Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлен с длинной некодирующей РНК )
Перейти к навигации Перейти к поиску
Различные типы длинных некодирующих РНК. [1]

Длинный некодирующий РНК ( длинный нкРНК , lncRNA ) представляет собой тип РНК , определяются как транскрипты с длиной более 200 нуклеотидов , которые не транслируются в белка. [2] Этот несколько произвольный предел отличает длинные нкРНК от малых некодирующих РНК, таких как микроРНК (миРНК), малые интерферирующие РНК (миРНК), Piwi-взаимодействующие РНК (пиРНК), малые нуклеолярные РНК (мяРНК) и другие короткие РНК. [3] Длинные промежуточные / межгенные некодирующие РНК (lincRNA) представляют собой последовательности lncRNA, которые не перекрывают гены, кодирующие белок. [4]

Изобилие [ править ]

В 2007 году исследование показало, что только пятая часть транскрипции в геноме человека связана с генами, кодирующими белок [5], что указывает на по крайней мере в четыре раза более длинные некодирующие последовательности, чем последовательности кодирующих РНК. Однако именно крупномасштабные проекты секвенирования комплементарной ДНК (кДНК), такие как FANTOM (Функциональная аннотация кДНК млекопитающих), раскрывают сложность этой транскрипции. [6] Проект FANTOM3 идентифицировал ~ 35 000 некодирующих транскриптов из ~ 10 000 различных локусов, которые несут множество сигнатур мРНК, включая 5'-кэппинг, сплайсинг и полиаденилирование, но имеют небольшую открытую рамку считывания (ORF) или не имеют ее . [6]Хотя обилие длинных нкРНК было неожиданным, это число представляет собой консервативную более низкую оценку, так как оно не включает многие одиночные транскрипты и неполиаденилированные транскрипты ( данные мозаичного массива показывают, что более 40% транскриптов не полиаденилированы). [7] Однако однозначная идентификация нкРНК в этих библиотеках кДНК является сложной задачей, поскольку может быть трудно отличить кодирующие белок транскрипты от некодирующих транскриптов. Было высказано предположение , через несколько исследований , которые семенника , [8] и нервные ткани выражают наибольшее количество длинных некодирующих РНК любой ткани типа. [9]Используя FANTOM5, в различных источниках от человека было идентифицировано 27 919 длинных нкРНК. [10]

Количественно днРНК демонстрируют примерно в 10 раз меньшее количество, чем мРНК в популяции клеток, [11] [12], что объясняется более высокими межклеточными вариациями уровней экспрессии генов днРНК в отдельных клетках по сравнению с белком. -кодирующие гены. [13] В целом, большинство (~ 78%) днРНК характеризуются как тканеспецифичные, в отличие от лишь ~ 19% мРНК. [11] В дополнение к более высокой тканевой специфичности днРНК характеризуются более высокой специфичностью стадии развития [14] и специфичностью клеточного подтипа в гетерогенных тканях, таких как неокортекс человека. [15]В 2018 году комплексная интеграция днРНК из существующих баз данных, опубликованной литературы и новых сборок РНК на основе анализа данных РНК-seq показала, что у людей имеется 270 044 транскрипта днРНК. [16]

По сравнению с млекопитающими относительно немного исследований было сосредоточено на распространенности днРНК в растениях. Однако обширное исследование с участием 37 видов высших растений и шести водорослей выявило ~ 200 000 некодирующих транскриптов с использованием подхода in-silico [17], в результате которого была создана соответствующая Зеленая некодирующая база данных ( GreeNC ), репозиторий днРНК растений.

Геномная организация [ править ]

В 2005 году ландшафт генома млекопитающих был описан как многочисленные «фокусы» транскрипции, разделенные длинными участками межгенного пространства. [6] В то время как длинные нкРНК расположены и транскрибируются внутри межгенных участков, большинство из них транскрибируются как сложные переплетенные сети перекрывающихся смысловых и антисмысловых транскриптов, которые часто включают гены, кодирующие белок, [5] приводя к сложной иерархии перекрывающихся изоформ. . [18] Геномные последовательности в этих фокусах транскрипции часто являются общими для ряда различных кодирующих и некодирующих транскриптов в смысловом и антисмысловом направлениях [19]Например, 3012 из 8961 кДНК, ранее аннотированных как усеченные кодирующие последовательности в FANTOM2, позже были обозначены как подлинные варианты нкРНК кодирующих белок кДНК. [6] Хотя обилие и сохранность этих чередующихся структур предполагают, что они имеют биологическое значение, сложность этих очагов затрудняет простую оценку.

GENCODE консорциум сопоставлять и анализировать полный набор аннотаций человека lncRNA и их геномной организацию, модификации клеточных мест и профили экспрессии ткани. [9] Их анализ показывает, что человеческие днРНК склонны к двухэкзонным транскриптам. [9]

Средства идентификации длинных некодирующих РНК [ править ]

ИмяРазновидностьВеб серверРепозиторийВходной файлОсновная модель / алгоритмОбучающий наборГод публикацииСправка
РНКсамбаВсеРНКсамбаРНКсамбаFASTAНейронные сетиДА2020 г.[20]
LGCРастение / ЖивотноеLGCFASTA / BED / GTFСвязь между длиной ORF и содержанием GCНЕТ2019 г.[21]
CPATЧеловек / Муха / Мышь / ДаниоCPATCPATФАСТА / КРОВАТЬЛогистическая регрессияДА2013[22]
ПРИЙТИРастение / Человек / Мышь / Муха / ЧервьПРИЙТИПРИЙТИGTFСбалансированный случайный лесДА2017 г.[23]
lncRScan-SVMЧеловекNAFASTA / BED / GTF / GFFМашина опорных векторовДА2015 г.[24]
CNCIРастение / ЖивотноеNAFASTA / GTFМашина опорных векторовНЕТ2013[25]
ПЛЕКПозвоночное животноеNAПЛЕКFASTAМашина опорных векторовНЕТ2014 г.[25]
ЧУВСТВИТЕЛЬНОВсеNAЧУВСТВИТЕЛЬНОFASTA / GTFСлучайный лесДА2017 г.[26]
PhyloCSFПозвоночные / Муха / Комары / Дрожжи / ЧервьNAFASTAФилогенетическая модель кодонаДА2011 г.[27]
ПЛИТРастениеNAFASTAЛАССО / Случайный лесДА2018 г.[28]
РНКплонРастениеNAFASTAREPTreeДА2018 г.[29]
PLncPROРастение / ЖивотноеNAFASTAСлучайный лесДА2017 г.[30]
CREMAРастение / ЖивотноеNAFASTAАнсамблевый подходДА2018 г.[31]
SlnckyВсеNASlnckyФАСТА / КРОВАТЬЭволюционное сохранениеДА2016 г.[32]

Перевод [ править ]

Было много споров о том, были ли lncRNA неправильно аннотированы и действительно ли кодируют белки. Было обнаружено, что несколько днРНК фактически кодируют пептиды с биологически значимой функцией. [33] [34] [35] Исследования профилирования рибосом показали, что где-то от 40% до 90% аннотированных днРНК действительно транслируются, [36] [37] хотя существуют разногласия по поводу правильного метода анализа данных профилирования рибосом. [38] Кроме того, считается, что многие пептиды, продуцируемые днРНК, могут быть крайне нестабильными и не иметь биологической функции. [37]

Сохранение [ править ]

Первоначальные исследования консервативности днРНК отметили, что как класс они были обогащены консервативными элементами последовательности [39], были истощены по частоте замен и вставок / делеций [40] и были истощены редкими частотными вариантами [41], что свидетельствует об очищающем отборе, поддерживающем функцию днРНК. . Однако дальнейшие исследования lncRNAs позвоночных показали, что хотя lncRNA консервативны в последовательности, они не консервативны при транскрипции. [42] [43] [8] Другими словами, даже если последовательность днРНК человека сохраняется у другого вида позвоночных, транскрипция днРНК часто отсутствует в ортологическомгеномная область. Некоторые утверждают, что эти наблюдения указывают на нефункциональность большинства lncRNAs, [44] [45] [46], тогда как другие утверждают, что они могут указывать на быстрый видоспецифичный адаптивный отбор. [47]

Хотя оборот транскрипции днРНК намного выше, чем ожидалось изначально, важно отметить, что все же сотни днРНК консервативны на уровне последовательности. Было предпринято несколько попыток очертить различные категории селективных сигнатур, наблюдаемых среди днРНК, включая: днРНК с сильной консервативностью последовательности по всей длине гена, днРНК, в которых только часть транскрипта (например, 5'-конец , сайты сплайсинга ) является консервативные и днРНК, которые транскрибируются из синтенных областей генома, но не имеют распознаваемого сходства последовательностей. [48] [49] [50]Кроме того, были попытки идентифицировать консервативные вторичные структуры в lncRNAs, хотя эти исследования в настоящее время уступили место противоречивым результатам. [51] [52]

Функции [ править ]

Крупномасштабное секвенирование библиотек кДНК и недавнее транскриптомное секвенирование с помощью секвенирования следующего поколения показывают, что количество длинных некодирующих РНК у млекопитающих составляет порядка десятков тысяч. Однако, несмотря на накопление доказательств того, что большинство из них, вероятно, функционально [53] [54], только относительно небольшая их часть была продемонстрирована как биологически значимая. По состоянию на январь 2016 года 294 LncRNA были функционально аннотированы в LncRNAdb (база данных литературы, описывающая LncRNA), [55] [56]при этом большинство из них (183 LncRNA) описано у людей. По состоянию на июнь 2018 г. в общей сложности 1867 днРНК человека, которые с экспериментальными доказательствами были отобраны сообществом на LncRNAWiki (основанная на wiki, общедоступная и открытая платформа для общественного курирования днРНК человека) [57] в отношении функциональных возможностей. механизмы и ассоциации болезней, к которым также можно получить доступ в LncBook . [16] Согласно описанию функциональных механизмов днРНК, основанному на литературе, днРНК широко сообщается об участии в регуляции транскрипции. [16] Дальнейшее крупномасштабное исследование секвенирования предоставляет доказательства того, что многие транскрипты, которые считаются днРНК, на самом деле могут транслироваться в белки. [58]

В регуляции транскрипции генов [ править ]

В ген-специфической транскрипции [ править ]

У эукариот транскрипция РНК - это строго регулируемый процесс. NcRNA могут быть нацелены на различные аспекты этого процесса, нацеленные на активаторы или репрессоры транскрипции, различные компоненты реакции транскрипции, включая РНК-полимеразу (RNAP) II и даже дуплекс ДНК для регулирования транскрипции и экспрессии генов. [59] В комбинации эти нкРНК могут составлять регуляторную сеть, которая, включая факторы транскрипции, тонко контролирует экспрессию генов в сложных эукариотах.

NcRNA модулируют функцию факторов транскрипции с помощью нескольких различных механизмов, в том числе функционируют как ко-регуляторы, модифицируют активность факторов транскрипции или регулируют ассоциацию и активность ко-регуляторов. Напр., НкРНК Evf-2 действует как коактиватор гомеобоксового фактора транскрипции Dlx2 , который играет важную роль в развитии переднего мозга и нейрогенезе. [60] [61] Sonic hedgehog индуцирует транскрипцию Evf-2 из ультраконсервативного элемента, расположенного между генами Dlx5 и Dlx6 во время развития переднего мозга. [60]Evf-2 затем рекрутирует фактор транскрипции Dlx2 в тот же ультраконсервативный элемент, посредством чего Dlx2 впоследствии индуцирует экспрессию Dlx5. Существование др. Сходных ультраконсервативных или высококонсервативных элементов в геноме млекопитающих, которые транскрибируются и выполняют энхансерные функции, предполагает, что Evf-2 может быть иллюстрацией обобщенного механизма, который жестко регулирует важные гены развития со сложными паттернами экспрессии во время роста позвоночных. [62] [63] Действительно, было показано, что транскрипция и экспрессия подобных некодирующих ультраконсервативных элементов являются аномальными при лейкемии человека и вносят вклад в апоптоз в клетках рака толстой кишки, предполагая их участие в онкогенезе. [64] [65]

Локальные нкРНК также могут привлекать транскрипционные программы для регулирования экспрессии соседних генов, кодирующих белок. Например, дивергентные днРНК, которые транскрибируются в направлении, противоположном близлежащим генам, кодирующим белок (составляют значительную долю ~ 20% от общего количества днРНК в геномах млекопитающих), возможно, регулируют транскрипцию соседних соседних важных регуляторных генов развития в плюрипотентных клетках [66].

