Послушайте эту статью
Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено из Folding @ Home )
Перейти к навигации Перейти к поиску
Складной @ дома
FAH Logo.svg
Автор (ы) оригиналаВиджай Панде
Разработчики)Лаборатория Панде, Sony , Nvidia , ATI Technologies, Джозеф Коффланд, Cauldron Development [1]
Первый выпуск1 октября 2000 г . ; 20 лет спустя (2000-10-01)
Стабильный выпуск
7.6.21 / 23 октября 2020 г . ; 6 месяцев назад [2] (2020-10-23)
Операционная системаMicrosoft Windows , macOS , Linux , PlayStation 3 (прекращено с версии прошивки 4.30)
ПлатформаIA-32 , x86-64
Доступно ванглийский
ТипРаспределенных вычислений
ЛицензияПроприетарное программное обеспечение [3]
Веб-сайтскладной дом .org

Folding @ home ( FAH или F @ h ) - это проект распределенных вычислений, направленный на то, чтобы помочь ученым разработать новые терапевтические средства для различных заболеваний посредством моделирования динамики белков. Это включает в себя процесс сворачивания белка и движения белков и зависит от моделирования, выполняемого на персональных компьютерах добровольцев. [4] Folding @ home в настоящее время базируется в Вашингтонском университете в Сент-Луисе и возглавляется Грегом Боуменом, бывшим учеником Виджая Панде . [5]

В проекте используются центральные процессоры (ЦП), графические процессоры (ГП), PlayStation 3 , интерфейс передачи сообщений (используемый для вычислений на многоядерных процессорах ) и некоторые смартфоны Sony Xperia для распределенных вычислений и научных исследований. В проекте используется методология статистического моделирования, которая представляет собой смену парадигмы традиционных методов вычислений. [6] В рамках сетевой архитектуры клиент-серверной модели каждая машина, вызванная добровольцами, получает части моделирования (рабочие единицы), завершает их и возвращает их в проектный центр.серверы баз данных , где единицы компилируются в общую симуляцию. Волонтеры могут отслеживать свой вклад на веб-сайте Folding @ home, что делает участие волонтеров конкурентоспособным и поощряет долгосрочное участие.

Folding @ home - одна из самых быстрых компьютерных систем в мире. С повышенным интересом к проекту в результате COVID-19 пандемии , [7] системы достигается скорость примерно 1,22 exaflops к концу марта 2020 года и достиг 2,43 exaflops от 12 апреля 2020 года [8] делает его первым в мире exaflop вычислительная система . Такой уровень производительности крупномасштабной вычислительной сети позволил исследователям проводить дорогостоящие с точки зрения вычислений модели свертывания белков на атомарном уровне в тысячи раз дольше, чем это было достигнуто ранее. С момента своего запуска 1 октября 2000 года лаборатория Pande Lab подготовила 225 научно-исследовательских работ.как прямой результат Folding @ home. [9] Результаты моделирования проекта хорошо согласуются с экспериментами. [10] [11] [12]

Фон [ править ]

Дополнительная информация: Сворачивание белка
Белок до и после сворачивания. Он начинается в нестабильном состоянии случайной катушки и заканчивается в конформации исходного состояния.

Белки являются важным компонентом многих биологических функций и участвуют практически во всех процессах внутри биологических клеток . Они часто действуют как ферменты , выполняя биохимические реакции, включая передачу сигналов клеток , молекулярный транспорт и клеточную регуляцию . В качестве структурных элементов некоторые белки действуют как своего рода скелет для клеток и как антитела , тогда как другие белки участвуют в иммунной системе . Прежде чем белок сможет взять на себя эти роли, он должен сложиться в функциональную трехмерную структуру , процесс, который часто происходит спонтанно и зависит от взаимодействий внутри него.аминокислотная последовательность и взаимодействие аминокислот с окружающей средой. Сворачивание белка обусловлено поиском наиболее энергетически выгодной конформации белка, то есть его нативного состояния . Таким образом, понимание сворачивания белка имеет решающее значение для понимания того, что делает белок и как он работает, и считается святым Граалем вычислительной биологии . [13] [14] Несмотря на то, что сворачивание происходит в многолюдной клеточной среде , оно обычно протекает плавно. Однако из-за химических свойств белка или других факторов, белки могут неправильно складываться., то есть свернуть неправильный путь и в конечном итоге деформироваться. Если клеточные механизмы не могут разрушать или повторно укладывать неправильно свернутые белки, они могут впоследствии агрегироваться и вызывать множество изнурительных заболеваний. [15] Лабораторные эксперименты, изучающие эти процессы, могут быть ограничены по объему и атомным деталям, что заставляет ученых использовать компьютерные модели, основанные на физике, которые, дополняя эксперименты, стремятся предоставить более полную картину сворачивания, неправильного сворачивания и агрегации белков. [16] [17]

Из-за сложности конформации или конфигурационного пространства белков (набора возможных форм, которые может принимать белок) и ограничений вычислительной мощности, моделирование молекулярной динамики всех атомов сильно ограничено во временных масштабах, которые они могут изучать. В то время как большинство белков обычно складываются за миллисекунды [16] [18] до 2010 года, моделирование могло достигать временных масштабов от наносекунд до микросекунд. [10] Для моделирования сворачивания белков использовались универсальные суперкомпьютеры , но такие системы по своей сути дороги и обычно используются многими исследовательскими группами. Кроме того, поскольку вычисления в кинетических моделях происходят последовательно, сильное масштабированиеТрадиционное молекулярное моделирование этих архитектур исключительно сложно. [19] [20] Более того, поскольку сворачивание белка является случайным процессом (т.е. случайным) и может статистически изменяться с течением времени, сложно с вычислительной точки зрения использовать длительное моделирование для всестороннего представления процесса сворачивания. [21] [22]

Folding @ home использует модели состояния Маркова , подобные изображенной на схеме, чтобы смоделировать возможные формы и пути сворачивания, которые белок может принять, когда он конденсируется из своего начального случайно свернутого состояния (слева) в свою естественную трехмерную структуру (справа).

Сворачивание белка не происходит за один этап. [15] Вместо этого белки проводят большую часть времени сворачивания, в некоторых случаях почти 96% [23], ожидая в различных промежуточных конформационных состояниях, каждое из которых является локальным термодинамическим минимумом свободной энергии в энергетическом ландшафте белка . Благодаря процессу, известному как адаптивная выборка , эти конформации используются Folding @ home в качестве отправных точек для набора траекторий моделирования. По мере того, как симуляции обнаруживают больше конформаций, траектории перезапускаются с них, и из этого циклического процесса постепенно создается модель марковского состояния (МСМ). МСМ работают с дискретным временем модели основных уравнений, которые описывают конформационный и энергетический ландшафт биомолекулы как набор отдельных структур и короткие переходы между ними. Метод модели марковского состояния с адаптивной выборкой значительно повышает эффективность моделирования, поскольку он позволяет избежать вычислений внутри самого локального минимума энергии и поддается распределенным вычислениям (в том числе на GPUGRID ), поскольку он позволяет статистическое агрегирование коротких независимых траекторий моделирования. [24] Время, необходимое для построения модели состояния Маркова, обратно пропорционально количеству запущенных параллельных симуляций, то есть количеству доступных процессоров. Другими словами, достигается линейное распараллеливание , что дает примерно четыресокращение общего времени серийных расчетов на порядки . Завершенный МСМ может содержать десятки тысяч образцов состояний из фазового пространства белка (все конформации, которые может принимать белок) и переходы между ними. Модель иллюстрирует события сворачивания и пути (т. Е. Маршруты), и исследователи могут позже использовать кинетическую кластеризацию, чтобы просмотреть крупнозернистое представление иначе очень подробной модели. Они могут использовать эти МСМ, чтобы выявить неправильное сворачивание белков и количественно сравнить моделирование с экспериментами. [6] [21] [25]

Между 2000 и 2010 годами длина изученных Folding @ home белков увеличилась в четыре раза, в то время как его временные рамки для моделирования сворачивания белков увеличились на шесть порядков. [26] В 2002 году Folding @ home использовала модели состояния Маркова для выполнения примерно миллиона процессорных дней моделирования в течение нескольких месяцев [12], а в 2011 году MSM распараллелили еще одно моделирование, которое потребовало в совокупности 10 миллионов процессорных часов вычислений. . [27] В январе 2010 года Folding @ home использовала МСМ для моделирования динамики медленного сворачивания 32- остатка.Белок NTL9 сократился до 1,52 миллисекунды, временной масштаб соответствует экспериментальным предсказаниям скорости сворачивания, но в тысячу раз больше, чем достигалось ранее. Модель состояла из множества отдельных траекторий, каждая на два порядка короче, и обеспечивала беспрецедентный уровень детализации энергетического ландшафта белка. [6] [10] [28] В 2010 году исследователь Folding @ home Грегори Боуман был награжден премией Thomas Kuhn Paradigm Shift от Американского химического общества за разработку программного обеспечения MSMBuilder с открытым исходным кодом и за достижение количественного согласия между теорией и экспериментом. . [29] [30]За свою работу Панде был награжден премией Майкла и Кейт Барани для молодых исследователей в 2012 г. за «разработку определяющих и изменяющих поле вычислительных методов для создания ведущих теоретических моделей сворачивания белков и РНК » [31] и награды Ирвинга Сигала Янга 2006 г. Премия исследователя за результаты моделирования, которые «стимулировали пересмотр смысла как ансамблевых, так и одиночных измерений, сделав усилия Панде новаторским вкладом в методологию моделирования». [32]

Примеры применения в биомедицинских исследованиях [ править ]

Неправильная упаковка белков может привести к множеству заболеваний, включая болезнь Альцгеймера, рак , болезнь Крейтцфельдта – Якоба , муковисцидоз , болезнь Хантингтона, серповидно-клеточную анемию и диабет II типа . [15] [33] [34] Клеточная инфекция вирусами, такими как ВИЧ и грипп, также включает события сворачивания на клеточных мембранах . [35] Как только неправильное сворачивание белков будет лучше изучено, можно будет разработать методы лечения, которые увеличивают естественную способность клеток регулировать сворачивание белка. Такие методы лечениявключают использование сконструированных молекул для изменения продукции данного белка, помощи в разрушении неправильно свернутого белка или помощи в процессе сворачивания. [36] Сочетание вычислительного молекулярного моделирования и экспериментального анализ имеет возможность коренным образом определять будущее молекулярной медицины и рациональный дизайн терапии , [17] , такие как ускорение и снижение затрат на открытии препарата . [37] Целью первых пяти лет существования Folding @ home было продвинуться в понимании складывания, в то время как текущая цель - понять неправильное свертывание и связанные с ним заболевания, особенно болезнь Альцгеймера. [38]

Моделирование, проводимое в Folding @ home, используется в сочетании с лабораторными экспериментами [21], но исследователи могут использовать их для изучения того, как складывание in vitro отличается от складывания в естественной клеточной среде. Это полезно при изучении аспектов сворачивания, неправильного сворачивания и их связи с заболеванием, которые трудно наблюдать экспериментально. Например, в 2011 году Folding @ home смоделировал сворачивание белка внутри выходного туннеля рибосом , чтобы помочь ученым лучше понять, как естественное ограничение и скученность могут влиять на процесс сворачивания. [39] [40] Кроме того, ученые обычно используют химические денатуранты.чтобы развернуть белки из их стабильного нативного состояния. Обычно не известно, как денатурант влияет на рефолдинг белка, и сложно экспериментально определить, содержат ли эти денатурированные состояния остаточные структуры, которые могут влиять на поведение сворачивания. В 2010 году Folding @ home использовала графические процессоры для моделирования развернутых состояний Protein L и предсказала скорость его коллапса, что полностью согласуется с экспериментальными результатами. [41]

Большие наборы данных из проекта бесплатно доступны для использования другими исследователями по запросу, а к некоторым можно получить доступ на веб-сайте Folding @ home. [42] [43] Лаборатория Pande сотрудничала с другими системами молекулярной динамики, такими как суперкомпьютер Blue Gene , [44] и они делятся ключевым программным обеспечением Folding @ home с другими исследователями, так что алгоритмы, которые помогли Folding @ home, могут помочь другим научные направления. [42] В 2011 году они выпустили программное обеспечение Copernicus с открытым исходным кодом, которое основано на MSM Folding @ home и других методах распараллеливания и направлено на повышение эффективности и масштабирования молекулярного моделирования на больших компьютерных кластерах или суперкомпьютерах .[45] [46] Обобщения всех научных результатов Folding @ home после публикации размещаются на веб-сайте Folding @ home. [47]

Болезнь Альцгеймера [ править ]

Болезнь Альцгеймера связана с агрегацией фрагментов бета-амилоидного белка в головном мозге (справа). Исследователи использовали Folding @ home для моделирования этого процесса агрегации, чтобы лучше понять причину заболевания.

Болезнь Альцгеймера - неизлечимое нейродегенеративное заболевание, которое чаще всего поражает пожилых людей и составляет более половины всех случаев деменции . Его точная причина остается неизвестной, но болезнь идентифицирована как болезнь неправильного свертывания белка . Болезнь Альцгеймера связана с токсическими агрегациями в амилоидных бета (A & beta ; ) пептида , вызванных A & beta ; и неправильное сворачивание слипания вместе с другими пептидами A & beta. Эти агрегаты Aβ затем вырастают в значительно более крупные старческие бляшки , патологический маркер болезни Альцгеймера. [48] [49] [50]Из-за гетерогенной природы этих агрегатов экспериментальные методы, такие как рентгеновская кристаллография и ядерный магнитный резонанс (ЯМР), столкнулись с трудностями при определении их структур. Более того, атомное моделирование агрегации Aβ очень требовательно к вычислениям из-за их размера и сложности. [51] [52]

Согласно Наиму и Фазили в обзорной статье, предотвращение агрегации Aβ - многообещающий метод разработки терапевтических препаратов для лечения болезни Альцгеймера . [53] В 2008 году Folding @ home смоделировала динамику агрегации Aβ с атомарными деталями в течение времени порядка десятков секунд. Предыдущие исследования могли моделировать только около 10 микросекунд. Folding @ home смогла имитировать складывание Aβ на шесть порядков дольше, чем это было возможно раньше. Исследователи использовали результаты этого исследования, чтобы идентифицировать бета-шпильку, которая была основным источником молекулярных взаимодействий внутри структуры. [54]Исследование помогло подготовить лабораторию Панде к будущим исследованиям агрегации и дальнейшим исследованиям по поиску небольшого пептида, который может стабилизировать процесс агрегации. [51]

В декабре 2008 года Folding @ home обнаружила несколько небольших лекарств-кандидатов, которые, по-видимому, подавляют токсичность агрегатов Aβ. [55] В 2010 году в тесном сотрудничестве с Центром машин для сворачивания белков эти лекарственные препараты начали тестироваться на биологических тканях . [34] В 2011 году Folding @ home завершила моделирование нескольких мутаций Aβ, которые, по-видимому, стабилизируют образование агрегатов, что может помочь в разработке терапевтических лекарственных препаратов для лечения этого заболевания и в значительной степени помочь в экспериментальных исследованиях олигомеров Aβ с помощью спектроскопии ядерного магнитного резонанса. . [52] [56]Позже в том же году Folding @ home начал моделирование различных фрагментов Aβ, чтобы определить, как различные природные ферменты влияют на структуру и укладку Aβ. [57] [58]

Болезнь Хантингтона [ править ]

