Человеческие митохондриальные молекулярные часы являются скоростью , при которой мутации накапливались в митохондриальном геноме гоминида в ходе эволюции человека . Археологические данные о человеческой деятельности с ранних периодов в доисторические времена относительно ограничены, а их интерпретация вызывает споры. Из-за неопределенности археологических данных ученые обратились к методам молекулярного датирования, чтобы уточнить график эволюции человека. Основная цель ученых в этой области - разработать точные митохондриальные молекулярные часы гоминидов, которые затем можно было бы использовать для надежной датировки событий, произошедших в ходе эволюции человека.
Оценки частоты мутаций митохондриальной ДНК человека (мтДНК) сильно различаются в зависимости от имеющихся данных и метода, используемого для оценки. Два основных метода оценки, методы, основанные на филогенезе, и методы, основанные на родословной, привели к тому, что частота мутаций различается почти на порядок. Текущие исследования были сосредоточены на разрешении высокой изменчивости, полученной из различных оценок скорости.
Вариабельность оценок
Основное предположение теории молекулярных часов состоит в том, что мутации в определенной генетической системе происходят со статистически однородной скоростью, и эта равномерная скорость может использоваться для датировки генетических событий. На практике предположение о единой единой ставке является чрезмерным упрощением. Хотя часто применяется одна частота мутаций, она часто представляет собой смесь или среднее значение нескольких различных скоростей мутаций. [1] Многие факторы влияют на наблюдаемую частоту мутаций, и эти факторы включают тип образцов, исследуемую область генома и охватываемый период времени.
Фактические и наблюдаемые ставки
Считается, что скорость, с которой происходят мутации во время воспроизводства, скорость мутаций зародышевой линии , выше, чем все наблюдаемые скорости мутаций, потому что не все мутации успешно передаются последующим поколениям. [2] мтДНК передается только по материнской линии, поэтому мутации, передаваемые сыновьям, теряются. Случайный генетический дрейф также может вызвать потерю мутаций. По этим причинам фактическая частота мутаций не будет эквивалентна частоте мутаций, наблюдаемой в выборке населения. [2]
Численность населения
Считается, что динамика популяции влияет на наблюдаемую частоту мутаций. Когда популяция увеличивается, в ней сохраняется больше мутаций зародышевой линии . В результате наблюдаемая частота мутаций имеет тенденцию увеличиваться в увеличивающейся популяции. Когда популяции сокращаются, как в случае « узкого места» популяции , теряется больше мутаций зародышевой линии. Таким образом, узкие места в популяции имеют тенденцию замедлять наблюдаемую скорость мутаций. С момента появления вида homo sapiens около 200 000 лет назад человеческое население увеличилось с нескольких тысяч особей, живущих в Африке, до более 6,5 миллиардов во всем мире. Однако расширение не было равномерным, поэтому история человеческих популяций может состоять как из узких мест, так и из расширений. [3]
Структурная изменчивость
Скорость мутаций в митохондриальном геноме распределяется неравномерно. Известно, что одни участки генома мутируют быстрее других. Известно, что гипервариабельные области очень полиморфны по сравнению с другими частями генома.
Скорость, с которой мутации накапливаются в кодирующей и некодирующей областях генома, также различается, поскольку мутации в кодирующей области подлежат очищающей селекции . По этой причине в некоторых исследованиях избегают кодирующей области или синонимичных мутаций при калибровке молекулярных часов. Loogvali et al. (2009) рассматривают только синонимичные мутации, они перенастроили молекулярные часы мтДНК человека на 7990 лет на синонимичную мутацию в митохондриальном геноме. [1] Соарес и др. (2009) рассматривают мутации как кодирующей, так и некодирующей области для достижения единой частоты мутаций, но применяют поправочный коэффициент для учета отбора в кодирующей области.
