Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Схема действия микроРНК (миРНК) с мРНК
Примеры стволовых петель miRNA, зрелые miRNA показаны красным

МикроРНК (сокращенно микроРНК ) представляет собой небольшой одноцепочечный некодирующие РНК молекулы (содержащий около 22 нуклеотидов ) содержится в растениях, животных и некоторых вирусов, который функционирует в РНК глушителей и пост-транскрипционной регуляции экспрессии генов . [1] miRNA функционируют посредством образования пар оснований с комплементарными последовательностями в молекулах мРНК . [2] В результате эти молекулы мРНК заглушаются одним или несколькими из следующих процессов: (1) расщепление цепи мРНК на две части, (2) дестабилизация мРНК за счет укорочения ее поли (A) хвоста.и (3) менее эффективная трансляция мРНК в белки рибосомами . [2] [3]

miRNA напоминают малые интерферирующие РНК (siRNA) пути РНК-интерференции (RNAi) , за исключением того, что miRNA происходят из областей транскриптов РНК, которые складываются сами по себе, образуя короткие шпильки, тогда как siRNA происходят из более длинных областей двухцепочечной РНК . [4] геном человека может кодировать более чем 1900 микроРНК, [5] , хотя и более недавний анализ указывает на то, что число ближе к 600. [6]

miRNAs широко распространены во многих типах клеток млекопитающих [7] [8] и в виде внеклеточных циркулирующих miRNAs . [9] Циркулирующие миРНК попадают в жидкости организма, включая кровь и спинномозговую жидкость, и потенциально могут быть доступны в качестве биомаркеров при ряде заболеваний. [9] [10] MiRNA нацелены на около 60% генов человека и других млекопитающих. [11] [12] Многие miRNA эволюционно консервативны, что означает, что они выполняют важные биологические функции. [6] [1]Например, 90 семейств miRNA были законсервированы, по крайней мере, со времен общего предка млекопитающих и рыб, и большинство из этих консервативных miRNAs имеют важные функции, как показали исследования, в которых были выбиты гены для одного или нескольких членов семейства. у мышей. [1]

История [ править ]

Первая миРНК была открыта в начале 1990-х годов. [13] Однако miRNA не были признаны отдельным классом биологических регуляторов до начала 2000-х годов. [14] [15] [16] [17] [18] Исследование miRNA выявило различные наборы miRNA, экспрессируемые в разных типах клеток и тканях [8] [19], и множественные роли miRNA в развитии растений и животных, а также во многих других биологических процессы. [20] [21] [22] [23] [24] [25] [26] Аберрантная экспрессия miRNA участвует в болезненных состояниях. Терапия на основе MiRNA находится на стадии исследования. [27] [28] [29] [30]

Первая miRNA была открыта в 1993 году группой под руководством Амброса, в которую входили Ли и Фейнбаум. Однако для дополнительного понимания его образа действий потребовались одновременно опубликованные работы команды Рувкуна , включая Вайтмана и Ха. [13] [31] Эти группы опубликовали несколько статей о гене lin-4 , который, как известно, контролирует время личиночного развития C. elegans путем репрессии гена lin-14 . Когда Ли и др. изолировали miRNA lin-4 , они обнаружили, что вместо выработки мРНК, кодирующей белок, она вырабатывала короткие некодирующие РНК., Один из которых был ~ 22-нуклеотид РНК , который содержал последовательности , частично комплементарные к нескольким последовательностям в UTR 3' из лин-14 мРНК. [13] Эта комплементарность была предложена для ингибирования трансляции мРНК lin-14 в белок LIN-14. В то время считалось, что малая РНК lin-4 является идиосинкразией нематод .

В 2000 году была охарактеризована вторая малая РНК: let-7 RNA, которая репрессирует lin-41, чтобы способствовать более позднему переходу в развитии у C. elegans . [14] Было обнаружено, что РНК let-7 консервативна у многих видов, что привело к предположению, что РНК let-7 и дополнительные «малые временные РНК» могут регулировать время развития у различных животных, включая человека. [15]

Годом позже было обнаружено , что lin-4 и let-7 РНК являются частью большого класса малых РНК, присутствующих в клетках C. elegans , дрозофилы и человека. [16] [17] [18] Многие РНК этого класса напоминают РНК lin-4 и let-7 , за исключением того, что их паттерны экспрессии обычно несовместимы с ролью в регуляции времени развития. Это предполагает, что большинство из них может функционировать в других типах регуляторных путей. С этого момента исследователи начали использовать термин «микроРНК» для обозначения этого класса малых регуляторных РНК. [16] [17] [18]

Первым заболеванием человека, связанным с нарушением регуляции miRNA, был хронический лимфоцитарный лейкоз . При этом заболевании miRNA играют двойную роль, работая как супрессоры опухолей, так и онкогены. [32]

Номенклатура [ править ]

В соответствии со стандартной системой номенклатуры имена присваиваются экспериментально подтвержденным miRNA перед публикацией. [33] [34] За префиксом miR следует тире и число, последнее часто указывает порядок именования. Например, miR-124 был назван и, вероятно, обнаружен до miR-456. «MiR-» с заглавной буквы относится к зрелой форме miRNA, а «mir-» без заглавной буквы относится к pre-miRNA и pri-miRNA. [35] Гены, кодирующие miRNA, также называются с использованием того же трехбуквенного префикса в соответствии с правилами номенклатуры генов организма. Например, официальные названия генов miRNA у некоторых организмов - « mir-1 у C. elegans и Drosophila, Mir-1 вRattus norvegicus и МИР-25 у человека.

miRNA с почти идентичными последовательностями, за исключением одного или двух нуклеотидов, помечаются дополнительной строчной буквой. Например, miR-124a тесно связана с miR-124b. Например:

hsa-miR-181a :aacauucaACgcugucggugAgu
hsa-miR-181b :aacauucaUUgcugucggugGgu

Пре-миРНК, при-миРНК и гены, которые приводят к 100% идентичным зрелым миРНК, но которые расположены в разных местах генома, обозначаются дополнительным суффиксом в виде тире. Например, пре-миРНК hsa-mir-194-1 и hsa-mir-194-2 приводят к идентичной зрелой миРНК (hsa-miR-194), но происходят из генов, расположенных в разных областях генома.

Виды происхождения обозначены трехбуквенным префиксом, например, hsa-miR-124 - это миРНК человека ( Homo sapiens ), а oar-miR-124 - миРНК овцы ( Ovis aries ). Другие распространенные префиксы включают «v» для вируса (miRNA, кодируемая вирусным геномом) и «d» для miRNA дрозофилы (плодовая муха, обычно изучаемая в генетических исследованиях).

Когда две зрелые микроРНК происходят из противоположных ветвей одной и той же пре-миРНК и обнаруживаются в примерно одинаковом количестве, они обозначаются суффиксом -3p или -5p. (В прошлом это различие также проводилось с помощью «s» ( смысл ) и «as» (антисмысловой)). Однако зрелых микроРНК, обнаруженных в одном плече шпильки, обычно гораздо больше, чем в другом плече [4], и в этом случае звездочка после названия указывает на зрелые виды, обнаруженные на низких уровнях в противоположном плече шпильки. шпилька. Например, miR-124 и miR-124 * имеют общую шпильку пре-miRNA, но в клетке обнаруживается гораздо больше miR-124.

Цели [ править ]

MiRNA растений обычно имеют почти идеальное спаривание со своими мРНК-мишенями, что вызывает репрессию генов через расщепление транскриптов-мишеней. [20] Напротив, миРНК животных способны распознавать свои мРНК-мишени, используя всего 6-8 нуклеотидов (затравочная область) на 5'-конце миРНК, [11] [36] [37] что не является достаточно спаривания, чтобы вызвать расщепление целевых мРНК. [2] Комбинаторная регуляция - это особенность регуляции miRNA у животных. [2] [38] Данная миРНК может иметь сотни различных мишеней мРНК, и данная мишень может регулироваться множеством миРНК. [12] [39]

Оценки среднего числа уникальных информационных РНК, которые являются мишенями для репрессии с помощью типичных miRNA, варьируются в зависимости от метода оценки [40], но множественные подходы показывают, что miRNA млекопитающих могут иметь много уникальных мишеней. Напр., Анализ miRNAs, высококонсервативных у позвоночных, показывает, что каждая имеет в среднем примерно 400 консервативных мишеней. [12] Аналогичным образом, эксперименты показывают, что один вид miRNA может снижать стабильность сотен уникальных информационных РНК. [41] Другие эксперименты показывают, что один вид miRNA может подавлять продукцию сотен белков, но эта репрессия часто бывает относительно мягкой (гораздо меньше, чем в 2 раза). [42] [43]Первым заболеванием человека, связанным с нарушением регуляции miRNA, был хронический лимфолейкоз . Последовали и другие В-клеточные злокачественные новообразования.

Биогенез [ править ]

До 40% генов miRNA могут находиться в интронах или даже экзонах других генов. [44] Они обычно, хотя и не исключительно, обнаруживаются в смысловой ориентации [45] [46] и, таким образом, обычно регулируются вместе с их генами хозяина. [44] [47] [48]

ДНК-матрица - не последнее слово в вопросе продукции зрелой миРНК: 6% человеческих миРНК демонстрируют редактирование РНК ( IsomiRs ), сайт-специфическую модификацию последовательностей РНК для получения продуктов, отличных от тех, которые кодируются их ДНК. Это увеличивает разнообразие и объем действия miRNA, выходящий за рамки того, что подразумевается только геномом.

Транскрипция [ править ]

Гены miRNA обычно транскрибируются РНК-полимеразой II (Pol II). [49] [50] Полимераза часто связывается с промотором, который находится рядом с последовательностью ДНК, кодируя то, что станет шпилькой пре-миРНК. Полученный транскрипт кэпирован специально модифицированным нуклеотидом на 5'-конце, полиаденилирован множеством аденозинов (поли (A) хвост) [49] [45] и сплайсирован . МикроРНК животных изначально транскрибируются как часть одного плеча стволовой петли РНК из 80 нуклеотидов, которая, в свою очередь, образует часть предшественника миРНК длиной в несколько сотен нуклеотидов, называемого при-миРНК. [49] [45]Когда предшественник «стебель-петля» обнаруживается в 3'-UTR, транскрипт может служить в качестве при-миРНК и мРНК. [45] РНК-полимераза III (Pol III) транскрибирует некоторые miRNA, особенно с последовательностями Alu , передающими РНК (тРНК) и промоторными единицами с широким вкраплением повторов (MWIR) млекопитающих. [51]

Ядерная обработка [ править ]

Кристаллическая структура человеческого Drosha белка в комплексе с C-концевых спиралями два DGCR8 молекул (зеленого цвета). Дроша состоит из двух доменов рибонуклеазы III (синего и оранжевого); двухцепочечный связывающий домен РНК (желтый); и домен соединителя / платформы (серый), содержащий два связанных иона цинка (сферы). Из PDB : 5B16 .

Одна при-миРНК может содержать от одного до шести предшественников миРНК. Эти структуры петли шпильки состоят примерно из 70 нуклеотидов каждая. Каждая шпилька окружена последовательностями, необходимыми для эффективной обработки.