Болезнь Хантингтона - это нейродегенеративное генетическое заболевание , связанное с неправильным сворачиванием и агрегацией белков. Чрезмерные повторы по глутамину аминокислоты на N-конце этого гентингтина белок агрегации причины, и хотя поведение повторов не полностью, она делает вывод к когнитивным снижению связанного с этим заболеванием. [59] Как и в случае с другими агрегатами, экспериментальное определение его структуры затруднено. [60] Ученые используют Folding @ home для изучения структуры белкового агрегата хантингтина и прогнозирования его образования, помогая при разработке рационального лекарственного препарата.методы остановки агрегатного образования. [34] Фрагмент N17 белка хантингтина ускоряет эту агрегацию, и хотя было предложено несколько механизмов, его точная роль в этом процессе остается в значительной степени неизвестной. [61] Folding @ home смоделировал этот и другие фрагменты, чтобы прояснить их роль в болезни. [62] С 2008 года методы разработки лекарств от болезни Альцгеймера применялись и к болезни Хантингтона. [34]

Рак [ править ]

Более половины всех известных видов рака включают мутации из р53 , A - супрессор белок , присутствующий в каждой клетке , который регулирует клеточный цикл и сигналы для клеточной гибели в случае повреждения ДНК . Специфические мутации в p53 могут нарушить эти функции, позволяя аномальной клетке продолжать бесконтрольно расти, что приводит к развитию опухолей . Анализ этих мутаций помогает объяснить основные причины рака, связанного с р53. [63] В 2004 году Folding @ home был использован для проведения первого молекулярно-динамического исследования рефолдинга димера белка p53 в моделировании воды на всех атомах.. Результаты моделирования согласуются с экспериментальными наблюдениями и дают представление о рефолдинге димера, что ранее было недостижимо. [64] Это была первая рецензируемая публикация по раку в рамках проекта распределенных вычислений. [65] В следующем году Folding @ home представила новый метод определения аминокислот, критически важных для стабильности данного белка, который затем был использован для изучения мутаций p53. Этот метод оказался достаточно успешным в выявлении мутаций, способствующих развитию рака, и определил эффекты конкретных мутаций, которые иначе нельзя было бы измерить экспериментально. [66]

Folding @ дома также используются для исследования белков наставников , [34] белки теплового шока , которые играют существенную роль в выживании клеток, помогая со складыванием других белков в переполненной и химически стрессовой среде внутри клетки. Быстрорастущие раковые клетки полагаются на специфические шапероны, и некоторые шапероны играют ключевую роль в устойчивости к химиотерапии . Ингибирование этих специфических шаперонов рассматривается как потенциальные механизмы действия эффективных химиотерапевтических препаратов или уменьшения распространения рака. [67] Используя Folding @ home и работая в тесном сотрудничестве с Центром оборудования для сворачивания белков, лаборатория Панде надеется найти лекарство, которое подавляет эти шапероны, участвующие в раковых клетках.[68] Исследователи также используют Folding @ home для изучения других молекул, связанных с раком, таких как фермент Src-киназа , и некоторых форм закрепленного гомеодомена : большого белка, который может быть задействован во многих заболеваниях, включая рак. [69] [70] В 2011 году Folding @ home приступила к моделированию динамикибелкамалого узла EETI, который может идентифицировать карциномы при сканировании изображений путем связывания с поверхностными рецепторами раковых клеток. [71] [72]

Интерлейкин 2 (ИЛ-2) представляет собой белок , который помогает Т - клетки из иммунной системы патогенов атаки и опухолей. Однако его использование для лечения рака ограничено из-за серьезных побочных эффектов, таких как отек легких . ИЛ-2 связывается с этими легочными клетками иначе, чем с Т-клетками, поэтому исследование ИЛ-2 включает понимание различий между этими механизмами связывания. В 2012 году Folding @ home оказала помощь в открытии мутантной формы IL-2, которая в триста раз более эффективна в своей роли в иммунной системе, но имеет меньше побочных эффектов. В экспериментах эта измененная форма значительно превосходила естественный ИЛ-2 в препятствовании росту опухоли. Фармацевтические компании проявили интерес к мутантной молекуле, аНациональные институты здравоохранения тестируют его на большом количестве моделей опухолей, чтобы попытаться ускорить его разработку в качестве терапевтического средства. [73] [74]

Несовершенный остеогенез [ править ]

Несовершенный остеогенез , известный как болезнь хрупкости костей, представляет собой неизлечимое генетическое заболевание костей, которое может быть летальным. Люди с этим заболеванием не могут производить функциональную соединительную костную ткань. Чаще всего это из - за мутации в типа I коллагена , [75] , который выполняет различные структурные роли и является наиболее распространенный белок млекопитающих . [76] Мутация вызывает деформацию структуры тройной спирали коллагена , которая, если не разрушается естественным путем, приводит к аномальной и ослабленной костной ткани. [77] В 2005 году Folding @ home протестировал новый квантово-механическийметод, улучшенный по сравнению с предыдущими методами моделирования, и который может быть полезен для будущих компьютерных исследований коллагена. [78] Хотя исследователи использовали Folding @ home для изучения сворачивания и неправильного сворачивания коллагена, этот интерес представляет собой экспериментальный проект по сравнению с исследованиями Альцгеймера и Хантингтона. [34]

Вирусы [ править ]

Folding @ home помогает в исследованиях, направленных на предотвращение распознавания и проникновения некоторых вирусов , таких как грипп и ВИЧ , в биологические клетки . [34] В 2011 году Folding @ home приступила к моделированию динамики фермента РНКазы H , ключевого компонента ВИЧ, чтобы попытаться разработать препараты для его дезактивации. [79] Folding @ home также использовался для изучения слияния мембран , важного события вирусной инфекции и широкого спектра биологических функций. Этот сплав включает конформационные изменения вирусных слитых белков и белки стыковки , [35]но точные молекулярные механизмы синтеза остаются в значительной степени неизвестными. [80] События синтеза могут состоять из более чем полумиллиона атомов, взаимодействующих в течение сотен микросекунд. Эта сложность ограничивает типичное компьютерное моделирование примерно десятью тысячами атомов за десятки наносекунд: разница в несколько порядков величины. [54] Разработка моделей для прогнозирования механизмов слияния мембран поможет научному пониманию того, как воздействовать на этот процесс с помощью противовирусных препаратов. [81] В 2006 году ученые применили модели состояния Маркова и сеть Folding @ home, чтобы обнаружить два пути слияния и получить другие механистические идеи. [54]

После детального моделирования в Folding @ home небольших клеток, известных как пузырьки , в 2007 году лаборатория Pande представила новый вычислительный метод для измерения топологии структурных изменений во время слияния. [82] В 2009 году исследователи использовали Folding @ home для изучения мутаций гемагглютинина гриппа , белка, который прикрепляет вирус к его клетке- хозяину и способствует проникновению вируса. Мутации гемагглютинина влияют на то, насколько хорошо белок связывается с молекулами рецептора на поверхности клетки- хозяина , что определяет, насколько заразен штамм вируса для организма-хозяина. Знание эффектов мутаций гемагглютинина помогает в развитиипротивовирусные препараты . [83] [84] По состоянию на 2012 год Folding @ home продолжает моделировать сворачивание и взаимодействие гемагглютинина, дополняя экспериментальные исследования в Университете Вирджинии . [34] [85]

В марте 2020 года Folding @ home запустила программу помощи исследователям по всему миру, которые работают над поиском лекарства и узнают больше о пандемии коронавируса . Первоначальная волна проектов имитирует потенциально поддающиеся лекарству белковые мишени из вируса SARS-CoV-2 и связанного с ним вируса SARS-CoV, о которых имеется значительно больше данных. [86] [87] [88]

Дизайн лекарств [ править ]

Лекарства действуют, связываясь с определенными участками молекул-мишеней и вызывая некоторые желаемые изменения, такие как отключение мишени или вызывая конформационные изменения . В идеале лекарство должно действовать очень специфично и связываться только со своей мишенью, не нарушая другие биологические функции. Однако трудно точно определить, где и насколько прочно будут связываться две молекулы. Из-за ограничений вычислительной мощности современные методы in silico обычно должны торговать скоростью в обмен на точность ; например, использовать быстрые методы стыковки белков вместо дорогостоящих вычислений бесплатной энергии. Производительность Folding @ home позволяет исследователям использовать оба метода и оценивать их эффективность и надежность. [38] [89] [90] Компьютерный дизайн лекарств может ускорить и снизить затраты на открытие лекарств. [37] В 2010 году Folding @ home использовала МСМ и расчеты свободной энергии для предсказания нативного состояния белка виллина с точностью до 1,8 ангстрем (Å) среднеквадратичного отклонения (RMSD) от кристаллической структуры, экспериментально определенной с помощью рентгеновской кристаллографии . Эта точность имеет значение для будущих методов прогнозирования структуры белка , в том числе длявнутренне неструктурированные белки . [54] Ученые использовали Folding @ home для исследования лекарственной устойчивости , изучая ванкомицин , антибиотик последней инстанции , и бета-лактамазу , белок, который может расщеплять антибиотики, такие как пенициллин . [91] [92]

Химическая активность происходит вдоль активного сайта белка . Традиционные методы создания лекарств предполагают прочное связывание с этим сайтом и блокирование его активности при условии, что целевой белок существует в одной жесткой структуре. Однако этот подход работает только для 15% всех белков. Белки содержат аллостерические сайты, которые, будучи связанными с небольшими молекулами, могут изменять конформацию белка и в конечном итоге влиять на активность белка. Эти сайты являются привлекательными объектами для лекарств, но их обнаружение требует больших вычислительных затрат . В 2012 году , Folding @ домой и МСМ были использованы для выявления аллостерические сайтов в трех соответствующих медицински белков: бета-лактамаз, интерлейкин-2 , и РНКазы Н . [92][93]

Примерно половина всех известных антибиотиков мешает работе рибосомы бактерий , большой и сложной биохимической машины, которая выполняет биосинтез белков , переводя информационную РНК в белки. Макролидные антибиотики закупоривают выходной туннель рибосомы, препятствуя синтезу основных бактериальных белков. В 2007 году лаборатория Pande получила грант на исследование и разработку новых антибиотиков. [34] В 2008 году они использовали Folding @ home для изучения внутренней части этого туннеля и того, как определенные молекулы могут на него повлиять. [94] Полная структура рибосомы была определена только по состоянию на 2011 год, и Folding @ home также смоделировалрибосомные белки , так как многие их функции остаются в значительной степени неизвестными. [95]

Возможное применение в биомедицинских исследованиях [ править ]

Существует множество других заболеваний , способствующих неправильному свертыванию белка, которым можно воспользоваться с помощью Folding @ home, чтобы различить структуру неправильно свернутого белка или кинетику неправильного свертывания и помочь в разработке лекарств в будущем. Часто смертельные прионные заболевания являются одними из самых значительных.

Прионные болезни [ править ]

Прион (PRP) представляет собой трансмембранный клеточный белок широко распространен в эукариотических клетках . У млекопитающих его больше в центральной нервной системе . Хотя его функция неизвестна, его высокая сохранность среди видов указывает на важную роль в клеточной функции. Конформационное изменение нормального прионного белка (PrPc, обозначает клеточный) на вызывающую заболевание изоформу PrPSc (обозначает прототипное прионное заболевание - скрейпи ) вызывает множество заболеваний, в совокупности известных как трансмиссивные губчатые энцефалопатии (TSE), включая губчатую энцефалопатию крупного рогатого скота ( BSE) крупного рогатого скота, болезнь Крейтцфельдта-Якоба(CJD) и фатальная бессонница у человека, хроническая болезнь истощения (CWD) в семействе оленей. Конформационные изменения широко распространены как результат неправильного свертывания белков . Что отличает TSE от других заболеваний, связанных с неправильной упаковкой белков, так это его трансмиссивная природа. «Посев» инфекционного PrPSc, возникающего спонтанно, наследственно или приобретенного в результате воздействия загрязненных тканей [96], может вызывать цепную реакцию преобразования нормального PrPc в агрегаты фибрилл или амилоидоподобные бляшки, состоящие из PrPSc. [97]

Молекулярная структура PrPSc не была полностью охарактеризована из-за его агрегированной природы. Ни о механизме неправильного сворачивания белка, ни о его кинетике мало что известно . Используя известную структуру PrPc и результаты исследований in vitro и in vivo, описанных ниже, Folding @ home может оказаться полезным для выяснения того, как образуется PrPSc и как инфекционный белок организует себя, образуя фибриллы и амилоидоподобные бляшки, минуя требование. для очистки PrPSc или растворения агрегатов.

PrPc был ферментативно диссоциирован от мембраны и очищен, его структура изучена с использованием методов определения характеристик структуры, таких как ЯМР-спектроскопия и рентгеновская кристаллография . Посттрансляционный PrPc содержит 231 аминокислоту (а.о.) у мышей. Молекула состоит из длинной и неструктурированной аминоконцевой области, охватывающей до 121 остатка, и структурированного карбоксиконцевого домена. [97] Этот глобулярный домен содержит две короткие листообразующие антипараллельные β-цепи (аминокислотные остатки от 128 до 130 и от 160 до 162 аминокислот в мышином PrPc) и три α-спирали.(спираль I: а.о. 143–153; спираль II: а.о. 171–192; спираль III: а.о. 199–226 в мышином PrPc), [98] Спирали II и III антипараллельно ориентированы и соединены короткой петлей. Их структурная стабильность поддерживается дисульфидным мостиком , который параллелен обеим образующим лист β-нитям. Эти α-спирали и β-лист образуют жесткое ядро ​​глобулярного домена PrPc. [99]

Заболевание, вызывающее PrPSc, устойчиво к протеиназе К и нерастворимо. Попытки очистить его из мозга инфицированных животных неизменно приводят к гетерогенным смесям и агрегированным состояниям, которые не поддаются характеристике с помощью ЯМР-спектроскопии или рентгеновской кристаллографии. Однако, по общему мнению, PrPSc содержит более высокий процент плотно уложенных β-листов, чем нормальный PrPc, что делает белок нерастворимым и устойчивым к протеиназе. Использование методов криоэлектронной микроскопиии структурного моделирования, основанного на сходных общих белковых структурах, было обнаружено, что PrPSc содержит ß-листы в области от а.о. 81–95 до а.о. 171, в то время как структура карбоксильного конца предположительно сохраняется, сохраняя дисульфидно-связанную α-спиральную конформацию в нормальном PrPc. Эти ß-листы образуют параллельную левостороннюю бета-спираль. [97] Считается, что три молекулы PrPSc образуют первичную единицу и, следовательно, составляют основу так называемых фибрилл, связанных со скрепи. [100] Каталитическая активность зависит от размера частицы. Частицы PrPSc, которые состоят только из 14-28 молекул PrPc, демонстрируют самую высокую степень инфекционности и конверсии. [101]

Несмотря на сложность очистки и характеристики PrPSc, исходя из известной молекулярной структуры PrPc и использования трансгенных мышей и N-концевой делеции [102], потенциальные «горячие точки» неправильного сворачивания белка, ведущие к патогенному PrPSc, могут быть определены и Folding @ home может иметь большое значение для подтверждения этого. Исследования показали, что как первичная, так и вторичная структура прионного белка могут иметь значение для преобразования.

Существует более двадцати мутаций гена прионного белка ( PRNP ), которые, как известно, связаны или напрямую связаны с наследственной формой TSE человека [56], что указывает на отдельные аминокислоты в определенном положении, вероятно, в карбоксидомене. , [98] PrPc может влиять на восприимчивость к TSE.

