Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Филогенетические сравнительные методы ( ПКМ ) используют информацию об исторических отношениях родословных ( филогении ) для проверки эволюционных гипотез. Сравнительный метод имеет долгую историю в эволюционной биологии; действительно, Чарльз Дарвин использовал различия и сходства между видами в качестве основного источника доказательств в «Происхождении видов» . Однако тот факт, что близкородственные линии имеют много общих черт и комбинаций черт в результате процесса происхождения с модификацией, означает, что линии не являются независимыми. Это осознание вдохновило на разработку явно филогенетических сравнительных методов. [1]Первоначально эти методы были в первую очередь разработаны для контроля филогенетического анамнеза при тестировании на адаптацию ; [2] однако в последние годы использование этого термина расширилось и теперь включает любое использование филогении в статистических тестах. [3] Хотя большинство исследований, в которых используются ПКМ, сосредоточены на современных организмах, многие методы также могут применяться к вымершим таксонам и могут включать информацию из летописи окаменелостей . [4]

PCM обычно можно разделить на два типа подходов: те, которые делают вывод об эволюционной истории какого-либо признака ( фенотипического или генетического ) в филогенезе, и те, которые делают вывод о самом процессе эволюционного ветвления ( темпы диверсификации ), хотя есть некоторые подходы, которые оба одновременно. [5] Обычно дерево, которое используется вместе с PCM, оценивается независимо (см. Вычислительную филогенетику ), так что предполагается, что известны как отношения между линиями, так и длина разделяющих их ветвей.

Приложения [ править ]

Филогенетические сравнительные подходы могут дополнять другие способы изучения адаптации, такие как изучение природных популяций, экспериментальные исследования и математические модели. [6] Межвидовые сравнения позволяют исследователям оценить общность эволюционных явлений, рассматривая независимые эволюционные события. Такой подход особенно полезен, когда внутри видов мало или совсем нет изменений. И поскольку их можно использовать для явного моделирования эволюционных процессов, происходящих в течение очень длительных периодов времени, они могут дать понимание макроэволюционных вопросов, которые когда-то были исключительной областью палеонтологии . [4]

Ареалы обитания 49 видов млекопитающих в зависимости от размеров их тела . Виды с более крупным телом, как правило, имеют более широкий ареал обитания, но при любом данном размере тела представители отряда Carnivora ( плотоядные и всеядные ), как правило, имеют более широкий ареал обитания, чем копытные (все они являются травоядными ). Считается ли это различие статистически значимым, зависит от того, какой тип анализа применяется [7]
Масса семенников различных видов приматов в зависимости от размера их тела и системы спаривания. Виды с более крупным телом, как правило, имеют более крупные семенники, но у видов любого размера тела, у которых самки, как правило, спариваются с несколькими самцами, имеют самцов с более крупными семенниками.

Филогенетические сравнительные методы обычно применяются к таким вопросам, как:

  • Каков наклон отношения аллометрического масштабирования?

→ Пример: как масса мозга зависит от массы тела ?

  • Различаются ли разные клады организмов по какому-либо фенотипическому признаку?

→ Пример: у псовых сердце больше, чем у кошачьих ?

  • Различаются ли группы видов с общими поведенческими или экологическими особенностями (например, социальная система , диета ) по среднему фенотипу?

→ Пример: сделать плотоядные имеют большие диапазоны дома , чем травоядные?

  • Каково было наследственное состояние признака ?

→ Пример: где эволюционировала эндотермия в линии, которая привела к млекопитающим?

→ Пример: где, когда и почему возникли плаценты и живорождение ?

  • Подает ли признак значительный филогенетический сигнал в определенной группе организмов? Некоторые типы черт склонны «следовать филогенезу» больше, чем другие?

→ Пример: являются ли поведенческие черты более подвижными в процессе эволюции?

  • Являются ли межвидовые различия в жизненных чертах компромиссом, как в так называемом континууме быстро-медленно?

→ Пример: почему у мелких видов продолжительность жизни короче, чем у их более крупных родственников?

