Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлен из ПДЗ (биология) )
Перейти к навигации Перейти к поиску
Домен PDZ 2DC2.png
Молекулярная структура домена PDZ, включенного в белок GOPC человека (связанный с Гольджи PDZ и белок, содержащий мотив спиральной спирали)
Идентификаторы
СимволПДЗ
PfamPF00595
ИнтерПроIPR001478
УМНАЯПДЗ
PROSITEPDOC50106
SCOP21lcy / SCOPe / SUPFAM
CDDcd00136
Доступные белковые структуры:
Pfam  структуры / ECOD  
PDBRCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumкраткое изложение структуры
PDB1l1j B: 248-262 1lcy A: 388-442 1fc7 A: 151-232

1fc9 А: 151-232 1fcf А: 151-232 1FC6 А: 151-232 1ueq А: 426-492 1ujv А: 639-680 1i92 А: 14-91 1g9o А: 14-91 1q3o А: 663-754 1q3p : 663-754 1uep A: 778-859 1wfv A: 1147-1226 1uew A: 920-1007 2cs5 A: 517-602 1qav A: 81-161 2pdz A: 81-161 1z86 A: 81-161 1z87 A: 81 -161 1pdr : 466-544 1tq3 A: 313-391 1be9 A: 313-391 1bfeA: 313-391 1tp5 A: 313-391 1tp3 A: 313-391 1um7 A: 386-464 1iu2 A: 65-149 1iu0 A: 65-149 1kef A: 65-149 1zok A: 224-308 1qlc A: 160-244 2byg A: 193-277 2fe5 A: 226-310 1wi2 A: 47-125 1wha A: 871-947 1x5q A: 728-812 1t2m A: 993-1073 1um1 A: 974-1056 1wf8 A: 504- 589 1 г / мл A: 1357-1439 1 унция A: 1357-1439 1vj6 A: 1357-1439 1d5g A: 1368-14503pdz A: 1368-1450 1q7x A: 1368-1450 1uju A: 1100-1189 1wi4 A: 22-94 1l6o A: 254-339 1mc7 A: 251-336 1n7t A: 1323-1407 1mfg A: 1323-1407 1mfl A : 1323-1407 1uez A: 140-219 1uf1 A: 279-357 1x5n A: 211-289 1ihj A: 17-103 1uhp A: 249-336 1uit A: 1240-1316 1x6d A: 412-495 2csj A: 10 -94 1m5z A: 988-1067 2css A: 605-688 1zub A: 619-702 1wfgA: 668-753 1ufx A: 816-887 1qau A: 17-96 1b8q A: 17-96 1u38 A: 656-740 1u37 A: 656-740 1u3b A: 656-740 1x45 A: 656-740 1p1d A: 471-557 1p1e A: 471-557 1x5r A: 456-542 1v62 A: 248-329 1n7f A: 672-751 1n7e A: 672-751 1wf7 A: 5-82 1rgw A: 4-81 1vb7 A: 3- 81 1i16 : 533-616 1v6b A: 752-838 2f5y B: 300-373 1whd A: 18-92 1ybo A: 114-191 1v1t B: 114-191 1obz B: 114-191 1n99 A: 114-191 1wh1 A: 419-501 1va8 A: 256-333 1kwa A: 490-568 1nf3 D: 157-247 1rzx A : 160-250 1oby B: 198-270 1obx A: 198-270 1nte A: 198-270 1r6j A: 198-270 1u39 A: 747-820

1y7n А: 747-820

Домен PDZ является общим структурным доменом 80-90 аминокислот , обнаруженных в сигнальных белков из бактерий , дрожжей , растений , вирусов [1] и животных . [2] Белки, содержащие PDZ-домены, играют ключевую роль в закреплении рецепторных белков в мембране на компонентах цитоскелета. Белки с этими доменами помогают удерживать вместе и организовывать сигнальные комплексы на клеточных мембранах. Эти домены играют ключевую роль в образовании и функционировании комплексов передачи сигнала. [3]PDZ домены также играют весьма важную роль в анкеровках рецепторов клеточной поверхности (например, CFTR и FZD7 ) к актину цитоскелета через посредник , как NHERF и эзрин . [4]

