Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Для использования в других целях, см Микробиота (значения) .
Разнообразные микробные сообщества характерной микробиоты являются частью микробиомов растений и обнаруживаются на внешних поверхностях и во внутренних тканях растения-хозяина, а также в окружающей почве. [1]

Микробиота - это «экологические сообщества комменсальных , симбиотических и патогенных микроорганизмов » [2] [3], обнаруженные во всех многоклеточных организмах, изученных на сегодняшний день, от растений до животных. Микробиота включает бактерии, археи , простейшие, грибы и вирусы [ необходима цитата ] . Было обнаружено, что микробиота имеет решающее значение для иммунологического, гормонального и метаболического гомеостаза хозяина. Термин микробиом описывает либо коллективные геномы микроорганизмов, которые обитают в экологической нише, либо сами микроорганизмы. [4][5] [6]

Микробиом и хозяин возникли в ходе эволюции как синергетическая единица из эпигенетических и генетических характеристик, иногда вместе именуемая холобионтом . [7] [8]

Введение [ править ]

Преобладающие бактерии на коже человека

Все растения и животные, от простых форм жизни до людей, живут в тесной связи с микробными организмами. [9] Некоторые достижения повлияли на восприятие микробиомов, в том числе:

  • способность выполнять анализ генома и экспрессии генов отдельных клеток и целых микробных сообществ в дисциплинах метагеномики и метатранскриптомики [10]
  • базы данных, доступные исследователям из разных дисциплин [10]
  • методы математического анализа, подходящие для сложных наборов данных [10]

Биологи пришли к выводу, что микробы составляют важную часть фенотипа организма , выходящую далеко за рамки случайных симбиотических исследований. [10]

Типы взаимоотношений микроб-хозяин [ править ]

Комменсализм , концепция, разработанная Пьером-Жозефом ван Бенеденом (1809–1894), бельгийским профессором Лувенского университета в девятнадцатом веке [11], занимает центральное место в микробиоме, где микробиота колонизирует хозяина, не причиняя вреда сосуществованию. Отношения со своим хозяином называются мутуалистическими, когда организмы выполняют задачи, которые, как известно, полезны для хозяина, [12] : 700 [13] паразитические , когда они невыгодны для хозяина. Другие авторы определяют ситуацию как мутуалистическую, когда и выигрывают, и комменсальную, когда незатронутый хозяин приносит пользу симбионту. [14]Обмен питательными веществами может быть двунаправленным или однонаправленным, может зависеть от контекста и может происходить по-разному. [14] Предполагаемая микробиота, которая при нормальных обстоятельствах не вызывает заболевания, считается нормальной флорой или нормальной микробиотой ; [12] нормальная флора может быть не только безвредной, но и защищать хозяина. [15]

Приобретение и изменение [ править ]

Первоначальное приобретение микробиоты у животных от млекопитающих до морских губок при рождении, и даже может произойти через зародышевую линию клеток. У растений процесс колонизации может инициироваться под землей в корневой зоне , вокруг прорастающих семян, сперматосферы или происходить из надземных частей, филлосферы и цветочной зоны или антосферы. [16] Стабильность микробиоты ризосферы на протяжении поколений зависит от типа растений, но даже больше от состава почвы, то есть живой и нежизненной среды. [17]Клинически новая микробиота может быть получена путем трансплантации фекальной микробиоты для лечения таких инфекций, как хроническая инфекция C. difficile . [18]

Микробиота по хозяину [ править ]

Патогенная микробиота, вызывающая воспаление в легких

Люди [ править ]

Основная статья: Микробиота человека

Микробиота человека включает бактерии , грибы , археи и вирусы. Исключаются микробы, обитающие на теле человека. Человек микробиом относится к их геном . [12]

Люди заселяются многими микроорганизмами; традиционная оценка заключалась в том, что люди живут с в десять раз большим количеством нечеловеческих клеток, чем человеческих; более поздние оценки снизили это значение до 3: 1 и даже примерно до 1: 1. [19] [20] [21] [22]

В рамках проекта «Микробиом человека» был секвенирован геном микробиоты человека, уделяя особое внимание микробиоте, которая обычно населяет кожу, рот, нос, пищеварительный тракт и влагалище. [12] Важной вехой стала публикация первых результатов в 2012 году. [23]

Животные, не относящиеся к человеку [ править ]

  • У земноводных есть микробиота на коже. [24] Некоторые виды способны переносить грибок под названием Batrachochytrium dendrobatidis , который у других может вызывать смертельную инфекцию Chytridiomycosis в зависимости от их микробиома, сопротивляясь колонизации патогенов или подавляя их рост антимикробными кожными пептидами. [25]
  • У млекопитающих травоядные животные, такие как крупный рогатый скот, зависят от микробиома рубца для преобразования целлюлозы в белки, короткоцепочечные жирные кислоты и газы. Методы культивирования не могут предоставить информацию обо всех присутствующих микроорганизмах. Сравнительные метагеномные исследования дали удивительный результат: отдельные животные обладают заметно разными структурами сообщества, прогнозируемым фенотипом и метаболическим потенциалом [26], даже несмотря на то, что их кормили идентичным рационом, содержали вместе и, по-видимому, были функционально идентичны в использовании клеточной стенки растений. Ресурсы.
  • Микробиомы мышей стали наиболее изученными млекопитающими. Микробиота кишечника изучалась в отношении аллергических заболеваний дыхательных путей, ожирения, желудочно-кишечных заболеваний и диабета. Перинатальное смещение микробиоты из-за низких доз антибиотиков может иметь долгосрочные последствия для будущей предрасположенности к аллергическим заболеваниям дыхательных путей. Частота определенных подмножеств микробов связана с серьезностью заболевания. Наличие специфических микробов в раннем послеродовом периоде определяет будущие иммунные реакции. [27] [28] Было обнаружено, что у мышей-гнотобиотов определенные кишечные бактерии передают конкретный фенотип мышам-реципиентам, свободным от микробов, что способствует накоплению регуляторных Т-клеток толстой кишки, а также штаммам, которые модулируют ожирение и концентрацию метаболитов слепой кишки.[29] Этот комбинаторный подход позволяет на системном уровне понять вклад микробов в биологию человека. [30] Но также другие мукоидные ткани, такие как легкие и влагалище, были изучены в отношении таких заболеваний, как астма, аллергия и вагиноз. [31]
  • У насекомых есть свой микробиом. Например, муравьи-листорезы образуют огромные подземные колонии, собирая сотни килограммов листьев каждый год, и не могут напрямую переваривать целлюлозу, содержащуюся в листьях. Они поддерживают грибные сады в качестве основного источника пищи для колонии. Хотя сам гриб не переваривает целлюлозу, микробное сообщество, содержащее множество бактерий, делает это. Анализ генома микробной популяции выявил множество генов, играющих роль в переваривании целлюлозы. Прогнозируемый профиль ферментов, расщепляющих углеводы, этого микробиома аналогичен таковому в рубце крупного рогатого скота, но видовой состав почти полностью отличается. [32] Микробиота кишечника плодовой мухи.может влиять на внешний вид кишечника, влияя на скорость обновления эпителия, расстояние между клетками и состав различных типов клеток в эпителии. [33] Когда моль Spodoptera exigua заражена бакуловирусом, гены, связанные с иммунитетом, подавляются, и количество кишечной микробиоты увеличивается. [34] В кишечнике двукрылых энтероэндокринные клетки воспринимают метаболиты кишечной микробиоты и координируют антибактериальные, механические и метаболические ветви врожденного иммунного ответа кишечника хозяина на комменсальную микробиоту. [35]
  • У рыб есть свои микробиомы, в том числе короткоживущий вид Nothobranchius furzeri (бирюзовый киллиф). Перенос кишечной микробиоты из молодых килл-рыб в килл-рыбу среднего возраста значительно увеличивает продолжительность жизни килл-рыбы среднего возраста. [36]

