Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Бактериальные малые РНК ( мРНК ) - это небольшие РНК, продуцируемые бактериями ; они представляют собой некодирующие молекулы РНК длиной от 50 до 500 нуклеотидов , высокоструктурированные и содержащие несколько стержневых петель . [1] [2] С помощью компьютерного анализа и лабораторных методов, таких как Нозерн-блоттинг , микроматрицы и RNA-Seq [3] , были идентифицированы многочисленные мРНК у ряда видов бактерий, включая Escherichia coli , [4] [5] [ 6] модельный возбудитель Salmonella , [7]азотфиксирующий alphaproteobacterium Sinorhizobium meliloti , [8] морских цианобактерий , [9] Francisella tularensis (возбудитель туляремии ), [10] Пирролидонилпептидаза Streptococcus [11] , возбудитель золотистый стафилококк [12] , а растение патоген ХапОги огугай pathovar oryzae . [13]Бактериальные мРНК влияют на то, как гены экспрессируются в бактериальных клетках через взаимодействие с мРНК или белком, и, таким образом, могут влиять на различные бактериальные функции, такие как метаболизм, вирулентность, реакция на стресс окружающей среды и структура. [7] [12]

Происхождение [ править ]

В 1960-х годах аббревиатура мРНК использовалась для обозначения «растворимой РНК», которая теперь известна как транспортная РНК или тРНК (пример сокращения, используемого в этом смысле, см. [14] ). В настоящее время известно, что большинство бактериальных мРНК кодируются автономными генами, расположенными в межгенных областях (IGR) между двумя известными генами. [3] [6] Однако показано, что класс мРНК происходит от 3'-UTR мРНК путем независимой транскрипции или нуклеолитического расщепления. [15]

Первая бактериальная мРНК была открыта и охарактеризована в 1984 году. Было обнаружено, что MicF в E. coli регулирует экспрессию ключевого структурного гена, составляющего внешнюю мембрану клетки E. coli . [16] Вскоре после этого было обнаружено , что мРНК RNAIII Staphylococcus aureus действует как глобальный регулятор вирулентности S. aureus и секреции токсинов. [16] С момента этих первых открытий было идентифицировано более шести тысяч бактериальных мРНК, в основном с помощью экспериментов по секвенированию РНК . [17]

Методы [ править ]

Для идентификации и характеристики транскриптов мРНК можно использовать несколько лабораторных и биоинформатических методов. [3]

  • РНК-секвенирование или РНК-секвенирование используется для анализа уровней экспрессии всех транскриптов в геноме, включая мРНК. [18]
  • Микроматрицы используют комплементарные ДНК-зонды для связывания с возможными локусами мРНК в межгенных областях. [3]
  • Нозерн-блоттинг может выявить возможный размер транскрипта мРНК и уровни экспрессии путем обработки образца смешанной РНК на агарозном геле и зондирования желаемой мРНК. [3]
  • Программное обеспечение для прогнозирования целей может предсказывать возможные взаимодействия между мРНК и мРНК, обнаруживая области комплементарности в последовательностях мРНК и мРНК-мишени. [19]
  • Сшивание РНКазой может экспериментально подтвердить взаимодействия мРНК и мРНК путем сшивания мРНК и ее мишени УФ-светом вместе с ферментами РНКаз , которые также обычно участвуют во взаимодействии. Затем гибрид мРНК: мРНК можно выделить и проанализировать. [20]

Функция [ править ]

Четыре общих механизма взаимодействия бактериальной мРНК с мРНК или белками-мишенями.

Бактериальные мРНК обладают широким спектром регуляторных механизмов. Как правило, мРНК могут связываться с белками- мишенями и изменять функцию связанного белка. [21] С другой стороны, мРНК могут взаимодействовать с мишенями мРНК и регулировать экспрессию генов путем связывания с комплементарной мРНК и блокирования трансляции, или путем демаскирования или блокирования сайта связывания рибосомы . [21]

sRNAs , которые взаимодействуют с мРНК , также могут быть классифицированы как цис- или транс - действующим . С является -Актерское sRNAs взаимодействуют с генами , закодированных на том же генетическом локусе как рРНК. [22] Некоторые цис- действующие мРНК действуют как рибопереключатели , которые имеют рецепторы для определенных экологических или метаболических сигналов и активируют или репрессируют гены на основе этих сигналов. [16] И наоборот, транскодированные мРНК взаимодействуют с генами в отдельных локусах. [1]