Временная изменчивость
Было замечено, что частота мутаций меняется со временем. Скорость мутаций у человека выше, чем у человека-обезьяны. Также считается, что скорость мутаций в последнее время выше, с начала голоцена 11000 лет назад. [1] [3] [4]
Параллельные мутации и насыщение
Параллельная мутация (иногда называемая гомоплазией) или конвергентная эволюция происходит, когда отдельные клоны имеют одинаковую мутацию, независимо возникающую в одном и том же участке генома. Насыщение происходит, когда один сайт подвергается множественным мутациям. Параллельные мутации и насыщение приводят к недооценке скорости мутаций, потому что их, вероятно, не заметят. [2]
Гетероплазмия
Люди, пораженные гетероплазмией, имеют смесь типов мтДНК, некоторые с новыми мутациями, а некоторые без них. Новые мутации могут передаваться или не передаваться последующим поколениям. Таким образом, наличие гетероплазматических особей в образце может усложнить расчет частоты мутаций. [2] [5]
Методы
Родословная на основе
Методы родословной оценивают частоту мутаций путем сравнения последовательностей мтДНК в выборке пар родитель / потомство или анализа последовательностей мтДНК людей из глубоко укоренившейся генеалогии. Подсчитывается количество новых мутаций в образце и делится на общее количество событий передачи ДНК от родителей к ребенку, чтобы получить частоту мутаций. [3] [5]
Филогения на основе
Методы, основанные на филогении, оцениваются путем первоначальной реконструкции гаплотипа последнего общего предка (MRCA) выборки двух или более генетических линий. Требование состоит в том, что время до последнего общего предка ( TMRCA ) выборки линий должно быть известно из других независимых источников, обычно из археологических данных. Затем вычисляется среднее количество мутаций, накопленных с момента MRCA , и делится на TMRCA, чтобы получить частоту мутаций. Частота мутаций человека обычно оценивается путем сравнения последовательностей современных людей и шимпанзе, а затем реконструкции предкового гаплотипа общего предка человека и шимпанзе. Согласно палеонтологическим данным, последний общий предок людей, возможно, жил около 6 миллионов лет назад. [3]
Сравнение родословной и филогении
Показатели, полученные племенными методами, примерно в 10 раз выше, чем те, которые получены филогенетическими методами. Это различие может быть обусловлено несколькими факторами, действующими вместе. Поскольку родословные методы регистрируют мутации у живых субъектов, частота мутаций по данным родословных исследований приближается к частоте мутаций зародышевой линии. В родословных исследованиях используются генеалогии, составляющие всего несколько поколений, в то время как методы, основанные на филогенезе, используют временные шкалы в тысячи или миллионы лет. По данным Henn et al. 2009 г., методы, основанные на филогении, учитывают события, которые происходят в длительных временных масштабах и, таким образом, меньше подвержены влиянию стохастических флуктуаций. Howell et al. 2003 предполагает, что отбор, насыщение, параллельные мутации и генетический дрейф ответственны за различия, наблюдаемые между методами, основанными на родословных, и методами, основанными на филогении.
Оценка на основе археологии AMH
Изучение | Тип последовательности | Т- якорь (местоположение) | Метод реферирования (метод исправления) |
Канн, Стоункинг и Уилсон (1987) | Фрагменты ограничения | 40, 30 и 12 Ka (Австралия, Новая Гвинея, Новый Свет) | археологически определенные миграции совпадают с предполагаемыми показателями расхождения последовательностей |
Эндикотт и Хо (2008) | Геномный | От 40 до 55 Ка (Папуа-Новая Гвинея) от 14,5 до 21,5 Ка (Hap H1 и H3) | PNG после гаплогруппы P |
Анатомические современные люди (AMH) распространились из Африки на большую территорию Евразии и оставили артефакты вдоль северного побережья Юго-Западной, Южной, Юго-Восточной и Восточной Азии. Cann, Stoneking & Wilson (1987) не полагались на предсказанный T- CHLCA для оценки скорости однонуклеотидного полиморфизма (SNP). Вместо этого они использовали свидетельства колонизации в Юго-Восточной Азии и Океании для оценки скорости мутаций. Кроме того, они использовали технологию RFLP ( полиморфизм длины рестрикционного фрагмента ) для изучения различий между ДНК. Используя эти методы, эта группа пришла к T MRCA от 140 000 до 290 000 лет. Cann et al. (1987) оценили TMRCA человека примерно в 210 тыс. Лет назад, а по последним оценкам Soares et al. 2009 г. (с использованием MRCA мтДНК человека шимпанзе с возрастом 7 миллионов лет) различаются всего на 9%, что относительно близко, учитывая широкий диапазон достоверности для обеих оценок и требует более древнего T CHLCA .
Эндикотт и Хо (2008) переоценили прогнозируемые миграции в глобальном масштабе и сравнили их с фактическими данными. Эта группа использовала кодирующие области последовательностей. Они утверждают, что молекулярные часы, основанные на сравнении шимпанзе и человека, ненадежны, особенно при прогнозировании недавних миграций, таких как миграции в Европу, Австралию и американцев. С помощью этой техники эта группа пришла к T MRCA от 82 000 до 134 000 лет.
