Гаплогруппа митохондриальной ДНК человека

Распределение современных гаплогрупп мтДНК человека на основе анализа 2054 человек из 26 популяций. ^[1] (а) Круговые диаграммы на карте. (b) Количество гаплогрупп в табличном формате. Для получения подробной информации о популяциях см. « 1000 Genomes Project # Образцы генома человека» .

В области генетики человека , А человек митохондриальная гаплогруппа ДНК является гаплогруппа определяется различиями в митохондриальной ДНК человека . Гаплогруппы используются для обозначения основных точек ветвления митохондриального филогенетического дерева. Понимание эволюционного пути женского происхождения помогло популяционным генетикам проследить матрилинейную наследственность современных людей до происхождения человека в Африке и последующего распространения по всему миру.

Буквенные названия гаплогрупп (не только гаплогрупп митохондриальной ДНК) идут от А до Я. Поскольку гаплогруппы были названы в порядке их открытия, алфавитный порядок не имеет никакого значения с точки зрения реальных генетических отношений.

Гипотетическая женщина, лежащая в основе всех этих групп (имеется в виду только гаплогруппы митохондриальной ДНК), является самым последним общим предком по матрилине (MRCA) для всех ныне живущих людей . Ее обычно называют митохондриальной Евой .

Скорость, с которой мутирует митохондриальная ДНК, известна как митохондриальные молекулярные часы . Это область продолжающихся исследований, в одном исследовании сообщается об одной мутации за 8000 лет. ^[2]

Филогения [ править ]

Дерево гаплогрупп мтДНК и карта распространения. ^[3] Цифры представляют собой метки гаплогрупп, сообщенные в соответствии с номенклатурой http://www.phylotree.org/ ^[4], и указывают местоположение одной из мутаций, ведущих к производному гаплотипу. (Показан только один маркер, определяющий ветвь, предпочтительно из области кодирования.) Основные географические особенности распределения гаплогрупп выделены цветом.

Генетическая генеалогия
Часть серии по
Концепции
Популяционная генетика Гаплогруппа / гаплотип / субклад Самый последний общий предок Гаплогрупп ДНК ( человеческий митохондриальный , человеческий Y-хромосома ) Геномика
похожие темы
Гаплогруппы Y-хромосомы по населению Генеалогический ДНК-тест Фамилия ДНК проект Персональная геномика Генографический проект ISOGG
v т е

Это филогенетическое древо основано Ван Овеном (2009). ^[4]

L ( митохондриальный канун )
- L0
- L1-6
  - L1
  - L2-6
    - L5
    - L2'3'4'6
      - L2
      - L3'4'6
        L6
        L3'4
        L4
        L3
        N
        N1 : Я
        N2 : W
        N9: Y
        А
        S
        Икс
        р
        R0 (FMKA pre-HV)
        HV : ( H , V )
        pre-JT или R2'JT
        JT : ( J , T )
        R9: F
        R11'B: B
        п
        U (ранее Великобритания )
        U8 : K
        О
        M
        M9: E
        M12'G: G
        M29'Q: Q
        D
        M8: CZ ( C , Z )

Хронология [ править ]

Расчетная карта мира миграций людей на основе гаплогрупп мтДНК.

Гаплогруппа	Стандартное восточное время. время происхождения ( тыс. лет назад ) ^[5]	Возможное место происхождения
L	200
L1-6	170	Восточная Африка
L2-6	150	Восточная Африка
L0	150	Восточная Африка
L1	140	Центральная Африка
L3-6	130
L5	120
L2	90
L3	70	Восточная Африка
N	70	Восточная Африка или Западная Азия
M	60	Восточная Африка, Западная Азия или Южная Азия
р	60
U	55	Северо-Восточная Африка или Индия (Южная Азия)
RT'JT	55	Средний Восток
JT	50	Средний Восток
U8	50	Западная Азия
R9	47
B4	44
F	43
U4'9	42	Центральная Азия
U5	35 год	Западная Азия
U6	35 год	Северная Африка
J	35 год
Икс	30
K	30
U5a	27
HV	27	Ближний Восток
J1a	27	Ближний Восток
Т	27	Месопотамия
K1	27
я	26
J1	24	Ближний Восток
W	20
U4	20	Центральная Азия
X2	20
ЧАС	20	Западная Азия
U5a1	18	Европа
J1b	11
V	14
X2a	13	Северная Америка
H1	12
H3	12
X1	10