Домашнее хозяйство [ править ]

Среди мишеней мРНК есть несколько генов домашнего хозяйства. 6S РНК связывается с РНК-полимеразой и регулирует транскрипцию , тмРНК выполняет функции в синтезе белка, включая рециркуляцию остановившихся рибосом , 4.5S РНК регулирует частицу распознавания сигнала (SRP) , которая необходима для секреции белков, а РНКаза P участвует в созревающие тРНК . [23] [24]

Стрессовая реакция [ править ]

Многие мРНК участвуют в регуляции реакции на стресс. [25] Они проявляются в стрессовых условиях, таких как холодовой шок , истощение запасов железа , начало SOS-реакции и сахарный стресс. [24] РНК 1, индуцированная азотным стрессом малой РНК (NsiR1), продуцируется цианобактериями в условиях лишения азота . [26] Цианобактерии NisR8 и NsiR9 sRNA могут быть связаны с дифференцировкой азотфиксирующих клеток ( гетероцист ). [27]

Регулирование RpoS [ править ]

Ген RpoS в E. coli кодирует сигма 38 , сигма-фактор, который регулирует стрессовую реакцию и действует как регулятор транскрипции для многих генов, участвующих в адаптации клетки. По крайней мере три мРНК, DsrA, RprA и OxyS, регулируют трансляцию RpoS. И DsrA, и RprA активируют трансляцию RpoS путем спаривания оснований с областью в лидерной последовательности мРНК RpoS и нарушения образования шпильки, которая освобождает сайт загрузки рибосомы. OxyS подавляет трансляцию RpoS. Уровни DsrA повышаются в ответ на низкие температуры и осмотический стресс., и уровни RprA повышаются в ответ на осмотический стресс и стресс клеточной поверхности, следовательно, повышаются уровни RpoS в ответ на эти условия. Уровни OxyS повышаются в ответ на окислительный стресс , поэтому в этих условиях ингибируется RpoS. [24] [28] [29]

Регулирование белков внешней мембраны [ править ]

Наружная мембрана из грамотрицательных бактерий действует как барьер , чтобы предотвратить попадание токсинов в бактериальную клетку, а также играет роль в выживании бактериальных клеток в различных средах. Белки внешней мембраны (OMP) включают порины и адгезины . Многочисленные мРНК регулируют экспрессию OMP. Порины OmpC и OmpF отвечают за транспорт метаболитов и токсинов. Экспрессия OmpC и OmpF регулируется мРНК MicC и MicF в ответ на стрессовые условия. [30] [31] [32] Белок внешней мембраны OmpAприкрепляет внешнюю мембрану к муреиновому слою периплазматического пространства . Его экспрессия подавляется в стационарной фазе роста клеток. В кишечной палочки рРНК слюды истощает уровни OmpA, в холерного вибриона рРНК VrrA репрессирует синтез OmpA в ответ на стресс. [30] [33]

Вирулентность [ править ]

У некоторых бактерий мРНК регулируют гены вирулентности. В Salmonella , то остров патогенность закодирован InvR РНК репрессирует синтез основного белка наружной мембраны OmpD; другая коактивированная мРНК DapZ из 3'-UTR репрессирует многочисленные мембранные переносчики Opp / Dpp олигопептидов; [15], а мРНК SgrS регулирует экспрессию секретируемого эффекторного белка SopD. [7] У золотистого стафилококка РНКIII регулирует ряд генов, участвующих в выработке токсинов и ферментов, а также белков клеточной поверхности. [24] The FasXмРНК является единственной хорошо охарактеризованной регуляторной РНК, которая, как известно, контролирует регуляцию нескольких факторов вирулентности у Streptococcus pyogenes , включая как адгезионные белки, связанные с клеточной поверхностью, так и секретируемые факторы. [34] [35] [36] [37]

Проверка кворума [ править ]

В Vibrio видах, Qrr sRNAs и компаньонка белок Hfq участвуют в регуляции зондирования кворума . Qrr sRNA регулируют экспрессию нескольких мРНК, включая главные регуляторы LuxR и HapR, воспринимающие кворум. [38] [39]

См. Также: мРНК VqmR

Формирование биопленки [ править ]

