Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Гаплогруппа L0
Возможное время происхождения130–200 тыс. Лет назад [1] [2]
Возможное место происхожденияЮжная Африка или Юго-Восточная Африка
ПредокL ( митохондриальный канун )
ПотомкиL0a'b'f'k, L0d
Определение мутаций263 !, 1048, 3516A, 5442, 6185, 9042, 9347, 10589, 12007, 12720 [3]

Гаплогруппа L0 - это гаплогруппа митохондриальной ДНК человека (мтДНК).

Происхождение [ править ]

Регион в Африке, где Тишков обнаружил самый высокий уровень митохондриального разнообразия (зеленый), и регион Behar et al. предположил, что начало происходить самое древнее деление в человеческой популяции (светло-коричневый)

L0 - одна из двух ветвей от последнего общего предка (MRCA) для общей материнской линии человека. Гаплогруппа состоит из пяти основных ветвей (L0a, L0b, L0d, L0f, L0k). Четыре из них изначально были классифицированы на субклады L1, L1a, L1d, L1f и L1k.

В 2014 году древний анализ ДНК скелета 2330-летнего самца-фуражира в Южной Африке показал, что этот образец принадлежал к субкладу мтДНК L0d2c1c. Эта материнская гаплогруппа сегодня наиболее тесно связана с дзю, подгруппой коренного народа сан , что указывает на преемственность населения в регионе. [4] В 2016 году было обнаружено, что иссушенная мумия позднего железного века из региона Тули на севере Ботсваны принадлежит к гаплогруппе L0. [5]

MRCA (мтДНК) 
   L0   
 
 
 
 

 L0a

 
 

 L0b

 
 
 

 L0f

 
 
 

 L0k

 
 
 

 L0d

 
 
 L1-6 
 

L1

 
 

 L2-6

 
 
 

Распространение [ править ]

Прогнозируемое пространственное распределение гаплогруппы L0 в Африке.
Карты частот для L0 (всего), L0a, L0b, L0d, L0f и L0k

L0 чаще всего встречается в Африке к югу от Сахары . Наиболее часто он встречается у койсанского народа - в среднем 73%. [6] Некоторые из самых высоких частот: [7] Намибия ( ! Xun ) 79%, Южная Африка ( Khwe /! Xun) 83% и Ботсвана ( ! Kung ) 100%.

Гаплогруппа L0d встречается среди койсанских групп южной части Африки, ближе к хоидской стороне, и (после L0k) является более санидской, но в основном ограничивается койсанами в целом. [7] [8] [9] [10] L0d также часто встречается у цветного населения Южной Африки, и его частота колеблется от 60% [11] до 71%. [10] Это иллюстрирует огромный материнский вклад койсанского народа в цветное население Южной Африки.

Гаплогруппа L0k - вторая по распространенности гаплогруппа в койсанских группах ближе к стороне санидов (после L0d), являющаяся более хоидской, но в значительной степени ограниченная койсанской группой в целом. [7] [8] [9] [10] Хотя койсанская гаплогруппа L0d была обнаружена с высокой частотой в цветном населении Южной Африки, L0k не наблюдались в двух исследованиях с участием больших групп цветных людей. [10] [11]

Гаплогруппа L0f присутствует в относительно небольших количествах в Танзании , Восточной Африке среди народа Сандаве в Танзании, который старше койсанцев.

Гаплогруппа L0a наиболее распространена среди населения Юго-Восточной Африки (25% в Мозамбике ). [6] Среди гвинейцев он встречается от 1% до 5%, при этом группа Баланта показывает повышенную частоту примерно на 11%. Гаплогруппа L0a имеет палеолитическую временную глубину около 33 000 лет и, вероятно, достигла Гвинеи между 10 000 и 4 000 лет назад. Он также часто рассматривается в мбути и Biaka пигмеев . L0a встречается с частотой почти 25% в Хадрамауте ( Йемен ). [12]

Гаплогруппа L0b Эфиопия .

