработанный в Вашингтонском университете, доступен для Windows и Linux. Обратите внимание, что Comet - это просто двоичный файл командной строки, который выполняет поиск в базе данных MS / MS. Он принимает спектры в некотором поддерживаемом формате ввода и записывает файлы .pep.xml, .pin.xml, .sqt и / или .out. Вам понадобится какой-то другой инструмент (ы) поддержки, чтобы действительно использовать результаты Comet (доступен только графический интерфейс для Windows). [7]
Tide (переработка Crux)Открытый исходный кодTide - это инструмент для идентификации пептидов по тандемным масс-спектрам. Это независимая реализация алгоритма SEQUEST, который идентифицирует пептиды путем сравнения наблюдаемых спектров с каталогом теоретических спектров, полученных in silico из базы данных известных белков. Непосредственным предком Tide является Crux, но Tide был полностью переработан, чтобы добиться тысячекратного увеличения скорости при точном воспроизведении результатов SEQUEST XCorr. Разработан в Вашингтонском университете . [8]
СерыйОткрытый исходный кодАлгоритм поиска в базе данных, разработанный в Институте медицинских исследований Стоуэрса, предназначен для выполнения больших поисков в вычислительных кластерах с сотнями узлов.
ОсмотретьОткрытый исходный кодАлгоритм поиска MS-выравнивания доступен в Центре вычислительной масс-спектрометрии Калифорнийского университета в Сан-Диего [9]
ТалисманпроприетарныйВыполняет анализ данных масс-спектрометрии посредством статистической оценки совпадений между наблюдаемыми и прогнозируемыми пептидными фрагментами. [10]
MassMatrixбесплатное ПОMassMatrix - это алгоритм поиска в базе данных тандемных масс-спектрометрических данных. Для ранжирования совпадений пептидов и белков используется модель вероятностной оценки, чувствительная к массе.
MassWizОткрытый исходный кодАлгоритм поиска, разработанный в Институте геномики и интегративной биологии, доступен в виде инструмента командной строки Windows.
MS-GF +Открытый исходный кодMS-GF + (также известный как MSGF + или MSGFPlus) выполняет идентификацию пептидов путем оценки спектров МС / МС против пептидов, полученных из базы данных последовательностей белков. Он поддерживает стандартный входной файл HUPO PSI (mzML) и сохраняет результаты в формате mzIdentML, хотя результаты можно легко преобразовать в TSV. ProteomeXchange поддерживает отправку полных данных с использованием результатов поиска MS-GF +. Разработан в Центре вычислительной масс-спектрометрии Калифорнийского университета в Сан-Диего, позже работал в Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории (PNNL)
MSFraggerбесплатное ПОБыстрый поиск в базе данных на основе эффективной индексации ионных фрагментов. Возможность открытого (толерантного к массе) поиска для обнаружения посттрансляционных модификаций, поиска по O- и N-связанной гликопротеомике , полу- и неферментативного поиска в дополнение к традиционному поиску в базе данных. Разработан в Мичиганском университете . [11]
MyriMatchОткрытый исходный кодПрограмма поиска в базе данных, разработанная в Медицинском центре Университета Вандербильта, предназначена для работы в среде с одним компьютером или во всем кластере узлов обработки. [12]
МС-ЛАМПАОткрытый исходный кодАвтономное программное обеспечение, способное помочь в интерпретации данных масс-спектрометрии липидов с ионизацией электрораспылением (ESI) и / или лазерной десорбцией и ионизацией с использованием матрицы (MALDI). [13]
OMSSAбесплатное ПОАлгоритм открытого масс-спектрометрического поиска (OMSSA) - это эффективная поисковая машина для идентификации спектров МС / МС пептидов путем поиска в библиотеках известных последовательностей белков. OMSSA оценивает значимые совпадения с помощью шкалы вероятности, разработанной с использованием классической проверки гипотез, того же статистического метода, который используется в BLAST. Он разработан в Национальном центре биотехнологической информации . [14] [15]
ПИКС БДпроприетарныйМеханизм поиска по базам данных, работающий параллельно с секвенированием de novo, для автоматической проверки результатов поиска, что позволяет найти большее количество найденных последовательностей при заданном уровне ложного обнаружения. Помимо обеспечения независимого поиска в базе данных, результаты могут быть включены в состав многопроцессорного программного обеспечения (Sequest, Mascot, X! Tandem, OMSSA, PEAKS DB) консенсусного инструмента отчетности inChorus. [16] Инструмент также предоставляет список последовательностей, идентифицированных исключительно путем секвенирования de novo.
pFindбесплатное ПОpFind Studio - это вычислительное решение для протеомики на основе масс-спектрометрии, оно появилось в 2002 году в Институте вычислительных технологий Китайской академии наук, Пекин, Китай.
ФеникспроприетарныйРазработано Женевской биоинформатикой (GeneBio) в сотрудничестве со Швейцарским институтом биоинформатики (SIB). Phenyx включает в себя OLAV, семейство статистических моделей оценки, для создания и оптимизации схем оценки, которые могут быть адаптированы для всех видов инструментов, инструментальных установок и общей обработки образцов. [17]
ProbIDОткрытый исходный кодPI - это мощный пакет для анализа тандемного масс-спектра. ProbID стремится удовлетворить потребность в глубоком анализе тандемного масс-спектра, включая правила фрагментации, предпочтение расщепления, нейтральные потери и т. Д. Разработано в группе биоинформатики Института вычислительных технологий Китайской академии наук, Пекин, Китай. [18]
ProLuCIDбесплатное ПОProLuCID - это быстрая и чувствительная программа идентификации белков на основе тандемных масс-спектров, недавно разработанная Тао Сю и другими в лаборатории Йейтса в Исследовательском институте Скриппса. [19]
Программное обеспечение ProteinPilotпроприетарныйИспользует алгоритм поиска в базе данных Paragon, который сочетает в себе создание тегов коротких последовательностей («теглетов») для вычисления значений температуры последовательности и оценок вероятностей признаков, чтобы обеспечить идентификацию пептидов с учетом сотен модификаций, нетриптических расщеплений и аминокислотных замен. Использует алгоритм Pro Group для анализа логического вывода белков, чтобы сообщить минимальный набор белков, обоснованный на основе данных о пептидах. Поддерживает количественную оценку рабочих процессов на основе меток (реагенты iTRAQ, реагенты mTRAQ и маркировка SILAC). Уровень перевода переводит элементы управления пользовательского интерфейса на языке исследователя-протеомика в базовые комплексные параметры информатики. [20]
Исследователь протеинаОткрытый исходный кодProtein Prospector - это пакет из около двадцати инструментов протеомного анализа, разработанный в Калифорнийском университете в Сан-Франциско . Программное обеспечение для тандемного масс-спектрометрического поиска - это Batch-Tag / Batch-Tag Web, результаты которого обрабатываются и отображаются с помощью Search Compare. Он использует системы оценки, адаптированные к инструментам и режиму фрагментации, чтобы оптимизировать анализ различных типов данных фрагментации.
RAIdпотерялРазработанный в Национальном центре биотехнологической информации, надежная точная идентификация (RAId) [21] представляет собой набор инструментов протеомики для анализа данных тандемной масс-спектрометрии с точной статистикой. [22]
ЗАПРОСпроприетарныйИдентифицирует коллекции тандемных масс-спектров пептидных последовательностей, которые были созданы из баз данных белковых последовательностей. [23]
SIMSОткрытый исходный кодSIMS (Sequential Interval Motif Search) - это программный инструмент, предназначенный для выполнения неограниченного поиска PTM по тандемным масс-спектрам; пользователям не нужно характеризовать потенциальные PTM. Вместо этого пользователям нужно только указать диапазон масс модификации для каждой отдельной аминокислоты. [24]
SimTandemбесплатное ПОМеханизм поиска по базе данных для идентификации пептидных последовательностей по данным ЖХ / МС / МС; Движок можно использовать как внешний инструмент в OpenMS / TOPP. [25]
SQIDОткрытый исходный кодSeQuence IDentification (SQID) - это алгоритм идентификации белков с включенной интенсивностью для тандемной масс-спектрометрии.
X! ТандемОткрытый исходный кодСоответствует тандемным масс-спектрам с пептидными последовательностями.
WsearchVS2020бесплатное ПОПрограммное обеспечение для анализа данных, которое может отображать спектры, полученные на коммерческих приборах МС. Может также искать / сопоставлять коммерческую базу данных NIST

Алгоритмы секвенирования de novo [ править ]