Посттрансляционная аминоконцевая область PrPc состоит из остатков 23-120, которые составляют почти половину аминокислотной последовательности полноразмерного созревшего PrPc. В аминоконцевой области есть два участка, которые могут влиять на конверсию. Во-первых, остатки 52-90 содержат участок октапептидного повтора (5 раз), который, вероятно, влияет на начальное связывание (через повторы октапептида), а также на фактическое преобразование через второй участок аминокислот 108–124. [103] Высоко гидрофобный AGAAAAGA расположен между аа остатком 113 и 120 , и описываются как предполагаемый сайт агрегации, [104] , хотя эта последовательность требует , чтобы его фланговые частей с образованием фибриллярных агрегатов. [105]

В карбоксиглобулярном домене [99] среди трех спиралей исследования показывают, что спираль II имеет значительно более высокую склонность к конформации β-цепи. [106] Из-за высокой конформационной гибкости, наблюдаемой между остатками 114-125 (часть неструктурированной N-концевой цепи) и высокой склонности спирали II к β-цепям, только умеренных изменений условий окружающей среды или взаимодействий может быть достаточно, чтобы вызвать неправильная укладка PrPc и последующее образование фибрилл. [97]

Другие исследования структур ЯМР PrPc показали, что эти остатки (~ 108–189) содержат большую часть свернутого домена, включая обе β-цепи, первые две α-спирали и соединяющие их участки петля / виток, но не спираль III. . [102] Небольшие изменения в структурах петля / виток самого PrPc также могут быть важны при преобразовании. [107] В другом исследовании Riek et al. показали, что две небольшие области β-цепи перед участками петли действуют как сайт зарождения для конформационного преобразования петли / витка и α-спиральных структур в PrPc в β-лист. [98]

Энергетический порог преобразования не обязательно высок. Стабильность сворачивания, то есть свободная энергия глобулярного белка в его окружении, находится в диапазоне одной или двух водородных связей, таким образом, позволяет переход к изоформе без требования высокой энергии перехода. [97]

Исходя из соответствующих взаимодействий между молекулами PrPc, гидрофобные взаимодействия играют решающую роль в формировании β-слоев, отличительной черты PrPSc, поскольку они сближают фрагменты полипептидных цепей. [108] Действительно, Куцнецов и Раковский [109] показали, что мутации, вызывающие заболевание, в человеческом PrPc имеют статистически значимую тенденцию к увеличению локальной гидрофобности.

Эксперименты in vitro показали, что кинетика неправильной укладки имеет начальную лаг-фазу, за которой следует фаза быстрого роста с образованием фибрилл. [110] Вполне вероятно, что PrPc проходит через некоторые промежуточные состояния, такие как, по крайней мере, частично развернутый или деградированный, прежде чем окончательно стать частью амилоидного фибриллы. [97]

Модели участия [ править ]

Как и другие проекты распределенных вычислений , Folding @ home - это гражданский научный онлайн- проект. В этих проектах неспециалисты используют вычислительную мощность компьютера или помогают анализировать данные, полученные профессиональными учеными. Участники не получают очевидного вознаграждения или получают незначительное вознаграждение.

Было проведено исследование мотивации гражданских ученых, и большинство из этих исследований показали, что участники заинтересованы в участии из-за альтруистических причин; то есть они хотят помочь ученым и внести вклад в развитие своих исследований. [111] [112] [113] [114] Многие участники гражданской науки имеют глубинный интерес к теме исследования и тяготеют к проектам, относящимся к интересующим их дисциплинам. Folding @ home в этом отношении ничем не отличается. [115] Исследования, проведенные недавно с участием более 400 активных участников, показали, что они хотели внести свой вклад в исследования и что у многих из них есть друзья или родственники, страдающие от болезней, которые исследуют ученые Folding @ home.

Folding @ home привлекает участников, которые являются энтузиастами компьютерного оборудования. Эти группы привносят значительный опыт в проект и могут создавать компьютеры с повышенной вычислительной мощностью. [116] Другие проекты распределенных вычислений привлекают участников такого типа, и проекты часто используются для оценки производительности модифицированных компьютеров, и этот аспект хобби поддерживается за счет конкурентного характера проекта. Отдельные лица и команды могут соревноваться, чтобы узнать, кто может обработать больше всего компьютерных процессоров (ЦП).

Это последнее исследование Folding @ home, включающее интервью и этнографическое наблюдение за онлайн-группами, показало, что команды энтузиастов аппаратного обеспечения иногда могут работать вместе, делясь передовым опытом в отношении максимизации производительности обработки. Такие команды могут стать сообществами практиков с общим языком и онлайн-культурой. Такая модель участия наблюдалась и в других проектах распределенных вычислений. [117] [118]

Еще одно важное наблюдение участников Folding @ home заключается в том, что многие из них - мужчины. [115] Это также наблюдалось в других распределенных проектах. Кроме того, многие участники работают на компьютерах и в сфере высоких технологий. [115] [119] [120]

Не все участники Folding @ home являются энтузиастами аппаратного обеспечения. Многие участники запускают программное обеспечение проекта на немодифицированных машинах и участвуют в соревнованиях. В Folding @ home задействовано более 100 000 участников. Однако сложно определить, какая часть участников является энтузиастами аппаратного обеспечения. Хотя, по словам руководителей проекта, вклад сообщества энтузиастов существенно больше с точки зрения вычислительной мощности. [121]

Производительность [ править ]

Вычислительная мощность Folding @ home и самого быстрого суперкомпьютера с апреля 2004 г. по октябрь 2012 г. С июня 2007 г. по июнь 2011 г. Folding @ home (красный) превзошла производительность самого быстрого суперкомпьютера Top500 (черный). Однако его затмили K computer в ноябре 2011 года и Blue Gene / Q в июне 2012 года.

Производительность суперкомпьютера FLOPS оценивается с помощью устаревшего теста LINPACK . Это краткосрочное тестирование затрудняет точное отображение устойчивой производительности при выполнении реальных задач, поскольку LINPACK более эффективно сопоставляется с оборудованием суперкомпьютера. Вычислительные системы различаются по архитектуре и дизайну, поэтому прямое сравнение затруднено. Несмотря на это, FLOPS остается основным показателем скорости, используемым в суперкомпьютерах. [122] [ требуется цитата для проверки ] Напротив, Folding @ home определяет свои FLOPS, используя время настенных часов , измеряя, сколько времени требуется для выполнения его рабочих единиц. [123]

16 сентября 2007 года, в значительной степени благодаря участию консолей PlayStation 3, проект Folding @ home официально достиг стабильного уровня производительности, превышающего один нативный петафлопс , став первой вычислительной системой любого рода, которая сделала это. [124] [125] Самым быстрым суперкомпьютером Top500 в то время был BlueGene / L со скоростью 0,280 петафлопс. [126] В следующем году, 7 мая 2008 г., проект достиг стабильного уровня производительности, превышающего два нативных петафлопс [127], за которыми последовали три и четыре нативных этапа в петафлопс в августе 2008 [128] [129] и 28 сентября. , 2008 соответственно. [130]18 февраля 2009 года Folding @ home достиг пяти собственных петафлопс, [131] [132] и стал первым вычислительным проектом, который соответствовал этим пяти уровням. [133] [134] сравнение В, самый быстрый суперкомпьютер в ноябре 2008 года был IBM «s Roadrunner в 1,105 петафлопс. [135] 10 ноября 2011 года производительность Folding @ home превысила шесть собственных петафлопс, что эквивалентно почти восьми петафлопс x86. [125] [136] В середине мая 2013 года Folding @ home достиг более семи петафлопс в секунду, что эквивалентно 14,87 x86 петафлопс. Затем 21 июня он достиг восьми собственных петафлопс, а 9 сентября того же года - девять с 17,9 x86 петафлопс. [137]11 мая 2016 года Folding @ home объявила, что приближается к отметке 100 x86 петафлопс. [138]

Дальнейшее использование выросло из-за повышения осведомленности и участия в проекте из-за пандемии коронавируса в 2020 году. 20 марта 2020 года Folding @ home объявил через Twitter, что он работает с более чем 470 нативными петафлопами [139], что эквивалентно 958 x86 петафлопс. [140] К 25 марта он достиг 768 петафлопс, или 1,5 x86 экзафлопс, что сделало его первой вычислительной системой exaFLOP . [141] 20 ноября 2020 г. Folding @ home имеет только 0,2 x86 exaFLOPS из-за ошибки вычислений. [142]

Очки [ править ]

Подобно другим проектам распределенных вычислений, Folding @ home количественно оценивает вклад пользователей в проект с помощью кредитной системы. [143] Все единицы из данного белкового проекта имеют единый базовый кредит, который определяется сравнительным анализом одной или нескольких единиц работы из этого проекта на официальной эталонной машине перед выпуском проекта. [143] Каждый пользователь получает эти базовые баллы за выполнение каждой единицы работы, хотя с помощью ключа доступа они могут получать дополнительные бонусные баллы за надежное и быстрое выполнение единиц, которые более требовательны в вычислительном отношении или имеют более высокий научный приоритет. [144] [145] Пользователи также могут получать кредиты за свою работу от клиентов на нескольких машинах. [146]Эта система баллов пытается согласовать полученные кредиты с ценностью научных результатов. [143]

Пользователи могут регистрировать свои вклады в команде, которая объединяет очки всех своих участников. Пользователь может создать свою собственную команду или присоединиться к уже существующей команде. В некоторых случаях у команды могут быть свои собственные источники помощи или набора персонала, такие как Интернет-форум . [147] Очки могут способствовать дружескому соревнованию между отдельными людьми и командами за получение максимальной вычислительной мощности для проекта, что может принести пользу сообществу складных систем и ускорить научные исследования. [143] [148] [149] Индивидуальная и командная статистика публикуется на веб-сайте Folding @ home. [143]

Если пользователь не формирует новую команду или не присоединяется к существующей команде, этот пользователь автоматически становится частью команды «По умолчанию». Эта команда «по умолчанию» имеет номер команды «0». Статистика накапливается как для этой «команды по умолчанию», так и для специально названных команд.

Программное обеспечение [ править ]

Программное обеспечение Folding @ home на стороне пользователя включает три основных компонента: рабочие блоки, ядра и клиент.

Рабочие единицы [ править ]

Единица работы - это данные о белке, которые клиенту предлагается обработать. Единицы работы - это часть симуляции между состояниями в марковской модели . После того, как рабочая единица загружена и полностью обработана компьютером добровольца, она возвращается на серверы Folding @ home, которые затем награждают добровольца кредитными баллами. Этот цикл повторяется автоматически. [148]Все рабочие единицы имеют связанные крайние сроки, и если этот крайний срок превышен, пользователь может не получить кредит, и единица будет автоматически переоформлена другому участнику. Поскольку сворачивание белка происходит последовательно, и многие рабочие единицы генерируются из их предшественников, это позволяет общему процессу моделирования протекать нормально, если рабочая единица не возвращается по прошествии разумного периода времени. В связи с этими крайними сроками минимальные системные требования для Folding @ home - это процессор Pentium 3 450 МГц с Streaming SIMD Extensions (SSE). [146] Однако рабочие единицы для высокопроизводительных клиентов имеют гораздо более короткий срок, чем для однопроцессорных клиентов, поскольку большая часть научных результатов зависит от быстрого завершения моделирования. [150]

Перед публичным выпуском рабочие единицы проходят несколько шагов по обеспечению качества, чтобы проблемные единицы не стали полностью доступными. Эти этапы тестирования включают внутреннее, бета-тестирование и расширенное тестирование перед окончательным полным выпуском в Folding @ home. [151] Рабочие единицы Folding @ home обычно обрабатываются только один раз, за ​​исключением тех редких случаев, когда во время обработки возникают ошибки. Если это происходит для трех разных пользователей, модуль автоматически удаляется из распространения. [152] [153] Форум поддержки Folding @ home можно использовать, чтобы различать проблемы, возникающие из-за проблемного оборудования и неисправных устройств. [154]

Ядра [ править ]

Основная статья: Список ядер Folding @ home

Специализированные программы молекулярной динамики, называемые «FahCores» и часто сокращенно «cores», выполняют вычисления на рабочем блоке как фоновый процесс . Подавляющее большинство ядер Folding @ Home основаны на GROMACS , [148] один из самых быстрых и наиболее популярных молекулярной динамики пакетов программного обеспечения, которые в значительной степени состоит из вручную оптимизированных ассемблера коды и аппаратные оптимизаций. [155] [156] Несмотря на то, что GROMACS является программным обеспечением с открытым исходным кодом и разработчики GROMACS объединили усилия, Folding @ home использует лицензию с закрытым исходным кодом, чтобы гарантировать достоверность данных. [157]К менее активным ядрам относятся ProtoMol и SHARPEN. Folding @ home использовала AMBER , CPMD , Desmond и TINKER , но с тех пор они были выведены из эксплуатации и больше не используются. [3] [158] [159] Некоторые из этих ядер выполняют явные вычисления сольватации, в которых окружающий растворитель (обычно вода) моделируется атом за атомом; в то время как другие выполняют неявные методы сольватации , в которых растворитель рассматривается как математический континуум. [160] [161]Ядро отделено от клиента, что позволяет автоматически обновлять научные методы без необходимости обновления клиента. Ядра периодически создают контрольные точки вычислений, чтобы в случае их прерывания они могли возобновить работу с этой точки при запуске. [148]

Клиент [ править ]

Folding @ home на Fedora 25

Участник Folding @ home устанавливает клиентскую программу на свой персональный компьютер . Пользователь взаимодействует с клиентом, который управляет другими программными компонентами в фоновом режиме. С помощью клиента пользователь может приостановить процесс сворачивания, открыть журнал событий, проверить ход работы или просмотреть личную статистику. [162] Компьютерные клиенты постоянно работают в фоновом режиме с очень низким приоритетом, используя простую вычислительную мощность, так что нормальное использование компьютера не нарушается. [146] Максимальное использование ЦП можно отрегулировать в настройках клиента. [162] [163] Клиент подключается к серверу Folding @ home.и извлекает рабочую единицу, а также может загружать соответствующее ядро ​​для настроек клиента, операционной системы и базовой аппаратной архитектуры. После обработки рабочий блок возвращается на серверы Folding @ home. Компьютерные клиенты адаптированы к однопроцессорным и многоядерным процессорам , а также графическим процессорам . Разнообразие и мощность каждой аппаратной архитектуры обеспечивает Folding @ home возможность своевременно (в течение нескольких недель или месяцев, а не лет) эффективно выполнять многие типы моделирования, что имеет значительную научную ценность. Вместе эти клиенты позволяют исследователям изучать биомедицинские вопросы, которые раньше считались непрактичными для решения вычислительных задач. [38][148] [150]

Профессиональные разработчики программного обеспечения несут ответственность за большую часть кода Folding @ home как на стороне клиента, так и на стороне сервера. В команду разработчиков входят программисты из Nvidia , ATI , Sony и Cauldron Development. [164] Клиенты могут быть загружены только с официального веб-сайта Folding @ home или его коммерческих партнеров и будут взаимодействовать только с файлами Folding @ home на компьютере. Они будут выгружать и скачивать данные с серверов данных Folding @ home (через порт  8080, с 80 в качестве альтернативного), а связь проверяется с помощью 2048-битных цифровых подписей . [146] [165] Хотя графический пользовательский интерфейс (GUI) клиента является открытым исходным кодом,[166] клиент - это проприетарное программное обеспечение, в качестве причин ссылаясь на безопасность и научную целостность. [167] [168] [169]

Однако это обоснование использования проприетарного программного обеспечения оспаривается, поскольку, хотя лицензия может быть применена в юридической области ретроспективно, она практически не предотвращает модификацию (также известную как исправление ) исполняемых двоичных файлов . Аналогичным образом, распространение только двоичного кода не предотвращает злонамеренную модификацию исполняемого двоичного кода либо посредством атаки типа «злоумышленник в середине» при загрузке через Интернет [170], либо путем распространения двоичных файлов третьей стороной. которые были ранее изменены либо в их двоичном состоянии (т.е. исправлены ), [171] или путем декомпиляции [172]и перекомпилировать их после модификации. [173] [174] Эти модификации возможны, если двоичные файлы - и транспортный канал - не подписаны, а лицо / система получателя может проверить цифровую подпись. В этом случае необоснованные модификации должны быть обнаружены, но не всегда. [175] В любом случае, поскольку в случае Folding @ home входные данные и выходной результат, обрабатываемые клиентским программным обеспечением, имеют цифровую подпись, [146] [165] целостность работы может быть проверена независимо от целостности собственно клиентское ПО.