Филогенетически независимые контрасты [ править ]

Стандартизированные контрасты используются в обычных статистических процедурах с тем ограничением, что все регрессии , корреляции , ковариационный анализ и т. Д. Должны проходить через источник.

Фельзенштейн [1] предложил первый общий статистический метод в 1985 году для включения филогенетической информации, т. Е. Первый, который мог использовать любую произвольную топологию (порядок ветвления) и заданный набор длин ветвей. В настоящее время этот метод признан алгоритмом , реализующим частный случай так называемых филогенетических обобщенных моделей наименьших квадратов . [8] Логика метода состоит в том, чтобы использовать информацию филогенетическое (и предполагаемое броуновское движение , как модель эволюции признака) , чтобы преобразовать исходные данные наконечник (средние значения для множества видов) в значения , которые являются статистически независимыми иодинаково распределены .

Алгоритм включает вычисление значений на внутренних узлах в качестве промежуточного шага, но они, как правило , сами по себе не используются для выводов . Исключение составляет базальный (корневой) узел, который можно интерпретировать как оценку наследственной ценности для всего дерева (при условии, что никаких направленных эволюционных тенденций [например, правила Копа ] не произошло) или как филогенетически взвешенную оценку среднее значение для всего набора верхушечных видов (терминальных таксонов). Значение в корне эквивалентно значению, полученному с помощью алгоритма «экономия квадратов с изменением квадрата», а также является оценкой максимального правдоподобия при броуновском движении. Алгебра независимых контрастов также может использоваться для вычисления стандартной ошибки илидоверительный интервал .

Филогенетический обобщенный метод наименьших квадратов (PGLS) [ править ]

Вероятно, наиболее часто используемым PCM является филогенетический обобщенный метод наименьших квадратов (PGLS). [8] [9] Этот подход используется для проверки, существует ли связь между двумя (или более) переменными с учетом того факта, что происхождение не является независимым. Этот метод является частным случаем обобщенных наименьших квадратов (GLS), и поэтому оценка PGLS также несмещена , согласована , эффективна и асимптотически нормальна . [10] Во многих статистических ситуациях, где используется GLS (или обычный метод наименьших квадратов [OLS]), остаточные ошибки ε считаются независимыми и одинаково распределенными случайными величинами, которые считаются нормальными

тогда как в PGLS предполагается, что ошибки распределяются как

где V - матрица ожидаемой дисперсии и ковариации остатков с учетом эволюционной модели и филогенетического дерева. Следовательно, именно структура остатков, а не сами переменные показывают филогенетический сигнал . Это уже давно вызывает путаницу в научной литературе. [11] Ряд моделей были предложен для структуры V , таких как броуновское движение [8] Орнштейн-Уленбек , [12] и А модели PAGEL в. [13] (Когда используется модель броуновского движения, PGLS идентичен независимой оценке контрастов. [14]). В PGLS параметры эволюционной модели обычно оцениваются совместно с параметрами регрессии.

PGLS может применяться только к вопросам, в которых зависимая переменная непрерывно распределяется; однако филогенетическое дерево также может быть включено в остаточное распределение обобщенных линейных моделей , что позволяет обобщить подход к более широкому набору распределений для ответа. [15] [16] [17]

Филогенетически обоснованные компьютерные симуляции Монте-Карло [ править ]

Данные для признака с непрерывной оценкой могут быть смоделированы таким образом, что таксоны на концах гипотетического филогенетического дерева будут демонстрировать филогенетический сигнал, т. Е. Близкородственные виды будут иметь тенденцию походить друг на друга.

Мартинс и Гарланд [18] предложили в 1991 г., что одним из способов учета филогенетических отношений при проведении статистического анализа было использование компьютерного моделирования для создания множества наборов данных, согласующихся с проверяемой нулевой гипотезой (например, отсутствие корреляции между двумя признаками, отсутствие разница между двумя экологически определенными группами видов), но это имитирует эволюцию по соответствующему филогенетическому дереву. Если такие наборы данных (обычно 1000 или более) анализируются с помощью той же статистической процедуры, которая используется для анализа реального набора данных, то результаты для смоделированных наборов данных можно использовать для создания филогенетически правильных (или «ПК» [7])) нулевые распределения тестовой статистики (например, коэффициент корреляции, t, F). Такие подходы к моделированию также можно комбинировать с такими методами, как филогенетически независимые контрасты или PGLS (см. Выше).