Алгоритмы секвенирования пептидов de novo в основном основаны на подходе, предложенном Bartels et al. (1990). [26]

ИмяТипОписание
CycloBranchОткрытый исходный кодАвтономный кроссплатформенный механизм de novo с открытым исходным кодом для идентификации нерибосомальных пептидов (линейных, циклических, разветвленных и разветвленных) по точным спектрам ионов-продуктов. [27]
DeNovoXпроприетарныйDe novo секвенирование на спектрах CID, полученных с помощью масс-спектрометров с ионной ловушкой, доставляющих полные и / или частичные пептидные последовательности (теги последовательностей). [28]
DeNoSСеквенирование пептидов с использованием всей информации из спектров CAD и ECD; часть программного инструмента Proteinmatching Analysis Software (PAS), который, в свою очередь, является частью программного пакета Medicwave Bioinformatics Suite (MBS). [29]
ЛютефискОткрытый исходный кодПрограмма для интерпретации de novo спектров CID пептидов.
Новорпроприетарный, бесплатно для академических исследованийМеханизм определения последовательности пептидов de novo в реальном времени, который является быстрым, точным и простым для интеграции в исследовательские программы. Novor может de novo секвенировать более 300 спектров МС / МС в секунду на портативном компьютере Macbook Pro. [30]
ПИКСпроприетарныйСеквенирование de novo для каждого пептида, оценка достоверности при назначении отдельных аминокислот в ручном режиме и автоматическое секвенирование de novo на всем цикле ЖХ обрабатывали данные быстрее, чем 1 спектр в секунду. [31] [32]
СверхновопроприетарныйУникальное решение без использования рук для сквозного секвенирования de novo моноклональных антител

Алгоритмы поиска гомологии [ править ]

ИмяТипОписание
MS-гомологияОткрытый исходный кодMS-Homology - это программа поиска в базе данных в пакете Protein Prospector, которая позволяет выполнять поиск по строкам, которые объединяют массы и аминокислотные отрезки, где можно указать количество разрешенных аминокислотных несоответствий.
ПАУКпроприетарныйАлгоритм SPIDER сопоставляет теги последовательностей с ошибками с последовательностями базы данных с целью идентификации белков и пептидов и может использоваться в сочетании с программным обеспечением для анализа данных масс-спектрометрии PEAKS.

Количественная оценка пептидов MS / MS [ править ]

Дополнительная информация: Количественная протеомика
ИмяТипОписание
Программное обеспечение MarkerViewпроприетарныйКоммерческое программное обеспечение для статистического анализа наборов количественных данных масс-спектрометрии из приложений метаболомики и протеомного профилирования.
Талисман ДистилляторпроприетарныйПрограммное обеспечение для пикового пика и предварительной обработки необработанных данных. Имеет дополнительный набор инструментов для количественной оценки без меток, а также для изобарической и изотопной маркировки . Поддерживает необработанные форматы файлов от всех основных поставщиков инструментов.
Сервер талисманапроприетарныйПоисковая машина поддерживает количественную оценку на основе изобарической маркировки, если вся необходимая информация является частью спектра МС / МС.
MassChroQОткрытый исходный кодКоличественный анализ пептидов без использования меток или различных методов мечения изотопов ( SILAC , ICAT, N-15, C-13…), работает со спектрометрическими системами высокого и низкого разрешения, поддерживает комплексную обработку данных, например фракционирование пептидов или белков перед анализом ЖХ-МС (SCX, SDS-PAGE и т. Д.).
MaxQuantбесплатное ПОПрограммное обеспечение для количественной протеомики, разработанное Юргеном Коксом и другими в Институте биохимии Макса Планка в Мартинсриде , Германия, написанное на C #, которое позволяет анализировать протеомные эксперименты без меток и на основе SILAC .
Программное обеспечение MultiQuantпроприетарныйМожет обрабатывать наборы количественных данных из систем TripleTOF или QTRAP, включая MRM и SWATH Acquisition .
OpenMS / TOPPОткрытый исходный кодПрограммное обеспечение Библиотека C ++ для управления и анализа данных ЖХ-МС / МС, предлагающая инфраструктуру для разработки программного обеспечения, связанного с масс-спектрометрией. Позволяет пептид и метаболит квантификации, поддерживая этикетки , свободной и изотопно-меток на основе количественной оценки (например, iTRAQ и TMT и SILAC ), а также целевой ВАЛКА-MS количественной оценки. [33]
OpenPIPсайт, открытый доступOpenPIP - это веб-инструмент с открытым доступом, разработанный InterVenn Biosciences для интеграции пиков, полученных в экспериментах по мониторингу множественных реакций (MRM). Программное обеспечение работает на рекуррентных нейронных сетях и было обучено массивному набору аннотированных вручную хроматографических пиков.
ProtMaxбесплатное ПОProtMAX [34] - это программный инструмент для анализа наборов данных масс-спектрометрии протеомики дробовика, разработанный Фолькером Эгельхофером из Венского университета.
СпектронавтпроприетарныйКоммерческое программное обеспечение для количественной протеомики, разработанное Biognosys AG (Шлирен, Швейцария) на основе алгоритма mProphet [35], которое позволяет проводить целевой анализ наборов данных независимого сбора данных (DIA) для количественного определения пептидов без меток, также называемого сбором SWATH. [36]
ГоризонтОткрытый исходный кодКлиентское программное обеспечение Windows с открытым исходным кодом (Apache 2.0), разработанное в лаборатории MacCoss в Вашингтонском университете [37], которое поддерживает создание мониторинга выбранных реакций (SRM) / мониторинга множественных реакций (MRM), мониторинга параллельных реакций (PRM - Target MS / MS), Независимый сбор данных (DIA / SWATH) и целевой DDA с количественными методами MS1 и анализ полученных данных масс-спектрометра.
Программное обеспечение SWATH 2.0проприетарныйКоммерческий программный инструмент обработки в PeakView, который позволяет целенаправленно обрабатывать данные, полученные SWATH . Используя библиотеку белков / пептидных ионов, генерируют ионные хроматограммы с экстракцией ионных фрагментов (XIC), оценивают и количественно определяют пептиды из библиотеки. После анализа частоты ложных открытий (FDR) результаты фильтруются, и количественные данные о пептидах / белках могут быть экспортированы для статистического анализа.
BACIQОткрытый исходный кодBACIQ - это математически строгий подход, который объединяет интенсивности пептидов и согласованность измерений пептидов в доверительные интервалы для соотношений белков (BACIQ). Основными преимуществами BACIQ являются: 1) он устраняет необходимость порогового значения сообщаемого пептидного сигнала на основе произвольного отсечения, тем самым сообщая больше измерений из данного эксперимента; 2) доверие может быть присвоено без повторов; 3) для повторных экспериментов BACIQ обеспечивает доверительные интервалы для объединения, а не пересечения количественно определенных белков; 4) для повторных экспериментов доверительные интервалы BACIQ более предсказуемы, чем доверительные интервалы, основанные на согласовании измерений белка.

Другое программное обеспечение [ править ]

