Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Эпсилонпротеобактерии
ARS Campylobacter jejuni.jpg
Campylobacter
Научная классификация е
Домен:Бактерии
Тип:Протеобактерии
Учебный класс:Эпсилонпротеобактерии
Заказы

Эпсилонпротеобактерии - это класс протеобактерий . [1] Все виды этого класса, как и все протеобактерии, грамотрицательные .

Эпсилонпротеобактерии состоят из нескольких известных родов, в основном изогнутых до спириллоидов Wolinella spp., Helicobacter spp. И Campylobacter spp. Большинство известных видов обитают в пищеварительном тракте животных и служат симбионтами ( виды Wolinella у крупного рогатого скота ) или патогенами ( виды Helicobacter в желудке, Campylobacter spp. В двенадцатиперстной кишке). Многие эпсилонпротеобактерии подвижны со жгутиками. [2]

Многочисленные экологические последовательности и изоляты Epsilonproteobacteria также были извлечены из гидротермальных источников и мест обитания холодных просачиваний . Примеры включают в себя изолятов Sulfurimonas autotrophica , [3] Sulfurimonas paralvinellae , [4] Sulfurovum lithotrophicum [5] и Nautilia profundicola . [6] Представитель класса Epsilonproteobacteria встречается как эндосимбионт в больших жабрах глубоководной морской улитки Alviniconcha hessleri . [7]

Эпсилонпротеобактерии, обнаруженные в глубоководных гидротермальных источниках, характеризуются хемолитотрофией, удовлетворяя свои потребности в энергии за счет окисления восстановленной серы, формиата или водорода в сочетании с восстановлением нитрата или кислорода. [8] Автотрофные эпсилонпротеобактерии используют обратный цикл Кребса для фиксации углекислого газа в биомассе. Первоначально этот путь считался не имеющим большого значения для окружающей среды. Кислородная чувствительность этого пути согласуется с их микроаэрофильной или анаэробной нишей в этих средах и их вероятной эволюцией в мезопротерозойских океанах [9], которые, как полагают, были сульфидными с низким уровнем кислорода, доступного в результате фотосинтеза цианобактерий. [10]

Филогения [ править ]

В настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) [11] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI) [12], а филогения основана на выпуске 106 LTP на основе 16S рРНК, разработанном «The Проект "Живое дерево всех видов" [13]

 
  Nautiliaceae
 

Thioreductor micantisoli Nakagawa et al. 2005 г.

 
 
 

Caminibacter Alain et al. 2002 г.

 
 
 

Lebetimonas acidiphila Takai и др. 2005 г.

 
 

Наутилия Мирошниченко и др. 2002 г.

 
 
 
 
 
 

Nitratiruptor tergarcus Nakagawa et al. 2

 
  Campylobacterales
 

Hydrogenimonas thermophila Takai et al. 2004 г.

 
 
 

? Sulfuricurvum kujiense Kodama and Watanabe 2004 г.

 
 

? Thiovulum majus ♪ Хинце 1913

 
 
 
 

Nitratifractor salsuginis Nakagawa et al. 2005 г.

 
 

Sulfurovum lithotrophicum Инагаки и др. 2004 г.

 
 
 

Sulfurimonas Инагаки и др. 2003 исправление. Takai et al. 2006 г.

 
 
 
  Helicobacteraceae
 

Wolinella Tanner et al. 1981

 
 

Helicobacter Goodwin et al. 1989 исправление. Vandamme et al. 1991 г.

 
 
  Campylobacteraceae
 

? Candidatus Thioturbo danicus Muyzer et al. 2005 г.

 
 

Arcobacter Vandamme et al. 1991 исправление. Vandamme et al. 1992 г.

 
 
 

Sulfurospirillum Schumacher et al. 1993 исправление. Luijten et al. 2003 г.

 
 

Campylobacter Sebald and Véron 1963 исправляют. Vandamme et al. 2010 г.