Структура двухцепочечной РНК (дцРНК) шпилек в при-миРНК распознается ядерным белком, известным как критическая область 8 синдрома ДиДжорджи (DGCR8 или «Паша» у беспозвоночных), названная в честь его связи с синдромом ДиДжорджи . DGCR8 связывается с ферментом Drosha , белком, который разрезает РНК, с образованием микропроцессорного комплекса . [52] [53] В этом комплексе DGCR8 ориентирует каталитический домен РНКазы III Дроша на освобождение шпильки от pri-miRNAs путем отщепления РНК примерно из одиннадцати нуклеотидов от основания шпильки (одна спиральная дцРНК превращается в стебель). [54] [55]Полученный продукт имеет двухнуклеотидный выступ на 3'-конце; он имеет 3 'гидроксильные и 5' фосфатные группы. Ее часто называют пре-миРНК (миРНК-предшественница). Были идентифицированы мотивы последовательностей ниже пре-miRNA, которые важны для эффективного процессинга. [56] [57] [58]

Пре-миРНК, которые сплайсируются непосредственно из интронов, минуя микропроцессорный комплекс, известны как « миртроны ». Первоначально считалось , что миртроны существуют только у Drosophila и C. elegans , теперь же миртроны обнаружены у млекопитающих. [59]

До 16% пре-миРНК могут быть изменены посредством редактирования ядерной РНК . [60] [61] [62] Чаще всего ферменты, известные как аденозиндезаминазы, действующие на РНК (ADAR), катализируют переходы аденозина в инозин (от A к I). Редактирование РНК может останавливать ядерный процессинг (например, pri-miR-142, что приводит к деградации рибонуклеазой Tudor-SN) и изменять последующие процессы, включая процессинг цитоплазматической miRNA и специфичность мишени (например, путем изменения зародышевой области miR-376 в центральной нервной системе). [60]

Ядерный экспорт [ править ]

Человек Exportin-5 белки (красная) в комплексе с Ran-ГТФ (желтым) и предварительно микроРНКом (зеленый), показывая двух- нуклеотидного элемент распознавания свеса (оранжевый). Из PDB : 3A6P .

Шпильки пре-миРНК экспортируются из ядра в процессе с участием ядерно - цитоплазматического челночного транспортера Exportin-5 . Этот белок, член семейства кариоферинов , распознает двухнуклеотидный выступ, оставленный ферментом РНКазы III Drosha на 3'-конце шпильки пре-миРНК. Опосредованный экспортином-5 транспорт в цитоплазму зависит от энергии с использованием гуанозинтрифосфата (GTP), связанного с белком Ran . [63]

Цитоплазматическая обработка [ править ]

В цитоплазме шпилька пре-миРНК расщепляется ферментом РНКазы III Dicer . [64] Эта эндорибонуклеаза взаимодействует с 5 'и 3' концами шпильки [65] и отрезает петлю, соединяющую 3 'и 5' ветви, давая несовершенный дуплекс miRNA: miRNA * длиной около 22 нуклеотидов. [64] Общая длина шпильки и размер петли влияют на эффективность обработки дайсером. Несовершенная природа спаривания miRNA: miRNA * также влияет на расщепление. [64] [66] Некоторые из G-богатых пре-miRNAs потенциально могут принимать структуру G-квадруплекса в качестве альтернативы канонической структуре стержень-петля. Например, человеческая пре-miRNA 92b принимает G-квадруплекс.структура, которая устойчива к опосредованному Дайсером расщеплению в цитоплазме . [67] Хотя любая цепь дуплекса потенциально может действовать как функциональная miRNA, только одна цепь обычно включается в RNA-индуцированный комплекс сайленсинга (RISC), где miRNA и ее мишень мРНК взаимодействуют.

Хотя большинство miRNA расположены внутри клетки, некоторые miRNA, обычно известные как циркулирующие miRNA или внеклеточные miRNA, также были обнаружены во внеклеточной среде, включая различные биологические жидкости и среды для культивирования клеток. [68] [69]

Биогенез в растениях [ править ]

Биогенез miRNA у растений отличается от биогенеза животных, главным образом, стадиями ядерной обработки и экспорта. Вместо того, чтобы расщепляться двумя разными ферментами, один раз внутри и один раз вне ядра, оба расщепления миРНК растения выполняются гомологом Dicer, называемым Dicer-like1 (DL1). DL1 экспрессируется только в ядре растительных клеток, что указывает на то, что обе реакции происходят внутри ядра. До того, как дуплексы miRNA: miRNA * транспортируются из ядра, его 3'-выступы метилируются с помощью РНК-метилтрансферазного белка, называемого Hua-Enhancer1.(HEN1). Затем дуплекс переносится из ядра в цитоплазму с помощью белка, называемого Hasty (HST), гомолога Exportin 5, где они разбираются, и зрелая миРНК включается в RISC. [70]

РНК-индуцированный комплекс сайленсинга [ править ]

Основная статья: РНК-индуцированный комплекс сайленсинга

Зрелая miRNA является частью активного комплекса RNA-индуцированного сайленсинга (RISC), содержащего Dicer и многие связанные с ним белки. [71] RISC также известен как комплекс рибонуклеопротеидов микроРНК (miRNP); [72] RISC со встроенной miRNA иногда называют miRISC.

Считается, что процессинг пре-миРНК дайсером связан с раскручиванием дуплекса. Как правило, в miRISC включается только одна цепь, выбранная на основании ее термодинамической нестабильности и более слабого спаривания оснований на 5'-конце по сравнению с другой цепью. [73] [74] [75] Положение стебля-петли также может влиять на выбор цепи. [76] Другая цепь, называемая пассажирской цепью из-за ее более низких уровней в установившемся состоянии, обозначена звездочкой (*) и обычно деградирует. В некоторых случаях обе нити дуплекса жизнеспособны и становятся функциональными miRNA, которые нацелены на разные популяции мРНК. [77]

Члены семейства белков Argonaute (Ago) играют центральную роль в функции RISC. Аргонавты необходимы для индуцированного miRNA сайленсинга и содержат два консервативных домена связывания РНК: домен PAZ, который может связывать одноцепочечный 3'-конец зрелой miRNA, и домен PIWI, который структурно напоминает рибонуклеазу-H и функционирует для взаимодействия с 5'- концом. конец направляющей пряди. Они связывают зрелую миРНК и ориентируют ее для взаимодействия с целевой мРНК. Некоторые аргонавты, например Ago2 человека, непосредственно расщепляют транскрипты-мишени; аргонавты могут также привлекать дополнительные белки для достижения репрессии трансляции. [78]Геном человека кодирует восемь белков аргонавтов, разделенных по сходству последовательностей на два семейства: AGO (четыре члена присутствуют во всех клетках млекопитающих и называются E1F2C / hAgo у людей) и PIWI (обнаруживаются в зародышевой линии и гематопоэтических стволовых клетках). [72] [78]

Дополнительные компоненты RISC включают TRBP [белок, связывающий РНК (TAR), трансактивирующую ответную РНК вируса иммунодефицита человека (ВИЧ)], [79] PACT (белковый активатор интерферон- индуцированной протеинкиназы ), комплекс SMN, белок ломкой X умственной отсталости (FMRP) , Белок, содержащий домен стафилококковой нуклеазы Tudor (Tudor-SN), предполагаемая ДНК- геликаза MOV10 и мотив узнавания РНК, содержащий белок TNRC6B . [63] [80] [81]

Режим сайленсинга и регуляторные петли [ править ]

Молчание генов может происходить либо через деградацию мРНК, либо за счет предотвращения трансляции мРНК. Например, miR16 содержит последовательность, комплементарную AU-богатому элементу, обнаруженному в 3'UTR многих нестабильных мРНК, таких как TNF-альфа или GM-CSF . [82] Было продемонстрировано, что при полной комплементарности между микроРНК и последовательностью мРНК-мишени, Ago2 может расщеплять мРНК и приводить к прямой деградации мРНК. В отсутствие комплементарности молчание достигается за счет предотвращения трансляции. [41] Связь miRNA и ее мРНК-мишени может быть основана на простой отрицательной регуляции мРНК-мишени, но кажется, что распространенным сценарием является использование «согласованной прямой связи». петля »,« петля взаимной отрицательной обратной связи »(также называемая двойной отрицательной петлей) и« петля положительной обратной связи / прямой связи ». Некоторые miRNA работают как буферы для случайных изменений экспрессии генов, возникающих из-за стохастических событий в транскрипции, трансляции и стабильности белка. Такая регуляция обычно достигается за счет петель отрицательной обратной связи или некогерентной петли прямой связи, разобщающей выход белка с транскрипцией мРНК.

Оборот [ править ]

Оборот зрелой miRNA необходим для быстрых изменений в профилях экспрессии miRNA. Считается, что во время созревания miRNA в цитоплазме поглощение белком Argonaute стабилизирует направляющую цепь, тогда как противоположная (* или «пассажирская») цепь предпочтительно разрушается. В том, что было названо стратегией «Используй или потеряй», Argonaute может предпочтительно сохранять miRNAs со многими мишенями, чем miRNAs с небольшим количеством мишеней или без них, что приводит к деградации не нацеленных молекул. [83]

Распад зрелых миРНК у Caenorhabditis elegans опосредуется экзорибонуклеазой XRN2 с 5'-к- 3'ом , также известной как Rat1p. [84] В растениях члены семейства SDN (малые РНК деградирующие нуклеазы) разрушают miRNAs в противоположном (3'-к-5 ') направлении. Подобные ферменты кодируются в геномах животных, но их роль не описана. [83]

Некоторые модификации miRNA влияют на стабильность miRNA. Как показала работа с модельным организмом Arabidopsis thaliana (кресс-салат), миРНК зрелых растений, по-видимому, стабилизируются за счет добавления метильных групп на 3'-конце. 2'-O-конъюгированные метильные группы блокируют добавление остатков урацила (U) ферментами уридилтрансферазы , модификация, которая может быть связана с деградацией miRNA. Однако уридилирование может также защищать некоторые miRNA; последствия этой модификации до конца не изучены. Сообщалось об уридилировании некоторых микроРНК животных. Как растения, так и животные miRNA могут быть изменены путем добавления остатков аденина (A) к 3'-концу miRNA. Дополнительный A добавлен к концу miR-122 млекопитающих, обогащенная печенью миРНК, важная при гепатите С , стабилизирует молекулу, а миРНК растений, оканчивающиеся на остаток аденина, имеют более медленную скорость распада. [83]

Функции сотовой связи [ править ]

Взаимодействие микроРНК с процессом трансляции белков. Показаны несколько механизмов репрессии трансляции: M1) в процессе инициации, предотвращая сборку инициирующего комплекса или рекрутируя 40S рибосомную субъединицу; M2) на сборке рибосом; M3) о процессе перевода; M7, M8) на деградацию мРНК. [85] 40S и 60S - это легкий и тяжелый компоненты рибосомы, 80S - это собранная рибосома, связанная с мРНК, eIF4F - фактор инициации трансляции, PABC1 - связывающий белок Poly-A, а «cap» - необходимая кэп-структура мРНК. для циркуляризации мРНК (которая может быть нормальной m7G-cap или модифицированной A-cap). Инициирование мРНК может происходить независимо от кэпа, путем привлечения 40S в IRES ( сайт входа внутренней рибосомы.) расположен в районе 5'UTR. Фактическая работа по подавлению молчания РНК выполняется RISC, в котором основной каталитической субъединицей является один из белков Argonaute (AGO), а miRNA служит матрицей для распознавания специфических последовательностей мРНК.

Функция miRNA, по-видимому, заключается в регуляции генов. Для этой цели miRNA является комплементарной частью одной или нескольких информационных РНК (мРНК). MiRNA животных обычно комплементарны сайту в 3 'UTR, тогда как miRNA растений обычно комплементарны кодирующим областям мРНК. [86] Идеальное или почти идеальное спаривание оснований с целевой РНК способствует расщеплению РНК. [87] Это основной вид миРНК растений. [88] У животных совпадения несовершенные.

