Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Проект человеческого микробиома (HMP)
Проект "Микробиом человека" logo.jpg
ВладелецСША Национальный институт здоровья
Учредил2007 г. ( 2007 )
Отключен2016 г. ( 2016 )
Интернет сайтhmpdacc .org

Проект « Микробиом человека» ( HMP ) был исследовательской инициативой Национального института здравоохранения США (NIH), направленной на улучшение понимания микробной флоры, влияющей на здоровье и болезни человека. Запущенная в 2007 году [1] первая фаза (HMP1) была направлена ​​на выявление и характеристику микробной флоры человека. Вторая фаза, известная как Проект интегративного микробиома человека (iHMP), была запущена в 2014 году с целью генерирования ресурсов для характеристики микробиома и выяснения роли микробов в состоянии здоровья и болезнях. Программа получила финансирование в размере 170 миллионов долларов от Общего фонда NIH с 2007 по 2016 год. [2]

Важными компонентами HMP были независимые от культуры методы характеристики микробного сообщества , такие как метагеномика (которая обеспечивает широкую генетическую перспективу для отдельного микробного сообщества), а также обширное секвенирование всего генома (которое обеспечивает «глубокую» генетическую перспективу для определенных аспекты данного микробного сообщества, т. е. отдельных видов бактерий). Последние служили эталонными геномными последовательностями - в настоящее время планируется 3000 таких последовательностей отдельных бактериальных изолятов - для целей сравнения во время последующего метагеномного анализа. Проект также профинансировал глубокое секвенирование бактериальных последовательностей 16S рРНК , амплифицированных с помощьюполимеразная цепная реакция от людей. [3]

Введение [ править ]

Изображение распространенности различных классов бактерий на отдельных участках кожи человека.

До запуска HMP в популярных средствах массовой информации и в научной литературе часто сообщалось, что в человеческом организме примерно в 10 раз больше микробных клеток и в 100 раз больше микробных генов, чем человеческих клеток; эта цифра была основана на оценках того, что микробиом человека включает около 100 триллионов бактериальных клеток, а у взрослого человека обычно около 10 триллионов человеческих клеток. [4] В 2014 году Американская академия микробиологии опубликовала FAQ, в котором подчеркивалось, что количество микробных клеток и количество клеток человека являются оценочными, и отмечалось, что недавние исследования привели к новой оценке количества человеческих клеток примерно 37 триллионов клеток, что означает, что соотношение микробных и человеческих клеток, вероятно, составляет около 3: 1. [4] [5] В 2016 году другая группа опубликовала новую оценку соотношения примерно 1: 1 (1,3: 1, с «неопределенностью 25% и вариацией 53% по популяции стандартных самцов 70 кг»). [6] [7]

Несмотря на ошеломляющее количество микробов внутри и на теле человека, мало что было известно об их роли в здоровье человека и болезнях. Многие организмы, составляющие микробиом, не были успешно культивированы , идентифицированы или иным образом охарактеризованы. Однако организмы, которые, как считается, обнаруживаются в микробиоме человека, в целом можно разделить на бактерии , члены домена архей , дрожжи и одноклеточные эукариоты, а также различные паразиты и вирусы гельминтов , последние включают вирусы, которые инфицируют организмы клеточного микробиома. (например, бактериофаги). HMP ставил своей целью открыть и охарактеризовать микробиом человека, уделяя особое внимание участкам полости рта, кожи, влагалища, желудочно-кишечного тракта и дыхательных путей.

HMP будет решать некоторые из самых вдохновляющих, неприятных и фундаментальных научных вопросов сегодня. Важно отметить, что он также может разрушить искусственные барьеры между медицинской микробиологией и микробиологией окружающей среды. Есть надежда, что HMP не только определит новые способы определения состояния здоровья и предрасположенности к заболеваниям, но также определит параметры, необходимые для разработки, реализации и мониторинга стратегий преднамеренного манипулирования микробиотой человека, чтобы оптимизировать ее работу в контексте физиологии человека. . [8]

HMP был описан как «логическое концептуальное и экспериментальное продолжение проекта« Геном человека » ». [8] В 2007 году HMP был включен в Дорожную карту медицинских исследований Национального института здравоохранения [9] как один из новых путей к открытиям . Организованная характеристика микробиома человека также проводится на международном уровне под эгидой Международного консорциума микробиома человека. [10] В канадских институтов исследований в области здравоохранениячерез Институт инфекций и иммунитета CIHR возглавляет Канадскую микробиомную инициативу по разработке скоординированных и целенаправленных исследовательских усилий по анализу и характеристике микробов, колонизирующих человеческое тело, и их потенциального изменения во время хронических заболеваний. [11]