Folding @ Home использует Cosm библиотеки программного обеспечения для работы в сети. [148] [164] Folding @ home был запущен 1 октября 2000 года и стал первым проектом распределенных вычислений, нацеленным на биомолекулярные системы. [176] Его первым клиентом была заставка , которая запускалась, пока компьютер не использовался. [177] [178] В 2004 году лаборатория Pande в сотрудничестве с Дэвидом П. Андерсоном протестировала дополнительный клиент на платформе BOINC с открытым исходным кодом. Этот клиент был выпущен для закрытого бета-тестирования в апреле 2005 года; [179] однако этот метод стал неприменимым и был отложен в июне 2006 года. [180]

Блоки обработки графики [ править ]

Специализированное оборудование графических процессоров (ГП) предназначено для ускорения рендеринга трехмерных графических приложений, таких как видеоигры, и может значительно превосходить ЦП для некоторых типов вычислений. Графические процессоры - одна из самых мощных и быстрорастущих вычислительных платформ, и многие ученые и исследователи занимаются универсальными вычислениями на графических процессорах (GPGPU). Однако аппаратное обеспечение графического процессора сложно использовать для задач, не связанных с графикой, и обычно требуется значительная реструктуризация алгоритма и глубокое понимание базовой архитектуры. [181] Такая настройка является сложной задачей, особенно для исследователей с ограниченными ресурсами для разработки программного обеспечения. Folding @ home использует OpenMM с открытым исходным кодом библиотека , которая использует шаблон проектирования моста с двумя уровнями интерфейса прикладного программирования (API) для взаимодействия программного обеспечения молекулярного моделирования с базовой архитектурой оборудования. С добавлением аппаратной оптимизации моделирование графического процессора на основе OpenMM не требует значительных изменений, но обеспечивает производительность, почти равную вручную настроенному коду графического процессора, и значительно превосходит реализации CPU. [160] [182]

До 2010 года вычислительная надежность оборудования GPGPU потребительского уровня была в значительной степени неизвестна, а косвенные доказательства, связанные с отсутствием встроенных функций обнаружения и исправления ошибок в памяти графического процессора, вызывали опасения по поводу надежности. В первом крупномасштабном тесте на научную точность графических процессоров, проведенное в 2010 году исследование более 20 000 хостов в сети Folding @ home, обнаружило мягкие ошибки в подсистемах памяти двух третей протестированных графических процессоров. Эти ошибки сильно коррелировали с архитектурой платы, хотя исследование пришло к выводу, что надежные вычисления на GPU были вполне осуществимы, если уделять внимание аппаратным характеристикам, таким как обнаружение ошибок на стороне программного обеспечения. [183]

Первое поколение клиента GPU Folding @ home (GPU1) было выпущено для широкой публики 2 октября 2006 г. [180], обеспечивающее ускорение некоторых вычислений в 20–30 раз по сравнению с аналогами GROMACS на базе ЦП . [184] Это был первый раз, когда графические процессоры использовались либо для распределенных вычислений, либо для основных вычислений молекулярной динамики. [185] [186] GPU1 дал исследователям значительные знания и опыт в разработке программного обеспечения GPGPU , но в ответ на научные неточности с DirectX 10 апреля 2008 года ему на смену пришел GPU2, второе поколение клиента. [184] [187]После введения GPU2, GPU1 был официально закрыт 6 июня. [184] По сравнению с GPU1, GPU2 был более надежным и производительным с научной точки зрения, работал на графических процессорах Nvidia с поддержкой ATI и CUDA и поддерживал более продвинутые алгоритмы, более крупные белки и реальные -временная визуализация моделирования белка. [188] [189] Вслед за этим 25 мая 2010 года было выпущено третье поколение клиента GPU Folding @ home (GPU3). Несмотря на обратную совместимость с GPU2, GPU3 был более стабильным, эффективным и гибким в своих научных возможностях, [ 190] и использовал OpenMM поверх фреймворка OpenCL . [190] [191]Хотя эти клиенты GPU3 изначально не поддерживали операционные системы Linux и macOS , пользователи Linux с видеокартами Nvidia могли запускать их через программное приложение Wine . [192] [193] Графические процессоры остаются самой мощной платформой Folding @ home в области FLOPS . По состоянию на ноябрь 2012 года на долю клиентов GPU приходится 87% от пропускной способности всего проекта x86 FLOPS. [194]

Встроенная поддержка видеокарт Nvidia и AMD под Linux была представлена ​​в FahCore 17, который использует OpenCL, а не CUDA. [195]

PlayStation 3 [ править ]

Дополнительная информация: Жизнь с PlayStation
Клиент PlayStation 3 Life With PlayStation отображает трехмерную анимацию сворачиваемого белка.

С марта 2007 года по ноябрь 2012 года Folding @ home использовала вычислительную мощность PlayStation 3s . На момент создания его основной потоковый процессор Cell обеспечивал 20-кратное увеличение скорости по сравнению с ПК для некоторых вычислений, вычислительную мощность которой нельзя было найти в других системах, таких как Xbox 360 . [38] [196] Высокая скорость и эффективность PS3 открыли другие возможности для стоящей оптимизации в соответствии с законом Амдала и значительно изменили компромисс между вычислительной эффективностью и общей точностью, позволяя использовать более сложные молекулярные модели с небольшими дополнительными вычислительными затратами. [197]Это позволило Folding @ home выполнять биомедицинские вычисления, которые в противном случае были бы невозможны с вычислительной точки зрения. [198]

Клиент PS3 был разработан совместными усилиями Sony и лаборатории Pande и впервые был выпущен как отдельный клиент 23 марта 2007 года. [38] [199] Его выпуск сделал Folding @ home первым проектом распределенных вычислений, в котором использовались PS3. [200] 18 сентября следующего года клиент PS3 стал каналом Life с PlayStation при запуске. [201] [202] По типам вычислений, которые он может выполнять, на момент его внедрения клиент находился между гибкостью ЦП и скоростью ГП. [148] Однако, в отличие от клиентов, работающих на персональных компьютерах, пользователи не могли выполнять другие действия на своей PS3 во время работы Folding @ home. [198] Единая консольная среда PS3 упростила техническую поддержку и сделала Folding @ home более удобным для пользователя . [38] PS3 также имел возможность быстро передавать данные на свой графический процессор, который использовался для визуализации текущей динамики белка в реальном времени на атомарном уровне. [197]

6 ноября 2012 г. Sony прекратила поддержку клиента PS3 Folding @ home и других сервисов, доступных в Life with PlayStation. За пять лет и семь месяцев более 15 миллионов пользователей потратили более 100 миллионов часов на вычисления для Folding @ home, что значительно помогло проекту в исследовании заболеваний. После обсуждений с лабораторией Pande Sony решила закрыть приложение. Панде считал, что клиент PlayStation 3 "изменил правила игры" для этого проекта. [203] [204] [205]

Клиент многоядерной обработки [ править ]

Folding @ home может использовать возможности параллельных вычислений современных многоядерных процессоров. Возможность одновременного использования нескольких ядер ЦП позволяет намного быстрее завершить полное моделирование. Работая вместе, эти ядра ЦП выполняют отдельные рабочие единицы пропорционально быстрее, чем стандартный однопроцессорный клиент. Этот метод имеет научную ценность, поскольку он позволяет выполнять гораздо более длинные траектории моделирования за то же время и снижает традиционные трудности масштабирования большого моделирования на множество отдельных процессоров. [206] В публикации 2007 года в Journal of Molecular Biology использовалась многоядерная обработка для имитации складывания части ворсинки.белка примерно в 10 раз дольше, чем это было возможно с однопроцессорным клиентом, что согласуется с экспериментальной скоростью сворачивания. [207]

В ноябре 2006 года клиенты симметричной многопроцессорной обработки (SMP) первого поколения были публично выпущены для открытого бета-тестирования, называемого SMP1. [180] Эти клиенты использовали коммуникационные протоколы интерфейса передачи сообщений (MPI) для параллельной обработки, поскольку в то время ядра GROMACS не были предназначены для использования с несколькими потоками. [150] Это был первый раз, когда проект распределенных вычислений использовал MPI. [208] Хотя клиенты хорошо работали в операционных системах на основе Unix , таких как Linux и macOS, они доставляли проблемы в Windows . [206] [208]24 января 2010 года SMP2, второе поколение клиентов SMP и преемник SMP1, был выпущен в качестве открытой бета-версии и заменил сложный MPI более надежной реализацией на основе потоков . [145] [164]

SMP2 поддерживает испытание специальной категории рабочих единиц bigadv , предназначенных для моделирования белков, которые необычайно велики, требуют больших вычислительных ресурсов и имеют большой научный приоритет. Эти блоки изначально требовали минимум восьми ядер ЦП [209], число которых было увеличено до шестнадцати позже, 7 февраля 2012 года. [210] Наряду с этими дополнительными требованиями к оборудованию по сравнению со стандартными рабочими блоками SMP2, они требуют больше системных ресурсов, таких как случайные -доступ к памяти (RAM) и пропускная способность Интернета . В свою очередь, пользователи, которые их запускают, получают на 20% больше, чем система бонусных баллов SMP2. [211]Категория bigadv позволяет Folding @ home в течение длительного времени запускать особенно сложные симуляции, которые раньше требовали использования суперкомпьютерных кластеров и не могли быть выполнены где-либо еще в Folding @ home. [209] Многие пользователи с аппаратным обеспечением, способным запускать модули bigadv, позже сочли, что их аппаратная установка не соответствует требованиям для рабочих модулей bigadv, когда были увеличены минимальные количества ядер ЦП, в результате чего они могли запускать только обычные рабочие модули SMP. Это разочаровало многих пользователей, которые вложили в программу значительные суммы денег, но вскоре после этого их оборудование устарело для целей bigadv. В результате Панде объявил в январе 2014 года, что программа bigadv завершится 31 января 2015 года. [212]

V7 [ править ]

Образец образа клиента V7 в режиме новичка, работающего под Windows 7 . В дополнение к разнообразным элементам управления и сведениям о пользователе, V7 представляет информацию о единице измерения, такую ​​как ее состояние, ход вычислений, расчетное время прибытия, кредитные баллы, идентификационные номера и описание.

Клиент V7 является седьмым и последним поколением клиентского программного обеспечения Folding @ home и представляет собой полную переработку и унификацию предыдущих клиентов для операционных систем Windows , macOS и Linux . [213] [214] Он был выпущен 22 марта 2012 года. [215] Как и его предшественники, V7 может запускать Folding @ home в фоновом режиме с очень низким приоритетом , позволяя другим приложениям использовать ресурсы ЦП по мере необходимости. Он разработан, чтобы сделать установку, запуск и эксплуатацию более удобными для новичков и предложить исследователям большую научную гибкость, чем предыдущие клиенты. [216] V7 использует Trac дляуправление сообщениями об ошибках, чтобы пользователи могли видеть процесс разработки и оставлять отзывы. [214]

V7 состоит из четырех интегрированных элементов. Пользователь обычно взаимодействует с графическим интерфейсом V7 с открытым исходным кодом , который называется FAHControl. [166] [217] У него есть режимы пользовательского интерфейса для новичков, продвинутых и опытных пользователей, а также есть возможность контролировать, настраивать и управлять множеством удаленных складных клиентов с одного компьютера. FAHControl управляет FAHClient, внутренним приложением, которое, в свою очередь, управляет каждым FAHSlot (или слотом ). Каждый слот выступает в качестве замены ранее отличавшихся от других клиентов однопроцессорных компьютеров Folding @ home v6, SMP или GPU, поскольку он может загружать, обрабатывать и выгружать рабочие блоки независимо. Функция FAHViewer, созданная по образцу средства просмотра PS3, отображает в реальном времени трехмерный рендеринг, если он доступен, белка, который в настоящее время обрабатывается.[213] [214]

Google Chrome [ править ]

В 2014 году был выпущен клиент для веб-браузеров Google Chrome и Chromium , позволяющий пользователям запускать Folding @ home в своем веб-браузере. Клиент использовал Google «s Native Client функцию (NaCl) на основе хрома , веб - браузеры для запуска Folding @ Home код на почти родной скорости в песочнице на компьютере пользователя. [218] В связи с постепенным отказом от NaCL и изменениями в Folding @ home, веб-клиент был окончательно закрыт в июне 2019 года. [219]

Android [ править ]

В июле 2015 года в Google Play был выпущен клиент для мобильных телефонов Android для устройств под управлением Android 4.4 KitKat или новее. [220] [221]

16 февраля 2018 года клиент Android, который предлагался в сотрудничестве с Sony , был удален из Google Play. Было объявлено о планах предложить альтернативу с открытым исходным кодом в будущем. [222]

Сравнение с другими симуляторами молекул [ править ]

Rosetta @ home - это проект распределенных вычислений, направленный на предсказание структуры белков и являющийся одним из наиболее точных предсказателей третичной структуры . [223] [224] Конформационные состояния из программного обеспечения Rosetta могут использоваться для инициализации модели марковских состояний в качестве отправных точек для моделирования Folding @ home. [24] И наоборот, алгоритмы прогнозирования структуры могут быть улучшены на основе термодинамических и кинетических моделей и аспектов выборки при моделировании сворачивания белка. [225] Поскольку Rosetta пытается предсказать только окончательное состояние свертывания, а не то, как происходит сворачивание, Rosetta @ home и Folding @ home дополняют друг друга и решают очень разные молекулярные вопросы. [24] [226]

Антон - это специальный суперкомпьютер, созданный для моделирования молекулярной динамики. В октябре 2011 года Антон и Folding @ home были двумя самыми мощными системами молекулярной динамики. [227] Антон уникален своей способностью создавать одиночные сверхдлинные и дорогостоящие в вычислительном отношении молекулярные траектории, [228] например, в 2010 году, которые достигли миллисекундного диапазона. [229] [230] Эти длинные траектории могут быть особенно полезны при некоторых типах биохимических проблем. [231] [232] Однако Антон не использует для анализа модели состояния Маркова (МСМ). В 2011 году лаборатория Pande сконструировала МСМ из двух 100- мксек.Антон смоделировал и нашел альтернативные пути сворачивания, которые не были видны при традиционном анализе Антона. Они пришли к выводу, что существует небольшая разница между МСМ, построенными из ограниченного числа длинных траекторий, и МСМ, собранными из множества более коротких траекторий. [228] В июне 2011 года Folding @ home добавил выборку моделирования Антона, чтобы лучше определить, как его методы сравниваются с методами Антона. [233] [234] Однако, в отличие от более коротких траекторий Folding @ home, которые больше подходят для распределенных вычислений и других методов распараллеливания, более длинные траектории не требуют адаптивной выборки для достаточной выборки фазового пространства белка.. В связи с этим возможно, что комбинация методов моделирования Антона и Folding @ home обеспечит более тщательную выборку этого пространства. [228]