ИмяТипОписание
HI квантОткрытый исходный кодМодель из первых принципов и алгоритм для количественной оценки стехиометрии протеоформ на основе восходящих данных. [38]
TopFDОткрытый исходный кодTopFD (Нисходящее масс-спектральное обнаружение) - это программный инструмент для нисходящей спектральной деконволюции, преемник MS-Deconv. Он группирует нисходящие спектральные пики в изотопомерные оболочки и конвертирует изотопомерные оболочки в моноизотопные нейтральные массы. Кроме того, он извлекает свойства протеоформ из данных ЖХ-МС или КЭ-МС.
Художник: Clover Biosoftпроприетарный(Искусственный интеллект) Инструменты анализа данных MALDI-TOF MS и обнаружения биомаркеров, основанные на алгоритмах искусственного интеллекта и машинного обучения. ArtIST - это онлайн-сервис.
Развитие химиипроприетарныйКоммерческие решения для интерпретации данных MS и xC / MS с сопоставлением спектра / структуры, идентификации известных и неизвестных метаболитов, а также для идентификации соединений посредством спектрального сравнения.
АналитикпроприетарныйПрограммное обеспечение от AB Sciex, подразделения Danaher Corporation .
AnalyzerProпроприетарныйНезависимое от производителя программное обеспечение SpectralWorks для обработки данных масс-спектрометрии. Он может обрабатывать данные как ГХ-МС, так и ЖХ-МС с использованием качественной и количественной обработки данных и используется в метаболомике с помощью MatrixAnalyzer для сравнения нескольких наборов данных. Недавно расширен и включает инструменты статистического анализа и визуализации (PCA). AnalyzerPro XD - это 64-битная версия, которая включает поддержку двухмерной обработки данных, такой как GCxGC-MS.
CFM-IDОткрытый исходный кодПрограммное обеспечение для in-silico предсказания спектров ESI-MS / MS, аннотации спектров MS / MS и идентификации соединений на основе спектра MS / MS. Разработано в Wishartlab [39] [40] [41] [42]
ХромелеонпроприетарныйПрограммное обеспечение от Thermo Fisher Scientific, используемое с масс-спектрометрическими приборами, а также с приборами для хроматографии.
CrosslinxОткрытый исходный кодОпределите сшитые пептиды из файлов mzML. Скрипт Python или автономные исполняемые файлы для Linux и Windows. Возможно для больших баз данных с двухэтапным подходом. [43]
DeNovoGUIОткрытый исходный кодПрограммное обеспечение с графическим пользовательским интерфейсом для запуска параллельных версий свободно доступных программных инструментов для секвенирования de novo Novor и PepNovo +. [44]
ИзотопОткрытый исходный кодПрограммное обеспечение для архивирования, систематизации и анализа данных масс-спектрометра. В настоящее время ориентирован на анализ слипшегося CO 2, но также полезен для работы с объемным CO 2 и может быть расширен на другие изотопные системы.
[Эль-МАВЕН]Открытый исходный кодНастольное программное обеспечение от Elucidata для обработки помеченных данных ЖХ-МС, ГХ-МС и ЖХ-МС / МС в открытых форматах (mzXML, mzML, CDF). Программное обеспечение имеет графический интерфейс и интерфейс командной строки с интеграцией с облачной платформой для хранения и дальнейшего анализа, такого как относительный поток и количественная оценка. [45]
ESIprotПозволяет определять зарядовое состояние и вычислять молекулярную массу для данных масс-спектрометрии (МС) с ионизацией электрораспылением (ESI) низкого разрешения (МС) белков. [46]
ЭкспрессионистпроприетарныйКорпоративное программное решение Genedata для обработки, анализа и представления данных масс-спектрометрии в таких прикладных областях, как определение характеристик биотерапевтических средств, мониторинг качества и связанные с ними приложения для протеомики и метаболомики.
Программное обеспечение для спектроскопии KnowItAll и библиотека масс- спектровпроприетарныйПрограммное обеспечение от Wiley с решениями для масс-спектрометрии, включая: спектральный анализ, поиск в базе данных (спектр, структура, пик, свойства и т. Д.), Обработку, создание базы данных (МС или несколько методов, включая ИК, Раман, ЯМР, УФ, хроматограммы), спектральные вычитание, а также инструменты для составления отчетов и рисования структуры ChemWindow .
LabSolutions ЖХМСпроприетарныйПрограммное обеспечение Shimadzu Corporation, используемое с приборами масс-спектрометрии и ВЭЖХ.
Масса ++Открытый исходный кодПрограммное обеспечение для анализа масс-спектрометрии, которое может импортировать и экспортировать файлы с открытыми форматами (mzXML, mzML) и загружать некоторые форматы поставщиков приборов; пользователи могут разрабатывать и добавлять оригинальные функции в виде подключаемых модулей Mass ++.
MassBank.jpинтернет сайтвеб-сайт Института передовых биологических наук в университете Кейо , город Цуруока , Ямагата , Япония, с масс-спектрометрическими данными для органических соединений.
MassBank.euинтернет сайтЕвропейский сервер MassBank. Веб-сайт поддерживается и размещается Центром экологических исследований им. Гельмгольца (Лейпциг, Германия).
MassBankОткрытый исходный кодВеб-сайт разработки MassBank и RMassBank, предоставленный консорциумом MassBank. Данные MassBank доступны по лицензии Creative Commons.
MassCenterпроприетарныйПрограммное обеспечение JEOL, используемое с масс-спектрометрическими приборами.
Массовая границапроприетарныйПрограммное обеспечение HighChem, используемое для интерпретации и управления масс-спектрами малых молекул.
MassLynxпроприетарныйПрограммное обеспечение от Waters Corporation .
MassMapпроприетарныйУниверсальный программный пакет для автоматической оценки данных МС от MassMap GmbH & Co. KG , подходящий для данных ЖХ / МС и ГХ / МС всех видов молекул, анализа неповрежденных масс-спектров белков, анализа общих экспериментов HDX и анализ пептидов на фрагмент HDX с особым методом идентификации неожиданных / неизвестных компонентов даже в очень сложных смесях.
Массой доОткрытый исходный кодУтилита для протеомики, предназначенная для поддержки предварительной обработки и анализа данных масс-спектрометрии MALDI-TOF, которая загружает данные из файлов mzML, mzXML и CSV и позволяет пользователям применять базовую коррекцию, нормализацию, сглаживание, обнаружение пиков и сопоставление пиков. Кроме того, он позволяет применять различные методы машинного обучения и статистические методы к предварительно обработанным данным для обнаружения биомаркеров, неконтролируемой кластеризации и контролируемой классификации образцов. [47]
massXpertGPL с открытым исходным кодомПрограммное обеспечение на основе графического интерфейса пользователя (GUI) для моделирования и анализа масс-спектрометрических данных, полученных на известных последовательностях биополимеров. [48] Преемник polyxmass. Программа из программного комплекса msxpertsuite.org .
матчиОткрытый исходный кодБиблиотека Python для импорта, очистки, обработки и количественного сравнения спектров МС / МС. Разработано в Нидерландском центре электронной науки . [49]
База данных и технологическая платформа МЕТЛИНпроприетарныйСозданный в 2003 году, METLIN теперь включает более миллиона молекул, включая липиды, стероиды, метаболиты растений и бактерий, небольшие пептиды, углеводы, экзогенные лекарства / метаболиты, метаболиты центрального углерода и токсические вещества. Метаболиты и другие небольшие молекулы были индивидуально проанализированы для получения как эмпирических, так и in silico данных МС / МС.
mineXpertGPL с открытым исходным кодомПрограммное обеспечение на основе графического пользовательского интерфейса (GUI) для визуализации / анализа масс-спектральных данных. Поддерживает масс-спектрометрию ионной подвижности. [50] Программа из программного комплекса msxpertsuite.org .
мМассаОткрытый исходный кодМультиплатформенный пакет инструментов для анализа и интерпретации масс-спектрометрических данных, написанный на Python (больше не разрабатывается).
МоланаМолана был разработан Phenomenome Открытий Inc (PDI) для использования в ионики масс - спектрометрии группы 3Q Molecular Analyzer, тройной квадрупольный масс - спектрометр
ms2mzбесплатное ПОУтилита для преобразования между форматами файлов масс-спектрометра, например, для преобразования закрытых двоичных файлов в файлы списка пиков MGF для подготовки файлов для загрузки в Proteome Cluster.
MSGraphОткрытый исходный код
MSightбесплатное ПОПрограммное обеспечение для масс-спектрометрической визуализации, разработанное Швейцарским институтом биоинформатики . [51]
MSiReaderбесплатное ПОНе зависящий от поставщика интерфейс, созданный на платформе Matlab, предназначенный для просмотра и анализа данных масс-спектрометрических изображений (MSI). [52] Matlab не требуется для использования MSiReader.
mspireОткрытый исходный кодНабор инструментов для разработчиков масс-спектрометрии и информатики, написанный на ruby, который включает в себя считывающее / записывающее устройство mzML, расщепление in-silico и расчет изотопной структуры и т. Д .; субмодули, такие как mspire-lipidomics, mspire-sequest и mspire-simulator, расширяют функциональность. [53]
MSqRobОткрытый исходный кодПакет R с графическим пользовательским интерфейсом для надежного дифференциального анализа численности количественных протеомных данных без меток. [54] [55] [56]
MultimagingпроприетарныйПрограммное обеспечение для масс-спектрометрической визуализации, предназначенное для нормализации, проверки и интерпретации МС-изображений.
набор инструментов multiMSОткрытый исходный кодms-alone и multiMS-toolbox - это набор инструментов для извлечения пиков данных масс-спектрометрии и статистического анализа.
mzCloudинтернет сайтИнтернет-база данных масс-спектров, которая включает в себя коллекцию данных тандемной масс-спектрометрии с высоким и низким разрешением, полученных при различных экспериментальных условиях.
MZmine 2Открытый исходный кодПрограммное обеспечение с открытым исходным кодом для обработки данных масс-спектрометрии с упором на данные ЖХ-МС.
OmicsHub ПротеомикаOmicsHub Proteomics сочетает в себе LIMS для управления массовой информацией с функциями анализа данных на одной платформе.
OpenChromОткрытый исходный кодПрограммное обеспечение для хроматографии и масс-спектрометрии, которое может быть расширено с помощью плагинов и доступно для нескольких операционных систем (Microsoft Windows, Linux, Unix, Mac OS X) и архитектур процессоров (x86, x86_64, ppc). с конвертерами для собственного доступа к различным файлам данных, например конвертерами для файловых форматов mzXML, netCDF, Agilent, Finnigan и Varian.
ОРИГАМИОткрытый исходный кодПрограммный пакет для анализа наборов данных масс-спектрометрии и масс-спектрометрии ионной подвижности. ORIGAMI изначально был разработан для улучшения рабочих процессов анализа активированных наборов данных IM-MS / развертки, вызванной столкновениями (CIU), и обеспечения бесшовной визуализации результатов. Недавно ORIGAMI был изменен, чтобы в большей степени воспринимать результаты, не относящиеся к MS, и позволяет визуализировать результаты из других источников, а также позволяет экспортировать все результаты в интерактивном формате, в котором пользователь может делиться любым набором данных и визуализировать его в интернет-браузере. [57]
