В биохимии , A - лигазы является фермент , который может катализировать соединительный ( лигирование ) двух больших молекул путем формирования новой химической связи , как правило , с сопровождающими гидролиза небольшой кулон химической группы на одной из больших молекул или фермент , катализирующий связывая вместе двух соединений, например, ферментов, которые катализируют соединение CO, CS, CN и т. д. Обычно лигаза катализирует следующую реакцию:
- Ab + C → A – C + b
или иногда
- Ab + cD → A – D + b + c + d + e + f
где строчные буквы могут обозначать небольшие зависимые группы. Лигаза может соединять два комплементарных фрагмента нуклеиновой кислоты и восстанавливать одноцепочечные разрывы, возникающие в двухцепочечной ДНК во время репликации.
Номенклатура [ править ]
Общие названия лигаз часто включают слово «лигаза», например ДНК-лигаза , фермент, обычно используемый в лабораториях молекулярной биологии для соединения фрагментов ДНК . Другие распространенные названия лигаз включают слово «синтетаза», потому что они используются для синтеза новых молекул.
Биохимическая номенклатура иногда отделяет синтетазы от синтаз, а иногда рассматривает слова как синонимы . Согласно одному определению, синтазы не используют энергию нуклеозидтрифосфатов (таких как АТФ, GTP, CTP, TTP и UTP), тогда как синтетазы действительно используют нуклеозидтрифосфаты. Также сказано, что синтаза - это лиаза (лиаза - это фермент, который катализирует разрыв различных химических связей другими способами, кроме гидролиза и окисления, часто образуя новую двойную связь или новую кольцевую структуру) и не требует энергии. , тогда как синтетаза - это лигаза (лигаза - это фермент, который связывает два химических вещества или соединения) и, следовательно, требует энергии. Тем не менееОбъединенная комиссия по биохимической номенклатуре (JCBN) диктует, что «синтаза» может использоваться с любым ферментом, который катализирует синтез (независимо от того, используются ли в нем нуклеозидтрифосфаты), тогда как «синтетаза» должна использоваться как синоним. [1]
Классификация [ править ]
Лигазы классифицируются как EC 6 в номер EC классификации ферментов. Лигазы можно разделить на шесть подклассов:
- EC 6.1 включает лигазы, используемые для образования углерод-кислородных связей.
- EC 6.2 включает лигазы, используемые для образования углерод-серных связей.
- EC 6.3 включает лигазы, используемые для образования углерод-азотных связей (включая аргининосукцинатсинтетазу ).
- EC 6.4 включает лигазы, используемые для образования углерод-углеродных связей.
- EC 6.5 включает лигазы, используемые для образования сложноэфирных связей фосфорной кислоты.
- EC 6.6 включает лигазы, используемые для образования связей азот-металл, как в хелатазах.
Мембранные лигазы [ править ]
Некоторые лигазы связывают с биологическими мембранами как периферических мембранных белков или якорь через одну трансмембранной спирали , [2] , например , определенного убиквитинлигазы родственных белков.
Этимология и произношение [ править ]
Слово лигазы использует сочетание формы из lig- (от латинского глагола ligāre , «чтобы связать» или « чтобы связать вместе») + -ase (обозначая фермент), что приводит к «связывание фермента».
См. Также [ править ]
- ДНК-лигаза
- Нуклеаза
- Протеаза
Ссылки [ править ]
- ^ «Синтазы и лигазы» . chem.qmul.ac.uk . Архивировано из оригинального 15 октября 2012 года . Проверено 28 июля 2013 года .
- ^ Суперсемейства однопроходных трансмембранных лигаз в базе данных Membranome
- EC 6 Введение от химического факультета Королевы Марии Лондонского университета