Растения [ править ]

Пути заселения клубней картофеля бактериями [37]

Недавно было обнаружено, что ростковый микробиом происходит из семян. [38] Микроорганизмы, которые передаются через семена, мигрируют в развивающиеся сеянцы определенным путем, по которому одни сообщества перемещаются к листьям, а другие - к корням. [38] На диаграмме справа микробиота, колонизирующая ризосферу , проникая в корни и колонизирующая следующее поколение клубней через столоны , визуализирована красным цветом. Бактерии, присутствующие в материнском клубне , проходящие через столоны и мигрирующие в растение, а также в клубни следующего поколения, показаны синим цветом. [37]

  • Почва является основным резервуаром бактерий, заселяющих клубни картофеля.
  • Бактерии попадают в почву более или менее независимо от сорта картофеля.
  • Бактерии могут заселять клубни преимущественно изнутри растений через столон.
  • Бактериальная микробиота клубней картофеля состоит из бактерий, передающихся от одного поколения клубней к следующему, и бактерии, попавшие в почву, колонизируют растения картофеля через корень. [37]
Световая микрофотография поперечного сечения кораллоидного корня саговника, показывающая слой, в котором обитают симбиотические цианобактерии.

Растения являются привлекательными хозяевами для микроорганизмов, поскольку они обеспечивают множество питательных веществ. Микроорганизмы на растениях могут быть эпифитами (обнаруженными на растениях) или эндофитами (обнаруженными в тканях растений). [39] [40] Оомицеты и грибы в результате конвергентной эволюции развили сходную морфологию и занимают сходные экологические ниши. У них развиваются гифы , нитевидные структуры, проникающие в клетку-хозяин. В мутуалистических ситуациях растение часто обменивает гексозный сахар на неорганический фосфат грибкового симбионта. Предполагается, что такие очень древние ассоциации помогли растениям, когда они впервые заселили землю. [14] [41] Бактерии, способствующие росту растений (PGPB), обеспечивают растение такими необходимыми услугами, как фиксация азота , солюбилизация минералов, таких как фосфор, синтез гормонов растений , прямое увеличение поглощения минералов и защита от патогенов. [42] [43] PGPB могут защищать растения от патогенов, конкурируя с патогеном за экологическую нишу или субстрат, производя ингибирующие аллелохимические соединения или индуцируя системную устойчивость растений-хозяев к патогену [16]

Исследование [ править ]

Симбиотические отношения между хозяином и его микробиотой изучаются в лаборатории, чтобы выяснить, как они могут формировать иммунную систему млекопитающих. [44] [45] У многих животных иммунная система и микробиота могут вступать в «перекрестный разговор», обмениваясь химическими сигналами, что может позволить микробиоте влиять на иммунную реактивность и нацеливание. [46] Бактерии могут передаваться от матери к ребенку при прямом контакте и после рождения . [47] По мере становления микробиома младенца комменсальные бактерии быстро заселяют кишечник, вызывая ряд иммунных реакций и «программируя» иммунную систему с долгосрочными эффектами. [46]Бактерии способны стимулировать лимфоидную ткань, связанную со слизистой оболочкой кишечника, что позволяет ткани вырабатывать антитела к патогенам, которые могут проникать в кишечник. [46]

Микробиом человека может играть роль в активации толл-подобных рецепторов в кишечнике, типа рецептора распознавания образов, который клетки-хозяева используют для распознавания опасностей и восстановления повреждений. Патогены могут влиять на это сосуществование, приводя к нарушению регуляции иммунитета, включая восприимчивость к заболеваниям, механизмам воспаления , иммунной толерантности и аутоиммунным заболеваниям . [48] [49]

Коэволюция микробиоты [ править ]

Основная статья: Гологеномная теория эволюции
Обесцвеченный ветвящийся коралл (передний план) и нормальный ветвящийся коралл (фон). Острова Кеппель, Большой Барьерный риф .

Организмы развиваются внутри экосистем, так что изменение одного организма влияет на изменение других. Hologenome теория эволюции предполагает , что объект естественного отбора является не отдельным организмом, но организм вместе со связанными с ними организмами, в том числе его микробных сообществ.

Коралловые рифы . Теория гологенома зародилась в исследованиях коралловых рифов. [50] Коралловые рифы - самые большие структуры, созданные живыми организмами, и содержат многочисленные и очень сложные микробные сообщества. За последние несколько десятилетий произошло значительное сокращение популяций кораллов. Изменение климата , загрязнение воды и чрезмерный вылов рыбы - это три стрессовых фактора, которые, как было описано, ведут к восприимчивости к болезням. Описано более двадцати различных заболеваний кораллов, но лишь у некоторых из них возбудители изолированы и охарактеризованы. Обесцвечивание кораллов - самое серьезное из этих заболеваний. В Средиземном море отбеливание Oculina patagonicaбыл впервые описан в 1994 году и вскоре был определен как результат заражения Vibrio shiloi . С 1994 по 2002 год бактериальное обесцвечивание O. patagonica происходило каждое лето в восточной части Средиземноморья. Однако удивительно, что после 2003 г. O. patagonica в восточном Средиземноморье оказалась устойчивой к инфекции V. shiloi , хотя другие болезни все еще вызывают обесцвечивание. Неожиданность проистекает из знания о том, что кораллы живут долго, с продолжительностью жизни порядка десятилетий [51] и не имеют адаптивной иммунной системы . [ необходима цитата ] Их врожденная иммунная системане производят антител, и, по-видимому, они не должны быть способны реагировать на новые вызовы, кроме как в эволюционных временных масштабах. [ необходима цитата ]

Загадка того, как кораллам удалось приобрести устойчивость к определенному патогену, привела к предложению 2007 года о существовании динамических отношений между кораллами и их симбиотическими микробными сообществами. Считается, что, изменяя свой состав, холобионт может адаптироваться к изменяющимся условиям окружающей среды гораздо быстрее, чем только путем генетической мутации и отбора. Экстраполяция этой гипотезы на другие организмы, включая высшие растения и животных, привела к предложению теории эволюции гологенома. [50]

По состоянию на 2007 год теория гологенома все еще обсуждалась. [52] Серьезной критикой было утверждение, что V. shiloi был ошибочно идентифицирован как возбудитель обесцвечивания кораллов, и что его присутствие в обесцвеченном O. patagonica было просто оппортунистической колонизацией. [53] Если это правда, то основное наблюдение, ведущее к теории, было бы неверным. Теория приобрела значительную популярность как способ объяснения быстрых изменений в адаптации, которые иначе нельзя объяснить традиционными механизмами естественного отбора. В рамках теории хологенома холобионт стал не только основной единицей естественного отбора, но и результатом другого этапа интеграции, который также наблюдается в клетке (симбиогенез , эндосимбиоз ) и геномном уровнях. [7]

Методы исследования [ править ]

Целевое секвенирование ампликонов [ править ]

