Род записан в Бархатную книгу. При подаче документов (1686) в Палату Родословных дел из архива семьи были предоставлены: родословная роспись Болотниковых и две жалованные грамоты (1539 и 1553)[1][2][3][4].
Род разделился на две ветви, и каждая имеет свой герб. Представители рода внесены в VI часть дворянских родословных книг Курской, Костромской, Тамбовской и Псковской губерний
По родословным книгам предок их Савлук Болотников выехал из Литвы в Россию при великом князе Василии Ивановиче с сыновьями Феодором и Иваном в начале XVI века и жалован был поместьями в Вяземском уезде[5]. Внук Феодора Савлуковича, Матвей Лобанович, находился рындою при царе Иване IV Васильевиче в 1572 году. В 1556 году в битве при Великих Луках с войсками польского короля Стефана погиб Неделом Рудаков сын Болотникова[6]. Борис, Никита и Андрей Болотниковы, дети боярские Вяземского уезда, подписались в 1565 году по боярине Иване Петровиче Яковле-Захарьине, Андрей — 50, Борис — 25, Никита — 20 рублях. Утеш Никитич находился рындою при царе Иване IV Васильевиче, а Фёдор и Алексей Кауровичи рындами при царевиче Иване Ивановиче в 1572 году.
В 1573 году опричниками Ивана Грозного числились: Григорий Булгакович, Дмитрий Данилович, Иван, Иван и Истома Коверины, Матвей Лобанович, Миня Будаев, Муромец Семейка, Небелой Рудаков, Утеш Никитин, Харьяк Галактионов, Андрей, Фёдор и Олег Коуровичи[7].
В XVII веке Болотниковы служили в стряпчих, стольниках и дворянах московских. В 1699 году 22 представителя этого рода были владельцами населенных имений. В 1685 году вотчиной в Торопецком уезде Псковской губернии (Порецкая и Старцева волости) пожалован Семён Силич Болотников.
Герб пожалован 25 апреля 1796 года Василию Болотникову: Щит разделён на две части, из коих в верхней в голубом поле изображена золотая шестиугольная звезда, в знак подтверждения его дворянского достоинства. В нижней части в красном поле прямостоящий кирас и шпага, положенная вкось оного эфесом вверх, в знак того, что он продолжал военную службу в Кирасирских полках с похвалою[8].