См. Также [ править ]

  • BOINC
  • DreamLab , для использования на смартфонах
  • Сложите его
  • Список распределенных вычислительных проектов
  • Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
  • Молекулярное моделирование на графических процессорах
  • SETI @ home
  • Storage @ home
  • Редактор молекул
  • Сетка мирового сообщества

Ссылки [ править ]

  1. ^ foldathome.org (27 сентября 2016 г.). «О партнерах Folding @ home» .
  2. ^ «Выпуски Folding @ home 7.6 для Windows» . Проверено 11 мая 2020 года .
  3. ^ a b Pande lab (2 августа 2012 г.). «Folding @ home: часто задаваемые вопросы с открытым исходным кодом» . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального (FAQ) 3 марта 2020 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  4. ^ Folding @ home nde : «Folding @ home (FAH или F @ h) - это проект распределенных вычислений для моделирования динамики белков, в том числе процесса сворачивания белков и перемещений белков, вызывающих различные заболевания. Он объединяет гражданских ученых которые добровольно запускают моделирование динамики белков на своих персональных компьютерах. Выводы из этих данных помогают ученым лучше понимать биологию и открывают новые возможности для разработки терапевтических средств ».
  5. ^ Julia Evangelou пролив (26 февраля 2019). «Проект вычислительной биологии направлен на лучшее понимание сворачивания белков» . Проверено 8 марта 2020 года .
  6. ^ a b c В. С. Панде; К. Бошан; Г. Р. Боуман (2010). «Все, что вы хотели знать о моделях состояния Маркова, но боялись спросить» . Методы . 52 (1): 99–105. DOI : 10.1016 / j.ymeth.2010.06.002 . PMC 2933958 . PMID 20570730 .  
  7. ^ Новости 12 Лонг-Айленд 2020 : «С начала пандемии COVID-19 в Folding @ home произошел значительный рост загрузок, что является четким признаком того, что люди во всем мире озабочены тем, чтобы внести свой вклад, чтобы помочь исследователям найти средство от этот вирус ", - сказал доктор Сина Раббани, декан школы DeMatteis.
  8. ^ Pande lab. «Клиентская статистика по ОС» . Archive.is. Архивировано из оригинального 12 апреля 2020 года . Проверено 12 апреля 2020 года .
  9. ^ «Документы и результаты» . [email protected] . Проверено 30 июля, 2020 .
  10. ^ a b c Винсент А. Воелц; Грегори Р. Боуман; Кайл Бошамп; Виджай С. Панде (2010). «Молекулярное моделирование свертывания белков ab initio для миллисекундной папки NTL9 (1–39)» . Журнал Американского химического общества . 132 (5): 1526–1528. DOI : 10.1021 / ja9090353 . PMC 2835335 . PMID 20070076 .  
  11. ^ Грегори Р. Боуман; Виджай С. Панде (2010). «Сложенные белковые состояния - это кинетические узлы» . Труды Национальной академии наук . 107 (24): 10890–5. Bibcode : 2010PNAS..10710890B . DOI : 10.1073 / pnas.1003962107 . PMC 2890711 . PMID 20534497 .  
  12. ^ a b Кристофер Д. Сноу; Хоуби Нгуен; Виджай С. Панде; Мартин Грюбеле (2002). «Абсолютное сравнение смоделированной и экспериментальной динамики сворачивания белков» (PDF) . Природа . 420 (6911): 102–106. Bibcode : 2002Natur.420..102S . DOI : 10,1038 / природа01160 . PMID 12422224 . S2CID 1061159 . Архивировано из оригинального (PDF) 24 марта 2012 года.   
  13. ^ Фабрицио Маринелли, Фабио Пьетруччи, Алессандро Лайо, Стефано Пиана (2009). Панде, Виджай С. (ред.). "Кинетическая модель складывания Trp-клетки из множественного смещенного моделирования молекулярной динамики" . PLOS Вычислительная биология . 5 (8): e1000452. Bibcode : 2009PLSCB ... 5E0452M . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1000452 . PMC 2711228 . PMID 19662155 .  CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  14. ^ "Так много еще нужно знать" . Наука . 309 (5731): 78–102. 2005. DOI : 10.1126 / science.309.5731.78b . PMID 15994524 . 
  15. ^ a b c Хит Экройд; Джон А. Карвер (2008). «Раскрытие тайн сворачивания и неправильного сворачивания белков» . IUBMB Life (обзор). 60 (12): 769–774. DOI : 10.1002 / iub.117 . PMID 18767168 . S2CID 10115925 .  
  16. ^ a b Ивен Чен; Фэн Дин; Huifen Nie; Адриан В. Серохихос; Шантану Шарма; Кайл С. Уилкокс; Шуанъе Инь; Николай Васильевич Дохолян (2008). «Сворачивание белков: тогда и сейчас» . Архивы биохимии и биофизики . 469 (1): 4–19. DOI : 10.1016 / j.abb.2007.05.014 . PMC 2173875 . PMID 17585870 .  
  17. ^ a b Лейла М Лухеши; Дамиан Кроутер; Кристофер Добсон (2008). «Неправильная укладка белков и болезни: от пробирки к организму». Текущее мнение в химической биологии . 12 (1): 25–31. DOI : 10.1016 / j.cbpa.2008.02.011 . PMID 18295611 . 
  18. ^ CD Снег; Э. Дж. Сорин; YM Rhee; VS Панде. (2005). «Насколько хорошо моделирование может предсказать кинетику и термодинамику сворачивания белка?». Ежегодный обзор биофизики (обзор). 34 : 43–69. DOI : 10.1146 / annurev.biophys.34.040204.144447 . PMID 15869383 . 
  19. ^ А. Верма; С.М. Гопал; А. Щуг; JS Ой; К.В. Кленин; К. Х. Ли; В. Венцель (2008). Массивно параллельное сворачивание всех атомных белков за один день . Достижения в области параллельных вычислений . 15 . С. 527–534. ISBN 978-1-58603-796-3. ISSN  0927-5452 .
  20. ^ Виджай С. Панде; Ян Бейкер; Джаррод Чепмен; Сидни П. Элмер; Сирадж Халик; Стефан М. Ларсон; Ён Мин Ри; Майкл Р. Ширтс; Кристофер Д. Сноу; Эрик Дж. Сорин; Боян Загрович (2002). «Моделирование атомистического сворачивания белка в субмиллисекундной шкале времени с использованием всемирных распределенных вычислений». Биополимеры . 68 (1): 91–109. DOI : 10.1002 / bip.10219 . PMID 12579582 . 
  21. ^ a b c Г. Боуман; В. Волез; VS Панде (2011). «Преодоление сложности сворачивания белков» . Текущее мнение в структурной биологии . 21 (1): 4–11. DOI : 10.1016 / j.sbi.2010.10.006 . PMC 3042729 . PMID 21081274 .  
  22. ^ Ходера, Джон Д .; Свуп, Уильям С .; Pitera, Jed W .; Дилл, Кен А. (1 января 2006 г.). «Долгосрочная динамика сворачивания белков на основе моделирования краткосрочной молекулярной динамики» . Многомасштабное моделирование и симуляция . 5 (4): 1214–1226. DOI : 10.1137 / 06065146X .
  23. ^ Роберт Б. Бест (2012). «Атомистическое молекулярное моделирование сворачивания белков». Текущее мнение в структурной биологии (обзор). 22 (1): 52–61. DOI : 10.1016 / j.sbi.2011.12.001 . PMID 22257762 . 
  24. ^ a b c TJ Lane; Грегори Боуман; Роберт Макгиббон; Кристиан Швантес; Виджай Панде; Брюс Борден (10 сентября 2012 г.). "Часто задаваемые вопросы по моделированию Folding @ home" . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального 21 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  25. ^ Грегори Р. Боуман; Дэниел Л. Энсайн; Виджай С. Панде (2010). «Расширенное моделирование с помощью теории сетей: адаптивная выборка моделей состояния Маркова» . Журнал химической теории и вычислений . 6 (3): 787–794. DOI : 10.1021 / ct900620b . PMC 3637129 . PMID 23626502 .  
  26. ^ Виджей Панде (8 июня 2012). «FAHcon 2012: Размышляя о том, как далеко продвинулась FAH» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 12 июня 2012 года .
  27. ^ Кайл А. Бошамп; Дэниел Л. Энсайн; Риджу Дас; Виджай С. Панде (2011). «Количественное сравнение моделирования подобласти головного ворса и экспериментов по переносу энергии триплет-триплет» . Труды Национальной академии наук . 108 (31): 12734–9. Bibcode : 2011PNAS..10812734B . DOI : 10.1073 / pnas.1010880108 . PMC 3150881 . PMID 21768345 .  
  28. ^ Тимоти Х. Щелкните; Дебабани Гангули; Цзяньхан Чен (2010). «Внутренне нарушенные белки в мире, основанном на физике» . Международный журнал молекулярных наук . 11 (12): 919–27. DOI : 10.3390 / ijms11125292 . PMC 3100817 . PMID 21614208 .  
  29. ^ "Грег Боуман награжден Премией Куна" Сдвиг парадигмы 2010 " . simtk.org . SimTK: MSMBuilder. 29 марта 2010 года. Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года .
  30. ^ "Репозиторий исходного кода MSMBuilder" . MSMBuilder . simtk.org. 2012. Архивировано 12 октября 2012 года . Проверено 12 октября 2012 года .
  31. ^ «Биофизическое общество называет пять лауреатов премии 2012 года» . Biophysics.org . Биофизическое общество. 17 августа 2011 года Архивировано из оригинального 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года .
  32. ^ «Folding @ home - Награды» . Складной @ дома . Foldingathome.org. Август 2011. Архивировано из оригинального (FAQ) 21 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  33. ^ Витторио Беллотти; Моника Стоппини (2009). "Заболевания неправильного фолдинга белков" (PDF) . Открытый биологический журнал . 2 (2): 228–234. DOI : 10.2174 / 1874196700902020228 . Архивировано 22 февраля 2014 года. CS1 maint: bot: original URL status unknown (link)
  34. ^ a b c d e f g h i Лаборатория Панде (30 мая 2012 г.). "FAQ по изучению болезней Folding @ home" . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального (FAQ) 21 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  35. ^ a b Кольер, Лесли; Balows, Альберт; Суссман, Макс (1998). Махи, Брайан; Кольер, Лесли (ред.). Микробиология и микробные инфекции Топли и Вильсона . 1, вирусология (девятое изд.). Лондон: Арнольд. С. 75–91. ISBN 978-0-340-66316-5.
  36. ^ Фред Э. Коэн; Джеффри В. Келли (2003). «Терапевтические подходы к болезням неправильной упаковки белка». Природа (обзор). 426 (6968): 905–9. Bibcode : 2003Natur.426..905C . DOI : 10,1038 / природа02265 . PMID 14685252 . S2CID 4421600 .  
  37. ^ а б Чун Сонг; Шен Лим; Джу Тонг (2009). «Последние достижения в области компьютерного дизайна лекарств» . Брифинги по биоинформатике (обзор). 10 (5): 579–91. DOI : 10.1093 / нагрудник / bbp023 . PMID 19433475 . 
  38. ^ Б с д е е Панде лаборатории (2012). "Часто задаваемые вопросы о Folding @ Home Press" . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального (FAQ) 21 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  39. ^ Christian "schwancr" Schwantes (член Панде лаборатории) (15 августа 2011). «Проекты 7808 и 7809 в полном объеме» . Складной @ дома . Группа phpBB . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 16 октября 2011 года .
  40. ^ Дель Люсент; В. Вишал; Виджай С. Панде (2007). «Сворачивание белка в ограниченном пространстве: роль растворителя» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (25): 10430–10434. Bibcode : 2007PNAS..10410430L . DOI : 10.1073 / pnas.0608256104 . PMC 1965 530 . PMID 17563390 .  
  41. ^ Винсент А. Voelz; Виджай Р. Сингх; Уильям Дж. Ведемейер; Лиза Дж. Лапидус; Виджай С. Панде (2010). «Динамика развернутого состояния и структура белка L, характеризуемая моделированием и экспериментом» . Журнал Американского химического общества . 132 (13): 4702–4709. DOI : 10.1021 / ja908369h . PMC 2853762 . PMID 20218718 .  
  42. ^ Б Виджей Панде (23 апреля 2008). «Folding @ home и Simbios» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 9 ноября 2011 года .
  43. ^ Виджей Панде (25 октября 2011). «Re: Предлагаемые изменения на веб-сайте F @ h» . Складной @ дома . Группа phpBB . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 25 октября 2011 года .
  44. ^ Кэролайн Хэдли (2004). «Биологи мыслят шире» . EMBO Reports . 5 (3): 236–238. DOI : 10.1038 / sj.embor.7400108 . PMC 1299019 . PMID 14993921 .  
  45. ^ С. Пронк; П. Ларссон; И. Пуйя; Г. Р. Боуман; И.С. Хак; К. Бошан; Б. Гесс; VS Панде; PM Kasson; Э. Линдал (2011). «Коперник: новая парадигма параллельной адаптивной молекулярной динамики». 2011 Международная конференция по высокопроизводительным вычислениям, сетям, хранению данных и анализу : 1–10, 12–18.
  46. ^ Сандер Пронк; Иман Пуйя; Пер Ларссон; Питер Кассон; Эрик Линдал (17 ноября 2011 г.). "Коперник Скачать" . copernicus-computing.org . Коперник. Архивировано 12 октября 2012 года . Проверено 2 октября 2012 года .
  47. ^ Панде лаборатории (27 июля 2012). «Бумаги и результаты Folding @ home» . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 1 февраля 2019 года .
  48. ^ G Брент Ирвин; Омар М. Эль-Агнаф; Ганеш М. Шанкар; Доминик М. Уолш (2008). «Белковая агрегация в головном мозге: молекулярная основа болезней Альцгеймера и Паркинсона» . Молекулярная медицина (обзор). 14 (7–8): 451–464. DOI : 10.2119 / 2007-00100.Irvine . PMC 2274891 . PMID 18368143 .  
  49. ^ Клаудио Сото; Лисбелл Д. Эстрада (2008). «Неправильная упаковка белков и нейродегенерация» . Архив неврологии (обзор). 65 (2): 184–189. DOI : 10,1001 / archneurol.2007.56 . PMID 18268186 . 
  50. ^ Робин Ройчаудхури; Минфэн Ян; Минако М. Хоши; Дэвид Б. Теплоу (2008). «Сборка амилоидного β-белка и болезнь Альцгеймера» . Журнал биологической химии . 284 (8): 4749–53. DOI : 10.1074 / jbc.R800036200 . PMC 3837440 . PMID 18845536 .  
  51. ^ a b Николас В. Келли; В. Вишал; Грант А. Краффт; Виджей С. Панде. (2008). «Моделирование олигомеризации в экспериментальных концентрациях и длительных временных масштабах: подход модели состояния Маркова» . Журнал химической физики . 129 (21): 214707. Bibcode : 2008JChPh.129u4707K . DOI : 10.1063 / 1.3010881 . PMC 2674793 . PMID 19063575 .  
  52. ^ a b П. Новик, Дж. Раджадас, К. В. Лю, Н. В. Келли, М. Инаятулла и В. С. Панде (2011). Бюлер, Маркус Дж. (Ред.). «Рационально разработанная мутация, способствующая повороту в последовательности амилоид-β-пептида, стабилизирует олигомеры в растворе» . PLOS ONE . 6 (7): e21776. Bibcode : 2011PLoSO ... 621776R . DOI : 10.1371 / journal.pone.0021776 . PMC 3142112 . PMID 21799748 .  CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  53. ^ Aabgeena Наим; Навид Ахмад Фазили (2011). «Дефектное сворачивание и агрегация белков как основа нейродегенеративных заболеваний: более темный аспект белков». Биохимия и биофизика клетки (обзор). 61 (2): 237–50. DOI : 10.1007 / s12013-011-9200-х . PMID 21573992 . S2CID 22622999 .  
