Транскрипционного регулятора ATRX также известный как АТФ-зависимой геликазы ATRX , Х-хромосомой геликазы II , или Х-хромосомой ядерного белка (XNP) представляет собой белок , который у человека кодируется ATRX гена . [5] [6] [7]
ATRX | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| |||||||||||||||||||||||||
Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||
Псевдонимы | ATRX , ATR2, JMS, MRXHF1, RAD54, RAD54L, SFM1, SHS, XH2, XNP, ZNF-HX, MRX52, альфа-талассемия / синдром умственной отсталости X-сцепленный, ремоделирующий хроматин, ремоделлер хроматина ATRX | ||||||||||||||||||||||||
Внешние идентификаторы | OMIM : 300032 MGI : 103067 HomoloGene : 416 GeneCard : ATRX | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ортологи | |||||||||||||||||||||||||
Разновидность | Человек | Мышь | |||||||||||||||||||||||
Entrez |
|
| |||||||||||||||||||||||
Ансамбль |
|
| |||||||||||||||||||||||
UniProt |
|
| |||||||||||||||||||||||
RefSeq (мРНК) |
|
| |||||||||||||||||||||||
RefSeq (белок) |
|
| |||||||||||||||||||||||
Расположение (UCSC) | Chr X: 77,5 - 77,79 Мб | Chr X: 105,8 - 105,93 Мб | |||||||||||||||||||||||
PubMed поиск | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Викиданные | |||||||||||||||||||||||||
|
Функция
Регулятор транскрипции ATRX содержит домен АТФазы / геликазы и, таким образом, принадлежит к семейству белков ремоделирования хроматина SWI / SNF . ATRX необходим для отложения варианта гистона H3.3 на теломерах и других геномных повторах. [8] Эти взаимодействия важны для поддержания сайленсинга на этих сайтах. [9] [10] [11]
Кроме того, ATRX подвергается зависимому от клеточного цикла фосфорилированию, которое регулирует его ядерный матрикс и ассоциацию хроматина, и предполагает его участие в регуляции генов на интерфазе и хромосомной сегрегации в митозе. [7]
Клиническое значение
Унаследованные мутации
Унаследованные мутации гена ATRX связаны с синдромом X-связанной умственной отсталости ( XLMR ), который чаще всего сопровождается синдромом альфа-талассемии ( ATR-X ). Было показано, что эти мутации вызывают разнообразные изменения в паттерне метилирования ДНК , что может обеспечивать связь между ремоделированием хроматина, метилированием ДНК и экспрессией генов в процессах развития. Сообщалось о множественных альтернативно сплайсированных вариантах транскриптов, кодирующих разные изоформы. Женщины-носители могут демонстрировать искаженную инактивацию Х-хромосомы . [7]
Соматические мутации
Приобретенные мутации в ATRX были зарегистрированы при ряде раковых заболеваний человека, включая нейроэндокринные опухоли поджелудочной железы, [12] глиомы, [13] астроцитомы, [14] остеосаркомы [15] и злокачественные феохромоцитомы. [16] Существует сильная корреляция между мутациями ATRX и фенотипом альтернативного удлинения теломер (ALT) при раке. [12]
Взаимодействия
ATRX образует комплекс с DAXX, который является шапероном гистона H3.3. [17]
Также было показано, что ATRX взаимодействует с EZH2 . [18]
Смотрите также
- Синдром умственной отсталости альфа-талассемии
Рекомендации
- ^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000085224 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031229 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Стейтон С.Л., Дабович Б., Гулисано М., Гец Дж., Брокколи В., Джованацци С. и др. (Ноябрь 1994 г.). «Клонирование и характеристика нового человеческого гена Xq13, кодирующего предполагаемую геликазу». Молекулярная генетика человека . 3 (11): 1957–64. DOI : 10,1093 / hmg / 3.11.1957 . PMID 7874112 .