PDZ - это инициализм, объединяющий первые буквы первых трех белков, которые, как было обнаружено, разделяют домен - белок постсинаптической плотности (PSD95) , супрессор больших опухолей диска Drosophila (Dlg1) и белок zonula occludens-1 (zo-1) . [5] домены PDZ ранее упоминались как DHR (Dlg гомологичной область) [6] или GLGF ( глицин - лейцин -glycine- фенилаланин ) домены. [7]

Обычно домены PDZ связываются с короткой областью С-конца других специфических белков. Эти короткие области связываются с доменом PDZ за счет увеличения бета-листов . Это означает, что бета-лист в домене PDZ удлиняется за счет добавления дополнительной бета-цепи из хвоста белка-партнера по связыванию. [8] С-концевая карбоксилатная группа связана гнездом (структурным мотивом белка) в домене PDZ.

Истоки открытия [ править ]

PDZ - это аббревиатура, образованная от названий первых белков, в которых обнаружен домен. Белок постсинаптической плотности 95 (PSD-95) - это синаптический белок, обнаруженный только в головном мозге. [7] Drosophila disk супрессор больших опухолей (Dlg1) и zona occludens 1 (ZO-1) оба играют важную роль в межклеточных соединениях и в клеточных сигнальных комплексах. [9] С момента открытия доменов PDZ более 20 лет назад были идентифицированы сотни дополнительных доменов PDZ. Фраза «домен PDZ» впервые была опубликована не в документе, а в письме. В сентябре 1995 года д-р Мэри Б. Кеннеди из Калифорнийского технологического института написала исправительное письмо для журнала Trends in Biomedical Sciences.[10] Ранее в том же году другая группа ученых заявляла об открытии нового белкового домена, который они назвали доменом DHR. [6] Доктор Кеннеди опровергла тот факт, что ее лаборатория ранее описывала точно такой же домен как серию «повторов GLGF». [7] Она продолжила объяснять, что для того, чтобы «лучше отразить происхождение и распространение домена», новое название домена будет изменено. Таким образом, миру было представлено название «домен PDZ».

Структура [ править ]

6 β-тяжей (синие) и две α-спирали (красные) являются общим мотивом для доменов PDZ.

Структура домена PDZ частично консервативна для различных белков, которые их содержат. Обычно они имеют 5-6 β-тяжей, одну короткую и одну длинную α-спираль . Помимо этой консервативной складки, вторичная структура отличается в разных доменах PDZ. [3] Этот домен имеет тенденцию быть глобулярным с диаметром около 35 Å. [11]

При изучении PDZ-домены обычно выделяют в виде мономеров , однако некоторые PDZ-белки образуют димеры . Функция димеров PDZ по сравнению с мономерами пока не известна. [3]

Общепринятая теория связывающего кармана домена PDZ состоит в том, что он состоит из нескольких гидрофобных аминокислот, помимо упомянутой ранее последовательности GLGF, атомы основной цепи которой образуют гнездо (структурный мотив белка), связывающее С-концевой карбоксилат. белка или пептидного лиганда. Большинство доменов PDZ имеют такой сайт связывания, расположенный между одной из β-цепей и длинной α-спиралью. [12]

Функции [ править ]

Домены PDZ выполняют две основные функции: локализацию клеточных элементов и регулирование клеточных путей.

Пример белка (GRIP) с семью доменами PDZ.

Первой обнаруженной функцией доменов PDZ было закрепление рецепторных белков в мембране с компонентами цитоскелета. Домены PDZ также выполняют регуляторные функции в различных сигнальных путях. [13] Любой белок может иметь один или несколько доменов PDZ, которые могут быть идентичными или уникальными (см. Рисунок справа). Это разнообразие позволяет этим белкам быть очень разнообразными в их взаимодействиях. Различные домены PDZ в одном и том же белке могут иметь разные роли, каждый из которых связывает разные части целевого белка или совершенно разные белки. [14]

Локализация [ править ]

Домены PDZ играют жизненно важную роль в организации и поддержании сложных строительных лесов.