См. Также [ править ]

  • Аллометрия
  • Поведенческая экология
  • Биоразнообразие
  • Биоинформатика
  • Кладистика
  • Сравнительная анатомия
  • Сравнительный метод в лингвистике
  • Сравнительная физиология
  • Вычислительная филогенетика
  • Метод покрытия диска
  • Экофизиология
  • Эволюционная нейробиология
  • Эволюционная физиология
  • Обобщенный метод наименьших квадратов (GLS)
  • Обобщенная линейная модель
  • Джо Фельзенштейн
  • Марк Пейджел
  • Максимальная вероятность
  • Максимальная экономия
  • Пол Х. Харви
  • Филогенетика
  • Родерик DM Страница
  • Половой отбор
  • Статистика
  • Систематика
  • Теодор Гарланд-младший.

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b Фельзенштейн, Джозеф (январь 1985 г.). «Филогении и сравнительный метод». Американский натуралист . 125 (1): 1–15. DOI : 10.1086 / 284325 . S2CID  9731499 .
  2. ^ Харви, Пол Х .; Пагель, Марк Д. (1991). Сравнительный метод в эволюционной биологии . Оксфорд: Издательство Оксфордского университета. п. 248. ISBN 9780198546405.
  3. ^ О'Мира, Brian C. (декабрь 2012). «Эволюционные выводы из филогении: обзор методов». Ежегодный обзор экологии, эволюции и систематики . 43 (1): 267–285. DOI : 10,1146 / annurev-ecolsys-110411-160331 .
  4. ^ а б Пеннелл, Мэтью В .; Хармон, Люк Дж. (Июнь 2013 г.). «Интегративный взгляд на филогенетические сравнительные методы: связи с популяционной генетикой, экологией сообщества и палеобиологией». Летопись Нью-Йоркской академии наук . 1289 (1): 90–105. Bibcode : 2013NYASA1289 ... 90p . DOI : 10.1111 / nyas.12157 . PMID 23773094 . S2CID 8384900 .  
  5. ^ Мэддисон, Уэйн; Мидфорд, Питер; Отто, Сара (октябрь 2007 г.). «Оценка влияния двоичного символа на видообразование и исчезновение» . Систематическая биология . 56 (5): 701–710. DOI : 10.1080 / 10635150701607033 . PMID 17849325 . 
  6. ^ Вебер, Марджори G .; Агравал, Анураг А. (июль 2012 г.). «Филогения, экология и сочетание сравнительного и экспериментального подходов». Тенденции в экологии и эволюции . 27 (7): 394–403. DOI : 10.1016 / j.tree.2012.04.010 . PMID 22658878 . 
  7. ^ а б Гарленд, Т .; Дикерман, AW; Янис, CM; Джонс, Дж. А. (1 сентября 1993 г.). «Филогенетический анализ ковариантности с помощью компьютерного моделирования». Систематическая биология . 42 (3): 265–292. DOI : 10.1093 / sysbio / 42.3.265 .
  8. ^ a b c Grafen, A. (21 декабря 1989 г.). «Филогенетическая регрессия» . Философские труды Королевского общества B: биологические науки . 326 (1233): 119–157. Bibcode : 1989RSPTB.326..119G . DOI : 10.1098 / rstb.1989.0106 . PMID 2575770 . 
  9. ^ Мартинс, Эмилия П .; Хансен, Томас Ф. (апрель 1997 г.). «Филогенез и сравнительный метод: общий подход к включению филогенетической информации в анализ межвидовых данных» . Американский натуралист . 149 (4): 646–667. DOI : 10.1086 / 286013 . S2CID 29362369 . 
  10. ^ Rohlf, Ф. Джеймс (ноябрь 2001). «Сравнительные методы анализа непрерывных переменных: геометрические интерпретации» . Эволюция . 55 (11): 2143–2160. DOI : 10.1111 / j.0014-3820.2001.tb00731.x . PMID 11794776 . S2CID 23200090 .  
  11. ↑ Ревелл, Лиам Дж. (Декабрь 2010 г.). «Филогенетический сигнал и линейная регрессия по данным вида». Методы экологии и эволюции . 1 (4): 319–329. DOI : 10.1111 / j.2041-210x.2010.00044.x .
  12. ^ Батлер, Маргарита А .; Schoener, Thomas W .; Лосос, Джонатан Б. (февраль 2000 г.). «Взаимосвязь между половым диморфизмом размера и использованием среды обитания у ящериц Больших Антильских островов» . Эволюция . 54 (1): 259–272. DOI : 10.1111 / j.0014-3820.2000.tb00026.x . PMID 10937202 . S2CID 7887284 .  