- ^ Гиббонс Р.Дж., Сазерс Г.К., Уилки А.О., Бакл В.Дж., Хиггс Д.Р. (ноябрь 1992 г.). «Синдром X-связанной альфа-талассемии / умственной отсталости (ATR-X): локализация Xq12-q21.31 с помощью инактивации X и анализа сцепления» . Американский журнал генетики человека . 51 (5): 1136–49. PMC 1682840 . PMID 1415255 .
- ^ а б в «Ген Entrez: альфа-талассемия ATRX / синдром умственной отсталости, сцепленный с X (гомолог RAD54, S. cerevisiae)» .
- ^ Вонг Л. Х., Макги Дж. Д., Сим М., Андерсон М. А., Ан С., Ханнан Р. Д. и др. (Март 2010 г.). «ATRX взаимодействует с H3.3, поддерживая структурную целостность теломер в плюрипотентных эмбриональных стволовых клетках» . Геномные исследования . 20 (3): 351–60. DOI : 10.1101 / gr.101477.109 . PMC 2840985 . PMID 20110566 .
- ^ Вун Х.П., Хьюз Дж. Р., Роде С., Де ла Роса-Веласкес И. А., Йенувейн Т., Фейл Р. и др. (Апрель 2015 г.). «ATRX играет ключевую роль в поддержании молчания в интерстициальных гетерохроматических локусах и импринтированных генах» . Отчеты по ячейкам . 11 (3): 405–18. DOI : 10.1016 / j.celrep.2015.03.036 . PMC 4410944 . PMID 25865896 .
- ^ Эльзассер С.Дж., Но К.М., Диас Н., Аллис С.Д., Банашинский Л.А. (июнь 2015 г.). «Гистон H3.3 необходим для подавления эндогенного ретровирусного элемента в эмбриональных стволовых клетках» . Природа . 522 (7555): 240–4. DOI : 10,1038 / природа14345 . PMC 4509593 . PMID 25938714 .
- ^ Udugama M, M Chang FT, Chan FL, Tang MC, Pickett HA, R McGhie JD и др. (Декабрь 2015 г.). «Вариант гистона H3.3 обеспечивает гетерохроматическую метку триметилирования лизина 9 H3 на теломерах» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (21): 10227–37. DOI : 10.1093 / NAR / gkv847 . PMC 4666390 . PMID 26304540 .
- ^ а б Heaphy CM, de Wilde RF, Jiao Y, Klein AP, Edil BH, Shi C, et al. (Июль 2011 г.). «Измененные теломеры в опухолях с мутациями ATRX и DAXX» . Наука . 333 (6041): 425. DOI : 10.1126 / science.1207313 . PMC 3174141 . PMID 21719641 .
- ^ Шварцентрубер Дж., Коршунов А., Лю XY, Джонс Д. Т., Пфафф Э., Якоб К. и др. (Январь 2012 г.). «Драйвер мутации в гистоне H3.3 и генах ремоделирования хроматина в детской глиобластоме». Природа . 482 (7384): 226–31. DOI : 10,1038 / природа10833 . PMID 22286061 .
- ^ Каннан К., Инагаки А., Силбер Дж., Горовец Д., Чжан Дж., Кастенхубер Э. Р. и др. (Октябрь 2012 г.). «Секвенирование всего экзома определяет мутацию ATRX как ключевой молекулярный детерминант глиомы более низкой степени злокачественности» . Oncotarget . 3 (10): 1194–203. DOI : 10.18632 / oncotarget.689 . PMC 3717947 . PMID 23104868 .
- ^ Чен X, Бахрами А., Паппо А., Истон Дж., Далтон Дж., Хедлунд Э. и др. (Апрель 2014 г.). «Рецидивирующие соматические структурные изменения способствуют онкогенезу при детской остеосаркоме» . Отчеты по ячейкам . 7 (1): 104–12. DOI : 10.1016 / j.celrep.2014.03.003 . PMC 4096827 . PMID 24703847 .
- ^ Комино-Мендес, I (июнь 2016 г.). «Мутация драйвера ATRX в сложной злокачественной феохромоцитоме». Генетика рака . 209 (6): 272–7. DOI : 10.1016 / j.cancergen.2016.04.058 . PMID 27209355 .