Домены PDZ обнаруживаются в различных белках, но все они способствуют локализации клеточных элементов. Домены PDZ в первую очередь участвуют в закреплении рецепторных белков на цитоскелете . Для правильного функционирования клеток важно, чтобы компоненты - белки и другие молекулы - находились в нужном месте в нужное время. Белки с доменами PDZ связывают различные компоненты, чтобы гарантировать правильное расположение. [13] В нейроне , чтобы понять активность нейротрансмиттера, необходимо, чтобы определенные рецепторы были расположены в липидной мембране в синапсе. Домены PDZ имеют решающее значение для этого процесса локализации рецептора. [15]Белки с доменами PDZ обычно связываются как с С-концом рецептора, так и с элементами цитоскелета, чтобы закрепить рецептор на цитоскелете и удерживать его на месте. [14] [16] Без такого взаимодействия рецепторы диффундируют из синапсов из-за жидкой природы липидной мембраны.

Домены PDZ также используются для локализации элементов, отличных от рецепторных белков. В человеческом мозге оксид азота часто действует в синапсе, изменяя уровни цГМФ в ответ на активацию рецептора NMDA . [17] Для обеспечения благоприятного пространственного расположения нейрональная синтаза оксида азота (nNOS) приближается к рецепторам NMDA посредством взаимодействий с доменами PDZ на PSD-95, которые одновременно связывают рецепторы nNOS и NMDA . [16] Поскольку nNOS расположен близко к рецепторам NMDA, он будет активирован сразу после того, как ионы кальция начнут попадать в клетку.

Регламент [ править ]

Домены PDZ непосредственно участвуют в регуляции различных клеточных путей. Этот механизм этой регуляции варьируется, поскольку домены PDZ способны взаимодействовать с рядом клеточных компонентов. Эта регуляция обычно является результатом совместной локализации множества сигнальных молекул, таких как в примере с рецепторами nNos и NMDA. [16] Некоторые примеры регуляции сигнального пути, осуществляемого доменом PDZ, включают активность фермента фосфатазы , механосенсорную передачу сигналов и путь сортировки эндоцитозированных рецепторных белков.

Сигнальный путь нерецепторного типа 4 (PTPN4) протеина тирозинфосфатазы человека регулируется доменами PDZ. Этот белок участвует в регуляции гибели клеток . Обычно домен PDZ этого фермента не связан. В этом несвязанном состоянии фермент активен и предотвращает передачу клетками сигналов апоптоза . Связывание домена PDZ этой фосфатазы приводит к потере активности фермента, что приводит к апоптозу. Нормальная регуляция этого фермента предотвращает преждевременный апоптоз клеток. Когда регуляция фермента PTPN4 теряется, увеличивается онкогенная активность, так как клетки могут размножаться . [18]

PDZ домены также играют регулирующую роль в механосенсорной передаче сигналов в проприорецепторах и вестибулярных и слуховых волосковых клетках . Белок Whirlin (WHRN) локализуется в постсинаптических нейронах волосковых клеток, которые преобразуют механическое движение в потенциалы действия, которые может интерпретировать организм. Белки WHRN содержат три домена PDZ. Домены, расположенные около N-концасвязываются с рецепторными белками и другими сигнальными компонентами. Когда один из этих PDZ-доменов ингибируется, сигнальные пути нейронов нарушаются, что приводит к слуховым, зрительным и вестибулярным нарушениям. Считается, что это регулирование основано на физическом позиционировании WHRN и избирательности его домена PDZ. [19]

Регуляция рецепторных белков происходит, когда домен PDZ в белке EBP50 связывается с С-концом бета-2-адренергического рецептора (ß2-AR). EBP50 также связывается с комплексом, который соединяется с актином , таким образом, служа связующим звеном между цитоскелетом и ß2-AR. Рецептор β2-AR в конечном итоге подвергается эндоцитозу, где он либо отправляется в лизосомы для деградации, либо возвращается обратно в клеточную мембрану. Ученые продемонстрировали, что когда остаток Ser-411 связывающего домена ß2-AR PDZ, который непосредственно взаимодействует с EBP50, фосфорилируется, рецептор разрушается. Если Ser-411 остается неизмененным, рецептор используется повторно. [20] Роль, которую играют PDZ-домены и их сайты связывания, указывает на регулятивную значимость, выходящую за рамки простой локализации рецепторного белка.

