| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Репозиторий для хранения, обмена и поиска вычислительных моделей, представляющих биологический интерес. |
| Типы данных захвачены | вычислительные модели |
| Организмы | все |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | EMBL-EBI , BI , Калтех |
| Первичное цитирование | PMID 20587024 |
| Дата выпуска | 2005 г. |
| Доступ | |
| Стандарты | МИРИАМ |
| Формат данных | SBML , BioPAX , SciLab , Октав , XPP, VCML, RDF / XML |
| Веб-сайт | Главный экземпляр EBI , зеркало Caltech |
| Скачать URL | EBI FTP |
| URL-адрес веб-службы | МЫЛО |
| Инструменты | |
| Интернет | Отображение модели, несколько стратегий просмотра, расширенный поиск, массовая загрузка, модель месяца |
| Разное | |
| Лицензия | CC0 Посвящение в общественное достояние |
| Версия | 28 (сентябрь 2014 г.) |
| Политика курирования | да (руководство) |
| Добавляемые в закладки объекты | да |
BioModels - это бесплатный репозиторий с открытым исходным кодом для хранения, обмена и извлечения количественных моделей, представляющих биологический интерес, созданных в 2006 году. [1] [2] [3] Все модели в курируемом разделе базы данных BioModels были описаны в рецензируемых научная литература.
Модели, хранящиеся в курируемой ветке BioModels, соответствуют MIRIAM , стандарту редактирования и аннотации моделей. Кураторы смоделировали модели, чтобы убедиться, что при запуске моделирования они дают те же результаты, что описаны в публикации. Компоненты модели снабжены аннотациями, поэтому пользователи могут легко идентифицировать каждый элемент модели и получать дополнительную информацию из других ресурсов.
Разработчики моделей могут отправлять модели в форматах SBML и CellML . Впоследствии модели могут быть загружены в SBML , VCML , XPP , SciLab , Octave , BioPAX и RDF / XML . Сети реакций моделей представлены в некоторых графических форматах, таких как PNG , SVG и графический Java- апплет , в котором некоторые сети были представлены с помощью следующих графических обозначений системной биологии . Краткое изложение каждой модели доступно в формате PDF .
Содержание [ править ]
BioModels состоит из нескольких веток. Кураторская ветка содержит хорошо отобранные и аннотированные модели. Не курируемая ветвь предоставляет модели, которые еще не курируются, не курируются (пространственные модели, стационарные модели и т. Д.) Или слишком велики для курирования. Не курируемые модели позже могут быть перемещены в курируемую ветку. В репозитории также размещаются модели, которые были автоматически созданы из баз данных путей.
Все модели находятся в свободном доступе по лицензии Creative Commons CC0 Public Domain Dedication и могут быть легко доступны через веб-сайт или веб-службы . [4] Также можно скачать архивы всех моделей с FTP-сервера EBI .
Компания BioModels объявила о своем 31-м выпуске 26 июня 2017 года. [5] Сейчас она публично предоставляет 144 710 моделей. Это соответствует 1640 моделям, опубликованным в литературе, и 143 070 моделям, автоматически созданным из ресурсов путей.
Размещение моделей в биомоделях поддерживается многими научными журналами, включая « Молекулярную системную биологию» , все журналы Публичной научной библиотеки , все журналы BioMed Central и все журналы, издаваемые Королевским химическим обществом .
Развитие [ править ]
BioModels разрабатывается командой BioModels.net в EMBL - EBI , Великобритания, лабораторией Le Novère в Институте Бабрахама , Великобритания, и командой SBML в Калифорнийском технологическом институте, США. [6]
Финансирование [ править ]
Разработка биомоделей финансировалась за счет средств Европейской лаборатории молекулярной биологии , Совета по исследованиям биотехнологии и биологических наук , Инициативы инновационных лекарственных средств , Седьмой рамочной программы (FP7) , Национального института общих медицинских наук , DARPA и Национального центра. для исследовательских ресурсов .
Ссылки [ править ]
- ^ Ле Новер Н., Борнштейн Б., Бройхер А., Курто М., Донизелли М., Дхарури Х., Ли Л., Сауро Х., Шилстра М., Шапиро Б., Сноуп Дж. Л., База данных биомоделей Hucka M. : Бесплатная централизованная база данных тщательно отобранных опубликованных количественных кинетических моделей биохимических и клеточных систем. Nucleic Acids Research (2006), 34: D689-D691.
- ^ Ли, Чен; Донизелли, Марко; Родригес, Николас; Дхарури, Хариш; Эндлер, Лукас; Челлия, Виджаялакшми; Ли, Лу; Он, Энуо; Генри, Арно; Стефан, Мелани I; Сноуп, Джеки Л; Хука, Майкл; Ле Новер, Николя; Лайбе, Камилла (2010). «База данных биомоделей: расширенный, тщательно отобранный и аннотированный ресурс для опубликованных количественных кинетических моделей» . BMC Systems Biology . 4 (1): 92. DOI : 10,1186 / 1752-0509-4-92 . PMC 2909940 . PMID 20587024 .
- ^ Chelliah В., Juty Н., Ajmera И., Раза А., Dumousseau М., Glont М., Hucka М., Jalowicki Г., Keating С., Найт-Шриджвер В., Ллорет-жилые дома А., Натараян К., Петтит Ж.-Б., Родригес Н., Шуберт М., Вималаратн С., Чжоу Ю., Хермьякоб Х., Ле Новер Н., Лайбе К. Биомодели: десятилетний юбилей. Исследование нуклеиновых кислот (2015) 43 (D1): D542-D548.
- ^ Li С, Courtot М. Ле Novère Н. и Laibe C (2009) BioModels.net Web Services, бесплатный и интегрированный инструментарий для вычислительного моделирования программного обеспечения, Брифинги в биоинформатике, DOI : 10,1093 / нагрудник / bbp056
- ^ База данных BioModels: Хинкстон, 26 июня 2017 г.
- ^ Спонсоры и сотрудники BioModels
Внешние ссылки [ править ]
- Официальный сайт BioModels
- Сайт Caltech Mirror
