Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
APAF1
APAF 1.png
Доступные конструкции
PDBОртолог поиск: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB

1C15 , 1CWW , 1CY5 , 1Z6T , 2P1H , 2YGS , 3J2T , 3YGS , 4RHW , 3JBT

Идентификаторы
ПсевдонимыAPAF1 , APAF-1, CED4, фактор активации апоптотической пептидазы 1
Внешние идентификаторыOMIM : 602233 MGI : 1306796 HomoloGene : 7626 GeneCards : apaf1
Расположение гена ( человек )
Хромосома 12 (человек)
Chr.Хромосома 12 (человека) [1]
Хромосома 12 (человек)
Геномное расположение APAF1
Геномное расположение APAF1
Группа12q23.1Начинать98 645 290 п.н. [1]
Конец98 735 433 п.н. [1]
Расположение гена ( Мышь )
Хромосома 10 (мышь)
Chr.Хромосома 10 (мышь) [2]
Хромосома 10 (мышь)
Геномное расположение APAF1
Геномное расположение APAF1
Группа10 C2 | 10 45,47 смНачинать90 989 311 п.н. [2]
Конец91 082 770 п.н. [2]
Паттерн экспрессии РНК




Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция• белок теплового шока связывания
• АДФ связывания
• GO: 0001948 связывание белка
• связывание белка идентичны
• АТФ связывания
• нуклеотид связывания
• цистеина типа эндопептидазы активатора активности , участвующих в процессе апоптоза
Сотовый компонент• цитоплазма
• цитозоль
• внеклеточная экзосома
• ядро клетки
• апоптосома
• внеклеточная область
• просвет секреторной гранулы
• просвет гранулы, богатый фиколином-1
• макромолекулярный комплекс
Биологический процесс• клеточный ответ на бета-стимул трансформирующего фактора роста
• процесс апоптоза нейронов
• регуляция процесса апоптоза
• дифференцировка клеток
• ответ на гипоксию
• ответ на питательные вещества
• ответ на сигнализацию контрольной точки повреждения ДНК G1
• старение
• положительное регулирование сигнального пути апоптоза
• апоптоз глиальных клеток процесс
• развитие нервной системы
• развитие многоклеточного организма
• процесс апоптоза клеток сердечной мышцы
• внутренний апоптотический сигнальный путь
• внутренний апоптотический сигнальный путь в ответ на стресс эндоплазматического ретикулума
• закрытие нервной трубки
• развитие мозга
• положительная регуляция апоптотического процесса
• апоптотический сигнальный путь
• развитие переднего мозга
• регуляция апоптотической фрагментации ДНК
• гомоолигомеризация белков
• активация активности эндопептидазы цистеинового типа процесс
• активация активности эндопептидазы цистеинового типа, участвующей в процессе апоптоза цитохромом c
• процесс апоптоза
• дегрануляция нейтрофилов
• отрицательная регуляция перехода G0 в G1
• развитие почек
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

317

11783

Ансамбль

ENSG00000120868

ENSMUSG00000019979

UniProt

O14727

O88879

RefSeq (мРНК)

NM_001160
NM_013229
NM_181861
NM_181868
NM_181869

NM_001042558
NM_001282947
NM_009684

RefSeq (белок)

NP_001151
NP_037361
NP_863651
NP_863658
NP_863659

NP_001036023
NP_001269876
NP_033814

Расположение (UCSC)Chr 12: 98.65 - 98.74 МбChr 10: 90.99 - 91.08 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Фактор 1 , активирующий апоптотические протеазы , также известный как APAF1 , является человеческим гомологом гена CED-4 C. elegans . [5] [6] [7]

Функция [ править ]

Этот ген кодирует цитоплазматический белок, который образует один из центральных узлов в регуляторной сети апоптоза . Этот белок содержит (от N-конца) домен рекрутирования каспазы ( CARD ), домен АТФазы (NB-ARC), несколько коротких спиральных доменов, а затем несколько копий домена повтора WD40 . Связывая цитохром с и дАТФ , этот белок образует олигомерную апоптосому . Апоптосома связывает и расщепляет белок прокаспаза-9 , высвобождая его зрелую активированную форму. Точный механизм этой реакции все еще обсуждается, хотя работа, опубликованная Гаем Сальвесеном, предполагает, что апоптосома может вызыватьдимеризация каспазы-9 и последующий автокатализ . [8] Активированная каспаза-9 стимулирует последующий каскад каспаз, который вызывает апоптоз клетки.