Оценка на основе CHLCA
Поскольку у шимпанзе и человека есть общий предок по материнской линии, установление геологического возраста последнего предка позволяет оценить скорость мутаций. Шимпанзе-человек последний общий предок (CHLCA) часто применяются в качестве якоря для мта-Т MRCA исследований с диапазонами от 4 до 13 миллионов лет цитируется в литературе. [6] Это один из источников вариации оценок времени. Другой недостаток - нестандартное накопление SNP, из-за которого более свежие ветки будут выглядеть старше, чем они есть на самом деле. [7]
Регионы | Субрегионы (или сайт в кодоне) | Ставка SNP (на сайт * год) | |
Контрольный регион | HVR I | 1,6 × 10 −7 | |
HVR II | 2,3 × 10 −7 | ||
осталось | 1,5 × 10 −8 | ||
Кодирование белков | ( 1-й и 2-й ) | 8,8 × 10 −9 | |
( 3-й ) | 1,9 × 10 −8 | ||
ДНК, кодирующая рРНК (рДНК) | 8,2 × 10 −9 | ||
ДНК, кодирующая тРНК (тДНК) | 6,9 × 10 −9 | ||
Другие | 2,4 × 10 −8 | ||
Предполагается, что T CHLCA 6,5 млн лет, относительно 1-го и 2-го кодонов |
Эти два источника могут уравновешивать друг друга или усиливать друг друга в зависимости от направления ошибки T CHLCA . Есть две основные причины, по которым этот метод широко используется. Во-первых, ставки на основе родословной не подходят для оценок на очень длительные периоды времени. Во-вторых, в то время как заякоренные показатели археологии представляют собой промежуточный диапазон, археологические свидетельства колонизации человека часто появляются спустя много времени после колонизации. Например, считается, что колонизация Евразии с запада на восток произошла вдоль Индийского океана. Однако самые старые археологические памятники, которые также демонстрируют анатомически современного человека (AMH), находятся в Китае и Австралии, возраст которых превышает 42000 лет. Однако самому старому индийскому участку с останками AMH 34000 лет, а возраст другого участка с археологией, совместимой с AMH, превышает 76000 лет. [7] Таким образом, применение якоря - это субъективная интерпретация того, когда впервые появились люди.
Простая мера расхождения последовательностей между людьми и шимпанзе может быть определена путем наблюдения за SNP. Учитывая, что митогеном имеет длину около 16553 пар оснований (каждая пара оснований, которая может быть выровнена с известными ссылками, называется сайтом), [8] формула имеет следующий вид:
«2» в знаменателе происходит от двух линий, человека и шимпанзе, которые отделились от CHLCA. В идеале он представляет собой накопление мутаций в обеих линиях, но в разных положениях (SNP). Пока количество наблюдаемых SNP приближается к количеству мутаций, эта формула работает хорошо. Однако в быстро развивающихся сайтах мутации скрываются аффектами насыщения. Сортировка позиций в митогеноме по скорости и компенсация насыщения - альтернативные подходы. [9]
Поскольку T CHLCA может изменяться с увеличением палеонтологической информации, уравнение, описанное выше, позволяет сравнивать TMRCA из разных исследований.
Изучение | Тип последовательности | T CHLCA (время сортировки) | Метод реферирования (метод исправления) |
Vigilant et al. (1991) | HVR | От 4 до 6 млн лет | Трансверсии CH, (переход 15: 1: трансверсия) |
Ingman et al. (2000) | геномный (не HVR) | 5 млн лет | Геномное сравнение CH |
Эндикотт и Хо (2008) | геномный (не HVR) | От 5 до 7,5 млн лет | CH (смягченная ставка, определенный тарифный класс) |
Gonder et al. (2007) | геномный (не HVR) | 6,0 млн. Лет (+ 0,5 млн. Лет) | CH (определен тарифный класс) |
Mishmar et al. (2003) | геномный (не HVR) | 6,5 млн лет (+ 0,5 млн лет) | CH (определен тарифный класс) |
Соарес и др. (2009) | геномный | 6,5 млн лет (+ 0,5 млн лет) | CHLCA закреплен (проверенный выбор Ka / (Ks + k)) |
От шимпанзе к человеку = CH, LCA = последний общий предок |
Ранние, HVR, основанные на последовательностях методы
Чтобы преодолеть эффекты насыщения , анализ HVR опирался на поперечное расстояние между людьми и шимпанзе. [10] переход к коэффициенту трансверсии наносил на такое расстояние , чтобы оценить последовательность расходимость в HVR между шимпанзе и человеком, и делится на предполагаемом Т CHLCA от 4 до 6 миллионов лет. [11] Основываясь на 26,4 заменах между шимпанзе и человеком и соотношении 15: 1, оценочные 396 переходов по 610 парам оснований продемонстрировали расхождение последовательностей 69,2% (уровень * T CHLCA 0,369), что привело к расхождению примерно от 11,5% до 17,3 % на миллион лет .