  13. ^ Фреклтон, RP; Харви, PH; Пагель, М. (декабрь 2002 г.). «Филогенетический анализ и сравнительные данные: проверка и обзор доказательств». Американский натуралист . 160 (6): 712–726. DOI : 10.1086 / 343873 . PMID 18707460 . S2CID 19796539 .  
  14. ^ Бломберг, SP; Lefevre, JG; Уэллс, JA; Уотерхаус, М. (3 января 2012 г.). «Независимые контрасты и оценки регрессии PGLS эквивалентны» . Систематическая биология . 61 (3): 382–391. DOI : 10.1093 / sysbio / syr118 . PMID 22215720 . 
  15. ↑ Линч, Майкл (август 1991). «Методы анализа сравнительных данных в эволюционной биологии». Эволюция . 45 (5): 1065–1080. DOI : 10.2307 / 2409716 . JSTOR 2409716 . PMID 28564168 .  
  16. ^ Housworth, Элизабет А .; Мартинс, Эмилия П .; Линч, Майкл (январь 2004 г.). «Филогенетическая смешанная модель». Американский натуралист . 163 (1): 84–96. DOI : 10.1086 / 380570 . PMID 14767838 . S2CID 10568814 .  
  17. ^ Хэдфилд, JD; Накагава, С. (март 2010 г.). «Общие количественные генетические методы для сравнительной биологии: филогении, таксономии и многоприметные модели для непрерывных и категориальных признаков» . Журнал эволюционной биологии . 23 (3): 494–508. DOI : 10.1111 / j.1420-9101.2009.01915.x . PMID 20070460 . S2CID 27706318 .  
  18. ^ Мартинс, Эмилия П .; Гарланд, Теодор (май 1991 г.). "Филогенетический анализ коррелированной эволюции непрерывных персонажей: моделирование". Эволюция . 45 (3): 534–557. DOI : 10.2307 / 2409910 . JSTOR 2409910 . PMID 28568838 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Акерли, Д.Д. 1999. Сравнительная экология растений и роль филогенетической информации. Страницы 391–413 в MC Press, JD Scholes и MG Braker, eds. Физиологическая экология растений. 39-й симпозиум Британского экологического общества, проходивший в Йоркском университете 7–9 сентября 1998 года. Blackwell Science, Оксфорд, Великобритания
  • Беренбринк, М .; Koldkjr, P .; Kepp, O .; Коссинс, AR (2005). «Эволюция секреции кислорода у рыб и возникновение сложной физиологической системы». Наука . 307 (5716): 1752–1757. Bibcode : 2005Sci ... 307.1752B . DOI : 10.1126 / science.1107793 . PMID  15774753 . S2CID  36391252 .
  • Бломберг, СП; Младший ; Гирлянда, Т .; Айвз, AR (2003). «Тестирование филогенетического сигнала в сравнительных данных: поведенческие черты более лабильны» (PDF) . Эволюция . 57 (4): 717–745. DOI : 10.1554 / 0014-3820 (2003) 057 [0717: tfpsic] 2.0.co; 2 . PMID  12778543 .
  • Брукс, Д. Р. и Д. А. Макленнан. 1991. Филогения, экология и поведение: программа исследований в области сравнительной биологии. Univ. Чикаго Пресс, Чикаго. 434 с.
  • Cheverud, JM; Доу, ММ; Leutenegger, W. (1985). «Количественная оценка филогенетических ограничений в сравнительном анализе: половой диморфизм массы тела у приматов». Эволюция . 39 (6): 1335–1351. DOI : 10.2307 / 2408790 . JSTOR  2408790 . PMID  28564267 .
  • Эгглтон, П., Р.И. Вейн-Райт, ред. 1994. Филогенетика и экология. Серия симпозиумов Линнеевского общества, номер 17. Academic Press, Лондон.
  • Фельзенштейн, Дж. 2004. Выведение филогении. Sinauer Associates, Сандерленд, Массачусетс, xx + 664 с.
  • Freckleton, RP; Харви, PH; Пагель, М. (2002). «Филогенетический анализ и сравнительные данные: проверка и обзор доказательств». Американский натуралист . 160 (6): 712–726. DOI : 10.1086 / 343873 . PMID  18707460 . S2CID  19796539 .
  • Гарланд младший, Т ; Айвз, АР (2000). «Использование прошлого для предсказания настоящего: доверительные интервалы для уравнений регрессии в филогенетических сравнительных методах» (PDF) . Американский натуралист . 155 (3): 346–364. DOI : 10.1086 / 303327 . PMID  10718731 . S2CID  4384701 .
