APBS (программное обеспечение)

APBS и PDB2PQR
Автор (ы) оригинала	Baker NA, сентябрь D, Джозеф С., Холст MJ, Маккаммон JA (APBS); Долинский Т.Дж., Чодровски П., Ли Х., Нильсен Дж. Э., Йенсен Дж. Х., Клебе Г., Бейкер Н. А. (PDB2PQR)
Репозиторий	github .com / Электростатика / apbs-pdb2pqr
Написано в	Python , C ++ , C
Операционная система	Linux
Тип	Молекулярная электростатика
Лицензия	Лицензия MIT
Интернет сайт	www .poissonboltzmann .org

APBS (ранее также Advanced Poisson-Boltzmann Solver ) - это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом для решения уравнений электростатики сплошной среды, предназначенное в первую очередь для больших биомолекулярных систем. ^[1]^[2] Он доступен по лицензии MIT .

PDB2PQR подготавливает файлы структуры белка из банка данных белка для использования с APBS. Этапы подготовки включают, но не ограничиваются этим, добавление недостающих тяжелых атомов в структуры и назначение зарядов от ряда силовых полей . ^[3]^[4] Формат выходного файла - PQR ^[5] , откуда и происходит название программы.

Ссылки [ править ]

^ Юррус, Элизабет; Энгель, Дэйв; Стар, Кейт; Монсон, Кайл; Брэнди, Хуан; Фельберг, Лиза Э .; Брукс, Дэвид Х .; Уилсон, Лейтон; Чен, Цзяхуэй (2017-08-24). «Улучшения в программном пакете APBS для биомолекулярной сольватации: улучшения в APBS Software Suite» . Белковая наука . 27 (1): 112–128. DOI : 10.1002 / pro.3280 . PMC 5734301 . PMID 28836357 .
^ Маккаммон, Дж. Эндрю; Холст, Майкл Дж .; Джозеф, Симпсон; Сентябрь, Дэвид; Бейкер, Натан А. (28 августа 2001 г.). «Электростатика наносистем: приложение к микротрубочкам и рибосомам» . Труды Национальной академии наук . 98 (18): 10037–10041. Bibcode : 2001PNAS ... 9810037B . DOI : 10.1073 / pnas.181342398 . ISSN 0027-8424 . PMC 56910 . PMID 11517324 .
^ Бейкер, Натан А .; Маккаммон, Дж. Эндрю; Nielsen, Jens E .; Долинский, Тодд Дж. (2004-07-01). «PDB2PQR: автоматизированный конвейер для установки электростатических расчетов Пуассона – Больцмана» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Suppl_2): W665 – W667. DOI : 10.1093 / NAR / gkh381 . ISSN 0305-1048 . PMC 441519 . PMID 15215472 .
^ Бейкер, Натан А .; Клебе, Герхард; Дженсен, Ян Х .; Nielsen, Jens E .; Ли, Хуэй; Чодровский, Пол; Долинский, Тодд Дж. (2007-07-01). «PDB2PQR: расширение и модернизация автоматизированной подготовки биомолекулярных структур для молекулярного моделирования» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (Suppl_2): W522 – W525. DOI : 10.1093 / NAR / gkm276 . ISSN 0305-1048 . PMC 1933214 . PMID 17488841 .
^ «Формат молекулярной структуры PQR - документация APBS-PDB2PQR 1.6» . apbs-pdb2pqr.readthedocs.io . Проверено 23 мая 2019 .

Внешние ссылки [ править ]

Официальный веб-сайт
Официальная документация
APBS, PDB2PQR и сопутствующее программное обеспечение - GitHub

Эта статья о научном программном обеспечении - незавершенная . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] Юррус, Элизабет; Энгель, Дэйв; Стар, Кейт; Монсон, Кайл; Брэнди, Хуан; Фельберг, Лиза Э .; Брукс, Дэвид Х .; Уилсон, Лейтон; Чен, Цзяхуэй (2017-08-24). «Улучшения в программном пакете APBS для биомолекулярной сольватации: улучшения в APBS Software Suite» . Белковая наука . 27 (1): 112–128. DOI : 10.1002 / pro.3280 . PMC 5734301 . PMID 28836357 .

[2] Маккаммон, Дж. Эндрю; Холст, Майкл Дж .; Джозеф, Симпсон; Сентябрь, Дэвид; Бейкер, Натан А. (28 августа 2001 г.). «Электростатика наносистем: приложение к микротрубочкам и рибосомам» . Труды Национальной академии наук . 98 (18): 10037–10041. Bibcode : 2001PNAS ... 9810037B . DOI : 10.1073 / pnas.181342398 . ISSN 0027-8424 . PMC 56910 . PMID 11517324 .

[3] Бейкер, Натан А .; Маккаммон, Дж. Эндрю; Nielsen, Jens E .; Долинский, Тодд Дж. (2004-07-01). «PDB2PQR: автоматизированный конвейер для установки электростатических расчетов Пуассона – Больцмана» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Suppl_2): W665 – W667. DOI : 10.1093 / NAR / gkh381 . ISSN 0305-1048 . PMC 441519 . PMID 15215472 .

[4] Бейкер, Натан А .; Клебе, Герхард; Дженсен, Ян Х .; Nielsen, Jens E .; Ли, Хуэй; Чодровский, Пол; Долинский, Тодд Дж. (2007-07-01). «PDB2PQR: расширение и модернизация автоматизированной подготовки биомолекулярных структур для молекулярного моделирования» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (Suppl_2): W522 – W525. DOI : 10.1093 / NAR / gkm276 . ISSN 0305-1048 . PMC 1933214 . PMID 17488841 .

[5] «Формат молекулярной структуры PQR - документация APBS-PDB2PQR 1.6» . apbs-pdb2pqr.readthedocs.io . Проверено 23 мая 2019 .

[1]