Транс- сплайсинг - это особая форма процессинга РНК, при которой экзоны двух разных первичных транскриптов РНК соединяются встык и лигируются . Обычно он обнаруживается у эукариот и опосредуется сплайсосомой , хотя некоторые бактерии и археи также имеют «полугены» тРНК . [1]
Генная транс -splicing
В то время как «нормальный» ( цис- ) сплайсинг обрабатывает одну молекулу, транс- сплайсинг генерирует один транскрипт РНК из множества отдельных пре-мРНК . Этот феномен можно использовать в молекулярной терапии для борьбы с мутированными генными продуктами. [2]
Онкогенез
Хотя некоторые слитые транскрипты происходят посредством транс- сплайсинга в нормальных клетках человека, [1] транс- сплайсинг также может быть механизмом, лежащим в основе некоторых онкогенных слитых транскриптов . [3] [4]
SL транс- сплайсинг
Транс- сплайсинг с лидером (SL) используется некоторыми микроорганизмами, особенно простейшими из класса Kinetoplastae, для экспрессии генов. У этих организмов транскрибируется лидерная РНК с кэпом сплайсинга, и одновременно гены транскрибируются в длинные полицистроны. [5] закрытый колпачок лидера сплайсинга является транс - -spliced на каждый ген , чтобы генерировать monocistronic закрывала крышку и полиаденилированую транскрипты. [6] Эти рано расходящиеся эукариоты используют мало интронов , а сплайсосомы, которыми они обладают, демонстрируют некоторые необычные вариации в их структурной сборке. [6] [7] Они также обладают множеством изоформ eIF4E со специализированными ролями в кэппировании. [8]
Некоторые другие эукариоты, особенно среди Динофлагеллят , губок , нематод , кишечнополостных , гребневиков , плоских червей , ракообразных , хетогнатов , коловраток и оболочников также использовать более или менее часто СЛ транс -splicing. [1] [9] В оболочников интестиналис Ciona , степень SL транс -splicing лучше описывается количественной точки зрения распознающего часто и нечасто транс -spliced генов , а не бинарный и обычный категоризацию транс -spliced по сравнению с не - транс - сращенные гены. [10]
Одной из функций транс- сплайсинга SL является разделение полицистронных транскриптов оперонов на отдельные 5'-кэпированные мРНК. Эта обработка достигается, когда внешние части подвергаются транс- сплайсингу на непарные, расположенные ниже акцепторные сайты, смежные с открытыми рамками считывания цистрона . [11] [12]
Смотрите также
Рекомендации
- ^ a b c Лей Q, Ли Цз, Цзо З, Хуанг Ц., Ченг Х, Чжоу Р. (март 2016 г.). «Эволюционное понимание транс-сплайсинга РНК у позвоночных» . Геномная биология и эволюция . 8 (3): 562–77. DOI : 10.1093 / GbE / evw025 . PMC 4824033 . PMID 26966239 .
- ^ Ивасаки Р., Киучи Х., Ихара М., Мори Т., Каваками М., Уэда Х. (июль 2009 г.). «Транс-сплайсинг как новый метод быстрого получения слитых белков с антителами» . Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях . 384 (3): 316–21. DOI : 10.1016 / j.bbrc.2009.04.122 . PMID 19409879 .
- ^ Ли Х, Ван Дж, Мор Дж, Склар Дж (сентябрь 2008 г.). «Слияние неопластических генов имитирует транс-сплайсинг РНК в нормальных клетках человека». Наука . 321 (5894): 1357–61. Bibcode : 2008Sci ... 321.1357L . DOI : 10.1126 / science.1156725 . PMID 18772439 . S2CID 13605087 .
- ^ Рикман Д.С., Пфлюгер Д., Мосс Б., ВанДорен В.Е., Чен С.Х., де ла Тайль А. и др. (Апрель 2009 г.). «SLC45A3-ELK4 представляет собой новый и часто встречающийся слитный транскрипт, специфичный для трансформации эритробластов, при раке простаты» . Исследования рака . 69 (7): 2734–8. DOI : 10.1158 / 0008-5472.CAN-08-4926 . PMC 4063441 . PMID 19293179 .