PatternLabбесплатное ПОПрограммное обеспечение для пост-анализа результатов поиска в базе данных SEQUEST, ProLuCID или Comet, отфильтрованных с помощью DTASelect или Census. [58]
pyOpenMSОткрытый исходный кодpyOpenMS - это библиотека Python с открытым исходным кодом для масс-спектрометрии, специально для анализа данных протеомики и метаболомики в Python.
SIM-XLбесплатное ПОМашина для определения спектра для сшитых пептидов (SIM-XL) - это быстрая и чувствительная поисковая машина XL, которая является частью PatternLab для среды протеомики и предназначена для анализа данных тандемной масс-спектрометрии, полученных из сшитых пептидов. [59]
ПавлинОткрытый исходный кодПриложение Mac OS X, разработанное Йоханом Кулом, которое можно использовать для интерпретации файлов данных газовой хроматографии / масс-спектрометрии (ГХ / МС).
PeakInvestigatorпроприетарныйЭффективное улучшение разрешения в 3-4 раза при постобработке исходных данных профиля, выводимых из массовых спецификаций. Усовершенствованное программное обеспечение Veritomyx для обработки сигналов для обнаружения пиков, деконволюции и центроида необработанных данных масс-спектрометрии выявляет несколько пиков, скрытых в перекрывающихся данных. Примечательные особенности: улучшение на порядок точности массы и содержания для деконволюционных пиков; локальная динамическая базовая линия; усовершенствованный алгоритм определения пороговых значений увеличивает чувствительность в широком динамическом диапазоне; статистически управляемый и полностью автоматизированный (без вариаций от пользователя к пользователю). Более полные и точные результирующие списки масс позволяют более быстрое и экономичное последующее определение правильных биомолекулярных идентификаций.
PinnacleПроприетарныйОт всестороннего количественного определения многих тысяч белков в сотнях образцов с использованием DDA, DIA, PRM или SRM с полностью интегрированной статистикой и биологической интерпретацией до полной процедуры идентификации N-связанных гликопротеинов до очень глубокого анализа характеристик белков, включая картирование пептидов, поиск устойчивых к ошибкам и анализ дисульфидов - все это доступно в одном программном обеспечении. Анализ сотен образцов создает большие проблемы с вариациями ЖХ и МС в течение нескольких месяцев после сбора данных, и программное обеспечение может автоматически исправить это. Возможности визуализации, редактирования и аннотации могут быть адаптированы для работы на высоком уровне белков или на гораздо более низком уровне переходов или изотопов.
PIQMIeсетьProteomics Identification / Quantitations Data Management and Integration Service - это веб-инструмент, который помогает в надежном и масштабируемом управлении данными, анализе и визуализации полуколичественных ( SILAC ) протеомических экспериментов. [60]
ПОТАМООткрытый исходный кодВеб-приложение, которое предоставляет рассчитанные масс-спектрометрические данные независимо от приборов, ориентированных на хорошо известное семейство белков гистонов, чьи PTM, как полагают, играют решающую роль в регуляции генов; вычисляет вид, количество и комбинации возможных PTM, соответствующих данной пептидной последовательности и данной массе.
ProMassпроприетарныйProMass - это автоматизированный пакет программного обеспечения для деконволюции биомолекул и создания отчетов, который используется для обработки данных ESI / LC / MS или отдельных масс-спектров ESI. Он использует новый алгоритм деконволюции, ZNova, для получения деконволюционных масс-спектров без артефактов. ProMass в настоящее время доступен для платформ Thermo, Waters и Shimadzu. Он также доступен в "облегченном" формате на основе браузера под названием ProMass для Интернета, который не требует установки или загрузки программного обеспечения.
ПРОТРАЛЕРПриложение для обработки данных ЖХ / МС, которое считывает необработанные данные поставщиков масс-спектрометрии (от множества известных производителей приборов) и создает списки триплетов {масса, время удерживания, интегральная интенсивность сигнала}, обобщая хроматограмму ЖХ / МС.
ProteoIQпроприетарныйПрограммное обеспечение для пост-анализа результатов поиска по базам данных Mascot, SEQUEST или X! Tandem. [61] [62] [63]
ПротеоматическийБесплатное ПОКонвейер обработки данных, созданный с целью оценки масс-спектрометрических протеомических экспериментов. [64]
ProteomicsИнструментыОткрытый исходный кодПрограммное обеспечение для пост-анализа результатов поиска по базам данных MASCOT, SEQUEST, Comet, XTandem, PFind, PeptidePhophet, MyriMatch, MSGF, OMSSA, MSAmanda или Percolator. [65]
ProteoWizardОткрытый исходный кодБиблиотека ссылок и инструменты, которые представляют собой набор модульных и расширяемых кроссплатформенных инструментов и программных библиотек с открытым исходным кодом, которые упрощают анализ протеомических данных.
ProteoWorkerпроприетарныйОблачное программное обеспечение для анализа протеомических данных, включая COMET, Peptide Prophet, ProteinProphet и обширные инструменты сортировки, фильтрации и аннотации данных.
ОбеспечениеОткрытый исходный кодОблачное программное обеспечение, написанное на R для анализа протеомических данных, созданных MaxQuant. Это программное обеспечение предназначено для анализа данных дифференциальной количественной оценки и предоставляет инструменты, а также варианты визуализации для облегчения анализа. Возможна обработка данных без меток и данных с тандемными массовыми метками. [66]
pymzMLОткрытый исходный кодМодуль Python для интерфейса данных mzML в Python на основе cElementTree с дополнительными инструментами для MS-информатики. [67]
ПитеомикаОткрытый исходный кодСреда Python для анализа данных протеомики. [68]
QuantemПрограммное обеспечение для количественной оценки ESI-MS без аналитических стандартов. Разработано в Kruvelab , распространяется Quantem Analytics
КвантинетикспроприетарныйПрограммное обеспечение для масс-спектрометрической визуализации, предназначенное для количественной оценки и нормализации изображений МС в различных типах исследований, которое совместимо с различными приборами MSI, включая Bruker, Sciex, Thermo и iMZML.
Надстройка Rational Numbers для ExcelпроприетарныйDe Novo инструмент идентификации для малых молекул , которая работает с Microsoft Excel 2010, Excel 2013, Excel 2016 и Excel 2019. Это программное обеспечение обрабатывает небольшие молекулы , как математические перегородки молекулярной массы и генерирует субфрагмент формулу с атомами , которые являются множеством разделов , содержащим молекулярную формула.
Рациональные числа SPSпроприетарныйИдентификация малых молекул путем сравнения данных фрагментации с точной массой с базой данных из 250000 молекул, представленных в виде математических разделов точных молекулярных масс. SPS (поиск похожих разделов) разработан для быстрого анализа и обобщения нескольких наборов хроматографических данных МС / МС, полученных с помощью DDA (сбор данных, зависимый от данных).
РЕГАТАПриложение сравнения списков ЖХ / МС, которое работает с ProTrawler (но принимает ввод в форме Excel / CSV), чтобы обеспечить среду для списков фильтрации и нормализации списков результатов ЖХ / МС {масса, время удерживания, интегрированная интенсивность}.
RemoteAnalyzerпроприетарныйПрограммное обеспечение SpectralWorks для независимых от поставщиков решений на базе клиент / сервер с открытым доступом для обеспечения возможности использования системы данных ЖХ-МС и ГХ-МС; поддержка управления приборами и обработки данных для оборудования различных производителей. Также поддерживает приборы ЯМР и обработку данных.
Строительные лесапроприетарныйНабор инструментов протеомики для анализа спектров пептидов и белков в нескольких образцах.
ОС SCIEXпроприетарныйПрограммное обеспечение нового поколения от SCIEX для управления масс-спектрометрами серии X и поддержки анализа данных, полученных с помощью пакета программного обеспечения Analyst.
Лаборатория SCiLSпроприетарныйМультивендорное программное обеспечение для статистического анализа данных масс-спектрометрии.
SimGlycanпроприетарныйПредсказывает структуру гликанов и гликопептидов, используя данные масс-спектрометрии MS / MS.
SIMIONпроприетарныйПрограмма моделирования ионной оптики
СпектролизерSpectrolyzer - это программный пакет на базе Microsoft Windows, который предоставляет инструменты анализа биоинформатических данных для различных масс-спектрометров, которые фокусируются на поиске белковых биомаркеров и обнаружении белковых отклонений.
СпектроманияпроприетарныйПрограммное обеспечение для анализа и визуализации масс-спектрометрических данных. [69]
Ставроксбесплатное ПОПрограммное обеспечение для идентификации сшитых пептидов по масс-спектрометрическим данным, написанным на Java, которое можно использовать для широкого спектра сшивающих агентов и протеаз, используемых в эксперименте с перекрестным сшиванием MS; он сравнивает теоретические комбинации пептид-пептидных поперечных связей для анализируемых белков с данными МС / МС. [70]
Швейцарские массовые счетыОткрытый исходный кодSwiss Mass Abacus - это калькулятор масс пептидов и гликопептидов. Он целенаправленно сделан таким же простым, как базовый калькулятор, выполняющий арифметические операции.
TOF-DSпроприетарныйПрограммное обеспечение Markes International, используемое с времяпролетными масс-спектрометрами BenchTOF
ТурбоМасспроприетарныйПрограммное обеспечение ГХ / МС от PerkinElmer .
Транс-протеомный трубопровод (TPP)Открытый исходный кодTrans-Proteomic Pipeline (TPP) - это набор интегрированных инструментов для протеомики MS / MS, который включает PeptideProphet для статистической проверки PSM с использованием результатов поисковой системы, iProphet для проверки отдельной пептидной последовательности с использованием результатов PeptideProphet (также может объединять результаты несколько поисковых систем) и ProteinProphet для идентификации и проверки белков с использованием результатов PeptideProphet ИЛИ iProphet. TPP также выполняет количественную оценку белков с помощью XPRESS (расчет относительного содержания пептидов и белков из меченных изотопами образцов МС / МС), ASAPRatio (автоматический статистический анализ отношения белков; альтернатива XPRESS) и Libra (количественная оценка образцов с изобарической меткой (например, iTraq, TMT и т. д.) для любого количества каналов). В настоящее время TPP поддерживает Sequest, Mascot, ProbID, X! Tandem, Comet, SpectraST,MSGF +, Inspect, MyriMatch и Phenyx. Разработано вСиэтлский протеомный центр (SPC). [71]