Географическое распространение [ править ]

В документе 2004 г. было высказано предположение, что наиболее распространенными гаплогруппами в современных европейских популяциях были: H, J, K, N1, T, U4, U5, V, X и W. ^[6]

Африканские гаплогруппы: L0, L1, L2, L3, L4, L5, L6, T, U5a

Австралийские гаплогруппы: M42a, M42c, M14, M15, Q, S, O, N, P. (ссылки 1, 2, 3, 4, 5, 6)

Азиатские гаплогруппы: F, C, W, M, D, N, K, U, T, A, B, C, Z, U множество вариантов номеров для каждого раздела

См. Также [ править ]

Митохондриальная генетика человека
Генетическая генеалогия
Матрилинейность
Гаплогруппы ДНК Y-хромосомы человека
Популяционная генетика

Ссылки [ править ]

^ Rishishwar L, Иордания IK (2017). «Последствия эволюции человека и добавки для митохондриальной заместительной терапии» . BMC Genomics . 18 (1): 140. DOI : 10,1186 / s12864-017-3539-3 . PMC 5299762 . PMID 28178941 .
^ Loogvali, Eva-Liis; Кивисилд, Тоомас; Маргус, Тыну; Виллемс, Ричард (2009), О'Рурк, Деннис (редактор), «Объясняя несовершенство молекулярных часов митохондрий гоминид», PLOS ONE , 4 (12): e8260, Bibcode : 2009PLoSO ... 4.8260L , doi : 10.1371 / journal.pone.0008260 , PMC 2794369 , PMID 20041137
^ Кивисильд Т (2015). «Материнское происхождение и история популяции из целых митохондриальных геномов» . Исследование Genet . 6 : 3. DOI : 10,1186 / s13323-015-0022-2 . PMC 4367903 . PMID 25798216 .
^ a b van Oven M, Kayser M (февраль 2009 г.). «Обновленное комплексное филогенетическое дерево глобальных вариаций митохондриальной ДНК человека» . Мутация человека . 30 (2): E386–94. DOI : 10.1002 / humu.20921 . PMID 18853457 . S2CID 27566749 .
^ «Исправление для очищающего отбора: Дополнение к усовершенствованным митохондриальным молекулярным часам человека» (PDF) . 2009: 82–83 [89]. Архивировано из оригинального (PDF) 29 декабря 2009 года. Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
^ Виллемс, Ричард; Усанга, Эсиен; Микерези, Илья; Гельге, Мукаддес; Клаустр, Мирей; Michalodimitrakis, Emmanuel N .; Папа, Каллиопи I .; Anagnou, Николас П .; Шавентре, Андре; Мойзан, Жан-Поль; Ричард, Кристель; Гречанина, Елена; Балановская, Елена В .; Рудан, Павао; Пузырев, Валерий; Степанов, Вадим; Хуснутдинова, Эльза К .; Гусар, Владислава; Балановский, Олег П .; Перичич, Марияна; Барак, Ловорка; Голубенко, Мария; Лункина, Арина; Лаос, Сирль; Пеннарун, Эрван; Парик, Юри; Толк, Хелле-Вийви; Рейдла, Маэре; Тамбец, Кристина; Мецпалу, Эне; Кивисилд, Тоомас; Деренко, Мирослава В .; Малярчук, Борис А .; Роосталу, Урмас; Лоогвяли, Ева-Лийс (1 ноября 2004 г.). «Разъединяющая единообразие: пестрый кладистический холст гаплогруппы H мтДНК в Евразии» . Молекулярная биология и эволюция. 21 (11): 2012–2021. DOI : 10.1093 / molbev / msh209 . PMID 15254257 - через Acade.oup.com .