Альтернативный сплайсинг приводит к нескольким вариантам транскрипта, кодирующим разные изоформы. [5]

Структура [ править ]

APAF1 содержит домен CARD с греческим ключевым мотивом, состоящим из шести спиралей, нуклеотидсвязывающих доменов укладки Россмана, короткого спирального мотива и домена крылатой спирали. [9]

Взаимодействия [ править ]

Было показано, что APAF1 взаимодействует с:

  • APIP , [10]
  • BCL2-подобный 1 [11] [12]
  • Каспаза-9 , [13] [10] [14] [11] [12]
  • HSPA4 , [15] и
  • NLRP1 . [13]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000120868 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000019979 - Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ а б «Ген Entrez: APAF1 апоптотический фактор активации пептидазы 1» . CS1 maint: discouraged parameter (link)
  6. ^ Цзоу Н, Энзел WJ, Лю Х, Lutschg А, Ван Х (август 1997 г.). «Apaf-1, человеческий белок, гомологичный C. elegans CED-4, участвует в цитохром С-зависимой активации каспазы-3». Cell . 90 (3): 405–13. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80501-2 . PMID 9267021 . S2CID 18105320 .  
  7. ^ Ким H, Юнг Ю.К., Kwon Ю.К., Парк SH (1999). «Отнесение гена фактора-1, активирующего апоптотические протеазы (APAF1) к полосе хромосомы человека 12q23 путем флуоресцентной гибридизации in situ». Цитогенетика и клеточная генетика . 87 (3–4): 252–3. DOI : 10,1159 / 000015436 . PMID 10702682 . S2CID 10377371 .  
  8. ^ Поп - C, Timmer J, Sperandio S, Salvesen GS (апрель 2006). «Апоптосома активирует каспазу-9 путем димеризации». Молекулярная клетка . 22 (2): 269–75. DOI : 10.1016 / j.molcel.2006.03.009 . PMID 16630894 . 
  9. ^ Ридл SJ, Ли W, Чао Y, Schwarzenbacher R, Shi Y (апрель 2005). «Структура апоптотического фактора активации протеазы 1, связанного с АДФ». Природа . 434 (7035): 926–33. DOI : 10,1038 / природа03465 . PMID 15829969 . S2CID 4355459 .  
  10. ^ a b Cho DH, Hong YM, Lee HJ, Woo HN, Pyo JO, Mak TW, Jung YK (сентябрь 2004 г.). «Индуцированное ингибирование ишемического / гипоксического повреждения с помощью APIP, нового белка, взаимодействующего с Apaf-1» . Журнал биологической химии . 279 (38): 39942–50. DOI : 10.1074 / jbc.M405747200 . PMID 15262985 . 
  11. ↑ a b Hu Y, Бенедикт MA, Wu D, Inohara N, Núñez G (апрель 1998 г.). «Bcl-XL взаимодействует с Apaf-1 и ингибирует Apaf-1-зависимую активацию каспазы-9» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (8): 4386–91. DOI : 10.1073 / pnas.95.8.4386 . PMC 22498 . PMID 9539746 .  
  12. ^ Б Pan G, K О'Рурк, Диксит В.М. (март 1998). «Каспаза-9, Bcl-XL и Apaf-1 образуют тройной комплекс» . Журнал биологической химии . 273 (10): 5841–5. DOI : 10.1074 / jbc.273.10.5841 . PMID 9488720 . 
  13. ^ а б Чу З.Л., Пио Ф, Се З., Валлийский К., Краевская М., Краевски С., Годзик А., Рид Дж. К. (март 2001 г.). «Новый энхансер апоптосомы Apaf1, участвующий в цитохром c-зависимой активации каспазы и апоптозе» . Журнал биологической химии . 276 (12): 9239–45. DOI : 10.1074 / jbc.M006309200 . PMID 11113115 . 
  14. ^ Ли Р, Nijhawan Д, Budihardjo я, Srinivasula С.М., Ахмад М, Alnemri Е.С., Ван Х (ноябрь 1997). «Цитохром c и dATP-зависимое образование комплекса Apaf-1 / каспаза-9 запускает каскад апоптотических протеаз». Cell . 91 (4): 479–89. DOI : 10.1016 / s0092-8674 (00) 80434-1 . PMID 9390557 . S2CID 14321446 .  
  15. ^ Салех А, Srinivasula С.М., Balkir л, Роббинс PD, Alnemri ES (август 2000 г.). «Отрицательная регуляция апоптосомы Apaf-1 с помощью Hsp70». Природа клеточной биологии . 2 (8): 476–83. DOI : 10.1038 / 35019510 . PMID 10934467 . S2CID 20374981 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Расположение генома человека APAF1 и страница сведений о гене APAF1 в браузере генома UCSC .
  • Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : O14727 (фактор активации апоптотической протеазы 1) в PDBe-KB .