В РНК - связывающего белка TLS , связывает и ингибирует CREB - связывающий белок и р300 гистон acetyltransferease деятельности на подавленного гена - мишени, циклин D1. Рекрутирование TLS на промотор циклина D1 направляется длинными нкРНК, экспрессируемыми на низких уровнях и привязанными к 5'-регуляторным областям в ответ на сигналы повреждения ДНК. [67]Более того, эти локальные нкРНК действуют совместно как лиганды, чтобы модулировать активность TLS. В широком смысле этот механизм позволяет клетке использовать РНК-связывающие белки, которые составляют один из крупнейших классов протеома млекопитающих, и интегрировать их функции в программы транскрипции. Было показано, что возникающие длинные нкРНК увеличивают активность связывающего белка CREB, что, в свою очередь, увеличивает транскрипцию этой нкРНК. [68] Недавнее исследование показало, что днРНК в антисмысловом направлении аполипопротеина A1 (APOA1) регулирует транскрипцию APOA1 посредством эпигенетических модификаций. [69]

Недавние доказательства подняли возможность того, что транскрипция генов, которые избегают X-инактивации, может быть опосредована экспрессией длинной некодирующей РНК в убегающих хромосомных доменах. [70]

Регулирование базального аппарата транскрипции [ править ]

NcRNAs также нацелены на общие факторы транскрипции, необходимые для транскрипции RNAP II всех генов. [59] Эти общие факторы включают компоненты комплекса инициации, которые собираются на промоторах или участвуют в удлинении транскрипции. НкРНК, транскрибируемая с вышестоящего минорного промотора гена дигидрофолатредуктазы (DHFR), образует стабильный триплекс РНК-ДНК внутри основного промотора DHFR для предотвращения связывания транскрипционного кофактора TFIIB . [71] Этот новый механизм регуляции экспрессии генов может фактически представлять собой широко распространенный метод контроля использования промоторов, учитывая, что тысячи таких триплексов существуют в хромосоме эукариот. [72]НкРНК U1 может индуцировать инициацию транскрипции путем специфического связывания и стимуляции TFIIH фосфорилирования С-концевого домена РНКП II. [73] В отличие от нкРНК 7SK, способна подавлять элонгацию транскрипции, в сочетании с HEXIM1 / 2 , образуя неактивный комплекс, который не позволяет общему транскрипционному фактору PTEFb фосфорилировать С-концевой домен РНКП II, [73] [ 74] [75]тем самым подавляя глобальное удлинение в стрессовых условиях. Эти примеры, которые обходят специфические способы регуляции на отдельных промоторах, чтобы опосредовать изменения непосредственно на уровне инициации и удлинения транскрипционного аппарата, предоставляют средства быстрого воздействия на глобальные изменения в экспрессии генов.

Способность быстро опосредовать глобальные изменения также проявляется в быстрой экспрессии некодирующих повторяющихся последовательностей. Короткие вкрапленные ядерные ( SINE ) элементы Alu у людей и аналогичные элементы B1 и B2 у мышей преуспели в том, чтобы стать наиболее распространенными мобильными элементами в геномах, составляя ~ 10% генома человека и ~ 6% генома мыши, соответственно. [76] [77] Эти элементы транскрибируются как нкРНК с помощью РНКП III в ответ на стрессы окружающей среды, такие как тепловой шок, [78], где они затем связываются с РНКП II с высоким сродством и предотвращают образование активных преинициативных комплексов. [79] [80] [81] [82]Это обеспечивает широкое и быстрое подавление экспрессии генов в ответ на стресс. [79] [82]

Анализ функциональных последовательностей в транскриптах Alu РНК позволил получить модульную структуру, аналогичную организации доменов в факторах транскрипции белков. [83] Alu РНК содержит два «плеча», каждое из которых может связывать одну молекулу RNAP II, а также два регуляторных домена, которые отвечают за репрессию транскрипции RNAP II in vitro. [82] Эти два слабо структурированных домена могут даже быть сцеплены с другими нкРНК, такими как элементы B1, чтобы придать им репрессивную роль. [82]Обилие и распределение элементов Alu и подобных повторяющихся элементов по всему геному млекопитающих может быть частично связано с тем, что эти функциональные домены кооптировались в другие длинные нкРНК в процессе эволюции, при этом наличие функциональных доменов повторяющейся последовательности является общей характеристикой нескольких известных длинных нкРНК. нкРНК, включая Kcnq1ot1 , Xlsirt и Xist. [84] [85] [86] [87]

Помимо теплового шока , экспрессия элементов SINE (включая РНК Alu, B1 и B2) увеличивается во время клеточного стресса, такого как вирусная инфекция [88] в некоторых раковых клетках [89], где они могут аналогичным образом регулировать глобальные изменения экспрессии генов. Способность Alu и B2 РНК напрямую связываться с RNAP II обеспечивает широкий механизм репрессии транскрипции. [80] [82] Тем не менее, существуют определенные исключения из этого глобального ответа, когда Alu или B2 РНК не обнаруживаются на активированных промоторах генов, подвергающихся индукции, таких как гены теплового шока. [82]Эта дополнительная иерархия регуляции, которая освобождает отдельные гены от генерализованной репрессии, также включает длинную нкРНК, РНК-1 теплового шока (HSR-1). Утверждалось, что HSR-1 присутствует в клетках млекопитающих в неактивном состоянии, но при стрессе активируется, чтобы вызвать экспрессию генов теплового шока. [90] Авторы обнаружили, что эта активация включает конформационное изменение структуры HSR-1 в ответ на повышение температуры, тем самым разрешая его взаимодействие с активатором транскрипции HSF-1, который впоследствии подвергается тримеризации и индуцирует экспрессию генов теплового шока. [90] В широком смысле эти примеры иллюстрируют регуляторную цепь, вложенную в нкРНК, посредством чего РНК Alu или B2 репрессируют экспрессию общего гена, в то время как другие нкРНК активируют экспрессию конкретных генов.

Транскрибируется с помощью РНК-полимеразы III [ править ]

Многие из ncRNAs, которые взаимодействуют с общими факторами транскрипции или самой RNAP II (включая 7SK, Alu и B1 и B2 РНК), транскрибируются с помощью RNAP III [91], тем самым отделяя экспрессию этих ncRNA от транскрипционной реакции RNAP II, которую они регулируют. РНКП III также транскрибирует ряд дополнительных новых нкРНК, таких как BC2, BC200 и некоторые микроРНК и мяРНК, в дополнение к высоко экспрессируемым инфраструктурным генам нкРНК, таким как тРНК, 5S рРНК и мяРНК. [91]Существование RNAP III-зависимого транскриптома нкРНК, который регулирует его зависимый от RNAP II аналог, было подтверждено недавним исследованием, в котором описан новый набор нкРНК, транскрибируемых RNAP III с последовательностью, гомологичной генам, кодирующим белок. Это побудило авторов постулировать функциональную регуляторную сеть «коген / ген» [92], показав, что одна из этих ncRNAs, 21A, регулирует экспрессию своего гена антисмыслового партнера, CENP-F в транс.

В посттранскрипционной регуляции [ править ]

Помимо регуляции транскрипции, нкРНК также контролируют различные аспекты посттранскрипционного процессинга мРНК. Подобно малым регуляторным РНК, таким как микроРНК и мяРНК, эти функции часто включают комплементарное спаривание оснований с целевой мРНК. Образование дуплексов РНК между комплементарной нкРНК и мРНК может маскировать ключевые элементы внутри мРНК, необходимые для связывания транс-действующих факторов, потенциально влияя на любой этап посттранскрипционной экспрессии генов, включая процессинг пре-мРНК и сплайсинг, транспорт, трансляцию и деградацию. [93]

В сращивании [ править ]

Сплайсинг мРНК может вызвать его перевод и функционально разнообразить репертуар белков он кодирует. Zeb2 мРНК, которая имеет особенно длинную 5'UTR, требует сохранения в 5' - UTR интрон , который содержит внутренний входной сайт рибосомы для эффективного перевода. [94] Однако сохранение интрона зависит от экспрессии антисмыслового транскрипта, который дополняет интронный 5'-сайт сплайсинга. [94]Следовательно, эктопическая экспрессия антисмыслового транскрипта подавляет сплайсинг и индуцирует трансляцию мРНК Zeb2 во время мезенхимального развития. Аналогичным образом, экспрессия перекрывающегося антисмыслового транскрипта Rev-ErbAa2 контролирует альтернативный сплайсинг мРНК рецептора тироидного гормона ErbAa2 с образованием двух антагонистических изоформ. [95]

В переводе [ править ]

NcRNA может также оказывать дополнительное регуляторное давление во время трансляции , свойство, особенно используемое в нейронах, где дендритная или аксональная трансляция мРНК в ответ на синаптическую активность вносит вклад в изменения синаптической пластичности и ремоделирование нейронных сетей. РНКП III транскрибирует нкРНК BC1 и BC200, которые ранее происходили из тРНК, экспрессируются в центральной нервной системе мыши и человека соответственно. [96] [97] Экспрессия BC1 индуцируется в ответ на синаптическую активность и синаптогенез и специфически нацелена на дендриты в нейронах. [98] Комплементарность последовательностей BC1 и областей различных нейрон-специфичных мРНК также предполагает роль BC1 в целевой репрессии трансляции. [99]В самом деле, недавно было показано, что BC1 связан с репрессией трансляции в дендритах, чтобы контролировать эффективность передачи допамина D2 рецепторами в полосатом теле [100], а мыши с удаленной РНК BC1 обнаруживают поведенческие изменения с уменьшенным исследованием и повышенным беспокойством. [101]

В siRNA-направленной регуляции генов [ править ]

Помимо маскировки ключевых элементов в одноцепочечной РНК, образование дуплексов двухцепочечной РНК также может обеспечивать субстрат для генерации эндогенных миРНК (эндо-миРНК) в ооцитах дрозофилы и мыши. [102] Отжиг комплементарных последовательностей, таких как антисмысловые или повторяющиеся области между транскриптами, формирует дуплекс РНК, который может быть обработан Dicer-2 в эндо-миРНК. Кроме того, длинные нкРНК, которые образуют протяженные внутримолекулярные шпильки, могут процессироваться в миРНК, что убедительно иллюстрируют транскрипты esi-1 и esi-2. [103] Эндо-миРНК, генерируемые из этих транскриптов, кажутся особенно полезными для подавления распространения мобильных транспозонных элементов внутри генома в зародышевой линии. Однако генерация эндо-миРНК из антисмысловых транскриптов илиpseudogenes м. также подавлять экспрессию своих функциональных аналогов посредством эффекторных комплексов RISC, действуя как важный узел, который интегрирует различные способы регуляции длинной и короткой РНК, как показано на примере Xist и Tsix (см. выше). [104]

В эпигенетической регуляции [ править ]

Эпигенетические модификации, включая метилирование гистонов и ДНК, ацетилирование и сумоилирование гистонов, влияют на многие аспекты биологии хромосом, в первую очередь включая регуляцию большого количества генов путем ремоделирования широких доменов хроматина. [105] [106] Хотя уже некоторое время известно, что РНК является неотъемлемым компонентом хроматина, [107] [108] только недавно мы начали понимать, каким образом РНК участвует в путях хроматина. модификация. [109] [110] [111] Например, Oplr16 эпигенетически индуцирует активацию основных факторов стволовых клеток путем координации внутрихромосомного образования петель и привлеченияДНК-деметилаза TET2 . [112]

У Drosophila длинные ncRNAs индуцируют экспрессию гомеотического гена Ubx, рекрутируя и направляя функции модификации хроматина белка Ash1 триторакса на регуляторные элементы Hox . [111] Подобные модели были предложены для млекопитающих, где сильные эпигенетические механизмы, как полагают, лежат в основе эмбриональных профилей экспрессии Hox-генов, которые сохраняются на протяжении всего человеческого развития. [113] [110] Действительно, гены Hox человека связаны с сотнями нкРНК, которые последовательно экспрессируются как по пространственной, так и по временной оси развития человека и определяют хроматиновые домены дифференциального метилирования гистонов и доступности РНК-полимеразы. [110]Одна нкРНК, названная HOTAIR, которая происходит из локуса HOXC, репрессирует транскрипцию в 40 kb локуса HOXD, изменяя состояние триметилирования хроматина. Считается, что HOTAIR достигает этого, управляя действием комплексов ремоделирования хроматина Polycomb в транс, чтобы управлять эпигенетическим состоянием клеток и последующей экспрессией генов. Компоненты комплекса Polycomb, включая Suz12, EZH2 и EED, содержат домены связывания РНК, которые потенциально могут связывать HOTAIR и, возможно, другие подобные нкРНК. [114] [115] Этот пример хорошо иллюстрирует более широкую тему, с помощью которой нкРНК задействуют функцию общего набора белков, модифицирующих хроматин, для конкретных локусов генома, подчеркивая сложность недавно опубликованных геномных карт. [106]В самом деле, преобладание длинных ncRNAs, связанных с генами, кодирующими белок, может вносить вклад в локализованные паттерны модификаций хроматина, которые регулируют экспрессию генов во время развития. Например, большинство генов, кодирующих белок, имеют антисмысловых партнеров, в том числе многие гены-супрессоры опухолей, которые часто подавляются эпигенетическими механизмами при раке. [116] Недавнее исследование выявило обратный профиль экспрессии гена p15 и антисмысловой нкРНК при лейкемии. [116] Подробный анализ показал, что антисмысловая нкРНК p15 ( CDKN2BAS ) способна вызывать изменения в гетерохроматине и статус метилирования ДНК p15 по неизвестному механизму, тем самым регулируя экспрессию p15. [116] Следовательно, неправильная экспрессия связанных антисмысловых нкРНК может впоследствии заставить замолчать ген-супрессор опухоли, способствующий развитию рака.

