Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Домен WD, повтор G-бета
1erj 7bladed beta propeller.png
Ленточная диаграмма C-концевого домена WD40 Tup1 ( корепрессора транскрипции у дрожжей), который принимает складку бета-пропеллера с 7 лопастями . Лента окрашена от синего ( N-конец ) до красного ( C-конец ). [1]
Идентификаторы
СимволWD40
PfamPF00400
Клан пфамCL0186
ИнтерПроIPR001680
PROSITEPDOC00574
SCOP21gp2 / СФЕРА / СУПФАМ
CDDcd00200
Доступные белковые структуры:
Pfam  структуры / ECOD  
PDBRCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumкраткое изложение структуры
PDB1b9x , 1b9y , 1erj , 1gg2 , 1got , 1gp2 , 1gxr , 1nex , 1nr0 , 1omw , 1p22 , 1pev , 1pgu , 1pi6 , 1s4u , 1sq9 , 1tbg , 1u4c , 1xhm , 1yfq , 2bcj , 2ce8 , 2ce9 , 2trc

WD40 повтор (также известный как WD или бета-трансдуцин повтор ) представляет собой короткий структурный мотив из примерно 40 аминокислот , часто заканчивающийся триптофан - аспарагиновая кислота (WD) дипептид. [2] Тандемные копии этих повторов обычно складываются вместе, образуя тип кольцевого соленоидного белкового домена, называемого доменом WD40 .

Структура [ править ]

Белки, содержащие домен WD40, имеют от 4 до 16 повторяющихся единиц, все из которых, как полагают, образуют кольцевую структуру бета-пропеллера (см. Рисунок справа). [3] [4] Домен WD40 состоит из нескольких повторов, вариабельной области примерно из 20 остатков в начале, за которой следует более общий повторяющийся набор остатков. Эти повторы обычно образуют четырехжильный антипараллельный бета-лист или лезвие. Эти лопасти собираются вместе, образуя пропеллер, наиболее распространенным из которых является 7-лопастной винт бета-версии. Лезвия сцепляются так, что последняя бета-нить одного повтора формируется с первыми тремя из следующего повтора, образуя трехмерную структуру лезвия.

Функция [ править ]

Белки с WD40-повторами представляют собой большое семейство, обнаруженное у всех эукариот, и участвуют во множестве функций, начиная от передачи сигналов и регуляции транскрипции до контроля клеточного цикла , аутофагии и апоптоза . [5] Основная общая функция всех белков с повторами WD40 заключается в координации сборок мультибелковых комплексов, где повторяющиеся единицы служат жестким каркасом для белковых взаимодействий. Специфичность белков определяется последовательностями вне самих повторов. Примерами таких комплексов являются G-белки (бета-субъединица - бета-пропеллер), TAFIIфактор транскрипции и убиквитинлигаза E3 . [3] [4]

Примеры [ править ]

Согласно первоначальному анализу генома человека повторы WD40 являются восьмым по величине семейством белков. Всего было идентифицировано 277 белков, содержащих их. [6] Человеческие гены, кодирующие белки, содержащие этот домен, включают:

  • AAAS , AAMP , AHI1 , AMBRA1 , APAF1 , ARPC1A , ARPC1B , ATG16L1 ,
  • BOP1 , BRWD1 , BRWD2 , BRWD3 , Белтелерадиокомпания , bub3 ,
  • C6orf11 , CDC20 , CDC40 , CDRT1 , CHAF1B , CIAO1 , CIRH1A , COPA , COPB2 , CORO1A , CORO1B , CORO1C , CORO2A , CORO2B , CORO6 , CORO7 , CSTF1 ,
  • DDB2 , DENND3 , DMWD , DMXL1 , DMXL2 , DNAI1 , DNAI2 , DNCI1 , DTL , DYNC1I1 , DYNC1I2 , EDC4 ,
  • EED , EIF3S2 , ELP2 , EML1 , EML2 , EML3 , EML4 , EML4-ALK , EML5 , ERCC8 ,
  • FBXW10 , FBXW11 , FBXW2 , FBXW4 , FBXW5 , FBXW7 , FBXW8 , FBXW9 , FZR1 ,
  • GBL, GEMIN5 , GNB1 , GNB1L , GNB2 , GNB2L1 , GNB3 , GNB4 , GNB5 , GRWD1 , GTF3C2 ,
  • HERC1 , HIRA , HZGJ ,
  • IFT121 , IFT122 , IFT140 , IFT172 , IFT80 , IQWD1 ,
  • КАТНБ1 , КИАА1336 , КИФ21А , КИФ21Б , КМ-ПА-2 ,
  • KEAP1 ,
  • LLGL1 , LLGL2 , LRBA , LRRK1 , LRRK2 , LRWD1 , Lyst ,
  • МАРКБП1 , МЕД16 , МОРГ1 ,
  • NBEA , NBEAL1 , NEDD1 , NLE1 , NSMAF , NUP37 , NUP43 , NWD1 ,
  • PAAF1 , PAFAH1B1 , PAK1IP1 , PEX7 , PHIP , PIK3R4 , PLAA , PLRG1 , PPP2R2A , PPP2R2B , PPP2R2C , PPP2R2D , PPWD1 , PREB , PRPF19 , PRPF4 , PWP1 , PWP2 ,
  • RAE1 , RPTOR , rbbp4 , RBBP5 , RBBP7 , RFWD2 , RFWD3 , RRP9 ,
  • SCAP , SEC13 , SEC31A , SEC31B , SEH1L , SHKBP1 , SMU1 , SPAG16 , SPG, ЛЕНТА , STRN , STRN3 , STRN4 , STXBP5 , STXBP5L ,
  • TAF5 , TAF5L , TBL1X , TBL1XR1 , TBL1Y , TBL2 , TBL3 , TEP1 , THOC3 , THOC6 , TLE1 , TLE2 , TLE3 , TLE4 , TLE6 , TRAF7 , TSSC1 , TULP4 , TUWD12 ,
  • UTP15 , UTP18 ,
  • WAIT1 , WDF3 , WDFY1 , WDFY2 , WDFY3 , WDFY4 , WDHD1 , WDR1 , WDR10 , WDR12 , WDR13 , WDR16 , WDR17 , WDR18 , WDR19 , WDR20 , WDR21A , WDR21C , WDR22 , WDR23 , WDR24 , WDR25 , WDR26 , WDR27 , WDR3 , WDR31 ,WDR32 , WDR33 , WDR34 , WDR35 , WDR36 , WDR37 , WDR38 , WDR4 , WDR40A , WDR40B , WDR40C , WDR41 , WDR42A , WDR42B , WDR43 , WDR44 , WDR46 , WDR47 , WDR48 , WDR49 , WDR5 , WDR51A , WDR51A , WDR51A , WDR51A , WDR51 WDR54, WDR55 , WDR57 , WDR59 , WDR5B , WDR6 , WDR60 , WDR61 , WDR62 , WDR63 , WDR64 , WDR65 , WDR66 , WDR67 , WDR68 , WDR69 , WDR7 , WDR70 , WDR72 , WDR73 , WDR74 , WDR75 , WDR76 , WDR77 , WDR78 , WDR79 , WDR8, WDR81 , WDR82 , WDR85 , WDR86 , WDR88 , WDR89 , WDR90 , WDR91 , WDR92 , WDSOF1 , WDSUB1 , WDTC1 , WSB1 , WSB2 ,
  • ZFP106
Гены WDR человека и связанные с ними заболевания
Ген WDRдругие имена геновNCBI Entrez
Gene ID		Болезни человека, связанные с мутациями
WDR1AIP1; НОРИ-1; HEL-S-529948
WDR2CORO2A ; IR10; CLIPINB7464
WDR3DIP2; UTP1210885
WDR4TRM82; TRMT8210785
WDR5SWD3; БОЛЬШОЙ-3; CFAP8911091
WDR611180
WDR7TRAG; KIAA0541; Рабконнектин 3 бета23335
WDR8WRAP7349856
WDR9BRWD1 ; N143; C21orf10754014
WDR10IFT122 ; CED; САУ; CED1; WDR10p; WDR14055764Синдром Сенсенбреннера
WDR11DR11; HH14; BRWD2; WDR1555717Синдром Каллмана
WDR12YTM155759
WDR13MG2164743
WDR14GNB1L ; GY2; FKSG1; WDVCF; DGCRK354584
WDR15WDR11
WDR16CFAP52 ; WDRPUH146845
WDR17116966
WDR18Ipi357418
WDR19ATD5; CED4; DYF-2; ORF26; Oseg6; PWDMP; SRTD5; IFT144; НПХП1357728Синдром Sensenbrenner , синдром Jeune
WDR20DMR91833
WDR21DCAF4 ; WDR21A26094
WDR22DCAF5 ; BCRG2; BCRP28816
WDR23DCAF11 ; GL014; PRO238980344
WDR24JFP7; C16orf2184219
WDR25C14orf6779446
WDR26CDW2; GID7; MIP280232
WDR27253769
WDR28GRWD1; CDW4; GRWD; RRB183743
WDR29SPAG16 ; PF2079582
WDR30ATG16L1 ; IBD10; APG16L; ATG16A; ATG16L55054болезнь Крона
WDR31114987
WDR32DCAF1079269
WDR33NET14; WDC14655339
WDR34DIC5; FAP133; SRTD1189891Синдром Jeune
WDR35CED2; IFTA1; SRTD7; IFT12157539Синдром Сенсенбреннера
WDR36GLC1G; UTP21; TAWDRP; TA-WDRP134430Первичная открытоугольная глаукома
WDR3722884
WDR38401551
WDR39CIAO1 ; CIA19391
WDR40ADCAF12 ; CT102; TCC52; KIAA189225853
WDR41MSTP04855255
WDR43UTP5; NET1223160
WDR44RPH11; RAB11BP54521
WDR45JM5; NBIA4; NBIA5; WDRX1; WIPI4; WIPI-411152Бета-пропеллерная нейродегенерация, связанная с белками (BPAN)
WDR46UTP7; BING4; FP221; C6orf119277
WDR47НЕМИТИН; KIAA089322911
WDR48P80; UAF1; SPG6057599
WDR49151790
WDR50UTP18 ; CGI-4851096
WDR52CFAP4455779
WDR53348793
WDR5484058
WDR5554853
WDR56IFT80 ; ATD2; SRTD257560Синдром Jeune
WDR57SNRNP40 ; SPF38; PRP8BP; HPRP8BP; PRPF8BP9410
WDR58THOC6 ; BBIS; fSAP3579228
WDR59FP97779726
WDR60SRPS6; SRTD8; FAP16355112Синдром Jeune
WDR61SKI8; REC1480349
WDR62MCPH2; C19orf14284403микроцефалия
WDR63DIC3; NYD-SP29126820
WDR64128025
WDR65CFAP57 ; VWS2149465Синдром Ван дер Вуда
WDR66CaM-IP4144406
WDR67TBC1D31 ; Gm8593594
WDR68DCAF7 ; AN11; HAN11; ЛЕБЕДЬ-110238
WDR69DAW1 ; ОПР16164781
WDR7055100
WDR71PAAF1 ; PAAF; Rpn1480227
WDR72AI2A3256764Несовершенный амелогенез
WDR73HSPC26484942
WDR7454663
WDR75NET16; UTP1784128
WDR76CDW1479968
WDR77p44; MEP50; МЭП-50; HKMT1069; Nbla10071; p44 / Mep5079084
WDR78DIC479819
WDR79WRAP53 ; DKCB3; TCAB155135
WDR80ATG16L ; ATG16B89849
WDR81CAMRQ2; PPP1R166124997мозжечковая атаксия, умственная отсталость и синдром дисбаланса-2
WDR82SWD2; MST107; WDR82A; MSTP107; PRO2730; TMEM113; PRO3404780335
WDR83MORG184292
WDR84PAK1IP1 ; PIP1; MAK1155003
WDR85DPH7 ; RRT2; C9orf11292715
WDR86349136
WDR87NYD-SP1183889
WDR88PQWD126248
WDR89MSTP050; C14orf150112840
WDR90C16orf15; C16orf16; C16orf17; C16orf18; C16orf19197335
WDR91HSPC04929062
WDR92МОНАДА116143
WDR9356964
WDR94AMBRA1 ; DCAF355626
WDR96CFAP43 ; C10orf7980217