Внешние ссылки [ править ]

Викискладе есть медиафайлы, связанные с гаплогруппами мтДНК человека .

Митохондриальные филогенетические деревья
- PhyloTree.org Манниса ван Овена
- PhyloD3 - основанное на D3.js филогенетическое дерево на основе PhyloTree
Скелет митохондриальной гаплогруппы
- Мотивы митохондриальной гаплогруппы Винсента Маколея
- Список проектов гаплогрупп мтДНК
MitoTool: веб-сервер для анализа и получения вариаций последовательности митохондриальной ДНК человека
HaploGrep: определение гаплогруппы мтДНК на основе PhyloTree.org
HaploFind - быстрый конвейер автоматического назначения гаплогрупп для митохондриальной ДНК человека

Филогенетическое дерево гаплогрупп митохондриальной ДНК человека (мтДНК)

Митохондриальная Ева ( L )

L0

L1–6

L1

L2

L3

L4

L5

L6

M

N

CZ

D

E

грамм

Q

О

А

S

р

я

W

Икс

Y

C

Z

B

F

R0

pre-JT

п

U

HV

JT

K

ЧАС

V

J

Т

[pmid28178941-1] Rishishwar L, Иордания IK (2017). «Последствия эволюции человека и добавки для митохондриальной заместительной терапии» . BMC Genomics . 18 (1): 140. DOI : 10,1186 / s12864-017-3539-3 . PMC 5299762 . PMID 28178941 .

[2] Loogvali, Eva-Liis; Кивисилд, Тоомас; Маргус, Тыну; Виллемс, Ричард (2009), О'Рурк, Деннис (редактор), «Объясняя несовершенство молекулярных часов митохондрий гоминид», PLOS ONE , 4 (12): e8260, Bibcode : 2009PLoSO ... 4.8260L , doi : 10.1371 / journal.pone.0008260 , PMC 2794369 , PMID 20041137

[pmid25798216-3] Кивисильд Т (2015). «Материнское происхождение и история популяции из целых митохондриальных геномов» . Исследование Genet . 6 : 3. DOI : 10,1186 / s13323-015-0022-2 . PMC 4367903 . PMID 25798216 .

[vanOven2009-4] van Oven M, Kayser M (февраль 2009 г.). «Обновленное комплексное филогенетическое дерево глобальных вариаций митохондриальной ДНК человека» . Мутация человека . 30 (2): E386–94. DOI : 10.1002 / humu.20921 . PMID 18853457 . S2CID 27566749 .

[soares_supplementary-5] «Исправление для очищающего отбора: Дополнение к усовершенствованным митохондриальным молекулярным часам человека» (PDF) . 2009: 82–83 [89]. Архивировано из оригинального (PDF) 29 декабря 2009 года. Цитировать журнал требует |journal=( помощь )

[6] Виллемс, Ричард; Усанга, Эсиен; Микерези, Илья; Гельге, Мукаддес; Клаустр, Мирей; Michalodimitrakis, Emmanuel N .; Папа, Каллиопи I .; Anagnou, Николас П .; Шавентре, Андре; Мойзан, Жан-Поль; Ричард, Кристель; Гречанина, Елена; Балановская, Елена В .; Рудан, Павао; Пузырев, Валерий; Степанов, Вадим; Хуснутдинова, Эльза К .; Гусар, Владислава; Балановский, Олег П .; Перичич, Марияна; Барак, Ловорка; Голубенко, Мария; Лункина, Арина; Лаос, Сирль; Пеннарун, Эрван; Парик, Юри; Толк, Хелле-Вийви; Рейдла, Маэре; Тамбец, Кристина; Мецпалу, Эне; Кивисилд, Тоомас; Деренко, Мирослава В .; Малярчук, Борис А .; Роосталу, Урмас; Лоогвяли, Ева-Лийс (1 ноября 2004 г.). «Разъединяющая единообразие: пестрый кладистический холст гаплогруппы H мтДНК в Евразии» . Молекулярная биология и эволюция. 21 (11): 2012–2021. DOI : 10.1093 / molbev / msh209 . PMID 15254257 - через Acade.oup.com .

[1]