Домены PDZ изучаются дальше, чтобы лучше понять роль, которую они играют в различных сигнальных путях. Исследования расширились, поскольку эти области были связаны с различными заболеваниями, включая рак, как обсуждалось выше. [21]

Регулирование активности домена PDZ [ править ]

Функция домена PDZ может как подавляться, так и активироваться различными механизмами. Два из наиболее распространенных включают аллостерические взаимодействия и посттрасляционные модификации. [3]

Посттрансляционные модификации [ править ]

Наиболее распространенной посттрасляционной модификацией, наблюдаемой в доменах PDZ, является фосфорилирование . [22] Эта модификация в первую очередь является ингибитором домена PDZ и активности лиганда . В некоторых примерах фосфорилирование боковых цепей аминокислот устраняет способность домена PDZ образовывать водородные связи , нарушая нормальные паттерны связывания. Конечным результатом является потеря функции домена PDZ и дальнейшая передача сигналов. [23] Другой способ фосфорилирования может нарушить нормальную функцию домена PDZ - это изменение соотношения зарядов и дальнейшее влияние на связывание и передачу сигналов. [24]В редких случаях исследователи наблюдали, как посттрансляционные модификации активируют активность домена PDZ [25], но таких случаев немного.

Дисульфидные мостики подавляют функцию домена PDZ

Другой посттрансляционной модификацией, которая может регулировать домены PDZ, является образование дисульфидных мостиков . Многие домены PDZ содержат цистеины и чувствительны к образованию дисульфидной связи в окислительных условиях . Эта модификация действует прежде всего как ингибитор функции домена PDZ. [26]

Аллостерические взаимодействия [ править ]

Было обнаружено, что белок-белковые взаимодействия изменяют эффективность связывания PDZ-доменов с лигандами. Эти исследования показывают, что аллостерические эффекты определенных белков могут влиять на сродство связывания с различными субстратами . Различные домены PDZ могут даже оказывать этот аллостерический эффект друг на друга. Это взаимодействие PDZ-PDZ действует только как ингибитор. [27] Другие эксперименты показали, что определенные ферменты могут усиливать связывание доменов PDZ. Исследователи обнаружили, что белок эзрин усиливает связывание белка PDZ NHERF1 . [4]

Белки PDZ [ править ]

Белки PDZ представляют собой семейство белков, которые содержат домен PDZ. Эта последовательность аминокислот содержится во многих тысячах известных белков. Белки домена PDZ широко распространены в эукариот и эубактерий , [2] , тогда как существует очень мало примеров белка в архебактерий . Домены PDZ часто связаны с другими доменами белка, и эти комбинации позволяют им выполнять свои специфические функции. Три из наиболее хорошо задокументированных белков PDZ - это PSD-95 , GRIP и HOMER .

Основное функционирование PSD-95 в образовании комплекса между рецептором NMDA и актином.

PSD-95 - это синаптический белок мозга с тремя доменами PDZ, каждый из которых обладает уникальными свойствами и структурами, которые позволяют PSD-95 функционировать разными способами. Как правило, первые два домена PDZ взаимодействуют с рецепторами, а третий - с белками, относящимися к цитоскелету. Основными рецепторами, связанными с PSD-95, являются рецепторы NMDA . Первые два домена PDZ PSD-95 связываются с C-концом рецепторов NMDA и закрепляют их в мембране в точке высвобождения нейромедиатора. [28] Первые два домена PDZ также могут взаимодействовать аналогичным образом с K + каналами шейкерного типа . [28] PDZ-взаимодействие между PSD-95, nNOS и синтрофином.опосредуется вторым доменом PDZ. Третий и последний домен PDZ связывается с богатым цистеином PDZ-связывающим белком ( CRIPT ), который позволяет PSD-95 связываться с цитоскелетом . [28]

Примеры белков, содержащих домен PDZ (рисунок Lee et al . 2010). [3] Белки обозначены черными линиями, масштаб которых соответствует длине первичной последовательности белка. Разные формы относятся к разным доменам белка.