Vigilant et al. (1991) также оценили скорость дивергенции последовательностей сайтов в быстро развивающихся областях HVR I и HVR II. Как отмечено в таблице выше, скорость эволюции настолько высока, что насыщение участков происходит при прямом сравнении шимпанзе и человека. Следовательно, в этом исследовании использовались трансверсии, которые развиваются медленнее, чем более распространенные полиморфизмы переходов. Сравнивая митогеномы шимпанзе и человека, они отметили 26,4 трансверсии в областях HVR, однако не сделали поправки на насыщение. Поскольку после этого исследования было получено больше HVR-последовательности, было отмечено, что динуклеотидный сайт CRS: 16181-16182 претерпел многочисленные трансверсии при анализе экономичности, многие из которых были сочтены ошибками секвенирования. Однако секвенирование неандертальца Фельдхофера I показало, что на этом участке также была трансверсия между людьми и неандертальцами. [12] Кроме того, Soares et al. (2009) отметили три сайта, в которых повторяющиеся трансверсии произошли в человеческих линиях, два из которых относятся к HVR I, 16265 (12 случаев) и 16318 (8 случаев). [примечание 1] Следовательно, 26,4 трансверсии были заниженной оценкой вероятного количества трансверсий. В исследовании 1991 года также использовалось соотношение перехода к трансверсии из исследования обезьян старого мира, равное 15: 1. [ необходимая цитата ] Однако исследование HVR шимпанзе и гориллы показывает, что показатель ниже, а обследование людей оценивает этот показатель как 34: 1. [6] Таким образом, в этом исследовании недооценивается уровень расхождения последовательностей между шимпанзе и человеком. Расчетное расхождение последовательностей 0,738 / сайт (включая трансверсии) значительно ниже, чем ~ 2,5 на сайт, предложенное Soares et al. (2009). Эти две ошибки привели бы к завышению оценки TMRCA митохондрий человека. Однако они не смогли обнаружить базальную линию L0 в анализе, а также не смогли обнаружить повторяющиеся переходы во многих линиях, что также недооценивает TMRCA. Также Vigilant et al. (1991) использовали более поздний якорь CHLCA с возрастом от 4 до 6 миллионов лет.
Способы на основе последовательности кодирующей области
Африканские гаплогруппы мтДНК | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Последовательность частичной кодирующей области первоначально дополняла исследования HVR, поскольку полная последовательность кодирующей области была необычной. Были подозрения, что в исследованиях HVR были пропущены основные направления, основанные на некоторых более ранних исследованиях RFLP и регионов кодирования. Ingman et al. (2000) было первым исследованием, в котором сравнивались геномные последовательности для анализа слияния. Последовательность кодирующей области различает гаплогруппы M и N и макрогаплогруппы L0 и L1 . Поскольку секвенирование геномной ДНК разрешило две самые глубокие ветви, оно улучшило некоторые аспекты оценки TMRCA по сравнению с одной только последовательностью HVR. За исключением D-петли , а с использованием 5 миллионов лет Т CHLCA , Ingman и др. (2000) оценили скорость мутаций в 1,70 × 10 -8 на сайт в год (скорость * T CHLCA = 0,085, 15435 сайтов).
Однако ДНК кодирующей области подвергается сомнению, потому что кодирующие последовательности либо подвергаются очищающему отбору для сохранения структуры и функции, либо региональному отбору для развития новых возможностей. [13] Проблема с мутациями в кодирующей области была описана как таковая: мутации, происходящие в кодирующей области, которые не являются летальными для митохондрий, могут сохраняться, но являются отрицательно селективными для хозяина; через несколько поколений они будут сохраняться, но через тысячи поколений они медленно удаляются из популяции, оставляя SNP. [6] Однако более тысячи поколений регионально селективные мутации нельзя отличить от этих временных мутаций кодирующей области. Проблема редких мутаций в митогеномах человека достаточно значительна, чтобы вызвать полдюжины недавних исследований по этому вопросу.