См. Также [ править ]

  • Бета-винт
  • Tomosyn , белок двух доменов WD40
  • Белковые тандемные повторы

Ссылки [ править ]

  1. ^ PDB : 1erj ; Sprague ER, Redd MJ, Johnson AD, Wolberger C (июнь 2000 г.). «Структура C-концевого домена Tup1, корепрессора транскрипции у дрожжей» . EMBO J . 19 (12): 3016–27. DOI : 10.1093 / emboj / 19.12.3016 . PMC  203344 . PMID  10856245 .
  2. ^ Нир EJ, Шмидт CJ, Nambudripad R, Smith TF (сентябрь 1994). «Древнее семейство регуляторных белков WD-повторов». Природа . 371 (6495): 297–300. Bibcode : 1994Natur.371..297N . DOI : 10.1038 / 371297a0 . PMID 8090199 . S2CID 600856 .  
  3. ^ a b Смит Т.Ф., Гайтацес С., Саксена К., Нир Э.Дж. (май 1999 г.). «Повторение WD40: общая архитектура для разнообразных функций». Trends Biochem. Sci . 24 (5): 181–5. DOI : 10.1016 / S0968-0004 (99) 01384-5 . PMID 10322433 . 
  4. ^ а б Ли Д., Робертс Р. (декабрь 2001 г.). «Белки с WD-повторами: структурные характеристики, биологическая функция и их участие в заболеваниях человека». Клетка. Мол. Life Sci . 58 (14): 2085–97. DOI : 10.1007 / PL00000838 . PMID 11814058 . S2CID 20646422 .  
  5. ^ Stirnimann CU, Petsalaki E, Рассел Р. Мюллер CW (май 2010). «Белки WD40 продвигают клеточные сети». Trends Biochem. Sci . 35 (10): 565–74. DOI : 10.1016 / j.tibs.2010.04.003 . PMID 20451393 . 
  6. ^ Lander ES, Linton LM, Birren B и др. (Февраль 2001 г.). «Первоначальное секвенирование и анализ генома человека» (PDF) . Природа . 409 (6822): 860–921. DOI : 10.1038 / 35057062 . PMID 11237011 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_APCC_Dbox_1
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_APCC_KENbox_2
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_COP1
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_CRL4_Cdt2_1
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_CRL4_Cdt2_2
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_EH1_1
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_GLEBS_BUB3_1
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_RAPTOR_TOS_1
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_SCF_FBW7_1
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_SCF_FBW7_2
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_SCF-TrCP1_1
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_WRPW_1
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_WRPW_2
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс TRG_ER_diArg_1
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс TRG_ER_diLys_1
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс TRG_Golgi_diPhe_1
  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс TRG_PTS2
Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и InterPro : IPR001680