Печать [ править ]

Многие возникающие темы ncRNA-направленной модификации хроматина впервые проявились в феномене импринтинга , при котором только один аллель гена экспрессируется либо из материнской, либо из отцовской хромосомы. В общем, импринтированные гены сгруппированы вместе на хромосомах, что позволяет предположить, что импринтирующий механизм действует на локальные хромосомные домены, а не на отдельные гены. Эти кластеры также часто связаны с длинными нкРНК, экспрессия которых коррелирует с репрессией связанного гена, кодирующего белок, на том же аллеле. [117] Действительно, подробный анализ выявил критическую роль ncRNAs Kcnqot1 и Igf2r / Air в управлении импринтингом. [118]

Почти все гены в локусах Kcnq1 наследуются по материнской линии, за исключением отцовской экспрессируемой антисмысловой нкРНК Kcnqot1. [119] Трансгенные мыши с укороченным Kcnq1ot не способны заставить замолчать соседние гены, что указывает на то, что Kcnqot1 является критическим для импринтинга генов на отцовской хромосоме. [120] Похоже, что Kcnqot1 способен направлять триметилирование лизина 9 (H3K9me3) и 27 гистона 3 ( H3K27me3 ) в центр импринтинга, который перекрывает промотор Kcnqot1 и фактически находится внутри смыслового экзона Kcnq1. [121] Подобно HOTAIR (см. Выше), комплексы Eed-Ezh2 Polycomb рекрутируются в отцовскую хромосому локусов Kcnq1, возможно, с помощью Kcnqot1, где они могут обеспечивать молчание генов посредством репрессивного метилирования гистонов.[121] Дифференциально метилированный центр импринтинга также перекрывает промотор длинной антисмысловой нкРНК Air, которая отвечает за сайленсинг соседних генов в локусе Igf2r на отцовской хромосоме. [122] [123] Присутствие аллель-специфичного метилирования гистонов в локусе Igf2r предполагает, что Air также опосредует сайленсинг посредством модификации хроматина. [124]

Инактивация Xist и X-хромосомы [ править ]

Инактивация Х-хромосомы у самок плацентарных млекопитающих направляется одной из самых ранних и наиболее хорошо охарактеризованных длинных нкРНК, Xist . [125] Экспрессия Xist будущей неактивной Х-хромосомы и его последующее покрытие неактивной Х-хромосомы происходит во время ранней дифференцировки эмбриональных стволовых клеток. Экспрессия Xist сопровождается необратимыми слоями модификаций хроматина, которые включают потерю ацетилирования гистона (H3K9) и метилирование H3K4, которые связаны с активным хроматином, а также индукцию репрессивных модификаций хроматина, включая гипоацетилирование H4, триметилирование H3K27, [125]Гиперметилирование H3K9 и монометилирование H4K20, а также моноубиквитилирование H2AK119. Эти модификации совпадают с подавлением транскрипции X-сцепленных генов. [126] Xist РНК также локализует гистоновый вариант macroH2A на неактивной Х-хромосоме. [127] Существуют дополнительные нкРНК, которые также присутствуют в локусах Xist, включая антисмысловой транскрипт Tsix, который экспрессируется из будущей активной хромосомы и способен подавлять экспрессию Xist путем генерации эндогенной миРНК. [104] Вместе эти нкРНК гарантируют, что только одна Х-хромосома активна у самок млекопитающих.

Теломерные некодирующие РНК [ править ]

Теломеры образуют терминальную область хромосом млекопитающих и необходимы для стабильности и старения, а также играют центральную роль в таких заболеваниях, как рак. [128] Теломеры долгое время считались транскрипционно инертными комплексами ДНК-белок, пока в конце 2000-х не было показано, что теломерные повторы могут транскрибироваться как теломерные РНК (TelRNA) [129] или РНК, содержащие теломерные повторы . [130] Эти нкРНК неоднородны по длине, транскрибируются с нескольких субтеломерных локусов и физически локализуются в теломерах. Их ассоциация с хроматином, которая предполагает участие в регуляции теломер-специфических модификаций гетерохроматина, подавляется белками SMG, которые защищают концы хромосом от потери теломер.[130] Кроме того, TelRNA блокируют активность теломеразы in vitro и, следовательно, могут регулировать активность теломеразы. [129] Хотя и раньше, эти исследования предполагают участие теломерных ncRNAs в различных аспектах биологии теломер.

В регуляции времени репликации ДНК и стабильности хромосом [ править ]

Асинхронно реплицирующиеся аутосомные РНК (ASAR) представляют собой очень длинные (~ 200 килобайт) некодирующие РНК, которые не подвергаются сплайсингу, не полиаденилированы и необходимы для нормального времени репликации ДНК и стабильности хромосом. [131] [132] [133]Делеция любого из генетических локусов, содержащих ASAR6, ASAR15 или ASAR6-141, приводит к тому же фенотипу отсроченного времени репликации и отсроченной митотической конденсации (DRT / DMC) всей хромосомы. DRT / DMC приводит к ошибкам сегрегации хромосом, которые приводят к увеличению частоты вторичных перестроек и нестабильности хромосомы. Подобно Xist, ASAR демонстрируют случайную моноаллельную экспрессию и существуют в доменах асинхронной репликации ДНК. Хотя механизм функции ASAR все еще исследуется, предполагается, что они работают с помощью механизмов, аналогичных Xist lncRNA, но на меньших аутосомных доменах, что приводит к аллель-специфическим изменениям в экспрессии генов.

В старении и болезнях [ править ]

Недавнее признание того, что длинные нкРНК функционируют в различных аспектах клеточной биологии, привлекло повышенное внимание к их способности вносить вклад в этиологию заболевания. Сообщается, что более 80% (1502 из 1867 днРНК в LncBook ) экспериментально изученных днРНК связаны с 462 заболеваниями и 28 терминами болезни MeSH, а 97 998 днРНК потенциально связаны с заболеваниями на основании данных множественных исследований. [16] Несколько исследований показали, что длинные нкРНК участвуют в различных болезненных состояниях и поддерживают участие и сотрудничество в неврологических заболеваниях и раке.

Первое опубликованное сообщение об изменении содержания днРНК при старении и неврологических заболеваниях человека было предоставлено Lukiw et al. [134] в исследовании с использованием коротких посмертных интервалов при болезни Альцгеймера и тканях, не связанных с деменцией Альцгеймера (НАД); эта ранняя работа была основана на предварительной идентификации специфичного для мозга приматов цитоплазматического транскрипта семейства Alu-повторов Уотсоном и Сатклиффом в 1987 году, известного как BC200 (мозг, цитоплазматический, 200 нуклеотидов). [135]

Хотя многие ассоциативные исследования выявили необычную экспрессию длинных нкРНК при болезненных состояниях, мало известно об их роли в возникновении болезни. Анализ экспрессии, сравнивающий опухолевые клетки и нормальные клетки, выявил изменения в экспрессии нкРНК при нескольких формах рака. Например, в опухолях простаты PCGEM1 (одна из двух сверхэкспрессированных нкРНК) коррелирует с повышенной пролиферацией и образованием колоний, что предполагает участие в регуляции роста клеток. [136] MALAT1 (также известный как NEAT2) был первоначально идентифицирован как обильно экспрессируемая нкРНК, которая активируется во время метастазирования немелкоклеточного рака легкого на ранней стадии, и его сверхэкспрессия является ранним прогностическим маркером плохой выживаемости пациентов. [136]Совсем недавно было обнаружено, что высококонсервативный мышиный гомолог MALAT1 высоко экспрессируется при гепатоцеллюлярной карциноме. [137] Сообщалось также об интронных антисмысловых нкРНК, экспрессия которых коррелировала со степенью дифференцировки опухоли в образцах рака простаты. [138] Несмотря на то, что ряд длинных нкРНК имеет аберрантную экспрессию при раке, их функция и потенциальная роль в опухолеобразовании относительно неизвестны. Например, нкРНК HIS-1 и BIC участвуют в развитии рака и контроле роста, но их функция в нормальных клетках неизвестна. [139] [140]Помимо рака, нкРНК также проявляют аберрантную экспрессию при других болезненных состояниях. Сверхэкспрессия PRINS связана с восприимчивостью к псориазу, причем экспрессия PRINS повышена в не вовлеченном эпидермисе псориатических пациентов по сравнению как с псориатическими поражениями, так и со здоровым эпидермисом. [141]

Полногеномное профилирование выявило, что многие транскрибируемые некодирующие ультраконсервативные области демонстрируют различные профили при различных состояниях рака человека. [65] Анализ хронического лимфолейкоза, колоректальной карциномы и гепатоцеллюлярной карциномы показал, что все три вида рака демонстрируют аберрантные профили экспрессии ультраконсервированных нкРНК по сравнению с нормальными клетками. Дальнейший анализ одной ультраконсервативной нкРНК показал, что она ведет себя как онкоген, уменьшая апоптоз и впоследствии увеличивая количество злокачественных клеток при колоректальном раке. [65]Многие из этих транскрибируемых ультраконсервативных сайтов, которые проявляют различные сигнатуры при раке, обнаруживаются в уязвимых сайтах и ​​областях генома, связанных с раком. Кажется вероятным, что аберрантная экспрессия этих ультраконсервативных ncRNAs в злокачественных процессах является результатом важных функций, которые они выполняют в нормальном развитии человека.

Недавно ряд ассоциативных исследований, изучающих однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), связанные с болезненными состояниями, были сопоставлены с длинными нкРНК. Например, SNP, которые идентифицировали локус восприимчивости к инфаркту миокарда, сопоставлены с длинной нкРНК, MIAT (транскрипт, связанный с инфарктом миокарда). [142] Аналогичным образом, полногеномные исследования ассоциации выявили область, связанную с заболеванием коронарной артерии [143], которая включает длинную нкРНК, ANRIL . [144] ANRIL экспрессируется в тканях и типах клеток, пораженных атеросклерозом [145] [146], и его измененная экспрессия связана с гаплотипом высокого риска ишемической болезни сердца. [146] [147]

Сложность транскриптома и наше развивающееся понимание его структуры могут дать новую интерпретацию функциональной основы многих естественных полиморфизмов, связанных с болезненными состояниями. Многие SNP, ассоциированные с определенными болезненными состояниями, обнаруживаются в некодирующих регионах, и сложные сети некодирующей транскрипции в этих регионах делают особенно трудным выяснение функциональных эффектов полиморфизмов. Например, SNP как в усеченной форме ZFAT, так и в промоторе антисмыслового транскрипта увеличивает экспрессию ZFAT не за счет увеличения стабильности мРНК, а, скорее, за счет подавления экспрессии антисмыслового транскрипта. [148]

Способность длинных нкРНК регулировать ассоциированные гены, кодирующие белок, может способствовать развитию заболевания, если неправильная экспрессия длинной нкРНК нарушает регуляцию гена, кодирующего белок, имеющего клиническое значение. Аналогичным образом антисмысловая длинная нкРНК, которая регулирует экспрессию смыслового гена BACE1, критического фермента в этиологии болезни Альцгеймера, демонстрирует повышенную экспрессию в нескольких областях мозга у людей с болезнью Альцгеймера [149]. Изменение экспрессии нкРНК может также опосредуют изменения на эпигенетическом уровне, влияя на экспрессию генов и способствуя этиологии заболевания. Например, индукция антисмыслового транскрипта посредством генетической мутации привела к метилированию ДНК и замалчиванию смысловых генов, вызывая у пациента бета-талассемию. [150]

См. Также [ править ]

  • Список длинных баз данных некодирующих РНК

Ссылки [ править ]

