Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Структура геликазы E. coli RuvA
ДНК-геликаза
Идентификаторы
Номер ЕС3.6.4.12
Базы данных
IntEnzПросмотр IntEnz
BRENDABRENDA запись
ExPASyПросмотр NiceZyme
КЕГГЗапись в KEGG
MetaCycметаболический путь
ПРИАМпрофиль
Структуры PDB RCSB PDB PDBe PDBsum
Поиск
ЧВКстатьи
PubMedстатьи
NCBIбелки
РНК-геликаза
Идентификаторы
Номер ЕС3.6.4.13
Базы данных
IntEnzПросмотр IntEnz
BRENDABRENDA запись
ExPASyПросмотр NiceZyme
КЕГГЗапись в KEGG
MetaCycметаболический путь
ПРИАМпрофиль
Структуры PDB RCSB PDB PDBe PDBsum
Поиск
ЧВКстатьи
PubMedстатьи
NCBIбелки

Геликазы - это класс ферментов, жизненно важных для всех организмов . Их основная функция - распаковывать гены организма . Это моторные белки, которые направленно движутся вдоль фосфодиэфирного остова нуклеиновой кислоты , разделяя две отожженные цепи нуклеиновых кислот, такие как ДНК и РНК (отсюда гелик- + -аза ), используя энергию гидролиза АТФ. . Существует много геликаз, представляющих великое множество процессов, в которых необходимо катализировать разделение цепей. Примерно 1% эукариотических генов кодируют геликазы. [1] В геноме человека кодирует 95 нерезервированных геликаз: 64 РНК геликаз и 31 геликаз ДНК. [2] Многие клеточные процессы, такие как репликация ДНК , транскрипция , трансляция , рекомбинация , репарация ДНК и биогенез рибосом, включают разделение цепей нуклеиновых кислот, что требует использования геликаз.

Функция [ править ]

Геликазы часто используются для разделения цепей двойной спирали ДНК или самоотжигающейся молекулы РНК с использованием энергии гидролиза АТФ , процесса, характеризующегося разрывом водородных связей между отожженными нуклеотидными основаниями . Они также служат для удаления белков, связанных с нуклеиновыми кислотами, и катализируют гомологичную рекомбинацию ДНК . [3] Метаболические процессы РНК, такие как трансляция, транскрипция, биогенез рибосом , сплайсинг РНК, транспорт РНК, редактирование РНК и деградация РНК, все облегчаются геликазами. [3]Геликазы постепенно перемещаются вдоль одной цепи нуклеиновой кислоты дуплекса с направленностью и процессивностью, специфичными для каждого конкретного фермента.

Геликазы принимают разные структуры и состояния олигомеризации . В то время как DnaB- подобные геликазы раскручивают ДНК в виде кольцевых гексамеров , было показано, что другие ферменты активны в виде мономеров или димеров . Исследования показали, что геликазы могут действовать пассивно, ожидая некаталитического раскручивания и затем перемещаясь между смещенными цепями [4], или могут играть активную роль в катализе разделения цепей, используя энергию, генерируемую при гидролизе АТФ. [5] В последнем случае геликаза действует аналогично активному двигателю, раскручиваясь и перемещаясь вдоль своего субстрата как прямой результат ее АТФазной активности. [6]Геликазы могут обрабатываться намного быстрее in vivo, чем in vitro из-за присутствия дополнительных белков, которые способствуют дестабилизации вилочного соединения. [6]

Активационный барьер в активности геликазы [ править ]

Действие геликазы в репликации ДНК

Ферментативное действие геликазы, такое как раскручивающиеся нуклеиновые кислоты, достигается за счет снижения активационного барьера ( ) каждого конкретного действия. [7] Барьер активации является результатом различных факторов и может быть определен с помощью следующего уравнения, где

= количество развернутых пар оснований (бит / с),

= свободная энергия образования пары оснований,

= уменьшение свободной энергии за счет геликазы, и

= уменьшение свободной энергии из-за сил расстегивания. [7]

Факторы, которые влияют на высоту активационного барьера, включают: специфическую последовательность нуклеиновой кислоты задействованной молекулы, количество задействованных пар оснований, натяжение репликационной вилки и силы дестабилизации. [7]

Активные и пассивные геликасы [ править ]

Размер активационного барьера, который необходимо преодолеть геликазе, позволяет классифицировать ее как активную или пассивную геликазу. В пассивных геликазах существует значительный активационный барьер (определяемый как , где - постоянная Больцмана, а - температура системы). [7] Из-за этого значительного активационного барьера на его раскручивание в значительной степени влияет последовательность нуклеиновых кислот в молекуле, которая должна раскручиваться, и присутствие сил дестабилизации, действующих на репликационную вилку. [7] Определенные комбинации нуклеиновых кислот уменьшают скорость раскручивания (например, гуанин и цитозин ), в то время как различные дестабилизирующие силы могут увеличивать скорость раскручивания.[7] В пассивных системах скорость раскручивания () меньше, чем скорость транслокации () (транслокация по однонитевой нуклеиновой кислоте, ssNA). [7] Другой способ рассмотреть пассивную геликазу - это ее зависимость от временного распутывания пар оснований в репликационной вилке для определения скорости ее раскручивания. [7]

В активных геликазах, где система лишена значительного барьера, поскольку геликаза способна дестабилизировать нуклеиновые кислоты, раскручивая двойную спираль с постоянной скоростью, независимо от последовательности нуклеиновой кислоты. [7] В активных геликазах примерно равно . [7] Другой способ увидеть активную геликазу - это ее способность напрямую дестабилизировать репликационную вилку, способствуя раскручиванию. [7]

Активные геликазы демонстрируют сходное поведение при действии на обе двухцепочечные нуклеиновые кислоты, dsNA или ssNA, в отношении скоростей раскручивания и скоростей транслокации, где в обеих системах и примерно равны.

Эти две категории геликаз можно также смоделировать как механизмы. В таких моделях пассивные геликазы концептуализируются как броуновские трещотки, управляемые тепловыми флуктуациями и последующими анизотропными градиентами по решетке ДНК. Активные геликазы, напротив, концептуализированы как шаговые двигатели - также известные как электродвигатели с силовым ударом - для продвижения используются либо конформационный «дюймовой червяк», либо ручной «шагающий» механизм. [8] В зависимости от организма такое прохождение спирали может происходить при скорости вращения в диапазоне от 5000 [9] до 10 000 [10] об / мин.