Белок, взаимодействующий с глутаматным рецептором (GRIP), представляет собой постсинаптический белок, который взаимодействует с рецепторами AMPA аналогично взаимодействиям PSD-95 с рецепторами NMDA. Когда исследователи заметили очевидную структурную гомологию между С-концами рецепторов AMPA и рецепторов NMDA, они попытались определить, имеет ли место подобное взаимодействие PDZ. [29] дрожжи два гибрида система помогла им обнаружить , что из семи областей PDZ тисков, в два (домены четыре и пять) были необходимы для связывания ГПВФРА к АМРЕ субъединицы называется GluR2. [14] Это взаимодействие жизненно важно для правильной локализации рецепторов AMPA, которые играют большую роль в хранении памяти.. Другие исследователи обнаружили, что шесть и семь доменов GRIP ответственны за соединение GRIP с семейством рецепторных тирозинкиназ, называемых рецепторами эфрина , которые являются важными сигнальными белками. [30] Клиническое исследование пришло к выводу, что синдром Фрейзера , аутосомно-рецессивный синдром, который может вызывать серьезные деформации, может быть вызван простой мутацией в GRIP. [31]

HOMER значительно отличается от многих известных белков PDZ, включая GRIP и PSD-95. Вместо того, чтобы опосредовать рецепторы около ионных каналов, как в случае с GRIP и PSD-95, HOMER участвует в передаче сигналов метаботропного глутамата . [32] Еще одним уникальным аспектом HOMER является то, что он содержит только один домен PDZ, который опосредует взаимодействия между HOMER и метаботропным глутаматным рецептором 5 типа ( mGluR5 ). [15] Один повтор GLGF на HOMER связывает аминокислоты на С-конце mGluR5. Экспрессия HOMER измеряется на высоких уровнях на эмбриологических стадиях у крыс, что свидетельствует о важной функции развития. [15]

Белки PDZ человека [ править ]

У человека примерно 260 доменов PDZ. Некоторые белки содержат несколько доменов PDZ, поэтому количество уникальных белков, содержащих PDZ, приближается к 180. В таблице ниже представлены некоторые из наиболее изученных членов этого семейства:

Исследованные белки PDZ
ЭрбинСХВАТИТЬHtra1Htra2
Htra3PSD-95SAP97CARD10
CARD11CARD14PTP-BL [33]

В таблице ниже представлены все известные белки PDZ у человека (в алфавитном порядке):

Белки PDZ у людей
AAG12AHNAKAHNAK2AIP1ALPAPBA1APBA2APBA3ARHGAP21ARHGAP23ARHGEF11ARHGEF12CARD10CARD11CARD14
КАСКАCLP-36CNKSR2CNKSR3CRTAMDFNB31DLG1DLG2DLG3DLG4DLG5DVL1DVL1L1DVL2DVL3
ERBB2IPFRMPD1FRMPD2FRMPD2L1FRMPD3FRMPD4GIPC1GIPC2GIPC3GOPCПОНЯТЬGRIP1GRIP2HTRA1HTRA2
HTRA3HTRA4IL16INADLKIAA1849LDB3LIMK1LIMK2LIN7ALIN7BLIN7CLMO7LNX1LNX2LRRC7
MAGI1МАГИ2MAGI3MAGIXМАСТ1МАСТ2МАСТ3МАСТ4MCSPMLLT4МПДЗMPP1MPP2MPP3MPP4
MPP5MPP6MPP7MYO18ANHERF1NOS1PARD3PARD6APARD6BPARD6GPDLIM1PDLIM2PDLIM3PDLIM4PDLIM5
PDLIM7PDZD11ПДЗД2PDZD3PDZD4PDZD5APDZD7PDZD8ПДЗК1ПДЗРН3ПДЗРН4ВЫБРАТЬ1PPP1R9APPP1R9BPREX1
PRXPSCDBPПТПН13ПТПН3ПТПН4RAPGEF2RGS12RGS3RHPN1RILRIMS1RIMS2SCN5ASCRIBSDCBP
SDCBP2ХВОСТОВИК1ХВОСТОВИК2ХВОСТОВИК3SHROOM2SHROOM3SHROOM4SIPA1SIPA1L1SIPA1L2SIPA1L3SLC9A3R1SLC9A3R2SNTA1SNTB1
SNTB2SNTG1SNTG2SNX27СПАЛ2STXBP4SYNJ2BPSYNPO2SYNPO2LTAX1BP3TIAM1TIAM2TJP1TJP2TJP3
TRPC4TRPC5USH1CWHRN

В настоящее время известен один вирус, содержащий домены PDZ:

Вирусы
Налог1

Ссылки [ править ]