Целевое секвенирование ампликонов основано на определенных ожиданиях в отношении состава исследуемого сообщества. При секвенировании целевого ампликона филогенетически информативный маркер предназначен для секвенирования. Такой маркер должен в идеале присутствовать во всех ожидаемых организмах. Он также должен развиваться таким образом, чтобы он был достаточно консервативным, чтобы праймеры могли нацеливаться на гены от широкого круга организмов, при этом эволюционируя достаточно быстро, чтобы обеспечить более точное разрешение на таксономическом уровне. Обычным маркером для исследований микробиома человека является ген бактериальной 16S рРНК ( т.е. «16S рДНК», последовательность ДНК, которая кодирует молекулу рибосомной РНК). [54]Поскольку рибосомы присутствуют во всех живых организмах, использование 16S рДНК позволяет амплифицировать ДНК из гораздо большего числа организмов, чем если бы использовался другой маркер. Ген 16S рДНК содержит как медленно эволюционирующие области, так и быстро развивающиеся области; первый можно использовать для конструирования широких праймеров, в то время как второй позволяет более тонкое таксономическое различие. Однако разрешение на уровне видов обычно невозможно с использованием рДНК 16S. Выбор праймера является важным этапом, поскольку все, что не может быть нацелено праймером, не будет амплифицировано и, следовательно, не будет обнаружено. Было показано, что разные наборы праймеров амплифицируют разные таксономические группы из-за вариации последовательностей.

Целевые исследования эукариотических и вирусных сообществ ограничены [55] и связаны с проблемой исключения ДНК хозяина из амплификации и снижением эукариотической и вирусной биомассы в микробиоме человека. [56]

После секвенирования ампликонов используются молекулярно-филогенетические методы для определения состава микробного сообщества. Это делается путем кластеризации ампликонов в операционные таксономические единицы (OTU) и определения филогенетических отношений между последовательностями. Из-за сложности данных измерения расстояния, такие как расстояния UniFrac , обычно определяются между образцами микробиома, а последующие многомерные методы выполняются на матрицах расстояний. Важным моментом является то, что масштаб данных обширен, и необходимо предпринять дополнительные подходы для выявления закономерностей на основе доступной информации. Инструменты, используемые для анализа данных, включают VAMPS, [57] QIIME [58] и mothur.. [59]

Метагеномное секвенирование [ править ]

Основная статья: Метагеномика

Метагеномика также широко используется для изучения микробных сообществ. [60] [61] [62] При метагеномном секвенировании ДНК извлекается непосредственно из образцов окружающей среды нецелевым способом с целью получения объективной выборки из всех генов всех членов сообщества. Недавние исследования используют секвенирование по Сэнгеру или пиросеквенирование для восстановления последовательностей считываний. [63] Затем считывания можно объединить в контиги . Чтобы определить филогенетическую идентичность последовательности, ее сравнивают с доступными последовательностями полного генома с использованием таких методов, как BLAST.. Одним из недостатков этого подхода является то, что многие члены микробных сообществ не имеют репрезентативного секвенированного генома, но это также относится к секвенированию ампликона 16S рРНК и является фундаментальной проблемой. [54] С помощью дробного секвенирования эту проблему можно решить, обеспечив высокий охват (50–100 раз) неизвестного генома, эффективно выполняя сборку генома de novo . Как только становится доступен полный геном неизвестного организма, его можно филогенетически сравнить, и этот организм поставить на свое место на древе жизни , создав новые таксоны . Возникающий подход заключается в сочетании секвенирования с использованием дробовика с данными лигирования с близостью ( Hi-C ) для сборки полных микробных геномов без культивирования. [64]

Несмотря на то, что метагеномика ограничена доступностью эталонных последовательностей, одним из значительных преимуществ метагеномики перед целевым секвенированием ампликонов является то, что данные метагеномики могут прояснить функциональный потенциал ДНК сообщества. [65] [66] Целевые исследования генов не могут этого сделать, поскольку они только выявляют филогенетические отношения между одним и тем же геном у разных организмов. Функциональный анализ выполняется путем сравнения восстановленных последовательностей с базами данных метагеномных аннотаций, такими как KEGG . Метаболические пути , что эти гены , участвующие в то может быть предсказаны с помощью таких инструментов, как MG-RAST, [67] КАМЕРЫ [68] и IMG / M . [69]

РНК и белковые подходы [ править ]

Метатранскриптомические исследования были выполнены для изучения экспрессии генов микробных сообществ с помощью таких методов, как пиросеквенирование выделенной РНК. [70] Исследования на основе структуры также выявили некодирующие РНК (нкРНК), такие как рибозимы из микробиоты. [71] Метапротеомика - это подход, который изучает белки, экспрессируемые микробиотой, и дает представление о ее функциональном потенциале. [72]

Проекты [ править ]

Проект « Микробиом человека», запущенный в 2008 году, был инициативой Национального института здравоохранения США по выявлению и характеристике микроорганизмов, обнаруживаемых как у здоровых, так и у больных людей. [73] Пятилетний проект, лучше всего охарактеризованный как технико-экономическое обоснование с бюджетом в 115 миллионов долларов, проверял, как изменения в микробиоме человека связаны со здоровьем или болезнью человека. [73]

Проект « Микробиом Земли» (EMP) - это инициатива по сбору природных образцов и анализу микробного сообщества по всему миру. Микробы очень многочисленны, разнообразны и играют важную роль в экологической системе. Тем не менее, по состоянию на 2010 год было подсчитано, что в результате глобальных усилий по секвенированию ДНК в окружающей среде было произведено менее 1 процента общей ДНК, обнаруженной в литре морской воды или грамме почвы [74], а конкретные взаимодействия между микробами в значительной степени неизвестны. . EMP направлен на обработку до 200000 образцов в различных биомах, создание полной базы данных микробов на Земле для характеристики окружающей среды и экосистем по микробному составу и взаимодействию. Используя эти данные, можно предложить и проверить новые экологические и эволюционные теории.[75]

Микробиота кишечника и диабет 2 типа [ править ]

Микробиота кишечника очень важна для здоровья хозяина, поскольку она играет роль в деградации неперевариваемых полисахаридов (ферментация резистентного крахмала, олигосахаридов, инулина), укрепляя целостность кишечника или формируя эпителий кишечника, собирая энергию, защищая от патогенов и регулируя организм хозяина. иммунитет. [76] [77]

Несколько исследований показали, что бактериальный состав кишечника у пациентов с диабетом изменился с повышением уровней Lactobacillus gasseri , Streptococcus mutans и членов Clostridiales, со снижением количества бактерий, продуцирующих бутират, таких как Roseburia Кишечник и Faecalibacterium prausnitzii [78] [79] . это изменение связано со многими факторами, такими как злоупотребление антибиотиками, диета и возраст .

Снижение продукции бутирата связано с дефектом кишечной проницаемости, этот дефект приводит к эндотоксемии, которая представляет собой повышенный уровень циркулирующих липополисахаридов из стенки грамотрицательных бактериальных клеток. Установлено, что эндотоксемия связана с развитием инсулинорезистентности. [78]

Кроме того, производство бутирата влияет на уровень серотонина. [78] Повышенный уровень серотонина способствует ожирению, которое, как известно, является фактором риска развития диабета.

