Панель генетических эталонов дрозофилы (DGRP) - это набор линий Drosophila melanogaster, полученных из пересеченной популяции в Роли , Северная Каролина . Основатели этих линий были собраны от рынка Рейли государства Фармера [1] 35,764254 ° N 78,662935 ° W . Набор состоит из 205 полностью секвенированных линий, которые были инбредированы почти до гомозиготности . Основная цель DGRP - предоставить общий набор штаммов для количественных генетических исследований у дрозофилы.35 ° 45′51 ″ с.ш. 78 ° 39′47 ″ з.д. / . Каждый исследователь, использующий строки из DGRP, будет иметь доступ к данным других исследователей, которые будут храниться в общедоступной базе данных. Это позволяет проводить анализ в разных исследованиях, не беспокоясь об осложнениях, возникающих в разных лабораториях с использованием геномически разных линий плодовых мушек. [2] [3]
Цели
Эти строки полезны для выполнения карт QTL , поскольку каждая строка полностью упорядочена. Это позволяет выполнять ассоциативное картирование , которое ищет области генома, которые коррелируют с фенотипом. По мере того как лаборатории производят карты QTL , вырисовывается полная картина генома дрозофилы с беспрецедентным разрешением. В настоящее время исследователи изучают десятки количественных признаков , включая продолжительность жизни , фототаксис , брачное поведение , морфологию крыльев и предпочтение места для откладки яиц.
Текущее использование
Пилотное подтверждение концепции и разработки DGRP было получено в лаборатории Trudy Mackay в Роли, Северная Каролина. Секвенирование было выполнено Центром секвенирования медицинского колледжа Бейлора в сотрудничестве с Ричардом Гиббсом и Стивеном Ричардсом .
Предварительные данные о последовательности можно получить из общедоступной базы данных, размещенной Медицинским колледжем Бейлора в Техасском медицинском центре . [4] Необработанные данные секвенирования из проекта можно найти в архиве чтения последовательности NCBI. [5]
Конкретные исследования
Предварительные данные были представлены Американским генетическим обществом в Бостоне , штат Массачусетс . Исследование исследует поведение сна в дрозофилы , чтобы раскрыть гены, которые ответственны. Данные показывают, что по крайней мере 998 генов ответственны за некоторые из поддающихся измерению вариаций, в том числе гены - кандидаты CrebB-17A , брюквы , шейкер и ген, кодирующий рецептор эпидермального фактора роста, все были вовлечены в другие исследования как вовлеченные в поведение во сне . [6]
Исследователи также обнаружили генотип по взаимодействию с диетой, который определяет фенотипические вариации. Недавно опубликованные данные показывают, что взаимодействие между геномом мухи и окружающей средой играет существенную роль в определении фенотипа. Это говорит о том, что некоторые люди, соблюдающие диету с высоким содержанием жиров, страдают ожирением, но могут сохранять более стройный фенотип на диете с высоким содержанием сахара. [7]
Рекомендации
- ^ "NCDA & CS - Отдел маркетинга - Фермерский рынок Роли" . www.ncagr.gov .
- ^ [1] Архивировано 1 января 2011 г. на Wayback Machine [ требуется полная ссылка ]
- ^ Huang, W .; Massouras, A .; Inoue, Y .; Peiffer, J .; Ramia, M .; Tarone, AM; Turlapati, L .; Зихнер, Т .; Zhu, D .; Лайман, РФ; Magwire, MM; Бланкенбург, К .; Карбон, Массачусетс; Chang, K .; Эллис, LL; Fernandez, S .; Han, Y .; Highnam, G .; Hjelmen, CE; Джек, младший; Javaid, M .; Jayaseelan, J .; Kalra, D .; Lee, S .; Lewis, L .; Munidasa, M .; Ongeri, F .; Patel, S .; Perales, L .; Perez, A .; Pu, L .; Роллманн, С.М. Ruth, R .; Saada, N .; Warner, C .; Уильямс, А .; Wu, Y.-Q .; Ямамото, А .; Zhang, Y .; Zhu, Y .; Анхольт, Р.Р.Х .; Korbel, JO; Mittelman, D .; Музны, ДМ; Гиббс, РА; Барбадилла, А .; Джонстон, JS; Stone, EA; Richards, S .; Deplancke, B .; Маккей, TFC (8 апреля 2014 г.). «Естественные вариации в архитектуре генома среди 205 линий генетической справочной панели Drosophila melanogaster» . Геномные исследования . 24 (7): 1193–1208. DOI : 10.1101 / gr.171546.113 . PMC 4079974 . PMID 24714809 .
- ^ «Архивная копия» . Архивировано из оригинала на 2010-12-19 . Проверено 17 февраля 2011 .CS1 maint: заархивированная копия как заголовок ( ссылка )
- ^ «Исследования: Обзор: Архив чтения последовательности: NCBI / NLM / NIH» . trace.ncbi.nlm.nih.gov .
- ^ Хьюз, Вирджиния (14 июня 2010 г.). «Тревожный звонок для дремлющей дрозофилы». Природа . DOI : 10.1038 / news.2010.298 .
- ^ Рид, Лаура К .; Уильямс, Стефани; Спрингстон, Мастафа; Браун, Джули; Фриман, Кенда; DesRoches, Christie E .; Sokolowski, Marla B .; Гибсон, Грег (июль 2010 г.). «Взаимодействие генотипа с диетой приводит к изменению метаболического фенотипа у Drosophila melanogaster » . Генетика . 185 (3): 1009–1019. DOI : 10.1534 / genetics.109.113571 . PMC 2907188 .