  1. ^ Фернандес, Джулиана CR; Acuña, Stephanie M .; Аоки, Джулиана I .; Флоетер-Винтер, Люсиль М .; Муксел, Сандра М. (17 февраля 2019 г.). «Длинные некодирующие РНК в регуляции экспрессии генов: физиология и болезнь» . Некодирующая РНК . 5 (1). DOI : 10.3390 / ncrna5010017 . ISSN  2311-553X . PMC  6468922 . PMID  30781588 .
  2. ^ Perkel JM (июнь 2013). «В гостях у« Нечодарня » » . Биотехнологии (бумага). 54 (6): 301, 303–4. DOI : 10.2144 / 000114037 . PMID 23750541 . «Мы называем длинные некодирующие РНК классом, хотя на самом деле единственным определением является то, что они длиннее 200 п.н.», - говорит Ана Маркес, научный сотрудник Оксфордского университета, которая использует эволюционные подходы для понимания функции днРНК. 
  3. ^ Ma L, Bajic VB, Zhang Z (июнь 2013). «О классификации длинных некодирующих РНК» . Биология РНК . 10 (6): 925–933. DOI : 10,4161 / rna.24604 . PMC 4111732 . PMID 23696037 .  
  4. ^ Джулия Д. Рансохофф, Юнинг Вэй и Пол А. Хавари (2018). «Функции и уникальные особенности длинной межгенной некодирующей РНК» . Обзоры природы Молекулярная клеточная биология . 19 (3): 143–157 (2018). DOI : 10.1038 / nrm.2017.104 . PMC 5889127 . PMID 29138516 .  
  5. ^ a b Капранов П., Ченг Дж., Дике С., Никс Д.А., Дуттагупта Р., Виллингем А.Т., Штадлер П.Ф., Хертель Дж., Хаккермюллер Дж., Хофакер И.Л., Белл I, Чунг Е, Дренков Дж., Дюмайс Е, Патель С. , Ганеш М., Гош С., Пикколбони А., Семенченко В., Таммана Н., Джингерас Т. Р. (июнь 2007 г.). «Карты РНК раскрывают новые классы РНК и возможную функцию всеобъемлющей транскрипции» . Наука . 316 (5830): 1484–1488. Bibcode : 2007Sci ... 316.1484K . DOI : 10.1126 / science.1138341 . PMID 17510325 . 
  6. ^ а б в г Карнинчи П., Касукава Т., Катаяма С., Гоф Дж., Фрит М.К., Маеда Н. и др. (Сентябрь 2005 г.). «Транскрипционный ландшафт генома млекопитающих». Наука . 309 (5740): 1559–1563. Bibcode : 2005Sci ... 309.1559F . DOI : 10.1126 / science.1112014 . PMID 16141072 . 
  7. ^ Ченг Дж, Капранов Р, Drenkow Дж, Обваловать S, Брубейкер S, Пател S, Лонг - J, Стерн D, Tammana Н, Helt G, Sementchenko В, Piccolboni А, Bekiranov S, Бейли Д. К., Ганеш М, Гош S, Белл Я, Герхард Д.С., Джингерас Т.Р. (май 2005 г.). «Транскрипционные карты 10 хромосом человека с разрешением 5 нуклеотидов». Наука . 308 (5725): 1149–1154. Bibcode : 2005Sci ... 308.1149C . DOI : 10.1126 / science.1108625 . PMID 15790807 . 
  8. ^ a b Necsulea A, Soumillon M, Warnefors M, Liechti A, Daish T, Zeller U, Baker JC, Grützner F, Kaessmann H (январь 2014 г.). «Эволюция репертуаров днРНК и паттернов экспрессии у четвероногих». Природа . 505 (7485): 635–640. Bibcode : 2014Natur.505..635N . DOI : 10,1038 / природа12943 . PMID 24463510 . 
  9. ^ a b c Дерриен Т., Джонсон Р., Буссотти Дж., Танцер А., Джебали С., Тилгнер Х, Гернек Дж., Мартин Д., Меркель А., Ноулз Д. Г., Лагард Дж., Вееравалли Л., Руан Х, Руан И., Лассман Т., Карнинчи П., Браун Дж. Б., Липович Л., Гонсалес Дж. М., Томас М., Дэвис К.А., Шихаттар Р., Джингерас Т.Р., Хаббард Т.Дж., Notredame C, Харроу Дж., Гиго Р. (сентябрь 2012 г.). «Каталог длинных некодирующих РНК человека GENCODE v7: анализ их генной структуры, эволюции и экспрессии» . Геномные исследования . 22 (9): 1775–1789. DOI : 10.1101 / gr.132159.111 . PMC 3431493 . PMID 22955988 .  
  10. ^ Hon CC, Ramilowski JA, Harshbarger J, Bertin N, Rackham OJ, Gough J, Denisenko E, Schmeier S, Poulsen TM, Severin J, Lizio M, Kawaji H, Kasukawa T, Itoh M, Burroughs AM, Noma S, Djebali S, Алам Т., Медведева Ю.А., Testa AC, Lipovich L, Yip CW, Abugessaisa I, Mendez M, Hasegawa A, Tang D, Lassmann T, Heutink P, Babina M, Wells CA, Kojima S, Nakamura Y, Suzuki H, Дауб КО, де Хун М.Дж., Арнер Э., Хаяшизаки Ю., Карнинчи П., Форрест А.Р. (март 2017 г.). «Атлас длинных некодирующих РНК человека с точными 5'-концами» . Природа . 543 (7644): 199–204. Bibcode : 2017Natur.543..199H . DOI : 10,1038 / природа21374 . PMC 6857182 . PMID  28241135 .
  11. ^ a b Cabili MN, Trapnell C, Goff L, Koziol M, Tazon-Vega B, Regev A, Rinn JL (сентябрь 2011 г.). «Интегративная аннотация человеческих больших межгенных некодирующих РНК раскрывает глобальные свойства и специфические подклассы» . Гены и развитие . 25 (18): 1915–1927. DOI : 10,1101 / gad.17446611 . PMC 3185964 . PMID 21890647 .  
  12. ^ Равази Т, Сузуки Н, Pang KC, Катаяма S, Furuno М, Okunishi R, S Фукуда, Ru К, Фрит МС, Гонгора М.М., Grimmond С.М., Юма Д.А., Хаясидзаки Y, Маттик JS (январь 2006). «Экспериментальная проверка регулируемой экспрессии большого количества некодирующих РНК из генома мыши» . Геномные исследования . 16 (1): 11–19. DOI : 10.1101 / gr.4200206 . PMC 1356124 . PMID 16344565 .  
  13. ^ Юнусов Д, Андерсон л, DaSilva НЧ, Wysocka Дж, Ezashi Т, Робертс Р. М., Verjovski-Алмейда S (сентябрь 2016). «HIPSTR и тысячи днРНК гетерогенно экспрессируются в человеческих эмбрионах, первичных половых клетках и стабильных клеточных линиях» . Научные отчеты . 6 : 32753. Bibcode : 2016NatSR ... 632753Y . DOI : 10.1038 / srep32753 . PMC 5015059 . PMID 27605307 .  
  14. ^ Yan L, Yang M, Guo H, Yang L, Wu J, Li R, Liu P, Lian Y, Zheng X, Yan J, Huang J, Li M, Wu X, Wen L, Lao K, Li R, Qiao Дж., Тан Ф (сентябрь 2013 г.). «Одноклеточная РНК-Seq профилирование доимплантационных эмбрионов человека и эмбриональных стволовых клеток». Структурная и молекулярная биология природы . 20 (9): 1131–1139. DOI : 10.1038 / nsmb.2660 . PMID 23934149 . 
  15. ^ Лю SJ, Новаковски TJ, Пыльца AA, Луи JH, Horlbeck MA, Аттенелло FJ, He D, Weissman JS, Kriegstein AR, Diaz AA, Lim DA (апрель 2016 г.). «Одноклеточный анализ длинных некодирующих РНК в развивающемся неокортексе человека» . Геномная биология . 17 : 67. DOI : 10.1186 / s13059-016-0932-1 . PMC 4831157 . PMID 27081004 .  
  16. ^ a b c d Ma L, Cao J, Liu L, Du Q, Li Z, Zou D, Bajic VB и Zhang Z (январь 2019 г.). «LncBook: тщательно подобранная база знаний о длинных некодирующих РНК человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (выпуск базы данных): D128 – D134. DOI : 10.1093 / NAR / gky960 . PMC 6323930 . PMID 30329098 .  
  17. ^ Paytuví Gallart A, Эрмосо Pulido A, Anzar Мартинес де Лагран I, Sanseverino W, Aiese Cigliano R (январь 2016). «GREENC: база данных растительных днРНК на основе Wiki» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (D1): D1161–6. DOI : 10.1093 / NAR / gkv1215 . PMC 4702861 . PMID 26578586 .  
  18. ^ Капранов P, Виллингхэй AT, Gingeras TR (июнь 2007). «Полногеномная транскрипция и последствия для геномной организации». Природа Обзоры Генетики . 8 (6): 413–423. DOI : 10.1038 / nrg2083 . PMID 17486121 . 
  19. ^ Birney Е, Stamatoyannopoulos JA, Датта А, Гиго R, Gingeras TR, Маргулис ЕН, и др. (Июнь 2007 г.). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека в рамках пилотного проекта ENCODE» . Природа . 447 (7146): 799–816. Bibcode : 2007Natur.447..799B . DOI : 10,1038 / природа05874 . PMC 2212820 . PMID 17571346 .  
  20. ^ Камарго, Антонио П; Сурков, Всеволод; Перейра, Гонсало АГ; Караццолле, Марсело Ф (01.03.2020). «RNAsamba: нейронная сеть для оценки потенциала кодирования белков последовательностей РНК» . НАР Геномика и биоинформатика . 2 (1): lqz024. DOI : 10.1093 / nargab / lqz024 . ISSN 2631-9268 . 
  21. ↑ Wang G, Yin H, Li B, Yu C, Wang F, Xu X, Cao J, Bao Y, Wang L, Abbasi AA, Bajic VB, Ma L, Zhang Z (январь 2019). «Характеристика и идентификация длинных некодирующих РНК на основе взаимосвязи признаков». Биоинформатика . 41 (выпуск базы данных): D246 – D251. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btz008 . PMID 30649200 . 
  22. ^ Ван L, Парк HJ, Dasari S, Ван S, Кохера JP, Ли W (апрель 2013). «CPAT: Инструмент оценки потенциала кодирования с использованием модели логистической регрессии без согласования» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (6): e74. DOI : 10.1093 / NAR / gkt006 . PMC 3616698 . PMID 23335781 .  
  23. ↑ Hu L, Xu Z, Hu B, Lu ZJ (январь 2017). «COME: надежный инструмент для расчета потенциала кодирования для идентификации и характеристики днРНК на основе нескольких функций» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (1): e2. DOI : 10.1093 / NAR / gkw798 . PMC 5224497 . PMID 27608726 .  
  24. Перейти ↑ Sun L, Liu H, Zhang L, Meng J (2015). «lncRScan-SVM: инструмент для прогнозирования длинных некодирующих РНК с помощью машины опорных векторов» . PLOS ONE . 10 (10): e0139654. Bibcode : 2015PLoSO..1039654S . DOI : 10.1371 / journal.pone.0139654 . PMC 4593643 . PMID 26437338 .  
  25. ^ a b Sun L, Luo H, Bu D, Zhao G, Yu K, Zhang C, Liu Y, Chen R, Zhao Y (сентябрь 2013 г.). «Использование внутренней композиции последовательности для классификации кодирующих белок и длинных некодирующих транскриптов» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (17): e166. DOI : 10.1093 / NAR / gkt646 . PMC 3783192 . PMID 23892401 .  
  26. ^ Wucher, Валентин; Легеи, Фабрис; Хедан, Бенуа; Ризк, Гийом; Lagoutte, Lætitia; Лееб, Тоссо; Джаганнатан, Видхья; Кадье, Эдуард; Дэвид, Одри (5 мая 2017 г.). «FEELnc: инструмент для длинной некодирующей аннотации РНК и его применение к транскриптому собаки» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (8): e57. DOI : 10.1093 / NAR / gkw1306 . ISSN 1362-4962 . PMC 5416892 . PMID 28053114 .   