Взаимодействие с лекарствами и болезнями [ править ]

У пациентов, которым для лечения ВИЧ назначается ставудин , гаплогруппа L0a2 связана с более высокой вероятностью периферической невропатии как побочного эффекта. [13]

Субклады [ править ]

Дерево [ править ]

Схематическое дерево гаплогруппы L0. MSA: средний каменный век , LSA: поздний каменный век , ka: тысячу лет назад.

Это филогенетическое дерево субкладов гаплогруппы L0 основано на статье Манниса ван Овена и Манфреда Кайзера. Обновленное комплексное филогенетическое дерево глобальных вариаций митохондриальной ДНК человека [3] и последующих опубликованных исследований.

  • Самый недавний общий предок (MRCA)
    • L0
      • L0d
        • L0d3
        • L0d1'2
          • L0d1
            • L0d1a
            • L0d1b
            • L0d1c
              • L0d1c1
          • L0d2
            • L0d2a'b
              • L0d2a
                • L0d2a1
              • L0d2b
            • L0d2c
              • L0d2c1c [14]
      • L0a'b'f'k
        • L0k
          • L0k1
          • L0k2
        • L0a'b'f
          • L0f
            • L0f1
            • L0f2
              • L0f2a
              • L0f2b
          • L0a'b
            • L0a
              • L0a1
                • L0a1a
                  • L0a1a2
                • L0a1b
                  • L0a1b1
                    • L0a1b1a
                  • L0a1b2
                • L0a1c
                • L0a1d
              • L0a2
                • L0a2a
                  • L0a2a1
                    • L0a2a1a
                      • L0a2a1a1
                      • L0a2a1a2
                  • L0a2a2
                    • L0a2a2a
                • L0a2b
                  • L0a2ba
                • L0a2c
                • L0a2d
              • L0a3
              • L0a4
            • L0b

См. Также [ править ]

  • Генеалогический ДНК-тест
  • Генетическая генеалогия
  • Митохондриальная генетика человека
  • Популяционная генетика
  • Гаплогруппы митохондриальной ДНК человека

Филогенетическое дерево гаплогрупп митохондриальной ДНК человека (мтДНК)

 Митохондриальная Ева ( L )  
L0L1–6 
L1L2 L3  L4L5L6
MN 
CZDEграммQ ОАSр яWИксY
CZBFR0 pre-JT п U
HVJTK
ЧАСVJТ

Ссылки [ править ]

