| OxyS РНК | |
|---|---|
 Прогнозируемая вторичная структура и сохранение последовательности OxyS | |
| Идентификаторы | |
| Символ | OxyS |
| Рфам | RF00035 |
| Прочие данные | |
| Тип РНК | Джин ; мРНК |
| Домен (ы) | Бактерии |
| ТАК | ТАК: 0000384 |
| Структуры PDB | PDBe |
OxyS РНК представляет собой небольшую некодирующую РНК, которая индуцируется в ответ на окислительный стресс у Escherichia coli . Эта РНК действует как глобальный регулятор для активации или репрессии экспрессии до 40 генов с помощью антисмыслового механизма, включая кодируемый fhlA активатор транскрипции и кодируемую rpoS сигма-субъединицу (s) РНК-полимеразы. [1] OxyS связывается с белком Hfq , который увеличивает взаимодействие OxyS РНК с его целевыми сообщениями. [2] [3] Связывание с Hfq изменяет конформацию OxyS. [4] Считается, что 109 нуклеотидная РНК состоит из трех стержневых петель..
Целевые гены [ править ]
Ряд дополнительных целей был предсказан и подтвержден с помощью анализа микрочипов. [5] Они перечислены ниже:
- yobF - подтверждено северным анализом
- yaiZ
- ромА
- wrbA - подтверждено северным анализом
- ybaY - подтверждено северным анализом
Более того, мРНК, кодируемая геном nusG , является прямой мишенью OxyS. [6]
Ссылки [ править ]
- ^ Altuvia, S; Чжан А; Аргаман Л; Tiwari A; Сторц G (1998). «Регуляторная РНК Escherichia coli OxyS репрессирует трансляцию fhlA, блокируя связывание с рибосомами» . EMBO J . 17 (20): 6069–6075. DOI : 10.1093 / emboj / 17.20.6069 . PMC 1170933 . PMID 9774350 .
- ^ Чжан, А; Wassarman KM; Ортега Дж; Стивен AC; Сторц G (2002). «Sm-подобный белок Hfq увеличивает взаимодействие OxyS РНК с целевыми мРНК». Mol Cell . 9 (1): 11–22. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (01) 00437-3 . PMID 11804582 .
- ^ Holmqvist Е, Райт PR - Ли L, Бишлера Т, Barquist л, Реинхардт R, R Backofen, Vogel J (2016). «Глобальные паттерны распознавания РНК посттранскрипционных регуляторов Hfq и CsrA, выявленные с помощью УФ-сшивания in vivo» . EMBO J . 35 (9): 991–1011. DOI : 10.15252 / embj.201593360 . PMC 5207318 . PMID 27044921 .
- ^ Хендерсон, Калифорния; Винсент, штат Джорджия; Casamento, A; Камень, см; Филлипс, Джо; Кэри, Полицейский; Соботт, Ф; Гауэрс, DM; Тейлор, Дж. Э .; Каллаган, AJ (август 2013 г.). «Связывание Hfq изменяет структуру малых некодирующих РНК Escherichia coli OxyS и RprA, которые участвуют в риборегуляции rpoS» . РНК . 19 (8): 1089–1104. DOI : 10,1261 / rna.034595.112 . PMC 3708529 . PMID 23804244 .
- ^ Tjaden B, Goodwin SS, Opdyke JA и др. (2006). «Целевое предсказание малых, некодирующих РНК в бактериях» . Nucleic Acids Res . 34 (9): 2791–2802. DOI : 10.1093 / NAR / gkl356 . PMC 1464411 . PMID 16717284 .
- ^ Barshishat S, Elgrably-Вайс М, Эдельштайн Дж, Георг Дж, ГОВИНДАРАДЖАН S, Хавив М, Райт PR, WR Гесс, Altuvia S (2018). «Малая РНК OxyS вызывает остановку клеточного цикла, что позволяет восстановить повреждение ДНК» . EMBO J . 37 (3): 413–426. DOI : 10.15252 / embj.201797651 . PMC 5793797 . PMID 29237698 .
Внешние ссылки [ править ]
- Страница OxyS RNA в Rfam
- Запись OxyS в базе данных нкРНК