  27. ↑ Lin MF, Jungreis I, Kellis M (июль 2011 г.). «PhyloCSF: метод сравнительной геномики для различения кодирующих и некодирующих белков» . Биоинформатика . 27 (13): i275 – i282. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr209 . PMC 3117341 . PMID 21685081 .  
  28. ^ Дешпанд S, Шаттлворт J, J Ян, Taramonli S, Англия М (февраль 2019). «PLIT: вычислительный инструмент без выравнивания для идентификации длинных некодирующих РНК в наборах транскриптомных данных растений». Компьютеры в биологии и медицине . 105 : 169–181. arXiv : 1902.05064 . Bibcode : 2019arXiv190205064D . DOI : 10.1016 / j.compbiomed.2018.12.014 . PMID 30665012 . 
  29. ^ Негри TD, Алвес WA, Bugatti PH, Сайто PT, Домингеш DS, Paschoal AR (2019). «Анализ распознавания образов на длинных некодирующих РНК: инструмент для прогнозирования у растений». Брифинги по биоинформатике . 20 (2): 682–689. DOI : 10.1093 / нагрудник / bby034 . PMID 29697740 . 
  30. ^ Синг U, Кхемка N, Ражкумар МС, Garg Р, М джайнская (декабрь 2017 г.). «PLncPRO для предсказания длинных некодирующих РНК (lncRNAs) в растениях и его применение для открытия lncRNAs, чувствительных к абиотическому стрессу, в рисе и нуте» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (22): e183. DOI : 10.1093 / NAR / gkx866 . PMC 5727461 . PMID 29036354 .  
  31. ^ Simopoulos CM, Weretilnyk Е.А., Голдинг GB (май 2018). «Прогнозирование растительной днРНК с помощью ансамблевых классификаторов машинного обучения» . BMC Genomics . 19 (1): 316. DOI : 10,1186 / s12864-018-4665-2 . PMC 5930664 . PMID 29720103 .  
  32. ↑ Chen J, Shishkin AA, Zhu X, Kadri S, Maza I, Guttman M, Hanna JH, Regev A, Garber M (февраль 2016 г.). «Эволюционный анализ млекопитающих выявляет отдельные классы длинных некодирующих РНК» . Геномная биология . 17 (19). DOI : 10.1186 / s13059-016-0880-9 . PMC 4739325 . PMID 26838501 .  
  33. ↑ Андерсон Д.М., Андерсон К.М., Чанг С.Л., Макаревич, Калифорния, Нельсон Б.Р., Маканалли Дж. Р., Касарагод П., Шелтон Дж. М., Лиу Дж., Бассел-Дуби Р., Олсон, EN (февраль 2015 г.). «Микропептид, кодируемый предполагаемой длинной некодирующей РНК, регулирует работу мышц» . Cell . 160 (4): 595–606. DOI : 10.1016 / j.cell.2015.01.009 . PMC 4356254 . PMID 25640239 .  
  34. ↑ Мацумото А., Пасут А., Мацумото М., Ямасита Р., Фунг Дж., Монтелеоне Е., Сагателиан А., Накаяма К. И., Клохесси Дж. Г., Пандольфи П. П. (январь 2017 г.). «mTORC1 и регенерация мышц регулируются полипептидом SPAR, кодируемым LINC00961». Природа . 541 (7636): 228–232. Bibcode : 2017Natur.541..228M . DOI : 10,1038 / природа21034 . PMID 28024296 . 
  35. ^ Паули A, Норрис ML, Вален E, Chew GL, Gagnon JA, Zimmerman S, Mitchell A, Ma J, Dubrulle J, Reyon D, Tsai SQ, Joung JK, Saghatelian A, Schier AF (февраль 2014 г.). «Малыш: эмбриональный сигнал, который способствует движению клеток через рецепторы апелина» . Наука . 343 (6172): 1248636. DOI : 10.1126 / science.1248636 . PMC 4107353 . PMID 24407481 .  
  36. ^ Ingolia NT, Lareau LF, Вайсман JS (ноябрь 2011). «Профилирование рибосом эмбриональных стволовых клеток мыши показывает сложность и динамику протеомов млекопитающих» . Cell . 147 (4): 789–802. DOI : 10.1016 / j.cell.2011.10.002 . PMC 3225288 . PMID 22056041 .  
  37. ^ a b Ji Z, Song R, Regev A, Struhl K (декабрь 2015 г.). «Многие днРНК, 5'UTR и псевдогены транслируются, а некоторые, вероятно, экспрессируют функциональные белки» . eLife . 4 : e08890. DOI : 10.7554 / eLife.08890 . PMC 4739776 . PMID 26687005 .  
  38. ^ Гутман М, Р Рассела, Ingolia NT, Вайсман JS, Ландер ES (июль 2013 г. ). «Профилирование рибосом свидетельствует о том, что большие некодирующие РНК не кодируют белки» . Cell . 154 (1): 240–251. DOI : 10.1016 / j.cell.2013.06.009 . PMC 3756563 . PMID 23810193 .  
  39. ^ Гутман М, Амит я, Гарбер М, французский C, Лин М. Ф., Feldser Д, Уарте М, Жук О, Кэри BW, Кассади JP, Cabili М.Н., Йениш R, Миккельсен TS, домкраты Т, Hacohen Н Бернштейн ВЕ, Kellis М., Регев А., Ринн Дж. Л., Лендер Э. С. (март 2009 г.). «Хроматиновая подпись обнаруживает более тысячи высококонсервативных больших некодирующих РНК у млекопитающих» . Природа . 458 (7235): 223–227. Bibcode : 2009Natur.458..223G . DOI : 10,1038 / природа07672 . PMC 2754849 . PMID 19182780 .  
  40. ^ Ponjavic J, Понтинг CP, Lunter G (май 2007). «Функциональность или транскрипционный шум? Доказательства отбора в длинных некодирующих РНК» . Геномные исследования . 17 (5): 556–565. DOI : 10.1101 / gr.6036807 . PMC 1855172 . PMID 17387145 .  
  41. ^ Haerty W, Понтинг CP (май 2013). «Мутации внутри днРНК эффективно отбираются у плодовой мухи, но не у человека» . Геномная биология . 14 (5): R49. DOI : 10.1186 / GB-2013-14-5-R49 . PMC 4053968 . PMID 23710818 .  
  42. ^ Washietl S, M Kellis, Гарбер M (апрель 2014). «Эволюционная динамика и тканевая специфичность длинных некодирующих РНК человека у шести млекопитающих» . Геномные исследования . 24 (4): 616–628. DOI : 10.1101 / gr.165035.113 . PMC 3975061 . PMID 24429298 .  
  43. ^ Kutter C, Вт S, Stefflova K, Wilson MD, Гонсалвес A, Понтинг CP, Одом DT, Marques AC (2012). «Быстрый оборот длинных некодирующих РНК и эволюция экспрессии генов» . PLOS Genetics . 8 (7): e1002841. DOI : 10.1371 / journal.pgen.1002841 . PMC 3406015 . PMID 22844254 .  
  44. ^ Brosius J (май 2005). «Не тратьте, не хотите - избыток транскриптов у многоклеточных эукариот». Тенденции в генетике . 21 (5): 287–288. DOI : 10.1016 / j.tig.2005.02.014 . PMID 15851065 . 
  45. ^ Struhl K (февраль 2007). «Транскрипционный шум и точность инициации РНК-полимеразой II». Структурная и молекулярная биология природы . 14 (2): 103–105. DOI : 10.1038 / nsmb0207-103 . PMID 17277804 . 
  46. ^ Palazzo AF, Ли ES (2015-01-26). «Некодирующая РНК: что функционально, а что нежелательно?» . Границы генетики . 6 : 2. дои : 10,3389 / fgene.2015.00002 . PMC 4306305 . PMID 25674102 .  
  47. ^ Капуста A, C Feschotte (октябрь 2014). «Изменчивая эволюция длинных репертуаров некодирующих РНК: механизмы и биологические последствия» . Тенденции в генетике . 30 (10): 439–452. DOI : 10.1016 / j.tig.2014.08.004 . PMC 4464757 . PMID 25218058 .  
  48. ↑ Chen J, Shishkin AA, Zhu X, Kadri S, Maza I, Guttman M, Hanna JH, Regev A, Garber M (февраль 2016 г.). «Эволюционный анализ млекопитающих выявляет отдельные классы длинных некодирующих РНК» . Геномная биология . 17 : 19. DOI : 10.1186 / s13059-016-0880-9 . PMC 4739325 . PMID 26838501 .  
  49. ^ Улицкий I (октябрь 2016). «Эволюция спешит на помощь: использование сравнительной геномики для понимания длинных некодирующих РНК». Природа Обзоры Генетики . 17 (10): 601–614. DOI : 10.1038 / nrg.2016.85 . PMID 27573374 . 
  50. ^ Hezroni H, Koppstein D, Шварц М., Аврутин A, Бартель DP, Улицкая I (май 2015). «Принципы эволюции длинных некодирующих РНК, полученные из прямого сравнения транскриптомов у 17 видов» . Отчеты по ячейкам . 11 (7): 1110–1122. DOI : 10.1016 / j.celrep.2015.04.023 . PMC 4576741 . PMID 25959816 .  
  51. ^ Йонссон Р, Lipovich л, GRANDER Д, Моррис К. (март 2014). «Эволюционная консервация длинных некодирующих РНК; последовательность, структура, функция» . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Общие предметы . 1840 (3): 1063–1071. DOI : 10.1016 / j.bbagen.2013.10.035 . PMC 3909678 . PMID 24184936 .  
  52. Перейти ↑ Rivas E, Clements J, Eddy SR (январь 2017). «Статистический тест на консервативную структуру РНК показывает отсутствие доказательств структуры днРНК» . Методы природы . 14 (1): 45–48. DOI : 10.1038 / nmeth.4066 . PMC 5554622 . PMID 27819659 .  
  53. ↑ Mercer TR, Dinger ME, Mattick JS (март 2009 г.). «Длинные некодирующие РНК: понимание функций». Природа Обзоры Генетики . 10 (3): 155–159. DOI : 10.1038 / nrg2521 . PMID 19188922 . 
  54. Перейти ↑ Dinger ME, Amaral PP, Mercer TR, Mattick JS (ноябрь 2009 г.). «Всепроникающая транскрипция эукариотического генома: функциональные показатели и концептуальные последствия» . Брифинги по функциональной геномике и протеомике . 8 (6): 407–423. DOI : 10.1093 / bfgp / elp038 . PMID 19770204 . 
  55. Перейти ↑ Amaral PP, Clark MB, Gascoigne DK, Dinger ME, Mattick JS (январь 2011 г.). «lncRNAdb: справочная база данных для длинных некодирующих РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (выпуск базы данных): D146–51. DOI : 10.1093 / NAR / gkq1138 . PMC 3013714 . PMID 21112873 .  
  56. ^ Quek XC, Thomson DW, Maag JL, Бартоничек N, сигнал B, Кларк MB, Gloss BS, Дингер ME (январь 2015). «lncRNAdb v2.0: расширение справочной базы данных для функциональных длинных некодирующих РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (выпуск базы данных): D168–73. DOI : 10.1093 / NAR / gku988 . PMC 4384040 . PMID 25332394 .  
  57. Перейти ↑ Ma L, Li A, Zou D, Xu X, Xia L, Yu J, Bajic VB, Zhang Z (январь 2015). «LncRNAWiki: использование знаний сообщества в совместном культивировании длинных некодирующих РНК человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Выпуск базы данных): D187–92. DOI : 10.1093 / NAR / gku1167 . PMC 4383965 . PMID 25399417 .  
  58. Перейти ↑ Smith JE, Alvarez-Dominguez JR, Kline N, Huynh NJ, Geisler S, Hu W, Coller J, Baker KE (июнь 2014 г.). «Трансляция малых открытых рамок считывания в неаннотированных транскриптах РНК в Saccharomyces cerevisiae» . Отчеты по ячейкам . 7 (6): 1858–1866. DOI : 10.1016 / j.celrep.2014.05.023 . PMC 4105149 . PMID 24931603 .  
  59. ^ a b Гудрич Дж. А., Кугель Дж. Ф. (август 2006 г.). «Некодирующие РНК-регуляторы транскрипции РНК-полимеразы II». Обзоры природы Молекулярная клеточная биология . 7 (8): 612–616. DOI : 10.1038 / nrm1946 . PMID 16723972 . 