  1. ^ точечная оценка 168,5 тыс. лет назад (136,3–201,1 тыс. лет назад при 95% доверительном интервале ) по Heinz, Tanja; и другие. (2017). «Обновление африканского дерева митохондриальной ДНК человека: актуальность для судебной медицины и популяционной генетики». Международная судебная медицина: генетика . 27 : 156–159. DOI : 10.1016 / j.fsigen.2016.12.016 . PMID  28086175 .(Таблица 2). 150 ка предложено в: Соарес, Педро; Эрмини, Лука; Томсон, Ноэль; Мормина, Мару; Рито, Тереза; Рёль, Арне; Салас, Антонио; Оппенгеймер, Стивен; Маколей, Винсент (2009). «Поправка на очищающий отбор: улучшенные митохондриальные молекулярные часы человека» . Американский журнал генетики человека . 84 (6): 740–59. DOI : 10.1016 / j.ajhg.2009.05.001 . PMC 2694979 . PMID 19500773 .  .
  2. ^ Оценки возраста (ka, 95% ДИ в угловых скобках): оценка возраста всей мтДНК ML: 128,2 [95% ДИ: 107,9–148,9], оценка возраста цельной мтДНК ρ: 121,3 [99,2; 143,7], оценка возраста синонимич. (ka): 131,0 [97,8; 164,2]: Рито Т., Ричардс МБ, Фернандес В., Альшамали Ф., Черни В., Перейра Л., Соареш П., «Первые современные расселения людей по Африке», PLoS One 2013, 13 ноября; 8 (11): e80031. DOI: 10.1371 / journal.pone.0080031 .
  3. ^ а б Ван Овен, Маннис; Кайзер, Манфред (2009). «Обновленное комплексное филогенетическое дерево глобальных вариаций митохондриальной ДНК человека» . Мутация человека . 30 (2): E386–94. DOI : 10.1002 / humu.20921 . PMID 18853457 . S2CID 27566749 .  
  4. ^ Алан Г. Моррис; Аня Хайнце; Ева К.Ф. Чан; Эндрю Б. Смит; Ванесса М. Хейс (2014). «Первый древний митохондриальный геном человека из южноафриканских докотоводов» . Геномная биология и эволюция . 6 (10): 2647–53. DOI : 10.1093 / GbE / evu202 . PMC 4224329 . PMID 25212860 . Проверено 17 апреля 2016 года .  
  5. ^ Франк Дж. Рюли; Марина Стейн; Моронгва Н. Мосотвейн; Лена Эрстрём; Молебогенг К. Бодиба; Эбигейл Бауман (январь – февраль 2016 г.). «Радиологический и генетический анализ мумии позднего железного века из блока Тули, Ботсвана» (PDF) . Южноафриканский научный журнал . 112 (1/2). Архивировано из оригинального (PDF) 21 июня 2016 года . Проверено 26 апреля 2016 года .
  6. ^ a b Роза, Александра; Брем, Антонио; Кивисилд, Тоомас; Мецпалу, Эне; Виллемс, Ричард (2004). «Профиль мтДНК гвинейцев Западной Африки: на пути к лучшему пониманию региона Сенегамбия». Анналы генетики человека . 68 (4): 340–52. DOI : 10.1046 / j.1529-8817.2004.00100.x . ЛВП : 10400,13 / 3044 . PMID 15225159 . S2CID 15391342 .  
  7. ^ a b c Тишков, С.А. Гондер, МК; Henn, BM; Mortensen, H .; Knight, A .; Gignoux, C .; Fernandopulle, N .; Lema, G .; Ньямбо, ТБ (2007). "История щелкающих популяций Африки на основе генетической изменчивости мтДНК и Y-хромосомы" . Молекулярная биология и эволюция . 24 (10): 2180–95. DOI : 10.1093 / molbev / msm155 . PMID 17656633 . 
  8. ^ а б Чен Ю-Шэн; Олькерс, Антонель; Schurr, Theodore G .; Когельник, Андреас М .; Хуопонен, Кирси; Уоллес, Дуглас С. (2000). «Вариации мтДНК в южноафриканских кунгах и кхве - и их генетические связи с другими африканскими популяциями» . Американский журнал генетики человека . 66 (4): 1362–83. DOI : 10.1086 / 302848 . PMC 1288201 . PMID 10739760 .  
  9. ^ a b Рыцарь, Алек; Андерхилл, Питер А .; Мортенсен, Холли М .; Животовский, Лев А .; Лин, Алиса А .; Henn, Brenna M .; Луи, Дороти; Рулен, Мерритт; Гора, Джоанна Л. (2003). «Африканская Y-хромосома и дивергенция мтДНК обеспечивает понимание истории языков клика». Текущая биология . 13 (6): 464–73. DOI : 10.1016 / S0960-9822 (03) 00130-1 . PMID 12646128 . S2CID 52862939 .  
  10. ^ a b c d Schlebusch, Carina M .; Найду, Тиессен; Судьял, Химла (2009). «Минисеквенирование SNaPshot для разрешения митохондриальных макрогаплогрупп, обнаруженных в Африке». Электрофорез . 30 (21): 3657–64. DOI : 10.1002 / elps.200900197 . PMID 19810027 . S2CID 19515426 .  
  11. ^ a b Кинтана-Мурси, Луис; Хармант, Кристина; Квач, Элен; Балановский Олег; Запорожченко, Валерий; Борман, Конни; Ван Хелден, Пол Д .; Hoal, Eileen G .; Бехар, Дорон М. (2010). "Сильный вклад материнской койсанской семьи в цветное население Южной Африки: случай гендерно-предвзятого смешения" . Американский журнал генетики человека . 86 (4): 611–20. DOI : 10.1016 / j.ajhg.2010.02.014 . PMC 2850426 . PMID 20346436 .  
  12. ^ Ридл, Якуб; Эденс, Кристофер М .; Черный, Виктор (2009). "Структура митохондриальной ДНК йеменского населения: региональные различия и последствия для различных миграционных вкладов". Эволюция человеческих популяций в Аравии . Палеобиология и палеоантропология позвоночных. С. 69–78. DOI : 10.1007 / 978-90-481-2719-1_5 . ISBN 978-90-481-2718-4.
  13. ^ Kampira E, Kumwenda J, van Oosterhout JJ, Dandara C. Подгаплогруппы L0a2 и L2a митохондриальной ДНК изменяют восприимчивость к периферической невропатии у взрослых малавийцев, принимающих ставудин, содержащую высокоактивную антиретровирусную терапию. , J Acquir Immune Defic Syndr. 2013 Aug 15; 63 (5): 647-52. DOI: 10.1097 / QAI.0b013e3182968ea5
  14. ↑ Первый древний митохондриальный геном человека от доскотоводства из Южной Африки