Биопленка - это тип паттерна роста бактерий, при котором несколько слоев бактериальных клеток прикрепляются к поверхности хозяина. Этот способ роста часто встречается у патогенных бактерий, включая Pseudomonas aeruginosa , которые могут образовывать стойкую биопленку в дыхательных путях и вызывать хроническую инфекцию. [40] Было обнаружено, что мРНК SbrA P. aeruginosa необходима для полного образования биопленок и патогенности. [40] Мутантный штамм P. aeruginosa с удаленным SbrA образовывал биопленку меньшего размера на 66%, и его способность инфицировать модель нематод была снижена почти вдвое по сравнению с P. aeruginosa дикого типа . [40]

Устойчивость к антибиотикам [ править ]

Некоторые бактериальные мРНК участвуют в регуляции генов, придающих устойчивость к антибиотикам . [41] Например, мРНК DsrA регулирует насос оттока лекарств в E. coli , который представляет собой систему, которая механически выкачивает антибиотик из бактериальных клеток. [41] E. coli MicF также способствует устойчивости цефалоспоринов к антибиотикам , поскольку он регулирует мембранные белки, участвующие в поглощении этого класса антибиотиков. [41]

Прогноз цели [ править ]

Чтобы понять функцию мРНК, прежде всего необходимо описать ее мишени. Здесь предсказания целей представляют собой быстрый и бесплатный метод первоначальной характеристики предполагаемых целей, учитывая, что мРНК фактически выполняет свою функцию посредством прямого спаривания оснований с целевой РНК. Примерами являются CopraRNA, [42] [43] IntaRNA, [43] [44] [45] TargetRNA [19] и RNApredator. [46] Было показано, что прогнозирование цели для энтеробактериальных мРНК может выиграть от карт связывания Hfq в широком масштабе транскриптома . [47]

Базы данных [ править ]

  • BSRD ( kwanlab.bio.cuhk.edu.hk/BSRD ) - это хранилище опубликованных последовательностей мРНК с множеством аннотаций и профилей экспрессии. [17]
  • SRD ( srd.genouest.org/ ) - это база данных мРНК Staphylococcus aureus с последовательностями, предсказанными структурами, а также сайтами начала и конца генома. [48]
  • sRNAdb ( http://srnadb.fb11.uni-giessen.de/sRNAdb ) - это база данных мРНК от грамположительных видов бактерий с аннотацией последовательностей. [49]

См. Также [ править ]

  • 5 первичная мРНК ureB
  • Малая РНК Aar , мРНК, продуцируемая видами Acinetobacter
  • МРНК Bacillus subtilis BSR
  • МРНК Escherichia coli
  • МРНК Mycobacterium tuberculosis
  • Некодирующая РНК
  • МРНК Xanthomonas
  • МРНК бруцеллы
  • Анти-малая РНК
  • Рибопереключатели
  • MicF , первая охарактеризованная хромосомная мРНК
  • RNAIII , первая охарактеризованная бактериальная мРНК, влияющая на вирулентность

Ссылки [ править ]

