Длина повтора нуклеосомы ( NRL ) представляет собой среднее расстояние между центрами соседних нуклеосом . НРЛ — важное физическое свойство хроматина , определяющее его биологическую функцию. NRL может определяться по всему геному для хроматина в данном типе и состоянии клеток или локально для достаточно большой области генома, содержащей несколько нуклеосом . [1]
В хроматине соседние нуклеосомы разделены линкерной ДНК , а во многих случаях также линкерным гистоном H1 [2] , а также негистоновыми белками. Поскольку размер нуклеосомы обычно фиксирован (146–147 пар оснований), NRL в основном определяется размером линкерной области между нуклеосомами. Альтернативно, частичное разворачивание ДНК из октамера гистонов или частичная разборка октамера гистонов может уменьшить эффективный размер нуклеосомы и, таким образом, повлиять на NRL.
Предыдущие исследования, начиная с 1970-х годов, показали, что в целом NRL различен для разных видов и даже для разных типов клеток одного и того же организма. Кроме того, в недавних публикациях сообщалось о вариациях NRL для разных областей генома одного и того же типа клеток. [3] [4] Недавние работы сравнивали NRL вокруг сайтов начала транскрипции дрожжей (TSS) in vivo и для восстановленного хроматина на тех же последовательностях ДНК in vitro. Показано, что упорядоченное позиционирование нуклеосом возникает только при наличии АТФ -зависимой ремоделирования хроматина . [5] Кроме того, сообщалось, что NRL, определенный вокруг TSS дрожжей, является инвариантной величиной, универсальной для данного штамма дрожжей дикого типа, хотя он может меняться при отсутствии одного из ремоделеров хроматина . [6] В целом, NRL зависит от последовательности ДНК, концентрации гистонов и негистоновых белков , а также от дальнодействующих взаимодействий между нуклеосомами. [1] NRL определяет геометрические свойства массива нуклеосом и, следовательно, упаковку ДНК более высокого порядка в волокне хроматина , [7] что может влиять на экспрессию генов .