- ^ Кэмпбелл Д.А., Штурм Н.Р., Ю.М.К. (февраль 2000 г.). «Транскрипция гена лидерной РНК сплайсированной кинетопластиды». Паразитология сегодня . 16 (2): 78–82. DOI : 10.1016 / s0169-4758 (99) 01545-8 . PMID 10652494 .
- ^ а б Лян XH, Харитан А., Улиел С., Микаэли С. (октябрь 2003 г.). «Транс- и цис-сплайсинг у трипаносоматид: механизм, факторы и регуляция» . Эукариотическая клетка . 2 (5): 830–40. DOI : 10.1128 / EC.2.5.830-840.2003 . PMC 219355 . PMID 14555465 .
- ^ Гюнцль А. (август 2010 г.). «Механизм сплайсинга пре-мРНК трипаносом: сложный или упрощенный?» . Эукариотическая клетка . 9 (8): 1159–70. DOI : 10.1128 / EC.00113-10 . PMC 2918933 . PMID 20581293 .
- ^ Freire ER, Sturm NR, Campbell DA, de Melo Neto OP (октябрь 2017 г.). «Роль цитоплазматических мРНК Cap-связывающих белковых комплексов в Trypanosoma brucei и других трипаносоматидах» . Возбудители . 6 (4): 55. DOI : 10.3390 / pathogens6040055 . PMC 5750579 . PMID 29077018 .
- ^ Ласда Э.Л., Блюменталь Т. (01.05.2011). «Транс-сплайсинг». Междисциплинарные обзоры Wiley: РНК . 2 (3): 417–34. DOI : 10.1002 / wrna.71 . PMID 21957027 . S2CID 209567118 .
- ^ Мацумото Дж., Дьюар К., Вассершайд Дж., Уайли Г.Б., Макмил С.Л., Роу Б.А. и др. (Май 2010 г.). «Высокопроизводительный анализ последовательности мРНК, подвергнутых транс-сплайсингу Ciona Кишечник SL: альтернативные режимы экспрессии и функция гена коррелируют» . Геномные исследования . 20 (5): 636–45. DOI : 10.1101 / gr.100271.109 . PMC 2860165 . PMID 20212022 .
- ^ Клейтон, Кристин Э. (15 апреля 2002 г.). «Жизнь без транскрипционного контроля? От мухи к человеку и обратно» . Журнал EMBO . 21 (8): 1881–1888. DOI : 10.1093 / emboj / 21.8.1881 . ISSN 1460-2075 . PMC 125970 . PMID 11953307 .
- ^ Блюменталь, Томас; Глисон, Кэти Сеггерсон (февраль 2003 г.). « Опероны Caenorhabditis elegans : форма и функции». Природа Обзоры Генетики . 4 (2): 110–118. DOI : 10.1038 / nrg995 . ISSN 1471-0056 . PMID 12560808 . S2CID 9864778 .
дальнейшее чтение
- Диксон Р.Дж., Eperon IC, Самани, штат Нью-Джерси (январь 2007 г.). «Комплементарные мотивы интронной последовательности, связанные с повторением экзона человека: роль внутригенных взаимодействий между транскриптами в экспрессии генов» . Биоинформатика . 23 (2): 150–5. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btl575 . PMID 17105720 .
- Ян И, Уолш CE (декабрь 2005 г.). «Сплайсосом-опосредованный транс-сплайсинг РНК» . Молекулярная терапия . 12 (6): 1006–12. DOI : 10.1016 / j.ymthe.2005.09.006 . PMID 16226059 .
- Coady TH, Shababi M, Tullis GE, Lorson CL (август 2007 г.). «Восстановление функции SMN: доставка РНК транс-сплайсинга перенаправляет сплайсинг пре-мРНК SMN2» . Молекулярная терапия . 15 (8): 1471–8. DOI : 10.1038 / sj.mt.6300222 . PMID 17551501 .
- Валли В., Мурауэр Э.М., Бауэр Дж. В. (август 2012 г.). «Сплайсосом-опосредованный транс-сплайсинг: терапевтический разрез и вставка» . Журнал следственной дерматологии . 132 (8): 1959–66. DOI : 10.1038 / jid.2012.101 . PMID 22495179 .