Микробиоту можно пересаживать в организм человека в медицинских целях. [80]

Развитие кишечной микробиоты и антибиотики [ править ]

Колонизация микробиоты кишечника человека может начаться еще до рождения. [81] В окружающей среде существует множество факторов, влияющих на развитие микробиоты, причем режим рождения является одним из самых важных. [82]

Еще один фактор, который, как было замечено, вызывает огромные изменения в микробиоте кишечника, особенно у детей, - это использование антибиотиков, связанное с проблемами со здоровьем, такими как более высокий ИМТ, [83] [84] и дальнейший повышенный риск метаболических заболеваний, таких как ожирение. [85] У младенцев было замечено, что амоксициллин и макролиды вызывают значительные изменения в микробиоте кишечника, характеризующиеся изменением бактериальных классов Bifidobacteria, Enterobacteria и Clostridia. [86] Один курс антибиотиков у взрослых вызывает изменения как в бактериальной, так и в грибковой микробиоте, с еще более стойкими изменениями в грибковых сообществах. [87]Бактерии и грибки живут вместе в кишечнике, и, скорее всего, существует конкуренция за присутствующие источники питательных веществ. [88] [89] Зилбиндер и др . обнаружили, что комменсальные бактерии в кишечнике регулируют рост и патогенность Candida albicans своими метаболитами, особенно пропионатом, уксусной кислотой и 5-додеценоатом. [90] . Кандида ранее была связана с воспалительным заболеванием кишечника [91], и, кроме того, наблюдали его повышение у лиц, не ответивших на биологический препарат инфликсимаб, который назначали пациентам с воспалительным заболеванием кишечника, страдающим тяжелым заболеванием кишечника [92]. Пропионат и уксусная кислота являются короткоцепочечными жирными кислотами (SCFA), которые, как было установлено, полезны для здоровья микробиоты кишечника. [93] [94] [95] Когда антибиотики влияют на рост бактерий в кишечнике, может наблюдаться чрезмерный рост некоторых грибов, которые могут быть патогенными, если их не регулировать. [96]

Проблемы с конфиденциальностью [ править ]

Микробная ДНК, обитающая в человеческом теле человека, может однозначно идентифицировать человека. Конфиденциальность человека может быть нарушена, если он анонимно передал данные ДНК микроба. Их состояние здоровья и личность могут быть установлены. [97] [98] [99]

См. Также [ править ]

  • Анагенез
  • Биом
  • Виром человека
  • Список микробиоты бактериального вагиноза
  • Морская микробиота
  • Микробиота нижних половых путей женщин
  • Фитобиом
  • Пробиотик
  • Психобиотик
  • Флора кожи
  • Влагалищная флора
  • Микробиота влагалища при беременности

Ссылки [ править ]