[72]

Универсальный калькулятор массыУниверсальный калькулятор массы (UMC) для Windows, написанный на C ++, представляет собой запатентованный набор инструментов для вычисления соответствующей информации из формул суммы, например, распределения изотопов, разностей масс, отклонений масс и информации о массе / изотопах элементов, степени дейтерирования.
VIPERАнализ точной массы и хроматографический анализ времени удерживания характеристик ЖХ-МС (подход с точной массой и временной меткой). [73]
XcaliburпроприетарныйПрограммное обеспечение Thermo Fisher Scientific, используемое с масс-спектрометрическими приборами.
XCMS Online (облачный)проприетарныйСвободно доступная и наиболее широко используемая платформа обработки метаболомных и липидомных данных с более чем 21000 пользователей по состоянию на 2017 год.

См. Также [ править ]

  • Формат данных масс-спектрометрии : для списка программ просмотра данных масс-спектрометрии и конвертеров формата.
  • Список программ для предсказания структуры белков

Ссылки [ править ]

  1. ^ Кри, Дункан; Плия, Проспер (ноябрь 2019 г.). «Влияние повышенной температуры на яичную скорлупу, порошок яичной скорлупы и порошковые растворы яичной скорлупы для применения в кладке». Журнал строительной техники . 26 : 100852. дои : 10.1016 / j.jobe.2019.100852 . ISSN  2352-7102 .
  2. ^ ко, Цян; Сюнь, Ликунь; Лю, Сяовэнь (2016). «TopPIC: программный инструмент для нисходящей масс-спектрометрии, основанной на идентификации и характеристике протеоформ» . Биоинформатика . 32 (22): 3495–3497. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btw398 . ISSN 1460-2059 . PMC 5181555 . PMID 27423895 .   
  3. ^ ко, Цян; Ву, Си; Толич, Никола; Паша-Толич, Лиляна; Лю Юньлун; Лю, Сяовэнь (2017). «Основанный на масс-графике подход для идентификации модифицированных протеоформ с использованием нисходящих тандемных масс-спектров» . Биоинформатика . 33 (9): 1309–1316. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btw806 . ISSN 1460-2059 . PMC 5860502 . PMID 28453668 .   
  4. ^ Кокс, Юрген; Нойхаузер, Надин; Михальски, Аннетт; Scheltema, Richard A .; Olsen, Jesper V .; Манн, Матиас (2011). «Андромеда: поисковая машина по пептидам, интегрированная в среду MaxQuant». Журнал протеомных исследований . 10 (4): 1794–1805. DOI : 10.1021 / pr101065j . ISSN 1535-3893 . PMID 21254760 .  
  5. ^ Берн, Маршалл; Цай, Юхан; Гольдберг, Дэвид (2007). «Пики поиска: гибрид de Novo-секвенирования и поиска в базе данных для идентификации белков с помощью тандемной масс-спектрометрии». Аналитическая химия . 79 (4): 1393–1400. DOI : 10.1021 / ac0617013 . PMID 17243770 . 
  6. ^ Берн, Маршалл; Гольдберг, Дэвид (2008). «Улучшенные функции ранжирования для идентификации белков и сайтов модификации». Журнал вычислительной биологии . 15 (7): 705–719. DOI : 10,1089 / cmb.2007.0119 . PMID 18651800 . 
  7. ^ Eng, Джимми К .; Jahan, Tahmina A .; Хупманн, Майкл Р. (2013). «Комета: инструмент поиска по базе данных MS / MS с открытым исходным кодом». Протеомика . 13 (1): 22–24. DOI : 10.1002 / pmic.201200439 . ISSN 1615-9853 . PMID 23148064 . S2CID 13533125 .   
  8. ^ Diament, Бенджамин Дж .; Благородный, Уильям Стаффорд (2011). «Ускоренный поиск SEQUEST для идентификации пептидов по тандемным масс-спектрам» . Журнал протеомных исследований . 10 (9): 3871–3879. DOI : 10.1021 / pr101196n . ISSN 1535-3893 . PMC 3166376 . PMID 21761931 .   
  9. ^ "Осмотр и MS-выравнивание".
  10. ^ Перкинс, Дэвид Н .; Паппин, Дэррил Дж. К.; Кризи, Дэвид М .; Коттрелл, Джон С. (1999). «Вероятностная идентификация белков путем поиска в базах данных последовательностей с использованием данных масс-спектрометрии». Электрофорез . 20 (18): 3551–67. DOI : 10.1002 / (SICI) 1522-2683 (19991201) 20:18 <3551 :: AID-ELPS3551> 3.0.CO; 2-2 . PMID 10612281 . 
  11. ^ Конг, Энди Т .; Leprevost, Felipe V .; Автономов, Дмитрий М .; Меллачеруву, Даттатрея; Несвижский, Алексей И. (2017). «MSFragger: сверхбыстрая и всесторонняя идентификация пептидов в протеомике на основе масс-спектрометрии» . Методы природы . 14 (5): 513–520. DOI : 10.1038 / nmeth.4256 . PMC 5409104 . PMID 28394336 .  
  12. ^ Табб, Дэвид Л .; Фернандо, Кристофер Дж .; Чемберс, Мэтью С. (2007). «MyriMatch: высокоточная тандемная масс-спектральная идентификация пептидов с помощью многомерного гипергеометрического анализа» . Журнал протеомных исследований . 6 (2): 654–61. DOI : 10.1021 / pr0604054 . PMC 2525619 . PMID 17269722 .  
  13. ^ Сабариш, Варатхараджан; Сингх, Гурприт (2013). «Анализатор липидов (ом) на основе масс-спектрометрии и молекулярная платформа: новое программное обеспечение для интерпретации и анализа данных масс-спектрометрии липидов с электрораспылением и / или лазерной десорбцией / ионизацией с использованием матрицы: пример из Mycobacterium tuberculosis». Журнал масс-спектрометрии . 48 (4): 465–477. Bibcode : 2013JMSp ... 48..465S . DOI : 10.1002 / jms.3163 . ISSN 1096-9888 . PMID 23584940 .  
  14. ^ "OMSSA ms / ms search engine" . Pubchem.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 27 сентября 2011 .
  15. ^ Geer, Льюис Ю.; Марки, Сэнфорд П .; Ковалак, Джеффри А .; Вагнер, Лукас; Сюй, Мин; Maynard, Dawn M .; Ян, Сяоюй; Ши, Вэньяо; Брайант, Стивен Х. (2004). «Открытый алгоритм поиска масс-спектрометрии». Журнал протеомных исследований . 3 (5): 958–64. arXiv : q-bio / 0406002 . Bibcode : 2004q.bio ..... 6002G . DOI : 10.1021 / pr0499491 . PMID 15473683 . S2CID 12218715 .  
  16. ^ Лян, C; Смит, JC; Хендри, Кристофер (2003). «Сравнительное исследование программных средств секвенирования пептидов для МС / МС».
  17. ^ Колиндж, Жак; Массело, Александр; Жирон, Марк; Дессинги, Тьерри; Маньен, Жером (2003). «OLAV: на пути к высокопроизводительной тандемной масс-спектрометрической идентификации данных». Протеомика . 3 (8): 1454–63. DOI : 10.1002 / pmic.200300485 . PMID 12923771 . S2CID 36666495 .  
