Сеть заболевания людей представляет собой сеть расстройств человека и заболевания со ссылкой на их генетическое происхождение или другие признаки. В частности, это карта ассоциаций болезней человека, относящаяся в основном к генам болезней . Например, в сети болезней человека две болезни связаны, если у них есть хотя бы один связанный ген. Типичная сеть болезней человека обычно происходит из двухсторонних сетей, которые включают информацию как о болезнях, так и о генах. Кроме того, некоторые сети болезней человека используют другие функции, такие как симптомы и белки, для ассоциирования болезней.
История
В 2007 году Goh et al. построил двудольный граф болезни-гена, используя информацию из базы данных OMIM, и назвал его сетью болезней человека. [2] В 2009 г. Barrenas et al. получена сложная сеть заболеваний-генов с использованием GWA (исследования Genome Wide Association). [3] В том же году Идальго и др. опубликовали новый способ построения сетей по фенотипическим заболеваниям человека, в которых болезни были связаны в соответствии с их рассчитанным расстоянием. [4] В 2011 году Cusick et al. обобщенные исследования ассоциаций генотип-фенотип в клеточном контексте. [5] В 2014 г. Чжоу и др. построил сеть болезней человека на основе симптомов, изучив базу данных биомедицинской литературы. [6]
Характеристики
Крупномасштабная сеть болезней человека демонстрирует безмасштабную собственность. Распределение степеней следует степенному закону, предполагающему, что только несколько болезней связаны с большим количеством болезней, тогда как большинство болезней мало связаны с другими. Такая сеть также демонстрирует тенденцию к кластеризации по классам болезней. [2] [7]
В сети болезней, основанных на симптомах, болезни также сгруппированы в соответствии с их категориями. Более того, заболевания, имеющие один и тот же симптом, с большей вероятностью имеют одни и те же гены и взаимодействия белков . [6]
Смотрите также
Рекомендации
- ^ http://nbviewer.jupyter.org/github/empet/Human-Disease-Network/blob/master/Human-Disease-Network.ipynb
- ^ a b Goh, Kwang-Il, et al. «Сеть болезней человека». Труды Национальной академии наук 104.21 (2007): 8685-8690.
- ^ Барренас, Фредрик и др. «Сетевые свойства сложных генов болезней человека, выявленные в результате ассоциативных исследований на уровне всего генома». PLoS ONE 4.11 (2009 г.): e8090.
- ^ Идальго, Сезар А. и др. «Динамический сетевой подход для изучения фенотипов человека». PLoS Computational Biology 5.4 (2009): e1000353.
- ↑ Видаль, Марк, Майкл Э. Кьюсик и Альберт-Ласло Барабаси. «Интерактомные сети и болезни человека». Cell 144.6 (2011): 986-998.
- ^ а б Чжоу, Сюэчжун и др. «Симптомы человека - сеть болезней». Nature Communications 5 (2014).
- ^ Каннан, Венкатешан и др. al. «Условное развитие болезни, извлеченное из данных продольной когорты медико-санитарной помощи с использованием многоуровневого построения сети». Научные отчеты 6, 26170 (2016) [1]
Внешние ссылки
- https://web.archive.org/web/20080625034729/http://hudine.neu.edu/
- http://www.barabasilab.com/pubs/CCNR-ALB_Publications/200705-14_PNAS-HumanDisease/200705-14_PNAS-HumanDisease-poster.pdf
- http://barabasilab.neu.edu/projects/tedmed/ [ постоянная мертвая ссылка ]
- https://www.nytimes.com/2008/05/06/health/research/06dise.html