История ДНК-геликаз [ править ]

ДНК-геликазы были обнаружены в E. coli в 1976 году. Эта геликаза была описана как «фермент, раскручивающий ДНК», который, как «обнаружено, денатурирует дуплексы ДНК в АТФ-зависимой реакции без заметного разложения». [11] Первая эукариотическая ДНК-геликаза была обнаружена в 1978 году в лилии. [12] С тех пор ДНК-геликазы были обнаружены и выделены у других бактерий, вирусов, дрожжей, мух и высших эукариот. [13] На сегодняшний день, по крайней мере, 14 различных геликаз были выделены из одноклеточных организмов, 6 геликаз из бактериофагов, 12 из вирусов, 15 из дрожжей, 8 из растений, 11 из тимуса теленка и приблизительно 25 геликаз из клеток человека. [14] Ниже приводится история открытия геликазы:

  • 1976 - Открытие и выделение ДНК-геликазы на основе E. coli [11]
  • 1978 - Открытие первых эукариотических ДНК-геликаз, выделенных из лилии [12].
  • 1982 - «Белок гена Т4 41» - первая известная ДНК-геликаза бактериофага [13].
  • 1985 - Первые геликазы ДНК млекопитающих, выделенные из тимуса теленка [15]
  • 1986 - антиген большой опухоли SV40 описан как вирусная геликаза (первый зарегистрированный вирусный белок, который, как было установлено, служит ДНК-геликазой) [16]
  • 1986 - АТФаза III, дрожжевой белок, определена как ДНК-геликаза [17]
  • 1988 - Открытие семи консервативных аминокислотных доменов, которые являются мотивами геликазы.
  • 1989 - Обозначение ДНК-геликазы надсемейства I и надсемейства II [18]
  • 1989 - Идентификация семейства геликаз DEAD box [19]
  • 1990 - Выделение ДНК-геликазы человека [20]
  • 1992 - Выделение первой обнаруженной митохондриальной ДНК-геликазы (из головного мозга крупного рогатого скота) [21]
  • 1996 - Отчет об открытии первой очищенной хлоропластной ДНК-геликазы гороха [22]
  • 2002 - Выделение и характеристика первой биохимически активной ДНК-геликазы малярийного паразита - Plasmodium cynomolgi . [23]

Структурные особенности [ править ]

Общая функция геликаз объясняется тем фактом, что они демонстрируют определенную степень гомологии аминокислотной последовательности ; все они обладают последовательностью мотивы , расположенными во внутренней части их первичной структуры , участвующая в АТФ связывания АТФ, гидролиз и транслокации вдоль нуклеиновой кислоты субстрата . Вариабельная часть аминокислотной последовательности связана со специфическими особенностями каждой геликазы.

Присутствие этих мотивов геликазы позволяет приписать предполагаемую активность геликазы данному белку, но не обязательно подтверждает ее как активную геликазу. Однако консервативные мотивы подтверждают эволюционную гомологию ферментов. На основе этих мотивов геликазы был выделен ряд суперсемейств геликаз.

Надсемейства [ править ]

Геликазы классифицируются на 6 групп (суперсемейств) на основе их общих мотивов последовательностей. [24] Геликазы, не образующие кольцевую структуру, входят в суперсемейства 1 и 2, а образующие кольца геликазы являются частью суперсемейств с 3 по 6. [25] Геликазы также классифицируются как α или β в зависимости от того, работают ли они с одиночными или двойными нить ДНК ; α-геликазы работают с одноцепочечной ДНК, а β-геликазы работают с двухцепочечной ДНК . Их также классифицируют по полярности транслокаций. Если происходит транслокация 3'-5 ', то геликаза относится к типу А; если происходит транслокация 5'-3 ', это тип B. [24]

  • Суперсемейство 1 (SF1) : это суперсемейство может быть далее подразделено на геликазы SF1A и SF1B. [24] В этой группе геликазы могут иметь полярность транслокации 3'-5 '(подсемейство SF1A) или 5'-3' (подсемейство SF1B). [24] [26] Наиболее известными геликазами SF1A являются Rep и UvrD у грамотрицательных бактерий и геликаза PcrA из грамположительных бактерий. [24] Наиболее известными геликазами в группе SF1B являются геликазы RecD и Dda. [24] У них есть ядро, похожее на RecA. [25]
  • Суперсемейство 2 (SF2) : это самая большая группа геликаз, которые участвуют в различных клеточных процессах. [24] [27] Они характеризуются наличием девяти консервативных мотивов: Q, I, Ia, Ib и II - VI. [27] Эта группа в основном состоит из DEAD-бокс-РНК-геликаз. [25] Некоторые другие геликазы, включенные в SF2, представляют собой семейство RecQ-подобных и Snf2-подобные ферменты. [24] Большинство геликаз SF2 относятся к типу А, за некоторыми исключениями, такими как семейство XPD. [24] У них есть ядро, похожее на RecA. [25]
  • Суперсемейство 3 (SF3) : Суперсемейство 3 состоит из геликаз AAA +, кодируемых в основном небольшими ДНК-вирусами и некоторыми крупными нуклеоцитоплазматическими ДНК-вирусами. [28] [29] Они обладают направленностью транслокации 3'-5 ', что означает, что все они являются геликазами типа А. [24] Наиболее известной геликазой SF3 является геликаза E1 вируса папилломы. [24]
  • Суперсемейство 4 (SF4) : все геликазы семейства SF4 имеют полярность типа B (5'-3 '). У них есть складка RecA. [24] Наиболее изученной геликазой SF4 является gp4 из бактериофага T7. [24]
  • Надсемейство 5 (SF5) : белки Rho соответствуют группе SF5. У них есть складка RecA. [24]
  • Надсемейство 6 (SF6) : они содержат ядро ​​AAA +, которое не включено в классификацию SF3. [24] Некоторые белки в группе SF6: MCM для поддержания мини-хромосом , RuvB, RuvA и RuvC. [24]

Все геликазы являются членами семейства, содержащего P-петлю или мотив Уокера .

Заболевания и геликазы [ править ]

Мутации геликазы ATRX [ править ]

Ген ATRX кодирует АТФ-зависимую геликазу ATRX (также известную как XH2 и XNP) из семейства подгруппы SNF2, которая, как считается, отвечает за такие функции, как ремоделирование хроматина, регуляция генов и метилирование ДНК. [30] [31] [32] [33] Эти функции помогают предотвратить апоптоз, что приводит к регуляции размера коры, а также способствует выживанию гиппокампа и корковых структур, влияя на память и обучение. [30] Эта геликаза расположена на Х-хромосоме (Xq13.1-q21.1) в перицентромерном гетерохроматине и связывается с белком гетерохроматина 1 . [30] [32]Исследования показали, что ATRX играет роль в метилировании рДНК и важен для эмбрионального развития. [34] Мутации были обнаружены во всем белке ATRX , причем более 90% из них расположены в доменах цинкового пальца и геликазы. [35] Мутации ATRX могут привести к X-сцепленной альфа-талассемии - умственной отсталости ( синдром ATR-X ). [30]

