Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
APOBEC3F
Доступные конструкции
PDBПоиск человеческого UniProt: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB

3WUS , 4IOU , 4J4J , 5HX5 , 5HX4

Идентификаторы
ПсевдонимыAPOBEC3F , A3F , ARP8, BK150C2.4.MRNA, KA6, мРНК аполипопротеина B, редактирующая фермент каталитическая субъединица 3F
Внешние идентификаторыOMIM : 608993 HomoloGene : 105867 GeneCards : APOBEC3F
Расположение гена ( человек )
Хромосома 22 (человек)
Chr.Хромосома 22 (человека) [1]
Хромосома 22 (человек)
Геномное расположение APOBEC3F
Геномное расположение APOBEC3F
Группа22q13.1Начинать39 040 604 п.н. [1]
Конец39 055 972 п.н. [1]
Генная онтология
Молекулярная функция• деаминаза активность цитидин
• ион цинк связывание
• ион металл связывание
• гидролазы активности, действующий на углерод-азоте (но не пептид) связь, в циклических амидинах
• GO: связывание 0001948 белка
• каталитической активности
• связывания РНК
• гидролазы активности
• идентичные связывание с белками
Сотовый компонент• цитоплазма
• P-тельца
• ферментный комплекс, редактирующий мРНК аполипопротеина B
• ядро клетки
• рибонуклеопротеин
Биологический процесс• отрицательное регулирование транспозиции
• отрицательное регулирование вирусного процесса
• иммунной системы процесс
• базовая преобразование или замена редактирования
• негативной регуляции вирусной репликации генома
• защитной реакции на вирус
• ДНК цитозин дезаминирования
• деметилирования ДНК
• врожденной системы иммунитета
• негативной регуляции одноцепочечной репликация вирусной РНК через промежуточное соединение двухцепочечной ДНК
• позитивная регуляция защитного ответа на вирус со стороны хозяина
• дезаминирование цитидина
• редактирование цитидина в уридин
Источники: Amigo / QuickGO
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

200316

н / д

Ансамбль

ENSG00000128394

н / д

UniProt

Q8IUX4

н / д

RefSeq (мРНК)

NM_001006666
NM_145298

н / д

RefSeq (белок)

NP_001006667
NP_660341

н / д

Расположение (UCSC)Chr 22: 39.04 - 39.06 Мбн / д
PubMed поиск[2]н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

ДНК DC-> DU-редактирование фермента APOBEC3F является белком , который в организме человека кодируется APOBEC3F гена . [3] [4] [5]

Этот ген является членом семейства генов цитидиндезаминазы . Это один из семи родственных генов или псевдогенов, обнаруженных в кластере , который, как считается, является результатом дупликации генов на хромосоме 22 . Члены кластера кодируют белки , которые структурно и функционально связанных с C до U РНК -editing цитидиндезаминазой Apobec1 . Считается, что белки могут быть ферментами, редактирующими РНК, и играть роль в контроле роста или клеточного цикла . Были идентифицированы альтернативно сплайсированные варианты транскриптов, кодирующие разные изоформы . [5]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000128394 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  3. ^ Jarmuz A, Chester A, Бейлис J, J Gisbourne, Dunham I, J Скотт, Navaratnam N (февраль 2002). «Антропоид-специфический локус орфанных C to U ферментов, редактирующих РНК на хромосоме 22». Геномика . 79 (3): 285–96. DOI : 10.1006 / geno.2002.6718 . PMID 11863358 . 
  4. ^ Холмс РК, Конинг Ф., Бишоп К., Малим MH (январь 2007). «APOBEC3F может ингибировать накопление продуктов обратной транскрипции ВИЧ-1 в отсутствие гипермутации. Сравнение с APOBEC3G» . J Biol Chem . 282 (4): 2587–95. DOI : 10.1074 / jbc.M607298200 . PMID 17121840 . 
  5. ^ a b «Ген Entrez: фермент редактирования мРНК аполипопротеина B APOBEC3F, каталитический полипептидоподобный 3F» .

APOBEC3F человека - еще один фактор-хозяин, который блокирует репликацию вируса иммунодефицита человека 1 типа. Чжэн Ю.Х., Ирвин Д., Куросу Т., Токунага К., Сата Т., Петерлин Б.М. J Virol. 2004 июн; 78 (11): 6073-6. DOI: 10.1128 / JVI.78.11.6073-6076.2004.

Внешние ссылки [ править ]

  • Расположение генома человека APOBEC3F и страница сведений о гене APOBEC3F в браузере генома UCSC .