  1. ^ Boxus M, Twizere JC, Легро S, Dewulf JF, Kettmann R, L Виллемс (август 2008). «Налоговый интерактом HTLV-1» . Ретровирология . 5 : 76. DOI : 10,1186 / 1742-4690-5-76 . PMC  2533353 . PMID  18702816 .
  2. ^ a b Ponting CP (февраль 1997 г.). «Доказательства доменов PDZ в бактериях, дрожжах и растениях» . Белковая наука . 6 (2): 464–8. DOI : 10.1002 / pro.5560060225 . PMC 2143646 . PMID 9041651 .  
  3. ^ а б в г д Ли HJ, Zheng JJ (май 2010 г.). «Домены PDZ и их партнеры по связыванию: структура, специфичность и модификация» . Сотовая связь и сигнализация . 8 : 8. DOI : 10,1186 / 1478-811X-8-8 . PMC 2891790 . PMID 20509869 .  
  4. ^ a b Li J, Callaway DJ, Bu Z (сентябрь 2009 г.). «Эзрин индуцирует дальнодействующую междоменную аллостерию в каркасном белке NHERF1» . Журнал молекулярной биологии . 392 (1): 166–80. DOI : 10.1016 / j.jmb.2009.07.005 . PMC 2756645 . PMID 19591839 .  
  5. Перейти ↑ Kennedy MB (сентябрь 1995 г.). «Происхождение доменов PDZ (DHR, GLGF)». Направления биохимических наук . 20 (9): 350. DOI : 10.1016 / S0968-0004 (00) 89074-X . PMID 7482701 . 
  6. ^ a b Ponting CP, Phillips C (март 1995 г.). «Домены DHR в синтрофинах, нейрональных синтазах NO и других внутриклеточных белках». Направления биохимических наук . 20 (3): 102–3. DOI : 10.1016 / S0968-0004 (00) 88973-2 . PMID 7535955 . 
  7. ^ a b c Чо КО, Хант, Калифорния, Кеннеди, МБ (ноябрь 1992 г.). «Фракция постсинаптической плотности головного мозга крысы содержит гомолог белка супрессора больших опухолей дисков Drosophila». Нейрон . 9 (5): 929–42. DOI : 10.1016 / 0896-6273 (92) 90245-9 . PMID 1419001 . S2CID 28528759 .  
  8. ^ Cowburn D (декабрь 1997). «Узнавание пептидов по доменам PTB и PDZ». Текущее мнение в структурной биологии . 7 (6): 835–8. DOI : 10.1016 / S0959-440X (97) 80155-8 . PMID 9434904 . 
  9. ↑ Лю Дж, Ли Дж, Рен Й, Лю П. (2014-01-01). «DLG5 в поддержании полярности клеток и развитии рака» . Международный журнал биологических наук . 10 (5): 543–9. DOI : 10.7150 / ijbs.8888 . PMC 4046881 . PMID 24910533 .  
  10. Перейти ↑ Kennedy MB (сентябрь 1995 г.). «Происхождение доменов PDZ (DHR, GLGF)». Направления биохимических наук . 20 (9): 350. DOI : 10.1016 / s0968-0004 (00) 89074-х . PMID 7482701 . 
  11. ^ Erlendsson S, Madsen KL (октябрь 2015). «Мембранное связывание и модуляция домена PDZ PICK1» . Мембраны . 5 (4): 597–615. DOI : 10.3390 / мембраны5040597 . PMC 4704001 . PMID 26501328 .  
  12. ^ Мораис Кабрал JH, Петоса C, Сатклифф MJ, Raza S, Байрон O, Poy F, и др. (Август 1996 г.). «Кристаллическая структура домена ПДЗ». Природа . 382 (6592): 649–52. Bibcode : 1996Natur.382..649C . DOI : 10.1038 / 382649a0 . PMID 8757139 . S2CID 4344406 .  
  13. ^ a b Harris BZ, Lim WA (сентябрь 2001 г.). «Механизм и роль доменов PDZ в сборке сигнального комплекса». Журнал клеточной науки . 114 (Pt 18): 3219–31. PMID 11591811 . 
  14. ^ a b c Бристоль, Университет. "Бристольский университет | Центр синаптической пластичности | взаимодействия AMPAR" . www.bristol.ac.uk . Проверено 3 декабря 2015 .