Было обнаружено, что различные типы мутаций, обнаруженные в ATRX, связаны с ATR-X, включая наиболее часто встречающиеся одноосновные миссенс-мутации, а также бессмысленные мутации, мутации со сдвигом рамки считывания и делеционные мутации. [33] Характеристики ATR-X включают: микроцефалию, скелетные и лицевые аномалии, умственную отсталость, генитальные аномалии, судороги, ограниченное использование языка и способности, а также альфа-талассемию. [30] [36] [37] Фенотип, наблюдаемый в ATR-X, предполагает, что мутация гена ATRX вызывает подавление экспрессии генов, таких как гены альфа-глобина. [37] До сих пор неизвестно, что вызывает проявление различных характеристик ATR-X у разных пациентов. [36]

Точечные мутации геликазы XPD [ править ]

XPD (фактор D Xeroderma pigmentosum, также известный как белок ERCC2) представляет собой 5'-3 ', суперсемейство II, АТФ-зависимую геликазу, содержащую кластерные домены железо-сера. [38] [39] Было показано, что унаследованные точечные мутации в геликазе XPD связаны с нарушениями ускоренного старения, такими как синдром Кокейна (CS) и трихотиодистрофия (TTD). [40] Синдром Кокейна и трихотиодистрофия являются нарушениями развития, включающими чувствительность к ультрафиолетовому излучению и преждевременное старение, а синдром Кокейна проявляет серьезную умственную отсталость с момента рождения. [40] Мутация геликазы XPD также участвует в пигментной ксеродермии.(XP), заболевание, характеризующееся чувствительностью к ультрафиолетовому излучению и приводящее к увеличению числа случаев рака кожи в несколько тысяч раз. [40]

XPD является важным компонентом комплекса TFIIH , фактора транскрипции и репарации в клетке. [40] [41] [42] [43] [44] Как часть этого комплекса, он способствует эксцизионной репарации нуклеотидов путем раскручивания ДНК. [40] TFIIH помогает восстанавливать поврежденную ДНК, например поврежденную солнцем. [40] [41] [42] [43] [44] Мутация в геликазе XPD, которая помогает сформировать этот комплекс и способствует его функции, вызывает чувствительность к солнечному свету, наблюдаемую при всех трех заболеваниях, а также увеличивает риск рака наблюдается при ХР и преждевременном старении при трихотиодистрофии и синдроме Кокейна. [40]

Мутации геликазы XPD, приводящие к трихотиодистрофии, обнаруживаются по всему белку в различных местах, участвующих в белок-белковых взаимодействиях. [40] Эта мутация приводит к нестабильному белку из-за его неспособности формировать стабилизирующие взаимодействия с другими белками в точках мутаций. [40] Это, в свою очередь, дестабилизирует весь комплекс TFIIH, что приводит к нарушению механизмов транскрипции и репарации клетки. [40]

Было высказано предположение, что мутации геликазы XPD, приводящие к синдрому Кокейна, могут быть результатом мутаций внутри XPD, вызывающих жесткость белка и последующую неспособность переключиться с функций репарации на функции транскрипции из-за «блокировки» в режиме репарации. [40] Это могло заставить геликазу разрезать сегменты ДНК, предназначенные для транскрипции. [40] Хотя текущие данные указывают на дефект геликазы XPD, приводящий к потере гибкости белка в случаях синдрома Кокейна, до сих пор неясно, как эта структура белка приводит к симптомам, описанным при синдроме Кокейна. [40]

В пигментной ксеродерме мутация геликазы XPD существует в месте связывания АТФ или ДНК. [40] Это приводит к появлению структурно функциональной геликазы, способной облегчить транскрипцию, однако она подавляет ее функцию по раскручиванию ДНК и репарации ДНК. [40] Отсутствие способности клетки восстанавливать мутации, например, вызванные солнечным повреждением, является причиной высокого уровня заболеваемости раком у пациентов с пигментной ксеродермией.

Семейные мутации RecQ [ править ]

RecQ геликаза

Хеликазы RecQ (3'-5 ') принадлежат к группе геликаз суперсемейства II, которые помогают поддерживать стабильность генома и подавляют несоответствующую рекомбинацию. [45] [46] Дефициты и / или мутации в геликазах семейства RecQ демонстрируют аберрантную генетическую рекомбинацию и / или репликацию ДНК, что приводит к хромосомной нестабильности и общему снижению способности к пролиферации. [45] Было показано, что мутации в геликазах семейства RecQ BLM, RECQL4 и WRN, которые играют роль в регуляции гомологичной рекомбинации, приводят к аутосомно-рецессивным заболеваниям: синдрому Блума (BS), синдрому Ротмунда-Томсона (RTS) и Вернера. синдром (WS) соответственно.[46] [47]

Синдром Блума характеризуется предрасположенностью к раку с ранним началом, средний возраст заболевания составляет 24 года. [46] [48] ​​У пациентов с синдромом Блума наблюдается высокая частота реципрокного обмена между сестринскими хроматидами (SCE) и чрезмерное повреждение хромосом. [49] Есть данные, позволяющие предположить, что BLM играет роль в восстановлении нарушенной репликации ДНК в репликационных вилках. [49]

Синдром Вернера - это заболевание преждевременного старения, симптомы которого включают раннее начало атеросклероза, остеопороза и других возрастных заболеваний, частую саркому и смерть, часто наступающую от инфаркта миокарда или рака в 4-6-м десятилетии жизни. [46] [50] Клетки пациентов с синдромом Вернера демонстрируют сокращенную репродуктивную продолжительность жизни из-за хромосомных разрывов и транслокаций, а также больших делеций хромосомных компонентов, вызывающих геномную нестабильность. [50]

Синдром Ротмунда-Томсона, также известный как врожденная пойкилодермия , характеризуется преждевременным старением, кожными и скелетными аномалиями, сыпью, пойкилодермией , ювенильной катарактой и предрасположенностью к таким видам рака, как остеосаркома. [46] [51] Хромосомные перестройки, вызывающие нестабильность генома, обнаружены в клетках пациентов с синдромом Ротмунда-Томсона. [51]

Мейотическая рекомбинация [ править ]

Во время мейоза двухцепочечные разрывы ДНК и другие повреждения ДНК в хроматиде восстанавливаются путем гомологичной рекомбинации с использованием либо сестринской хроматиды, либо гомологичной несестринской хроматиды в качестве матрицы. Эта репарация может привести к перекрестному (CO) или, что более часто, к некроссоверному (NCO) рекомбинанту. В дрожжей Schizosaccharomyces pombe в FANCM -family геликаза ДНК FmI1 направляет образование NCO рекомбинации в мейозе. [52] RecQ типа хеликаза Rqh1 также направляет NCO мейоза рекомбинации. [53] Эти геликасы благодаря своей способности раскручиватьсяПромежуточные продукты D-петли способствуют рекомбинации NCO посредством процесса зависимого от синтеза отжига цепи .