  1. ↑ a b Vogel J, Wagner EG (июнь 2007 г.). «Целевая идентификация малых некодирующих РНК в бактериях». Curr. Opin. Microbiol . 10 (3): 262–270. DOI : 10.1016 / j.mib.2007.06.001 . PMID  17574901 .
  2. ^ Viegas SC, Arraiano CM (2008). «Регулирование регуляторов: как рибонуклеазы диктуют правила контроля малых некодирующих РНК» . RNA Biol . 5 (4): 230–243. DOI : 10,4161 / rna.6915 . PMID 18981732 . 
  3. ^ a b c d e Wassarman KM, Repoila F, Rosenow C, Storz G, Gottesman S (июль 2001 г.). «Идентификация новых малых РНК с использованием сравнительной геномики и микрочипов» . Genes Dev . 15 (13): 1637–1651. DOI : 10,1101 / gad.901001 . PMC 312727 . PMID 11445539 .  
  4. ^ Хершберг R, S Altuvia, Margalit H (апрель 2003). «Обзор малых генов, кодирующих РНК, в Escherichia coli» . Nucleic Acids Res . 31 (7): 1813–1820. DOI : 10.1093 / NAR / gkg297 . PMC 152812 . PMID 12654996 .  
  5. Перейти ↑ Rivas E, Klein RJ, Jones TA, Eddy SR (сентябрь 2001 г.). «Вычислительная идентификация некодирующих РНК в E. coli с помощью сравнительной геномики». Curr. Биол . 11 (17): 1369–1373. DOI : 10.1016 / S0960-9822 (01) 00401-8 . PMID 11553332 . 
  6. ^ а б Аргаман Л., Хершберг Р., Фогель Дж. и др. (Июнь 2001 г.). «Новые гены, кодирующие малую РНК, в межгенных областях Escherichia coli». Curr. Биол . 11 (12): 941–950. DOI : 10.1016 / S0960-9822 (01) 00270-6 . PMID 11448770 . 
  7. ^ a b c Vogel J (январь 2009 г.). «Примерное руководство по миру некодирующих РНК сальмонелл». Мол. Microbiol . 71 (1): 1–11. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.2008.06505.x . PMID 19007416 . 
  8. ^ Schlüter JP, Reinkensmeier J, Daschkey S и др. (2010). «Полногеномный обзор мРНК в симбиотической азотфиксирующей альфа-протеобактерии Sinorhizobium meliloti» . BMC Genomics . 11 : 245. DOI : 10.1186 / 1471-2164-11-245 . PMC 2873474 . PMID 20398411 .  
  9. ^ Axmann IM, Kensche P, Vogel J, Kohl S, Herzel H, Hess WR (2005). «Идентификация цианобактериальных некодирующих РНК с помощью сравнительного анализа генома» . Genome Biol . 6 (9): R73. DOI : 10.1186 / GB-2005-6-9-R73 . PMC 1242208 . PMID 16168080 .  
  10. ^ Postic G, Frapy E, Dupuis M и др. (2010). «Идентификация малых РНК у Francisella tularensis» . BMC Genomics . 11 : 625. DOI : 10.1186 / 1471-2164-11-625 . PMC 3091763 . PMID 21067590 .  
  11. ^ Тесореро, Рафаэль А .; Ю, Нин; Райт, Джордан О .; Svencionis, Juan P .; Ченг, Цян; Ким, Чон Хо; Чо, Кю Хонг (01.01.2013). «Новые регуляторные малые РНК в Streptococcus pyogenes» . PLOS One . 8 (6): e64021. DOI : 10.1371 / journal.pone.0064021 . ISSN 1932-6203 . PMC 3675131 . PMID 23762235 .   
  12. ^ a b Фельден, Брайс; Ванденеш, Франсуа; Булок, Филипп; Ромби, Паскаль (10 марта 2011 г.). «Золотистый стафилококк RNome и его приверженность вирулентности» . PLoS Патогены . 7 (3): e1002006. DOI : 10.1371 / journal.ppat.1002006 . ISSN 1553-7366 . PMC 3053349 . PMID 21423670 .   
  13. Перейти ↑ Liang H, Zhao YT, Zhang JQ, Wang XJ, Fang RX, Jia YT (2011). «Идентификация и функциональная характеристика малых некодирующих РНК в Xanthomonas oryzae pathovar oryzae» . BMC Genomics . 12 : 87. DOI : 10.1186 / 1471-2164-12-87 . PMC 3039613 . PMID 21276262 .  
  14. ^ Крик Ф (1966). «Спаривание кодонов и антикодонов: гипотеза колебания» (PDF) . J Mol Biol . 19 (2): 548–555. DOI : 10.1016 / S0022-2836 (66) 80022-0 . PMID 5969078 .  
