Enterobacterales
 | Эта статья нуждается в обновлении . ( Октябрь 2019 г. ) |
| Enterobacterales | |
|---|---|
 | |
| Citrobacter freundii , член заказа | |
Научная классификация  | |
| Домен: | Бактерии |
| Тип: | Протеобактерии |
| Класс: | Гаммапротеобактерии |
| Порядок: | Enterobacterales Adeolu et al., 2016 |
| Семьи | |
| Синонимы | |
| |
Enterobacterales - это отряд грамотрицательных неспорообразующих, факультативно анаэробных палочковидных бактерий класса Gammaproteobacteria . [1] Типовой род этого отряда - Enterobacter . [1]
Название Enterobacterales происходит от латинского термина Enterobacter , относящегося к типу рода заказа, и суффикса «-ales», окончания, используемого для обозначения порядка. Вместе Enterobacterales относятся к отряду, номенклатурным типом которого является род Enterobacter . [1]
Историческая идентификация и систематика
Enterobacterales был предложен в 2005 году под названием «Enterobacteriales». Однако название «Enterobacteriales» не было подтверждено в соответствии с правилами Международного кодекса номенклатуры прокариот , поэтому ему не хватало номенклатуры, поэтому название было написано в скобках. «Энтеробактерии» были монотипическим отрядом , включающим только семейство Enterobacteriaceae и разделявшим его типовой род Escherichia . [2] [3] [4] Орден содержал большую, разнообразную группу видов, занимающих различные экологические ниши и обладающих множеством биохимических характеристик. [5]Многие роды в порядке оказывают существенное влияние на деятельность человека, таких , как патогенных видов кишечной палочки , сальмонелла энтерика , и чумная палочка , а также сельское хозяйство причинение вреда фитопатогенов , такие как члены родов Dickeya , Pectobacterium , Brenneria , Erwinia и Pantoea . Большое количество видов, а также ряд различных биохимических характеристик сделали описание отряда и его подгрупп чрезвычайно трудным. [6]Присвоение и классификация этого порядка в значительной степени основывались на последовательностях генома 16S рРНК, которые, как известно, обладают низкой дискриминирующей способностью и дают разные результаты в зависимости от используемого алгоритма и штамма организма. [7] Кроме того, эти анализы показали, что «Enterobacteriales» демонстрируют полифилетическое ветвление с отдельными подгруппами.
В 2016 году «Enterobacteriales» было предложено реклассифицировать как Enterobacterales, а типовой род изменить на Enterobacter в соответствии с Международным кодексом номенклатуры прокариот. [1] Кроме того, было предложено несколько новых семейств в рамках отряда Enterobacterales, состоящих из видов, которые ранее были членами семейства Enterobacteriaceae на основе группировок, обнаруженных в филогенетических деревьях, построенных на основе консервативных геномов, последовательностей 16S рРНК и анализа многолокусных последовательностей, как а также независимые молекулярные маркеры ( консервативные индели сигнатуры ). [1]
По состоянию на 2021 год отряд Enterobacterales включает 7 официально опубликованных семейств ( Budviciaceae , Enterobacteriaceae , Erwiniaceae , Hafniaceae , Morganellaceae , Pectobacteriaceae и Yersiniaceae ). [8]
Молекулярные подписи
Анализ последовательностей генома видов Enterobacterales выявил пять консервативных сигнатурных инделей (CSI) для этого порядка в белках, пептиде, переносчике пермеазы ABC, P-подобном белке фактора элонгации, YeiP, L-арабинозомеразе , пирофосфатазе и гипотетическом белке, который в большинстве случаев используются исключительно всеми или большинством членов этого ордена. [1] Эти CSI обеспечивают молекулярные средства разграничения этого порядка от других Gammaproteobacteria и поддерживают монофилетическую природу порядка Enterobacterales.
Роды
| Филогения Enterobacterales | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Филогения Enterobacterales, предложенная в 2016 году. [1] Pasteurellales используется в качестве внешней группы. |
Правильно опубликованные роды
Следующие роды были официально опубликованы, поэтому они имеют «Номенклатуру». Год предложения рода указан в скобках после названия рода.
- Арсенофонус (1991)
- Биостратикола (2008)
- Бреннерия (1999)
- Бухнера (1991)
- Будвиция (1985)
- Буттиакселла (1982)
- Cedecea (1981)
- Ханья (2016)
- Citrobacter (1932 г.)