  1. ^ Dastogeer, КМ, Tumpa, FH, Султана А., Akter, MA и Чакраборти, А. (2020) «Завод микробиомом-учет факторов, состав и разнообразие формы сообщества». Текущие биологии растений , 23 : 100161. дои : 10.1016 / j.cpb.2020.100161 . Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  2. ^ Ледерберг, J; McCray, AT (2001). « „ OME Sweet“Omics-генеалогическая сокровищница слов» . Ученый . 15 : 8.
  3. ^ Рабочая группа NIH HMP; Петерсон, Дж; Гаргес, S; и другие. (2009). "Проект микробиома человека NIH" . Genome Res . 19 (12): 2317–2323. DOI : 10.1101 / gr.096651.109 . PMC 2792171 . PMID 19819907 .  
  4. ^ Backhed, F .; Лей, RE; Зонненбург, JL; Петерсон, Д.А.; Гордон, JI (2005). «Бактериальный мутуализм хозяина в кишечнике человека». Наука . 307 (5717): 1915–1920. Bibcode : 2005Sci ... 307.1915B . DOI : 10.1126 / science.1104816 . PMID 15790844 . S2CID 6332272 .  
  5. ^ Turnbaugh, PJ; Лей, RE; Hamady, M .; Fraser-Liggett, CM; Knight, R .; Гордон, JI (2007). «Проект человеческого микробиома» . Природа . 449 (7164): 804–810. Bibcode : 2007Natur.449..804T . DOI : 10,1038 / природа06244 . PMC 3709439 . PMID 17943116 .  
  6. ^ Лей, RE; Петерсон, Д.А.; Гордон, JI (2006). «Экологические и эволюционные силы, формирующие микробное разнообразие в кишечнике человека». Cell . 124 (4): 837–848. DOI : 10.1016 / j.cell.2006.02.017 . PMID 16497592 . S2CID 17203181 .  
  7. ^ a b Сальвуччи, Э. (2016). «Микробиом, холобионт и сеть жизни». Критические обзоры в микробиологии . 42 (3): 485–494. DOI : 10.3109 / 1040841X.2014.962478 . PMID 25430522 . S2CID 30677140 .  
  8. ^ Герреро, R .; Маргулис, Линн ; Берланга, М. (2013). «Симбиогенез: холобионт как единица эволюции». Международная микробиология . 16 (3): 133–43. DOI : 10.2436 / 20.1501.01.188 . PMID 24568029 . 
  9. ^ Mendes, R .; Raaijmakers, JM (2015). «Межцарство сходства в функциях микробиома» . Журнал ISME . 9 (9): 1905–1907. DOI : 10.1038 / ismej.2015.7 . PMC 4542044 . PMID 25647346 .  
  10. ^ a b c d Bosch, TCG; Макфолл-Нгаи, MJ (2011). «Метаорганизмы как новый рубеж» . Зоология . 114 (4): 185–190. DOI : 10.1016 / j.zool.2011.04.001 . PMC 3992624 . PMID 21737250 .  
  11. ^ Поро Б., Биология и сложность: история и модели комменсализма . Докторская диссертация, Лионский университет, Франция, 2014 г.
  12. ^ a b c d Шервуд, Линда; Уилли, Джоанна; Вулвертон, Кристофер (2013). Микробиология Прескотта (9-е изд.). Нью-Йорк: Макгроу Хилл. С. 713–721. ISBN 9780073402406. OCLC  886600661 .
  13. Перейти ↑ Quigley, EM (сентябрь 2013 г.). «Кишечные бактерии в здоровье и болезни» . Гастроэнтерол Гепатол (Нью-Йорк) . 9 (9): 560–9. PMC 3983973 . PMID 24729765 .  
  14. ^ a b c Реми В., Тейлор Т. Н., Хасс Х, Керп Х (1994). «Везикулярная арбускулярная микориза возрастом четыреста миллионов лет» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 91 (25): 11841–3. Bibcode : 1994PNAS ... 9111841R . DOI : 10.1073 / pnas.91.25.11841 . PMC 45331 . PMID 11607500 .  
  15. ↑ Copeland, CS (сентябрь – октябрь 2017 г.). «Мир внутри нас» . Журнал здравоохранения Нового Орлеана .
  16. ^ a b Compant S, Duffy B, Nowak J, Clément C, Barka EA (2005). «Использование бактерий, способствующих росту растений, для биологической борьбы с болезнями растений: принципы, механизмы действия и перспективы на будущее» . Appl Environ Microbiol . 71 (9): 4951–9. DOI : 10,1128 / AEM.71.9.4951-4959.2005 . PMC 1214602 . PMID 16151072 .  
  17. ^ Ткач, Анджей; Чима, Джитендер; Чандра, Говинд; Грант, Аластер; Пул, Филип С. (ноябрь 2015 г.). «Стабильность и последовательность микробиоты ризосферы зависит от типа растений и состава почвы» . ИСМЕ Дж . 9 (11): 2349–2359. DOI : 10.1038 / ismej.2015.41 . PMC 4611498 . PMID 25909975 .  
  18. ↑ Copeland, CS (19 апреля 2019 г.). "Что такое Clostridium difficile?" . Жизнеспособность .
  19. ^ Американская академия микробиология FAQ: Human микробиом архивация 2016-12-31 в Вайбаке Machine января 2014 года
  20. ↑ Джуда Л. Рознер для журнала Microbe Magazine, февраль 2014 г. У человека в десять раз больше микробных клеток, чем клеток тела?
  21. ^ Элисон Эбботт для Nature News. 8 января 2016 г. Ученые опровергают миф о том, что в нашем организме больше бактерий, чем клеток человека
  22. ^ Отправитель, R; Fuchs, S; Milo, R (январь 2016 г.). «Действительно ли нас намного меньше численности? Возвращаясь к соотношению бактериальных клеток и клеток-хозяев у людей». Cell . 164 (3): 337–40. DOI : 10.1016 / j.cell.2016.01.013 . PMID 26824647 . S2CID 1790146 .  
  23. ^ «Проект микробиома человека NIH определяет нормальный бактериальный состав тела» . Новости NIH. 13 июня 2012 г.
  24. ^ Bataille, A; Ли-Круз, L; Трипати, B; Kim, H; Уолдман, Б. (январь 2016 г.). «Изменения микробиома в кожных регионах земноводных: значение для усилий по смягчению последствий хитридиомикоза». Microb. Ecol . 71 (1): 221–32. DOI : 10.1007 / s00248-015-0653-0 . PMID 26271741 . S2CID 12951957 .  
  25. ^ Woodhams DC, Rollins-Смит Л., Элфорд Р., Саймон М., Харрис Р. (2007). «Врожденная иммунная защита кожи земноводных: антимикробные пептиды и др.». Сохранение животных . 10 (4): 425–8. DOI : 10.1111 / j.1469-1795.2007.00150.x .
  26. ^ Brulc JM; Антонопулос Д.А.; Miller MEB; и другие. (2009). «Геноцентрическая метагеномика микробиома рубца крупного рогатого скота, связанного с клетчаткой, выявляет кормовоспецифические гликозидгидролазы» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 106 (6): 1948–53. Bibcode : 2009PNAS..106.1948B . DOI : 10.1073 / pnas.0806191105 . PMC 2633212 . PMID 19181843 .  
  27. ^ Рассел С.Л., Gold MJ; и другие. (Май 2012 г.). «Изменения микробиоты в раннем возрасте, вызванные антибиотиками, повышают восприимчивость к аллергической астме» . EMBO Rep . 13 (5): 440–7. DOI : 10.1038 / embor.2012.32 . PMC 3343350 . PMID 22422004 .  
  28. ^ Рассел С.Л., Голд М.Дж. и др. (Август 2014 г.). «Перинатальные изменения микробиоты кишечника, вызванные приемом антибиотиков, по-разному влияют на воспалительные заболевания легких». J Allergy Clin Immunol . 135 (1): 100–9. DOI : 10.1016 / j.jaci.2014.06.027 . PMID 25145536 . 
  29. ^ Turnbaugh PJ, et al. (Декабрь 2006 г.). «Микробиом кишечника, связанный с ожирением, с повышенной способностью собирать энергию». Природа . 444 (7122): 1027–31. Bibcode : 2006Natur.444.1027T . DOI : 10,1038 / природа05414 . PMID 17183312 . S2CID 4400297 .  
  30. ^ Вера Дж. Дж., Ахерн П. П., Ридаура В. К. и др. (Январь 2014 г.). «Определение отношений фенотипа кишечного микроба-хозяина с использованием комбинаторных сообществ у мышей-гнотобиотов» . Sci. Пер. Med . 6 (220): 220. DOI : 10.1126 / scitranslmed.3008051 . PMC 3973144 . PMID 24452263 .  