 
 
 
 
 
 
 
 

Примечания:

  • Прокариоты, у которых чистые ( аксенические ) культуры не изолированы или недоступны, т.е. не культивируются или не могут поддерживаться в культуре более чем на несколько серийных пассажей

Ссылки [ править ]

  1. ^ "www.ncbi.nlm.nih.gov" . Проверено 19 марта 2009 .
  2. ^ Биби, M (декабрь 2015). «Подвижность в эпсилон-протеобактериях». Текущее мнение в микробиологии . 28 : 115–21. DOI : 10.1016 / j.mib.2015.09.005 . hdl : 10044/1/27763 . PMID 26590774 . 
  3. ^ Инагаки, F. (2003-11-01). "Sulfurimonas autotrophica gen. Nov., Sp. Nov., Новая окисляющая серу протеобактерия, выделенная из гидротермальных отложений Средне-Окинавского прогиба". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (6): 1801–1805. DOI : 10.1099 / ijs.0.02682-0 . ISSN 1466-5026 . PMID 14657107 .  
  4. ^ Такай, К. (2006-08-01). "Sulfurimonas paralvinellae sp. Nov., Новый мезофильный, окисляющий водород и серу хемолитоавтотроф внутри эпсилонпротеобактерий, выделенных из гнезда полихет глубоководных гидротермальных источников, реклассификация Thiomicrospira denitrificans как Sulfurimonas novrificans. Сульфуримонас » . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (8): 1725–1733. DOI : 10.1099 / ijs.0.64255-0 . ISSN 1466-5026 . PMID 16901999 .  
  5. ^ Инагаки, Фумио; Кен Такай; Кеннет Х. Нилсон; Коки Хорикоши (2004-09-01). «Sulfurovum lithotrophicum gen. Nov., Sp. Nov., Новый окисляющий серу хемолитоавтотроф в составе ε-протеобактерий, выделенных из гидротермальных отложений Окинавского желоба» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (5): 1477–1482. DOI : 10.1099 / ijs.0.03042-0 . ISSN 1466-5026 . PMID 15388698 .  
  6. ^ Джули Л. Смит; Барбара Дж. Кэмпбелл; Томас Э. Хэнсон; Чуаньлунь Л. Чжан; С. Крейг Кэри (2008). « Nautilia profundicola sp. Nov., Термофильная, восстанавливающая серу эпсилонпротеобактерия из глубоководных гидротермальных источников». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (7): 1598–1602. DOI : 10.1099 / ijs.0.65435-0 . PMID 18599701 . 
  7. ^ Сузуки, Yohey; Сасаки, Такенори; Сузуки, Масаэ; Ноги, Юичи; Мива, Тэцуя; Такай, Кен; Nealson, Kenneth H .; Хорикоши, Коки (2005). «Новый хемоавтотрофический эндосимбиоз между членом Epsilonproteobacteria и гидротермальным Gastropod Alviniconcha aff. Hessleri ( Gastropoda : Provannidae ) из Индийского океана» . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (9): 5440–5450. DOI : 10,1128 / AEM.71.9.5440-5450.2005 . PMC 1214688 . PMID 16151136 .  
  8. ^ Такай, Кен; и другие. (2005). «Ферментативная и генетическая характеристика углеродного и энергетического метаболизма глубоководных гидротермальных хемолитоавтотрофных изолятов Epsilonproteobacteria » (PDF) . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (11): 7310–7320. DOI : 10.1128 / aem.71.11.7310-7320.2005 . PMC 1287660 . PMID 16269773 .   
  9. ^ Кэмпбелл, Барбара Дж .; Аннетт Саммерс Энгель; Меган Л. Портер; Кен Такай (2006-05-02). «Универсальные ε-протеобактерии: ключевые игроки в сульфидных средах обитания». Обзоры природы микробиологии . 4 (6): 458–468. DOI : 10.1038 / nrmicro1414 . ISSN 1740-1526 . PMID 16652138 . S2CID 10479314 .   
  10. ^ Анбар, AD; AH Knoll (16 августа 2002 г.). "Протерозойская химия и эволюция океана: биоинорганический мост?". Наука . 297 (5584): 1137–1142. Bibcode : 2002Sci ... 297.1137A . CiteSeerX 10.1.1.615.3041 . DOI : 10.1126 / science.1069651 . PMID 12183619 . S2CID 5578019 .   
  11. ^ JP Euzéby. «Эпсилонпротеобактерии» . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN). Архивировано из оригинала на 2011-10-07 . Проверено 17 ноября 2011 .
  12. ^ Сэйерс; и другие. «Эпсилонпротеобактерии» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 5 июня 2011 .
  13. ^ Проект «Живое дерево всех видов» . «Выпуск 106 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF) . Silva Полная база данных рибосомных РНК . Проверено 17 ноября 2011 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Epsilonproteobacteria в Национальной медицинской библиотеке США по предметным рубрикам по медицинским вопросам (MeSH)