  • Гарланд младший, Т .; Беннетт, AF; Резенде, EL (2005). «Филогенетические подходы в сравнительной физиологии» (PDF) . Журнал экспериментальной биологии . 208 (16): 3015–3035. DOI : 10,1242 / jeb.01745 . PMID  16081601 . S2CID  14871059 .
  • Гарланд младший, Т .; Харви, PH; Айвз, АР (1992). «Процедуры анализа сравнительных данных с использованием филогенетически независимых контрастов» (PDF) . Систематическая биология . 41 (1): 18–32. DOI : 10.2307 / 2992503 . JSTOR  2992503 .
  • Gittleman, JL; Кот, М. (1990). «Адаптация: статистика и нулевая модель для оценки филогенетических эффектов». Систематическая зоология . 39 (3): 227–241. DOI : 10.2307 / 2992183 . JSTOR  2992183 .
  • Hadfield, J.D; Накагава, С. (2010). «Общие количественные генетические методы для сравнительной биологии: филогении, таксономии и многоприметные модели для непрерывных и категориальных признаков» . Журнал эволюционной биологии . 23 (3): 494–508. DOI : 10.1111 / j.1420-9101.2009.01915.x . PMID  20070460 . S2CID  27706318 .
  • Herrada, EA; Тессон, Сиджей; Klemm, K .; Эгуилуз, ВМ; Hernandez-Garcia, E .; Дуарте, CM (2008). «Универсальное масштабирование ветвления древа жизни» . PLOS ONE . 3 (7): e2757. arXiv : 0807.4042 . Bibcode : 2008PLoSO ... 3.2757H . DOI : 10.1371 / journal.pone.0002757 . PMC  2447175 . PMID  18648500 .
  • Хаусворт, EA; Мартинс, ЭП; Линч, М. (2004). «Филогенетическая смешанная модель» (PDF) . Американский натуралист . 163 (1): 84–96. DOI : 10.1086 / 380570 . PMID  14767838 . S2CID  10568814 .
  • Ives, AR 2018. Смешанные и филогенетические модели: концептуальное введение в коррелированные данные. Leanpub.com, 125 стр., https://leanpub.com/correlateddata
  • Ives, AR; Мидфорд, ЧП; Гарланд-младший, Т. (2007). «Внутривидовая изменчивость и ошибка измерения в филогенетических сравнительных методах» . Систематическая биология . 56 (2): 252–270. DOI : 10.1080 / 10635150701313830 . PMID  17464881 .
  • Мэддисон, Д.Р. (1994). «Филогенетические методы для вывода эволюционной истории и процесса изменения в дискретно оцененных характерах». Ежегодный обзор энтомологии . 39 : 267–292. DOI : 10.1146 / annurev.ento.39.1.267 .
  • Мэддисон, WP (1990). «Метод проверки коррелированной эволюции двух двоичных символов: сконцентрированы ли прибыли или убытки на определенных ветвях филогенетического дерева?». Эволюция . 44 (3): 539–557. DOI : 10.2307 / 2409434 . JSTOR  2409434 . PMID  28567979 .
  • Мэддисон, В.П. и Д.Р. Мэддисон. 1992. MacClade. Анализ филогении и эволюции характера. Версия 3. Sinauer Associates, Сандерленд, Массачусетс, 398 с.
  • Мартинс, ЕП, изд. 1996. Филогении и сравнительный метод поведения животных. Издательство Оксфордского университета, Оксфорд. 415 стр.
  • Мартинс, ЭП; Хансен, Т.Ф. (1997). «Филогенез и сравнительный метод: общий подход к включению филогенетической информации в анализ межвидовых данных» . Американский натуралист . 149 (4): 646–667. DOI : 10.1086 / 286013 . S2CID  29362369 .Erratum Am. Nat. 153: 448.
  • Нанн, CL; Бартон, РА (2001). «Сравнительные методы изучения адаптации и аллометрии приматов» . Эволюционная антропология . 10 (3): 81–98. DOI : 10.1002 / evan.1019 . S2CID  16959643 .
  • Окли, штат TH; Gu, Z .; Abouheif, E .; Patel, NH; Ли, W.-H. (2005). «Сравнительные методы анализа эволюции экспрессии генов: пример с использованием данных функционального генома дрожжей» (PDF) . Молекулярная биология и эволюция . 22 : 40–50. DOI : 10.1093 / molbev / msh257 . PMID  15356281 .
  • О'Мира, Британская Колумбия; Ané, CM; Сандерсон, MJ; Уэйнрайт, ПК (2006). «Тестирование различных темпов непрерывной эволюции признаков в разных группах с использованием вероятности» (PDF) . Эволюция . 60 : 922–933. DOI : 10.1554 / 05-130.1 . S2CID  13796463 .