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Смит Т.Ф., Гайтацес К., Саксена К., Нир Э.Дж. (май 1999 г.). «Повторение WD: общая архитектура для различных функций». Направления биохимических наук . 24 (5): 181–5. DOI : 10.1016 / S0968-0004 (99) 01384-5 . PMID  10322433 .
  • ван Оиршот Дж. Т. (август 1999 г.). «Вакцины Diva, снижающие передачу вируса». Журнал биотехнологии . 73 (2–3): 195–205. DOI : 10.1016 / S0168-1656 (99) 00121-2 . PMID  10486928 .
  • Накадзима Д., Окадзаки Н., Ямакава Х., Кикуно Р., Охара О., Нагасе Т. (июнь 2002 г.). «Конструирование готовых к экспрессии клонов кДНК для генов KIAA: ручное культивирование 330 клонов кДНК KIAA». Исследования ДНК . 9 (3): 99–106. CiteSeerX  10.1.1.500.923 . DOI : 10.1093 / dnares / 9.3.99 . PMID  12168954 .
  • Campioni M, Santini D, Tonini G, Murace R, Dragonetti E, Spugnini EP, Baldi A (ноябрь 2005 г.). «Роль Apaf-1, ключевого регулятора апоптоза, в прогрессировании меланомы и устойчивости к химиотерапии». Экспериментальная дерматология . 14 (11): 811–8. DOI : 10.1111 / j.1600-0625.2005.00360.x . PMID  16232302 . S2CID  45588573 .
  • Цзоу Х., Хензель В.Дж., Лю Х, Лутчг А., Ван Х (август 1997 г.). «Apaf-1, человеческий белок, гомологичный C. elegans CED-4, участвует в цитохром С-зависимой активации каспазы-3». Cell . 90 (3): 405–13. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80501-2 . PMID  9267021 . S2CID  18105320 .
  • Ли П., Ниджаван Д., Будихардджо И., Сринивасула С.М., Ахмад М., Алнемри Е.С., Ван X (ноябрь 1997 г.). «Цитохром c и dATP-зависимое образование комплекса Apaf-1 / каспаза-9 запускает каскад апоптотических протеаз». Cell . 91 (4): 479–89. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80434-1 . PMID  9390557 . S2CID  14321446 .
  • Исикава К., Нагасе Т., Накадзима Д., Секи Н., Охира М., Миядзима Н., Танака А., Котани Н., Номура Н., Охара О. (октябрь 1997 г.). «Предсказание кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. VIII. 78 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro» . Исследования ДНК . 4 (5): 307–13. DOI : 10.1093 / dnares / 4.5.307 . PMID  9455477 .
  • Пан Дж., О'Рурк К., Диксит В.М. (март 1998 г.). «Каспаза-9, Bcl-XL и Apaf-1 образуют тройной комплекс» . Журнал биологической химии . 273 (10): 5841–5. DOI : 10.1074 / jbc.273.10.5841 . PMID  9488720 .
  • Ху И, Бенедикт М.А., Ву Д., Инохара Н., Нуньес Дж. (Апрель 1998 г.). «Bcl-XL взаимодействует с Apaf-1 и ингибирует Apaf-1-зависимую активацию каспазы-9» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (8): 4386–91. DOI : 10.1073 / pnas.95.8.4386 . PMC  22498 . PMID  9539746 .
  • Шринивасула С.М., Ахмад М., Фернандес-Алнемри Т., Алнемри Е.С. (июнь 1998 г.). «Автоактивация прокаспазы-9 путем олигомеризации, опосредованной Apaf-1». Молекулярная клетка . 1 (7): 949–57. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (00) 80095-7 . PMID  9651578 .