Для частично комплементарных микроРНК, чтобы распознавать свои мишени, нуклеотиды 2-7 miRNA (ее «затравочная область» [11] [36] ) должны быть совершенно комплементарными. [89] МикроРНК животных ингибируют трансляцию белка мРНК-мишени [90] (присутствует, но реже у растений). [88] Частично комплементарные микроРНК также могут ускорять деаденилирование , вызывая более раннюю деградацию мРНК. [91] Хотя деградация мРНК, нацеленная на miRNA, хорошо документирована, происходит ли репрессия трансляции посредством деградации мРНК, ингибирования трансляции или их комбинации, горячо обсуждается. Последние работы над miR-430у рыбок данио, а также на bantam-miRNA и miR-9 в культивируемых клетках Drosophila показывает, что репрессия трансляции вызывается нарушением инициации трансляции , независимо от деаденилирования мРНК. [92] [93]

микроРНК иногда также причина модификации гистонов и метилирование ДНК из промотора сайтов, что влияет на экспрессию генов - мишеней. [94] [95]

Девять механизмов действия miRNA описаны и собраны в единую математическую модель: [85]

  • Ингибирование инициации Cap-40S;
  • 60S ингибирование присоединения рибосомных единиц;
  • Замедление удлинения;
  • Выпадение рибосом (преждевременное прекращение);
  • Ко-трансляционная деградация растущего белка;
  • Секвестр в П-телах;
  • распад мРНК (дестабилизация);
  • расщепление мРНК;
  • Ингибирование транскрипции посредством реорганизации хроматина, опосредованной микроРНК, с последующим подавлением генов.

Эти механизмы часто невозможно распознать, используя экспериментальные данные о стационарных скоростях реакций. Тем не менее, они различаются по динамике и имеют разные кинетические сигнатуры . [85]

В отличие от растительных микроРНК, животные микроРНК нацелены на различные гены. [36] Однако гены, участвующие в функциях, общих для всех клеток, таких как экспрессия генов, имеют относительно меньше участков-мишеней для микроРНК и, по-видимому, подвергаются отбору, чтобы избежать нацеливания микроРНК. [96]

dsRNA может также активировать экспрессию гена , механизм, который был назван «активацией гена, индуцированной малой РНК» или RNAa . дцРНК, нацеленные на промоторы генов, могут индуцировать мощную активацию транскрипции ассоциированных генов. Это было продемонстрировано на клетках человека с использованием синтетических дцРНК, называемых малыми активирующими РНК ( саРНК ) [97], но также было продемонстрировано для эндогенных микроРНК. [98]

Взаимодействия между микроРНК и комплементарными последовательностями генов и даже псевдогенами, которые имеют общую гомологию последовательностей, считаются обратным каналом связи, регулирующим уровни экспрессии между паралогичными генами. Получив название «конкурирующие эндогенные РНК» ( цеРНК ), эти микроРНК связываются с «элементами ответа микроРНК» на генах и псевдогенах и могут служить другим объяснением устойчивости некодирующей ДНК. [99]

Некоторые исследования показывают, что груз мРНК экзосом может играть роль в имплантации, они могут нарушать адгезию между трофобластом и эндометрием или поддерживать адгезию путем понижающей или повышающей регуляции экспрессии генов, участвующих в адгезии / инвазии. [100]

Более того, miRNA как miR-183/96/182, по- видимому, играет ключевую роль в циркадном ритме . [101]

Эволюция [ править ]

miRNAs хорошо сохраняются как у растений, так и у животных и считаются жизненно важным и эволюционно древним компонентом регуляции генов. [102] [103] [104] [105] [106] В то время как основные компоненты пути микроРНК сохраняются между растениями и животными , репертуары миРНК в двух царствах, по-видимому, возникли независимо с различными первичными способами действия. [107] [108]

микроРНК являются полезными филогенетическими маркерами из-за их явно низкой скорости эволюции. [109] Происхождение микроРНК как регуляторный механизм развился из предыдущего механизма РНКи, который первоначально использовался в качестве защиты от экзогенного генетического материала, такого как вирусы. [110] Их происхождение могло способствовать развитию морфологических инноваций и, сделав экспрессию генов более специфичной и «настраиваемой», разрешило возникновение сложных органов [111] и, возможно, в конечном итоге, сложной жизни. [106] Быстрые всплески морфологических инноваций обычно связаны с высокой скоростью накопления микроРНК. [109] [111]

Новые микроРНК создаются несколькими способами. Новые микроРНК могут возникать в результате случайного образования шпилек в «некодирующих» участках ДНК (т.е. интронах или межгенных областях), но также в результате дупликации и модификации существующих микроРНК. [112] микроРНК могут также образовываться из перевернутых дупликаций последовательностей, кодирующих белок, что позволяет создавать складчатую структуру шпильки. [113] Скорость эволюции (т. Е. Нуклеотидного замещения) недавно возникших микроРНК сравнима с таковой в других частях некодирующей ДНК, что подразумевает эволюцию за счет нейтрального дрейфа; однако более старые микроРНК имеют гораздо более низкую скорость изменения (часто менее одной замены за сто миллионов лет) [106]предполагая, что как только микроРНК получает функцию, она подвергается очищающей селекции. [112] Отдельные области в пределах гена miRNA сталкиваются с различным эволюционным давлением, где области, которые жизненно важны для процессинга и функционирования, имеют более высокие уровни сохранения. [114] На этом этапе микроРНК редко теряется из генома животного, [106] хотя новые микроРНК (таким образом, предположительно нефункциональные) часто теряются. [112] У Arabidopsis thaliana чистый поток генов miRNA, по прогнозам, составляет от 1,2 до 3,3 генов на миллион лет. [115]Это делает их ценным филогенетическим маркером, и они рассматриваются как возможное решение выдающихся филогенетических проблем, таких как взаимоотношения членистоногих . [116] С другой стороны, во многих случаях микроРНК плохо коррелируют с филогенезом, и возможно, что их филогенетическое соответствие в значительной степени отражает ограниченный выбор микроРНК. [117]

МикроРНК присутствуют в геномах большинства эукариотических организмов, от бурых водорослей [118] до животных. Однако разница в том, как эти микроРНК функционируют и как они обрабатываются, предполагает, что микроРНК возникли независимо у растений и животных. [119]

Сосредоточившись на животных, в геноме Mnemiopsis leidyi [120], по- видимому, отсутствуют узнаваемые микроРНК, а также ядерные белки Drosha и Pasha , которые имеют решающее значение для биогенеза канонических микроРНК. На данный момент это единственное животное, пропавшее без вести Дроша. МикроРНК играют жизненно важную роль в регуляции экспрессии генов у всех исследованных животных без гребневиков, за исключением Trichoplax adhaerens , единственного известного представителя филы Placozoa . [121]

У всех видов к марту 2010 г. было идентифицировано более 5000 различных miRNA. [122] В то время как короткие последовательности РНК (50 - сотни пар оснований) с широко сопоставимой функцией встречаются у бактерий, у бактерий отсутствуют настоящие микроРНК. [123]

Экспериментальное обнаружение и манипуляции [ править ]

В то время как исследователи сосредоточили внимание на экспрессии miRNA в физиологических и патологических процессах, возникли различные технические переменные, связанные с выделением микроРНК. Стабильность хранимых образцов miRNA была поставлена ​​под сомнение. [69] микроРНК разлагаются намного легче, чем мРНК, отчасти из-за их длины, но также из-за повсеместно присутствующих РНКаз . Это требует охлаждения образцов на льду и использования оборудования, не содержащего РНКазы . [124]

Экспрессия микроРНК может быть определена количественно в процессе двухэтапной полимеразной цепной реакции модифицированной ОТ-ПЦР с последующей количественной ПЦР . Варианты этого метода позволяют получить абсолютную или относительную количественную оценку. [125] miRNAs можно также гибридизировать с микрочипами , слайдами или чипами с зондами для сотен или тысяч мишеней miRNA, так что относительные уровни miRNA могут быть определены в различных образцах. [126] микроРНК могут быть обнаружены и профилированы методами высокопроизводительного секвенирования ( секвенирование микроРНК ). [127] Активность miRNA может быть экспериментально подавлена ​​с помощью заблокированной нуклеиновой кислоты (LNA).олиго , A морфолино олиго [128] [129] или РНК олиго 2'-О-метил. [130] Конкретная miRNA может подавляться комплементарным антагомиром . Созревание микроРНК может тормозиться в нескольких точках стерически блокирующими олигонуклеотидами. [131] [132] Сайт-мишень miRNA транскрипта мРНК также может быть заблокирован стерически-блокирующим олиго. [133] Для обнаружения микроРНК «in situ» можно использовать зонды LNA [134] или морфолино [135] . Закрытая конформация LNA приводит к улучшенным свойствам гибридизации и увеличивает чувствительность и селективность, что делает ее идеальной для обнаружения коротких miRNA. [136]

Высокопроизводительная количественная оценка miRNA подвержена ошибкам из-за большей дисперсии (по сравнению с мРНК ), которая связана с методологическими проблемами. Поэтому экспрессию мРНК часто анализируют, чтобы проверить эффекты miRNA на их уровнях (например, в [137] ). Базы данных могут использоваться для объединения данных мРНК и миРНК, которые предсказывают цели миРНК на основе их базовой последовательности. [138] [139] Хотя это обычно делается после обнаружения представляющих интерес miRNA (например, из-за высоких уровней экспрессии), были предложены идеи инструментов анализа, которые интегрируют информацию об экспрессии мРНК и miRNA. [140] [141]

Болезнь [ править ]

Точно так же, как miRNA участвует в нормальном функционировании эукариотических клеток, нарушение регуляции miRNA связано с заболеванием. Созданная вручную общедоступная база данных miR2Disease документирует известную взаимосвязь между нарушением регуляции miRNA и заболеванием человека. [142]

Наследственные болезни [ править ]

Мутация в области семян miR-96 вызывает наследственную прогрессирующую потерю слуха. [143]

Мутация в семенной области miR-184 вызывает наследственный кератоконус с передней полярной катарактой. [144]

Делеция кластера miR-17 ~ 92 вызывает дефекты скелета и роста. [145]

Рак [ править ]

Роль miRNA в раковой клетке

Первым заболеванием человека, связанным с нарушением регуляции miRNA, был хронический лимфолейкоз. Многие другие микроРНК также связаны с раком и, соответственно, иногда называются « онкомирами ». В злокачественных В-клетках miRNA участвуют в путях, фундаментальных для развития В-клеток, таких как передача сигналов рецептора В-клеток (BCR), миграция / адгезия В-клеток, межклеточные взаимодействия в иммунных нишах, а также производство и переключение классов иммуноглобулинов. MiRNA влияют на созревание В-клеток, образование пре-, маргинальной зоны, фолликулярных, В1, плазменных В-клеток и В-клеток памяти.

Другая роль miRNA при раке заключается в использовании уровня их экспрессии для прогноза. В образцах NSCLC низкие уровни miR-324a могут служить индикатором плохой выживаемости. [146] Высокий уровень miR-185 или низкий уровень miR-133b могут коррелировать с метастазированием и плохой выживаемостью при колоректальном раке . [147]

Кроме того, специфические miRNA могут быть связаны с определенными гистологическими подтипами колоректального рака. Например, было показано, что уровни экспрессии miR-205 и miR-373 увеличиваются при муцинозном колоректальном раке и связанном с муцином язвенном колите раке толстой кишки, но не при спорадической аденокарциноме толстой кишки, в которой отсутствуют муцинозные компоненты. [148] Исследования in vitro показали, что miR-205 и miR-373 могут функционально индуцировать различные признаки опухолевого прогрессирования, связанного с муцином, в эпителиальных клетках кишечника. [148]

Пролиферация клеток гепатоцеллюлярной карциномы может возникать в результате взаимодействия miR-21 с MAP2K3, геном-репрессором опухоли. [149] Оптимальное лечение рака включает точное определение пациентов для терапии со стратификацией риска. Те, у кого есть быстрый ответ на начальное лечение, могут получить пользу от сокращенных схем лечения, что показывает ценность точных показателей реакции на заболевание. Внеклеточные циркулирующие миРНК (кимиРНК) очень стабильны в крови, сверхэкспрессируются при раке и поддаются количественной оценке в диагностической лаборатории. При классической лимфоме Ходжкина плазменные miR-21, miR-494 и miR-1973 являются многообещающими биомаркерами ответа на заболевание. [150] Циркулирующие миРНК могут способствовать принятию клинических решений и интерпретациипозитронно-эмиссионная томография в сочетании с компьютерной томографией . Их можно проводить на каждой консультации для оценки реакции на заболевание и выявления рецидива.