  15. ^ а б Чао Й, Папенфорт К., Рейнхардт Р., Шарма С.М., Фогель Дж. (октябрь 2012 г.). «Атлас транскриптов, связанных с Hfq, раскрывает 3 'НТО как геномный резервуар регуляторных малых РНК» . EMBO J . 31 (20): 4005–4019. DOI : 10.1038 / emboj.2012.229 . PMC 3474919 . PMID 22922465 .  
  16. ^ a b c Свенссон, Сара Л .; Шарма, Синтия М. (июнь 2016 г.). «Малые РНК в бактериальной вирулентности и коммуникации». Спектр микробиологии . 4 (3): 169–212. DOI : 10,1128 / microbiolspec.VMBF-0028-2015 . ISSN 2165-0497 . PMID 27337442 .  
  17. ^ a b Li, L; Кван, HS (январь 2013 г.). «BSRD: репозиторий бактериальной малой регуляторной РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D233-8. DOI : 10.1093 / NAR / gks1264 . PMC 3531160 . PMID 23203879 .  
  18. ^ Канниаппан, Приятарисни; Ахмед, Сити Амина; Раджасекарам, Гейнсври; Маримуту, Читартан; Чанг, Эве Сенг; Ли, Ли Пин; Raabe, Carsten A .; Рождественский, Тимофей С .; Тан, Тин Хок (октябрь 2017 г.). «Рномическая идентификация и оценка npcTB_6715, небелкового гена РНК в качестве потенциального биомаркера для обнаружения Mycobacterium tuberculosis» . Журнал клеточной и молекулярной медицины . 21 (10): 2276–2283. DOI : 10.1111 / jcmm.13148 . ISSN 1582-4934 . PMC 5618688 . PMID 28756649 .   
  19. ^ а б Тьяден Б., Гудвин С.С., Опдайк Дж. А. и др. (2006). «Целевое предсказание малых, некодирующих РНК в бактериях» . Nucleic Acids Res . 34 (9): 2791–2802. DOI : 10.1093 / NAR / gkl356 . PMC 1464411 . PMID 16717284 .  
  20. ^ Waters, Shafagh A .; McAteer, Sean P .; Кудла, Гжегож; Панг, Игнатий; Deshpande, Nandan P .; Амос, Тимоти Дж .; Леонг, Кай Вэнь; Wilkins, Marc R .; Стругнелл, Ричард (01.02.2017). «Малый РНК-интерактом патогенной E. coli, выявленный посредством сшивания РНКазы Е» . Журнал EMBO . 36 (3): 374–387. DOI : 10.15252 / embj.201694639 . ISSN 1460-2075 . PMC 5286369 . PMID 27836995 .   
  21. ^ a b Waters, Lauren S .; Сторц, Гизела (20 февраля 2009 г.). «Регуляторные РНК в бактериях» . Cell . 136 (4): 615–628. DOI : 10.1016 / j.cell.2009.01.043 . ISSN 1097-4172 . PMC 3132550 . PMID 19239884 .   
  22. ^ Гийе, Жюльен; Халлье, Марк; Фельден, Брайс (2013). «Новые функции для Staphylococcus aureus RNome» . PLoS Патогены . 9 (12): e1003767. DOI : 10.1371 / journal.ppat.1003767 . ISSN 1553-7374 . PMC 3861533 . PMID 24348246 .   
  23. ^ Wassarman KM (апрель 2007). «6S РНК: малая РНК-регулятор транскрипции». Curr. Opin. Microbiol . 10 (2): 164–168. DOI : 10.1016 / j.mib.2007.03.008 . PMID 17383220 . 
  24. ^ a b c d Кристиан Хамманн; Неллен, Вольфганг (2005). Малые РНК :: Анализ и регуляторные функции (нуклеиновые кислоты и молекулярная биология) . Берлин: Springer. ISBN 978-3-540-28129-0.
  25. ^ Caswell CC, Oglesby-Sherrouse AG, Мерфи ER (октябрь 2014). «Соперничество братьев и сестер: родственные бактериальные малые РНК и их повторяющиеся и неизбыточные роли» . Front Cell Infect Microbiol . 4 : 151. DOI : 10.3389 / fcimb.2014.00151 . PMC 4211561 . PMID 25389522 .  
  26. ^ Ионеску, D; Восс, Б; Орен, А; Hess, WR; Муро-Пастор, AM (30 апреля 2010 г.). «Гетероцист-специфическая транскрипция NsiR1, некодирующей РНК, кодируемой тандемным массивом прямых повторов в цианобактериях». Журнал молекулярной биологии . 398 (2): 177–188. DOI : 10.1016 / j.jmb.2010.03.010 . hdl : 10261/112252 . PMID 20227418 . 
