Полное название храма — Церковь во имя преподобномученицы Евдокии, что у государыни царицы «на сенях». Была устроена в 1627 году на верху, над Екатерининской церковью, в честь ангела царицы Евдокии Лукьяновны Стрешневой. Представлена на рисунках изображающих венчание в 1626 году царя Михаила Фёдоровича с Евдокией Лукьяновной, пятиглавою, хотя и соответствует действительности, но в то время она ещё не была построена.
Как домовой храм была часто посещаема царями и царицами с детьми. Особенно часто её посещала царица Евдокия Лукьяновна. В дни именин царицы здесь служил литургию московский патриарх.
Сохранилось это и при царе Алексее Михайловиче, по случае дня ангела его дочери царевны Евдокии Алексеевны. Одну из служб описал Павел Алеппский, упоминая при том и саму церковь: «….по принятому у них каждый год обыкновению, царь прислал за патриархом с приглашением служить у него в одной из придворных церквей, а именно в верхней, во имя святой Евдокии, по случаю празднования дня рождения его старшей дочери. Мы прибыли и поднялись в церковь и служили в ней вместе с московским патриархом и архиепископом Сербским, в присутствии царя и некоторые его приближённых, а также царицы и сестёр царя. Двери заперли за ними, чтобы никто не входил, и они смотрели на нас из-за решётки и маленьких окон. Эта церковь очень мала, древней постройки и её купол позолочен. Церковь предназначалась для царя в зимнее время». Павел Алеппский не мог скрыть своего удивления, что царь в сей церкви сам ставил свечи.
В феврале 1661 года в церкви царь слушал литургию, а после обедни жаловал именинными пирогами бояр и других лиц. В сентябре 1667 года служили литургию, в присутствии царской семьи, патриархи Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский. В марте 1675 года патриарх Иоаким с протопопами Успенского, Рождественского, Верхоспасского соборов, ключарем Благовещенского собора и 2 священниками Евдокиинской церкви проводили литургию. В данном храме царь Алексей Михайлович исповедовался, нередко говел и причащался в великие посты.