Участвующие организации [ править ]

В HMP приняли участие многие исследовательские институты, включая Стэнфордский университет , Институт Броуда , Университет Содружества Вирджинии , Вашингтонский университет , Северо-Восточный университет , Массачусетский технологический институт , Медицинский колледж Бейлора и многие другие . Вклады включали оценку данных, построение наборов данных эталонной последовательности, этические и юридические исследования, разработку технологий и многое другое.

Фаза первая (2007-2014) [ править ]

HMP1 включал исследовательские работы многих организаций. [12] HMP1 поставил следующие цели: [13]

  • Разработать эталонный набор последовательностей микробного генома и выполнить предварительную характеристику микробиома человека.
  • Изучите связь между болезнью и изменениями в микробиоме человека.
  • Разработка новых технологий и инструментов для вычислительного анализа
  • Создать хранилище ресурсов
  • Изучите этические, правовые и социальные последствия исследования микробиома человека.

Вторая фаза (2014-2016) [ править ]

В 2014 году NIH запустил вторую фазу проекта, известную как Проект интегративного микробиома человека (iHMP). Целью iHMP было создание ресурсов для создания полной характеристики микробиома человека с упором на понимание присутствия микробиоты в состояниях здоровья и болезней. [14] Миссия проекта, по заявлению Национального института здоровья, заключалась в следующем:

В рамках iHMP будут созданы интегрированные продольные наборы данных биологических свойств как микробиома, так и хозяина из трех различных когортных исследований связанных с микробиомом состояний с использованием нескольких технологий «омики». [14]

Проект включал три подпроекта, реализуемых в нескольких учреждениях. Методы исследования включали 16S рРНК генов профилирование, весь метагеном дробовик последовательность , все секвенирование генома , metatranscriptomics , метаболомику / lipidomics и immunoproteomics . Основные выводы iHMP были опубликованы в 2019 г. [15]

Беременность и преждевременные роды [ править ]

Команда Консорциума влагалищного микробиома в Университете Содружества Вирджинии провела исследование проекта «Беременность и преждевременные роды» с целью понять, как микробиом изменяется во время гестационного периода и влияет на микробиом новорожденного. Проект также касался роли микробиома в возникновении преждевременных родов, которые, по данным CDC , составляют почти 10% всех рождений [16] и составляют вторую ведущую причину неонатальной смертности. [17] Проект получил 7,44 миллиона долларов из средств NIH. [18]

Начало воспалительного заболевания кишечника (ВЗК) [ править ]

Команда Multi'omics Data по воспалительному заболеванию кишечника (IBDMDB) была многопрофильной группой исследователей, сосредоточенных на понимании того, как в долгосрочном плане изменяется микробиом кишечника у взрослых и детей, страдающих ВЗК . ВЗК - это воспалительное аутоиммунное заболевание, которое проявляется либо как болезнь Крона, либо как язвенный колит, и поражает около миллиона американцев. [19] Среди участников исследования были когорты из Массачусетской больницы общего профиля , больницы Университета Эмори / детской больницы Цинциннати и Медицинского центра Сидарс-Синай . [20]

Начало диабета 2 типа (СД2) [ править ]

Исследователи из Стэнфордского университета и Лаборатории геномной медицины Джексона работали вместе, чтобы провести продольный анализ биологических процессов, происходящих в микробиоме пациентов с риском диабета 2 типа . СД2 поражает почти 20 миллионов американцев, по крайней мере, 79 миллионов пациентов с преддиабетом [21], и частично характеризуется заметными сдвигами в микробиоме по сравнению со здоровыми людьми. Проект был направлен на выявление молекул и сигнальных путей, которые играют роль в этиологии заболевания. [22]

Достижения [ править ]

Воздействие HMP на сегодняшний день может быть частично оценено путем изучения исследований, спонсируемых HMP. С июня 2009 г. по конец 2017 г. на веб-сайте HMP было размещено более 650 рецензируемых публикаций, которые были процитированы более 70 000 раз. [23] На данный момент веб-сайт был заархивирован и больше не обновляется, хотя наборы данных по-прежнему доступны. [24]

