Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
ZFIN
Database.png
Содержание
ОписаниеБаза данных модельных организмов рыбок данио.
ОрганизмыДанио
Контакт
Исследовательский центрОрегонский университет
Первичное цитированиеБрэдфорд и др. (2011) [1]
Дата выхода2010 г.
Доступ
Интернет сайтhttp://zfin.org

Информационная Сеть рерио ( ZFIN ) представляет собой интернет - биологическая база информации о данио рерио ( Danio rerio ). Рыба данио - широко используемый модельный организм для генетических , геномных исследований и исследований развития , а ZFIN предоставляет интегрированный интерфейс для запроса и отображения большого объема данных, полученных в результате этого исследования. [2] Чтобы облегчить использование рыбок данио в качестве модели биологии человека , ZFIN связывает эти данные с соответствующей информацией о других модельных организмах (например, мыши ) и базами данных болезней человека.[3] Включены многочисленные ссылки на внешниебазы данных последовательностей (например, GenBank ) и на браузеры генома. Данные генного продукта, экспрессии гена и фенотипа аннотируются терминами из биомедицинских онтологий . ZFIN базируется в Университете штата Орегон в США, при финансовой поддержке Национальных институтов здравоохранения (NIH).

Содержание [ править ]

ZFIN состоит из двух основных частей:

  1. веб-сайт новостей и объявлений сообщества, а также биологических ресурсов, таких как лабораторные протоколы, руководство по номенклатуре генов и анатомическая информация
  2. реляционная база данных , содержащая биологические данные, которые куратором из научной литературы и, непосредственно представленные данио научно - исследовательских лабораторий (например, анализ пропускной способности высокой экспрессии гена Тисс [4] ).

Информация в ZFIN тесно связана с веб-ресурсами Международного ресурсного центра по рыбкам данио ( ZIRC ), Китайского центра ресурсов по рыбам данио ( CZRC ) и т. Д., Которые поддерживают и предоставляют исследовательские ресурсы, материалы и услуги, связанные с рыбками данио.

Интерфейс реляционной базы данных ZFIN предоставляет формы запросов и страницы отображения для следующих типов биологических данных:

  • Гены, маркеры и клоны
  • Экспрессия гена
  • Антитела
  • Выравнивание последовательностей ( BLAST )
  • Мутанты и трансгенные линии
  • Анатомия
  • Генетические карты

ZFIN также поддерживает базу данных публикаций, лабораторий, людей и компаний, связанных с рыбками данио.

Помимо специализированных поисковых интерфейсов, ZFIN обеспечивает глобальный поиск по сайту в стиле Google .

Сообщество ZFIN в вики дает данио рерио исследователям способность обмениваться информацией о лабораторных протоколов и антител.

Примечания и ссылки [ править ]

  1. ^ Брэдфорд, Ивонн; Конлин, Том; Данн, Натан; Фашена, Давид; Фрейзер, Кен; Хоу, Дуглас Дж. Рыцарь, Джонатан; Мани, Прита; Мартин, Райан; Moxon, Sierra AT; Паддок, Холли; Пич, Кристиан; Рамачандран, Шридхар; Руф, Барбара Дж; Ружичка, Лейла; Бауэр Шапер, Холле; Шапер, Кевин; Шао, Сян; Певица Эми; Спраг, Джуди; Спрунгер, Брок; Ван Слайк, Кери; Вестерфилд, Монте (январь 2011 г.). «ZFIN: усовершенствования и обновления базы данных модельных организмов рыбок данио» . Nucleic Acids Res . Англия. 39 (проблема с базой данных): D822-9. DOI : 10.1093 / NAR / gkq1077 . PMC  3013679 . PMID  21036866 .
  2. ^ Sprague et al. (2008). Информационная сеть рыбок данио: база данных модельных организмов рыбок данио обеспечивает расширенную поддержку генотипов и фенотипов. Нуклеиновые кислоты Res 36: D768.
  3. ^ Проект базы данных Zebrafish
  4. ^ Б. Thisse и С. Тисс (2004). «Клоны с быстрым высвобождением: анализ экспрессии с высокой пропускной способностью» . Прямое представление данных ZFIN (не опубликовано).CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )

Внешние ссылки [ править ]

  • ZFIN База данных модельных организмов рыбок данио
  • Аннотация генома рыбок данио Вега
  • FishMap: Обозреватель геномики сообщества рыбок данио, поддерживаемый Институтом геномики и интегративной биологии
  • Zebrafish GenomeWiki Beta Preview поддерживается Институтом геномики и интегративной биологии

См. Также [ править ]

  • Червячная база
  • Flybase
  • Xenbase