  • Орган, CL; Шедлок, AM; Мид, А .; Pagel, M .; Эдвардс, SV (2007). «Происхождение размера и структуры птичьего генома у нептичьих динозавров». Природа . 446 (7132): 180–184. Bibcode : 2007Natur.446..180O . DOI : 10,1038 / природа05621 . PMID  17344851 . S2CID  3031794 .
  • Пейдж, РДМ , изд. 2003. Запутанные деревья: филогения, совместное видообразование и коэволюция. Издательство Чикагского университета, Чикаго.
  • Пагель, доктор медицины (1993). «В поисках коэффициента эволюционной регрессии: анализ того, что измеряют сравнительные методы». Журнал теоретической биологии . 164 (2): 191–205. DOI : 10,1006 / jtbi.1993.1148 . PMID  8246516 .
  • Пагель, М. (1999). «Вывод исторических закономерностей биологической эволюции». Природа . 401 (6756): 877–884. Bibcode : 1999Natur.401..877P . DOI : 10.1038 / 44766 . ЛВП : 2027,42 / 148253 . PMID  10553904 . S2CID  205034365 .
  • Паради, Э (2005). «Статистический анализ диверсификации с учетом видовых признаков» (PDF) . Эволюция . 59 (1): 1–12. DOI : 10.1554 / 04-231 . PMID  15792222 . S2CID  196612333 .
  • Рай.; Клод, Дж. (2002). «Анализ сравнительных данных с использованием обобщенных оценочных уравнений» (PDF) . Журнал теоретической биологии . 218 (2): 175–185. DOI : 10,1006 / jtbi.2002.3066 . PMID  12381290 .
  • Purvis, A .; Гарланд-младший, Т. (1993). «Политомии в сравнительном анализе непрерывных символов» (PDF) . Систематическая биология . 42 (4): 569–575. DOI : 10.2307 / 2992489 . JSTOR  2992489 .
  • Резенде, Э.Л., и Т. Гарланд, мл., 2003. Comparaciones interespecíficas y métodos estadísticos filogenéticos. Страницы 79–98 в F. Bozinovic, ed. Fisiología Ecológica & Evolutiva. Teoría y casos de estudios en animales. Ediciones Universidad Católica de Chile, Сантьяго. PDF
  • Rezende, EL; Диниз-Филхо, JAF (2012). «Филогенетический анализ: сравнение видов для вывода адаптаций и физиологических механизмов» (PDF) . Комплексная физиология . 2 (1): 639–674. DOI : 10.1002 / cphy.c100079 . PMID  23728983 .[ постоянная мертвая ссылка ]
  • Ридли, М. 1983. Объяснение органического разнообразия: сравнительный метод и приспособления для спаривания. Кларендон, Оксфорд, Великобритания
  • Rohlf, FJ (2001). «Сравнительные методы анализа непрерывных переменных: геометрические интерпретации» . Эволюция . 55 (11): 2143–2160. DOI : 10.1111 / j.0014-3820.2001.tb00731.x . PMID  11794776 . S2CID  23200090 .
  • Rohlf, FJ (2006). «Комментарий к филогенетической коррекции». Эволюция . 60 (7): 1509–1515. DOI : 10.1554 / 05-550.1 . PMID  16929667 . S2CID  198156300 .
  • Сэнфорд, GM; Lutterschmidt, WI; Хатчисон, В.Х. (2002). «Новый взгляд на сравнительный метод» . Бионаука . 52 (9): 830–836. DOI : 10,1641 / 0006-3568 (2002) 052 [0830: TCMR] 2.0.co; 2 .
  • Schluter, D .; Цена, т .; Муерс, АО; Людвиг, Д. (1997). «Вероятность предков состояний в адаптивной радиации». Эволюция . 51 (6): 1699–1711. DOI : 10.2307 / 2410994 . JSTOR  2410994 . PMID  28565128 .
  • Смит, Р.Дж.; Cheverud, JM (2002). «Масштабирование полового диморфизма размера в массе тела: филогенетический анализ правила Ренша у приматов». Международный журнал приматологии . 23 (5): 1095–1135. DOI : 10,1023 / A: 1019654100876 . S2CID  42439809 .
  • Степпан, SJ; Филипс, ПК; Хоул, Д. (2002). «Сравнительная количественная генетика: эволюция матрицы G» (PDF) . Тенденции в экологии и эволюции . 17 (7): 320–327. DOI : 10.1016 / s0169-5347 (02) 02505-3 .
  • Vanhooydonck, B .; Ван Дамм, Р. (1999). «Эволюционные отношения между формой тела и средой обитания у ящериц-панцирников». Исследования эволюционной экологии . 1 : 785–805.

