При основании города и в первые годы его существования утвердилась власть слободского полка и царского харьковского воеводы, начали параллельно развиваться казачьи и мещанские органы местного самоуправления. В 1706 году управление городом перешло к местной казацкой полковой администрации. В 1765 году приказом Екатерины II полки были упразднены, и управление постепенно за 20 лет из казацкого стало провинциальным, поменяв внешние формы. [1]
В 1785 году согласно «Грамоте на права и выгоды городам Российской империи» предполагалось учредить городскую думу. Горожане были разделены на 6 сословных разрядов в зависимости от их имущественного положения и занятий. Горожане избирали Общую думу во главе с городским головой. Общая дума выбирала так называемую Шестигласную думу, по одному гласному от каждого из 6 разрядов. На Общую городскую думу возлагалось заведование городским хозяйством, фактически же эти обязанности выполняла Шестигласная дума. И Общая и Шестигласная думы были подчинены губернатору. [2]
Появление грамоты поначалу не отразилось на введении новых порядков в Харькове. Только с 1786 года в городе началась составляться книга обывателей (с целью выявления сословной принадлежности горожан и определения их прав), которая была завершена к весне 1787 года. В апреле 1787 года прошли первые выборы в Общую думу, куда вошли представители всех сословий, кроме именитых граждан и гостей, а 3 мая — выборы Шестигласной думы. В её состав вошли пять членов: купец 2-й гильдии Иван Павлова, купец 3-й гильдии Григорий Рощинов, из посадских — Тимофей Ивахненко, из цеховых — Герасим Романченко, из обывателей — Василий Чаплей. Первым городским головой был избран А. Карпов. Собираться Шестигласная дума постановила каждую среду, а Общая — в январе, июне и поздней осенью.[3]
Вторая Шестигласная дума начала работу с 1 января 1790 года. Первые две думы почти полностью посвятили свою деятельность устройству торговли.
К моменту вступления на престол императора Павла I (1796) харьковское городское самоуправление проявило себя неоднократными столкновениями с губернским и городовым магистратом, казённой палатой, наместническим правлением. Реально же городское самоуправление тогда представляло собой сбор денег городских жителей и тратило их по указанию губернского начальства.