Эпсилонпротеобактерии | |
---|---|
Campylobacter | |
Научная классификация | |
Домен: | Бактерии |
Тип: | Протеобактерии |
Класс: | Эпсилонпротеобактерии |
Заказы | |
Эпсилонпротеобактерии - это класс протеобактерий . [1] Все виды этого класса, как и все протеобактерии, грамотрицательные .
Эпсилонпротеобактерии состоят из нескольких известных родов, в основном изогнутых до спириллоидов Wolinella spp., Helicobacter spp. И Campylobacter spp. Большинство известных видов обитают в пищеварительном тракте животных и служат симбионтами ( виды Wolinella у крупного рогатого скота ) или патогенами ( виды Helicobacter в желудке, виды Campylobacter в двенадцатиперстной кишке). Многие эпсилонпротеобактерии подвижны со жгутиками. [2]
Многочисленные экологические последовательности и изоляты Epsilonproteobacteria также были извлечены из гидротермальных источников и мест обитания холодных просачиваний . Примеры включают в себя изолятов Sulfurimonas autotrophica , [3] Sulfurimonas paralvinellae , [4] Sulfurovum lithotrophicum [5] и Nautilia profundicola . [6] Представитель класса Epsilonproteobacteria встречается как эндосимбионт в больших жабрах глубоководной морской улитки Alviniconcha hessleri . [7]
Эпсилонпротеобактерии, обнаруженные в глубоководных гидротермальных источниках, обычно проявляют хемолитотрофию, удовлетворяя свои потребности в энергии за счет окисления восстановленной серы, формиата или водорода в сочетании с восстановлением нитрата или кислорода. [8] Автотрофные эпсилонпротеобактерии используют обратный цикл Кребса для фиксации углекислого газа в биомассе, путь, который первоначально считался не имеющим большого значения для окружающей среды. Чувствительность к кислороду этого пути согласуется с их микроаэрофильной или анаэробной нишей в этих средах и их вероятной эволюцией в мезопротерозойских океанах [9], которые, как полагают, были сульфидными с низким уровнем кислорода, доступного в результате фотосинтеза цианобактерий. [10]
Филогения [ править ]
В настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) [11] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI) [12], а филогения основана на выпуске 106 LTP на основе 16S рРНК, разработанном «The Проект "Живое дерево всех видов" [13]
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Заметки:
- Прокариоты, у которых чистые ( аксенические ) культуры не изолированы или недоступны, т. Е. Не культивируются или не могут поддерживаться в культуре более чем на несколько серийных пассажей
Ссылки [ править ]
- ^ "www.ncbi.nlm.nih.gov" . Проверено 19 марта 2009 .
- ^ Биби, M (декабрь 2015). «Подвижность в эпсилон-протеобактериях». Текущее мнение в микробиологии . 28 : 115–21. DOI : 10.1016 / j.mib.2015.09.005 . hdl : 10044/1/27763 . PMID 26590774 .
- ^ Инагаки, F. (2003-11-01). «Sulfurimonas autotrophica gen. Nov., Sp. Nov., Новая окисляющая серу протеобактерия, выделенная из гидротермальных отложений Срединно-Окинавского прогиба». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (6): 1801–1805. DOI : 10.1099 / ijs.0.02682-0 . ISSN 1466-5026 . PMID 14657107 .
- ^ Такай, К. (2006-08-01). "Sulfurimonas paralvinellae sp. Nov., Новый мезофильный, окисляющий водород и серу хемолитоавтотроф внутри эпсилонпротеобактерий, выделенных из гнезда полихет в глубоководных гидротермальных источниках, реклассификация Thiomicrospira denitrificans как Sulfurimonas novrificans и описание Sulfurimonas novrificans. Сульфуримонас » . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (8): 1725–1733. DOI : 10.1099 / ijs.0.64255-0 . ISSN 1466-5026 . PMID 16901999 .
- ^ Инагаки, Фумио; Кен Такай; Кеннет Х. Нилсон; Коки Хорикоши (2004-09-01). «Sulfurovum lithotrophicum gen. Nov., Sp. Nov., Новый окисляющий серу хемолитоавтотроф в составе ε-протеобактерий, выделенных из гидротермальных отложений Окинавского желоба» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (5): 1477–1482. DOI : 10.1099 / ijs.0.03042-0 . ISSN 1466-5026 . PMID 15388698 .
- ^ Джули Л. Смит; Барбара Дж. Кэмпбелл; Томас Э. Хэнсон; Чуаньлунь Л. Чжан; С. Крейг Кэри (2008). « Nautilia profundicola sp. Nov., Термофильная, восстанавливающая серу эпсилонпротеобактерия из глубоководных гидротермальных источников». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (7): 1598–1602. DOI : 10.1099 / ijs.0.65435-0 . PMID 18599701 .
- ^ Сузуки, Йохей; Сасаки, Такенори; Сузуки, Масаэ; Ноги, Юичи; Мива, Тэцуя; Такай, Кен; Nealson, Kenneth H .; Хорикоши, Коки (2005). «Новый хемоавтотрофический эндосимбиоз между членом Epsilonproteobacteria и гидротермальным Gastropod Alviniconcha aff. Hessleri ( Gastropoda : Provannidae ) из Индийского океана» . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (9): 5440–5450. DOI : 10,1128 / AEM.71.9.5440-5450.2005 . PMC 1214688 . PMID 16151136 .
- ^ Такай, Кен; и другие. (2005). «Ферментативная и генетическая характеристика углеродного и энергетического метаболизма глубоководных гидротермальных хемолитоавтотрофных изолятов Epsilonproteobacteria » . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (11): 7310–7320. DOI : 10.1128 / aem.71.11.7310-7320.2005 . PMC 1287660 . PMID 16269773 .
- ^ Кэмпбелл, Барбара Дж .; Аннетт Саммерс Энгель; Меган Л. Портер; Кен Такай (2006-05-02). «Универсальные ε-протеобактерии: ключевые игроки в сульфидных средах обитания». Обзоры природы микробиологии . 4 (6): 458–468. DOI : 10.1038 / nrmicro1414 . ISSN 1740-1526 . PMID 16652138 . S2CID 10479314 .
- ^ Анбар, AD; AH Knoll (16 августа 2002 г.). "Химия и эволюция протерозойского океана: биоинорганический мост?". Наука . 297 (5584): 1137–1142. Bibcode : 2002Sci ... 297.1137A . CiteSeerX 10.1.1.615.3041 . DOI : 10.1126 / science.1069651 . PMID 12183619 . S2CID 5578019 .
- ^ JP Euzéby. «Эпсилонпротеобактерии» . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN). Архивировано из оригинала на 2011-10-07 . Проверено 17 ноября 2011 .
- ^ Сэйерс; и другие. «Эпсилонпротеобактерии» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 5 июня 2011 .
- ^ Проект «Живое дерево всех видов» . «Выпуск 106 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF) . Silva Полная база данных рибосомных РНК . Проверено 17 ноября 2011 .
Внешние ссылки [ править ]
- Эпсилонпротеобактерии в Национальных медицинских предметных рубриках США (MeSH)