  31. ^ Barfod, KK; Roggenbuck, M; Hansen, LH; Schjørring, S; Ларсен, СТ; Соренсен, SJ; Крогфельт, К.А. (2013). «Микробиом легких мышей по отношению к кишечным и вагинальным бактериальным сообществам» . BMC Microbiol . 13 : 303. DOI : 10,1186 / 1471-2180-13-303 . PMC 3878784 . PMID 24373613 .  
  32. ^ Suen; Скотт Джей Джей; Aylward FO; и другие. (2010). Зонненбург, Джастин (ред.). «Микробиом насекомых-травоядных с высокой способностью разлагать биомассу растений» . PLOS Genet . 6 (9): e1001129. DOI : 10.1371 / journal.pgen.1001129 . PMC 2944797 . PMID 20885794 .  
  33. ^ Broderick, Nichole A .; Бушон, Николас; Леметр, Бруно (2014). «Вызванные микробиотой изменения в экспрессии генов хозяина Drosophila melanogaster и морфологии кишечника» . mBio . 5 (3): e01117–14. DOI : 10,1128 / mBio.01117-14 . PMC 4045073 . PMID 24865556 .  
  34. ^ Якубовска, Агата К .; Фогель, Хайко; Эрреро, Сальвадор (май 2013 г.). «Увеличение кишечной микробиоты после подавления иммунитета у личинок, инфицированных бакуловирусом» . PLOS Pathog . 9 (5): e1003379. DOI : 10.1371 / journal.ppat.1003379 . PMC 3662647 . PMID 23717206 .  
  35. ^ Watnick, Паула I .; Джугдер, Бат-Эрдене (01.02.2020). «Микробный контроль кишечного гомеостаза с помощью сигналов врожденного иммунитета энтероэндокринных клеток» . Тенденции в микробиологии . 28 (2): 141–149. DOI : 10.1016 / j.tim.2019.09.005 . ISSN 0966-842X . PMC 6980660 . PMID 31699645 .   
  36. ^ Тиббс Т.Н., Лопез LR Артур JC (2019). «Влияние микробиоты на развитие иммунной системы, хроническое воспаление и рак в контексте старения» . Микробная клетка . 6 (8): 324–334. DOI : 10.15698 / mic2019.08.685 . PMC 6685047 . PMID 31403049 .  
  37. ^ a b c Бухгольц, Ф., Антониелли, Л., Костич, Т., Сессич, А. и Миттер, Б. (2019) «Бактериальное сообщество картофеля формируется из почвы и частично наследуется из поколения в поколение». PLOS One , 14 (11): e0223691. DOI : 10.1371 / journal.pone.0223691 . Материал был скопирован из этого источника, доступного по международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 .
  38. ^ a b Абдельфаттах, Ахмед; Вишневски, Майкл; Шена, Леонардо; Tack, Ayco JM «Экспериментальные доказательства микробной наследственности в растениях и путей передачи от семян к филлосфере и корням» . Экологическая микробиология . н / д (н / д). DOI : 10.1111 / 1462-2920.15392 . ISSN 1462-2920 . 
  39. ^ Berlec Алеш (2012-09-01). «Новые методы и открытия в изучении микробиоты растений: поиск растительных пробиотиков». Растениеводство . 193–194: 96–102. DOI : 10.1016 / j.plantsci.2012.05.010 . PMID 22794922 . 
  40. ^ Whipps, Jm; Рука, П .; Pink, D .; Изгиб, Б-г (2008-12-01). «Микробиология филлосферы с особым упором на разнообразие и генотип растений» (PDF) . Журнал прикладной микробиологии . 105 (6): 1744–1755. DOI : 10.1111 / j.1365-2672.2008.03906.x . ISSN 1365-2672 . PMID 19120625 . S2CID 35055151 .    
  41. ^ Chibucos MC, Тайлер BM (2009). «Общие темы в получении питательных веществ растительными симбиотическими микробами, описанные в Gene Ontology» . BMC Microbiology . 9 (Дополнение 1): S6. DOI : 10.1186 / 1471-2180-9-S1-S6 . PMC 2654666 . PMID 19278554 .  
  42. ^ Kloepper, J. W (1993). «Ризобактерии, способствующие росту растений, как средства биологической борьбы». В Меттинге, Ф. Б. младший (ред.). Микробная экология почвы: приложения в сельском хозяйстве и управлении окружающей средой . Нью-Йорк: Marcel Dekker Inc., стр. 255–274. ISBN 978-0-8247-8737-0.
  43. ^ Bloemberg, GV; Лугтенберг, BJJ (2001). «Молекулярные основы стимуляции роста растений и биоконтроля ризобактериям». Текущее мнение в биологии растений . 4 (4): 343–350. DOI : 10.1016 / S1369-5266 (00) 00183-7 . PMID 11418345 . 
  44. ^ Палм, Ноа В .; de Zoete, Marcel R .; Флавелл, Ричард А. (30 июня 2015 г.). «Взаимодействие иммунной и микробиоты при здоровье и болезни» . Клиническая иммунология . 159 (2): 122–127. DOI : 10.1016 / j.clim.2015.05.014 . ISSN 1521-6616 . PMC 4943041 . PMID 26141651 .   
  45. ^ Round, июнь L .; О'Коннелл, Райан М .; Мазманян, Саркис К. (2010). «Координация толерогенных иммунных ответов комменсальной микробиотой» . Журнал аутоиммунитета . 34 (3): J220 – J225. DOI : 10.1016 / j.jaut.2009.11.007 . PMC 3155383 . PMID 19963349 .  
  46. ^ a b c Кахенцли, Джулия; Балмер, Мария Л .; Маккой, Кэти Д. (2012). «Микробно-иммунный перекрестный разговор и регуляция иммунной системы» . Иммунология . 138 (1): 12–22. DOI : 10.1111 / j.1365-2567.2012.03624.x . PMC 3533697 . PMID 22804726 .  
  47. ^ Розенберг, Юджин; Зильбер-Розенберг, Илана (2016). «Микробы управляют эволюцией животных и растений: концепция гологенома» . mBio . 7 (2): e01395–15. DOI : 10.1128 / mbio.01395-15 . PMC 4817260 . PMID 27034283 .  
  48. ^ Бландер, J Magarian; Лонгман, Рэнди С; Илиев, Илиян Д; Зонненберг, Грегори Ф .; Артис, Дэвид (19 июля 2017 г.). «Регулирование воспаления взаимодействием микробиоты с хозяином» . Иммунология природы . 18 (8): 851–860. DOI : 10.1038 / ni.3780 . ISSN 1529-2908 . PMC 5800875 . PMID 28722709 .   
  49. ^ Никоопур, E; Сингх, Б. (2014). «Взаимодействие микробиома и взаимодействий иммунной системы и его влияние на болезнь и здоровье» . Цели лекарств от аллергии на воспаление . 13 (2): 94–104. DOI : 10.2174 / 1871528113666140330201056 . PMID 24678760 . 
  50. ^ a b Розенберг Э, Корен О, Решеф Л., Эфрони Р., Зильбер-Розенберг I (2007). «Роль микроорганизмов в здоровье, болезнях и эволюции кораллов». Обзоры природы микробиологии . 5 (5): 355–362. DOI : 10.1038 / nrmicro1635 . PMID 17384666 . S2CID 2967190 .  
  51. ^ Baird AH, Bhagooli R, Ральф PJ, Takahashi S (2009). «Обесцвечивание кораллов: роль хозяина» (PDF) . Тенденции в экологии и эволюции . 24 (1): 16–20. DOI : 10.1016 / j.tree.2008.09.005 . PMID 19022522 .  
  52. ^ Leggat Вт, Эйнсворт Т, Bythell Дж, Дав S, R Ворота, Hoegh-Гульдберга О, Иглесиас-Прието R, Yellowlees D (2007). «Теория хологенома игнорирует коралловый голобионт». Обзоры природы микробиологии . 5 (10): Электронная переписка. DOI : 10.1038 / nrmicro1635-c1 . S2CID 9031305 . 
  53. Перейти ↑ Ainsworth TD, Fine M, Roff G, Hoegh-Guldberg O (2008). «Бактерии не являются основной причиной обесцвечивания средиземноморского коралла Oculina patagonica ». Журнал ISME . 2 (1): 67–73. DOI : 10.1038 / ismej.2007.88 . PMID 18059488 . S2CID 1032896 .  
  54. ^ a b Kuczynski, J .; Lauber, CL; Уолтерс, Вашингтон; Парфри, LW; Clemente, JC; Gevers, D .; Найт, Р. (2011). «Экспериментально-аналитический инструментарий для изучения микробиома человека» . Природа Обзоры Генетики . 13 (1): 47–58. DOI : 10.1038 / nrg3129 . PMC 5119550 . PMID 22179717 .  