- Козенца (2011)
- Хронобактер (2008)
- Дикея (2005)
- Эдвардсиэлла (1965)
- Энтеробациллы (2015)
- Энтеробактер (1960)
- Эрвиния (1920)
- Эшерихия (1919)
- Эвингелла (1984)
- Франконибактер (2014)
- Гиббсиелла (2011)
- Гафния (1954)
- Ижакиелла (2016)
- Клебсиелла (1885)
- Клюйвера (1981)
- Косакония (2013)
- Леклерция (1987)
- Леллиоттия (2013)
- Леминорелла (1985)
- Лимнобакул (2018)
- Лонсдалеа (2012)
- Мангровибактер (2010)
- Метакосакония (2017)
- Mixta (2018)
- Moellerella (1984)
- Морганелла (1943)
- Obesumbacterium (1963)
- Пантоя (1989)
- Пектобактерии (1945)
- Фазеолибактер (2013)
- Photorhabdus (1993)
- Фитобактер (2017)
- Плезиомонады (1962)
- Плюралибактер (2013)
- Прага (1988)
- Протей (1885)
- Провиденсия (1962)
- Псевдечерихия (2017)
- Псевдоцитробактер (2014)
- Ранелла (1981)
- Раультелла (2001)
- Розенбергиелла (2013)
- Руксиелла (2015)
- Saccharobacter (1990)
- Сальмонелла (1990)
- Самсония (2001)
- Скандинавий (2020)
- Серратия (1823 г.)
- Шигелла (1919)
- Шимвеллия (2010)
- Siccibacter (2014)
- Содалис (1999)
- Superficieibacter (2018)
- Татуумелла (1982)
- Трабульсиелла (1992)
- Вигглсуорсия (1995)
- Ксенорабдус (1979)
- Иерсиния (1944)
- Йокенелла (1985)
Candidatus родов
- " Candidatus Annandia"
- " Candidatus Arocatia"
- " Candidatus Aschnera"
- " Candidatus Benitsuchiphilus"
- " Candidatus Blochmannia"
- " Candidatus Curculioniphilus"
- « Candidatus Cuticobacterium»
- " Кандидатус Дулиттла"
- " Кандидатус Фукацуя"
- " Candidatus Gillettellia"
- " Candidatus Gullanella"
- " Candidatus Hamiltonella"
- " Candidatus Hartigia"
- " Candidatus Hoaglandella"
- " Candidatus Ischnodemia"
- " Candidatus Ishikawaella"
- " Candidatus Kleidoceria"
- " Candidatus Kotejella"
- " Candidatus Macropleicola"
- " Кандидатус Микелла"
- « Кандидат Моранелла»
- « Candidatus Phlomobacter»
- " Candidatus Profftia"
- " Candidatus Purcelliella"
- " Candidatus Regiella"
- " Candidatus Riesia"
- " Candidatus Rohrkolberia"
- " Candidatus Rosenkranzia"
- " Candidatus Schneideria"
- " Candidatus Stammera"
- " Candidatus Stammerula"
- " Candidatus Tachikawaea"
- " Candidatus Westeberhardia"
Предложены, но не получили статуса в номенклатуре
- Аквамонас (2009)
- Араникола (1997)
- Атлантибактер (2016)
- Аверелла (2005)
- Гримонтелла (2003)
- Гухайинггелла (1995)
- Маргалефия (2004)
- Тьеджея (2005)
использованная литература
- ^ Б с д е е г Adeolu, M; Альнаджар, S; Naushad, S; С. Гупта, Р. (декабрь 2016 г.). Филогения и систематика «Enterobacteriales» на основе генома: предложение по Enterobacterales ord. Nov. Разделено на семейства Enterobacteriaceae, Erwiniaceae fam. Nov., Pectobacteriaceae fam. Nov., Yersiniaceae fam. Nov., Hafniaceae fam. Nov., Morganellaceae fam. Nov. И Budviciaceae fam. Nov " . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 66 (12): 5575–5599. DOI : 10.1099 / ijsem.0.001485 . PMID 27620848 .
- ^ Сайт Zipcodezoo Enterobacteriales, Архивировано 27 апреля 2014 г. на Wayback Machine, доступ осуществлен 9 марта 2013 г.
- ^ NCBI Enterobacterales, доступ 9 марта 2013 г.
- ↑ Taxonomicon Enterobacteriales, доступ 9 марта 2013 г.
- ^ Бреннер, Дон Дж .; Krieg, Noel R .; Стейли, Джеймс Т .; Гаррити, Джордж М .; Бун, Дэвид Р .; Де Вос, Поль; Гудфеллоу, Майкл; Рейни, Фред А .; Шлейфер, Карл-Хайнц, ред. (2005). «Руководство Берджи по систематической бактериологии» . DOI : 10.1007 / 0-387-28022-7 . Цитировать журнал требует
|journal=( помощь ) - ↑ Октавия, Софи; Лан, Рутинг (2014), «Семейство Enterobacteriaceae» , Прокариоты , Берлин, Гейдельберг: Springer Berlin Heidelberg, стр. 225–286, ISBN 978-3-642-38921-4, получено 2021-06-02
- ^ Францино, М. Пилар; Сантос, Скотт Р .; Охман, Ховард (2006), «Филогенетические отношения бактерий с особым упором на эндосимбионты и кишечные виды» , The Prokaryotes , New York, NY: Springer New York, стр. 41-59, ISBN 978-0-387-25496-8, получено 2021-06-02
- ^ «Порядок: Enterobacterales» . lpsn.dsmz.de . Проверено 2 июня 2021 .
- Enterobacterales
- Гаммапротеобактерии
- Грамотрицательные бактерии
- Заготовки Enterobacterales