В растении Arabidopsis thaliana геликаза FANCM способствует NCO и противодействует образованию рекомбинантов CO. [54] Другая геликаза, RECQ4A / B, также независимо снижает CO. Было высказано предположение, что CO ограничены из-за долгосрочных затрат на рекомбинацию CO, то есть разрушения благоприятных генетических комбинаций аллелей, созданных прошлым естественным отбором . [54]

РНК-геликазы [ править ]

Геликаза DEAD-box РНК человека
На этом изображении представлены различные промоторные последовательности и дополнительные домены, которые способствуют раскручиванию РНК (локальное разделение цепей). Области, отмеченные красным, представляют собой домены связывания АТФ, а области, отмеченные желтым цветом, - домены взаимодействия РНК. Также присутствуют специфические последовательности, называемые DEAD-бокс-белками, которые помогают катализировать реакции, в которых не требуется прямой гидролиз АТФ, если он связывается с доменами цепи.

РНК-геликазы необходимы для большинства процессов метаболизма РНК, таких как биогенез рибосом , сплайсинг пре-мРНК и инициация трансляции . Они также играют важную роль в распознавании вирусных РНК. [55] РНК-геликазы участвуют в обеспечении противовирусного иммунного ответа, поскольку они могут идентифицировать чужеродные РНК у позвоночных. Около 80% всех вирусов являются РНК-вирусами и содержат собственные РНК-геликазы. [56] Дефектные РНК-геликазы связаны с раком, инфекционными заболеваниями и нейродегенеративными расстройствами. [55] Некоторые неврологические расстройства, связанные с дефектными РНК-геликазами, включают: боковой амиотрофический склероз , спинальную мышечную атрофию ,спиноцеребеллярная атаксия 2 типа , болезнь Альцгеймера и синдром летальной врожденной контрактуры . [56]

РНК-геликазы и ДНК-геликазы можно найти вместе во всех суперсемействах геликаз, кроме SF6. [57] [58] Все эукариотические РНК-геликазы, которые были идентифицированы на сегодняшний день, не образуют кольца и являются частью SF1 и SF2. С другой стороны, кольцевые РНК-геликазы были обнаружены у бактерий и вирусов. [55] Однако не все РНК-геликазы проявляют геликазную активность, определяемую ферментативной функцией, т.е. белки семейства Swi / Snf. Хотя эти белки несут типичные мотивы геликазы, гидролизуют АТФ зависимым от нуклеиновых кислот образом и построены вокруг ядра геликазы, в общем, никакой раскручивающей активности не наблюдается. [59]

РНК-геликазы, которые действительно проявляют раскручивающую активность, характеризуются по крайней мере двумя различными механизмами: каноническим раскручиванием дуплекса и локальным разделением цепи. Каноническая дуплексная раскрутка - это ступенчатое направленное разделение дуплексной цепи, как описано выше, для раскручивания ДНК. Однако локальное разделение цепей происходит в процессе, при котором фермент геликаза загружается в любом месте дуплекса. Обычно этому способствует одноцепочечный участок РНК, а загрузка фермента сопровождается связыванием АТФ. [60] После связывания геликазы и АТФ происходит локальное разделение цепей, которое требует связывания АТФ, но не фактического процесса гидролиза АТФ. [61]Дуплекс, представленный меньшим количеством пар оснований, затем диссоциирует без дополнительной помощи со стороны фермента. Этот режим размотки используется геликазами DEAD / DEAH box . [62]

База данных РНК-геликаз [63] в настоящее время доступна в Интернете, которая содержит исчерпывающий список РНК-геликаз с такой информацией, как последовательность, структура, биохимические и клеточные функции. [55]

Диагностические инструменты для измерения геликазы [ править ]

Измерение и мониторинг активности геликазы [ править ]

Для измерения активности геликазы in vitro используются различные методы . Эти методы варьируются от качественных (анализы, которые обычно приводят к результатам, не включающим значений или измерений) до количественных (анализы с числовыми результатами, которые можно использовать в статистическом и числовом анализе). В 1982–1983 годах был разработан первый прямой биохимический анализ для измерения активности геликазы. [13] [64] Этот метод получил название «анализ смещения цепи».

  • Анализ смещения цепи включает радиоактивную метку дуплексов ДНК. После обработки хеликазой одноцепочечная ДНК визуально определяется как отдельная от двухцепочечной ДНК неденатурирующим электрофорезом в ПААГ . После обнаружения одноцепочечной ДНК количество радиоактивной метки, которая находится на одноцепочечной ДНК, оценивается количественно, чтобы получить численное значение для количества раскручивания двухцепочечной ДНК.
Анализ смещения цепи приемлем для качественного анализа, его неспособность отображать результаты для более чем одной временной точки, его затраты времени и его зависимость от радиоактивных соединений для маркировки обусловили необходимость разработки диагностических средств, которые могут отслеживать активность геликазы в режиме реального времени. .

Позже были разработаны и другие методы, которые включали в себя некоторые, если не все из следующего: высокопроизводительная механика, использование нерадиоактивной маркировки нуклеотидов, более быстрое время реакции / меньшее потребление времени, мониторинг активности геликазы в реальном времени (с использованием вместо этого кинетических измерений). анализа конечных точек / отдельных точек). Эти методологии включают: «метод быстрого гашения потока, анализы на основе флуоресценции, анализы фильтрации, анализ близости сцинтилляции, анализ резонансного переноса энергии флуоресценции с временным разрешением , анализ, основанный на технологии флэш-планшетов, гомогенные анализы гашения флуоресценции с временным разрешением и электрохемилюминесценцию анализы на основе геликазы ". [14]С использованием специализированных математических уравнений некоторые из этих анализов можно использовать для определения того, сколько спаренных оснований нуклеотидов геликаза может разрушить за гидролиз 1 молекулы АТФ. [65]