  27. ^ Бренес-Альварес, Мануэль; Ольмедо-Верд, Эльвира; Виоке, Агустин; Муро-Пастор, Алисия М. (01.01.2016). «Идентификация консервативных и потенциально регулирующих малых РНК в гетероцистных цианобактериях» . Границы микробиологии . 7 : 48. DOI : 10,3389 / fmicb.2016.00048 . ISSN 1664-302X . PMC 4734099 . PMID 26870012 .   
  28. ^ Repoila F, Majdalani N, Готтесман S (май 2003). «Малые некодирующие РНК, координаторы адаптационных процессов у Escherichia coli: парадигма RpoS» . Мол. Microbiol . 48 (4): 855–861. DOI : 10.1046 / j.1365-2958.2003.03454.x . PMID 12753181 . 
  29. ^ Benjamin JA, Денуайе G Мориссетт A, Salvail H, Massé E (март 2010). «Работа с окислительным стрессом и недостатком железа у микроорганизмов: обзор». Может. J. Physiol. Pharmacol . 88 (3): 264–272. DOI : 10.1139 / y10-014 . PMID 20393591 . 
  30. ^ Б Vogel J, K Papenfort (декабрь 2006). «Малые некодирующие РНК и наружная мембрана бактерий». Curr. Opin. Microbiol . 9 (6): 605–611. DOI : 10.1016 / j.mib.2006.10.006 . PMID 17055775 . 
  31. ^ Delihas N, Форст S (октябрь 2001). «MicF: ген антисмысловой РНК, участвующий в ответе Escherichia coli на глобальные стрессовые факторы». J. Mol. Биол . 313 (1): 1–12. DOI : 10.1006 / jmbi.2001.5029 . PMID 11601842 . 
  32. ^ Chen S, Чжан A, Blyn LB, Storz G (октябрь 2004). «MicC, второй регулятор малой РНК экспрессии белка Omp в Escherichia coli» . J. Bacteriol . 186 (20): 6689–6697. DOI : 10.1128 / JB.186.20.6689-6697.2004 . PMC 522180 . PMID 15466019 .  
  33. ↑ Song T, Wai SN (июль 2009 г.). «Новая мРНК, которая модулирует вирулентность и экологическую пригодность холерного вибриона» . RNA Biol . 6 (3): 254–258. DOI : 10,4161 / rna.6.3.8371 . PMID 19411843 . 
  34. ^ Рамирес-Пенья, E; Treviño, J; Лю, Z; Perez, N; Сумби, П. (декабрь 2010 г.). «Малая регуляторная РНК FasX Streptococcus группы А усиливает активность стрептокиназы за счет повышения стабильности транскрипта мРНК ska» . Молекулярная микробиология . 78 (6): 1332–1347. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.2010.07427.x . PMC 3071709 . PMID 21143309 .  
  35. ^ Лю, Z; Treviño, J; Рамирес-Пенья, Э; Сумби, П. (октябрь 2012 г.). «Малая регуляторная РНК FasX контролирует экспрессию ворсинок и прилипание к человеческому бактериальному патогену группы A Streptococcus» . Молекулярная микробиология . 86 (1): 140–154. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.2012.08178.x . PMC 3456998 . PMID 22882718 .  
  36. ^ Опасность, JL; Цао, штат Теннесси; Цао, TH; Саркар, П; Treviño, J; Pflughoeft, KJ; Сумби, П. (апрель 2015 г.). «Малая регуляторная РНК FasX усиливает вирулентность Streptococcus группы А и подавляет экспрессию ворсинок через серотип-специфические мишени» . Молекулярная микробиология . 96 (2): 249–262. DOI : 10.1111 / mmi.12935 . PMC 4390479 . PMID 25586884 .  
  37. ^ Опасность, JL; Махтал, Н; Кумарасвами, М; Сумби, П. (1 декабря 2015 г.). «Малая регуляторная РНК FasX отрицательно регулирует экспрессию двух фибронектин-связывающих белков в стрептококках группы А» . Журнал бактериологии . 197 (23): 3720–3730. DOI : 10.1128 / jb.00530-15 . PMC 4626899 . PMID 26391206 .  
  38. ↑ Lenz DH, Mok KC, Lilley BN, Kulkarni RV, Wingreen NS, Bassler BL (июль 2004 г.). «Шаперон малой РНК Hfq и множественные малые РНК контролируют восприятие кворума у ​​Vibrio harveyi и Vibrio cholerae». Cell . 118 (1): 69–82. DOI : 10.1016 / j.cell.2004.06.009 . PMID 15242645 . 