Ingman et al. (2000) оценили эволюцию области без D-петли в 1,7 × 10 -8 в год на сайт на основе 53 неидентичных геномных последовательностей, которые преобладают в Африке в глобальной выборке. Несмотря на это чрезмерное представительство, разрешение подветвлений L0 отсутствовало, и была обнаружена еще одна глубокая ветвь L1. Несмотря на эти ограничения, выборка была достаточной для исследования отличительных признаков. Сегодня L0 ограничен африканским населением, тогда как L1 является предковой гаплогруппой всех неафриканцев, а также большинства африканцев. Последовательность митохондриальной Евы можно приблизить, сравнивая последовательность из L0 с последовательностью из L1. Согласовав мутации в L0 и L1. Последовательности мтДНК современных популяций человека обычно будут отличаться от последовательности митохондриальной Евы примерно на 50 мутаций. [14] [15] Частота мутаций не была классифицирована по сайту (за исключением регионов HVR). T CHLCA, использованный в исследовании 2000 г., равный 5 млн. Лет назад, также был ниже значений, используемых в самых последних исследованиях.
Оценки из древней ДНК
Поскольку стало возможным секвенировать большое количество древних митогеномов, несколько исследований оценили скорость митохондриальных мутаций путем измерения того, сколько мутаций в среднем накопилось в современных (или более поздних) геномах по сравнению с древними (или более ранними), происходящими от тех же филогенетический узел. Эти исследования дали аналогичные результаты: центральные оценки для всей хромосомы при заменах на сайт в год: 2,47 × 10 -8 ; [16] 2,14 × 10 −8 ; [17] 2,53 × 10 −8 ; [18] и 2,74 × 10 −8 . [19]
Сопоставление оценок и исследований
Молекулярная синхронизация митохондриальной ДНК подверглась критике из-за ее несовместимости с молекулярными часами. [20] [21] [22] Ретроспективный анализ любого новаторского процесса выявит недостатки. В случае митохондрий несоответствия являются аргументом из-за незнания вариаций скорости и излишней уверенности в отношении T- CHLCA 5 млн лет. Отсутствие исторической перспективы могло бы объяснить вторую проблему, проблема вариации скорости - это то, что могло быть решено только путем массового изучения митохондрий, которое последовало за этим. Количество последовательностей HVR, накопленных с 1987 по 2000 год, увеличилось в разы. Соарес и др. (2009) использовали 2196 митогеномных последовательностей и обнаружили 10 683 случая замены в этих последовательностях. Одиннадцать из 16560 сайтов в митогеноме дали более 11% всех замен со статистически значимым изменением скорости в пределах 11 сайтов. [примечание 2] Они утверждают, что существует скорость мутации нейтрального сайта, которая на порядок ниже, чем скорость, наблюдаемая для самого быстрого сайта, CRS 16519. Следовательно, если отбросить отбор в сторону, скорость самой мутации варьируется между сайтами, с несколькими сайтами. гораздо чаще подвергаются новым мутациям по сравнению с другими. [23] Соарес и др. (2009) отметили два участка ДНК, CRS 2651-2700 и 3028-3082, которые не имели SNP в 2196 митогеномных последовательностях.
Филогенетическое дерево гаплогрупп митохондриальной ДНК человека (мтДНК) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Митохондриальная Ева ( L ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
L0 | L1–6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
L1 | L2 | L3 | L4 | L5 | L6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
M | N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CZ | D | E | грамм | Q | О | А | S | р | я | W | Икс | Y | |||||||||||||||||||||||||||
C | Z | B | F | R0 | pre-JT | п | U | ||||||||||||||||||||||||||||||||
HV | JT | K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ЧАС | V | J | Т |
Заметки
- ^ Соарес и др. Исключили 16182 и 16183 из своего анализа.
- ^ (Сайты CRS 16519, 152, 16311, 145, 195, 16189, 16129, 16083, 16362, 160, 709, 16129, 16083, 16362, 150 и 709)
Сноски
- ^ a b c Loogvali et al. (2009)
- ^ а б в г Хауэлл, N; Смейкал, ЦБ; Макки, DA; Чиннери, ПФ; Тернбулл, DM; Herrnstadt, C (2003), «родословная Скорость последовательности дивергенции в человеческой митохондриальной Геном: Там разница между филогенетического и Pedigree Цены», Американский журнал генетики человека , 72 (3): 659-70, DOI : 10,1086 / 368264 , PMC 1180241 , PMID 12571803 .