Основные категории работ, финансируемых HMP, включали:

  • Разработка новых систем баз данных, обеспечивающих эффективную организацию, хранение, доступ, поиск и аннотирование огромных объемов данных. К ним относятся IMG, интегрированная база данных микробных геномов и система сравнительного анализа; [25] IMG / M, родственная система, которая объединяет наборы данных метагенома с изолированными геномами микробов из системы IMG; [26] CharProtDB , база данных экспериментально охарактеризованных аннотаций белков; [27] и база данных Genomes OnLine (GOLD) для мониторинга состояния геномных и метагеномных проектов во всем мире и связанных с ними метаданных. [28]
  • Разработка инструментов для сравнительного анализа, которые облегчают распознавание общих закономерностей, основных тем и тенденций в сложных наборах данных. К ним относятся RAPSearch2, быстрый и эффективный с точки зрения памяти инструмент поиска сходства белков для данных секвенирования следующего поколения; [29] Boulder ALignment Editor (ALE), веб-инструмент для выравнивания РНК; [30] WebMGA, настраиваемый веб-сервер для быстрого анализа метагеномной последовательности; [31] и DNACLUST, инструмент для точной и эффективной кластеризации генов филогенетических маркеров [32]
  • Разработка новых методов и систем для сборки массивных наборов данных последовательности. Ни один алгоритм сборки не решает все известные проблемы сборки коротких последовательностей [33], поэтому программы сборки следующего поколения, такие как AMOS [34], являются модульными и предлагают широкий набор инструментов для сборки. Новые алгоритмы были разработаны для улучшения качества и полезности черновых последовательностей генома. [35]
  • Сборка каталога секвенированных эталонных геномов чистых бактериальных штаммов из нескольких участков тела, с которыми можно сравнивать метагеномные результаты. Первоначальная цель - 600 геномов - далеко превзойдена; текущая цель состоит в том, чтобы в этот справочный каталог было включено 3000 геномов, секвенированных, по крайней мере, до стадии высококачественного черновика. По состоянию на март 2012 года каталогизировано 742 генома. [36]
  • Создание Центра анализа и координации данных (DACC) [37], который служит центральным хранилищем всех данных HMP.
  • Различные исследования, изучающие правовые и этические вопросы, связанные с исследованиями секвенирования всего генома. [38] [39] [40] [41]

Разработки, финансируемые HMP, включали:

  • Новые методы прогнозирования для выявления активных сайтов связывания факторов транскрипции. [42]
  • Идентификация на основе биоинформатических данных широко распространенного предшественника электронного носителя, продуцируемого рибосомами [43]
  • Покадровые "движущиеся изображения" человеческого микробиома. [44]
  • Выявление уникальных приспособлений, принятых сегментированными нитчатыми бактериями (SFB) в их роли кишечных комменсалов. [45] SFB важны с медицинской точки зрения, потому что они стимулируют Т-хелперные клетки 17, которые , как считается, играют ключевую роль в аутоиммунных заболеваниях .
  • Выявление факторов, различающих микробиоту здорового и больного кишечника. [46]
  • Выявление до сих пор не признанной доминирующей роли Verrucomicrobia в сообществах почвенных бактерий. [47]
  • Выявление факторов, определяющих потенциал вирулентности штаммов Gardnerella vaginalis при вагинозе . [48]
  • Выявление связи между микробиотой полости рта и атеросклерозом. [49]
  • Демонстрация того, что патогенные виды Neisseria, участвующие в менингите , сепсисе и заболеваниях, передающихся половым путем, обмениваются факторами вирулентности с комменсальными видами. [50]

Вехи [ править ]

Создана справочная база данных [ править ]

13 июня 2012 года директор Национального института здравоохранения Фрэнсис Коллинз объявил о важной вехе HMP . [51] Объявление сопровождалось серией скоординированных статей, опубликованных в тот же день в журналах Nature [52] [53] и нескольких журналах, включая Public Library of Science (PLoS). [54] [55] [56] [57] [58] [59] Картируя нормальный микробный состав здоровых людей с помощью методов секвенирования генома, исследователи HMP создали справочную базу данных и границы нормальных микробных изменчивость у людей. [60]