МикроРНК могут быть использованы в качестве инструментов или мишеней для лечения различных видов рака. [151] В нескольких исследованиях было обнаружено, что специфическая микроРНК, miR-506, действует как антагонист опухоли. Было обнаружено, что в значительном количестве образцов рака шейки матки экспрессия miR-506 подавлена. Кроме того, miR-506 способствует апоптозу клеток рака шейки матки посредством своего прямого транскрипционного фактора пути хэджхог, Gli3. [152] [153]

Ремонт ДНК и рак [ править ]

Рак вызывается накоплением мутаций либо из-за повреждения ДНК, либо из-за неисправленных ошибок репликации ДНК . [154] Дефекты репарации ДНК вызывают накопление мутаций, которые могут привести к раку. [155] Некоторые гены, участвующие в репарации ДНК, регулируются микроРНК. [156]

Мутации зародышевой линии в генах репарации ДНК вызывают только 2–5% случаев рака толстой кишки . [157] Однако измененная экспрессия микроРНК, вызывающая дефицит репарации ДНК, часто связана с раком и может быть важным причинным фактором. Среди 68 спорадического рака толстой кишки с пониженной экспрессией ДНК - репарация ошибочно спаренной белок MLH1 , большинство из них были признаны недостаточными из - за эпигенетический метилирования на CpG острове MLH1 гена. [158] Однако до 15% дефицита MLH1 при спорадическом раке толстой кишки, по-видимому, происходит из-за сверхэкспрессии микроРНК miR-155, которая подавляет экспрессию MLH1.[159]

В 29-66% [160] [161] из глиобластомы , репарация ДНК является недостаточной из - за эпигенетический метилирования MGMT гена, который снижает экспрессию белка MGMT. Однако для 28% глиобластом белок MGMT недостаточен, но промотор MGMT не метилирован. [160] В глиобластомах без метилированных промоторов MGMT уровень микроРНК miR-181d обратно коррелирует с экспрессией белка MGMT, а прямой мишенью miR-181d является мРНК MGMT 3'UTR ( три основных нетранслируемых участка мРНК MGMT). . [160] Таким образом, в 28% глиобластом повышенная экспрессия miR-181d и пониженная экспрессия фермента репарации ДНК MGMT могут быть причинным фактором.

Белки HMGA (HMGA1a, HMGA1b и HMGA2) участвуют в развитии рака, и экспрессия этих белков регулируется микроРНК. Экспрессия HMGA почти не обнаруживается в дифференцированных тканях взрослого человека, но повышена во многих случаях рака. Белки HMGA представляют собой полипептиды из ~ 100 аминокислотных остатков, характеризующиеся модульной организацией последовательностей. Эти белки имеют три высоко положительно заряженных участка , называемых крючками АТ , которые связывают малую бороздку богатых АТ участков ДНК в определенных областях ДНК. Новообразования человека, включая карциномы щитовидной железы, предстательной железы, шейки матки, колоректального тракта, поджелудочной железы и яичников, демонстрируют сильное увеличение белков HMGA1a и HMGA1b. [162]У трансгенных мышей с HMGA1, нацеленным на лимфоидные клетки, развивается агрессивная лимфома, что показывает, что высокая экспрессия HMGA1 связана с раком и что HMGA1 может действовать как онкоген. [163] Белок HMGA2 специфически нацелен на промотор ERCC1 , тем самым снижая экспрессию этого гена репарации ДНК. [164] Экспрессия белка ERCC1 была недостаточной в 100% из 47 оцененных случаев рака толстой кишки (хотя степень участия HGMA2 неизвестна). [165]

Полиморфизмы одиночных нуклеотидов (SNP) могут изменять связывание miRNA с 3'UTR, например, hsa-mir181a и hsa-mir181b на гене-супрессоре опухоли CDON. [166]

Болезнь сердца [ править ]

Глобальная роль функции miRNA в сердце была решена путем условного ингибирования созревания miRNA в сердце мыши . Это показало, что miRNAs играют важную роль во время его развития. [167] [168] Исследования профилей экспрессии miRNA демонстрируют, что уровни экспрессии определенных miRNA изменяются в пораженном сердце человека, указывая на их участие в кардиомиопатиях . [169] [170] [171] Кроме того, исследования на животных специфических miRNAs выявили различные роли miRNA как во время развития сердца, так и при патологических состояниях, включая регуляцию ключевых факторов, важных для кардиогенеза, реакции гипертрофического роста и сердечной проводимости. [168][172] [173] [174] [175] [176] Другая роль miRNA в сердечно-сосудистых заболеваниях заключается в использовании уровней их экспрессии для диагностики, прогноза или стратификации риска. [177] miRNA в моделях на животных также были связаны с метаболизмом и регуляцией холестерина.

miRNA-712 [ править ]

МикроРНК-712 мыши является потенциальным биомаркером (т.е. предиктором) атеросклероза , сердечно-сосудистого заболевания артериальной стенки, связанного с задержкой липидов и воспалением. [178] Неламинарный кровоток также коррелирует с развитием атеросклероза, поскольку механосеноры эндотелиальных клеток реагируют на сдвигающую силу нарушенного кровотока (d-поток). [179] Ряд проатерогенных генов, включая матриксные металлопротеиназы (ММП), активируются с помощью d-потока, [179]опосредуют провоспалительные и проангиогенные сигналы. Эти результаты наблюдались в перевязанных сонных артериях мышей, чтобы имитировать эффекты d-потока. В течение 24 часов ранее существовавшая незрелая miR-712 образовывала зрелую miR-712, что позволяет предположить, что miR-712 является чувствительной к потоку. [179] В соответствии с этими результатами, miR-712 также активируется в эндотелиальных клетках, подверженных естественному d-потоку в большей кривизне дуги аорты. [179]

Происхождение [ править ]

Последовательность пре-мРНК miR-712 генерируется из мышиного гена рибосомных RN45s во внутренней транскрибируемой спейсерной области 2 (ITS2). [179] XRN1 представляет собой экзонуклеазу, которая разрушает область ITS2 во время процессинга RN45. [179] Таким образом, уменьшение XRN1 в условиях d-потока ведет к накоплению miR-712. [179]

Механизм [ править ]

MiR-712 нацелен на тканевой ингибитор металлопротеиназы 3 (TIMP3). [179] ТИМП обычно регулируют активность матриксных металлопротеиназ (ММП), которые разрушают внеклеточный матрикс (ЕСМ). Артериальный ВКМ в основном состоит из волокон коллагена и эластина , обеспечивающих структурную поддержку и свойства отдачи артерий. [180] Эти волокна играют решающую роль в регуляции воспаления сосудов и их проницаемости, что играет важную роль в развитии атеросклероза. [181] Экспрессируемый эндотелиальными клетками, TIMP3 является единственным TIMP, связанным с ECM. [180]Снижение экспрессии TIMP3 приводит к увеличению деградации ECM в присутствии d-потока. В соответствии с этими находками, ингибирование pre-miR712 увеличивает экспрессию TIMP3 в клетках даже при воздействии турбулентного потока. [179]

TIMP3 также снижает экспрессию TNFα (провоспалительного регулятора) во время турбулентного потока. [179]   Активность TNFα в турбулентном потоке измеряли по экспрессии TNFα-конвертирующего фермента (TACE) в крови. TNFα снижается, если miR-712 ингибируется или TIMP3 сверхэкспрессируется, [179] подтверждая, что miR-712 и TIMP3 регулируют активность TACE в условиях турбулентного потока.

Анти-miR-712 эффективно подавляет экспрессию miR-712, индуцированную d-потоком, и увеличивает экспрессию TIMP3. [179] Анти-miR-712 также ингибирует повышенную проницаемость сосудов, тем самым значительно снижая развитие атеросклероза и инфильтрацию иммунных клеток. [179]

Человеческий гомолог микроРНК-205 [ править ]

Человеческий гомолог miR-712 был обнаружен в гене гомолога RN45s, который поддерживает miRNA, подобные мышам. [179] MiR-205 человека имеет сходные последовательности с miR-712 мышей и сохраняется у большинства позвоночных. [179] MiR-205 и miR-712 также имеют более 50% общих клеток-мишеней передачи сигналов, включая TIMP3. [179]

При тестировании d-поток снижал экспрессию XRN1 у людей, как и в эндотелиальных клетках мышей, что указывает на потенциально общую роль XRN1 у людей. [179]

Заболевание почек [ править ]

Нацеленная делеция Dicer в производных от FoxD1 почечных клетках-предшественниках на мышиной модели привела к сложному почечному фенотипу, включающему распространение предшественников нефронов , меньшее количество рениновых клеток, артериол гладких мышц , прогрессирующую мезангиальную потерю и клубочковые аневризмы. [182] Высокопроизводительное профилирование всего транскриптома модели мыши с нокаутом FoxD1-Dicer выявило эктопическую активацию проапоптотического гена Bcl2L11 (Bim) и нарушение регуляции пути p53 с увеличением эффекторных генов p53, включая Bax , Trp53inp1 , Jun, Cdkn1a., Mmp2 и Arid3a . Уровни белка p53 остались неизменными, что позволяет предположить, что стромальные miRNA FoxD1 непосредственно репрессируют гены эффекторов p53. Используя метод отслеживания клонов с последующей сортировкой флуоресцентно-активируемых клеток , профилирование миРНК клеток, полученных из FoxD1, не только всесторонне определило транскрипционный ландшафт miРНК, которые имеют решающее значение для развития сосудов, но также идентифицировало ключевые миРНК, которые могут модулировать почечный фенотип. при его отсутствии. Эти miRNA включают miRs-10a, 18a, 19b, 24, 30c, 92a, 106a, 130a, 152, 181a, 214, 222, 302a, 370 и 381, которые регулируют Bcl2L11 (Bim) и miRs-15b, 18a, 21, 30c, 92a, 106a, 125b-5p, 145, 214, 222, 296-5p и 302a, которые регулируют гены эффекторов р53. В соответствии с результатами профилирования, внематочнаяапоптоз наблюдался в клеточных производных линии предков, происходящих от FoxD1, и подтверждает важность почечных стромальных miRNAs в клеточном гомеостазе. [182]

Нервная система [ править ]

miRNAs, по-видимому, регулируют развитие и функцию нервной системы . [183] Нервные miRNA участвуют на различных стадиях синаптического развития, включая дендритогенез (включая miR-132 , miR-134 и miR-124 ), формирование синапсов [184] и созревание синапсов (где, как полагают, miR-134 и miR-138) принимать участие). [185] Некоторые исследования находят измененную экспрессию микроРНК в болезни Альцгеймера , [186] , а также шизофрении , биполярного расстройства , большой депрессии и тревожных расстройств . [187][188] [189]

Инсульт [ править ]

