| Разработчики) | Университет Иллинойса в Урбане-Шампейне : Группа теоретической и вычислительной биофизики (TCB), Лаборатория параллельного программирования (PPL) |
|---|---|
| изначальный выпуск | 1995 |
| Стабильный выпуск | 2.14 / 5 августа 2020 г . |
| Репозиторий |  |
| Написано в | C ++ |
| Операционная система | Кроссплатформенность : Windows , Linux , macOS , Unix |
| Платформа | x86 , x86-64 |
| Доступно в | английский |
| Тип | Моделирование молекулярной динамики |
| Лицензия | Фирменные , бесплатное программное обеспечение для некоммерческого использования |
| Интернет сайт | www |
Nanoscale Molecular Dynamics ( NAMD , ранее Not Another Molecular Dynamics Program ) [1] - это компьютерное программное обеспечение для моделирования молекулярной динамики , написанное с использованием модели параллельного программирования Charm ++ . Он отличается своей параллельной эффективностью и часто используется для моделирования больших систем (миллионы атомов ). [2] Он был разработан в сотрудничестве с Группой теоретической и вычислительной биофизики (TCB) и Лабораторией параллельного программирования (PPL) Университета Иллинойса в Урбана-Шампейн .
Он был введен в 1995 году Нельсоном и др. как параллельный код молекулярной динамики, позволяющий интерактивное моделирование путем связывания с кодом визуализации VMD. С тех пор NAMD повзрослел, добавив множество функций и увеличив масштаб до 500 000 процессорных ядер. [3]
NAMD имеет интерфейс для пакетов квантовой химии ORCA и MOPAC , а также интерфейс со сценариями для многих других квантовых пакетов. [4] Вместе с Visual Molecular Dynamics (VMD) и QwikMD, [5] интерфейс NAMD обеспечивает доступ к гибридному моделированию QM / MM в интегрированном, всеобъемлющем, настраиваемом и простом в использовании наборе. [6]
NAMD доступен как бесплатное программное обеспечение для некоммерческого использования отдельными лицами, академическими учреждениями и корпорациями для внутреннего использования в бизнесе.
См. Также [ править ]
Ссылки [ править ]
- ^ «Гибкость и взаимодействие в коде параллельной молекулярной динамики» (постскриптум) .
- ^ «NAMD - программа параллельной объектно-ориентированной молекулярной динамики» (PDF) .
- ^ "NAMD: Масштабируемая молекулярная динамика" . Группа теоретической и вычислительной биофизики (TCB) . Университет Иллинойса в Урбане-Шампейн . Дата обращения 1 августа 2016 .
- ^ "Гибрид QM / MM NAMD" . Группа теоретической и вычислительной биофизики (TCB) . Университет Иллинойса в Урбане-Шампейн . Проверено 26 марта 2018 .
- ^ "QwikMD - Набор инструментов интегративной молекулярной динамики для новичков и экспертов" . Научные отчеты . Проверено 24 мая +2016 .
- ^ «NAMD становится квантовой: интегративный пакет для гибридного моделирования» . Методы природы . Проверено 26 марта 2018 .
Внешние ссылки [ править ]
 | Викискладе есть медиафайлы по теме NAMD . |
- Официальный сайт , на сайте TCB
- Страница NAMD на сайте PPL
- NAMD на графических процессорах