У 242 здоровых добровольцев из США было собрано более 5000 образцов тканей с 15 (мужчин) до 18 (женщин) участков тела, таких как рот, нос, кожа, нижняя часть кишечника (стул) и влагалище. Вся ДНК, человеческая и микробная, была проанализирована с помощью машин для секвенирования ДНК. Данные микробного генома были извлечены путем идентификации специфической для бактерий рибосомной РНК, 16S рРНК . Исследователи подсчитали, что более 10 000 видов микробов населяют экосистему человека, и идентифицировали от 81 до 99% родов . Помимо создания справочной базы данных микробиома человека, проект HMP также обнаружил несколько «сюрпризов», в том числе:

  • Микробы вносят больше генов, ответственных за выживание человека, чем собственных генов человека. Подсчитано, что бактериальные гены, кодирующие белок, в 360 раз более распространены, чем гены человека.
  • Микробная метаболическая активность; например, переваривание жиров; не всегда представлены одними и теми же видами бактерий. Наличие занятий, кажется, имеет большее значение.
  • Компоненты микробиома человека меняются со временем в зависимости от болезненного состояния пациента и приема лекарств. Однако микробиом в конечном итоге возвращается в состояние равновесия, хотя состав бактерий изменился.

Клиническое применение [ править ]

Среди первых клинических применений, использующих данные HMP, как сообщалось в нескольких статьях PLoS, исследователи обнаружили сдвиг в сторону меньшего видового разнообразия в микробиоме влагалища беременных женщин при подготовке к родам и высокую вирусную нагрузку ДНК в микробиоме носа у детей с необъяснимым лихорадка. Другие исследования с использованием данных и методов HMP включают роль микробиома в различных заболеваниях пищеварительного тракта, кожи, репродуктивных органов и детских расстройствах. [51]

Фармацевтическое применение [ править ]

Фармацевтические микробиологи рассмотрели значение данных HMP в отношении наличия / отсутствия «нежелательных» микроорганизмов в нестерильных фармацевтических продуктах и ​​в отношении мониторинга микроорганизмов в контролируемой среде, в которой продукты производятся. Последнее также имеет значение для выбора среды и исследований эффективности дезинфицирующих средств. [61]

См. Также [ править ]

  • Экологическая микробиология
  • Геномный проект
  • Геномика
  • Кишечная флора
  • Микробиом человека
  • Виром человека
  • Медицинская микробиология
  • Метагеномика
  • Микробная экология
  • Микрофлора
  • Мультигеномный организм
  • Микробиология полости рта
  • Флора кожи
  • Суперорганизм
  • Влагалищная флора

Ссылки [ править ]