По данным Центра по контролю и профилактике заболеваний, инсульт является одной из основных причин смерти и длительной инвалидности в Америке. 87% случаев связаны с ишемическим инсультом, который возникает в результате закупорки артерии головного мозга, по которой течет богатая кислородом кровь. Обструкция кровотока означает, что мозг не может получать необходимые питательные вещества, такие как кислород и глюкоза, и удалять отходы, такие как углекислый газ. [190] [191] miRNAs играют роль в посттрансляционном молчании генов, воздействуя на гены в патогенезе церебральной ишемии, таком как воспалительный, ангиогенез и апоптотический путь. [192] 

Алкоголизм [ править ]

Жизненно важная роль miRNA в экспрессии генов важна для зависимости , в частности, от алкоголизма . [193] Хроническое злоупотребление алкоголем приводит к стойким изменениям функции мозга, частично опосредованным изменениями экспрессии генов . [193] Глобальная регуляция miRNA многих нижестоящих генов считается значимой в отношении реорганизации или синаптических связей или долгосрочных нейронных адаптаций, включающих изменение поведения от потребления алкоголя к абстиненции и / или зависимости. [194] В посмертном мозге алкоголика было изменено до 35 различных miRNA, все из которых нацелены на гены, которые включают регуляцию клеточного цикла., апоптоз , клеточная адгезия , развитие нервной системы и клеточная сигнализация . [193] Измененные уровни miRNA были обнаружены в медиальной префронтальной коре головного мозга мышей с алкогольной зависимостью, что предполагает роль miRNA в управлении трансляционным дисбалансом и создании дифференциально экспрессируемых белков в той области мозга, где, вероятно, возникают сложные когнитивные функции и принятие решений. . [195]

miRNAs могут быть либо активированы, либо подавлены в ответ на хроническое употребление алкоголя. Экспрессия miR-206 увеличивалась в префронтальной коре головного мозга алкогольных крыс, воздействуя на нейротрофический фактор мозга ( BDNF ) фактора транскрипции и, в конечном итоге, снижая его экспрессию. BDNF играет критическую роль в формировании и созревании новых нейронов и синапсов, предполагая возможное участие в росте синапсов / синаптической пластичности у лиц, злоупотребляющих алкоголем. [196] Было обнаружено, что miR-155, важный в регуляции реакций нейровоспаления, вызванных алкоголем, активируется, что предполагает роль микроглии и воспалительных цитокинов в патофизиологии алкоголя. [197]Подавление miR-382 было обнаружено в прилежащем ядре , структуре базального переднего мозга, которая играет важную роль в регулировании чувства вознаграждения, которое питает мотивационные привычки. miR-382 является мишенью для дофаминового рецептора D1 (DRD1), и его сверхэкспрессия приводит к усилению регуляции DRD1 и delta fosB , фактора транскрипции, который активирует серию событий транскрипции в прилежащем ядре, что в конечном итоге приводит к аддиктивному поведению. [198] С другой стороны, сверхэкспрессия miR-382 приводила к ослаблению употребления алкоголя и ингибированию DRD1 и дельта fosB.усиление регуляции алкоголизма на крысах, демонстрируя возможность использования miRNA-направленных фармацевтических препаратов в лечении. [198]

Ожирение [ править ]

miRNAs играют решающую роль в регуляции дифференциации клеток- предшественников стволовых клеток в адипоциты . [199] Исследования по определению роли плюрипотентных стволовых клеток в адипогенезе были изучены на иммортализованной линии стромальных клеток человеческого костного мозга hMSC-Tert20. [200] Снижение экспрессии miR-155, miR-221 и miR-222 было обнаружено во время адипогенного программирования как иммортализованных, так и первичных hMSC, что позволяет предположить, что они действуют как негативные регуляторы дифференцировки. И наоборот, эктопическое выражениеmiRNA 155, 221 и 222 значительно ингибировали адипогенез и подавляли индукцию главных регуляторов PPARγ и CCAAT / связывающего энхансера белка альфа ( CEBPA ). [201] Это открывает путь к возможному лечению генетического ожирения.

Другой класс миРНК, регулирующих инсулинорезистентность , ожирение и диабет , - это семейство let-7 . Let-7 накапливается в тканях человека в процессе старения . [202] Когда let-7 подвергалась эктопической сверхэкспрессии, чтобы имитировать ускоренное старение, мыши становились инсулинорезистентными и, следовательно, более склонными к ожирению и диабету, вызванному диетой с высоким содержанием жиров . [203] В отличие от этого, когда let-7 ингибировалась инъекциями let-7-специфических антагомиров, мыши становятся более чувствительными к инсулину и значительно устойчивы к ожирению и диабету, вызванному диетой с высоким содержанием жиров. Подавление let-7 может не только предотвратить ожирение и диабет, но и обратить вспять и вылечить это состояние. [204] Эти экспериментальные данные предполагают, что ингибирование let-7 может представлять собой новую терапию ожирения и диабета 2 типа.

Гемостаз [ править ]

miRNA также играют решающую роль в регуляции сложных ферментных каскадов, включая систему свертывания крови. [205] Крупномасштабные исследования функционального нацеливания на miRNA недавно обнаружили рациональные терапевтические мишени в системе гемостаза. [206] [207]

Некодирующие РНК [ править ]

Когда в 1999 году в рамках проекта генома человека была нанесена на карту его первая хромосома , было предсказано, что геном будет содержать более 100 000 генов, кодирующих белок. Однако в конечном итоге было идентифицировано только около 20 000 человек. [208] С тех пор появление биоинформатических подходов в сочетании с исследованиями разбиения генома, изучающими транскриптом, [209] систематическим секвенированием библиотек полноразмерных кДНК [210] и экспериментальной проверкой [211] (включая создание антисмысловых олигонуклеотидов, полученных из микроРНК, называемых антагомирами). ) показали , что многие транскрипты небелковых кодирование РНК, в том числе несколько snoRNAs и микроРНК.[212]

Вирусы [ править ]

Вирусные микроРНК играют важную роль в регуляции экспрессии генов вируса и / или генов хозяина, принося пользу вирусу. Следовательно, miRNAs играют ключевую роль во взаимодействиях хозяин-вирус и патогенезе вирусных заболеваний. [213] [214] Считается, что экспрессия активаторов транскрипции ДНК вируса герпеса-6 человека регулируется вирусной miRNA. [215]

Прогноз цели [ править ]

См. Также: Список программного обеспечения для предсказания структуры РНК § Межмолекулярные взаимодействия: МикроРНК: UTR

miRNA могут связываться с транскриптами целевой информационной РНК (мРНК) генов, кодирующих белок, и отрицательно контролировать их трансляцию или вызывать деградацию мРНК. Ключевое значение имеет точное определение мишеней miRNA. [216] Доступно сравнение эффективности прогнозирования восемнадцати in silico алгоритмов. [217] Крупномасштабные исследования функционального нацеливания miRNA показывают, что многие функциональные miRNAs могут быть упущены с помощью алгоритмов прогнозирования мишеней. [206]

См. Также [ править ]

  • Олигонуклеотиды против miRNA
  • Экспрессия гена
  • Список инструментов для прогнозирования генов miRNA
  • Список инструментов для прогнозирования мишеней miRNA
  • МикроДНК
  • miR-324-5p
  • РНК-интерференция
  • Малая интерферирующая РНК
  • МикроРНК, происходящая из малой ядрышковой РНК