- ^ а б в г Хенн и др. (2009)
- ^ Хо С.Ю., Филлипс М.Дж., Купер А., Драммонд А.Дж. (2005), «Временная зависимость оценок молекулярной скорости и систематическая переоценка недавних времен расхождения» , Molecular Biology and Evolution , 22 (7): 1561–8, doi : 10.1093 / molbev / msi145 , PMID 15814826 , заархивировано из оригинала 15.04.2013.
- ^ a b Sigurardóttir et al. (2000)
- ^ а б в Соарес и др. (2009)
- ^ a b см .: Endicott et al. (2009)
- ^ Ingman et al. (2000)
- ^ См .: Gonder et al. (2007) , Соарес и др. (2009)
- ^ Vigilant et al. (1989)
- ^ Vigilant et al. (1991)
- ^ Krings et al. (1997)
- ^ см .: Suissa et al. (2009) , Balloux et al. (2009)
- ^ Гондер и др. (2007)
- ^ Behar DM; Villems R; Soodyall H; Блю-Смит Дж; Перейра Л; Metspalu E; Scozzari R; Makkan H; Цур С; Comas D, D; Bertranpetit J; Quintana-Murci L; Тайлер-Смит С; Wells RS; Россет С; Генографический консорциум (май 2008 г.). «Рассвет человеческого матрилинейного разнообразия» . Американский журнал генетики человека . 82 (5): 1130–40. DOI : 10.1016 / j.ajhg.2008.04.002 . PMC 2427203 . PMID 18439549 .
- ^ Fu Q, Mittnick A, et al. (Апрель 2013 г.), «Пересмотренная шкала времени эволюции человека на основе древних митохондриальных геномов», Curr. Биол. , 23 (7): 553-559, DOI : 10.1016 / j.cub.2013.02.044 , ЛВП : 11858 / 00-001M-0000-000E-F4B9-2 , ПМК 5036973 , PMID 23523248 .
- ^ Rieux A, Eriksson A, et al. (Август 2014 г.), «Улучшенная калибровка митохондриальных часов человека с использованием древних геномов» , Mol. Биол. Evol. , 31 (10): 2780–2792, doi : 10.1093 / molbev / msu222 , PMC 4166928 , PMID 25100861 , заархивировано из оригинала 31.05.2016.
- ^ Fu Q, Li H и др. (Октябрь 2014 г.), «Последовательность генома современного человека из Западной Сибири возрастом 45 000 лет», Nature , 514 (7523): 445–449, Bibcode : 2014Natur.514..445F , doi : 10.1038 / nature13810 , hdl : 10550/42071 , PMC 4753769 , PMID 25341783 .
- ^ Пост С., Рено Дж. И др. (Март 2016 г.), «Митохондриальные геномы плейстоцена предполагают единственное крупное расселение неафриканцев и поздний ледниковый круговорот населения в Европе» , Curr. Биол. , 26 (6): 827-833, DOI : 10.1016 / j.cub.2016.01.037 , ЛВП : 2440/114930 , PMID 26853362 , S2CID 140098861 .
- ^ Ho SY, Larson G (февраль 2006), "Молекулярные часы: когда времена а-Changin ' ", тенденции Жене. , 22 (2): 79–83, DOI : 10.1016 / j.tig.2005.11.006 , PMID 16356585 .
- ^ Gibbons A (январь 1998), "Калибровка митохондриальных часов" , Science , 279 (5347): 28-9, Bibcode : 1998Sci ... 279 ... 28G , DOI : 10.1126 / science.279.5347.28 , PMID 9441404 , S2CID 29855766 .
- ^ Сантос С., Сьерра Б., Альварес Л., Рамос А., Фернандес Е., Ногес Р., Алуха М. П. (2008), «Частота и характер гетероплазмии в контрольной области митохондриальной ДНК человека», J Mol Evol , 67 (2): 191 –200, Bibcode : 2008JMolE..67..191S , doi : 10.1007 / s00239-008-9138-9 , PMID 18618067 , S2CID 1143395 .
- ^ Excoffier L, Yang Z (октябрь 1999 г.), "Вариация скорости замещения между сайтами в митохондриальной гипервариабельной области I человека и шимпанзе", Mol. Биол. Evol. , 16 (10): 1357-68, DOI : 10,1093 / oxfordjournals.molbev.a026046 , PMID 10563016 .
