Я́ков Заха́рьевич Ко́шкин-Заха́рьин (ум. 15 марта 1511[1]) — крупный русский военачальник, боярин и воевода на службе великих московских князей Ивана III Васильевича и Василия III Ивановича, сын боярина Захария Ивановича Кошкина. Его младшие братья — Юрий, отец Романа, имя которого носит царский дом Романовых, и Василий Ляцкий.
Яков Захарьевич Кошкин участвовал в походе великого князя московского Ивана III Васильевича в Новгород в конце 1479 — начале 1480 года, во время которого ему было «сказано» боярство. В 1480 году был наместником в Коломне.
Новгородский наместник, с августа 1485 по июнь 1493 года (в 1487—1489 годах — с братом Юрием Захарьевичем Кошкиным, с 1490 года — с Петром Михайловичем Плещеевым). С новгородскими полками он принял участие в тверском походе Ивана III Васильевича в 1485 году. Проводил жесткую промосковскую политику. Новгородцы были недовольны им и в 1488 году организовали против него заговор, однако Яков Кошкин-Захарьин узнал о нём и казнил многих заговорщиков, а более 8 тысяч бояр, именитых граждан и купцов были высланы в Москву, и расселены в различных городах московского княжества. В том же году по инициативе архиепископа Геннадия вместе с младшим братом Юрием начал розыск и дознание еретиков. В 1490 году вёл в Москве переговоры с послом германского императора Николаем Поппелем.
В 1492 году во время Русско-литовской войны 1487—1494 годов наместник Полоцка Ян Заберезинский направил к Якову Захарьевичу в Новгород своего писаря с предложением сватовства великого князя литовского Александра Ягеллона к дочери Ивана III Елене. В походе «на Северу» в 1492 году Яков Захарьевич был вторым воеводой большого полка. В 1493 году новгородский наместник Яков Захарьевич ходил в поход на литовские владения из Новгорода.
В 1492 году начались переговоры России с Данией, союзницей Великого княжества Литовского, находящейся тогда в конфликте со Швецией, так как датский король Иоганн претендовал и на шведский королевский трон. Заметим, что по старой традиции переговоры и договоры с северными соседями были в ведении новгородского наместника. Благодаря этим сношениям Дания примкнула к Москве. В 1495 году великий князь московский Иван III Васильевич, поддерживая своего союзника, датского короля Иоганна, отправил русскую армию под командованием боярина Якова Кошкина-Захарьина, назначенного первым воеводой большого полка, из Новгорода на Выборг, осада города была безуспешной, но русские опустошили окрестности.
В конце XV в. Яков Кошкин был наместником (или воеводой) половины Костромы, другой половиной управлял боярин Судимонт. Кошкин жаловался государю, на недостаток доходов для двоих наместников и был пожалован городом Владимиром.