• сборка стрессовых гранул • процесс апоптоза • негативная регуляция трансляции • негативная регуляция активности эндопептидазы цистеинового типа, участвующая в апоптотическом процессе • передача внутриклеточного сигнала GO: 0007243 • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • биогенез рибосом • негативная регуляция внутренней апоптотической передачи сигналов путь • процесс иммунной системы • сегрегация хромосом • негативная регуляция сборки белкового комплекса • ответ на вирус • негативная регуляция апоптотического процесса • Сигнальный путь Wnt • позитивная регуляция трансляции • локализация белка в цитоплазматической стрессовой грануле • транскрипция, ДНК-шаблон • клеточный ответ на осмотический стресс • позитивная регуляция перехода G1 / S митотического клеточного цикла • внутренний апоптотический сигнальный путь • позитивная регуляция цистеина тип активности эндопептидазы, участвующей в процессе апоптоза • положительная регуляция роста клеток • положительная регуляция экспрессии генов • сборка зрелых рибосом • клеточный ответ на вещество, содержащее мышьяк • отрицательная регуляция роста клеток • позитивная регуляция продукции лиганда 5 хемокинов (мотив CC) • раскручивание вторичной структуры РНК • позитивная регуляция апоптотического процесса • позитивная регуляция репликации вирусного генома • вирусный процесс GO: 0022415 • врожденная иммунная система • позитивная регуляция трансляции инициация • регуляция трансляции • внешний апоптотический сигнальный путь через рецепторы домена смерти • позитивная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • позитивная регуляция продукции интерферона-бета • Раскручивание дуплекса ДНК • дегрануляция нейтрофилов • позитивная регуляция активности протеин-серин / треонинкиназы • позитивная регуляция канонического пути передачи сигналов Wnt • инициация трансляции
АТФ-зависимой РНК - хеликазы DDX3X представляет собой фермент , который у человека кодируется DDX3X гена . [5] [6] [7]
Содержание
1 Функция
2 Субклеточный трафик
3 Роль в раке
4 Клиническое значение
5 См. Также
6 Ссылки
7 Дальнейшее чтение
Функция [ править ]
Белки DEAD-бокса , характеризующиеся консервативным мотивом Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), являются предполагаемыми РНК- геликазами . Они участвуют в ряде клеточных процессов, включающих изменение вторичной структуры РНК, таких как инициация трансляции , ядерный и митохондриальный сплайсинг , а также рибосомы и сплайсосомы.сборка. Основываясь на паттернах их распространения, считается, что некоторые члены этого семейства участвуют в эмбриогенезе, сперматогенезе, а также росте и делении клеток. Этот ген кодирует DEAD-бокс-белок, который специфически взаимодействует с коровым белком вируса гепатита С, что приводит к изменению внутриклеточного местоположения. Этот ген имеет гомолог, расположенный в нерекомбинирующейся области Y-хромосомы. Последовательность белка идентична на 91% между этим геном и Y-связанным гомологом. [7]
Суб-сотовый трафик [ править ]
DDX3X выполняет свои функции в ядре клетки и цитоплазме , покидая ядро через ядерный путь экспорта exportin-1 / CRM1 . Первоначально сообщалось, что для этого взаимодействия необходим домен геликазы DDX3X, в то время как канонические особенности пути переноса , а именно наличие сигнала ядерного экспорта (NES) на DDX3X и связывание Ran-GTP с экспортином-1, были необязательными. [8] Связывание DDX3X с экспортином-1 и его транспортировка с тех пор, как было показано, не требует домена геликазы DDX3X и явно зависит от NES и Ran-GTP. [9]
Роль в раке [ править ]
DDX3X участвует во многих различных типах рака. Например, он аномально экспрессируется в эпителиальных раковых клетках молочной железы, в которых его экспрессия активируется HIF1A во время гипоксии . [10] Повышенная экспрессия DDX3X путем HIF1A в условиях гипоксии инициируется прямым связыванием HIF1A к HIF1A элементу ответа , [10] , как проверено с иммунопреципитацией хроматина и люциферазами репортера . Поскольку на экспрессию DDX3X влияет активность HIF1A, совместная локализация этих белков также была продемонстрирована в образцах ксенотрансплантата опухоли MDA-MB-231 . [10]