Внешние ссылки [ править ]

  • Общий
    • Сайт митохондриальной ДНК Яна Логана
    • Филотрия Манниса ван Овена
  • Гаплогруппа L0
    • L0 YFull MTree 1.02.00 (в разработке)
    • Роза, Александра; Брем, Антонио; Кивисилд, Тоомас; Мецпалу, Эне; Виллемс, Ричард (2004). «Профиль мтДНК гвинейцев Западной Африки: на пути к лучшему пониманию региона Сенегамбия». Анналы генетики человека . 68 (4): 340–52. DOI : 10.1046 / j.1529-8817.2004.00100.x . ЛВП : 10400,13 / 3044 . PMID  15225159 . S2CID  15391342 . Основываясь на предыдущих знаниях африканских полных последовательностей, парафилетическая клада L1 разделена на две монофилетические единицы L0, захватывающие ранее определенные клоны L1a и L1d, и кладу L1, которая включает клады L1b и L1c…
    • Павеси, А. (2005). «Полезность полиомавируса JC в отслеживании модели миграции людей, относящейся к доисторическим временам» . Журнал общей вирусологии . 86 (5): 1315–26. DOI : 10.1099 / vir.0.80650-0 . PMID  15831942 . С другой стороны, первая ось мтДНК помещает предковую гаплогруппу L0 в крайнее левое положение, поскольку она дала начало одной единственной линии ...
    • Мишмар, Дан; Руис-Песини, Эдуардо; Брэндон, Мартин; Уоллес, Дуглас С. (2004). «Митохондриальные ДНК-подобные последовательности в ядре (NUMT): понимание нашего африканского происхождения и механизма интеграции чужеродной ДНК». Мутация человека . 23 (2): 125–33. DOI : 10.1002 / humu.10304 . PMID  14722916 . S2CID  25109836 . мтДНК гаплогруппы L0, гаплогруппа, которую мы ранее пришли к выводу, лежит в основе мтДНК человека. дерево на основе филогенетического анализа…
    • Рыцарь, Алек; Андерхилл, Питер А .; Мортенсен, Холли М .; Животовский, Лев А .; Лин, Алиса А .; Henn, Brenna M .; Луи, Дороти; Рулен, Мерритт; Гора, Джоанна Л. (2003). «Африканская Y-хромосома и дивергенция мтДНК обеспечивает понимание истории языков клика». Текущая биология . 13 (6): 464–73. DOI : 10.1016 / S0960-9822 (03) 00130-1 . PMID  12646128 . S2CID  52862939 .