Внешние ссылки [ править ]

  • Онлайн-лекция по адаптации и сравнительному методу, с проработанным примером филогенетически независимых контрастов и викториной мастерства
  • Список программ филогении
  • Филокомм
  • Филогенетические инструменты для сравнительной биологии
  • Сайт "Филогения сна"
  • Дерево жизни

Журналы [ править ]

  • Американский натуралист
  • Поведенческая экология
  • Экология
  • Эволюция
  • Исследования эволюционной экологии
  • Функциональная экология
  • Журнал эволюционной биологии
  • Философские труды Лондонского королевского общества B
  • Физиологическая и биохимическая зоология
  • Систематическая биология

Программные пакеты (неполный список) [ править ]

  • Анализ филогенетики и эволюции
  • Байесовский
  • Сравнительный анализ по независимым контрастам
  • СРАВНИВАТЬ
  • Список Фельзенштейна
  • Mesquite СДКИ: PDTree для Мескита
  • mvMorph
  • ой: Орнштейн-Уленбек для сравнительных гипотез
  • PDAP: программы анализа фенотипического разнообразия
  • Филоком
  • Филогенетическая регрессия
  • PHYSIG

Лаборатории [ править ]

  • Акерли
  • Бининда-Эмондс
  • Бломберг
  • Дворецкий
  • Фельзенштейн
  • Freckleton
  • Гирлянда
  • Гиттлман
  • Графен
  • Хансен
  • Хармон
  • Харви
  • Housworth
  • Иршик
  • Ives
  • Лосос
  • Мартинс
  • Муерс
  • Морт
  • Нанн
  • Окли
  • Страница
  • Пагель
  • Paradis
  • Purvis
  • Рамбаут
  • Рольф
  • Сандерсон