Также доступны коммерчески доступные диагностические наборы. Одним из таких наборов является диагностический тест Trupoint от PerkinElmer., Inc. Этот анализ представляет собой анализ тушения флуоресценции с временным разрешением, в котором используется технология PerkinEmer «SignalClimb», основанная на двух метках, которые связываются в непосредственной близости друг от друга, но на противоположных цепях ДНК. Одна метка представляет собой флуоресцентный хелат лантаноида, который служит меткой, за которой следят с помощью адекватного 96/384-луночного ридера для планшетов. Другая метка - это молекула органического тушителя. В основе этого анализа лежит «гашение» или подавление сигнала хелата лантаноида органической молекулой гасителя, когда они находятся в непосредственной близости - как это было бы, когда дуплекс ДНК находится в нативном состоянии. При активности геликазы на дуплексе метки гасителя и лантанида разделяются по мере разматывания ДНК. Эта потеря в непосредственной близости сводит на нет способность гасителей подавлять сигнал лантаноида,вызывая обнаруживаемое увеличение флуоресценции, которое является репрезентативным для количества размотанной ДНК и может использоваться в качестве количественного измерения активности геликазы. Выполнение и использование методов флуоресцентной визуализации одиночных молекул с упором на методы, которые включают оптическое улавливание в сочетании с эпифлуоресцентной визуализацией, а также иммобилизацию поверхности в сочетании с визуализацией флуоресценции полного внутреннего отражения. В сочетании с микроканальными проточными ячейками и микрофлюидным контролем, позволяет визуализировать и отслеживать отдельные флуоресцентно меченые молекулы белка и ДНК, обеспечивая измерение раскручивания и транслокации ДНК с разрешением по одной молекуле.Выполнение и использование методов флуоресцентной визуализации одиночных молекул с упором на методы, которые включают оптическое улавливание в сочетании с эпифлуоресцентной визуализацией, а также иммобилизацию поверхности в сочетании с визуализацией флуоресценции полного внутреннего отражения. В сочетании с микроканальными проточными ячейками и микрофлюидным контролем, позволяет визуализировать и отслеживать отдельные флуоресцентно меченые молекулы белка и ДНК, обеспечивая измерение раскручивания и транслокации ДНК с разрешением по одной молекуле.Выполнение и использование методов флуоресцентной визуализации одиночных молекул с упором на методы, которые включают оптическое улавливание в сочетании с эпифлуоресцентной визуализацией, а также иммобилизацию поверхности в сочетании с визуализацией флуоресценции полного внутреннего отражения. В сочетании с микроканальными проточными ячейками и микрофлюидным контролем, позволяет визуализировать и отслеживать отдельные флуоресцентно меченые молекулы белка и ДНК, обеспечивая измерение раскручивания и транслокации ДНК с разрешением по одной молекуле.позволяют визуализировать и отслеживать отдельные флуоресцентно меченые молекулы белка и ДНК, обеспечивая измерение раскручивания и транслокации ДНК с разрешением до одной молекулы.позволяют визуализировать и отслеживать отдельные флуоресцентно меченые молекулы белка и ДНК, обеспечивая измерение раскручивания и транслокации ДНК с разрешением до одной молекулы.[66]

Определение полярности геликазы [ править ]

Полярность геликазы, которую также называют «направленностью», определяется как направление (характеризуемое как 5 '→ 3' или 3 '→ 5') движения геликазы на однонитевой ДНК / РНК, вдоль которой она движется. Это определение полярности жизненно важно, например, в случаях. определение того, прикрепляется ли тестируемая геликаза к ведущей цепи ДНК или к отстающей цепи ДНК. Чтобы охарактеризовать эту особенность геликазы, частично дуплексная ДНК используется в качестве субстрата, который имеет центральную одноцепочечную область ДНК с разной длиной дуплексных областей ДНК (одна короткая область, которая проходит 5 '→ 3', и одна более длинная область, которая проходит через 3 '→ 5') по обе стороны от этой области. [67] После добавления геликазы к этой центральной одноцепочечной области полярность определяется характеристикой вновь образованной одноцепочечной ДНК.

См. Также [ править ]

  • Chromodomain хеликазных ДНК связывающего белка: CHD1 , CHD1L , CHD2 , chd3 , chd4 , CHD5 , CHD6 , chd7 , CHD8 , CHD9
  • Геликаза DEAD box / DEAD / DEAH box : DDX3X , DDX5 , DDX6 , DDX10 , DDX11 , DDX12 , DDX58 , DHX8 , DHX9 , DHX37 , DHX40 , DHX58
  • ASCC3 , BLM , BRIP1 , DNA2 , FBXO18 , FBXO30 , HELB , HELLS , HELQ , ХЭЛЗ , HFM1 , ЦГВУ , IFIH1 , NAV2 , PIF1 , RECQL , RTEL1 , SHPRH , SMARCA4 , SMARCAL1 , ПРПЖД , WRNIP1

Ссылки [ править ]