  54. ^ a b c d Грегори Р. Боуман; Сюйхуэй Хуанг; Виджай С. Панде (2010). «Сетевые модели молекулярной кинетики и их первые приложения к здоровью человека» . Cell Research (обзор). 20 (6): 622–630. DOI : 10.1038 / cr.2010.57 . PMC 4441225 . PMID 20421891 .  
  55. ^ Виджей Панде (18 декабря 2008). «Представлены новые результаты FAH о возможном новом лекарстве от болезни Альцгеймера» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 23 сентября 2011 года .
  56. ^ Пол А. Новик; Дахабада Х. Лопес; Ким М. Брэнсон; Александра Эстерас-Чопо; Изабелла А. Граф; Гал Битан; Виджай С. Панде (2012). «Дизайн ингибиторов агрегации β-амилоида на основе предсказанного структурного мотива» . Журнал медицинской химии . 55 (7): 3002–10. DOI : 10.1021 / jm201332p . PMC 3766731 . PMID 22420626 .  
  57. ^ Ислин (член лаборатории Панде) (22 июля 2011 г.). «Новый проект p6871 [Classic]» . Складной @ дома . Группа phpBB . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 17 марта 2012 года .( требуется регистрация )
  58. ^ Pande lab. "Описание проекта 6871" . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 27 сентября 2011 года .
  59. ^ Уокер FO (2007). "Болезнь Хантингтона". Ланцет . 369 (9557): 218–28 [220]. DOI : 10.1016 / S0140-6736 (07) 60111-1 . PMID 17240289 . S2CID 46151626 .  
  60. ^ Николас В. Келли; Сюйхуэй Хуанг; Стивен Тэм; Кристоф Списс; Джудит Фридман; Виджай С. Панде (2009). «Предсказанная структура головного убора белка Huntingtin и ее влияние на агрегацию Huntingtin» . Журнал молекулярной биологии . 388 (5): 919–27. DOI : 10.1016 / j.jmb.2009.01.032 . PMC 2677131 . PMID 19361448 .  
  61. ^ Сьюзен В. Либман; Стивен Мередит (2010). «Сворачивание белка: Sticky N17 ускоряет накопление хантинтина». Природа Химическая биология . 6 (1): 7–8. DOI : 10.1038 / nchembio.279 . PMID 20016493 . 
  62. ^ Дивакар Шукла (член Панде лаборатории) (10 февраля 2012). «Проект 8021 выпущен на бета-версию» . Складной @ дома . Группа phpBB . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 17 марта 2012 года .( требуется регистрация )
  63. ^ M Hollstein; Д Сидранский; Б. Фогельштейн; CC Harris (1991). «Мутации p53 при раке человека» . Наука . 253 (5015): 49–53. Bibcode : 1991Sci ... 253 ... 49H . DOI : 10.1126 / science.1905840 . PMID 1905840 . 
  64. ^ LT Чонг; CD Snow; YM Rhee; VS Панде. (2004). «Димеризация домена олигомеризации p53: идентификация складывающегося ядра с помощью моделирования молекулярной динамики». Журнал молекулярной биологии . 345 (4): 869–878. CiteSeerX 10.1.1.132.1174 . DOI : 10.1016 / j.jmb.2004.10.083 . PMID 15588832 .  
  65. ^ mah3, Виджай Панде (24 сентября 2004 г.). «Проект F @ H публикует результаты исследований, связанных с раком» . MaximumPC .com . Future US, Inc. Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года . Насколько нам известно, это первые рецензируемые результаты проекта распределенных вычислений, связанного с раком.
  66. ^ Лиллиан Т. Чонг; Уильям С. Свуп; Джед В. Питера; Виджай С. Панде (2005). "Кинетическое компьютерное сканирование аланина: применение к олигомеризации p53". Журнал молекулярной биологии . 357 (3): 1039–1049. DOI : 10.1016 / j.jmb.2005.12.083 . PMID 16457841 . 
  67. Перейти ↑ Almeida MB, do Nascimento JL, Herculano AM, Crespo-López ME (2011). «Молекулярные шапероны: к новым терапевтическим инструментам». Журнал молекулярной биологии (обзор). 65 (4): 239–43. DOI : 10.1016 / j.biopha.2011.04.025 . PMID 21737228 . 
  68. ^ Виджей Панде (28 сентября 2007). «Наномедицинский центр» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 23 сентября 2011 года .
  69. ^ Виджей Панде (22 декабря 2009). «Выпуск новых WU Protomol (Core B4)» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 23 сентября 2011 года .
  70. ^ Pande lab. «Описание проекта 180» . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 27 сентября 2011 года .
  71. ↑ TJ Lane (член лаборатории Pande) (8 июня 2011 г.). «Проект 7600 в бете» . Складной @ дома . Группа phpBB . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 27 сентября 2011 года .( требуется регистрация )
  72. ↑ TJ Lane (член лаборатории Pande) (8 июня 2011 г.). «Описание проекта 7600» . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 31 марта 2012 года .
  73. ^ «Ученые повышают потенцию, уменьшают побочные эффекты белка IL-2, используемого для лечения рака» . MedicalXpress.com . Medical Xpress. 18 марта 2012 года архивации с оригинала на 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года .
  74. ^ Арон М. Левин; Даррен Л. Бейтс; Аарон М. Ринг; Карстен Криг; Джек Т. Лин; Леон Су; Игнасио Морага; Миро Э. Ребер; Грегори Р. Боуман; Пол Новик; Виджай С. Панде; К. Гаррисон Фэтман; Онур Бойман; К. Кристофер Гарсия (2012). «Эксплуатируя естественные конформационные переключатель инженера интерлейкина-2„superkine “ » . Природа . 484 (7395): 529–33. Bibcode : 2012Natur.484..529L . DOI : 10,1038 / природа10975 . PMC 3338870 . PMID 22446627 .  
  75. ^ Раух F, Glorieux FH (2004). "Несовершенный остеогенез". Ланцет . 363 (9418): 1377–85. DOI : 10.1016 / S0140-6736 (04) 16051-0 . PMID 15110498 . S2CID 24081895 .  
  76. ^ Fratzl, Питер (2008). Коллаген: структура и механика . ISBN 978-0-387-73905-2. Проверено 17 марта 2012 года .
  77. ^ Gautieri A, S Uzel, Везентини S, Redaelli A, Бюлер MJ (2009). «Молекулярные и мезомасштабные механизмы несовершенного остеогенеза» . Биофизический журнал . 97 (3): 857–865. Bibcode : 2009BpJ .... 97..857G . DOI : 10.1016 / j.bpj.2009.04.059 . PMC 2718154 . PMID 19651044 .  
  78. ^ Парк Санхюн; Рэндалл Дж. Радмер; Тери Э. Кляйн; Виджай С. Панде (2005). «Новый набор параметров молекулярной механики для гидроксипролина и его использование в моделировании молекулярной динамики коллагеноподобных пептидов». Журнал вычислительной химии . 26 (15): 1612–1616. CiteSeerX 10.1.1.142.6781 . DOI : 10.1002 / jcc.20301 . PMID 16170799 . S2CID 13051327 .   
  79. ↑ Грегори Боуман (Член лаборатории Панде). «Проект 10125» . Складной @ дома . Группа phpBB . Проверено 2 декабря 2011 года .( требуется регистрация )
  80. ^ Хана Робсон Марсден; Ицуро Томатцу; Александр Крос (2011). «Модельные системы для плавления мембран». Обзоры химического общества (обзор). 40 (3): 1572–1585. DOI : 10.1039 / c0cs00115e . PMID 21152599 . 
  81. ^ Питер Кассон (2012). "Питер М. Кассон" . Лаборатория Кассона . Университет Вирджинии . Архивировано из оригинального 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года .
  82. ^ Питер М. Кассон; Афра Зомородян; Парк Санхюн; Нина Сингхал; Леонидас Дж. Гибас; Виджай С. Панде (2007). «Постоянные пустоты: новый структурный показатель для слияния мембран» . Биоинформатика . 23 (14): 1753–1759. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btm250 . PMID 17488753 . 
  83. ^ Питер М. Кассон; Дэниел Л. Энсайн; Виджай С. Панде (2009). «Сочетание молекулярной динамики с байесовским анализом для прогнозирования и оценки лиганд-связывающих мутаций в гемагглютинине гриппа» . Журнал Американского химического общества . 131 (32): 11338–11340. DOI : 10.1021 / ja904557w . PMC 2737089 . PMID 19637916 .  
  84. ^ Питер М. Кассон; Виджай С. Панде (2009). «Объединение взаимной информации со структурным анализом для скрининга функционально важных остатков в гемагглютинине гриппа» . Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу : 492–503. DOI : 10.1142 / 9789812836939_0047 . ISBN 978-981-283-692-2. PMC  2811693 . PMID  19209725 .
  85. ^ Виджей Панде (24 февраля 2012). «Сворачивание белка и вирусная инфекция» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 4 марта 2012 года .
  86. ^ Broekhuijsen, Нильс (3 марта 2020). «Помогите вылечить коронавирус с помощью оставшейся вычислительной мощности вашего ПК» . Оборудование Тома . Проверено 12 марта 2020 года .
  87. ↑ Боуман, Грег (27 февраля 2020 г.). «Folding @ home начинает борьбу с COVID-19/2019-nCoV» . Складной @ дома . Проверено 12 марта 2020 года .
  88. ^ «Folding @ home превращает свою массовую краудсорсинговую компьютерную сеть против COVID-19» . 16 марта 2020.
  89. ^ Виджей Панде (27 февраля 2012). «Новые методы компьютерного дизайна лекарств» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 1 апреля 2012 года .
  90. ^ Гуха Джаячандран; Рубашки MR; Искра; VS Панде (2006). «Параллельное вычисление по частям абсолютной связывающей свободной энергии с помощью стыковки и молекулярной динамики». Журнал химической физики . 125 (8): 084901. Bibcode : 2006JChPh.125h4901J . DOI : 10.1063 / 1.2221680 . PMID 16965051 . 
  91. ^ Pande lab. "Описание проекта 10721" . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 27 сентября 2011 года .
  92. ^ a b Грегори Боумен (23 июля 2012 г.). «В поисках новых мишеней для наркотиков» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 27 сентября 2011 года .
  93. ^ Грегори Р. Боуман; Филипп Л. Гейслер (июль 2012 г.). «Колебания равновесия одного свернутого белка выявляют множество потенциальных загадочных аллостерических сайтов» . PNAS . 109 (29): 11681–6. Bibcode : 2012PNAS..10911681B . DOI : 10.1073 / pnas.1209309109 . PMC 3406870 . PMID 22753506 .  
  94. ^ Паула М. Петроне; Кристофер Д. Сноу; Дель Люсент; Виджай С. Панде (2008). «Распознавание боковой цепи и вход в выходной туннель рибосомы» . Труды Национальной академии наук . 105 (43): 16549–54. Bibcode : 2008PNAS..10516549P . DOI : 10.1073 / pnas.0801795105 . PMC 2575457 . PMID 18946046 .  
  95. ^ Pande lab. "Описание проекта 5765" . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 2 декабря 2011 года .
  96. ^ Национальный институт неврологических расстройств и инсульта (21 августа 2018 г.). «Информационный бюллетень о болезни Крейтцфельдта-Якоба» . NIH . Проверено 2 марта 2019 года .
  97. ^ Б с д е е Купфера, л; Hinrichs, W; Грошуп, MH (2009). «Неправильная упаковка прионного белка» . Современная молекулярная медицина . Издательство Bentham Science. 9 (7): 826–835. DOI : 10.2174 / 156652409789105543 . PMC 3330701 . PMID 19860662 .  
  98. ^ a b c Риек, Польша; Хорнеманн, Симона; Wider, Герхард; Биллетер, Мартин; Глокшубер, Руди; Вютрих, Курт (1996). «Структура ЯМР домена прионного белка мыши в PrP (121-231)». Природа . Исследования природы. 382 (6587): 180–182. Bibcode : 1996Natur.382..180R . DOI : 10.1038 / 382180a0 . PMID 8700211 . S2CID 4251606 .  
  99. ^ а б Циглер, Дж; Sticht, H; Маркс, Калифорния; Мюллер, Вт; Rösch, P; Шварцингер, S (2003). «КД и ЯМР исследования прионного белка (PrP) helix1. Новое значение его роли в процессе преобразования PrPC -> PrPSc» (PDF) . J Biol Chem . Американское общество биохимии и молекулярной биологии. 278 (50): 50175–81. DOI : 10.1074 / jbc.M305234200 . PMID 12952977 . S2CID 29498217 .   
  100. ^ Говертс, Седрик; Хитрый, Хольгер; Брусинер, Стэнли Б.; Коэн, Фред (2004). «Доказательства сборки прионов с левыми β-спиралями в тримеры» . Proc Natl Acad Sci USA . Национальная академия наук. 101 (22): 8342–47. Bibcode : 2004PNAS..101.8342G . DOI : 10.1073 / pnas.0402254101 . PMC 420396 . PMID 15155909 .  
  101. ^ Сильвейра, Джей; Раймонд, Грегори; Хьюсон, Эндрю; Раса, Ричард; Сим, Валери; Caughey, Байрон; Хейс, Стэнли (2005). «Самые заразные частицы прионного белка» . Природа . Исследования природы. 437 (7056): 257–261. Bibcode : 2005Natur.437..257S . DOI : 10,1038 / природа03989 . PMC 1513539 . PMID 16148934 .  
  102. ^ a b Мур, Роджер А .; Таубнер, Лара М .; Приола, Сюзетт (2009). «Неправильная укладка прионного белка и болезнь» . Curr Opin Struct Biol . Эльзевир. 19 (1): 14–22. DOI : 10.1016 / j.sbi.2008.12.007 . PMC 2674794 . PMID 19157856 .  
  103. ^ Мур, Роджер А .; Герцог, Кристиан; Эрретт, Джон; Коциско, Дэвид А .; Арнольд, Кевин М .; Hayes, Stanley F .; Приола, Сюзетт А. (2006). «Вставки октапептидного повтора увеличивают скорость образования протеазо-устойчивого прионного белка» . Белковая наука . Вили-Блэквелл. 15 (3): 609–619. DOI : 10.1110 / ps.051822606 . PMC 2249780 . PMID 16452616 .  
  104. ^ Гассет, М; Болдуин, М; Ллойд, Д; Габриэль, Дж; Хольцман, Д; Коэн, Ф; Флеттерик, Р. Брусинер, S (1992). «Прогнозируемые альфа-спиральные области прионного белка при синтезе пептидов, образующих амилоид» . Proc Natl Acad Sci USA . Национальная академия наук. 89 (22): 10940–44. Bibcode : 1992PNAS ... 8910940G . DOI : 10.1073 / pnas.89.22.10940 . PMC 50458 . PMID 1438300 .  
  105. ^ Зиглер, Ян; Виериг, Кристина; Геймер, Стефан; Рош, Пол; Шварцингер, Стефан (2006). «Предполагаемые сайты инициации агрегации в прионном белке» . Письма FEBS . FEBS Press. 580 (8): 2033–40. DOI : 10.1016 / j.febslet.2006.03.002 . PMID 16545382 . S2CID 23876100 .  
  106. ^ Brusiner, Стэнли (1998). «Прионы» . Proc Natl Acad Sci USA . Национальная академия наук. 95 (23): 13363–83. Bibcode : 1998PNAS ... 9513363P . DOI : 10.1073 / pnas.95.23.13363 . PMC 33918 . PMID 9811807 .  
  107. ^ Ворберг, я; Groschup, MH; Pfaff, E; Приола, С.А. (2003). «Множественные аминокислотные остатки в прионном белке кролика ингибируют образование его аномальной изоформы» . J. Virol . Американское общество микробиологии. 77 (3): 2003–9. DOI : 10,1128 / JVI.77.3.2003-2009.2003 . PMC 140934 . PMID 12525634 .  
  108. ^ Барроу, CJ; Ясуда, А; Kenny, PT; Загорский, МГ (1992). «Конформации раствора и агрегационные свойства синтетических амилоидных бета-пептидов болезни Альцгеймера. Анализ спектров кругового дихроизма». J Biol Chem . Американское общество биохимии и молекулярной биологии. 225 (4): 1075–93. DOI : 10.1016 / 0022-2836 (92) 90106-т . PMID 1613791 . 
