Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Гэри Стормо
Гэри Стормо выступает на ISMB / ECCB 2013
Гэри Стормо выступает на ISMB / ECCB 2013.
Родившийся
Гэри Дин Стормо

1950 (возраст 70–71)
Южная Дакота, США [1]
Альма-матерКалифорнийский технологический институт
Колорадского университета в Боулдере
Научная карьера
ПоляБиоинформатика
Генетика
Молекулярная биология
УчрежденияУниверситет Колорадо Боулдер
Вашингтонский университет в Сент-Луисе
ТезисКомпьютерная характеристика сайтов инициации трансляции в E. coli  (1981)

Гэри Стормо (род. 1950) - американский генетик, в настоящее время профессор Джозефа Эрлангера факультета генетики и Центра геномных наук и системной биологии Медицинской школы Вашингтонского университета в Сент-Луисе . [2] Он считается одним из пионеров биоинформатики и геномики . [3] [4] [5] Его исследование сочетает экспериментальный и вычислительный подходы с целью выявления и прогнозирования регуляторных последовательностей в ДНК и РНК , а также их вклада в регуляторные сети, контролирующие экспрессию генов . [2]

Образование [ править ]

Первоначально Стормо специализировался на физике в Калифорнийском технологическом институте , но на первом курсе перешел на биологию. [1] Он получил докторскую степень по молекулярной биологии в 1981 году в Университете Колорадо в Боулдере . [2]

Исследование [ править ]

После получения докторской степени Стормо остался в Университете Колорадо в качестве преподавателя кафедры молекулярной, клеточной биологии и биологии развития, став профессором, а затем переехал в Вашингтонский университет в Сент-Луисе в 1999 году [2] [3].

Исследование Стормо сочетает экспериментальный и вычислительный подходы к пониманию регуляции экспрессии генов. Его экспериментальная работа посвящена взаимодействиям белок-ДНК и их роли в регуляции генов. Его вычислительная работа включает анализ этих взаимодействий и разработку алгоритмов распознавания образов для обнаружения регуляторных участков в ДНК и РНК.

В 1982 году Стормо и его коллеги представили Матрицу Веса Позиции (PWM), теперь широко используемое представление мотивов (паттернов) в биологических последовательностях. [6] Консенсусные последовательности ранее использовались для представления паттернов в биологических последовательностях, но испытывали трудности с предсказанием новых проявлений этих паттернов. [7] Первое использование PWM было в открытии сайтов РНК, которые функционируют как сайты инициации трансляции . Преимущества ШИМ перед консенсусными последовательностями сделали ШИМ популярным методом представления паттернов в биологических последовательностях и важным компонентом современных алгоритмов обнаружения мотивов . [8][9]

Опубликовал более 150 научных работ. [3]

Роли и почести [ править ]

Стормо входил в совет директоров Международного общества вычислительной биологии (ISCB) с 2000 по 2004 год и был удостоен звания стипендиата ISCB в 2010 году. [10] [11] Он был избран членом Американской ассоциации медицинской информатики в США. 2001. [12]

Стормо был исполнительным редактором журнала Bioinformatics с 1994 по 1999 год. [12] В 2014 году он был назначен одним из первых почетных редакторов журнала Bioinformatics . [13] Стормо также работал заместителем главного редактора журнала PLOS Computational Biology . [14] В настоящее время он является соредактором журнала Current Protocols in Bioinformatics . [15]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b Джонс, Нил С .; Певзнер, Павел А. (2004). Введение в алгоритмы биоинформатики . Кембридж, Массачусетс: MIT Press. п. 116 . ISBN 978-0-262-10106-6.
  2. ^ a b c d "Гэри Стормо" . ISMB / ECCB 2013 . ISCB . Проверено 16 января 2014 года .
  3. ^ a b c "Вычислительные и экспериментальные подходы к моделированию регуляции генов @ uncCharlotte" . UNC Charlotte Департамент биоинформатики и геномики . Проверено 16 января 2014 года .
  4. ^ «Гэри Стормо, член Научного консультативного совета - Системная биология, Gene Network Sciences Inc» . Проверено 16 января 2014 года .
  5. ^ "LGRC - Консорциум исследований геномики легких - Мик Коррелл" . www.lung-genomics.org . Архивировано из оригинала 5 апреля 2015 года . Проверено 16 января 2014 года .
  6. ^ Стормо, Гэри Д .; Schneider, Thomas D .; Золото, Ларри; Эренфойхт, Анджей (1982). «Использование алгоритма« Перцептрон »для различения сайтов инициации трансляции в E. coli » . Исследования нуклеиновых кислот . 10 (9): 2997–3011. DOI : 10.1093 / NAR / 10.9.2997 . PMC 320670 . PMID 7048259 .  
  7. ^ Stormo, GD (1 января 2000). «Сайты связывания ДНК: представление и открытие» . Биоинформатика . 16 (1): 16–23. DOI : 10.1093 / биоинформатики / 16.1.16 . PMID 10812473 . 
  8. Перейти ↑ Sinha, S. (27 июля 2006 г.). «При подсчете совпадений матрицы весов позиций в последовательности с применением к поиску отличительных мотивов» . Биоинформатика . 22 (14): e454 – e463. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btl227 . PMID 16873507 . 
  9. ^ Ся, Сюйхуа (2012). «Матрица весов положения, выборка Гиббса и связанные тесты значимости в характеристике и прогнозировании мотивов» . Scientifica . 2012 : 1–15. DOI : 10.6064 / 2012/917540 . PMC 3820676 . PMID 24278755 .  
  10. ^ «Прошлые должностные лица и совет директоров» . www.iscb.org . ISCB . Проверено 17 января 2014 года .
  11. ^ "Стипендиаты ISCB" . www.iscb.org . ISCB . Проверено 16 января 2014 года .
  12. ^ a b "Гэри Д. Стормо, доктор философии, FACMI - AMIA" . www.amia.org . AMIA . Проверено 17 января 2014 года .
  13. ^ "15 лет" Биоинформатики " " . Биоинформатика . 30 (6): 747. 2014. DOI : 10,1093 / биоинформатики / btu076 . PMID 24642573 . 
  14. ^ Сансом, Клэр; Моррисон Маккей, Би Джей; Борн, Филип Э. (18 июля 2008 г.). «ISCB чествует Дэвида Хаусслера и Авив Регева» . PLOS Вычислительная биология . 4 (7): e1000101. Bibcode : 2008PLSCB ... 4E0101S . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1000101 . PMC 2536508 . PMID 18795145 .  
  15. ^ Бейтман, Алекс; Пирсон, Уильям Р.; Штейн, Линкольн Д; Стормо, Гэри Д.; Йейтс, Джон Р., ред. (2002). Текущие протоколы в биоинформатике - онлайн-библиотека Wiley . Вайли. CiteSeerX 10.1.1.419.8061 . DOI : 10.1002 / 0471250953 . ISBN  9780471250951.