  1. Перейти ↑ Wu Y (2012). «Размотка и перемотка: двойные грани геликазы?» . J нуклеиновые кислоты . 2012 : 1–14. DOI : 10.1155 / 2012/140601 . PMC  3409536 . PMID  22888405 .
  2. ^ Umate P, Tuteja N, Tuteja R (январь 2011). «Полногеномный комплексный анализ геликаз человека» . Коммуна Интегр Биол . 4 (1): 118–37. DOI : 10,4161 / cib.13844 . PMC 3073292 . PMID 21509200 .  
  3. ^ а б Патель, СС; Донмез, я (2006). «Механизмы Helicases» . Журнал биологической химии . 281 (27): 18265–18268. DOI : 10.1074 / jbc.R600008200 . ISSN 0021-9258 . PMID 16670085 .  
  4. ^ Lionnet Т, Spiering М.М., Benkovic SJ, Бенсимон D, крокеты В (2007). «Наблюдение в реальном времени за геликазой бактериофага T4 gp41 показывает механизм раскручивания» . PNAS . 104 (50): 19790–19795. Bibcode : 2007PNAS..10419790L . DOI : 10.1073 / pnas.0709793104 . PMC 2148377 . PMID 18077411 .  
  5. Перейти ↑ Johnson DS, Bai L, Smith BY, Patel SS, Wang MD (2007). «Исследования одиночных молекул показывают динамику раскручивания ДНК кольцевой геликазой t7» . Cell . 129 (7): 1299–309. DOI : 10.1016 / j.cell.2007.04.038 . PMC 2699903 . PMID 17604719 .  
  6. ^ a b «Исследователи раскрывают тайну разделения цепей ДНК» . 2007-07-03 . Проверено 5 июля 2007 .
  7. ^ a b c d e f g h i j k Маносас М., Си XG, Бенсимон Д., Крокетт V (сентябрь 2010 г.). «Активные и пассивные механизмы геликазов» . Nucleic Acids Res . 38 (16): 5518–26. DOI : 10.1093 / NAR / gkq273 . PMC 2938219 . PMID 20423906 .  
  8. ^ Wu, CG и Spies, M .: Обзор: Что такое Helicases? В: Шпионы, М. (Ред.): [1] . Springer Science + Business Media, Нью-Йорк, 2013 г.
  9. ^ "Биохимия Кевина Ахерна (BB 451/551) в Государственном университете Орегона" . oregonstate.edu .
  10. ^ Библиотека трехмерной анимации; Репликация: [2] (Дополнительно)
  11. ^ a b Абдель-Монем М, Дюрвальд Х, Хоффманн-Берлинг Х (июнь 1976 г.). «Ферментное раскручивание ДНК. 2. Разделение цепи АТФ-зависимым ферментом раскручивания ДНК» . Евро. J. Biochem . 65 (2): 441–9. DOI : 10.1111 / j.1432-1033.1976.tb10359.x . PMID 133023 . 
  12. ^ a b Хотта Y, Стерн H (май 1978 г.). «Белок, раскручивающий ДНК из мейотических клеток Lilium». Биохимия . 17 (10): 1872–80. DOI : 10.1021 / bi00603a011 . PMID 207302 . 
  13. ^ a b c Venkatesan M, Silver LL, Nossal NG (октябрь 1982 г.). «Белок гена 41 бактериофага Т4, необходимый для синтеза праймеров РНК, также является ДНК-геликазой». J. Biol. Chem . 257 (20): 12426–34. PMID 6288720 . 
  14. ^ a b Tuteja N, Tuteja R (май 2004 г.). «Прокариотические и эукариотические ДНК-геликазы. Важнейшие молекулярные моторные белки для клеточного аппарата» . Евро. J. Biochem . 271 (10): 1835–48. DOI : 10.1111 / j.1432-1033.2004.04093.x . PMC 7164108 . PMID 15128294 .  
  15. ^ Hubscher U, Stalder HP (1985). «Геликаза ДНК млекопитающих» . Nucleic Acids Res . 13 (15): 5471–5483. DOI : 10.1093 / NAR / 13.15.5471 . PMC 321884 . PMID 3162158 .  
  16. ^ Stahl H, Droge P, Knippers R (август 1986). «ДНК-геликазная активность антигена большой опухоли SV40» . EMBO J . 5 (8): 1939–44. DOI : 10.1002 / j.1460-2075.1986.tb04447.x . PMC 1167061 . PMID 3019672 .  
  17. ^ Сугино A, Рю BH, Сугино T, L Наумовски, Фридберг EC (сентябрь 1986). «Новая ДНК-зависимая АТФаза, которая стимулирует ДНК-полимеразу I дрожжей и обладает ДНК-раскручивающей активностью». J. Biol. Chem . 261 (25): 11744–50. PMID 3017945 . 
  18. ^ Gorbalenya А.Е., Кунин Е.В., Донченко А.П., Блинов В.М. (июнь 1989). «Два родственных суперсемейства предполагаемых геликаз, участвующих в репликации, рекомбинации, репарации и экспрессии геномов ДНК и РНК» . Nucleic Acids Res . 17 (12): 4713–30. DOI : 10.1093 / NAR / 17.12.4713 . PMC 318027 . PMID 2546125 .  
  19. ^ Линдер, П., Ласко, П.Ф., Эшбернер, М., Лерой, П., Нильсон, П.Дж., Ниши, К., Шнейр, Дж., Слонимски, П.П. (1989) Рождение МЕРТВОЙ коробки. Nature (Лондон) 337, 121-122.
  20. ^ Tuteja Н, Tuteja Р, К Рахман, Кан Л.Я., Фаласки А (декабрь 1990 года). «ДНК-геликаза из клеток человека» . Nucleic Acids Res . 18 (23): 6785–92. DOI : 10.1093 / NAR / 18.23.6785 . PMC 332732 . PMID 1702201 .  
  21. ^ Hehman GL, Hauswirth WW (сентябрь 1992). «ДНК-геликаза из митохондрий млекопитающих» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 89 (18): 8562–6. Bibcode : 1992PNAS ... 89.8562H . DOI : 10.1073 / pnas.89.18.8562 . PMC 49960 . PMID 1326759 .  
  22. ^ Tuteja N, Phan TN, Тевари KK (май 1996). «Очистка и характеристика ДНК-геликазы из хлоропластов гороха, которая перемещается в направлении 3'-к-5 '» . Евро. J. Biochem . 238 (1): 54–63. DOI : 10.1111 / j.1432-1033.1996.0054q.x . PMID 8665952 . 
  23. ^ Tuteja R, Малхотра Р, Р песни, Tuteja N, Чаухан В. С. (2002). «Выделение и характеристика гомолога eIF-4A из Plasmodium cynomolgi». Мол. Биохим. Паразитол . 124 (1–2): 79–83. DOI : 10.1016 / S0166-6851 (02) 00205-0 . PMID 12387853 . 
  24. ^ Б с д е е г ч я J к л м п о р Мартин Singleton; Марк С. Диллингем; Дейл Б. Вигли (2007). «Структура и механизм геликаз и транслоказ нуклеиновых кислот». Ежегодный обзор биохимии . 76 : 23–50. DOI : 10.1146 / annurev.biochem.76.052305.115300 . PMID 17506634 . 
  25. ^ а б в г Маргарет Э. Фэрман-Уильямс; Ульф-Петер Гюнтер; Эчард Янковский (2010). «Геликасы SF1 и SF2: дела семейные» . Текущее мнение в структурной биологии . 20 (3): 313–324. DOI : 10.1016 / j.sbi.2010.03.011 . PMC 2916977 . PMID 20456941 .  