Рекомендации
- Аткинсон, QD; Серый, РД; Drummond, AJ (2009), "байесовский коалесцент логический вывод из основного митохондриальной ДНК человеческой гаплогруппы разложения в Африке", Труды Королевского общества B: Биологические науки , 276 (1655): 367-73, DOI : 10.1098 / rspb.2008.0785 , PMC 2674340 , PMID 18826938
- Balloux, F; Handley, LJ; Жомбарт, Т; Лю, H; Manica, A (2009), «Климат сформировал всемирное распределение вариаций последовательности митохондриальной ДНК человека», Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences , 276 (1672): 3447–55, doi : 10.1098 / rspb.2009.0752 , PMC 2817182 , PMID 19586946
- Behar DM; Villems R; Soodyall H; Блю-Смит Дж; Перейра Л; Metspalu E; Scozzari R; Makkan H; Цур С; Comas D, D; Bertranpetit J; Quintana-Murci L; Тайлер-Смит С; Wells RS; Россет С; Генографический консорциум (2008). «Рассвет человеческого матрилинейного разнообразия» . Американский журнал генетики человека . 82 (5): 1130–40. DOI : 10.1016 / j.ajhg.2008.04.002 . PMC 2427203 . PMID 18439549 .
- Cann, RL; Стоункинг, М; Уилсон, AC (1987), «Митохондриальная ДНК и эволюция человека», Nature , 325 (6099): 31–6, Bibcode : 1987Natur.325 ... 31C , doi : 10.1038 / 325031a0 , PMID 3025745 , S2CID 4285418
- Кокс, М. П. (2008), «Точность молекулярного знакомства с ро статистики: отклонения от слитых ожиданий в соответствии с рядом демографических моделей», биологии человека , 80 (4): 335-57, DOI : 10,3378 / 1534-6617-80.4 0,335 , PMID 19317593 , S2CID 207701422
- Endicott, P; Ho, SY (2008), «Байесовская оценка степени замены митохондрий человека», American Journal of Human Genetics , 82 (4): 895–902, doi : 10.1016 / j.ajhg.2008.01.019 , PMC 2427281 , PMID 18371929
- Endicott, P; Ho, SY; Мецпалу, М; Стрингер, C (2009), "Оценка митохондриальных временных рамок человеческой эволюции", тенденции в экологии и эволюции , 24 (9): 515-21, DOI : 10.1016 / j.tree.2009.04.006 , PMID 19682765
- Гондер, МК; Мортенсен, HM; Рид, Ф.А.; де Соуза, А; Тишкофф, SA (2007), "Анализ цельнозерновой мтДНК последовательность генома древних африканских клонов", молекулярной биологии и эволюции , 24 (3): 757-68, DOI : 10,1093 / molbev / msl209 , PMID 17194802
- Henn, BM; Gignoux, CR; Фельдман, МВт; Mountain, JL (2009), «Характеризуя временную зависимость оценок скорости мутаций митохондриальной ДНК человека» , Molecular Biology and Evolution , 26 (1): 217–230, doi : 10.1093 / molbev / msn244 , PMID 18984905 , заархивировано из оригинала 21 февраля 2009 г. , дата обращения 03 января 2010 г.
- Хо, SYW, изд. (2020). Часы молекулярной эволюции . Чам: Спрингер. DOI : 10.1007 / 978-3-030-60181-2 . ISBN 978-3-030-60180-5. S2CID 231672167 .