- ^ Льюис П.В., Эльзэссер С.Дж., Но К.М., Stadler SC, Allis CD (август 2010 г.). «Daxx является H3.3-специфическим гистоновым шапероном и взаимодействует с ATRX в независимой от репликации сборке хроматина на теломерах» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (32): 14075–80. DOI : 10.1073 / pnas.1008850107 . PMC 2922592 . PMID 20651253 .
- ^ Кардосо С., Тимсит С., Виллар Л., Хрестчатский М., Фонте М., Колло Л. (апрель 1998 г.). «Специфическое взаимодействие между продуктом гена XNP / ATR-X и доменом SET человеческого белка EZH2» . Молекулярная генетика человека . 7 (4): 679–84. DOI : 10.1093 / HMG / 7.4.679 . PMID 9499421 .
дальнейшее чтение
- Малли Дж. К., Керр Б., Стивенсон Р., Любс Х (1992). «Рекомендации по номенклатуре Х-связанной умственной отсталости». Американский журнал медицинской генетики . 43 (1-2): 383–91. DOI : 10.1002 / ajmg.1320430159 . PMID 1605216 .
- Тан П., Park DJ, Маршалл Грейвс JA, Harley VR (сентябрь 2004 г.). «ATRX и половая дифференциация». Тенденции в эндокринологии и метаболизме . 15 (7): 339–44. DOI : 10.1016 / j.tem.2004.07.006 . PMID 15350606 .
- Забудьте о BG (март 2006 г.). «De novo и приобретенные формы альфа-талассемии». Текущие гематологические отчеты . 5 (1): 11–4. PMID 16537041 .
- Адес Л.К., Керр Б., Тернер Дж., Мудрый Дж. (Сентябрь 1991 г.). «Синдром Смита-Файнмана-Майерса у двух братьев». Американский журнал медицинской генетики . 40 (4): 467–70. DOI : 10.1002 / ajmg.1320400419 . PMID 1684092 .
- Сазерленд Г.Р., Гедеон А.К., Хаан Э.А., Вудрофф П., Малли Дж.С. (1988). «Исследования связи с геном Х-сцепленного синдрома умственной отсталости, микроцефалии и спастической диплегии (MRX2)». Американский журнал медицинской генетики . 30 (1–2): 493–508. DOI : 10.1002 / ajmg.1320300152 . PMID 3177467 .
- Shapiro MB, Senapathy P (сентябрь 1987 г.). «Соединения сплайсинга РНК различных классов эукариот: статистика последовательностей и функциональное значение в экспрессии генов» . Исследования нуклеиновых кислот . 15 (17): 7155–74. DOI : 10.1093 / NAR / 15.17.7155 . PMC 306199 . PMID 3658675 .
- Гиббонс Р.Дж., Пикетс Д.Д., Виллард Л., Хиггс Д.Р. (март 1995 г.). «Мутации в предполагаемом глобальном регуляторе транскрипции вызывают Х-сцепленную умственную отсталость с альфа-талассемией (синдром ATR-X)». Cell . 80 (6): 837–45. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (95) 90287-2 . PMID 7697714 .
- Ван Л. Х., Коллинз А., Лоуренс С., Китс Б. Дж., Мортон Н. Э. (август 1994 г.). «Интеграция генных карт: хромосома X». Геномика . 22 (3): 590–604. DOI : 10.1006 / geno.1994.1432 . PMID 8001970 .
- Gecz J, Pollard H, Consalez G, Villard L, Stayton C, Millasseau P, Khrestchatisky M, Fontes M (январь 1994). «Клонирование и экспрессия мышиного гомолога предполагаемого гена X-связанного ядерного белка человека, тесно связанного с PGK1 в Xq13.3». Молекулярная генетика человека . 3 (1): 39–44. DOI : 10.1093 / HMG / 3.1.39 . PMID 8162050 .
