GROningen MOlecular Simulation (GROMOS) - это название силового поля для моделирования молекулярной динамики и связанного с ним пакета компьютерного программного обеспечения . Оба они разработаны в Университете Гронингена и в группе компьютерной химии [1] в лаборатории физической химии [2] Швейцарского федерального технологического института ( ETH Zurich ). В Гронингене Герман Берендсен принимал участие в его разработке. [3]
Разработчики) | Вильфред ван Гунстерен. Филипп Хюненбергер, Сереина Риникер, Крис Остенбринк |
---|---|
Первый выпуск | 1978 |
Стабильный выпуск | GROMOS 11 v1.3.0 / май 2011 г . |
Написано в | Фортран <= 1996, C ++ => 2011 |
Операционная система | Unix-подобный |
Платформа | x86 |
Доступно в | английский |
Тип | Молекулярная динамика |
Лицензия | Проприетарный |
Веб-сайт | www |
Силовое поле объединенного атома оптимизировано с учетом свойств конденсированной фазы алканов .
Версии
ГРОМОС87
Алифатические и ароматические атомы водорода были включены неявно, представляя атом углерода и присоединенные атомы водорода как одну группу с центром на атоме углерода, единое силовое поле атома. Параметры силы Ван-дер-Ваальса были получены из расчетов кристаллических структур углеводородов и аминокислот с использованием коротких (0,8 нм) несвязанных радиусов отсечки. [4]
ГРОМОС96
В 1996 году был выпущен существенно переработанный пакет программного обеспечения. [5] [6] Силовое поле также было улучшено, например, следующим образом: алифатические группы CH n были представлены в виде объединенных атомов с репараметризованными ван-дер-ваальсовыми взаимодействиями на основе серии молекулярно-динамических симуляций модельных жидких алканов с использованием большие (1,4 нм) несвязанные радиусы отсечки. [7] Эта версия постоянно совершенствуется, и доступно несколько различных наборов параметров. GROMOS96 включает исследования молекулярной динамики, стохастической динамики и минимизации энергии. Энергетический компонент также был частью предыдущего GROMOS, названного GROMOS87. GROMOS96 был спроектирован и задуман в течение 20 месяцев. Пакет состоит из 40 различных программ, каждая из которых выполняет свои основные функции. Примером двух важных программ в GROMOS96 являются PROGMT, отвечающий за построение молекулярной топологии, а также PROPMT, изменяющий классическую молекулярную топологию на молекулярную топологию с интегралом по траекториям.
GROMOS05
Обновленная версия программного обеспечения была представлена в 2005 году. [8]
ГРОМОС11
Текущий релиз ГРОМОС датирован маем 2011 года.
Наборы параметров
Некоторые из наборов параметров силового поля , основанные на силовом поле GROMOS. Версия A применяется к водным или неполярным растворам белков , нуклеотидов и сахаров . Версия B применяется к изолированным молекулам (газовая фаза).
54
- 54A7 [9] - 53A6 взяты и скорректированы члены крутильного угла, чтобы лучше воспроизводить спиральные наклонности, измененное N – H, отталкивание C = O, новая группа заряда CH 3 , параметризация Na + и Cl - для улучшения свободной энергии гидратации и новых неподходящих двугранные.
- 54B7 [9] - 53B6 взяты в вакууме и заменены так же, как 53A6 на 54A7.
53
- 53A5 [10] - оптимизирован путем первой подгонки для воспроизведения термодинамических свойств чистых жидкостей ряда небольших полярных молекул и энтальпий без сольватации аналогов аминокислот в циклогексане, представляет собой расширение и изменение нумерации 45A3.
- 53A6 [10] - 53A5 взяты и скорректированы частичные заряды для воспроизведения энтальпий без гидратации в воде, рекомендованные для моделирования биомолекул в чистой воде.
45
- 45A3 [11] - подходит для нанесения на липидные агрегаты, такие как мембраны и мицеллы , для смешанных систем алифатических соединений с водой или без воды, для полимеров и других неполярных систем, которые могут взаимодействовать с различными биомолекулами.