  1. ^ "Проект человеческого микробиома: разнообразие человеческих микробов больше, чем предполагалось ранее" . ScienceDaily . Проверено 8 марта 2012 года .
  2. ^ "Проект человеческого микробиома - Главная | Общий фонд NIH" . commonfund.nih.gov . Проверено 15 апреля 2018 .
  3. ^ "Проект человеческого микробиома" . Общий фонд NIH . Проверено 8 марта 2012 года .
  4. ^ Б Американская академия микробиологии FAQ: Human микробиомом архивации 2016-12-31 в Вайбак Machine января 2014 года
  5. ↑ Джуда Л. Рознер для журнала Microbe Magazine, февраль 2014 г. У человека в десять раз больше микробных клеток, чем клеток тела?
  6. ^ Элисон Эбботт для Nature News. 8 января 2016 г. Ученые опровергают миф о том, что в нашем организме больше бактерий, чем клеток человека
  7. ↑ Отправитель R, Fuchs S, Milo R (январь 2016 г.). «Действительно ли нас значительно меньше численности? Возвращаясь к соотношению бактериальных клеток и клеток-хозяев у людей» . Cell . 164 (3): 337–40. DOI : 10.1016 / j.cell.2016.01.013 . PMID 26824647 . 
  8. ^ a b Turnbaugh PJ, Ley RE, Hamady M, Fraser-Liggett CM, Knight R, Gordon JI (октябрь 2007 г.). «Проект микробиома человека» . Природа . 449 (7164): 804–10. Bibcode : 2007Natur.449..804T . DOI : 10,1038 / природа06244 . PMC 3709439 . PMID 17943116 .  
  9. ^ «О дорожной карте NIH» . Общий фонд NIH. Архивировано из оригинального 17 февраля 2013 года . Проверено 8 марта 2012 года .
  10. ^ "Международный консорциум микробиома человека" . Проверено 8 марта 2012 года .
  11. ^ «Канадская инициатива микробиома» . Канадские институты медицинских исследований . Проверено 8 марта 2012 года .
  12. ^ «Проект микробиома человека / финансируемое исследование» . Общий фонд NIH . Проверено 8 марта 2012 года .
  13. ^ "Инициативы проекта / программы человеческого микробиома" . Общий фонд NIH . Проверено 8 марта 2012 года .
  14. ^ a b «Проект микробиома человека NIH - О микробиоме человека» . hmpdacc.org . Проверено 30 марта 2018 .
  15. ^ Группа анализа портфеля микробиома человека NIH (2019). «Обзор 10-летней деятельности по исследованию микробиома человека в Национальных институтах здравоохранения США, финансовые годы 2007-2016» . Микробиом . 7 (1): 31. doi : 10.1186 / s40168-019-0620-у . ISSN 2049-2618 . PMC 6391833 . PMID 30808411 .   
  16. ^ Ферра С, Кэллаганом Вт, Олсон С, Шарма А, Барфильд Вт (ноябрь 2016). «Влияние возраста матери и возрастной нормы преждевременных родов на общую частоту преждевременных родов - США, 2007 и 2014 годы» . MMWR. Еженедельный отчет о заболеваемости и смертности . 65 (43): 1181–1184. DOI : 10,15585 / mmwr.mm6543a1 . PMID 27811841 . 
  17. ^ «Младенческая смертность | Здоровье матери и ребенка | Репродуктивное здоровье | CDC» . www.cdc.gov . 2018-01-02 . Проверено 3 апреля 2018 .
  18. ^ Консорциум, VCU, Vaginal Microbiome. «Консорциум вагинального микробиома» . vmc.vcu.edu . Проверено 5 апреля 2018 .
  19. ^ "CDC - Эпидемиология IBD - воспалительного заболевания кишечника" . www.cdc.gov . Архивировано из оригинала на 2017-02-23 . Проверено 15 апреля 2018 .
  20. ^ "Команда" . ibdmdb.org . Проверено 5 апреля 2018 .
  21. ^ "Национальный отчет по статистике диабета | Данные и статистика | Диабет | CDC" . www.cdc.gov . 2018-03-09 . Проверено 15 апреля 2018 .
  22. ^ «Интегрированное личное профилирование омики | Интегрированное личное профилирование омики | Стэнфордская медицина» . med.stanford.edu . Проверено 5 апреля 2018 .
  23. ^ "Проект человеческого микробиома - Главная | Общий фонд NIH" . commonfund.nih.gov . Проверено 18 апреля 2019 .
  24. ^ "Портал данных проекта микробиома человека" . portal.hmpdacc.org . Проверено 18 апреля 2019 .