  39. ^ Бардилл JP, Чжао X, Хаммер BK (апрель 2011). «Реакция восприятия кворума Vibrio cholerae опосредуется Hfq-зависимыми взаимодействиями спаривания оснований мРНК / мРНК» . Mol Microbiol . 80 (5): 1381–1394. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.2011.07655.x . PMID 21453446 . 
  40. ^ a b c Тейлор, Патрик К .; Ван Кессель, Антониус ТМ; Колавита, Антонио; Хэнкок, Роберт EW; Ма, Тхиен-Фа (2017). «Новая малая РНК важна для образования биопленок и патогенности Pseudomonas aeruginosa» . PLOS One . 12 (8): e0182582. DOI : 10.1371 / journal.pone.0182582 . ISSN 1932-6203 . PMC 5542712 . PMID 28771593 .   
  41. ^ a b c Дерш, Петра; Хан, Муна А .; Мюлен, Сабрина; Гёрке, Борис (2017). «Роль регуляторных РНК для устойчивости бактерий к антибиотикам и их потенциальная ценность в качестве новых мишеней для лекарств» . Границы микробиологии . 8 : 803. DOI : 10,3389 / fmicb.2017.00803 . ISSN 1664-302X . PMC 5418344 . PMID 28529506 .   
  42. ^ Райт PR, Рихтер А.С., Papenfort К, М Манн, Vogel Дж, Гесс WR, Backofen R, Георг J (2013). «Сравнительная геномика повышает предсказание целей для бактериальных малых РНК» . Proc Natl Acad Sci USA . 110 (37): E3487 – E3496. DOI : 10.1073 / pnas.1303248110 . PMC 3773804 . PMID 23980183 .  
  43. ^ а б Райт PR, Георг Дж., Манн М., Сореску Д.А., Рихтер А.С., Лотт С., Кляйнкауф Р., Хесс В. «CopraRNA и IntaRNA: предсказание малых мишеней РНК, сетей и доменов взаимодействия» . Nucleic Acids Res . 42 (веб-сервер): W119–23. CiteSeerX 10.1.1.641.51 . DOI : 10.1093 / NAR / gku359 . PMC 4086077 . PMID 24838564 .   
  44. ^ Busch А, Рихтер А.С., Backofen R (2008). «IntaRNA: эффективное предсказание бактериальных мишеней мРНК, включая доступность сайта-мишени и области семян» . Биоинформатика . 24 (24): 2849–2856. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btn544 . PMC 2639303 . PMID 18940824 .  
  45. ^ Манн М, Райт PR, Backofen R (2017). «IntaRNA 2.0: улучшенное и настраиваемое предсказание взаимодействий РНК-РНК» . Nucleic Acids Res . 45 (веб-сервер): W435–439. DOI : 10.1093 / NAR / gkx279 . PMC 5570192 . PMID 28472523 .  
  46. ^ Eggenhofer F, Tafer H, Stadler PF, Hofacker IL (2011). «RNApredator: быстрое предсказание целей мРНК на основе доступности» . Nucleic Acids Res . 39 (веб-сервер): W149–154. DOI : 10.1093 / NAR / gkr467 . PMC 3125805 . PMID 21672960 .  
  47. ^ Holmqvist Е, Райт PR - Ли L, Бишлера Т, Barquist л, Реинхардт R, R Backofen, Vogel J (2016). «Глобальные паттерны распознавания РНК посттранскрипционных регуляторов Hfq и CsrA, выявленные с помощью УФ-сшивания in vivo» . EMBO J . 35 : 991–1011. DOI : 10.15252 / embj.201593360 . PMC 5207318 . PMID 27044921 .  
  48. ^ Сасси, Мохамед; Августин, Йоанн; Мауро, Тони; Ивейн, Лотарингия; Чабельская, Светлана; Халлье, Марк; Саллу, Оливье; Фельден, Брайс (май 2015 г.). «SRD: база данных регуляторных РНК стафилококков» . РНК . 21 (5): 1005–1017. DOI : 10,1261 / rna.049346.114 . ISSN 1469-9001 . PMC 4408781 . PMID 25805861 .   
  49. ^ Pischimarov, Иордания; Куенне, Карстен; Миллиард, Андре; Хембергер, Юрген; Семич, Франц; Чакраборти, Тринад; Хайн, Торстен (10 августа 2012 г.). «sRNAdb: небольшая база данных некодирующих РНК для грамположительных бактерий» . BMC Genomics . 13 : 384. DOI : 10.1186 / 1471-2164-13-384 . ISSN 1471-2164 . PMC 3439263 . PMID 22883983 .