  18. ^ Чжан, Чжо; Сунь, Шивэй; Чжу, Сяопэн; Чанг, Сухуа; Лю, Сяофэй; Ю, Чунгун; Бу, Донгбо; Чен, Runsheng (2006). «Новая схема оценки для идентификации пептидов путем поиска в базах данных последовательностей белков с использованием данных тандемной масс-спектрометрии» . BMC Bioinformatics . 7 (1): 222. DOI : 10,1186 / 1471-2105-7-222 . ISSN 1471-2105 . PMC 1463009 . PMID 16638152 .   
  19. ^ Сюй, Т .; Парк, СК; Венейбл, JD; Wohlschlegel, JA; Дидрих, JK; Cociorva, D .; Lu, B .; Liao, L .; Hewel, J .; Хан, X .; Вонг, CCL; Fonslow, B .; Delahunty, C .; Gao, Y .; Shah, H .; Йетс, младший (2015). «ProLuCID: улучшенный алгоритм, подобный SEQUEST, с повышенной чувствительностью и специфичностью» . Журнал протеомики . 129 : 16–24. DOI : 10.1016 / j.jprot.2015.07.001 . ISSN 1874-3919 . PMC 4630125 . PMID 26171723 .   
  20. ^ Шилов, Игнат В .; Сеймур, Шон Л .; Patel, Alpesh A .; Лобода, Алексей; Тан, Уилфред Х .; Китинг, Шон П .; Хантер, Кристи Л .; Nuwaysir, Lydia M .; Шеффер, Дэниел А. (2007). "Алгоритм Paragon, поисковая машина нового поколения, которая использует значения температуры последовательности и вероятности признаков для идентификации пептидов по тандемным масс-спектрам". Молекулярная и клеточная протеомика . 6 (9): 1638–1655. DOI : 10.1074 / mcp.T600050-MCP200 . ISSN 1535-9476 . PMID 17533153 . S2CID 7097773 .   
  21. ^ "Поисковая машина RAId MS / MS" . QMBP NCBI NLM NIH . Проверено 1 января 2008 .
  22. ^ Алвес, Гелио; Огурцов Алексей Юрьевич; Ю, И-Куо (2007). «RAId_DbS: идентификация пептидов с использованием поиска в базе данных с реалистичной статистикой» . Биол Директ . 2 : 25. DOI : 10.1186 / 1745-6150-2-25 . PMC 2211744 . PMID 17961253 .  
  23. ^ Джимми К. Энг; Эшли Л. Маккормак; Джон Р. Йейтс, III (1994). «Подход к корреляции тандемных масс-спектральных данных пептидов с аминокислотными последовательностями в базе данных белков». J Am Soc масс-спектрометрия . 5 (11): 976–989. DOI : 10.1016 / 1044-0305 (94) 80016-2 . PMID 24226387 . S2CID 18413192 .  
  24. ^ Hricovíni, Miloš; Тварошка, Игорь; Хирш, Ян; Дубен, Энтони Дж. (1991). «Ядерные эффекты overhauser и гибкость сахаридов: метил β-ксилобиозид». Исследование углеводов . 210 : 13–20. DOI : 10.1016 / 0008-6215 (91) 80109-Z . ISSN 0008-6215 . PMID 1878875 .  
  25. ^ Новак, Иржи; Саксенберг, Тимо; Хокша, Давид; Скопал, Томас; Кольбахер, Оливер (2013). «О сравнении SimTandem с современными инструментами идентификации пептидов, эффективности фильтра масс-предшественников и работе с переменными модификациями». Журнал интегративной биоинформатики . 10 (3): 1–15. DOI : 10,1515 / сверлильно-2013-228 . PMID 24231142 . S2CID 22469656 .  
  26. ↑ Bartels, Christian (31 мая 1990 г.). «Быстрый алгоритм секвенирования пептидов с помощью масс-спектроскопии». Биологическая масс-спектрометрия . 19 (6): 363–368. DOI : 10.1002 / bms.1200190607 . PMID 24730078 . 
  27. ^ Новак, Иржи; Лемр, Карел; Schug, Kevin A .; Гавличек, Владимир (2015). "CycloBranch: De Novo секвенирование нерибосомальных пептидов по точным масс-спектрам ионов продукта". Варенье. Soc. Масс-спектрометрия . 26 (10): 1780–1786. Bibcode : 2015JASMS.tmp..155N . DOI : 10.1007 / s13361-015-1211-1 . PMID 26195308 . S2CID 207470364 .  
  28. ^ thermo finnigan представляет denovox - результаты поиска от HighBeam Business [ мертвая ссылка ]
  29. ^ Савицкий, Михаил М .; Nielsen, Michael L .; Кьельдсен, Франк; Зубарев, Роман А. (2005). "Подход к секвенированию протеомики-класса de Novo". Журнал протеомных исследований . 4 (6): 2348–54. DOI : 10.1021 / pr050288x . PMID 16335984 . 
  30. ↑ Ма, Бин (30 июня 2015 г.). "Новор: Программное обеспечение для секвенирования пептидов Novo в реальном времени" . Журнал Американского общества масс-спектрометрии . 26 (11): 1885–1894. Bibcode : 2015JASMS..26.1885M . DOI : 10.1007 / s13361-015-1204-0 . PMC 4604512 . PMID 26122521 .  
  31. ^ Ма, Бин; Чжан, Кайчжун; Хендри, Кристофер; Лян, Чэнчжи; Ли, Мин; Доэрти-Кирби, Аманда; Лажуа, Жиль (2003). «ПИКС: мощное программное обеспечение для секвенирования пептидов novo методом тандемной масс-спектрометрии». Быстрые коммуникации в масс-спектрометрии . 17 (20): 2337–42. Bibcode : 2003RCMS ... 17.2337M . DOI : 10.1002 / rcm.1196 . PMID 14558135 . 
  32. ^ Танну, Нилеш S; Хемби, Скотт Э (2007). «De novo анализ белковой последовательности Macaca mulatta» . BMC Genomics . 8 : 270. DOI : 10.1186 / 1471-2164-8-270 . PMC 1965 481 . PMID 17686166 .  
  33. ^ Röst HL, Sachsenberg T, Aiche S, Bielow C, Weisser H, Aicheler F, Andreotti S, Ehrlich HC, Gutenbrunner P, Kenar E, Liang X, Nahnsen S, Nilse L, Pfeuffer J, Rosenberger G, Rurik M, Schmitt У, Вейт Дж., Вальцер М., Войнар Д., Вольски В.Е., Шиллинг О., Чоудхари Дж. С., Мальмстрём Л., Эберсолд Р., Райнерт К., Кольбахер О. (2016). «OpenMS: гибкая программная платформа с открытым исходным кодом для анализа данных масс-спектрометрии» (PDF) . Nat. Методы . 13 (9): 741–8. DOI : 10.1038 / nmeth.3959 . PMID 27575624 . S2CID 873670 .   
  34. ^ Egelhofer В, Hoehenwarter Вт, Лион D, Weckwerth Вт, Wienkoop S (2013). «Использование ProtMAX для создания выравнивания предшественников с высокой массой на основе безметочных количественных данных масс-спектрометрии, полученных в экспериментах по протеомике дробовика». Nat Protoc . 8 (3): 595–601. DOI : 10.1038 / nprot.2013.013 . PMID 23449253 . S2CID 29653992 .  
  35. ^ Reiter, L; и другие. (2011). «mProphet: автоматизированная обработка данных и статистическая проверка для крупномасштабных экспериментов SRM». Нат методы . 8 (5): 430–435. DOI : 10.1038 / nmeth.1584 . PMID 21423193 . S2CID 205419625 .  
  36. ^ Закон, КП; Лим Ю.П. (2013). «Последние достижения в масс-спектрометрии: независимый анализ данных и мониторинг гиперреакций». Эксперт Rev Proteomics . 10 (6): 551–566. DOI : 10.1586 / 14789450.2013.858022 . PMID 24206228 . S2CID 29969570 .  