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c Бартель Д.П. (март 2018 г.). «МикроРНК многоклеточных животных» . Cell . 173 (1): 20–51. DOI : 10.1016 / j.cell.2018.03.006 . PMC  6091663 . PMID  29570994 .
  2. ^ a b c d Бартель Д.П. (январь 2009 г.). «МикроРНК: распознавание мишеней и регуляторные функции» . Cell . 136 (2): 215–33. DOI : 10.1016 / j.cell.2009.01.002 . PMC 3794896 . PMID 19167326 .  
  3. ^ Fabian MR, Sonenberg N, Филипович W (2010). «Регулирование трансляции и стабильности мРНК с помощью микроРНК». Ежегодный обзор биохимии . 79 : 351–79. DOI : 10.1146 / annurev-biochem-060308-103103 . PMID 20533884 . 
  4. ^ a b Бартель Д.П. (январь 2004 г.). «МикроРНК: геномика, биогенез, механизм и функции» . Cell . 116 (2): 281–97. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (04) 00045-5 . PMID 14744438 . 
  5. ^ Homo sapiens miRNAs в miRBase в Манчестерском университете
  6. ^ a b Фромм Б., Биллипп Т., Пек Л.Е., Йохансен М., Тарвер Д.Е., Кинг Б.Л. и др. (2015). «Единая система для аннотации генов микроРНК позвоночных и эволюция человеческого микроРНКома» . Ежегодный обзор генетики . 49 : 213–42. DOI : 10.1146 / annurev-genet-120213-092023 . PMC 4743252 . PMID 26473382 .  
  7. ↑ Lim LP, Lau NC, Weinstein EG, Abdelhakim A, Yekta S, Rhoades MW, Burge CB, Bartel DP (апрель 2003 г.). «МикроРНК Caenorhabditis elegans» . Гены и развитие . 17 (8): 991–1008. DOI : 10,1101 / gad.1074403 . PMC 196042 . PMID 12672692 .  
  8. ^ a b Lagos-Quintana M, Rauhut R, Yalcin A, Meyer J, Lendeckel W, Tuschl T (апрель 2002 г.). «Идентификация тканеспецифичных микроРНК мыши» . Текущая биология . 12 (9): 735–9. DOI : 10.1016 / S0960-9822 (02) 00809-6 . PMID 12007417 . 
  9. ^ a b Кумар S, Редди PH (сентябрь 2016 г.). «Являются ли циркулирующие микроРНК периферическими биомаркерами болезни Альцгеймера?» . Biochim Biophys Acta . 1862 (9): 1617–27. DOI : 10.1016 / j.bbadis.2016.06.001 . PMC 5343750 . PMID 27264337 .  
  10. ^ ван ден Берг MM, Krauskopf J, Ramaekers JG, et al. (Февраль 2020 г.). «Циркулирующие микроРНК как потенциальные биомаркеры психических и нейродегенеративных расстройств» . Prog Neurobiol . 185 : 101732. дои : 10.1016 / j.pneurobio.2019.101732 . PMID 31816349 . 
  11. ^ a b c Льюис Б.П., Burge CB, Bartel DP (январь 2005 г.). «Консервативное спаривание семян, часто фланкированное аденозинами, указывает на то, что тысячи генов человека являются мишенями для микроРНК» . Cell . 120 (1): 15–20. DOI : 10.1016 / j.cell.2004.12.035 . PMID 15652477 . 
  12. ^ a b c Friedman RC, Farh KK, Burge CB, Bartel DP (январь 2009 г.). «Большинство мРНК млекопитающих являются консервативными мишенями для микроРНК» . Геномные исследования . 19 (1): 92–105. DOI : 10.1101 / gr.082701.108 . PMC 2612969 . PMID 18955434 .  
  13. ^ a b c Lee RC, Feinbaum RL, Ambros V (декабрь 1993 г.). «Гетерохронный ген lin-4 C. elegans кодирует малые РНК с антисмысловой комплементарностью lin-14» . Cell . 75 (5): 843–54. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (93) 90529-Y . PMID 8252621 . 
  14. ^ a b Рейнхарт Б.Дж., Слэк Ф.Дж., Бассон М., Паскинелли А.Э., Беттингер Дж.С., Ругви А.Э., Хорвиц HR, Рувкун Г. (февраль 2000 г.). «21-нуклеотидная let-7 РНК регулирует время развития у Caenorhabditis elegans». Природа . 403 (6772): 901–6. Bibcode : 2000Natur.403..901R . DOI : 10.1038 / 35002607 . PMID 10706289 . S2CID 4384503 .  
  15. ^ a b Паскинелли А.Е., Рейнхарт Б.Дж., Слэк Ф., Мартиндейл М.К., Курода М.И., Маллер Б., Хейворд, округ Колумбия, Болл Е.Е., Дегнан Б., Мюллер П., Спринг Дж., Сринивасан А., Фишман М., Финнерти Дж., Корбо Дж., Левин М. , Лихи П., Дэвидсон Э, Рувкун Г. (ноябрь 2000 г.). «Сохранение последовательности и временной экспрессии гетерохронной регуляторной РНК let-7». Природа . 408 (6808): 86–9. Bibcode : 2000Natur.408 ... 86P . DOI : 10.1038 / 35040556 . PMID 11081512 . S2CID 4401732 .  
  16. ^ a b c Lagos-Quintana M, Rauhut R, Lendeckel W, Tuschl T (октябрь 2001 г.). «Идентификация новых генов, кодирующих малые экспрессированные РНК». Наука . 294 (5543): 853–8. Bibcode : 2001Sci ... 294..853L . DOI : 10.1126 / science.1064921 . hdl : 11858 / 00-001M-0000-0012-F65F-2 . PMID 11679670 . S2CID 18101169 .  
  17. ^ a b c Lau NC, Lim LP, Weinstein EG, Bartel DP (октябрь 2001 г.). «Обильный класс крошечных РНК с вероятной регуляторной ролью у Caenorhabditis elegans» . Наука . 294 (5543): 858–62. Bibcode : 2001Sci ... 294..858L . DOI : 10.1126 / science.1065062 . PMID 11679671 . S2CID 43262684 .  
  18. ^ a b c Ли RC, Амброс V (октябрь 2001 г.). «Обширный класс малых РНК у Caenorhabditis elegans» . Наука . 294 (5543): 862–4. Bibcode : 2001Sci ... 294..862L . DOI : 10.1126 / science.1065329 . PMID 11679672 . S2CID 33480585 .  
  19. ^ Wienholds E, Kloosterman WP, Miska E, Alvarez-Saavedra E, Berezikov E, de Bruijn E, Horvitz HR, Kauppinen S, Plasterk RH (июль 2005 г.). «Экспрессия микроРНК в эмбриональном развитии рыбок данио». Наука . 309 (5732): 310–1. Bibcode : 2005Sci ... 309..310W . DOI : 10.1126 / science.1114519 . PMID 15919954 . S2CID 38939571 .  
  20. ^ a b Джонс-Роудс MW, Bartel DP, Bartel B (2006). «MicroRNAS и их регуляторные роли в растениях». Ежегодный обзор биологии растений . 57 : 19–53. DOI : 10.1146 / annurev.arplant.57.032905.105218 . PMID 16669754 . 
  21. ^ Brennecke J, Hipfner DR, Stark A, Рассел Р., Коэн С. (апрель 2003). «бантам кодирует регулируемую в процессе развития микроРНК, которая контролирует пролиферацию клеток и регулирует проапоптотический ген hid у дрозофилы» . Cell . 113 (1): 25–36. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (03) 00231-9 . PMID 12679032 . 
  22. ^ Куэльяру TL, МакМанус MT (декабрь 2005). «МикроРНК и эндокринная биология» . Журнал эндокринологии . 187 (3): 327–32. DOI : 10,1677 / joe.1.06426 . PMID 16423811 . 
  23. ^ Poy М.Н., Элиассону л, Krutzfeldt Дж, Kuwajima S, Ма Х, Макдональд ПЭ, Пфеффер S, Tuschl Т, Rajewsky Н, Rorsman Р, М Штоффель (ноябрь 2004 г.). «МикроРНК, специфичная для островков поджелудочной железы, регулирует секрецию инсулина». Природа . 432 (7014): 226–30. Bibcode : 2004Natur.432..226P . DOI : 10,1038 / природа03076 . PMID 15538371 . S2CID 4415988 .  
  24. ↑ Chen CZ, Li L, Lodish HF, Bartel DP (январь 2004 г.). «МикроРНК модулируют дифференцировку гемопоэтических клонов». Наука . 303 (5654): 83–6. Bibcode : 2004Sci ... 303 ... 83C . DOI : 10.1126 / science.1091903 . ЛВП : 1721,1 / 7483 . PMID 14657504 . S2CID 7044929 .  
  25. ↑ Wilfred BR, Wang WX, Nelson PT (июль 2007 г.). «Активизирующие исследования miRNA: обзор роли miRNA в липидном метаболизме с предсказанием, что miR-103/107 регулирует метаболические пути человека» . Молекулярная генетика и метаболизм . 91 (3): 209–17. DOI : 10.1016 / j.ymgme.2007.03.011 . PMC 1978064 . PMID 17521938 .  
  26. ^ Harfe BD, МакМанус MT, Mansfield JH, Hornstein E, Tabin CJ (август 2005). «Фермент RNaseIII Dicer необходим для морфогенеза, но не для формирования паттерна конечности позвоночного» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 102 (31): 10898–903. Bibcode : 2005PNAS..10210898H . DOI : 10.1073 / pnas.0504834102 . PMC 1182454 . PMID 16040801 .  
  27. ^ Trang P, Weidhaas JB отними FJ (декабрь 2008). «МикроРНК как потенциальные средства лечения рака» . Онкоген . 27 Дополнение 2: S52–7. DOI : 10.1038 / onc.2009.353 . PMID 19956180 . 
  28. ^ Li C, Feng Y, Coukos G, Чжан L (декабрь 2009). «Терапевтические стратегии микроРНК при раке человека» . Журнал AAPS . 11 (4): 747–57. DOI : 10,1208 / s12248-009-9145-9 . PMC 2782079 . PMID 19876744 .  
  29. ^ Fasanaro P, S Greco, Иван М, Capogrossi MC, Мартелли F (январь 2010). «МикроРНК: новые терапевтические мишени при острых ишемических заболеваниях». Фармакология и терапия . 125 (1): 92–104. DOI : 10.1016 / j.pharmthera.2009.10.003 . PMID 19896977 . 
  30. ^ Hydbring P, Бадалян-Очень G (август 2013). «Клиническое применение микроРНК» . F1000 Исследования . 2 : 136. DOI : 10,12688 / f1000research.2-136.v2 . PMC 3917658 . PMID 24627783 .  
  31. ^ Wightman B, Ha I, Ruvkun G (декабрь 1993). «Посттранскрипционная регуляция гетерохронного гена lin-14 с помощью lin-4 опосредует формирование временного паттерна у C. elegans» . Cell . 75 (5): 855–62. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (93) 90530-4 . PMID 8252622 . 
  32. ^ Гиза, Дана Елена; Калин, Джордж А. (2015). «МикроРНК и хронический лимфолейкоз» . Успехи экспериментальной медицины и биологии . 889 : 23–40. DOI : 10.1007 / 978-3-319-23730-5_2 . ISBN 978-3-319-23729-9. ISSN  0065-2598 . PMID  26658994 .
  33. ↑ Ambros V, Bartel B, Bartel DP, Burge CB, Carrington JC, Chen X, Dreyfuss G, Eddy SR, Griffiths-Jones S, Marshall M, Matzke M, Ruvkun G, Tuschl T (март 2003 г.). «Единая система аннотации микроРНК» . РНК . 9 (3): 277–9. DOI : 10,1261 / rna.2183803 . PMC 1370393 . PMID 12592000 .  
  34. ^ Гриффитс-Джонс S, Grocock RJ ван Донген S, Bateman A, Энрайт AJ (январь 2006). «miRBase: последовательности микроРНК, мишени и номенклатура генов» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (Выпуск базы данных): D140–4. DOI : 10.1093 / NAR / gkj112 . PMC 1347474 . PMID 16381832 .  
  35. ^ Райт MW, Бруфорд EA (январь 2011 г.). «Обозначение« мусор »: номенклатура генов небелковой кодирующей РНК (нкРНК) человека» . Геномика человека . 5 (2): 90–8. DOI : 10.1186 / 1479-7364-5-2-90 . PMC 3051107 . PMID 21296742 .  
  36. ^ a b c Льюис Б.П., Ши И.Х., Джонс-Роудс М.В., Бартель Д.П., Бердж CB (декабрь 2003 г.). «Прогнозирование мишеней микроРНК млекопитающих» . Cell . 115 (7): 787–98. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (03) 01018-3 . PMID 14697198 . 
  37. ^ Ellwanger DC, Büttner FA, Мьюз HW, Stümpflen V (май 2011). «Достаточный минимальный набор типов семян miRNA» . Биоинформатика . 27 (10): 1346–50. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr149 . PMC 3087955 . PMID 21441577 .  