  55. Перейти ↑ Marchesi, JR (2010). «Прокариотическое и эукариотическое разнообразие кишечника человека». Успехи прикладной микробиологии Том 72 . Успехи прикладной микробиологии. 72 . С. 43–62. DOI : 10.1016 / S0065-2164 (10) 72002-5 . ISBN 9780123809896. PMID  20602987 .
  56. ^ Vestheim, H .; Джарман, С. Н. (2008). «Блокирующие праймеры для усиления ПЦР-амплификации редких последовательностей в смешанных образцах - тематическое исследование ДНК жертвы в желудках антарктического криля» . Границы зоологии . 5 : 12. DOI : 10,1186 / 1742-9994-5-12 . PMC 2517594 . PMID 18638418 .  
  57. ^ "VAMPS: Визуализация и анализ структур микробной популяции" . Центр залива Пола, MBL, Вудс-Хоул . Проверено 11 марта 2012 года .
  58. ^ Caporaso, JG; Kuczynski, J .; Stombaugh, J .; Биттингер, К .; Бушман, ФО; Костелло, EK; Fierer, N .; Peña, AG; Гудрич, JK; Гордон, JI; Хаттли, Джорджия; Келли, ST; Рыцари, D .; Koenig, JE; Лей, RE; Лозупоне, Калифорния; McDonald, D .; Muegge, BD; Pirrung, M .; Reeder, J .; Севинский, младший; Тернбо, П.Дж.; Уолтерс, Вашингтон; Widmann, J .; Яцуненко, Т .; Zaneveld, J .; Найт, Р. (2010). «QIIME позволяет анализировать высокопроизводительные данные секвенирования сообщества» . Методы природы . 7 (5): 335–336. DOI : 10.1038 / nmeth.f.303 . PMC 3156573 . PMID 20383131 .  
  59. ^ Schloss, PD; Весткотт, SL; Рябин, Т .; Холл, младший; Hartmann, M .; Холлистер, Э.Б. Лесневский, Р.А.; Окли, BB; Парки, DH; Робинсон, CJ; Сахл, JW; Стрес, Б .; Thallinger, GG; Ван Хорн, диджей; Вебер, CF (2009). «Представляем mothur: программное обеспечение с открытым исходным кодом, независимое от платформы и поддерживаемое сообществом для описания и сравнения микробных сообществ» . Прикладная и экологическая микробиология . 75 (23): 7537–7541. DOI : 10,1128 / AEM.01541-09 . PMC 2786419 . PMID 19801464 .  
  60. ^ Turnbaugh, PJ; Hamady, M .; Яцуненко, Т .; Cantarel, BL; Дункан, А .; Лей, RE; Согин, М.Л .; Джонс, WJ; Роу, BA; Affourtit, JP; Egholm, M .; Henrissat, B .; Хит, AC; Knight, R .; Гордон, JI (2008). «Основной микробиом кишечника у тучных и худых близнецов» . Природа . 457 (7228): 480–484. Bibcode : 2009Natur.457..480T . DOI : 10,1038 / природа07540 . PMC 2677729 . PMID 19043404 .  
  61. ^ Цинь, Дж .; Li, R .; Raes, J .; Arumugam, M .; Бургдорф, Канзас; Manichanh, C .; Nielsen, T .; Pons, N .; Levenez, F .; Yamada, T .; Mende, DR; Li, J .; Xu, J .; Li, S .; Li, D .; Cao, J .; Ван, Б .; Liang, H .; Zheng, H .; Xie, Y .; Tap, J .; Lepage, P .; Берталан, М .; Batto, JM; Hansen, T .; Le Paslier, D .; Linneberg, A .; Nielsen, HBR; Pelletier, E .; Рено, П. (2010). «Каталог микробных генов кишечника человека, созданный путем метагеномного секвенирования» . Природа . 464 (7285): 59–65. Bibcode : 2010Natur.464 ... 59. . DOI : 10,1038 / природа08821 . PMC 3779803 . PMID 20203603 .  
  62. ^ Триндж, SG; Фон Меринг, С .; Кобаяши, А .; Саламов, АА; Chen, K .; Чанг, HW; Подар, М .; Шорт, JM; Mathur, EJ; Деттер, JC; Bork, P .; Hugenholtz, P .; Рубин, Э.М. (2005). «Сравнительная метагеномика микробных сообществ». Наука . 308 (5721): 554–557. Bibcode : 2005Sci ... 308..554T . CiteSeerX 10.1.1.377.2288 . DOI : 10.1126 / science.1107851 . PMID 15845853 . S2CID 161283 .   
  63. ^ Вули, JC; Годзик, А .; Фридберг, И. (2010). Борн, Филип Э. (ред.). «Букварь по метагеномике» . PLOS Вычислительная биология . 6 (2): e1000667. Bibcode : 2010PLSCB ... 6E0667W . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1000667 . PMC 2829047 . PMID 20195499 .  
  64. ^ Уотсон, Мик; Рое, Райнер; Уокер, Алан У .; Дьюхерст, Ричард Дж .; Снеллинг, Тимоти Дж .; Иван Лячко; Лэнгфорд, Кайл У .; Press, Максимилиан О .; Мудрый, Эндрю Х. (28.02.2018). «Сборка 913 микробных геномов из метагеномного секвенирования рубца коровы» . Nature Communications . 9 (1): 870. Bibcode : 2018NatCo ... 9..870S . DOI : 10.1038 / s41467-018-03317-6 . ISSN 2041-1723 . PMC 5830445 . PMID 29491419 .   
  65. ^ Muller, J .; Szklarczyk, D .; Julien, P .; Letunic, I .; Roth, A .; Kuhn, M .; Powell, S .; Фон Меринг, С .; Doerks, T .; Дженсен, LJ; Борк, П. (2009). «EggNOG v2.0: Расширение эволюционной генеалогии генов с расширенными неконтролируемыми ортологическими группами, видами и функциональными аннотациями» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (выпуск базы данных): D190 – D195. DOI : 10.1093 / NAR / gkp951 . PMC 2808932 . PMID 19900971 .  
  66. ^ Канехиса, М .; Перейти к с.; Furumichi, M .; Tanabe, M .; Хиракава, М. (2009). «KEGG для представления и анализа молекулярных сетей, включающих болезни и лекарства» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (выпуск базы данных): D355 – D360. DOI : 10.1093 / NAR / gkp896 . PMC 2808910 . PMID 19880382 .  
  67. ^ Мейер, Ф .; Paarmann, D .; d'Souza, M .; Olson, R .; Стекло, ЭМ; Кубал, М .; Paczian, T .; Родригес, А .; Stevens, R .; Wilke, A .; Wilkening, J .; Эдвардс, РА (2008). «RAST-сервер метагеномики - общедоступный ресурс для автоматического филогенетического и функционального анализа метагеномов» . BMC Bioinformatics . 9 : 386. DOI : 10,1186 / 1471-2105-9-386 . PMC 2563014 . PMID 18803844 .  
  68. ^ Sun, S .; Chen, J .; Li, W .; Altintas, I .; Lin, A .; Peltier, S .; Акции, К .; Allen, EE; Эллисман, М .; Grethe, J .; Вули, Дж. (2010). «Киберинфраструктура сообщества для передовых исследований и анализа микробной экологии: ресурс CAMERA» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (выпуск базы данных): D546 – ​​D551. DOI : 10.1093 / NAR / gkq1102 . PMC 3013694 . PMID 21045053 .  
  69. ^ Марковиц, ВМ; Иванова, НН; Szeto, E .; Palaniappan, K .; Чу, К .; Dalevi, D .; Чен, IMA; Гречкин, Ю .; Дубчак, И .; Андерсон, I .; Lykidis, A .; Mavromatis, K .; Hugenholtz, P .; Кирпидес, Северная Каролина (2007). «IMG / M: система управления и анализа данных для метагеномов» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (выпуск базы данных): D534 – D538. DOI : 10.1093 / NAR / gkm869 . PMC 2238950 . PMID 17932063 .  
  70. ^ Ши, Й .; Тайсон, GW; Делонг, EF (2009). «Метатранскриптомика обнаруживает уникальные микробные малые РНК в водной толще океана». Природа . 459 (7244): 266–269. Bibcode : 2009Natur.459..266S . DOI : 10,1038 / природа08055 . PMID 19444216 . S2CID 4340144 .  
  71. ^ Хименес, RM; Delwart, E .; Луптак, А (2011). «Поиск на основе структуры выявляет рибозимы головки молотка в микробиоме человека» . Журнал биологической химии . 286 (10): 7737–7743. DOI : 10.1074 / jbc.C110.209288 . PMC 3048661 . PMID 21257745 .  
  72. ^ Марон, Пенсильвания; Ranjard, L .; Mougel, C .; Лемансо, П. (2007). «Метапротеомика: новый подход к изучению функциональной микробной экологии». Микробная экология . 53 (3): 486–493. DOI : 10.1007 / s00248-006-9196-8 . PMID 17431707 . S2CID 26953155 .  