  37. Перейти ↑ Maclean, B (2010). «Skyline: редактор документов с открытым исходным кодом для создания и анализа целевых протеомических экспериментов» . Биоинформатика . 26 (7): 966–968. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btq054 . PMC 2844992 . PMID 20147306 .  
  38. ^ Malioutov Дмитрий; Чен, Тяньчи; Аирольди, Эдоардо; Яффе, Джейкоб; Будник, Богдан; Славов, Николай (01.01.2019). «Количественная оценка гомологичных белков и протеоформ» . Молекулярная и клеточная протеомика . 18 (1): 162–168. DOI : 10.1074 / mcp.TIR118.000947 . ISSN 1535-9476 . PMC 6317479 . PMID 30282776 .   
  39. ^ Аллен, Фелисити; Пон, Эллисон; Уилсон, Майкл; Greiner, Russ; Уишарт, Дэвид (2014). «CFM-ID: веб-сервер для аннотации, прогнозирования спектра и идентификации метаболитов по тандемным масс-спектрам» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (выпуск веб-сервера): W94 – W99. DOI : 10.1093 / NAR / gku436 . PMC 4086103 . PMID 24895432 .  
  40. ^ Аллен, Фелисити; Greiner, Russ; Уишарт, Дэвид (2015). «Конкурентное моделирование фрагментации спектров ESI-MS / MS для предполагаемой идентификации метаболитов» . Метаболомика . 11 : 98–110. arXiv : 1312.0264 . DOI : 10.1007 / s11306-014-0676-4 . S2CID 256589 . 
  41. ^ Аллен, Фелисити; Пон, Эллисон; Greiner, Russ; Уишарт, Дэвид (2016). «Вычислительное прогнозирование масс-спектров электронной ионизации для помощи в идентификации соединений с помощью ГХ / МС» . Аналитическая химия . 88 (15): 7689–7697. DOI : 10.1021 / acs.analchem.6b01622 . PMID 27381172 . 
  42. ^ Djoumbou-Feunang, Янник; Пон, Эллисон; Кару, Наама; Чжэн, Цзяминь; Ли, Карин; Арндт, Дэвид; Гаутам, Махешвор; Аллен, Фелисити; Уишарт, Дэвид С. (2019). «CFM-ID 3.0: значительно улучшенное прогнозирование ESI-MS / MS и идентификация соединений» . Метаболиты . 9 (4): 72. DOI : 10,3390 / metabo9040072 . PMC 6523630 . PMID 31013937 . S2CID 129941603 .   
  43. ^ Одзава, SI; Лысый, Т; Ониши, Т; Сюэ, Н; Мацумура, Т; Кубо, Р. Такахаши, H; Хипплер, М; Такахаши, Y (октябрь 2018 г.). «Конфигурация десяти светособирающих субъединиц комплекса I хлорофилла a / b в фотосистеме I Chlamydomonas reinhardtii ». Физиология растений . 178 (2): 583–595. DOI : 10.1104 / pp.18.00749 . PMC 6181050 . PMID 30126869 .   
  44. ^ Мут, Тило; Вайльнбек, Лиза; Рапп, Эрдманн; Huber, Christian G .; Мартенс, Леннарт; Водель, Марк; Барснес, Харальд (2014). "DeNovoGUI: графический интерфейс пользователя с открытым исходным кодом для de Novo секвенирования тандемных масс-спектров" . Журнал протеомных исследований . 13 (2): 1143–1146. DOI : 10.1021 / pr4008078 . ISSN 1535-3893 . PMC 3923451 . PMID 24295440 .   
  45. ^ Сахил; Шубхра Агравал; Джордж Сабу; Ришаб Гупта; Панкадж Кумар; Сайфул Б. Хан; Кайлаш Ядав; Наман Гупта; Raghav Сегал (2019-01-11), ElucidataInc / ElMaven: v0.6.1 , DOI : 10,5281 / zenodo.2537593
  46. ^ Винклер, Роберт (2010). «ESIprot: универсальный инструмент для определения зарядового состояния и расчета молекулярной массы белков по данным масс-спектрометрии с ионизацией электрораспылением». Быстрые коммуникации в масс-спектрометрии . 24 (3): 285–94. DOI : 10.1002 / rcm.4384 . PMID 20049890 . 
  47. ^ Лопес-Фернандес, H; Сантос, HM; Capelo, JL; Фдез-Риверола, Ф; Глез-Пенья, Д; Ребойро-Жато, М. (2015). «Mass-Up: универсальное открытое программное приложение для открытия знаний масс-спектрометрии MALDI-TOF» . BMC Bioinformatics . 16 : 318. DOI : 10,1186 / s12859-015-0752-4 . PMC 4595311 . PMID 26437641 .  
  48. ^ Рускони, Ф. (2009). «massXpert 2: кроссплатформенная программная среда для моделирования химии полимеров и моделирования / анализа масс-спектрометрических данных». Биоинформатика . 25 (20): 2741–2. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btp504 . PMID 19740912 . 
  49. ^ Хубер, Флориан; Верховен, Стефан; Мейер, Христиан; Spreeuw, Hanno; Вильянуэва, Эфраин; Гэн, Цуньлян; ван дер Хоофт, Джастин Джей Джей; Роджерс, Саймон; Беллум, Адам; Диблен, Фарук; Спаакс, Джурриан Х. (2020). «Matchms - обработка и оценка сходства данных масс-спектрометрии» . ДЖОСС . 5 (52): 2411. DOI : 10,21105 / joss.02411 .
  50. ^ Рускони, Ф. (2019). «mineXpert: визуализация и анализ данных биологической масс-спектрометрии с полной поддержкой JavaScript» (PDF) . J. Proteome Res . 18 (5): 2254–2259. DOI : 10.1021 / acs.jproteome.9b00099 . PMID 30950277 .  
  51. ^ Паладжи, Патрисия М .; Вальтер, Даниэль; Квадрони, Манфредо; Катрин, Себастьен; Берджесс, Дженнифер; Циммерманн-Ивол, Екатерина Г .; Санчес, Жан-Шарль; Бинц, Пьер-Ален; Hochstrasser, Denis F .; Аппель, Рон Д. (2005). «MSight: программное обеспечение для анализа изображений для жидкостной хроматографии-масс-спектрометрии». Протеомика . 5 (9): 2381–4. DOI : 10.1002 / pmic.200401244 . PMID 15880814 . S2CID 33296427 .  
  52. ^ Робишо, Гийом; Garrard, Kenneth P .; Барри, Джереми А .; Муддиман, Дэвид К. (март 2013 г.). «MSiReader: интерфейс с открытым исходным кодом для просмотра и анализа файлов изображений MS с высокой разрешающей способностью на платформе Matlab» . Журнал Американского общества масс-спектрометрии . 24 (5): 718–721. Bibcode : 2013JASMS..24..718R . DOI : 10.1007 / s13361-013-0607-Z . PMC 3693088 . PMID 23536269 .  
  53. ^ Принц, JT; Маркотт, Э.М. (2008). "Mspire: Масс-спектрометрическая протеомика в Ruby" . Биоинформатика . 24 (23): 2796–2797. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btn513 . PMC 2639276 . PMID 18930952 .  
  54. ^ Goeminne, LJE; Gevaert, K ​​.; Клемент, Л. (2016). «Робастная гребенчатая регрессия на уровне пептидов улучшает оценку, чувствительность и специфичность в зависящей от данных количественной безмаркированной протеомике дробовика» . Молекулярная и клеточная протеомика . 15 (2): 657–668. DOI : 10.1074 / mcp.M115.055897 . PMC 4739679 . PMID 26566788 .  
  55. ^ Goeminne, LJE; Gevaert, K ​​.; Клемент, Л. (2018). «Экспериментальный дизайн и анализ данных в безметочной количественной протеомике ЖХ / МС: учебное пособие с MSqRob». Журнал протеомики . 171 : 23–26. DOI : 10.1016 / j.jprot.2017.04.004 . PMID 28391044 . 