  38. ^ Rajewsky N (июнь 2006). «Предсказания мишеней микроРНК у животных». Генетика природы . 38 Дополнение (6с): S8–13. DOI : 10.1038 / ng1798 . PMID 16736023 . S2CID 23496396 .  
  39. ^ Крек А, D Грюн, Пой М.Н., Вольф R, Розенберг л, Эпштейн Е.Ю., MacMenamin Р, да Пьедаде я, Gunsalus KC, Штоффель М, Rajewsky Н (май 2005 г.). «Комбинаторные прогнозы мишеней микроРНК». Генетика природы . 37 (5): 495–500. DOI : 10.1038 / ng1536 . PMID 15806104 . S2CID 22672750 .  
  40. ↑ Thomson DW, Bracken CP, Goodall GJ (сентябрь 2011 г.). «Экспериментальные стратегии для идентификации мишеней микроРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (16): 6845–53. DOI : 10.1093 / NAR / gkr330 . PMC 3167600 . PMID 21652644 .  
  41. ↑ a b Lim LP, Lau NC, Garrett-Engele P, Grimson A, Schelter JM, Castle J, Bartel DP, Linsley PS, Johnson JM (февраль 2005 г.). «Анализ микроматрицы показывает, что некоторые микроРНК подавляют большое количество целевых мРНК». Природа . 433 (7027): 769–73. Bibcode : 2005Natur.433..769L . DOI : 10,1038 / природа03315 . PMID 15685193 . S2CID 4430576 .  
  42. ^ Сельбы М, Schwanhäusser В, Тирфельдер N, Fang Z, R Ханин, Rajewsky N (сентябрь 2008 г.). «Широко распространенные изменения в синтезе белков, вызванные микроРНК». Природа . 455 (7209): 58–63. Bibcode : 2008Natur.455 ... 58S . DOI : 10,1038 / природа07228 . PMID 18668040 . S2CID 4429008 .  
  43. ^ Пэк D, Villen J, Shin C, Камарго FD, Gygi SP, Бартель DP (сентябрь 2008). «Влияние микроРНК на выход белка» . Природа . 455 (7209): 64–71. Bibcode : 2008Natur.455 ... 64В . DOI : 10,1038 / природа07242 . PMC 2745094 . PMID 18668037 .  
  44. ^ a b Родригес А., Гриффитс-Джонс С., Ашерст Дж. Л., Брэдли А. (октябрь 2004 г.). «Идентификация генов-хозяев микроРНК млекопитающих и единиц транскрипции» . Геномные исследования . 14 (10A): 1902–10. DOI : 10.1101 / gr.2722704 . PMC 524413 . PMID 15364901 .  
  45. ^ a b c d Cai X, Hagedorn CH, Cullen BR (декабрь 2004 г.). «Человеческие микроРНК процессируются из кэпированных полиаденилированных транскриптов, которые также могут функционировать как мРНК» . РНК . 10 (12): 1957–66. DOI : 10,1261 / rna.7135204 . PMC 1370684 . PMID 15525708 .  
  46. ↑ Вебер MJ (январь 2005 г.). «Новые гены микроРНК человека и мыши, найденные путем поиска гомологии». Журнал FEBS . 272 (1): 59–73. DOI : 10.1111 / j.1432-1033.2004.04389.x . PMID 15634332 . S2CID 32923462 .  
  47. ^ Ким Е.К., Ким В.Н. (февраль 2007). «Обработка интронных микроРНК» . Журнал EMBO . 26 (3): 775–83. DOI : 10.1038 / sj.emboj.7601512 . PMC 1794378 . PMID 17255951 .  
  48. ↑ Baskerville S, Bartel DP (март 2005 г.). «Профилирование микроматрицы микроРНК выявляет частую коэкспрессию с соседними миРНК и генами хозяина» . РНК . 11 (3): 241–7. DOI : 10,1261 / rna.7240905 . PMC 1370713 . PMID 15701730 .  
  49. ^ a b c Lee Y, Kim M, Han J, Yeom KH, Lee S, Baek SH, Kim VN (октябрь 2004 г.). «Гены микроРНК транскрибируются РНК-полимеразой II» . Журнал EMBO . 23 (20): 4051–60. DOI : 10.1038 / sj.emboj.7600385 . PMC 524334 . PMID 15372072 .  
  50. Перейти ↑ Zhou X, Ruan J, Wang G, Zhang W (март 2007 г.). «Характеристика и идентификация основных промоторов микроРНК в четырех модельных видах» . PLOS Вычислительная биология . 3 (3): e37. Bibcode : 2007PLSCB ... 3 ... 37Z . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.0030037 . PMC 1817659 . PMID 17352530 .  
  51. ^ Фаллер М, Го F (ноябрь 2008). «Биогенез микроРНК: есть несколько способов снять шкуру с кошки» . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - механизмы регуляции генов . 1779 (11): 663–7. DOI : 10.1016 / j.bbagrm.2008.08.005 . PMC 2633599 . PMID 18778799 .  
  52. ↑ Lee Y, Ahn C, Han J, Choi H, Kim J, Yim J, Lee J, Provost P, Rådmark O, Kim S, Kim VN (сентябрь 2003 г.). «Ядерная РНКаза III Дроша инициирует процессинг микроРНК». Природа . 425 (6956): 415–9. Bibcode : 2003Natur.425..415L . DOI : 10,1038 / природа01957 . PMID 14508493 . S2CID 4421030 .  
  53. ^ Gregory Р.И., Chendrimada TP, Shiekhattar R (2006). «Биогенез микроРНК: выделение и характеристика микропроцессорного комплекса». Протоколы микроРНК . Методы молекулярной биологии. 342 . С. 33–47. DOI : 10.1385 / 1-59745-123-1: 33 . ISBN 978-1-59745-123-9. PMID  16957365 .
  54. ^ Хан J, Ли Y, Yeom KH, Ким Ю.К., Джин Н, Ким В.Н. (декабрь 2004). «Комплекс Дроша-DGCR8 в процессинге первичной микроРНК» . Гены и развитие . 18 (24): 3016–27. DOI : 10,1101 / gad.1262504 . PMC 535913 . PMID 15574589 .  
  55. ^ Хан J, Ли Y, Yeom KH, Nam JW, Хео I, Рхи JK, Sohn SY, чо Y, Чжан BT, Ким В.Н. (июнь 2006). «Молекулярная основа распознавания первичных микроРНК комплексом Drosha-DGCR8» . Cell . 125 (5): 887–901. DOI : 10.1016 / j.cell.2006.03.043 . PMID 16751099 . 
  56. ^ Conrad T, Марсико A, Gehre M, Orom UA (октябрь 2014). «Активность микропроцессора контролирует дифференциальный биогенез miRNA in Vivo» . Сотовые отчеты . 9 (2): 542–54. DOI : 10.1016 / j.celrep.2014.09.007 . PMID 25310978 . 
  57. ^ Auyeung VC, Ulitsky I, McGeary SE, Bartel DP (февраль 2013 г.). «Помимо вторичной структуры: детерминанты первичной последовательности лицензируют шпильки pri-miRNA для обработки» . Cell . 152 (4): 844–58. DOI : 10.1016 / j.cell.2013.01.031 . PMC 3707628 . PMID 23415231 .  
  58. ^ Али PS, Ghoshdastider U, Hoffmann J, Brutschy B, Filipek S (ноябрь 2012 г.). «Распознавание предшественника let-7g miRNA человеческим Lin28B». Письма FEBS . 586 (22): 3986–90. DOI : 10.1016 / j.febslet.2012.09.034 . PMID 23063642 . S2CID 28899778 .  
  59. ^ Березиков E, Chung WJ, Уиллис J, Cuppen E, Lai EC (октябрь 2007). «Гены миртронов млекопитающих» . Молекулярная клетка . 28 (2): 328–36. DOI : 10.1016 / j.molcel.2007.09.028 . PMC 2763384 . PMID 17964270 .  
  60. ^ a b Кавахара Y, Мегроу М, Крайдер Э, Иизаса Х, Валенте Л., Хатзигеоргиу А.Г., Нисикура К. (сентябрь 2008 г.). «Частота и судьба редактирования микроРНК в мозге человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (16): 5270–80. DOI : 10.1093 / NAR / gkn479 . PMC 2532740 . PMID 18684997 .  
  61. ↑ Winter J, Jung S, Keller S, Gregory RI, Diederichs S (март 2009 г.). «Многие дороги к зрелости: пути биогенеза микроРНК и их регуляция». Природа клеточной биологии . 11 (3): 228–34. DOI : 10.1038 / ncb0309-228 . PMID 19255566 . S2CID 205286318 .  
  62. ^ Ohman M (октябрь 2007). «Претендент на редактирование от одного лица к другому или союзник процесса микроРНК». Биохимия . 89 (10): 1171–6. DOI : 10.1016 / j.biochi.2007.06.002 . PMID 17628290 . 
  63. ^ a b Murchison EP , Hannon GJ (июнь 2004 г.). «miRNAs в движении: биогенез miRNA и механизм RNAi». Текущее мнение в клеточной биологии . 16 (3): 223–9. DOI : 10.1016 / j.ceb.2004.04.003 . PMID 15145345 . 
  64. ^ a b c Lund E, Dahlberg JE (2006). «Субстратная селективность экспортина 5 и Дайсера в биогенезе микроРНК» . Симпозиумы Колд-Спринг-Харбор по количественной биологии . 71 : 59–66. DOI : 10.1101 / sqb.2006.71.050 . PMID 17381281 . 
  65. ^ Парк JE, Хео I, Tian Y, Simanshu DK, Chang H, Jee D, Patel DJ, Ким В.Н. (июль 2011). «Dicer распознает 5'-конец РНК для эффективной и точной обработки» . Природа . 475 (7355): 201–5. DOI : 10,1038 / природа10198 . PMC 4693635 . PMID 21753850 .  
  66. Перейти ↑ Ji X (2008). «Механизм действия РНКазы III: как режет кубик». РНК-интерференция . Актуальные темы микробиологии и иммунологии. 320 . С. 99–116. DOI : 10.1007 / 978-3-540-75157-1_5 . ISBN 978-3-540-75156-4. PMID  18268841 .
  67. ^ Mirihana Arachchilage G, Dassanayake AC, Бас S (февраль 2015). «Зависимый от ионов калия структурный переключатель РНК регулирует созревание человеческой пре-miRNA 92b» . Химия и биология . 22 (2): 262–72. DOI : 10.1016 / j.chembiol.2014.12.013 . PMID 25641166 . 
  68. ^ Сохел MH (2016). «Внеклеточные / циркулирующие микроРНК: механизмы высвобождения, функции и проблемы» . Достижения в науках о жизни . 10 (2): 175–186. DOI : 10.1016 / j.als.2016.11.007 .
  69. ^ a b Бекель Дж. Н., Рейс С. М., Лейстнер Д., Томе CE, Цайхер А. М., Фихтльшерер С., Келлер Т. (апрель 2014 г.). «От сердца до кончиков пальцев: вклад сердца на периферические уровни микроРНК». Международный журнал кардиологии . 172 (3): 616–7. DOI : 10.1016 / j.ijcard.2014.01.082 . PMID 24508494 . 
  70. ^ Lelandais-Бриер C, Сорин C, Declerck M, Benslimane A, Креспи M, Hartmann C (март 2010). «Разнообразие малых РНК в растениях и его влияние на развитие» . Текущая геномика . 11 (1): 14–23. DOI : 10.2174 / 138920210790217918 . PMC 2851111 . PMID 20808519 .  
  71. ↑ Rana TM (январь 2007 г.). «Освещая тишину: понимание структуры и функции малых РНК». Обзоры природы Молекулярная клеточная биология . 8 (1): 23–36. DOI : 10.1038 / nrm2085 . PMID 17183358 . S2CID 8966239 .  
  72. ^ a b Schwarz DS, Zamore PD (май 2002 г.). «Почему miRNA живут в miRNP?» . Гены и развитие . 16 (9): 1025–31. DOI : 10,1101 / gad.992502 . PMID 12000786 . 
  73. ^ Krol J, Sobczak K, Wilczynska U, Drath M, Jasinska A, Kaczynska D, Krzyzosiak WJ (октябрь 2004 г.). «Структурные особенности предшественников микроРНК (miRNA) и их значение для биогенеза miRNA и дизайна малых интерферирующих РНК / коротких шпилечных РНК» . Журнал биологической химии . 279 (40): 42230–9. DOI : 10.1074 / jbc.M404931200 . PMID 15292246 . 
  74. ^ Хворова A, Рейнольдс A, Jayasena SD (октябрь 2003). «Функциональные миРНК и миРНК демонстрируют смещение цепи» . Cell . 115 (2): 209–16. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (03) 00801-8 . PMID 14567918 . 
  75. ^ Schwarz DS, Hutvágner G, Du T, Xu Z, Аронин N, Zamore PD (октябрь 2003). «Асимметрия в сборке ферментного комплекса РНКи» . Cell . 115 (2): 199–208. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (03) 00759-1 . PMID 14567917 . 