- 45A4 [12] - 45A3 изменен для улучшения представления ДНК .
43 год
- 43A1 [13]
- 43A2 [13]
Смотрите также
- GROMACS
- Аскалаф Дизайнер
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Сравнение реализаций силового поля
Рекомендации
- ^ Группа компьютерной химии, ETH Zurich
- ^ Лаборатория физической химии, ETH Zurich
- ^ "Берни Дж. Алдер Приз CECAM" . Европейский центр атомного расчета и образования. Архивировано из оригинального 13 апреля 2016 года . Проверено 25 апреля 2016 года .
- ^ WF van Gunsteren и HJC Berendsen, Руководство по библиотеке молекулярного моделирования Гронингена (GROMOS) , BIOMOS bv, Groningen, 1987.
- ^ ван Гунстерен, ВФ; Billeter, SR; Эйзинг, AA; Hünenberger, PH; Krüger, P .; Марк, AE; Скотт, WRP; Тирони, И. Г. Биомолекулярное моделирование: руководство и руководство пользователя GROMOS96 ; vdf Hochschulverlag AG an der ETH Zürich и BIOMOS bv: Zürich, Groningen, 1996.
- ^ "Пакет программ биомолекулярного моделирования GROMOS", WRP Scott, PH Huenenberger, IG Tironi, AE Mark, SR Billeter, J. Fennen, AE Torda, T. Huber, P. Krueger и WF van Gunsteren. J. Phys. Chem. А , 103 , 3596–3607.
- ^ «Улучшенное силовое поле GROMOS96 для алифатических углеводородов в конденсированной фазе». Journal of Computational Chemistry 22 (11), август 2001, 1205–1218, автор: Лукас Д. Шулер, Ксавье Даура, Уилфред Ф. ван Гунстерен.
- ^ "Программа GROMOS для моделирования биомолекул: GROMOS05". Christen M, Hünenberger PH, Bakowies D, Baron R, Bürgi R, Geerke DP, Heinz TN, Kastenholz MA, Kräutler V, Oostenbrink C, Peter C, Trzesniak D, van Gunsteren WF. J Comput Chem 26 (16): 1719–51. PMID 16211540
- ^ a b Schmid N., Eichenberger A., Choutko A., Riniker S., Winger M., Mark A. & van Gunsteren W., "Определение и тестирование версий силового поля GROMOS 54A7 и 54B7", European Biophysics Журнал , 40 (7) , (2011), 843–856 [1] .
- ^ a b Остенбринк К., Вилья, А., Марк, А. Э., и ван Гунстерен, В., "Биомолекулярное силовое поле, основанное на свободной энтальпии гидратации и сольватации: параметры силового поля GROMOS наборы 53A5 и 53A6", Журнал вычислительной химии , 25 , (2004), 1656–1676 [2] .
- ^ Шулер, Л.Д., Даура, X., и ван Густерен, В.Ф., Улучшенное силовое поле GROMOS96 для алифатических углеводородов в конденсированной фазе, Журнал вычислительной химии 22 (11) , (2001), 1205–1218 [3] .
- ^ Соарес, Т.А., Хюненбергер, PH, Кастенхольц, М.А., Кройтлер, В., Ленц, Т., Линс, Р.Д., Остенбринк, К., и ван Гунстерен, В.Ф., Улучшенный набор параметров нуклеиновой кислоты для силового поля GROMOS, Журнал вычислительной химии , 26 (7) , (2005), 725–737, [4] .
- ^ a b van Gunsteren, WF, Billeter, SR, Eking, AA, Hiinenberger, PH, Kriiger, P., Mark, AE, Scott, WRP and Tironi, IG, Biomolecular Simulation, The GROMOS96 Manual and User Guide , vdf Hochschulverlag AG an der ETH Ziirich и BIOMOS bv, Цюрих, Гронинген, 1996.
Внешние ссылки
- Официальный веб-сайт