  73. ^ a b «Проект NIH Human Microbiome Project» . Национальные институты здравоохранения США, Министерство здравоохранения и социальных служб, Правительство США. 2016. Архивировано из оригинального 11 июня 2016 года . Проверено 14 июня +2016 .
  74. ^ Гилберт, JA; Мейер, Ф .; Antonopoulos, D .; и другие. (2010). «Отчет о встрече: семинар по метагеномике терабаз и видение проекта микробиома Земли» . Стандарты геномных наук . 3 (3): 243–248. DOI : 10.4056 / sigs.1433550 . PMC 3035311 . PMID 21304727 .  
  75. ^ Гилберт, JA; O'Dor, R .; King, N .; Фогель, TM (2011). «Важность метагеномных исследований для микробной экологии: или почему Дарвин был бы метагеномным ученым» . Микробная информатика и эксперименты . 1 (1): 5. DOI : 10,1186 / 2042-5783-1-5 . PMC 3348666 . PMID 22587826 .  
  76. ^ Ибрагим, Nesma (2018-07-01). «Микробиота кишечника и сахарный диабет 2 типа: в чем связь?» . Афро-египетский журнал инфекционных и эндемических заболеваний . 6 (2): 112–119. DOI : 10,21608 / aeji.2018.9950 . ISSN 2090-7184 . 
  77. ^ Терзби, Элизабет; Джуге, Натали (2017-06-01). «Введение в микробиоту кишечника человека» . Биохимический журнал . 474 (11): 1823–1836. DOI : 10.1042 / BCJ20160510 . ISSN 0264-6021 . PMC 5433529 . PMID 28512250 .   
  78. ^ a b c Муньос-Гарач, Арасели; Диас-Пердигонес, Кристина; Tinahones, Франсиско Дж. (Декабрь 2016 г.). «Микробиота и сахарный диабет типо 2». Endocrinología y Nutrición (на испанском языке). 63 (10): 560–568. DOI : 10.1016 / j.endonu.2016.07.008 . PMID 27633134 . 
  79. ^ Бландино, G .; Inturri, R .; Lazzara, F .; Di Rosa, M .; Малагуарнера, Л. (01.11.2016). «Влияние микробиоты кишечника на сахарный диабет» . Диабет и обмен веществ . 42 (5): 303–315. DOI : 10.1016 / j.diabet.2016.04.004 . ISSN 1262-3636 . PMID 27179626 .  
  80. ^ https://microbioma.it . Цитировать журнал требует |journal=( помощь );Отсутствует или пусто |title=( справка )
  81. ^ Ванденплас Ю., Carnielli, В.П., Ksiazyk J., Луна, МС, Мигачева, Н., Mosselmans, JM, ... & Wabitsch, М. (2020), Факторывлияющиеранней жизни развитие кишечной микробиоты. Питание, 78, 110812.
  82. ^ Korpela K, Helve O, Kolho KL, Saisto T, Skogberg K, Dikareva E, Stefanovic V, Salonen A, Andersson S, de Vos WM. Трансплантация материнской фекальной микробиоты младенцам, родившимся после кесарева сечения, быстро восстанавливает нормальное развитие кишечных микробов: исследование, подтверждающее концепцию. Клетка. 2020 15 октября; 183 (2): 324-334.e5. DOI: 10.1016 / j.cell.2020.08.047. Epub 2020 1 октября. PMID: 33007265.
  83. ^ Корпела, К., Салонен, А., Саксен, Х., Никконен, А., Peltola, В., Яаккола, Т., ... & Kolho, KL (2020). Антибиотики в раннем возрасте ассоциируются со специфическими признаками кишечной микробиоты в перспективной продольной когорте младенцев. Педиатрические исследования, 1-6
  84. ^ Шей, К., Симпсон, М. Р., Avershina, Е., Рудь, К., Øien, Т., Juliusson, ПБ, ... & Ødegård, Р.А. (2020). Ранняя кишечная грибковая и бактериальная микробиота и детский рост. Границы педиатрии, 8, 658
  85. ^ Korpela, К., Салонен, А., Вирта, LJ, Кекконен, RA, Forslund, К., Bork, P., & De Vos, WM (2016). Кишечный микробиом связан с пожизненным использованием антибиотиков финскими дошкольниками. Природные коммуникации, 7, 10410
  86. ^ Корпела, К., Салонен, А., Саксен, Х., Никконен, А., Peltola, В., Яаккола, Т., ... & Kolho, KL (2020). Антибиотики в раннем возрасте ассоциируются со специфическими признаками кишечной микробиоты в перспективной продольной когорте младенцев. Педиатрические исследования, 1-6.
  87. ^ Seelbinder, Б., Chen J., Brunke С., Васкес-Урибе, Р., Santhaman Р., Майер, AC, ... & Панагиоту, G. (2020). Антибиотики создают переход от мутуализма к конкуренции в кишечных сообществах человека с более длительным воздействием на грибы, чем на бактерии. Микробиом, 8 (1), 1-20
  88. ^ Кабрал, диджей, Penumutchu, С. Норрис, С., Morones-Рамирес, JR, и Беленький, P. (2018). Микробная конкуренция между Escherichia coli и Candida albicans выявляет растворимый фунгицидный фактор. Микробная клетка, 5 (5), 249
  89. ^ Пелегом, А.Ю., Хоган Д.А., & Mylonakis, Е. (2010). Важные с медицинской точки зрения бактериально-грибковые взаимодействия. Nature Reviews Microbiology, 8 (5), 340-349.
  90. ^ Seelbinder, Б., Chen J., Brunke С., Васкес-Урибе, Р., Santhaman Р., Майер, AC, ... & Панагиоту, G. (2020). Антибиотики создают переход от мутуализма к конкуренции в кишечных сообществах человека с более длительным воздействием на грибы, чем на бактерии. Микробиом, 8 (1), 1-20
  91. ^ Сокол H, Leducq V, Aschard H, Pham HP, Jegou S, Landman C, Cohen D, Liguori G, Bourrier A, Nion-Larmurier I, Cosnes J, Seksik P, Langella P, Skurnik D, Richard ML, Beaugerie L Дисбактериоз грибковой микробиоты при ВЗК. Gut 2017; 66: 1039–1048. DOI: 10.1136 / gutjnl-2015-310746
  92. ^ Rebecka Ventin-Хольмберга, Anja Eberl, Schahzad Saqib, Katri Korpela, Сеппо Виртанен, Taina Sipponen, Энн Салонен, Päivi Саавалайнен, Эйя Nissilä, бактериальными и грибковыми профиликачестве маркеров инфликсимаба ответ наркотиков в воспалительном заболевании кишечника, журнал Крона и колита , 2020 ;, jjaa252, https://doi.org/10.1093/ecco-jcc/jjaa252
  93. ↑ Эль Хаге, Р., Эрнандес-Санабрия, Э., Калатаюд Арройо, М., Реквизит, Р., и Ван де Виле, Т. (2019). Консорциум производителей пропионата восстанавливает вызванный антибиотиками дисбиоз в динамической модели микробной экосистемы кишечника человека in vitro. Границы микробиологии, 10, 1206.
  94. ^ Tian, Х., Хеллмана J., Horswill, АР, Кросби, HA, Фрэнсис, КП, и Пракаш, А. (2019). Повышенные уровни пропионата кишечного микробиома связаны со снижением стерильного воспаления легких и бактериальным иммунитетом у мышей. Границы микробиологии, 10, 159.
  95. Перейти ↑ Li, Y., Faden, HS, & Zhu, L. (2020). Реакция кишечной микробиоты на изменения в питании в первые два года жизни. Границы фармакологии, 11, 334.
  96. ^ Seelbinder, Б., Chen J., Brunke С., Васкес-Урибе, Р., Santhaman Р., Майер, AC, ... & Панагиоту, G. (2020). Антибиотики создают переход от мутуализма к конкуренции в кишечных сообществах человека с более длительным воздействием на грибы, чем на бактерии. Микробиом, 8 (1), 1-20
  97. ^ журнал, Юэн. «Микробная ДНК в организме человека может быть использована для идентификации людей» . Проверено 17 мая 2015 .
  98. Перейти ↑ Callaway, Ewen (2015). «Микробиомы вызывают беспокойство по поводу конфиденциальности». Природа . 521 (7551): 136. Bibcode : 2015Natur.521..136C . DOI : 10.1038 / 521136a . PMID 25971486 . S2CID 4393347 .  
  99. ^ Ен, Ed (2015-05-11). «Могут ли микробы, которые вы оставляете, использовать для вашей идентификации?» . National Geographic . Проверено 17 мая 2015 .