  56. ^ Goeminne, LJE; Наклейка А .; Martens, M .; Gevaert, K ​​.; Клемент, Л. (2020). «MSqRob преодолевает недостающее препятствие: объединяет протеомику, основанную на интенсивности и подсчете» . Аналитическая химия . XXXX (XX): 6278–6287. DOI : 10.1021 / acs.analchem.9b04375 . PMID 32227882 . 
  57. ^ Migas, Lukasz G .; Франция, Aidan P .; Беллина, Бруно; Барран, Пердита Э. (апрель 2018 г.). «ORIGAMI: пакет программного обеспечения для масс-спектрометрии подвижности активированных ионов (AIM-MS), применяемый к сборкам мультимерных белков» . Международный журнал масс-спектрометрии . 427 : 20–28. Bibcode : 2018IJMSp.427 ... 20M . DOI : 10.1016 / j.ijms.2017.08.014 . ISSN 1387-3806 . 
  58. ^ Карвалью, Пауло C; Фишер, Джулиана С.Г .; Чен, Эмили I; Йейтс, Джон Р.; Барбоза, Валмир C (2008). «PatternLab для протеомики: инструмент для дифференциальной протеомики дробовика» . BMC Bioinformatics . 9 : 316. DOI : 10,1186 / 1471-2105-9-316 . PMC 2488363 . PMID 18644148 .  
  59. ^ Лима, DB; Де Лима, ТБ; Balbuena, TS; Невеш-Феррейра, АГ; Barbosa, VC; Гоццо, ФК; Карвалью, ПК (2015). «SIM-XL: мощный и удобный инструмент для анализа сшивания пептидов». Журнал протеомики . 129 : 51–5. DOI : 10.1016 / j.jprot.2015.01.013 . hdl : 11449/158584 . PMID 25638023 . 
  60. ^ Kuzniar, A .; Канаар, Р. (2014). «PIQMIe: веб-сервер для управления данными полуколичественной протеомики и анализа» . Nucleic Acids Res . 42 (W1): W100 – W106. DOI : 10.1093 / NAR / gku478 . PMC 4086067 . PMID 24861615 .  
  61. ^ Уэтерли, DB; Этвуд Джа, 3-й; Миннинг, TA; Кавола, С; Tarleton, RL; Орландо, Р. (2005). «Эвристический метод для присвоения уровня ложного обнаружения для идентификации белков из результатов поиска в базе данных талисманов». Молекулярная и клеточная протеомика . 4 (6): 762–72. DOI : 10.1074 / mcp.M400215-MCP200 . PMID 15703444 . S2CID 18408543 .  
  62. ^ Келлер, Эндрю; Несвижский, Алексей И .; Колкер, Юджин; Эберсольд, Руеди (2002). «Эмпирическая статистическая модель для оценки точности идентификации пептидов с помощью MS / MS и поиска в базе данных». Аналитическая химия . 74 (20): 5383–92. DOI : 10.1021 / ac025747h . PMID 12403597 . 
  63. ^ Несвижский, AI; Келлер, А; Колкер, Э; Эберсольд, Р. (2003). «Статистическая модель для идентификации белков тандемной масс-спектрометрией». Аналитическая химия . 75 (17): 4646–58. DOI : 10.1021 / ac0341261 . PMID 14632076 . 
  64. ^ Шпехт, Майкл; Кульгерт, Себастьян; Фуфезан, Кристиан; Хипплер, Майкл (2011). «Протеомика на ходу: Proteomatic позволяет с легкостью создавать универсальные рабочие процессы для оценки данных МС / МС». Биоинформатика . 27 (8): 1183–1184. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr081 . PMID 21325302 . 
  65. ^ Шэн, Цюаньху; Дай, Цзе; Ву, Ибо; Тан, Хайсю; Цзэн, Ронг (2012). «BuildSummary: использование группового подхода для повышения чувствительности идентификации пептидов / белков в протеомике дробовика». J Proteome Res . 11 (3): 1494–1502. DOI : 10.1021 / pr200194p . PMID 22217156 . 
  66. ^ Галант, Джеймс; Heunis, Tiaan; Сэмпсон, Саманта; Горький, Уилберт (2020). «ProVision: веб-платформа для быстрого анализа протеомических данных, обрабатываемых MaxQuant». Биоинформатика . 36 . DOI : 10.1093 / биоинформатики / btaa620 . PMID 32638008 . 
  67. ^ Лысый, Тилль; Барт, Йоханнес; Ниеуэс, Анна; Шпехт, Майкл; Хипплер, Майкл; Фуфезан, Кристиан (2012). «pymzML - модуль Python для высокопроизводительной биоинформатики по данным масс-спектрометрии». Биоинформатика . 28 (7): 1052–3. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bts066 . PMID 22302572 . 
  68. ↑ Голобородько, Антон; Левицкий, Лев; Иванов, Марк; Горшков, Михаил (2013). «Pyteomics - среда Python для исследовательского анализа данных и быстрого прототипирования программного обеспечения в протеомике». J Am Soc масс-спектрометрия . 24 (2): 301–4. Bibcode : 2013JASMS..24..301G . DOI : 10.1007 / s13361-012-0516-6 . PMID 23292976 . S2CID 22009929 .  
  69. ^ Зухт, Ганс-Дитер; Ламерц, Йенс; Хамения, Валерий; Шиллер, Карстен; Аппель, Аннетт; Таммен, Харальд; Крамери, Рето; Селле, Хартмут (2005). "Методология анализа данных для профилирования пептидов на основе ЖХ-МАЛДИ-МС". Комбинаторная химия и высокопроизводительный скрининг . 8 (8): 717–23. DOI : 10.2174 / 138620705774962481 . PMID 16464158 . 
  70. ^ Гётце, Майкл; Pettelkau J; Schaks S; Bosse K; Ihling CH; Krauth F; Fritzsche R; Kühn U; Синз А. (январь 2012 г.). «StavroX - программа для анализа сшитых продуктов в исследованиях взаимодействия белков». J Am Soc масс-спектрометрия . 23 (1): 76–87. Bibcode : 2012JASMS..23 ... 76G . DOI : 10.1007 / s13361-011-0261-2 . PMID 22038510 . S2CID 38037472 .  
  71. ^ Pedrioli, Patrick GA (2010). «Транс-протеомный трубопровод: трубопровод для протеомного анализа». Протеомная биоинформатика . Методы молекулярной биологии. 604 . С. 213–238. DOI : 10.1007 / 978-1-60761-444-9_15 . ISBN 978-1-60761-443-2. PMID  20013374 .
  72. ^ Дойч, Эрик В .; Мендоса, Луис; Штейнберг, Давид; Фарра, Терри; Лам, Генри; Тасман, Натали; Сунь, Чжи; Нильссон, Эрик; Пратт, Брайан; Празен, Брайан; Eng, Джимми К .; Мартин, Дэниел Б .; Несвижский, Алексей И .; Эберсольд, Руеди (2010). «Экскурсия по Транс-протеомному трубопроводу» . Протеомика . 10 (6): 1150–1159. DOI : 10.1002 / pmic.200900375 . ISSN 1615-9853 . PMC 3017125 . PMID 20101611 .   
  73. ^ Монро, Мэн; Толич, Н .; Jaitly, N .; Шоу, JL; Адкинс, JN; Смит, RD (2007). «VIPER: расширенный пакет программного обеспечения для поддержки идентификации пептидов методом ЖХ-МС с высокой пропускной способностью». Биоинформатика . 23 (15): 2021–203. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btm281 . PMID 17545182 . 

Внешние ссылки [ править ]

  • Программное обеспечение для масс-спектрометрии в Curlie