  109. ^ Кузнецов, Игорь; Раковский, Шалом (2004). «Сравнительный вычислительный анализ прионных белков выявил два фрагмента с необычными структурными свойствами и паттерном увеличения гидрофобности, связанного с мутациями, способствующими заболеванию» . Белковая наука . Вили-Блэквелл. 13 (12): 3230–44. DOI : 10.1110 / ps.04833404 . PMC 2287303 . PMID 15557265 .  
  110. ^ Баскаков, И.В.; Имя ноги, G; Болдуин, Массачусетс; Prusiner, SB; Коэн, FE (2002). «Сложность пути сборки прионного белка в амилоид» . J Biol Chem . Американское общество биохимии и молекулярной биологии. 277 (24): 21140–8. DOI : 10.1074 / jbc.M111402200 . PMID 11912192 . 
  111. ^ Рэддик, М. Джордан; Брейси, Джорджия; Гей, Памела Л .; Линтотт, Крис Дж .; Мюррей, Фил; Шавински, Кевин; Салай, Александр С .; Ванденберг, Ян (декабрь 2010 г.). «Зоопарк Галактики: Изучение мотивов волонтеров гражданской науки». Обзор астрономического образования . 9 (1): 010103. arXiv : 0909.2925 . Bibcode : 2010AEdRv ... 9a0103R . DOI : 10.3847 / AER2009036 . S2CID 118372704 . 
  112. ^ Викки, Curtis (20 апреля 2018). Интернет-гражданская наука и расширение академических кругов: распределенное участие в исследованиях и производстве знаний . Чам, Швейцария. ISBN 9783319776644. OCLC  1034547418 .
  113. ^ Ноябрь, Одед; Арази, Офер; Андерсон, Дэвид (2011). «Пыль для науки: мотивация и участие волонтеров в области науки цифрового гражданина» . Материалы конференции IConference 2011 по теме - IConference '11 . IConference '11. Сиэтл, Вашингтон: ACM Press: 68–74. DOI : 10.1145 / 1940761.1940771 . ISBN 9781450301213. S2CID  12219985 .
  114. ^ Кертис, Викки (декабрь 2015). «Мотивация к участию в онлайн-игре Citizen Science Game: исследование Foldit» (PDF) . Научное общение . 37 (6): 723–746. DOI : 10.1177 / 1075547015609322 . ISSN 1075-5470 . S2CID 1345402 .   
  115. ^ a b c Кертис, Викки (27 апреля 2018 г.). «Паттерны участия и мотивации в Folding @ home: вклад энтузиастов аппаратного обеспечения и оверклокеров» . Гражданская наука: теория и практика . 3 (1): 5. DOI : 10,5334 / cstp.109 . ISSN 2057-4991 . 
  116. ^ Колвелл Б. (март 2004). «Дзен разгона». Компьютер . 37 (3): 9–12. DOI : 10,1109 / MC.2004.1273994 . ISSN 0018-9162 . S2CID 21582410 .  
  117. ^ Клетцер, Laure; Да Коста, Жюльен; Шнайдер, Дэниел К. (31 декабря 2016 г.). «Не так пассивно: участие и обучение в проектах Volunteer Computing» . Человеческие вычисления . 3 (1). DOI : 10.15346 / hc.v3i1.4 . ISSN 2330-8001 . 
  118. ^ Darch Питер; Карузи Аннамария (13 сентября 2010 г.). «Сохранение волонтеров в волонтерских компьютерных проектах» . Философские труды Королевского общества A: математические, физические и инженерные науки . 368 (1926): 4177–4192. Bibcode : 2010RSPTA.368.4177D . DOI : 10,1098 / rsta.2010.0163 . PMID 20679130 . 
  119. ^ «Исследование участников 2013: выводы и следующие шаги» . Сетка мирового сообщества.
  120. ↑ Кребс, Виола (31 января 2010 г.). «Мотивация киберволонтеров в прикладной распределенной вычислительной среде: пример MalariaControl.net». Первый понедельник . 15 (2). DOI : 10.5210 / fm.v15i2.2783 .
  121. ^ Кертис, Викки (2015). Интернет-проекты гражданской науки: исследование мотивации, вклада и участия, докторская диссертация (PDF) . Великобритания: Открытый университет.
  122. ^ Мимс 2010
  123. ^ Pande 2008 : «Время на настенных часах - единственное, что имеет значение, и поэтому мы сравниваем настенные часы (и почему в наших статьях мы делаем упор на настенные часы)».
  124. ^ Виджей Панде (16 сентября 2007). «Преодоление барьера петафлопс» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 28 августа 2011 года .
  125. ^ а б Майкл Гросс (2012). «Сворачивание исследований привлекает нестандартную помощь» . Текущая биология . 22 (2): R35 – R38. DOI : 10.1016 / j.cub.2012.01.008 . PMID 22389910 . 
  126. ^ "Список TOP500 - июнь 2007" . top500.org . Top500 . Июнь 2007 . Проверено 20 сентября 2012 года .
  127. ^ «Folding @ Home достигает 2 Петафлопс» . n4g.com . HAVAmedia. 8 мая 2008 года. Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года .
  128. ^ «NVIDIA достигает вехи монументального складывания @ Home с Cuda» . nvidia.com . Корпорация NVIDIA . 26 августа 2008 . Проверено 20 сентября 2012 года .
  129. ^ "3 ПетаФЛОП барьер" . longecity.org . Долголетие. 19 августа 2008 года. Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года .
  130. ^ «Увеличение числа« активных »папок PS3 приводит к тому, что Folding @ home превышает 4 петафлопс!» . team52735.blogspot.com . Blogspot . 29 сентября 2008 года. Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года .
  131. ^ Виджей Панде (18 февраля 2009). «Folding @ home соответствует отметке 5 петафлоп» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 31 августа 2011 года .
  132. ^ "Преодоление барьера в 5 петафлопс" . longecity.org . Долголетие. 18 февраля 2009 года. Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года .
  133. ^ Драган Zakic (май 2009). "Community Grid Computing - Исследования в параллельных и распределенных системах" (PDF) . Колледж наук Университета Мэсси . Университет Мэсси . Архивировано из оригинального (PDF) 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года .
  134. ^ Уильям Ито. «Обзор последних достижений в области сворачивания белков ab initio в рамках проекта Folding @ home» (PDF) . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального (PDF) 22 сентября 2012 года . Проверено 22 сентября 2012 года .
  135. ^ «Список TOP500 - ноябрь 2008 г.» . top500.org . Top500 . Ноябрь 2008 . Проверено 20 сентября 2012 года .
  136. ↑ Джесси Викторс (10 ноября 2011 г.). «Шесть родных петафлопов» . Складной @ дома . Группа phpBB . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 11 ноября 2011 года .
  137. ^ Ристо Kantonen (23 сентября 2013). "Статистика Folding @ home - Google Документы" . Складной @ дома . Проверено 23 сентября 2013 года .
  138. ^ "Почти достигнуто 100 Петафлопс" . Foldingathome.org. 11 мая 2016 года . Проверено 9 августа 2016 года .
  139. ↑ Боуман, Грег (20 марта 2020 г.). «Удивительно! @Foldingathome теперь имеет более 470 петафлопс вычислительной мощности. Для сравнения: это более чем в 2 раза превышает пиковую производительность суперкомпьютера Summit!» . @drGregBowman . Проверено 20 марта 2020 года .
  140. ^ "Folding @ home stats report" . 20 марта, 2020. Архивировано из оригинала 20 марта 2020 года . Проверено 20 марта 2020 года .
  141. ↑ Шилов, Антон (25 марта 2020 г.). «Folding @ Home Reaches Exascale: 1 500 000 000 000 000 000 операций в секунду для COVID-19» . Anandtech . Проверено 26 марта 2020 года .
  142. ^ "Folding @ home stats report" . 20 ноября 2020.
  143. ^ а б в г д Лаборатория Панде (20 августа 2012 г.). «Часто задаваемые вопросы о Folding @ home Points» . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального (FAQ) 21 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  144. ^ Панде лаборатории (23 июля 2012). «Часто задаваемые вопросы о Folding @ home Passkey» . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального (FAQ) 21 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  145. ^ Б Питер Кассон (член лаборатории Панде) (24 января 2010). «предстоящий выпуск ядер SMP2» . Складной @ дома . Группа phpBB . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 30 сентября 2011 года .
  146. ^ а б в г д Лаборатория Панде (18 августа 2011 г.). «Главный FAQ по Folding @ home» (FAQ) . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  147. ^ "Официальный форум команды Extreme Overclocking Folding @ home" . forum.extremeoverclocking.com . Экстремальный разгон. Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года .
  148. ^ Б с д е е г Адам Beberg; Даниэль Энсин; Гуха Джаячандран; Сирадж Халик; Виджай Панде (2009). «Folding @ home: уроки восьми лет добровольных распределенных вычислений» (PDF) . 2009 Международный симпозиум IEEE по параллельной и распределенной обработке . Ход работы . С. 1–8. DOI : 10.1109 / IPDPS.2009.5160922 . ISBN  978-1-4244-3751-1. ISSN  1530-2075 . S2CID  15677970 .
  149. ↑ Норман Чан (6 апреля 2009 г.). «Помогите команде Maximum PC Folding Team выиграть следующее испытание с шимпанзе!» . Maximumpc.com . Future US, Inc. Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года .
  150. ^ a b c Лаборатория Панде (11 июня 2012 г.). "Folding @ home SMP FAQ" . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального (FAQ) 21 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  151. ^ Виджей Панде (5 апреля 2011). «Больше прозрачности в тестировании» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 14 октября 2011 года .
  152. ↑ Брюс Борден (7 августа 2011 г.). «Re: Gromacs не может продолжать дальше» . Складной @ дома . Группа phpBB . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 7 августа 2011 года .
  153. ^ PantherX (1 октября 2011). «Re: Project 6803: (Run 4, Clone 66, Gen 255)» . Складной @ дома . Группа phpBB . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 9 октября 2011 года .
  154. ^ PantherX (31 октября 2010). «Устранение неполадок с плохими WU» . Складной @ дома . Группа phpBB . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 7 августа 2011 года .
  155. ^ Карстен Кутцнер; Дэвид Ван Дер Споул; Мартин Фехнер; Эрик Линдал; Удо В. Шмитт; Берт Л. Де Гроот; Гельмут Грубмюллер (2007). «Ускорение параллельной работы GROMACS в сетях с высокой задержкой». Журнал вычислительной химии . 28 (12): 2075–2084. DOI : 10.1002 / jcc.20703 . hdl : 11858 / 00-001M-0000-0012-E29A-0 . PMID 17405124 . S2CID 519769 .  
  156. ^ Берк Хесс; Карстен Кутцнер; Дэвид ван дер Споэль; Эрик Линдал (2008). «GROMACS 4: алгоритмы для высокоэффективного, сбалансированного по нагрузке и масштабируемого молекулярного моделирования». Журнал химической теории и вычислений . 4 (3): 435–447. DOI : 10.1021 / ct700301q . hdl : 11858 / 00-001M-0000-0012-DDBF-0 . PMID 26620784 . 
  157. ^ Панде лаборатории (19 августа 2012). "Folding @ home Gromacs FAQ" . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального (FAQ) 21 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  158. ^ Панде лаборатории (7 августа 2012). «Указатель часто задаваемых вопросов о Folding @ home» . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального 21 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  159. ^ Виджей Панде (25 сентября 2009). «Новости о новых ядрах и клиентах FAH» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 24 февраля 2012 года .
  160. ^ а б М. С. Фридрихс; П. Истман; В. Вайдьянатан; М. Хьюстон; С. ЛеГранд; А.Л. Беберг; DL Ensign; CM Bruns; VS Панде (2009). «Ускорение молекулярно-динамического моделирования на графических процессорах» . Журнал вычислительной химии . 30 (6): 864–72. DOI : 10.1002 / jcc.21209 . PMC 2724265 . PMID 19191337 .  
  161. ^ Панде лаборатории (19 августа 2012). «Инициатива Folding @ home Petaflop» . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального (FAQ) 21 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  162. ^ a b Pande lab (10 февраля 2011 г.). «Руководство по установке однопроцессорного клиента Windows» . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального (Путеводителя) 21 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  163. ^ PantherX (2 сентября 2010). «Re: Может ли Folding @ home повредить любую часть моего компьютера?» . Складной @ дома . Группа phpBB . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 25 февраля 2012 года .
  164. ^ a b c Виджай Панде (17 июня 2009 г.). «Каким образом осуществляется разработка кода FAH и системный администратор?» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 14 октября 2011 года .
  165. ^ a b Pande lab (30 мая 2012 г.). «Руководство по удалению Folding @ home» . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального (Путеводителя) 21 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  166. ^ a b Разработчики Folding @ home. "Репозиторий исходного кода FAHControl" . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального 12 декабря 2012 года . Проверено 15 октября 2012 года .
  167. ^ Pande lab. «Клиент распределенных вычислений Folding @ home» . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального 21 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  168. ^ Виджей Панде (28 июня 2008). «Лицензионное соглашение с конечным пользователем (EULA) Folding @ home» . Складной @ дома . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 15 мая 2012 года .
  169. ^ unikuser (7 августа 2011 г.). «FoldingAtHome» . Документация Ubuntu . help.ubuntu.com. Архивировано 22 сентября 2012 года . Проверено 22 сентября 2012 года .
  170. ^ "Случай модифицированных двоичных файлов" . Левиафан Безопасность .
  171. ^ «Исправление / создание дыр в двоичных файлах ELF / программах - Black Hat» .
  172. ^ возможно с использованием таких инструментов, как ERESI
  173. ^ "x86 - Как разобрать, изменить и затем собрать исполняемый файл Linux?" . Переполнение стека .
  174. ^ "linux - Как мне добавить функциональность к существующему исполняемому двоичному файлу?" . Обмен стеками обратного проектирования .
  175. ^ «Обход сертификата: сокрытие и запуск вредоносного ПО из исполняемого файла с цифровой подписью» (PDF) . BlackHat.com . Глубокий инстинкт . Август 2016 г.
  176. ^ Финеус Р.Л. Марквик; Дж. Эндрю Маккаммон (2011). «Изучение функциональной динамики биомолекул с помощью ускоренной молекулярной динамики». Физическая химия Химическая физика . 13 (45): 20053–65. Bibcode : 2011PCCP ... 1320053M . DOI : 10.1039 / C1CP22100K . PMID 22015376 . 