  60. ^ а б Фен Дж, Би Си, Кларк Б.С., Мэди Р., Шах П., Кохц Дж. Д. (июнь 2006 г.). «Некодирующая РНК Evf-2 транскрибируется из ультраконсервативной области Dlx-5/6 и функционирует как коактиватор транскрипции Dlx-2» . Гены и развитие . 20 (11): 1470–1484. DOI : 10,1101 / gad.1416106 . PMC 1475760 . PMID 16705037 .  
  61. ^ Panganiban G, Рубинштейн JL (октябрь 2002). «Функции развития генов гомеобокса Distal-less / Dlx» . Развитие . 129 (19): 4371–4386. PMID 12223397 . 
  62. ^ Pennacchio Л.А., Ахитув Н, Моисей А.М., Прабхакар S, Нобрега М.А., Шукри М, Minovitsky S, Дубчак я, Холт А, Льюис К.Д., Plajzer-Фрика I, Akiyama J, De Val S, Афзаль В, черный Б.Л., Курон О, Эйзен МБ, Визель А., Рубин Е.М. (ноябрь 2006 г.). «Энхансерный анализ человеческих консервативных некодирующих последовательностей in vivo» . Природа . 444 (7118): 499–502. Bibcode : 2006Natur.444..499P . DOI : 10,1038 / природа05295 . PMID 17086198 . 
  63. ^ Визель A, S Prabhakar, Акияма JA, Шукри M, Льюис KD, Холт A, Plajzer-Фрик I, Afzal V, Рубин Е.М., Pennacchio LA (февраль 2008). «Ультраконсервация определяет небольшую группу чрезвычайно ограниченных энхансеров развития» . Генетика природы . 40 (2): 158–160. DOI : 10.1038 / ng.2007.55 . PMC 2647775 . PMID 18176564 .  
  64. ^ Pibouin л, Villaudy Дж, FERBUS Д, Muleris М, Prosperi МТ, Remvikos Y, Goubin G (февраль 2002 г.). «Клонирование мРНК сверхэкспрессии в карциноме толстой кишки-1: последовательность сверхэкспрессируется в подмножестве карцином толстой кишки». Генетика и цитогенетика рака . 133 (1): 55–60. DOI : 10.1016 / S0165-4608 (01) 00634-3 . PMID 11890990 . 
  65. ^ a b c Калин Г.А., Лю К.Г., Феррацин М., Хислоп Т., Спиццо Р., Севиньяни К., Фаббри М., Чиммино А., Ли Э.Дж., Войчик С.Е., Шимицу М., Тили Э, Росси С., Такчиоли С., Пичиори Ф., Лю X, Zupo S, Herlea V, Gramantieri L, Lanza G, Alder H, Rassenti L, Volinia S, Schmittgen TD, Kipps TJ, Negrini M, Croce CM (сентябрь 2007 г.). «Ультраконсервативные области, кодирующие нкРНК, изменяются при лейкозах и карциномах человека». Раковая клетка . 12 (3): 215–229. DOI : 10.1016 / j.ccr.2007.07.027 . PMID 17785203 . 
  66. ^ Ло С, Лу Джи, Лю Л, Инь И, Чен С, Хань Х, Ву Б, Сюй Р, Лю В, Янь П, Шао В, Лу З, Ли Х, На Дж, Тан Ф, Ван Дж, Чжан YE, Шен X (май 2016 г.). «Дивергентные днРНК регулируют экспрессию генов и дифференцировку клонов в плюрипотентных клетках» . Стволовая клетка . 18 (5): 637–652. DOI : 10.1016 / j.stem.2016.01.024 . PMID 26996597 . 
  67. ↑ Wang X, Arai S, Song X, Reichart D, Du K, Pascual G, Tempst P, Rosenfeld MG, Glass CK, Kurokawa R (июль 2008 г.). «Индуцированные нкРНК аллостерически модифицируют РНК-связывающие белки в цис-диете для ингибирования транскрипции» . Природа . 454 (7200): 126–130. Bibcode : 2008Natur.454..126W . DOI : 10,1038 / природа06992 . PMC 2823488 . PMID 18509338 .  
  68. Перейти ↑ Adelman K, Egan E (март 2017). «Некодирующая РНК: больше применений для геномного мусора» . Природа . 543 (7644): 183–185. Bibcode : 2017Natur.543..183A . DOI : 10.1038 / 543183a . PMID 28277509 . 
  69. ^ Галлей Р, Kadakkuzha БМ, Faghihi М.А., Magistri М, Zeier Z, Khorkova О, Coito С, Сяо Дж, Лоуренс М, Wahlestedt С (январь 2014). «Регулирование кластера генов аполипопротеина длинной некодирующей РНК» . Отчеты по ячейкам . 6 (1): 222–230. DOI : 10.1016 / j.celrep.2013.12.015 . PMC 3924898 . PMID 24388749 .  
  70. ^ Reinius В, Ши С, Hengshuo л, Сандху К.С., Радомская КДж, Розен Г.Д., Лу л, Kullander К, Williams RW, Jazin Е (ноябрь 2010 г.). «Смещенная к самкам экспрессия длинных некодирующих РНК в доменах, которые избегают X-инактивации у мышей» . BMC Genomics . 11 : 614. DOI : 10.1186 / 1471-2164-11-614 . PMC 3091755 . PMID 21047393 .  
  71. ^ Мартьянов I, Ramadass A, Serra Barros A, Chow N, Akoulitchev A (февраль 2007). «Репрессия гена дигидрофолатредуктазы человека некодирующим мешающим транскриптом». Природа . 445 (7128): 666–670. DOI : 10,1038 / природа05519 . PMID 17237763 . 
  72. ^ Ли JS, Burkholder GD, Латимер LJ, Хауг BL, Braun RP (февраль 1987). «Моноклональные антитела к триплексной ДНК связываются с эукариотическими хромосомами» . Исследования нуклеиновых кислот . 15 (3): 1047–1061. DOI : 10.1093 / NAR / 15.3.1047 . PMC 340507 . PMID 2434928 .  
  73. ^ a b Квек К.Ю., Мерфи С., Фургер А., Томас Б., О'Горман В., Кимура Н., Праудфут Н.Дж., Акулитчев А. (ноябрь 2002 г.). «U1 snRNA связывается с TFIIH и регулирует инициацию транскрипции». Структурная биология природы . 9 (11): 800–805. DOI : 10.1038 / nsb862 . PMID 12389039 . 
  74. ^ Ян S, S туттоновых, Пирс Е, Юн К (ноябрь 2001 года). «Специфическая интерференция двухцепочечной РНК в недифференцированных эмбриональных стволовых клетках мыши» . Молекулярная и клеточная биология . 21 (22): 7807–7816. DOI : 10.1128 / MCB.21.22.7807-7816.2001 . PMC 99950 . PMID 11604515 .  
  75. ^ Yik JH, Chen R, R Нисимура, Дженнингс JL, Link AJ, Чжоу Q (октябрь 2003). «Ингибирование транскрипции киназы P-TEFb (CDK9 / Cyclin T) и РНК-полимеразы II за счет скоординированных действий HEXIM1 и 7SK snRNA». Молекулярная клетка . 12 (4): 971–982. DOI : 10.1016 / S1097-2765 (03) 00388-5 . PMID 14580347 . 
  76. ^ Lander ES, Linton LM, Birren B, Nusbaum C, Zody MC, Baldwin J и др. (Февраль 2001 г.). «Первоначальное секвенирование и анализ генома человека» . Природа . 409 (6822): 860–921. Bibcode : 2001Natur.409..860L . DOI : 10.1038 / 35057062 . PMID 11237011 . 
  77. ^ Waterston RH, Lindblad-Toh K, Birney E, Rogers J, Abril JF, Agarwal P и др. (Декабрь 2002 г.). «Первоначальное секвенирование и сравнительный анализ генома мыши» . Природа . 420 (6915): 520–562. Bibcode : 2002Natur.420..520W . DOI : 10,1038 / природа01262 . PMID 12466850 . 
  78. ^ Лю WM, Чу WM, Choudary PV, Schmid CW (май 1995). «Ингибиторы клеточного стресса и трансляции временно увеличивают количество транскриптов SINE млекопитающих» . Исследования нуклеиновых кислот . 23 (10): 1758–1765. DOI : 10.1093 / nar / 23.10.1758 . PMC 306933 . PMID 7784180 .  
  79. ^ а б Аллен Э., Се З., Густафсон А. М., Сунг Г. Х., Спатафора Дж. В., Кэррингтон Дж. К. (декабрь 2004 г.). «Эволюция генов микроРНК путем инвертированной дупликации последовательностей генов-мишеней в Arabidopsis thaliana». Генетика природы . 36 (12): 1282–1290. DOI : 10.1038 / ng1478 . PMID 15565108 . 
  80. ^ a b Эспиноза CA, Аллен Т.А., Hieb AR, Kugel JF, Goodrich JA (сентябрь 2004 г.). «B2 РНК напрямую связывается с РНК-полимеразой II, подавляя синтез транскриптов». Структурная и молекулярная биология природы . 11 (9): 822–829. DOI : 10.1038 / nsmb812 . PMID 15300239 . 
  81. Перейти ↑ Espinoza CA, Goodrich JA, Kugel JF (апрель 2007 г.). «Характеристика структуры, функции и механизма B2 РНК, репрессора нкРНК транскрипции РНК-полимеразы II» . РНК . 13 (4): 583–596. DOI : 10,1261 / rna.310307 . PMC 1831867 . PMID 17307818 .  
  82. ^ a b c d e f Mariner PD, Walters RD, Espinoza CA, Drullinger LF, Wagner SD, Kugel JF, Goodrich JA (февраль 2008 г.). «Человеческая Alu РНК представляет собой модульный репрессор транскрипции мРНК во время теплового шока». Молекулярная клетка . 29 (4): 499–509. DOI : 10.1016 / j.molcel.2007.12.013 . PMID 18313387 . 
  83. ^ И.Л. Шамовский I, Нудлер E (февраль 2008). «Модульная РНК нагревается». Молекулярная клетка . 29 (4): 415–417. DOI : 10.1016 / j.molcel.2008.02.001 . PMID 18313380 . 
  84. ^ Маттик JS (октябрь 2003). «Бросая вызов догме: скрытый слой небелковых РНК в сложных организмах». BioEssays . 25 (10): 930–939. CiteSeerX 10.1.1.476.7561 . DOI : 10.1002 / bies.10332 . PMID 14505360 .  
  85. ^ Мохаммад Р, Пандей Р. Р., Нагано Т, Chakalova л, Мондал Т, Р Фрейзера, Kanduri С (июнь 2008 г.). «Некодирующая РНК Kcnq1ot1 / Lit1 опосредует подавление транскрипции путем нацеливания на перинуклеолярную область» . Молекулярная и клеточная биология . 28 (11): 3713–3728. DOI : 10.1128 / MCB.02263-07 . PMC 2423283 . PMID 18299392 .  
  86. ^ Wutz A, Rasmussen TP, Йениш R (февраль 2002). «Хромосомное молчание и локализация опосредуются различными доменами РНК Xist». Генетика природы . 30 (2): 167–174. DOI : 10.1038 / ng820 . PMID 11780141 . 
  87. ^ Zearfoss NR, Chan AP, Kloc M, Аллен LH, Etkin LD (апрель 2003). «Идентификация новых членов семейства Xlsirt в ооците Xenopus laevis». Механизмы развития . 120 (4): 503–509. DOI : 10.1016 / S0925-4773 (02) 00459-8 . PMID 12676327 . 
  88. ^ Singh K, M Carey, Saragosti S, M Botchan (1985). «Экспрессия повышенных уровней транскриптов малой РНК-полимеразы III, кодируемых повторами B2, в клетках мыши, трансформированных обезьяньим вирусом 40». Природа . 314 (6011): 553–556. Bibcode : 1985Natur.314..553S . DOI : 10.1038 / 314553a0 . PMID 2581137 . 
  89. ^ Тан RB, Ван Г, Л Г, Сюн J, Li HH, Ая XH, Ль HQ (февраль 2005). «Повышенный уровень полимеразы III, транскрибированной Alu РНК в ткани гепатоцеллюлярной карциномы». Молекулярный канцерогенез . 42 (2): 93–96. DOI : 10.1002 / mc.20057 . PMID 15593371 . 
  90. ^ a b Шамовский I, Нудлер Э (октябрь 2006 г.). «Контроль генов с помощью больших некодирующих РНК». STKE науки . 2006 (355): pe40. DOI : 10.1126 / stke.3552006pe40 . PMID 17018852 . 
  91. ^ a b Dieci G, Fiorino G, Castelnuovo M, Teichmann M, Pagano A (декабрь 2007 г.). «Расширяющийся транскриптом РНК-полимеразы III». Тенденции в генетике . 23 (12): 614–622. DOI : 10.1016 / j.tig.2007.09.001 . hdl : 11381/1706964 . PMID 17977614 . 