  25. ^ Марковиц В.М., Чен И.М., Паланиаппан К., Чу К., Сзето Е., Гречкин Ю., Ратнер А., Якоб Б., Хуанг Дж., Уильямс П., Хантеманн М., Андерсон И., Мавроматис К., Иванова Н. Н., Кирпидес Северная Каролина (январь 2012 г.). «IMG: интегрированная база данных микробных геномов и система сравнительного анализа» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск базы данных): D115–22. DOI : 10.1093 / NAR / gkr1044 . PMC 3245086 . PMID 22194640 .  
  26. ^ Марковиц В.М., Чен И.М., Чу К., Сзето Е., Паланиаппан К., Гречкин Ю., Ратнер А., Якоб Б., Пати А., Хантеманн М., Лиолиос К., Пагани И., Андерсон И., Мавроматис К., Иванова Н. Н., Кирпидес, Северная Каролина (январь 2012). «IMG / M: интегрированная система управления данными метагенома и сравнительного анализа» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск базы данных): D123–9. DOI : 10.1093 / NAR / gkr975 . PMC 3245048 . PMID 22086953 .  
  27. ^ Madupu R, Richter A, Додсон RJ, Brinkac L, Harkins D, Durkin S, Shrivastava S, Sutton G, D Haft (январь 2012). «CharProtDB: база данных экспериментально охарактеризованных аннотаций белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Выпуск базы данных): D237–41. DOI : 10.1093 / NAR / gkr1133 . PMC 3245046 . PMID 22140108 .  
  28. ^ Pagani я, Liolios К, Янссон Дж, Чен И.М., Смирнов Т, Nosrat В, Маркоуиц В.М., Kyrpides NC (январь 2012). «База данных Genomes OnLine (GOLD) v.4: статус геномных и метагеномных проектов и связанных с ними метаданных» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск базы данных): D571–9. DOI : 10.1093 / NAR / gkr1100 . PMC 3245063 . PMID 22135293 .  
  29. Перейти ↑ Zhao Y, Tang H, Ye Y (январь 2012). «RAPSearch2: быстрый и эффективный с точки зрения памяти инструмент поиска сходства белков для данных секвенирования следующего поколения» . Биоинформатика . 28 (1): 125–6. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr595 . PMC 3244761 . PMID 22039206 .  
  30. ^ Stombaugh J, J Видманн, Макдональд D, Knight R (июнь 2011 г.). "Boulder ALignment Editor (ALE): веб-инструмент для выравнивания РНК" . Биоинформатика . 27 (12): 1706–7. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr258 . PMC 3106197 . PMID 21546392 .  
  31. ↑ Wu S, Zhu Z, Fu L, Niu B, Li W (сентябрь 2011 г.). «WebMGA: настраиваемый веб-сервер для быстрого анализа метагеномной последовательности» . BMC Genomics . 12 : 444. DOI : 10.1186 / 1471-2164-12-444 . PMC 3180703 . PMID 21899761 .  
  32. ^ Ghodsi M, Liu B, Pop M (июнь 2011). «DNACLUST: точная и эффективная кластеризация генов филогенетических маркеров» . BMC Bioinformatics . 12 : 271. DOI : 10,1186 / 1471-2105-12-271 . PMC 3213679 . PMID 21718538 .  
  33. ↑ Yao G, Ye L, Gao H, Minx P, Warren WC, Weinstock GM (январь 2012 г.). «График соответствия сборок последовательностей следующего поколения» . Биоинформатика . 28 (1): 13–6. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr588 . PMC 3244760 . PMID 22025481 .  
  34. ^ Treangen TJ, Sommer DD, Angly FE, Корен S, Pop M (март 2011). Сборка последовательностей нового поколения с помощью AMOS . Текущие протоколы в биоинформатике . Глава 11. С. Раздел 11.8. DOI : 10.1002 / 0471250953.bi1108s33 . ISBN 978-0471250951. PMC  3072823 . PMID  21400694 .
  35. ^ Корен S, Миллер JR, Валенц BP, Саттон G (сентябрь 2010 г.). «Алгоритм автоматического закрытия при сборке» . BMC Bioinformatics . 11 : 457. DOI : 10,1186 / 1471-2105-11-457 . PMC 2945939 . PMID 20831800 .  
  36. ^ «Проект микробиома человека / Справочные данные генома» . Центр анализа и координации данных (DACC) для Национальных институтов здравоохранения (NIH) . Проверено 8 марта 2012 года .
  37. ^ «Центр анализа данных и координации (DACC)» . Общий фонд национальных институтов здравоохранения (NIH) . Проверено 11 марта 2012 года .
  38. Перейти ↑ Schwab AP, Frank L, Gligorov N (ноябрь 2011 г.). «Говоря конфиденциальность, значит конфиденциальность» . Американский журнал биоэтики . 11 (11): 44–5. DOI : 10.1080 / 15265161.2011.608243 . PMID 22047127 . S2CID 34313782 .  