В клетках HeLa DDX3X сообщается контролировать прогрессию клеточного цикла через циклин E1 . [11] Более конкретно, было показано, что DDX3X напрямую связывается с 5´ UTR Cyclin E1 и, таким образом, способствует трансляции белка. Было продемонстрировано, что повышенные уровни белка Cyclin E1 опосредуют переход в S-фазу . [11]
Активность DDX3X влияет на выживание, миграцию и распространение меланомы. [12] Клетки меланомы с низкой экспрессией DDX3X обладают высокой миграционной способностью, низкой скоростью пролиферации и пониженной чувствительностью к вемурафенибу . В то время как клетки с высокой экспрессией DDX3X являются чувствительными к лекарствам, более пролиферативными и менее мигрирующими. Эти фенотипы можно объяснить трансляционными эффектами на фактор транскрипции меланомы MITF . [12] 5 'UTR мРНК MITF содержит сложный регулон РНК ( IRES), который связывается и активируется DDX3X. Активация IRES приводит к трансляции мРНК MITF. Мыши, которым вводили клетки меланомы с удаленным IRES, демонстрируют более агрессивное прогрессирование опухоли, включая увеличение метастазов в легкие . [12] Интересно, что на DDX3X при меланоме влияет вемурафениб по неизвестному механизму . Неизвестно, как DDX3X подавляется присутствием вемурафениба. Однако снижение уровней DDX3X во время лечения лекарствами объясняет развитие устойчивых к лекарствам клеток, которые часто обнаруживаются при низкой экспрессии MITF . [12] [13] [14]
Клиническое значение [ править ]
Мутации гена DDX3X связаны с медуллобластомой . [15] [16] [17] При меланоме низкая экспрессия гена связана с плохой выживаемостью без отдаленных метастазов . [12] Кроме того, уровень мРНК DDX3X ниже в сопоставленных биопсиях пострецидивной меланомы у пациентов, получающих вемурафениб, и у пациентов с прогрессирующими опухолями.
См. Также [ править ]
Эукариотический перевод
Белки DExD / H-бокса
DHX29
Ссылки [ править ]
^ a b c GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000215301 - Ensembl , май 2017 г.
^ a b c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000000787 - Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:" . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
↑ Lahn BT, Page DC (октябрь 1997 г.). «Функциональная когерентность Y-хромосомы человека». Наука . 278 (5338): 675–80. DOI : 10.1126 / science.278.5338.675 . PMID 9381176 .
↑ Park SH, Lee SG, Kim Y, Song K (октябрь 1998 г.). «Отнесение гена предполагаемой РНК-геликазы человека, DDX3, к полосам Х-хромосомы человека p11.3 → p11.23». Цитогенетика и клеточная генетика . 81 (3–4): 178–9. DOI : 10.1159 / 000015022 . PMID 9730595 .
^ a b "Ген Entrez: DDX3X DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) полипептид 3, X-связанный" .
^ Yedavalli VS, Neuveut C, Chi YH, Клейман L, Jeang KT (октябрь 2004). «Требование DDX3 DEAD box РНК-геликазы для функции экспорта Rev-RRE ВИЧ-1». Cell . 119 (3): 381–92. DOI : 10.1016 / j.cell.2004.09.029 . PMID 15507209 .
^ Хитон С.М., Аткинсон СК, Суини М.Н., Ян С.Н., Янс Д.А., Борг Н.А. (сентябрь 2019 г.). «Экспортин-1-зависимый ядерный экспорт DEAD-box Helicase DDX3X играет центральную роль в противовирусном иммунитете» . Ячейки . 8 (10): 1181. DOI : 10,3390 / cells8101181 . PMID 31575075 .
^ a b c Ботлагунта М., Кришнамачари Б., Везуна Ф, Виннард П. Т., Бол Г. М., Патель А. Х., Раман V (март 2011 г.). «Экспрессия DDX3 напрямую модулируется индуцируемым гипоксией фактором-1 альфа в эпителиальных клетках молочной железы» . PLOS ONE . 6 (3): e17563. DOI : 10.1371 / journal.pone.0017563 . PMC 3063174 . PMID 21448281 .
^ Б Lai MC, Chang WC, Shieh SY, Тарн WY (ноябрь 2010). «DDX3 регулирует рост клеток посредством контроля трансляции циклина E1» . Молекулярная и клеточная биология . 30 (22): 5444–53. DOI : 10.1128 / MCB.00560-10 . PMC 2976371 . PMID 20837705 .
