Стефан Вонифатьев (в иночестве Савватий; ум. 11 (21) ноября 1656, Валдайский Иверский монастырь) — священнослужитель Русской православной церкви, протопоп московского Благовещенского собора, духовни́к царя Алексея Михайловича.
В 1637 году упоминается как диакон Благовещенского собора в Кремле. В 1645 году был рукоположен Патриархом Иосифом в протопопа.
25 декабря 1651 года «государеву духовнику благовещенскому протопопу» была дарована «властелинская шапка» (митра).
Вонифатьев пользовался в Москве уважением и любовью. О нём отзывался тепло Неронов даже и после того, как он разошёлся с ним. Протопоп Аввакум, почти не имевший обычая о ком бы то ни было отзываться благосклонно, о Стефане Вонифатьеве говорил, что он был «муж благоразумен и житием добродетелен, слово учительно во устах имеяй».
Есть основание думать, что Алексей Михайлович воспитан под влиянием своего духовника, который, по словам современника, «всегда, входя в покои царские, глоголаша от книг словеса полезная, увещевая со слезами царя ко всякому доброму делу и врачуя его царскую душу от всяких злых начинаний».
Когда царь женился на Марии Милославской, то «честный оный протопоп Стефан и молением, и запрещением устрои не быти в оно брачное время смеху никакому, ни кощуном, ни бесовским играниям, ни песням студным, ни сопельному, ни трубному козлогласованию». Не царя только, но и бояр Вонифатьев «увещеваше непрестанно, да имут суд праведный без мзды».