Клисфе́н (греч. Κλεισθένης) — афинянин, сын Мегакла и Агаристы, внук сикионского тирана того же имени (Клисфен Старший), из знатного рода Алкмеонидов.
Первое упоминание о Клисфене (впрочем, это нельзя считать вполне доказанным) содержится во фрагменте афинской надписи со списком архонтов, из которого следует, что Клисфен был архонтом 525 г. до н. э. Это противоречит античной традиции, согласно которой Алкмеониды были изгнаны тираном Писистратом и с тех пор постоянно боролись с тиранией, и заставляет учёных предполагать, что Клисфен в числе других Алкмеонидов был возвращён в Афины Писистратом или скорее его сыновьями Гиппием и Гиппархом и вновь изгнан после убийства Гиппарха Гармодием и Аристогитоном в 514 г. до н. э. С этого момента Алкмеониды, во главе которых стоял Клисфен, действительно развивают активную борьбу против тирании: укрепляют местечко Липсидрий, а после понесённого там военного поражения — подкупают Дельфийского оракула, который дает повеление спартанцам освободить Афины. Повеление было выполнено в 510 г. до н. э. при активной помощи афинских противников тирании; о конкретной роли Клисфена в событиях источники ничего не говорят, но она должна была быть немалой.
В освобожденных Афинах началась борьба за власть между Клисфеном и Исагором, избранным архонтом на 508/507 гг. При этом Исагор придерживался олигархического направления и опирался на аристократические «товарищества» (гетерии), тогда как Клисфен в противовес ему апеллировал к народной массе и предложил план широких демократических реформ. Исагор со своей стороны запросил помощи у Спарты. Спартанский царь Клеомен I прислал послов с требованием к афинянам изгнать запятнанных «килоновым грехом»; Клисфен тайно бежал, но тем не менее Клеомен явился в Афины с отрядом и изгнал 700 семей, и даже кости мертвецов были выброшены из могил. После этого он попытался разогнать Совет и передать власть в руки Исагора и 300 его приверженцев-олигархов. Результатом было всеобщее восстание; Клеомен со спартанцами и олигархами был осаждён на Акрополе и вынужден удалиться; Исагор ушёл с ним, а его приверженцы (по разным сообщениям) то ли так же покинули Афины, то ли были перебиты. После этого Клисфен вернулся в город и провёл серию реформ, утвердивших афинскую демократию.
Клисфен уничтожил традиционное деление Афин на четыре территориально-родовых округа — филы, бывшее опорой влияния родовой знати и её группировок. Основой деления стала «деревня» — дем; демы объединялись в 30 триттий, а триттии — в 10 новых фил, нарезанных произвольно и не имевших сплошной территории. Первоначальное число демов Геродот определяет во 100; потом их число увеличивалось.