  15. ^ a b c Брейкман ПР, Ланахан А.А., О'Брайен Р., Рош К., Барнс Калифорния, Хуганир Р.Л., Уорли П.Ф. (март 1997 г.). «Гомер: белок, избирательно связывающий метаботропные рецепторы глутамата». Природа . 386 (6622): 284–8. Bibcode : 1997Natur.386..284B . DOI : 10.1038 / 386284a0 . PMID 9069287 . S2CID 4346579 .  
  16. ^ a b c Дойл Д.А., Ли А., Льюис Дж., Ким Э. , Шэн М., Маккиннон Р. (июнь 1996 г.). «Кристаллические структуры комплексного и свободного от пептидов мембранного белк-связывающего домена: молекулярная основа распознавания пептидов с помощью PDZ». Cell . 85 (7): 1067–76. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 81307-0 . PMID 8674113 . S2CID 9739481 .  
  17. ^ Хоппер R, Ланкастер Б, Garthwaite J (апрель 2004 г.). «О регуляции рецепторов NMDA оксидом азота». Европейский журнал нейробиологии . 19 (7): 1675–82. DOI : 10.1111 / j.1460-9568.2004.03306.x . PMID 15078541 . 
  18. ^ Maisonneuve P, Caillet-Saguy C, Raynal B, Gilquin B, Chaffotte A, Pérez J и др. (Ноябрь 2014 г.). «Регулирование каталитической активности фосфатазы человека PTPN4 с помощью ее домена PDZ». Журнал FEBS . 281 (21): 4852–65. DOI : 10.1111 / febs.13024 . PMID 25158884 . 
  19. ^ de Nooij JC, Саймон CM, Саймон A, Doobar S, Steel KP, Banks RW и др. (Февраль 2015 г.). «Белок Whirlin с PDZ-доменом способствует передаче механосенсорных сигналов в проприорецепторах млекопитающих» . Журнал неврологии . 35 (7): 3073–84. DOI : 10.1523 / JNEUROSCI.3699-14.2015 . PMC 4331628 . PMID 25698744 .  
  20. ^ Као ТТ, диакон HW, Reczek D, Bretscher А, фон Застроу М (сентябрь 1999 г.). «Регулируемое киназой взаимодействие с PDZ-доменом контролирует эндоцитарную сортировку бета2-адренергического рецептора». Природа . 401 (6750): 286–90. Bibcode : 1999Natur.401..286C . DOI : 10.1038 / 45816 . PMID 10499588 . S2CID 4386883 .  
  21. ^ Ван NX, Ли HJ, Чжэн JJ (апрель 2008). «Терапевтическое использование антагонизма белок-белкового взаимодействия PDZ» . Новости и перспективы наркотиков . 21 (3): 137–41. PMC 4055467 . PMID 18560611 .  
  22. ^ Chung HJ, Хуан YH, Lau LF, Huganir RL (ноябрь 2004). «Регулирование рецепторного комплекса NMDA и транспорта путем зависимого от активности фосфорилирования лиганда PDZ субъединицы NR2B» . Журнал неврологии . 24 (45): 10248–59. DOI : 10.1523 / JNEUROSCI.0546-04.2004 . PMC 6730169 . PMID 15537897 .  
  23. ^ Елень Р, Олексы А, Smietana К, Otlewski J (2003-01-01). «Домены PDZ - общие участники клеточной сигнализации» . Acta Biochimica Polonica . 50 (4): 985–1017. DOI : 10,18388 / abp.2003_3628 . PMID 14739991 . 
  24. Перейти ↑ Chen J, Pan L, Wei Z, Zhao Y, Zhang M (август 2008). «Димеризация с заменой домена ZO-1 PDZ2 генерирует специфические и регуляторные сайты связывания коннексина 43» . Журнал EMBO . 27 (15): 2113–23. DOI : 10.1038 / emboj.2008.138 . PMC 2516886 . PMID 18636092 .  
  25. ^ Chen BS, Брауд S, барсук JD, Исаак JT, Roche KW (июнь 2006). «Регулирование N-метил-D-аспартата (NMDA) рецепторов NR1 / NR2C путем фосфорилирования» . Журнал биологической химии . 281 (24): 16583–90. DOI : 10.1074 / jbc.M513029200 . PMID 16606616 . 
  26. ^ Мишра P, Socolich M, Wall MA, Graves J, Ван Z, Ranganathan R (октябрь 2007). «Динамический каркас в сигнальной системе, связанной с G-белком». Cell . 131 (1): 80–92. DOI : 10.1016 / j.cell.2007.07.037 . PMID 17923089 . S2CID 14008319 .  