  177. ^ Рубашки MR; VS Панде. (2000). «Хранители экрана мира, объединяйтесь!». Наука . 290 (5498): 1903–1904. DOI : 10.1126 / science.290.5498.1903 . PMID 17742054 . S2CID 2854586 .  
  178. ^ Pande lab. "Краткое содержание Folding @ Home" (PDF) . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано 21 сентября 2012 года (PDF) . Проверено 4 октября 2011 года .
  179. ^ Rattledagger, Виджей Панде (1 апреля 2005). "Клиент Folding @ home для BOINC в бета-версии" скоро " " . Boarddigger.com . Anandtech.com. Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года .
  180. ^ a b c Лаборатория Панде (30 мая 2012 г.). «Часто задаваемые вопросы по высокой производительности» . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального (FAQ) 21 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  181. ^ Джон Д. Оуэнс; Дэвид Любке; Нага Говиндараджу; Марк Харрис; Йенс Крюгер; Аарон Лефон; Тимоти Дж. Перселл (2007). «Обзор универсальных вычислений на графическом оборудовании». Форум компьютерной графики . 26 (1): 80–113. CiteSeerX 10.1.1.215.426 . DOI : 10.1111 / j.1467-8659.2007.01012.x . S2CID 62756490 .  
  182. ^ П. Истман; VS Панде (2010). «OpenMM: аппаратно-независимая структура для молекулярного моделирования» . Вычислительная техника в науке и технике . 12 (4): 34–39. Bibcode : 2010CSE .... 12d..34E . DOI : 10,1109 / MCSE.2010.27 . ISSN 1521-9615 . PMC 4486654 . PMID 26146490 .   
  183. ^ И. Хак; VS Панде (2010). «Точные данные о мягких ошибках: крупномасштабная оценка реальной частоты ошибок в GPGPU». 2010 10-я Международная конференция IEEE / ACM по кластерам, облачным и сетевым вычислениям . С. 691–696. arXiv : 0910.0505 . DOI : 10,1109 / CCGRID.2010.84 . ISBN 978-1-4244-6987-1. S2CID  10723933 .
  184. ^ a b c Лаборатория Панде (18 марта 2011 г.). "ATI FAQ" . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального (FAQ) 21 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  185. ^ Виджей Панде (23 мая 2008). «Новости GPU (о поддержке GPU1, GPU2 и NVIDIA)» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 8 сентября 2011 года .
  186. ^ Трэвис Дезелл; Энтони Уотерс; Малик Магдон-Исмаил; Болеслав К. Шиманский; Карлос А. Варела; Мэтью Ньюби; Хайди Ньюберг; Андреас Пржиставик; Дэвид Андерсон (2009). «Ускорение проекта добровольных вычислений MilkyWay @ Home с помощью графических процессоров». 8 - я Международная конференция по параллельной обработке и прикладной математики (PPAM 2009) Часть I . С. 276–288. CiteSeerX 10.1.1.158.7614 . ISBN  978-3-642-14389-2.
  187. ^ Виджей Панде (10 апреля 2008). «Открытая бета-версия GPU2» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 7 сентября 2011 года .
  188. ^ Виджей Панде (15 апреля 2008). «Обновления для страницы загрузки / GPU2 запущены» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 7 сентября 2011 года .
  189. ^ Виджей Панде (11 апреля 2008). «Открытая бета-версия GPU2 идет хорошо» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 7 сентября 2011 года .
  190. ^ Б Виджей Панде (24 апреля 2010). «Подготовка к переходу на GPU3: новый клиент и клиенты NVIDIA FAH GPU будут (в будущем) нуждаться в CUDA 2.2 или новее» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 8 сентября 2011 года .
  191. ^ Виджей Панде (25 мая 2010). «Folding @ home: открытая бета-версия клиента / ядра GPU3» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 7 сентября 2011 года .
  192. ^ Иосиф Coffland (генеральный директор ООО Котла развития и ведущего разработчика в Folding @ Home) (13 октября 2011). «Re: Выпущен FAHClient V7.1.38 (4-я открытая бета-версия)» . Складной @ дома . Группа phpBB . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 15 октября 2011 года .
  193. ^ "Руководство по установке NVIDIA GPU3 Linux / Wine Headless" . Складной @ дома . Группа phpBB . 8 ноября 2008 года. Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 5 сентября 2011 года .
  194. ^ Pande lab. «Клиентская статистика по ОС» . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано 28 ноября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  195. ↑ Брюс Борден (25 июня 2013 г.). «GPU FahCore_17 теперь доступен для Windows и Linux» . Складной @ дома . Группа phpBB . Проверено 30 сентября 2014 года .
  196. ^ "Futures in Biotech 27: Folding @ home на 1,3 петафлопс" . Castroller.com . CastRoller. 28 декабря 2007 года. Архивировано из оригинала (интервью, веб-трансляция) 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года .
  197. ^ а б Эдгар Луттманн; Дэниел Л. Энсайн; Вишал Вайдьянатан; Майк Хьюстон; Ноам Римон; Jeppe Øland; Гуха Джаячандран; Марк Фридрихс; Виджай С. Панде (2008). «Ускорение молекулярно-динамического моделирования на процессоре клетки и PlayStation 3». Журнал вычислительной химии . 30 (2): 268–274. DOI : 10.1002 / jcc.21054 . PMID 18615421 . S2CID 33047431 .  
  198. ^ a b Дэвид Э. Уильямс (20 октября 2006 г.). «Серьезная сторона PlayStation: борьба с болезнями» . CNN. Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года .
  199. ↑ Джерри Ляо (23 марта 2007 г.). «Домашнее лекарство: PlayStation 3 для изучения причин рака» . mb.com . Издательство Manila Bulletin Publishing Corporation. Архивировано из оригинального 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года .
  200. ↑ Лу Кестен, Ассошиэйтед Пресс (26 марта 2007 г.). «Неделя новостей видеоигр:« Бог войны II »штурмует PS2; исследовательский проект для PS3» . Post-Gazette.com . Pittsburgh Post-Gazette . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года .
  201. ↑ Элейн Чоу (18 сентября 2008 г.). «Служба новостей PS3, жизнь с PlayStation, теперь доступна для загрузки» . Gizmodo.com . Gizmodo . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года .
  202. ^ Виджей Панде (18 сентября 2008). «Жизнь с Playstation - новое обновление клиента FAH / PS3» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 24 февраля 2012 года .
  203. ^ Панде лаборатории (30 мая 2012). «PS3 FAQ» . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального (FAQ) 21 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  204. ↑ Эрик Лемпель (21 октября 2012 г.). «Обновление системного программного обеспечения PS3 (v4.30)» . Блог PlayStation . Sony . Архивировано 22 октября 2012 года . Проверено 21 октября 2012 года .
  205. ^ «Прекращение жизни с PlayStation» . Жизнь с PlayStation . Sony . 6 ноября 2012 года в архив с оригинала на 9 ноября 2012 года . Проверено 8 ноября 2012 года .
  206. ^ a b Виджай Панде (15 июня 2008 г.). "Что делает ядро ​​SMP?" . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 7 сентября 2011 года .
  207. ↑ Дэниел Л. Энсайн; Питер М. Кассон; Виджай С. Панде (2007). «Неоднородность даже на пределе скорости складывания: крупномасштабное исследование молекулярной динамики быстро складывающегося варианта головного убора Виллина» . Журнал молекулярной биологии . 374 (3): 806–816. DOI : 10.1016 / j.jmb.2007.09.069 . PMC 3689540 . PMID 17950314 .  
  208. ^ Б Виджей Панде (8 марта 2008). «Разработка нового клиента / ядра Windows (SMP и классические клиенты)» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 30 сентября 2011 года .
  209. ^ Б Питер Кассон (член лаборатории Панде) (15 июля 2009). «новый выпуск: сверхбольшие рабочие единицы» . Складной @ дома . Группа phpBB . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 9 октября 2011 года .
  210. ^ Виджей Панде (7 февраля 2012). «Новости о« bigadv-16 », новом развертывании bigadv» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 9 февраля 2012 года .
  211. ^ Виджей Панде (2 июля 2011). «Изменение системы начисления очков за рабочие единицы bigadv» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 24 февраля 2012 года .
  212. ^ Виджей Панде (15 января 2014). «Пересмотренные планы эксперимента BigAdv (BA)» . Проверено 6 октября 2014 года .
  213. ^ a b Pande lab (23 марта 2012 г.). «Руководство по установке Windows (FAH V7)» . Складной @ дома . Foldingathome.org. Архивировано из оригинального (Путеводителя) 21 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 года .
  214. ^ a b c Виджай Панде (29 марта 2011 г.). «Клиентская версия 7 сейчас в открытом бета-тестировании» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 14 августа 2011 года .
  215. ^ Виджей Панде (22 марта 2012). «Обновление веб-страницы и внедрение версии 7» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 22 марта 2012 года .
  216. ^ Виджей Панде (31 марта 2011). «Выпущено ядро ​​16 для ATI; также обратите внимание на поддержку графических процессоров NVIDIA для старых плат» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 7 сентября 2011 года .
  217. ^ aschofield и jcoffland (3 октября 2011 г.). «Билет № 736 (Ссылка на GPL в FAHControl)» . Складной @ дома . Trac . Архивировано из оригинального 12 октября 2012 года . Проверено 12 октября 2012 года .
  218. ^ Панда, Виджайте (24 февраля 2014). «Добавление совершенно нового способа сворачивания прямо в браузере» . Foldingathome.org . Pande Lab, Стэнфордский университет . Проверено 13 февраля 2015 года .
  219. ^ «Уведомление о завершении работы веб-клиента NaCL» . Складной @ Home . Складной @ Home . Проверено 29 августа 2019 года .
  220. ^ Панде, Виджай (7 июля 2015). «Первая полная версия нашего клиента Folding @ Home для мобильных телефонов Android» . Складной @ Home . Foldingathome.org . Проверено 31 мая 2016 года .
  221. ^ «Складной @ Home» . Google Play . 2016 . Проверено 31 мая 2016 года .
  222. ^ "Капитальный ремонт клиента Android" . Складной @ дома . 2 февраля 2018 . Проверено 22 июля 2019 года .
  223. ^ Lensink MF, Мендес R, Wodak SJ (декабрь 2007). «Докинг и оценка белковых комплексов: CAPRI, 3-е издание». Белки . 69 (4): 704–18. DOI : 10.1002 / prot.21804 . PMID 17918726 . S2CID 25383642 .  
  224. ^ Грегори Р. Боуман; Виджай С. Панде (2009). «Имитация отпуска дает представление о функции оценки Rosetta с низким разрешением». Белки: структура, функции и биоинформатика . 74 (3): 777–88. DOI : 10.1002 / prot.22210 . PMID 18767152 . S2CID 29895006 .  
  225. ^ GR Bowman и VS Pande (2009). Хофманн, Андреас (ред.). «Роль энтропии и кинетики в предсказании структуры» . PLOS ONE . 4 (6): e5840. Bibcode : 2009PLoSO ... 4.5840B . DOI : 10.1371 / journal.pone.0005840 . PMC 2688754 . PMID 19513117 .  
  226. ^ Gen_X_Accord, Виджей Панде (11 июня 2006). «Folding @ home против Rosetta @ home» . Rosetta @ домашние форумы . Вашингтонский университет . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 года .
  227. ^ Виджей Панде (13 октября 2011). «Сравнение подходов FAH и Антона» . Складной @ дома . typepad.com . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 25 февраля 2012 года .
  228. ^ a b c Томас Дж. Лейн; Грегори Р. Боуман; Кайл Бошамп; Винсент Элвин Воелз; Виджай С. Панде (2011). "Модель состояния Маркова выявляет складку и функциональную динамику в сверхдлинных MD-траекториях" . Журнал Американского химического общества . 133 (45): 18413–9. DOI : 10.1021 / ja207470h . PMC 3227799 . PMID 21988563 .  
  229. ^ Дэвид Э. Шоу; и другие. (2009). Моделирование молекулярной динамики на Антоне в миллисекундном масштабе . Труды конференции по высокопроизводительным сетевым вычислениям, хранению и анализу . С. 1–11. DOI : 10.1145 / 1654059.1654099 . ISBN 978-1-60558-744-8. S2CID  53234452 .
  230. ^ Дэвид Э. Шоу; и другие. (2010). "Характеристика структурной динамики белков на атомном уровне". Наука . 330 (6002): 341–346. Bibcode : 2010Sci ... 330..341S . DOI : 10.1126 / science.1187409 . PMID 20947758 . S2CID 3495023 .  
  231. ^ Дэвид Э. Шоу; Мартин М. Денеров; Рон О. Дрор; Джеффри С. Кускин; Ричард Х. Ларсон; Джон К. Сэлмон; Клифф Янг; Брэннон Бэтсон; Кевин Дж. Бауэрс; Джек С. Чао; Майкл П. Иствуд; Джозеф Гальярдо; JP Grossman; К. Ричард Хо; Дуглас Дж. Иерарди; и другие. (2008). "Антон, Специальная машина для моделирования молекулярной динамики" . Коммуникации ACM . 51 (7): 91–97. DOI : 10.1145 / 1364782.1364802 .
  232. ↑ Рон О. Дрор; Роберт М. Диркс; JP Grossman; Хуафэн Сюй; Дэвид Э. Шоу (2012). «Биомолекулярное моделирование: компьютерный микроскоп для молекулярной биологии». Ежегодный обзор биофизики . 41 : 429–52. DOI : 10,1146 / annurev-Biophys-042910-155245 . PMID 22577825 . 
  233. ↑ TJ Lane (член лаборатории Pande) (6 июня 2011 г.). «Проект 7610 и 7611 в бета-версии» . Складной @ дома . Группа phpBB . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 25 февраля 2012 года .( требуется регистрация )
  234. ^ Pande lab. «Описание проекта 7610» . Складной @ дома . Архивировано 21 сентября 2012 года . Проверено 26 февраля 2012 года .

Источники [ править ]

  • Folding @ home (nde), "About" , Folding @ home , получено 26 апреля 2020 г.
  • Мимс, Кристофер (8 ноября 2010 г.), «Почему новый суперкомпьютер в Китае является самым быстрым только в техническом отношении» , Technology Review , Массачусетский технологический институт, заархивировано из оригинала 21 сентября 2012 г. , получено 20 сентября 2012 г.
  • Новости 12 Лонг-Айленд (13 мая 2020 г.), Университет Хофстра предоставляет ресурсную лабораторию для всемирного исследования COVID-19 , получено 24 мая 2020 г.
  • Панде, Виджай С. (10 ноября 2008 г.), «Re: Статистика ATI и NVIDIA в сравнении с числами PPD» , Folding Forum , пятое сообщение снизу, заархивировано из оригинала 21 сентября 2012 г. , получено 26 апреля 2020 г.

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный веб-сайт
Послушайте эту статью ( 1 час 13 минут )
Spoken Wikipedia icon
Этот аудиофайл был создан на основе редакции этой статьи от 7 октября 2014 года и не отражает последующих правок. (2014-10-07)
( Аудио справка  · Больше устных статей )