- Villard L, Gecz J, Mattéi JF, Fontés M, Saugier-Veber P, Munnich A, Lyonnet S (апрель 1996 г.). «Мутация XNP в большой семье с синдромом Юберга-Марсиди». Генетика природы . 12 (4): 359–60. DOI : 10.1038 / ng0496-359 . PMID 8630485 .
- Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (сентябрь 1996 г.). «Нормализация и вычитание: два подхода к облегчению открытия генов» . Геномные исследования . 6 (9): 791–806. DOI : 10.1101 / gr.6.9.791 . PMID 8889548 .
- Пикетс DJ, Хиггс Д.Р., Бачу С., Блейк Д.И., Куоррелл О.В., Гиббонс Р.Дж. (декабрь 1996). «ATRX кодирует новый член семейства белков SNF2: мутации указывают на общий механизм, лежащий в основе синдрома ATR-X» . Молекулярная генетика человека . 5 (12): 1899–907. DOI : 10,1093 / hmg / 5.12.1899 . PMID 8968741 .
- Виллар Л., Лакомб Д., Фонте М. (1997). «Точечная мутация в гене XNP, связанная с фенотипом ATR-X без альфа-талассемии». Европейский журнал генетики человека . 4 (6): 316–20. DOI : 10.1159 / 000472225 . PMID 9043863 .
- Виллар Л., Лоси А. М., Кардосо С., Горд В., Кьярони П., Колло Л., Шварц С., Фонте М. (июль 1997 г.). «Определение геномной структуры гена XNP / ATRX, кодирующего потенциальную геликазу цинкового пальца». Геномика . 43 (2): 149–55. DOI : 10.1006 / geno.1997.4793 . PMID 9244431 .
- Голуб Е.И., Коваленко О.В., Гупта Р.К., Уорд, округ Колумбия, Раддинг С.М. (октябрь 1997 г.). «Взаимодействие рекомбинационных белков человека Rad51 и Rad54» . Исследования нуклеиновых кислот . 25 (20): 4106–10. DOI : 10.1093 / NAR / 25.20.4106 . PMC 147015 . PMID 9321665 .
- Гиббонс Р.Дж., Бачу С., Пикетс Д.Д., Афтимос С., Асенбауэр Б., Бергоффен Дж., Берри С.А., Даль Н., Фрайер А., Кепплер К., Куросава К., Левин М.Л., Масуно М., Нери Джи, Пьерпонт М.Э., Слейни С.Ф., Хиггс Д. (Октябрь 1997 г.). «Мутации в регуляторе транскрипции ATRX устанавливают функциональное значение PHD-подобного домена». Генетика природы . 17 (2): 146–8. DOI : 10,1038 / NG1097-146 . PMID 9326931 .
- Кардосо С., Тимсит С., Виллар Л., Хрестчатский М., Фонте М., Колло Л. (апрель 1998 г.). «Специфическое взаимодействие между продуктом гена XNP / ATR-X и доменом SET человеческого белка EZH2» . Молекулярная генетика человека . 7 (4): 679–84. DOI : 10.1093 / HMG / 7.4.679 . PMID 9499421 .
- Берубе Н.Г., Мангельсдорф М., Ягла М., Вандерлуит Дж., Гаррик Д., Гиббонс Р.Дж., Хиггс Д.Р., Slack RS, Пикетс Д.Д. (февраль 2005 г.). «Ремоделирующий хроматин белок ATRX имеет решающее значение для выживания нейронов во время кортикогенеза» . Журнал клинических исследований . 115 (2): 258–67. DOI : 10.1172 / JCI22329 . PMC 544602 . PMID 15668733 .
Внешние ссылки
- Статья GeneReviews / NCBI / NIH / UW о синдроме умственной отсталости, связанном с альфа-талассемией X; Синдром ATRX; Альфа-талассемия / умственная отсталость, Х-хромосом; XLMR-гипотонический синдром лица
- Записи OMIM о синдроме умственной отсталости, связанном с альфа-талассемией X
- Расположение генома человека ATRX и страница сведений о гене ATRX в браузере генома UCSC .
- Расположение генома человека RAD54L и страница сведений о гене RAD54L в браузере генома UCSC .