  27. ^ van den Berk LC, Landi E, Walma T, Vuister GW, Dente L, Hendriks WJ (ноябрь 2007 г.). «Аллостерическое внутримолекулярное взаимодействие PDZ-PDZ модулирует специфичность связывания PTP-BL PDZ2». Биохимия . 46 (47): 13629–37. DOI : 10.1021 / bi700954e . PMID 17979300 . 
  28. ^ a b c Niethammer M, Valtschanoff JG, Kapoor TM, Allison DW, Weinberg RJ, Craig AM, Sheng M (апрель 1998 г.). «CRIPT, новый постсинаптический белок, который связывается с третьим доменом PDZ PSD-95 / SAP90». Нейрон . 20 (4): 693–707. DOI : 10.1016 / s0896-6273 (00) 81009-0 . PMID 9581762 . S2CID 16068361 .  
  29. ^ Донг Х., О'Брайен Р.Дж., Фунг Э.Т., Ланахан А.А., Уорли П.Ф., Хуганир Р.Л. (март 1997 г.). «GRIP: синаптический белок, содержащий домен PDZ, который взаимодействует с рецепторами AMPA». Природа . 386 (6622): 279–84. Bibcode : 1997Natur.386..279D . DOI : 10.1038 / 386279a0 . PMID 9069286 . S2CID 4361791 .  
  30. ^ Торрес Р., Файрестайн Б.Л., Донг Х., Штаудингер Дж., Олсон Э.Н., Хуганир Р.Л. и др. (Декабрь 1998 г.). «Белки PDZ связываются, группируются и синаптически колокализуются с рецепторами Eph и их лигандами эфрина». Нейрон . 21 (6): 1453–63. DOI : 10.1016 / S0896-6273 (00) 80663-7 . PMID 9883737 . S2CID 15441813 .  
  31. ^ Vogel МДж, ван Зон Р, Brueton л, Gijzen М, ван TUIL МС, Кокс Р, и др. (Май 2012 г.). «Мутации в GRIP1 вызывают синдром Фрейзера». Журнал медицинской генетики . 49 (5): 303–6. DOI : 10.1136 / jmedgenet-2011-100590 . PMID 22510445 . S2CID 7211700 .  
  32. ↑ Ranganathan R, Ross EM (декабрь 1997 г.). «Белки домена PDZ: каркасы для сигнальных комплексов». Текущая биология . 7 (12): R770-3. DOI : 10.1016 / S0960-9822 (06) 00401-5 . PMID 9382826 . S2CID 13636955 .  
  33. ^ Jemth P, Джанни S (июль 2007). «Домены PDZ: сворачивание и связывание». Биохимия . 46 (30): 8701–8. DOI : 10.1021 / bi7008618 . PMID 17620015 . 

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Понтинг С.П., Филлипс К., Дэвис К.Э., Блейк Д.Д. (июнь 1997 г.). «Домены PDZ: нацеливание сигнальных молекул на субмембранные участки». BioEssays . 19 (6): 469–79. DOI : 10.1002 / bies.950190606 . PMID  9204764 . S2CID  12469779 .
  • Дойл Д.А., Ли А., Льюис Дж., Ким Э, Шэн М., Маккиннон Р. (июнь 1996 г.). «Кристаллические структуры комплексного и свободного от пептидов мембранного белк-связывающего домена: молекулярная основа распознавания пептидов с помощью PDZ». Cell . 85 (7): 1067–76. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 81307-0 . PMID  8674113 . S2CID  9739481 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_PDZ_Class_1
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_PDZ_Class_2
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_PDZ_Class_3
  • Домен PDZ как сложная адаптивная система Краткое техническое резюме и изложение основных выводов и разветвлений домена PDZ как сложной адаптивной системы
  • Запись о сохраненных доменах NCBI
  • https://www.pdznet.eu - проект ЕС, направленный на углубление нашего понимания клеточных сигнальных путей и терапевтического потенциала белков, содержащих домены PDZ, при здоровых и патологических состояниях, таких как рак и неврологические заболевания.