  39. ^ Rhodes R, Azzouni Дж, Baumrin СО, Беньков К, Blaser МДж, Бреннер В, Dauben JW, Эрл WJ, Франк л, Глигоры N, Гольдфарб Дж, Хиршхорн К, Хиршхорн R, Хольцман я, Индик D, Jabs EW, Лэк Д.П., Морос Д.А., Филпотт С., Родс М.Э., Ричардсон Л.Д., Сакс Х.С., Шваб А., Сперлинг Р., Труско Б., Цвейг А. (ноябрь 2011 г.). «Минимальный риск: предложение для новой категории исследовательского риска» . Американский журнал биоэтики . 11 (11): 1–7. DOI : 10.1080 / 15265161.2011.615588 . PMID 22047112 . S2CID 205859554 .  
  40. ^ McGuire AL, Лапски JR (май 2010). «Персональное исследование генома: что нужно сказать участнику?» . Тенденции в генетике . 26 (5): 199–201. DOI : 10.1016 / j.tig.2009.12.007 . PMC 2868334 . PMID 20381895 .  
  41. ^ Sharp RR, Achkar JP, Brinich MA, Фаррелл RM (апрель 2009). «Помощь пациентам сделать осознанный выбор в отношении пробиотиков: необходимость исследования» . Американский журнал гастроэнтерологии . 104 (4): 809–13. DOI : 10.1038 / ajg.2008.68 . PMC 2746707 . PMID 19343022 .  
  42. ^ Куэльяр-Partida G, Buske FA, McLeay RC, Whitington T, Noble WS, Bailey TL (январь 2012). «Эпигенетические приоры для определения сайтов связывания активных транскрипционных факторов» . Биоинформатика . 28 (1): 56–62. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr614 . PMC 3244768 . PMID 22072382 .  
  43. ^ Haft DH (январь 2011). «Биоинформатические доказательства широко распространенного предшественника носителя электронов, продуцируемого рибосомами, его белков созревания и его никотинопротеиновых окислительно-восстановительных партнеров» . BMC Genomics . 12 : 21. DOI : 10.1186 / 1471-2164-12-21 . PMC 3023750 . PMID 21223593 .  
  44. ^ Caporaso Ю.Г., Lauber CL, Костелло Е.К., Берг-Lyons Д, Гонсалес А, Stombaugh Дж, рыцари Д, Gajer Р, Равель Дж, Фирер Н, Гордон Ю.И., Knight R (2011). «Движущиеся картинки микробиома человека» . Геномная биология . 12 (5): R50. DOI : 10.1186 / ГБ-2011-12-5-r50 . PMC 3271711 . PMID 21624126 .  
  45. ^ Sczesnak A, Segata N, Qin X, Gevers D, Petrosino JF, Huttenhower C, Littman DR, Иванов II (сентябрь 2011 г.). «Геном сегментированных нитчатых бактерий, индуцирующих клетки th17, обнаруживает обширную ауксотрофию и адаптацию к кишечной среде» . Клеточный хозяин и микроб . 10 (3): 260–72. DOI : 10.1016 / j.chom.2011.08.005 . PMC 3209701 . PMID 21925113 .  
  46. ^ Ballal SA, Gallini CA, Segata N, Huttenhower C, Garrett WS (апрель 2011). «Симбиотические факторы микробиоты хозяина и кишечника: уроки воспалительного заболевания кишечника и успешные симбионты» . Клеточная микробиология . 13 (4): 508–17. DOI : 10.1111 / j.1462-5822.2011.01572.x . PMID 21314883 . S2CID 205529660 .  
  47. ↑ Bergmann GT, Bates ST, Eilers KG, Lauber CL, Caporaso JG, Walters WA, Knight R, Fierer N (июль 2011 г.). «Недооцененное доминирование Verrucomicrobia в почвенных бактериальных сообществах» . Биология и биохимия почвы . 43 (7): 1450–1455. DOI : 10.1016 / j.soilbio.2011.03.012 . PMC 3260529 . PMID 22267877 .  
  48. ^ Йомен CJ, Йилдирима S, Томас С.М., Деркин А.С., Torralba М, Саттон G, Бугай CJ, Дин Y, Дуган-Роча С.П., Muzny ДМ, Цинь Х, Гиббса Р. А., Ли Р., Штумпф R, Белый Б.А., горца СК , Нельсон К.Э., Уилсон Б.А. (август 2010 г.). Ли В. (ред.). «Сравнительная геномика штаммов Gardnerella vaginalis выявляет существенные различия в метаболическом и вирулентном потенциале» . PLOS ONE . 5 (8): e12411. Bibcode : 2010PLoSO ... 512411Y . DOI : 10.1371 / journal.pone.0012411 . PMC 2928729 . PMID 20865041 .  
  49. ^ Корен О, Spor А, Фелине Дж, FAK Ж, Stombaugh Дж, Tremaroli В, Behre CJ, Knight R, Фагерберг В, Лей RE, Bäckhed F (март 2011 г.). «Микробиота полости рта, кишечника и зубного налета у пациентов с атеросклерозом» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 Дополнение 1 (Дополнение_1): 4592–8. Bibcode : 2011PNAS..108.4592K . DOI : 10.1073 / pnas.1011383107 . PMC 3063583 . PMID 20937873 .  