  • Чеккони Ф., Альварес-Боладо Дж., Мейер Б.И., Рот К.А., Грусс П. (сентябрь 1998 г.). «Apaf1 (гомолог CED-4) регулирует запрограммированную гибель клеток в развитии млекопитающих» . Cell . 94 (6): 727–37. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 81732-8 . PMID  9753320 .
  • Инохара Н., Горли Т.С., Каррио Р., Муньис М., Мерино Дж., Гарсия И., Косеки Т., Ху И., Чен С., Нуньес Дж. (Декабрь 1998 г.). «Diva, гомолог Bcl-2, который напрямую связывается с Apaf-1 и индуцирует BH3-независимую гибель клеток» . Журнал биологической химии . 273 (49): 32479–86. DOI : 10.1074 / jbc.273.49.32479 . PMID  9829980 .
  • Ху И, Динг Л., Спенсер Д.М., Нуньес Дж. (Декабрь 1998 г.). «Область повтора WD-40 регулирует самоассоциацию Apaf-1 и активацию прокаспазы-9» . Журнал биологической химии . 273 (50): 33489–94. DOI : 10.1074 / jbc.273.50.33489 . PMID  9837928 .
  • Сонг Q, Куанг Y, Диксит В.М., Винченц К. (январь 1999 г.). «Boo, новый негативный регулятор гибели клеток, взаимодействует с Apaf-1» . Журнал EMBO . 18 (1): 167–78. DOI : 10.1093 / emboj / 18.1.167 . PMC  1171112 . PMID  9878060 .
  • Slee EA, Harte MT, Kluck RM, Wolf BB, Casiano CA, Newmeyer DD, Wang HG, Reed JC, Nicholson DW, Alnemri ES, Green DR, Martin SJ (январь 1999 г.). «Упорядочивание каскада каспаз, инициированного цитохромом с: иерархическая активация каспаз-2, -3, -6, -7, -8 и -10 зависимым от каспазы-9 образом» . Журнал клеточной биологии . 144 (2): 281–92. DOI : 10.1083 / jcb.144.2.281 . PMC  2132895 . PMID  9922454 .
  • Цзоу Х, Ли И, Лю Х, Ван Х (апрель 1999 г.). «Мультимерный комплекс APAF-1 цитохрома c представляет собой функциональную апоптосому, которая активирует прокаспазу-9» . Журнал биологической химии . 274 (17): 11549–56. DOI : 10.1074 / jbc.274.17.11549 . PMID  10206961 .
  • Салех А., Сринивасула С.М., Ачарья С., Фишел Р., Алнемри Е.С. (июнь 1999 г.). «Опосредованная цитохромом с и dATP олигомеризация Apaf-1 является предпосылкой для активации прокаспазы-9» . Журнал биологической химии . 274 (25): 17941–5. DOI : 10.1074 / jbc.274.25.17941 . PMID  10364241 .
  • Qin H, Srinivasula SM, Wu G, Fernandes-Alnemri T., Alnemri ES, Shi Y (июнь 1999 г.). «Структурная основа рекрутирования прокаспазы-9 апоптотическим фактором активации протеазы 1». Природа . 399 (6736): 549–57. DOI : 10,1038 / 21124 . PMID  10376594 . S2CID  4403525 .
  • Дрозопулос Н. Э., Уолш Ф. С., Доэрти П. (июнь 1999 г.). «Растворимая версия рецептор-подобной протеинтирозинфосфатазы каппа стимулирует рост нейритов через Grb2 / MEK1-зависимый сигнальный каскад». Молекулярная и клеточная нейронауки . 13 (6): 441–9. DOI : 10.1006 / mcne.1999.0758 . PMID  10383829 . S2CID  35458154 .