  26. ^ Stelter М, Acajjaoui S, S Максвини, Тимминса J (2013). "Структурное и механическое понимание разматывания ДНК Deinococcus radiodurans UvrD" . PLOS One . 8 (10): e77364. Bibcode : 2013PLoSO ... 877364S . DOI : 10.1371 / journal.pone.0077364 . PMC 3797037 . PMID 24143224 .  
  27. ^ а б Паван Уматэ; Нарендра Тутеджа; Рену Тутеха (2011). «Полногеномный комплексный анализ геликаз человека» . Коммуникативная и интегративная биология . 4 (1): 118–137. DOI : 10,4161 / cib.13844 . PMC 3073292 . PMID 21509200 .  
  28. ^ Кунин Е.В., Аравиндом L, Айер LM (2001). «Общее происхождение четырех различных семейств больших эукариотических ДНК-вирусов» . J. Virol . 75 (23): 11720–34. DOI : 10,1128 / JVI.75.23.11720-11734.2001 . PMC 114758 . PMID 11689653 .  
  29. ^ Кунин Е.В., Аравиндом L, Leipe DD, Айер LM (2004). «История эволюции и классификация ААА + АТФаз более высокого порядка». J. Struct. Биол . 146 (1–2): 11–31. DOI : 10.1016 / j.jsb.2003.10.010 . PMID 15037234 . 
  30. ^ a b c d e Роперс Х. Х., Хамель, Британская Колумбия (январь 2005 г.). «Х-сцепленная умственная отсталость». Nat. Преподобный Жене . 6 (1): 46–57. DOI : 10.1038 / nrg1501 . PMID 15630421 . 
  31. ^ Гиббонс RJ, Пикетс DJ, Виллард L, Хиггс DR (март 1995). «Мутации в предполагаемом глобальном регуляторе транскрипции вызывают Х-сцепленную умственную отсталость с синдромом альфа-талассемии ATR-X». Cell . 80 (6): 837–45. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (95) 90287-2 . PMID 7697714 . CS1 maint: uses authors parameter (link)
  32. ^ a b Онлайн-база данных белков Nextprot. «ATRX-Транскрипционный регулятор ATRX». , Проверено 12 ноября 2012 г.
  33. ^ a b Пикетс DJ, Хиггс Д.Р., Bachoo S, Блейк DJ, Куоррелл О.В., Гиббонс Р.Дж. (декабрь 1996 г.). «ATRX кодирует новый член семейства белков SNF2: мутации указывают на общий механизм, лежащий в основе синдрома ATR-X» . Гм. Мол. Genet . 5 (12): 1899–907. DOI : 10,1093 / hmg / 5.12.1899 . PMID 8968741 . CS1 maint: uses authors parameter (link)
  34. ^ Гиббонс R (2006). «Альфа-талассемия - умственная отсталость, Х сцепленный» . Orphanet J Rare Dis . 1 : 15. DOI : 10,1186 / 1750-1172-1-15 . PMC 1464382 . PMID 16722615 .  
  35. ^ Пагон RA, Bird TD, Долан CR, Stephens K, Adam MP Стивенсон RE (1993). «Синдром интеллектуальной инвалидности, связанный с альфа-талассемией X». PMID 20301622 .  Cite journal requires |journal= (help)
  36. ^ а б Гиббонс Р (2006). «Альфа-талассемия - умственная отсталость, Х сцепленный» . Orphanet J Rare Dis . 1 : 15. DOI : 10,1186 / 1750-1172-1-15 . PMC 1464382 . PMID 16722615 .  
  37. ^ a b Гиббонс RJ, Пикетс DJ, Виллар L, Хиггс Д.Р. (март 1995). «Мутации в предполагаемом глобальном регуляторе транскрипции вызывают Х-сцепленную умственную отсталость с альфа-талассемией (синдром ATR-X)». Cell . 80 (6): 837–45. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (95) 90287-2 . PMID 7697714 . 
  38. Перейти ↑ Singleton MR, Dillingham MS, Wigley DB (2007). «Структура и механизм геликаз и транслоказ нуклеиновых кислот». Анну. Rev. Biochem . 76 : 23–50. DOI : 10.1146 / annurev.biochem.76.052305.115300 . PMID 17506634 . 
  39. ^ Rudolf J, Rouillon C, Schwarz-Linek U, White MF (январь 2010). «Хеликаза XPD раскручивает пузырьковые структуры и не блокируется повреждениями ДНК, удаленными путем эксцизионной репарации нуклеотидов» . Nucleic Acids Res . 38 (3): 931–41. DOI : 10.1093 / NAR / gkp1058 . PMC 2817471 . PMID 19933257 .  
  40. ^ a b c d e f g h i j k l m n o Fan L, Fuss JO, Cheng QJ, Arvai AS, Hammel M, Roberts VA, Cooper PK, Tainer JA (май 2008 г.). «Структура и активность геликазы XPD: понимание фенотипов рака и старения в результате мутаций XPD» . Cell . 133 (5): 789–800. DOI : 10.1016 / j.cell.2008.04.030 . PMC 3055247 . PMID 18510924 .  
  41. ^ a b Lainé JP, Mocquet V, Egly JM (2006). Ферментативная активность TFIIH в транскрипции и эксцизионной репарации нуклеотидов . Meth. Энзимол . Методы в энзимологии. 408 . С. 246–63. DOI : 10.1016 / S0076-6879 (06) 08015-3 . ISBN 9780121828134. PMID  16793373 .
  42. ^ a b Тирод Ф, Буссо Д., Монета F, Эгли Дж. М. (январь 1999 г.). «Восстановление фактора транскрипции TFIIH: назначение функций трех ферментативных субъединиц, XPB, XPD и cdk7». Мол. Cell . 3 (1): 87–95. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (00) 80177-X . PMID 10024882 . CS1 maint: uses authors parameter (link)
  43. ↑ a b Sung P, Bailly V, Weber C, Thompson LH, Prakash L, Prakash S (октябрь 1993 г.). «Ген группы D человека xeroderma pigmentosum кодирует ДНК-геликазу». Природа . 365 (6449): 852–5. Bibcode : 1993Natur.365..852S . DOI : 10.1038 / 365852a0 . PMID 8413672 . 
  44. ^ a b Schaeffer L, Roy R, Humbert S, Moncollin V, Vermeulen W, Hoeijmakers JH, Chambon P, Egly JM (апрель 1993 г.). «Хеликаза репарации ДНК: компонент основного фактора транскрипции BTF2 (TFIIH)». Наука . 260 (5104): 58–63. Bibcode : 1993Sci ... 260 ... 58S . DOI : 10.1126 / science.8465201 . PMID 8465201 . 
  45. ^ a b Hanada K, Hickson ID (сентябрь 2007 г.). «Молекулярная генетика нарушений RecQ-геликазы». Клетка. Мол. Life Sci . 64 (17): 2306–22. DOI : 10.1007 / s00018-007-7121-z . PMID 17571213 . 
  46. ^ a b c d e Opresko PL, Cheng WH, Bohr VA (апрель 2004 г.). «Соединение биохимии геликазы RecQ и болезней человека» . J. Biol. Chem . 279 (18): 18099–102. DOI : 10.1074 / jbc.R300034200 . PMID 15023996 . 
  47. ^ Ouyang KJ, Woo Л.Л., Эллис Н. (2008). «Гомологичная рекомбинация и поддержание целостности генома: рак и старение через призму геликаз RecQ человека». Мех. Aging Dev . 129 (7–8): 425–40. DOI : 10.1016 / j.mad.2008.03.003 . PMID 18430459 . 