^ а б в г д Фунг Б., Цесла М., Санна А., Гуцци Н., Беневенти Дж., Цао Тхи Нгок П. и др. (Июнь 2019). «Х-связанная DDX3X РНК-геликаза диктует репрограммирование трансляции и метастазирование в меланоме» . Сотовые отчеты . 27 (12): 3573–3586.e7. DOI : 10.1016 / j.celrep.2019.05.069 . PMID 31216476 .
^ Мюллер J, Krijgsman O, Цой J, Роберт L, Хьюго W, Сонг C, и др. (Декабрь 2014 г.). «Низкое соотношение MITF / AXL предсказывает раннюю резистентность к нескольким целевым лекарствам при меланоме» . Nature Communications . 5 (1): 5712. DOI : 10.1038 / ncomms6712 . PMC 4428333 . PMID 25502142 .
^ Konieczkowski ди - джей, Йоханнессен СМ, Abudayyeh О, Ким JW, Купер З.А., Piris А, и др. (Июль 2014 г.). «Различие в состоянии клеток меланомы влияет на чувствительность к ингибиторам пути MAPK» . Открытие рака . 4 (7): 816–27. DOI : 10.1158 / 2159-8290.CD-13-0424 . PMC 4154497 . PMID 24771846 .
^ Робинсон Г., Паркер М., Краненбург Т.А., Лу С, Чен Х, Динг Л. и др. (Август 2012 г.). «Новые мутации нацелены на отдельные подгруппы медуллобластомы» . Природа . 488 (7409): 43–8. DOI : 10.1038 / nature11213 . PMC 3412905 . PMID 22722829 .
^ Jones DT, Jäger N, Kool M, Zichner T, Hutter B, Sultan M и др. (Август 2012 г.). «Рассмотрение геномной сложности, лежащей в основе медуллобластомы» . Природа . 488 (7409): 100–5. DOI : 10.1038 / nature11284 . PMC 3662966 . PMID 22832583 .
^ Пью TJ, Weeraratne SD, Archer TC, Pomeranz Krummel DA, Auclair D, Bochicchio J и др. (Август 2012 г.). «Секвенирование экзома медуллобластомы выявляет соматические мутации, специфичные для подтипа» . Природа . 488 (7409): 106–10. DOI : 10.1038 / nature11329 . PMC 3413789 . PMID 22820256 .
Дальнейшее чтение [ править ]
Li L, Li HS, Pauza CD, Bukrinsky M, Zhao RY (2006). «Роль вспомогательных белков ВИЧ-1 в вирусном патогенезе и взаимодействиях хозяин-патоген» . Клеточные исследования . 15 (11–12): 923–34. DOI : 10.1038 / sj.cr.7290370 . PMID 16354571 .
Овсянка А.М., Патель А.Х. (май 1999 г.). «Корневой белок вируса гепатита С взаимодействует с человеческим DEAD-бокс-белком DDX3». Вирусология . 257 (2): 330–40. DOI : 10.1006 / viro.1999.9659 . PMID 10329544 .
Мамия Н., Ворман Х. Дж. (Май 1999 г.). «Основной белок вируса гепатита С связывается с DEAD-бокс-РНК-геликазой» . Журнал биологической химии . 274 (22): 15751–6. DOI : 10.1074 / jbc.274.22.15751 . PMID 10336476 .
Ягуэ Дж., Альварес И., Рогнан Д., Рамос М., Васкес Дж., Де Кастро Дж. А. (июнь 2000 г.). «N-ацетилированный природный лиганд человеческого лейкоцитарного антигена гистосовместимости (HLA) -B39. Классические белки класса I главного комплекса гистосовместимости связывают пептиды с заблокированным NH (2) концом in vivo» . Журнал экспериментальной медицины . 191 (12): 2083–92. DOI : 10.1084 / jem.191.12.2083 . PMC 2193201 . PMID 10859333 .
Ким И.С., Ли С.Г., Пак С.Х., Сон К. (октябрь 2001 г.). «Генная структура DDX3 человека и хромосомное картирование его родственных последовательностей». Молекулы и клетки . 12 (2): 209–14. PMID 11710523 .