- Ингман, М; Kaessmann, H; Паабо, S; Гилленстен, У. (2000), «Вариации митохондриального генома и происхождение современного человека», Nature , 408 (6813): 708–13, Bibcode : 2000Natur.408..708I , doi : 10.1038 / 35047064 , PMID 11130070 , S2CID 52850476
- Krings, M .; Stone, A .; Schmitz, RW; Крайницки, H .; Stoneking, M .; Паабо С. (1997), «Последовательности ДНК неандертальцев и происхождение современных людей», Cell , 90 (1): 19–30, DOI : 10.1016 / s0092-8674 (00) 80310-4 , PMID 9230299
- Лоогвали, Ева-Лиис; Кивисилд, Тоомас; Маргус, Тыну; Виллемс, Ричард (2009), О'Рурк, Деннис (редактор), «Объяснение несовершенства молекулярных часов митохондрий гоминидов», PLOS ONE , 4 (12): e8260, Bibcode : 2009PLoSO ... 4.8260L , doi : 10.1371 / journal.pone.0008260 , PMC 2794369 , PMID 20041137
- Maca-Meyer, N; Гонсалес, AM; Ларруга, JM; Флорес, К; Кабрера, В.М. (2001), «Основные геномные митохондриальные линии определяют ранние человеческие экспансии», BMC Genet. , 2 : 13, DOI : 10,1186 / 1471-2156-2-13 , ПМК 55343 , PMID 11553319
- Mishmar, D .; Ruiz-Pesini, E .; Голик, П .; Macaulay, V .; Clark, AG; Hosseini, S .; Brandon, M .; Исли, К .; Chen, E .; Браун, Мэриленд; Сукерник Р.И.; Olckers, A .; Уоллес, округ Колумбия (2003), «Региональные вариации мтДНК, сформированные естественным отбором у людей», Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , 100 (1): 171–176, Bibcode : 2003PNAS..100..171M , DOI : 10.1073 / pnas.0136972100 , КУП 140917 , PMID 12509511
- Nielsen, R; Beaumont, MA (2009), "Статистические выводы в филогеографии" , Molecular Ecology , 18 (6): 1034-47, DOI : 10.1111 / j.1365-294X.2008.04059.x , PMID 19207258 , S2CID 13613087
- Оппенгеймер, Стивен (2004), Настоящая Ева: Путешествие современного человека из Африки , Нью-Йорк, Нью-Йорк: Кэрролл и Граф, ISBN 978-0-7867-1334-9
- Парсонс, Т.Дж.; Muniec, DS; Салливан, К; Woodyatt, N; Аллистон-Грейнер, Р. Уилсон, MR; Берри, DL; Голландия, штат Калифорния; Видн, VW; Holland, MM (1997), "Высокая наблюдаемая скорость замены в контрольной области митохондриальной ДНК человека", Nat. Genet. , 15 (4): 363-8, DOI : 10.1038 / ng0497-363 , PMID 9090380 , S2CID 32812244
- Sigurardóttir, S; Helgason, A; Гулчер-младший; Стефанссон, К; Доннелли, P (2000), "Мутация Rate в мтДНК управления области человеческого", Американский журнал генетики человека , 66 (5): 1599-609, DOI : 10,1086 / 302902 , PMC 1378010 , PMID 10756141
- Соарес, P; Эрмини, L; Томсон, Н. Мормина, М; Рито, Т; Рель, А; Салас, А; Оппенгеймер, S; Маколей, V; Ричардс, МБ (2009), «Исправление для очищающего отбора: улучшенные митохондриальные молекулярные часы человека», Американский журнал генетики человека , 84 (6): 740–59, doi : 10.1016 / j.ajhg.2009.05.001 , PMC 2694979 , PMID 19500773
- Suissa, S; Ван, З; Пул, Дж; Витткопп, S; Федер, Дж; Shutt, TE; Уоллес, округ Колумбия; Шадель, GS; Mishmar, D (2009), Desalle, R (ed.), «Древние генетические варианты мтДНК модулируют транскрипцию и репликацию мтДНК», PLOS Genetics , 5 (5): e1000474, doi : 10.1371 / journal.pgen.1000474 , PMC 2673036 , PMID 19424428
- Такахата, Н. (1993), «Аллельная генеалогия и эволюция человека» , Молекулярная биология и эволюция , 10 (1): 2–22, DOI : 10.1093 / oxfordjournals.molbev.a039995 , PMID 8450756 , архивировано с оригинала 2012-12 гг. -05
- Бдительный, L; Pennington, R; Харпендинг, H; Кочер, Т.Д .; Уилсон, AC (1989), «Последовательности митохондриальной ДНК в отдельных волосах у населения южной Африки», Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA , 86 (23): 9350–4, Bibcode : 1989PNAS ... 86.9350V , DOI : 10.1073 / pnas.86.23.9350 , PMC 298493 , PMID 2594772
- Бдительный, L; Стоункинг, М; Харпендинг, H; Хоукс, К; Wilson, AC (1991), "африканские популяции и эволюция митохондриальной ДНК человека" , Science , 253 (5027): 1503-7, Bibcode : 1991Sci ... 253.1503V , DOI : 10.1126 / science.1840702 , PMID 1840702 , S2CID 23260602
- Уотсон E, P Forster, Richards M, Bandelt HJ (1997), "митохондриальной следы человека разложения в Африке", Американский журнал генетики человека , 61 (3): 691-704, DOI : 10,1086 / 515503 , PMC 1715955 , PMID 9326335