В первые годы существовала параллельно с Преображе́нским прика́зом (Преображенский приказ и канцелярия[1][2]), выполнявшим сходные функции. С 1702 года именуется как съезжая изба в Преображенском и генеральный двор в Преображенском. Упразднена в 1726 году, восстановлена в 1731 году как Канцеля́рия та́йных и ро́зыскных дел; последняя ликвидирована в 1762 году Петром III, однако вместо неё в том же году Екатериной II учреждена Та́йная экспеди́ция, выполнявшая ту же роль. Окончательно упразднена Александром I.
Основание Преображенского приказа относится к началу царствования Петра I (учреждён в 1686 году в подмосковном селе Преображенском); сначала представлял род особой канцелярии государя, созданной для управления Преображенским и Семёновским полками. Использовался Петром в качестве политического органа в борьбе за власть с царевной Софьей. Название «Преображенский приказ» в ходу с 1695 года; с того же времени в его ведении охрана общественного порядка в Москве и наиболее значимые судебные дела. Однако в указе 1702 года вместо «Преображенского приказа» именуются съезжая изба в Преображенском и генеральный двор в Преображенском. Кроме дел по управлению первыми гвардейскими полками, Преображенскому приказу предоставлено было заведовать продажей табака, а в 1702 году[2] повелено было присылать в приказ всех, которые будут сказывать за собой «Слово и дело государево» (то есть обвинять кого-либо в государственном преступлении). Преображенский приказ находился в непосредственном ведении царя и управлялся князем Ф. Ю. Ромодановским (до 1717 года; после смерти Ф. Ю. Ромодановского — его сыном И. Ф. Ромодановским). Впоследствии приказ получил исключительное право на ведение дел о политических преступлениях или, как они тогда назывались, «противу первых двух пунктов». С 1725 года тайная канцелярия занималась и уголовными делами, которыми ведал А. И. Ушаков. Но при малом количестве людей (под его началом было не более десяти человек, прозванных экспедиторами тайной канцелярии) охватить все уголовные дела такому отделению было не под силу. При тогдашнем порядке расследования этих преступлений колодники, уличённые в каком-либо уголовном преступлении, могли по желанию продлить свой процесс, сказав «слово и дело» и совершив донос; они немедленно забирались в Преображенский приказ вместе с оговорёнными, причём очень часто оговаривались люди, не совершившие никакого преступления, но на которых доносчики имели злобу. Основное направление деятельности приказа — преследование участников антикрепостнических выступлений (около 70 % всех дел) и противников политических преобразований Петра I.