  48. ^ Эллис Н.А., Gröden Дж, Е. TZ, Straughen Дж, Леннон ди - джей, Ciocci S, Proytcheva М, немецкий J (ноябрь 1995 года). «Продукт гена синдрома Блума гомологичен геликазам RecQ». Cell . 83 (4): 655–66. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (95) 90105-1 . PMID 7585968 . 
  49. ^ a b Селак Н., Бахрати Ч.З., Шевелев И., Дитши Т., ван Лун Б., Якоб А., Хюбшер У., Хохейзель Д.Д., Хиксон И.Д., Стаглир I (сентябрь 2008 г.). «Хеликаза синдрома Блума (BLM) физически и функционально взаимодействует с p12, наименьшей субъединицей дельта ДНК-полимеразы человека» . Nucleic Acids Res . 36 (16): 5166–79. DOI : 10.1093 / NAR / gkn498 . PMC 2532730 . PMID 18682526 .  
  50. ^ a b Gray MD, Shen JC, Kamath-Loeb AS, Blank A, Sopher BL, Martin GM, Oshima J, Loeb LA (сентябрь 1997 г.). «Белок синдрома Вернера - это ДНК-геликаза». Nat. Genet . 17 (1): 100–3. DOI : 10,1038 / NG0997-100 . PMID 9288107 . 
  51. ^ Б Китао S, A, Шимамото Goto M, Miller RW, Смитсоном WA, Lindor Н.М., Furuichi Y (май 1999 г.). «Мутации в RECQL4 вызывают подмножество случаев синдрома Ротмунда-Томсона». Nat. Genet . 22 (1): 82–4. DOI : 10,1038 / 8788 . PMID 10319867 . 
  52. Перейти ↑ Lorenz A, Osman F, Sun W, Nandi S, Steinacher R, Whitby MC (июнь 2012 г.). «Ортолог FANCM делящихся дрожжей управляет рекомбинацией без кроссовера во время мейоза» . Наука . 336 (6088): 1585–8. Bibcode : 2012Sci ... 336.1585L . DOI : 10.1126 / science.1220111 . PMC 3399777 . PMID 22723423 .  
  53. ^ Lorenz A, Mehats A, F Osman, Уитби MC (декабрь 2014). «Паралоги и медиаторы Rad51 / Dmc1 противостоят ДНК-геликазам, чтобы ограничить образование гибридной ДНК и способствовать кроссинговерам во время мейотической рекомбинации» . Nucleic Acids Res . 42 (22): 13723–35. DOI : 10.1093 / NAR / gku1219 . PMC 4267644 . PMID 25414342 .  
  54. ^ a b Сегела-Арно М., Крисмани В., Ларшевек С., Мазель Дж., Фрогер Н., Шойнар С., Лемхемди А., Макайсн Н., Ван Леен Дж., Геверт К., Де Джагер Дж., Челышева Л., Мерсье Р. (апрель 2015 г.). «Множественные механизмы ограничивают мейотические кроссоверы: TOP3α и два гомолога BLM противодействуют кроссоверам параллельно с FANCM» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 112 (15): 4713–8. Bibcode : 2015PNAS..112.4713S . DOI : 10.1073 / pnas.1423107112 . PMC 4403193 . PMID 25825745 .  
  55. ^ a b c d Янковский, А .; Guenther, U. -P .; Янковский, Э. (2010). «База данных РНК-геликазы» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (выпуск базы данных): D338 – D341. DOI : 10.1093 / NAR / gkq1002 . PMC 3013637 . PMID 21112871 .  
  56. ^ a b Steimer, L .; Клостермайер, Д. (2012). «РНК-геликазы при инфекциях и болезнях» . Биология РНК . 9 (6): 751–771. DOI : 10,4161 / rna.20090 . PMID 22699555 . 
  57. ^ Янковский E, Fairman-Williams ME (2010). «Введение в РНК-геликазы: суперсемейства, семейства и основные темы». В Jankowsky E (ред.). РНК-геликазы (RSC Biomolecular Sciences) . Кембридж, Англия: Королевское химическое общество. п. 5. ISBN 978-1-84755-914-2.
  58. ^ Ranji, A .; Борис-Лори, К. (2010). «РНК-геликазы: новые роли в вирусной репликации и врожденном ответе хозяина» . Биология РНК . 7 (6): 775–787. DOI : 10,4161 / rna.7.6.14249 . PMC 3073335 . PMID 21173576 .  
  59. Перейти ↑ Jankowsky E (январь 2011). «РНК-геликазы в действии: связывание и перестройка» . Trends Biochem. Sci . 36 (1): 19–29. DOI : 10.1016 / j.tibs.2010.07.008 . PMC 3017212 . PMID 20813532 .  
  60. ^ Ян Q, Del Campo M, Lambowitz AM, Янковский E (октябрь 2007). «Белки DEAD-бокса раскручивают дуплексы путем локального разделения цепей». Мол. Cell . 28 (2): 253–63. DOI : 10.1016 / j.molcel.2007.08.016 . PMID 17964264 . 
  61. Перейти ↑ Liu F, Putnam A, Jankowsky E (декабрь 2008 г.). «Гидролиз АТФ необходим для рециркуляции белка DEAD-бокса, но не для разматывания дуплекса» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 105 (51): 20209–14. Bibcode : 2008PNAS..10520209L . DOI : 10.1073 / pnas.0811115106 . PMC 2629341 . PMID 19088201 .  
  62. ^ Jarmoskaite I, Russell R (2011). «Белки DEAD-бокса как РНК-геликазы и шапероны» . Wiley Interdiscip Rev RNA . 2 (1): 135–52. DOI : 10.1002 / wrna.50 . PMC 3032546 . PMID 21297876 .  
  63. ^ "Индекс /" . www.rnahelicase.org . Архивировано из оригинала на 2014-12-18 . Проверено 7 декабря 2012 .
  64. ^ Мэтсон SW, Фавор S, Ричардсон CC (ноябрь 1983). «Белок гена 4 бактериофага Т7. Характеристика геликазной активности». J. Biol. Chem . 258 (22): 14017–24. PMID 6315716 . 
  65. ^ Sarlós K, M Gyimesi, Ковач M (июнь 2012). «Хеликаза RecQ перемещается по одноцепочечной ДНК с умеренной процессивностью и прочным механохимическим связыванием» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 109 (25): 9804–9. Bibcode : 2012PNAS..109.9804S . DOI : 10.1073 / pnas.1114468109 . PMC 3382518 . PMID 22665805 .  
  66. ^ Паванкумар, TL; Exell, JC; Ковальчиковски, SC (1 января 2016 г.). Глава первая - Прямая флуоресцентная визуализация транслокации и разматывания отдельными ДНК-геликазами . Методы в энзимологии . 581 . С. 1–32. DOI : 10.1016 / bs.mie.2016.09.010 . ISBN 9780128092675. PMC  5854184 . PMID  27793277 .
  67. ^ Боровец, Дж. (1996) Репликация ДНК в эукариотических клетках. Лабораторный пресс Колд-Спринг-Харбор, Колд-Спринг-Харбор, Нью-Йорк. 545–574

Внешние ссылки [ править ]

  • ДНК + Helicases в Национальных медицинских предметных рубриках США (MeSH)
  • РНК + Helicases в Национальных медицинских предметных рубриках США (MeSH)