Ли Дж., Хокинс И.С., Харви К.Д., Дженнингс Дж. Л., Линк А. Дж., Паттон Дж. Г. (ноябрь 2003 г.). «Регулирование альтернативного сплайсинга с помощью SRrp86 и взаимодействующих с ним белков» . Молекулярная и клеточная биология . 23 (21): 7437–47. DOI : 10.1128 / MCB.23.21.7437-7447.2003 . PMC 207616 . PMID 14559993 .
Шу Х, Чен С., Би К., Мамби М., Бреккен Д.Л. (март 2004 г.). «Идентификация фосфопротеинов и их сайтов фосфорилирования в клеточной линии лимфомы WEHI-231 B» . Молекулярная и клеточная протеомика . 3 (3): 279–86. DOI : 10.1074 / mcp.D300003-MCP200 . PMID 14729942 .
Bouwmeester T, Bauch A, Ruffner H, Angrand PO, Bergamini G, Croughton K, Cruciat C, Eberhard D, Gagneur J, Ghidelli S, Hopf C, Huhse B, Mangano R, Michon AM, Schirle M, Schlegl J, Schwab M , Stein MA, Bauer A, Casari G, Drewes G, Gavin AC, Jackson DB, Joberty G, Neubauer G, Rick J, Kuster B, Superti-Furga G (февраль 2004 г.). «Физическая и функциональная карта пути передачи сигнала TNF-альфа / NF-каппа B человека». Природа клеточной биологии . 6 (2): 97–105. DOI : 10.1038 / ncb1086 . PMID 14743216 .
Yedavalli VS, Neuveut C, Chi YH, Kleiman L, Jeang KT (октябрь 2004 г.). «Требование DDX3 DEAD box РНК-геликазы для функции экспорта Rev-RRE ВИЧ-1». Cell . 119 (3): 381–92. DOI : 10.1016 / j.cell.2004.09.029 . PMID 15507209 .
Dayton AI (октябрь 2004 г.). «Внутри тебя, без тебя: ВИЧ-1 Rev и экспорт РНК» . Ретровирология . 1 : 35. DOI : 10,1186 / 1742-4690-1-35 . PMC 526764 . PMID 15516266 .
Кришнан В., Цайхнер С.Л. (декабрь 2004 г.). «Изменения в экспрессии DEAD-бокса и других связывающих РНК белков во время репликации ВИЧ-1» . Ретровирология . 1 : 42. DOI : 10,1186 / 1742-4690-1-42 . PMC 543576 . PMID 15588285 .
Раш Дж., Мориц А., Ли К.А., Го А., Госс В.Л., Спек Э.Д., Чжан Х., Чжа Х.М., Полакевич Р.Д., Гребень М.Д. (январь 2005 г.) «Иммуноаффинное профилирование фосфорилирования тирозина в раковых клетках». Природа Биотехнологии . 23 (1): 94–101. DOI : 10.1038 / nbt1046 . PMID 15592455 .
Тао В.А., Вольшайд Б., О'Брайен Р., Энг Дж. К., Ли XJ, Боденмиллер Б., Уоттс Д. Д., Худ Л., Эберсолд Р. (август 2005 г.). «Количественный анализ фосфопротеома с использованием химии конъюгации дендримеров и тандемной масс-спектрометрии». Природные методы . 2 (8): 591–8. DOI : 10.1038 / nmeth776 . PMID 16094384 .
Gevaert K, Staes A, Van Damme J, De Groot S, Hugelier K, Demol H, Martens L, Goethals M, Vandekerckhove J (сентябрь 2005 г.). «Глобальный анализ фосфопротеома гепатоцитов человека HepG2 с использованием обращенно-фазовой диагональной ЖК». Протеомика . 5 (14): 3589–99. DOI : 10.1002 / pmic.200401217 . PMID 16097034 .
Chang PC, Chi CW, Chau GY, Li FY, Tsai YH, Wu JC, Wu Lee YH (март 2006 г.). «DDX3, DEAD-бокс-РНК-геликаза, не регулируется при гепатоцеллюлярной карциноме, связанной с вирусом гепатита, и участвует в контроле роста клеток» . Онкоген . 25 (14): 1991–2003. DOI : 10.1038 / sj.onc.1209239 . PMID 16301996 .
vтеPDB галерея
2i4i : Кристаллическая структура DEAD-бокс-РНК-геликазы человека DDX3X