  50. ^ Марри PR, Paniscus M, Weyand NJ, Рендон MA, Калтон CM, Эрнандеса DR, Higashi DL, Södergren E, Вайншток GM, Rounsley SD, поэтому M (июль 2010). Ахмед Н. (ред.). «Секвенирование генома показывает широко распространенный обмен генами вирулентности среди человеческих видов Neisseria» . PLOS ONE . 5 (7): e11835. Bibcode : 2010PLoSO ... 511835M . DOI : 10.1371 / journal.pone.0011835 . PMC 2911385 . PMID 20676376 .  
  51. ^ a b «Проект NIH Human Microbiome Project определяет нормальный бактериальный состав тела» . Новости NIH. 13 июня 2012 г.
  52. ^ Консорциум проекта микробиома человека (июнь 2012 г.). «Основа для исследования микробиома человека» . Природа . 486 (7402): 215–21. Bibcode : 2012Natur.486..215T . DOI : 10.1038 / nature11209 . PMC 3377744 . PMID 22699610 .  
  53. ^ Консорциум проекта микробиома человека (июнь 2012 г.). «Структура, функции и разнообразие микробиома здорового человека» . Природа . 486 (7402): 207–14. Bibcode : 2012Natur.486..207T . DOI : 10.1038 / nature11234 . PMC 3564958 . PMID 22699609 .  
  54. ^ Фауст К, Sathirapongsasuti И. Ф., Изард Дж, Segata Н, Gevers D, J Раес, Huttenhower С (2012). «Отношения микробного сосуществования в микробиоме человека» . PLOS Вычислительная биология . 8 (7): e1002606. Bibcode : 2012PLSCB ... 8E2606F . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1002606 . PMC 3395616 . PMID 22807668 .  
  55. ^ Abubucker S, Segata N, Goll Дж, Шуберт А.М., Изард Дж, Cantarel Б.Л., Родригес-Мюллер В, Закере Дж, Тиагараяны М, Henrissat В, белый О, Келли ST, Methé В, Замке PD, Gevers D, Митрева М , Хаттенхауэр C (2012). «Метаболическая реконструкция метагеномных данных и ее применение к микробиому человека» . PLOS Вычислительная биология . 8 (6): e1002358. Bibcode : 2012PLSCB ... 8E2358A . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1002358 . PMC 3374609 . PMID 22719234 .  
  56. ^ Segata N, Хаак СК, Маннон Р, лимон КП, Вальдрон л, Gevers Д, Huttenhower С, J Изарда (июнь 2012). «Состав бактериального микробиома пищеварительного тракта взрослых на основе семи образцов поверхности рта, миндалин, горла и стула» . Геномная биология . 13 (6): R42. DOI : 10.1186 / GB-2012-13-6-R42 . PMC 3446314 . PMID 22698087 .  
  57. ^ Cantarel BL, Lombard В, Henrissat В (2012). «Использование сложных углеводов здоровым микробиомом человека» . PLOS ONE . 7 (6): e28742. Bibcode : 2012PLoSO ... 728742C . DOI : 10.1371 / journal.pone.0028742 . PMC 3374616 . PMID 22719820 .  
  58. ↑ Wu YW, Rho M, Doak TG, Ye Y (август 2012). «Оральные спирохеты, вызывающие стоматологические заболевания, широко распространены у нормальных людей и несут чрезвычайно разнообразные кассеты интегронных генов» . Прикладная и экологическая микробиология . 78 (15): 5288–96. DOI : 10,1128 / AEM.00564-12 . PMC 3416431 . PMID 22635997 .  
  59. ^ «Коллекции PLOS: коллекции статей, опубликованные Публичной научной библиотекой» . collection.plos.org . Проверено 15 апреля 2018 .
  60. ^ Резюме рукописи
  61. Перейти ↑ Wilder, C, Sandle T, Sutton S (июнь 2013 г.). «Влияние микробиома человека на фармацевтическую микробиологию» . Американский фармацевтический обзор .

Внешние ссылки [ править ]

  • Проект человеческого микробиома
  • Центр анализа и координации данных
  • Канадская инициатива по микробиому CIHR
  • Международный консорциум микробиома человека
  • 2006, Краткое изложение исследования микробиома толстой кишки ( фактическое исследование: Gill et al., 2006 )
  • Оливия Джадсон Microbes 'R' Us New York Times 22 июля 2009 г.
  • Джина Колата Доброго здоровья? Поблагодарите свои 100 триллионов бактерий New York Times 13 июня 2012 г.