  92. ^ Пагано JM, Фарли Б.М., McCoig LM, Ryder SP (март 2007). «Молекулярные основы распознавания РНК по детерминанте эмбриональной полярности MEX-5» . Журнал биологической химии . 282 (12): 8883–8894. DOI : 10.1074 / jbc.M700079200 . PMID 17264081 . 
  93. ^ Yoon JH, Абдельмохсен K, Gorospe M (октябрь 2013 г. ). «Посттранскрипционная регуляция генов длинной некодирующей РНК» . Журнал молекулярной биологии . 425 (19): 3723–3730. DOI : 10.1016 / j.jmb.2012.11.024 . PMC 3594629 . PMID 23178169 .  
  94. ^ а б Бельтран М., Пуч I, Пенья С., Гарсия Дж. М., Альварес А. Б., Пенья Р., Бонилья Ф., де Эррерос АГ (март 2008 г.). «Природный антисмысловой транскрипт регулирует экспрессию гена Zeb2 / Sip1 во время эпителиально-мезенхимального перехода, вызванного Snail1» . Гены и развитие . 22 (6): 756–769. DOI : 10,1101 / gad.455708 . PMC 2275429 . PMID 18347095 .  
  95. ^ Манро SH, Лазар MA (ноябрь 1991). «Ингибирование сплайсинга мРНК c-erbA природной антисмысловой РНК» . Журнал биологической химии . 266 (33): 22083–22086. PMID 1657988 . 
  96. ^ Tiedge Н , Чен Вт, Brosius J (июнь 1993). «Первичная структура, нервно-специфическая экспрессия и дендритная локализация человеческой РНК BC200» . Журнал неврологии . 13 (6): 2382–2390. DOI : 10.1523 / JNEUROSCI.13-06-02382.1993 . PMC 6576500 . PMID 7684772 .  
  97. ^ Tiedge Н, Fremeau РТ, Вайнсток РН, О Arancio, Brosius J (март 1991). «Дендритное расположение нейральной РНК BC1» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 88 (6): 2093–2097. Bibcode : 1991PNAS ... 88.2093T . DOI : 10.1073 / pnas.88.6.2093 . PMC 51175 . PMID 1706516 .  
  98. ^ Муслимов И.А., Banker G, J Brosius, Tiedge H (июнь 1998). «Зависимая от активности регуляция дендритной РНК BC1 в нейронах гиппокампа в культуре» . Журнал клеточной биологии . 141 (7): 1601–1611. DOI : 10.1083 / jcb.141.7.1601 . PMC 1828539 . PMID 9647652 .  
  99. ^ Ван H, Iacoangeli A, D Lin, Williams K, Денман RB, Hellen CU, Tiedge H (декабрь 2005). «Дендритная РНК BC1 в механизмах контроля трансляции» . Журнал клеточной биологии . 171 (5): 811–821. DOI : 10,1083 / jcb.200506006 . PMC 1828541 . PMID 16330711 .  
  100. ^ Centonze D, Росси S, Napoli Я, Mercaldo В, Lacoux С, Ferrari F, Ciotti МТ, Де Кьяра В, Prosperetti С, Maccarrone М, Fezza Р, Р Калабрези, Бернарди G, Баньи С (август 2007). «Цитоплазматическая РНК BC1 мозга регулирует опосредованную рецептором дофамина D2 передачу в полосатом теле» . Журнал неврологии . 27 (33): 8885–8892. DOI : 10.1523 / JNEUROSCI.0548-07.2007 . PMC 6672174 . PMID 17699670 .  
  101. ^ Lewejohann л, Скрябин Б. В., Sachser Н, Prehn С, Р Heiduschka, Танос S, Джордан U, G Dell'Omo, Vyssotski А.Л., Плескачева М.Г., Lipp НР, Tiedge Н, J Brosius, До Н (сентябрь 2004 г.). «Роль нейрональной малой не-мессенджерской РНК: поведенческие изменения у мышей с удаленной РНК BC1». Поведенческие исследования мозга . 154 (1): 273–289. CiteSeerX 10.1.1.572.8071 . DOI : 10.1016 / j.bbr.2004.02.015 . PMID 15302134 .  
  102. ↑ Golden DE, Gerbasi VR, Sontheimer EJ (август 2008 г.). «Внутренняя работа для миРНК» . Молекулярная клетка . 31 (3): 309–312. DOI : 10.1016 / j.molcel.2008.07.008 . PMC 2675693 . PMID 18691963 .  
  103. ↑ Czech B, Malone CD, Zhou R, Stark A, Schlingeheyde C, Dus M, Perrimon N, Kellis M, Wohlschlegel JA, Sachidanandam R, Hannon GJ, Brennecke J (июнь 2008 г.). «Эндогенный путь малой интерферирующей РНК у дрозофилы» . Природа . 453 (7196): 798–802. Bibcode : 2008Natur.453..798C . DOI : 10,1038 / природа07007 . PMC 2895258 . PMID 18463631 .  
  104. ^ a b Огава Y, Sun BK, Lee JT (июнь 2008 г.). «Пересечение путей РНК-интерференции и X-инактивации» . Наука . 320 (5881): 1336–1341. Bibcode : 2008Sci ... 320.1336O . DOI : 10.1126 / science.1157676 . PMC 2584363 . PMID 18535243 .  
  105. ^ Кифер JC (апрель 2007). «Эпигенетика в развитии» . Динамика развития . 236 (4): 1144–1156. DOI : 10.1002 / dvdy.21094 . PMID 17304537 . 
  106. ^ a b Миккельсен Т.С., Ку М., Яффе Д.Б., Иссак Б., Либерман Э., Джаннукос Г., Альварес П., Брокман В., Ким Т.К., Коче Р.П., Ли В., Менденхолл Э., О'Донован А., Прессер А., Расс С., Xie X, Meissner A, Wernig M, Jaenisch R, Nusbaum C, Lander ES, Bernstein BE (август 2007 г.). «Полногеномные карты состояния хроматина в плюрипотентных и клонально-коммитированных клетках» . Природа . 448 (7153): 553–560. Bibcode : 2007Natur.448..553M . DOI : 10,1038 / природа06008 . PMC 2921165 . PMID 17603471 .  
  107. ^ Nickerson JA, Krochmalnic G, Ван К.М., Penman S (январь 1989). «Архитектура хроматина и ядерная РНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 86 (1): 177–181. Bibcode : 1989PNAS ... 86..177N . DOI : 10.1073 / pnas.86.1.177 . PMC 286427 . PMID 2911567 .  
  108. ^ Родригес-Кампос A, Azorín F (ноябрь 2007). «РНК - неотъемлемый компонент хроматина, который способствует его структурной организации» . PLOS ONE . 2 (11): e1182. Bibcode : 2007PLoSO ... 2.1182R . DOI : 10.1371 / journal.pone.0001182 . PMC 2063516 . PMID 18000552 .  
  109. ^ Chen X, Xu H, Yuan P, Fang F, Huss M, Vega VB, Wong E, Orlov YL, Zhang W, Jiang J, Loh YH, Yeo HC, Yeo ZX, Narang V, Govindarajan KR, Leong B, Shahab А, Руан И, Бурк Дж, Сунг В.К., Кларк Н.Д., Вей С.Л., Нг ХХ (июнь 2008 г.). «Интеграция внешних сигнальных путей с основной транскрипционной сетью в эмбриональных стволовых клетках». Cell . 133 (6): 1106–1117. DOI : 10.1016 / j.cell.2008.04.043 . PMID 18555785 . 
  110. ^ a b c Rinn JL, Kertesz M, Wang JK, Squazzo SL, Xu X, Brugmann SA, Goodnough LH, Helms JA, Farnham PJ, Segal E, Chang HY (июнь 2007 г.). «Функциональное разграничение активных и молчащих доменов хроматина в локусах HOX человека некодирующими РНК» . Cell . 129 (7): 1311–1323. DOI : 10.1016 / j.cell.2007.05.022 . PMC 2084369 . PMID 17604720 .  
  111. ^ a b Sanchez-Elsner T, Gou D, Kremmer E, Sauer F (февраль 2006 г.). «Некодирующие РНК элементов ответа триторакса рекрутируют Drosophila Ash1 в Ultrabithorax». Наука . 311 (5764): 1118–1123. Bibcode : 2006Sci ... 311.1118S . DOI : 10.1126 / science.1117705 . PMID 16497925 . 
  112. ↑ Jia L, Wang Y, Wang C, Du Z, Zhang S, Wen X, Zhang S (2020). «Oplr16 служит новым фактором хроматина для управления судьбой стволовых клеток путем модуляции плюрипотентно-специфичного образования петель хромосом и TET2-опосредованного деметилирования ДНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 48 (7): 3935–3948. DOI : 10.1093 / NAR / gkaa097 . PMC 7144914 . PMID 32055844 .  
  113. ^ Мазо A, Ходжсон JW, Петрук S, Sedkov Y, Брок HW (август 2007). «Транскрипционная интерференция: неожиданный уровень сложности в регуляции генов» . Журнал клеточной науки . 120 (Pt 16): 2755–2761. DOI : 10,1242 / jcs.007633 . PMID 17690303 . 
  114. ^ Денисенко О, Шнырева М, Сузуки Х, Бомштык К (октябрь 1998 г.). «Точечные мутации в домене WD40 Eed блокируют его взаимодействие с Ezh2» . Молекулярная и клеточная биология . 18 (10): 5634–5642. DOI : 10,1128 / MCB.18.10.5634 . PMC 109149 . PMID 9742080 .  
  115. ^ Катаяма S, Tomaru Y, Kasukawa Т, Ваки К, Наканиши М, Накамура М, Нишиды Н, Яп CC, Suzuki М, Kawai Дж, Сузуки Н, Carninci Р, Хаясидзаки Y, Скважины С, Фрит М, Равази Т, Pang KC, Халлинан Дж., Маттик Дж., Хьюм Д.А., Липович Л., Баталов С., Энгстрём П.Г., Мизуно Ю., Фагихи М.А., Санделин А., Чок А.М., Моттагуи-Табар С., Лян З, Ленхард Б., Валестедт С. (сентябрь 2005 г.). «Антисмысловая транскрипция в транскриптоме млекопитающих». Наука . 309 (5740): 1564–1566. Bibcode : 2005Sci ... 309.1564R . DOI : 10.1126 / science.1112009 . PMID 16141073 . 
  116. ^ a b c Yu W, Gius D, Onyango P, Muldoon-Jacobs K, Karp J, Feinberg AP, Cui H (январь 2008 г.). «Эпигенетическое молчание гена-супрессора опухолей р15 с помощью его антисмысловой РНК» . Природа . 451 (7175): 202–206. Bibcode : 2008Natur.451..202Y . DOI : 10,1038 / природа06468 . PMC 2743558 . PMID 18185590 .  
  117. ^ Pauler FM, Кернер М.В., Barlow DP (июнь 2007). «Молчание с помощью импринтированных некодирующих РНК: ответ на вопрос - транскрипция?» . Тенденции в генетике . 23 (6): 284–292. DOI : 10.1016 / j.tig.2007.03.018 . PMC 2847181 . PMID 17445943 .  
  118. ^ Braidotti G, Baubec Т, Pauler Р, Сейдл С, Smrzka О, S Стрикер, Yotova I, Барлоу DP (2004). «Некодирующая РНК Air: импринтированный транскрипт цис-сайленсинга» . Симпозиумы Колд-Спринг-Харбор по количественной биологии . 69 : 55–66. DOI : 10.1101 / sqb.2004.69.55 . PMC 2847179 . PMID 16117633 .  
  119. ^ Mitsuya К, М Мегуро, Ли МП, Като М, Шульц ТК, Kugoh Н, Yoshida М.А., Niikawa N, Феинберг А.П., Oshimura М (июль 1999 г.). «LIT1, импринтированная антисмысловая РНК в локусе KvLQT1 человека, идентифицированная путем скрининга дифференциально экспрессируемых транскриптов с использованием монохромосомных гибридов» . Молекулярная генетика человека . 8 (7): 1209–1217. DOI : 10.1093 / HMG / 8.7.1209 . PMID 10369866 . 
  120. ^ Mancini-DiNardo D, Steele SJ, Levorse JM, Ingram RS, Tilghman SM (май 2006). «Удлинение транскрипта Kcnq1ot1 необходимо для геномного импринтинга соседних генов» . Гены и развитие . 20 (10): 1268–1282. DOI : 10,1101 / gad.1416906 . PMC 1472902 . PMID 16702402 .  
  121. ^ a b Умлауф Д., Гото Y, Цао Р., Черкейра Ф., Вагшал А., Чжан Ю., Фейл Р. (декабрь 2004 г.). «Импринтинг вдоль домена Kcnq1 на хромосоме 7 мыши включает репрессивное метилирование гистонов и рекрутирование комплексов группы Polycomb». Генетика природы . 36 (12): 1296–1300. DOI : 10.1038 / ng1467 . PMID 15516932 . 