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Ведекинд JE, Dance GS, Соуден MP, Smith HC (2003). «Редактирование матричной РНК у млекопитающих: новые члены семьи APOBEC, ищущие роли в семейном бизнесе». Тенденции Genet . 19 (4): 207–16. DOI : 10.1016 / S0168-9525 (03) 00054-4 . PMID  12683974 .
  • Франка Р., Спадари С., Мага Г. (2006). «Дезаминазы APOBEC как клеточные противовирусные факторы: новый естественный механизм защиты хозяина». Med. Sci. Монит . 12 (5): RA92–8. PMID  16641889 .
  • Прашар Ю., Вайсман С.М. (1996). «Анализ дифференциальной экспрессии генов путем отображения 3'-концевых рестрикционных фрагментов кДНК» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 93 (2): 659–63. Bibcode : 1996PNAS ... 93..659P . DOI : 10.1073 / pnas.93.2.659 . PMC  40108 . PMID  8570611 .
  • Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (1997). «Нормализация и вычитание: два подхода к облегчению открытия генов» . Genome Res . 6 (9): 791–806. DOI : 10.1101 / gr.6.9.791 . PMID  8889548 .
  • Данэм И., Шимидзу Н., Роу Б.А. и др. (1999). «Последовательность ДНК хромосомы 22 человека» . Природа . 402 (6761): 489–95. Bibcode : 1999Natur.402..489D . DOI : 10.1038 / 990031 . PMID  10591208 .
  • Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002PNAS ... 9916899M . DOI : 10.1073 / pnas.242603899 . PMC  139241 . PMID  12477932 .
  • Чжэн Ю.Х., Ирвин Д., Куросу Т. и др. (2004). «APOBEC3F человека является еще одним фактором хозяина, который блокирует репликацию вируса иммунодефицита человека типа 1» . J. Virol . 78 (11): 6073–6. DOI : 10,1128 / JVI.78.11.6073-6076.2004 . PMC  415831 . PMID  15141007 .
  • Wiegand HL, Doehle BP, Bogerd HP, Cullen BR (2004). «Второй антиретровирусный фактор человека, APOBEC3F, подавляется белками Vif ВИЧ-1 и ВИЧ-2» . EMBO J . 23 (12): 2451–8. DOI : 10.1038 / sj.emboj.7600246 . PMC  423288 . PMID  15152192 .
  • Liddament MT, Brown WL, Schumacher AJ, Harris RS (2004). «Свойства APOBEC3F и предпочтения гипермутации указывают на активность против ВИЧ-1 in vivo». Curr. Биол . 14 (15): 1385–91. DOI : 10.1016 / j.cub.2004.06.050 . PMID  15296757 .
  • Коллинз Дж. Э., Райт К. Л., Эдвардс К. А. и др. (2005). «Основанный на аннотации генома подход к клонированию ORFeome человека» . Genome Biol . 5 (10): R84. DOI : 10.1186 / GB-2004-5-10-R84 . PMC  545604 . PMID  15461802 .
  • Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Genome Res . 14 (10B): 2121–7. DOI : 10.1101 / gr.2596504 . PMC  528928 . PMID  15489334 .
  • Haché G, Liddament MT, Harris RS (2005). «Специфичность ретровирусной гипермутации APOBEC3F и APOBEC3G регулируется С-концевым доменом цитозиндезаминазы ДНК» . J. Biol. Chem . 280 (12): 10920–4. DOI : 10.1074 / jbc.M500382200 . PMID  15647250 .
  • Кимура К., Вакамацу А., Сузуки Ю. и др. (2006). «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека» . Genome Res . 16 (1): 55–65. DOI : 10.1101 / gr.4039406 . PMC  1356129 . PMID  16344560 .
  • Zennou V, Bieniasz PD (2006). «Сравнительный анализ антиретровирусной активности APOBEC3G и APOBEC3F от приматов». Вирусология . 349 (1): 31–40. DOI : 10.1016 / j.virol.2005.12.035 . PMID  16460778 .
  • Тиан Ч., Ю X, Чжан В. и др. (2006). «Дифференциальная потребность в консервативных триптофанах в вирусе иммунодефицита человека типа 1 Vif для селективного подавления APOBEC3G и APOBEC3F» . J. Virol . 80 (6): 3112–5. DOI : 10,1128 / JVI.80.6.3112-3115.2006 . PMC  1395459 . PMID  16501124 .
  • Стенглейн, доктор медицины, Харрис Р.С. (2006). «APOBEC3B и APOBEC3F ингибируют ретротранспозицию L1 с помощью независимого от дезаминирования механизма ДНК» . J. Biol. Chem . 281 (25): 16837–41. DOI : 10.1074 / jbc.M602367200 . PMID  16648136 .
  • Вичроски MJ, Робб GB, Rana TM (2006). «Факторы рестрикции человеческого ретровируса APOBEC3G и APOBEC3F локализуются в телах, обрабатывающих мРНК» . PLoS Pathog . 2 (5): e41. DOI : 10.1371 / journal.ppat.0020041 . PMC  1458959 . PMID  16699599 .


  • v
  • т
  • е