  122. ^ Sleutels F, Цварт R, Barlow DP (февраль 2002). «Некодирующая РНК воздуха необходима для подавления аутосомно импринтированных генов». Природа . 415 (6873): 810–813. Bibcode : 2002Natur.415..810S . DOI : 10.1038 / 415810a . PMID 11845212 . 
  123. ^ Цварт R, Sleutels F, Wutz A, Шинкель AH, Barlow DP (сентябрь 2001). «Двунаправленное действие элемента управления импринтом Igf2r на гены, импринтированные выше и ниже по течению» . Гены и развитие . 15 (18): 2361–2366. DOI : 10,1101 / gad.206201 . PMC 312779 . PMID 11562346 .  
  124. ↑ Fournier C, Goto Y, Ballestar E, Delaval K, Hever AM, Esteller M, Feil R (декабрь 2002 г.). «Аллель-специфическое метилирование лизина гистонов маркирует регуляторные области на импринтированных генах мыши» . Журнал EMBO . 21 (23): 6560–6570. DOI : 10,1093 / emboj / cdf655 . PMC 136958 . PMID 12456662 .  
  125. ^ a b Wutz A, Gribnau J (октябрь 2007 г.). "X-инактивация Xplained". Текущее мнение в области генетики и развития . 17 (5): 387–393. DOI : 10.1016 / j.gde.2007.08.001 . PMID 17869504 . 
  126. ^ Мори C, P Navarro, Debrand E, P Авнер, Rougeulle C, Клерк P (февраль 2004). «Область 3 'к Xist опосредует подсчет Х-хромосом и диметилирование H3 Lys-4 в гене Xist» . Журнал EMBO . 23 (3): 594–604. DOI : 10.1038 / sj.emboj.7600071 . PMC 1271805 . PMID 14749728 .  
  127. ^ Costanzi C, Pehrson JR (июнь 1998). «Гистон macroH2A1 сконцентрирован в неактивной Х-хромосоме самок млекопитающих». Природа . 393 (6685): 599–601. Bibcode : 1998Natur.393..599C . DOI : 10,1038 / 31275 . PMID 9634239 . 
  128. Перейти ↑ Blasco MA (октябрь 2007 г.). «Длина теломер, стволовые клетки и старение». Природа Химическая биология . 3 (10): 640–649. DOI : 10.1038 / nchembio.2007.38 . PMID 17876321 . 
  129. ^ a b Schoeftner S, Blasco MA (февраль 2008 г.). «Онтогенетически регулируемая транскрипция теломер млекопитающих с помощью ДНК-зависимой РНК-полимеразы II». Природа клеточной биологии . 10 (2): 228–236. DOI : 10.1038 / ncb1685 . PMID 18157120 . 
  130. ^ a b Аззалин К.М., Райхенбах П., Хориаули Л., Джулотто Е., Лингнер Дж. (ноябрь 2007 г.). «Теломерный повтор, содержащий факторы наблюдения РНК и РНК на концах хромосом млекопитающих». Наука . 318 (5851): 798–801. Bibcode : 2007Sci ... 318..798A . DOI : 10.1126 / science.1147182 . PMID 17916692 . 
  131. ^ Donley N, Stoffregen EP, Smith L, C Montagna, Тайер MJ (апрель 2013 г. ). Бартоломей М.С. (ред.). «Асинхронная репликация, моноаллельная экспрессия и дальнодействующие цис-эффекты ASAR6» . PLOS Genetics . 9 (4): e1003423. DOI : 10.1371 / journal.pgen.1003423 . PMC 3617217 . PMID 23593023 .  
  132. ^ Donley N, L Smith, Тайер MJ (январь 2015). Бартоломей М.С. (ред.). «ASAR15, цис-действующий локус, который контролирует время репликации по всей хромосоме и стабильность хромосомы 15 человека» . PLOS Genetics . 11 (1): e1004923. DOI : 10.1371 / journal.pgen.1004923 . PMC 4287527 . PMID 25569254 .  
  133. ^ Хескетт MB, Smith LG, Спеллман P, Тайер MJ (июнь 2020). «Взаимная моноаллельная экспрессия генов днРНК ASAR контролирует время репликации хромосомы 6 человека» . РНК . 26 (6): 724–738. DOI : 10,1261 / rna.073114.119 . PMID 32144193 . 
  134. ^ Lukiw WJ, Хэндли P, Вонг L, сортире Маклэчлэн DR (июнь 1992). «РНК BC200 в нормальном неокортексе человека, деменции, не связанной с болезнью Альцгеймера (НАД), и сенильной деменции типа Альцгеймера (БА)». Нейрохимические исследования . 17 (6): 591–597. DOI : 10.1007 / bf00968788 . PMID 1603265 . 
  135. ^ Watson JB, Сатклифф JG (сентябрь 1987). «Специфический цитоплазматический транскрипт мозга приматов семейства Alu-повторов» . Молекулярная и клеточная биология . 7 (9): 3324–3327. DOI : 10,1128 / MCB.7.9.3324 . PMC 367971 . PMID 2444875 .  
  136. ^ a b Fu X, Ravindranath L, Tran N, Petrovics G, Srivastava S (март 2006 г.). «Регулирование апоптоза с помощью некодирующего гена, специфичного и связанного с раком простаты, PCGEM1». ДНК и клеточная биология . 25 (3): 135–141. DOI : 10.1089 / dna.2006.25.135 . PMID 16569192 . 
  137. Перейти ↑ Lin R, Maeda S, Liu C, Karin M, Edgington TS (февраль 2007 г.). «Большая некодирующая РНК является маркером гепатоцеллюлярной карциномы мышей и ряда карцином человека» . Онкоген . 26 (6): 851–858. DOI : 10.1038 / sj.onc.1209846 . PMID 16878148 . 
  138. ^ Reis EM, Nakaya HI, Louro R, Canavez FC, Flatschart AV, Almeida GT, Egidio CM, Paquola AC, Machado AA, Festa F, Yamamoto D, Alvarenga R, da Silva CC, Brito GC, Simon SD, Moreira-Filho Калифорния, Лейте КР, Камара-Лопес Л.Х., Кампос Ф.С., Гимба Э., Виньял Г.М., Эль-Дорри Х., Согаяр М.С., Барчински М.А., да Силва А.М., Верджовски-Алмейда С. (август 2004 г.). «Уровни антисмысловой интронной некодирующей РНК коррелируют со степенью дифференцировки опухоли при раке простаты» . Онкоген . 23 (39): 6684–6692. DOI : 10.1038 / sj.onc.1207880 . PMID 15221013 . 
  139. ^ Айс PS, Tam W, вс L, Chadburn A, Li Z, Гомес MF, Лунд E, Дахлберг JE (март 2005). «Накопление miR-155 и BIC РНК в человеческих В-клеточных лимфомах» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 102 (10): 3627–3632. Bibcode : 2005PNAS..102.3627E . DOI : 10.1073 / pnas.0500613102 . PMC 552785 . PMID 15738415 .  
  140. Перейти ↑ Li J, Witte DP, Van Dyke T, Askew DS (апрель 1997 г.). «Экспрессия предполагаемого протоонкогена His-1 в нормальных и опухолевых тканях» . Американский журнал патологии . 150 (4): 1297–1305. PMC 1858164 . PMID 9094986 .  
  141. ^ Sonkoly Е, Бата-Чёргё Z, Pivarcsi А, Полянка Н, Kenderessy-Сзабо А, G Мольнар, Szentpali К, Бари л, Megyeri К, Манди Y, Dobozy A, Кемени л, Селл М (июнь 2005 г.). «Идентификация и характеристика нового, связанного с восприимчивостью к псориазу некодирующего гена РНК, PRINS» (PDF) . Журнал биологической химии . 280 (25): 24159–24167. DOI : 10.1074 / jbc.M501704200 . PMID 15855153 .  
  142. ^ Исии Н., Одзаки К., Сато Х, Мизуно Х, Сайто С., Такахаши А., Миямото Ю., Икегава С., Каматани Н., Хори М., Сайто С., Накамура Ю., Танака Т. (2006). «Идентификация новой некодирующей РНК, MIAT, которая создает риск инфаркта миокарда» . Журнал генетики человека . 51 (12): 1087–1099. DOI : 10.1007 / s10038-006-0070-9 . PMID 17066261 . 
  143. ^ МакФерсон Р, Pertsemlidis А, Kavaslar Н, Стюарт А, Робертс R, Кокс Д.Р., Хайндз Д.А., Pennacchio Л.А., Tybjaerg-Hansen A, Фолс А.Р., Boerwinkle Е, Хоббс HH, Коэн JC (июнь 2007 г.). «Распространенный аллель на хромосоме 9, связанный с ишемической болезнью сердца» . Наука . 316 (5830): 1488–1491. Bibcode : 2007Sci ... 316.1488M . DOI : 10.1126 / science.1142447 . PMC 2711874 . PMID 17478681 .  
  144. ^ Pasmant E, Laurendeau I, Héron D, Vidaud M, Vidaud D, Bièche I (апрель 2007 г.). «Характеристика делеции зародышевой линии, включая весь локус INK4 / ARF, в семействе опухолей меланома-нервная система: идентификация ANRIL, антисмысловой некодирующей РНК, экспрессия которой совпадает с ARF» . Исследования рака . 67 (8): 3963–3969. DOI : 10.1158 / 0008-5472.CAN-06-2004 . PMID 17440112 . 
  145. ^ Broadbent HM, Peden JF, Lorkowski S, Goel A, Ongen H, Green F, Clarke R, Collins R, Franzosi MG, Tognoni G, Seedorf U, Rust S, Eriksson P, Hamsten A, Farrall M, Watkins H (март 2008 г.). «Восприимчивость к ишемической болезни сердца и диабету кодируется отдельными, тесно связанными SNP в локусе ANRIL на хромосоме 9p» . Молекулярная генетика человека . 17 (6): 806–814. DOI : 10,1093 / HMG / ddm352 . PMID 18048406 . 
  146. ^ a b Джаринова О., Стюарт А.Ф., Робертс Р., Уэллс Г., Лау П., Наинг Т., Буэрки С., Маклин Б.В., Кук Р.С., Паркер Дж.С., Макферсон Р. (октябрь 2009 г.). «Функциональный анализ локуса риска ишемической болезни сердца на хромосоме 9p21.3» . Артериосклероз, тромбоз и биология сосудов . 29 (10): 1671–1677. DOI : 10.1161 / ATVBAHA.109.189522 . PMID 19592466 . 
  147. ^ Лю Y, Санофф HK, Чо Х, Бурд CE, Торрис C, Молке KL, Ибрагим JG, Томас NE, Шарплесс NE (апрель 2009 г.). «Экспрессия транскрипта INK4 / ARF связана с вариантами хромосомы 9p21, связанными с атеросклерозом» . PLOS ONE . 4 (4): e5027. Bibcode : 2009PLoSO ... 4.5027L . DOI : 10.1371 / journal.pone.0005027 . PMC 2660422 . PMID 19343170 .  
  148. ^ Ширасава С, Харада Х, Фуругаки К., Акамизу Т, Исикава Н., Ито К., Ито К., Тамай Х, Кума К., Кубота С., Хиратани Х, Цучия Т, Баба I, Ишикава М, Танака М, Сакаи К., Аоки М., Ямамото К., Сасадзуки Т. (октябрь 2004 г.). «SNP в промоторе B-клеточного антисмыслового транскрипта, SAS-ZFAT, определяют предрасположенность к аутоиммунному заболеванию щитовидной железы». Молекулярная генетика человека . 13 (19): 2221–2231. DOI : 10,1093 / HMG / ddh245 . PMID 15294872 . 
  149. ^ Faghihi М.А., Modarresi F, Халил AM, Wood DE, Sahagan BG, Morgan TE, Finch CE, St Laurent G, Kenny PJ, Wahlestedt C (июль 2008). «Экспрессия некодирующей РНК повышается при болезни Альцгеймера и обеспечивает быструю прямую регуляцию бета-секретазы» . Природная медицина . 14 (7): 723–730. DOI : 10.1038 / nm1784 . PMC 2826895 . PMID 18587408 .  
  150. ^ Tufarelli C, Стенли JA, Гаррик D, Шарп JA, Айюб H, Wood WG, Хиггс DR (июнь 2003). «Транскрипция антисмысловой РНК, приводящая к молчанию и метилированию генов, как новая причина генетического заболевания человека». Генетика природы . 34 (2): 157–165. DOI : 10.1038 / ng1157 . PMID 12730694 .