  76. ↑ Lin SL, Chang D, Ying SY (август 2005 г.). «Асимметрия интронных структур pre-miRNA в функциональной сборке RISC» . Джин . 356 : 32–8. DOI : 10.1016 / j.gene.2005.04.036 . PMC 1788082 . PMID 16005165 .  
  77. Перейти ↑ Okamura K, Chung WJ, Lai EC (сентябрь 2008 г.). «Длинные и короткие гены с инвертированными повторами у животных: микроРНК, миртроны и шпилечные РНК» . Клеточный цикл . 7 (18): 2840–5. DOI : 10.4161 / cc.7.18.6734 . PMC 2697033 . PMID 18769156 .  
  78. ^ a b Pratt AJ, MacRae IJ (июль 2009 г.). «РНК-индуцированный комплекс подавления звука: универсальная машина подавления генов» . Журнал биологической химии . 284 (27): 17897–901. DOI : 10.1074 / jbc.R900012200 . PMC 2709356 . PMID 19342379 .  
  79. ^ Макрая IJ, Мы Е, Чжоу М, Робинсон CV, Doudna JA (январь 2008). «In vitro воссоздание человеческого комплекса загрузки RISC» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (2): 512–7. Bibcode : 2008PNAS..105..512M . DOI : 10.1073 / pnas.0710869105 . PMC 2206567 . PMID 18178619 .  
  80. ^ Mourelatos Z, Dostie J, Paushkin S, Шарма А, Charroux В, Абель л, Rappsilber Дж, Манн М, Дреифасс G (март 2002 г.). «miRNPs: новый класс рибонуклеопротеидов, содержащий множество микроРНК» . Гены и развитие . 16 (6): 720–8. DOI : 10,1101 / gad.974702 . PMC 155365 . PMID 11914277 .  
  81. ^ Meister G, Landthaler M, Peters L, Chen PY, Urlaub H, Lührmann R, Tuschl T (декабрь 2005 г.). «Идентификация новых белков, связанных с аргонавтом» . Текущая биология . 15 (23): 2149–55. DOI : 10.1016 / j.cub.2005.10.048 . PMID 16289642 . 
  82. ↑ Jing Q, Huang S, Guth S, Zarubin T, Motoyama A, Chen J, Di Padova F, Lin SC, Gram H, Han J (март 2005 г.). «Участие микроРНК в нестабильности мРНК, опосредованной AU-богатыми элементами» . Cell . 120 (5): 623–34. DOI : 10.1016 / j.cell.2004.12.038 . PMID 15766526 . 
  83. ^ a b c Кай З.С., Паскуинелли А.Е. (январь 2010 г.). «Убийцы микроРНК: факторы, регулирующие исчезновение миРНК» . Структурная и молекулярная биология природы . 17 (1): 5–10. DOI : 10.1038 / nsmb.1762 . PMC 6417416 . PMID 20051982 .  
  84. ^ Чаттерджи S, Grosshans H (сентябрь 2009). «Активный оборот модулирует активность зрелой микроРНК у Caenorhabditis elegans». Природа . 461 (7263): 546–9. Bibcode : 2009Natur.461..546C . DOI : 10,1038 / природа08349 . PMID 19734881 . S2CID 4414841 .  
  85. ^ a b c Морозова Н., Зиновьев А., Нонне Н., Причард Л.Л., Горбань А.Н., Харель-Беллан А. (сентябрь 2012 г.). «Кинетические сигнатуры способов действия микроРНК» . РНК . 18 (9): 1635–55. DOI : 10,1261 / rna.032284.112 . PMC 3425779 . PMID 22850425 .  
  86. ^ Ван XJ, Reyes JL, Чуа NH, Gaasterland T (2004). «Прогнозирование и идентификация микроРНК Arabidopsis thaliana и их мРНК-мишеней» . Геномная биология . 5 (9): R65. DOI : 10.1186 / GB-2004-5-9-R65 . PMC 522872 . PMID 15345049 .  
  87. ↑ Кавасаки Х, Тайра К. (2004). «МикроРНК-196 ингибирует экспрессию HOXB8 при миелоидной дифференцировке клеток HL60» . Серия симпозиумов по нуклеиновым кислотам . 48 (1): 211–2. DOI : 10.1093 / насса / 48.1.211 . PMID 17150553 . 
  88. ^ a b Moxon S, Jing R, Szittya G, Schwach F, Rusholme Pilcher RL, Moulton V, Dalmay T (октябрь 2008 г.). «Глубокое секвенирование коротких РНК томатов позволяет идентифицировать микроРНК, нацеленные на гены, участвующие в созревании плодов» . Геномные исследования . 18 (10): 1602–9. DOI : 10.1101 / gr.080127.108 . PMC 2556272 . PMID 18653800 .  
  89. ^ Mazière P, Энрайт AJ (июнь 2007). «Прогнозирование мишеней микроРНК». Открытие наркотиков сегодня . 12 (11–12): 452–8. DOI : 10.1016 / j.drudis.2007.04.002 . PMID 17532529 . 
  90. Перейти ↑ Williams AE (февраль 2008 г.). «Функциональные аспекты микроРНК животных». Клеточные и молекулярные науки о жизни . 65 (4): 545–62. DOI : 10.1007 / s00018-007-7355-9 . PMID 17965831 . S2CID 5708394 .  
  91. ^ Eulalio А, Huntzinger Е, Нисихара Т, Ревинкель Дж, Fauser М, Izaurralde Е (январь 2009 г.). «Деаденилирование - широко распространенный эффект регуляции miRNA» . РНК . 15 (1): 21–32. DOI : 10,1261 / rna.1399509 . PMC 2612776 . PMID 19029310 .  
  92. ^ Bazzini А. А., Ли MT, Giraldez AJ (апрель 2012). «Профилирование рибосом показывает, что miR-430 снижает трансляцию до того, как вызывает распад мРНК у рыбок данио» . Наука . 336 (6078): 233–7. Bibcode : 2012Sci ... 336..233B . DOI : 10.1126 / science.1215704 . PMC 3547538 . PMID 22422859 .  
  93. ^ Djuranovic S, Nahvi A, Зеленый R (апрель 2012). «miRNA-опосредованное подавление гена путем репрессии трансляции с последующими деаденилированием и распадом мРНК» . Наука . 336 (6078): 237–40. Bibcode : 2012Sci ... 336..237D . DOI : 10.1126 / science.1215691 . PMC 3971879 . PMID 22499947 .  
  94. ^ Tan Y, Чжан B, Wu T, Skogerbø G, Чжу X, Го X, Он S, Chen R (февраль 2009). «Транскрипционное ингибирование экспрессии Hoxd4 с помощью miRNA-10a в клетках рака груди человека» . BMC Molecular Biology . 10 (1): 12. DOI : 10,1186 / 1471-2199-10-12 . PMC 2680403 . PMID 19232136 .  
  95. ↑ Хокинс П.Г., Моррис К.В. (март 2008 г.). «РНК и транскрипционная модуляция экспрессии генов» . Клеточный цикл . 7 (5): 602–7. DOI : 10.4161 / cc.7.5.5522 . PMC 2877389 . PMID 18256543 .  
  96. ^ Старк А, Brennecke Дж, Bushati Н, Рассел Р., Коэн С. (декабрь 2005). «МикроРНК животных придают устойчивость экспрессии генов и оказывают значительное влияние на эволюцию 3'UTR» . Cell . 123 (6): 1133–46. DOI : 10.1016 / j.cell.2005.11.023 . PMID 16337999 . 
  97. ^ Li LC (2008). «Активация малых РНК-опосредованных генов» . В Моррис К.В. (ред.). РНК и регуляция экспрессии генов: скрытый уровень сложности . Horizon Scientific Press. ISBN 978-1-904455-25-7.
  98. ^ Место РФ, Li LC, Pookot D, Нунан EJ, Dahiya R (февраль 2008). «МикроРНК-373 индуцирует экспрессию генов с комплементарными промоторными последовательностями» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (5): 1608–13. Bibcode : 2008PNAS..105.1608P . DOI : 10.1073 / pnas.0707594105 . PMC 2234192 . PMID 18227514 .  
  99. ^ Salmena L, L Poliseno, Tay Y, L Катс, Pandolfi PP (август 2011). "Гипотеза цРНК: Розеттский камень скрытого языка РНК?" . Cell . 146 (3): 353–8. DOI : 10.1016 / j.cell.2011.07.014 . PMC 3235919 . PMID 21802130 .  
  100. ^ Куман, Карли; Ван Синдерен, Мишель; Гантье, Майкл П .; Райнчук, Кейт; Сорби, Келли; Ромбавты, Лук; Осианлис, Тики; Димитриадис, Евдокия (2015). «МикроРНК, секретируемая бластоцистами человека, регулирует адгезию эпителиальных клеток эндометрия» . EBioMedicine . 2 (10): 1528–1535. DOI : 10.1016 / j.ebiom.2015.09.003 . PMC 4634783 . PMID 26629549 .  
  101. ^ Чжоу, Лили; Миллер, Кейтлин; Миралья, Лорен Дж .; Ромеро, Анжелика; Mure, Ludovic S .; Панда, Сатчидананда; Кей, Стив А. (2021). «Скрининг микроРНК всего генома идентифицирует кластер микроРНК-183/96/182 как модулятор циркадных ритмов». Труды Национальной академии наук . 118 (1): e2020454118. DOI : 10.1073 / pnas.2020454118 . PMC  7817116. PMID 33443164 . S2CID 230713808 .  . Смотрите также:
    • МикроРНК играют ключевую роль в регуляции циркадных ритмов . На сайте: научные новости. 6 янв.2021 г.
  102. ^ Акстелл MJ, Бартель DP (июнь 2005). «Древность микроРНК и их мишени у наземных растений» . Растительная клетка . 17 (6): 1658–73. DOI : 10.1105 / tpc.105.032185 . PMC 1143068 . PMID 15849273 .  
  103. ^ Tanzer A, Stadler PF (май 2004). «Молекулярная эволюция кластера микроРНК». Журнал молекулярной биологии . 339 (2): 327–35. CiteSeerX 10.1.1.194.1598 . DOI : 10.1016 / j.jmb.2004.03.065 . PMID 15136036 .  
  104. ^ Chen K, Rajewsky N (февраль 2007). «Эволюция регуляции генов с помощью факторов транскрипции и микроРНК». Природа Обзоры Генетики . 8 (2): 93–103. DOI : 10.1038 / nrg1990 . PMID 17230196 . S2CID 174231 .  
  105. ^ Ли CT, Risom T, Strauss WM (апрель 2007). «Эволюционная консервация регуляторных цепей микроРНК: изучение сложности генов микроРНК и сохраненных взаимодействий микроРНК-мишени посредством филогении многоклеточных». ДНК и клеточная биология . 26 (4): 209–18. DOI : 10.1089 / dna.2006.0545 . PMID 17465887 . 
  106. ^ a b c d Петерсон К.Дж., Дитрих М.Р., МакПик М.А. (июль 2009 г.). «МикроРНК и макроэволюция многоклеточных животных: понимание канализации, сложности и кембрийского взрыва» . BioEssays . 31 (7): 736–47. DOI : 10.1002 / bies.200900033 . PMID 19472371 . S2CID 15364875 .  
  107. ^ Шабалина С.А., Кунин Е.В. (октябрь 2008 г.). «Происхождение и эволюция эукариотической РНК-интерференции» . Тенденции в экологии и эволюции . 23 (10): 578–87. DOI : 10.1016 / j.tree.2008.06.005 . PMC 2695246 . PMID 18715673 .  
  108. ^ Акстелл MJ, Вестхольм JO, Lai EC (2011). «Vive la différence: биогенез и эволюция микроРНК у растений и животных» . Геномная биология . 12 (4): 221. DOI : 10.1186 / GB-2011-12-4-221 . PMC 3218855 . PMID 21554756 .  
  109. ^ a b Уиллер Б.М., Хеймберг А.М., Мой В.Н., Сперлинг Е.А., Голштинский Т.В., Хебер С., Петерсон К.Дж. (2009). «Глубокая эволюция микроРНК многоклеточных животных». Эволюция и развитие . 11 (1): 50–68. DOI : 10.1111 / j.1525-142X.2008.00302.x . PMID 19196333 . S2CID 14924603 .  
  110. ↑ Пашковский П.П., Рязанский СС (июнь 2013 г.). «Биогенез, эволюция и функции растительных микроРНК». Биохимия. Биохимия . 78 (6): 627–37. DOI : 10.1134 / S0006297913060084 . PMID 23980889 . S2CID 12025420 .  
  111. ^ а б Хаймберг А.М., Семпере Л.Ф., Мой В.Н., Донохью П.С., Петерсон К.Дж. (февраль 2008 г.). «МикроРНК и появление морфологической сложности позвоночных» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (8): 2946–50. Bibcode : 2008PNAS..105.2946H . DOI : 10.1073 / pnas.0712259105 . PMC 2268565 . PMID 18287013 .  
  112. ^ a b c Нодзава М., Миура С., Ней М. (июль 2010 г.). «Происхождение и эволюция генов микроРНК у видов дрозофилы» . Геномная биология и эволюция . 2 : 180–9. DOI : 10.1093 / GbE / evq009 . PMC 2942034 . PMID 20624724 .  
  113. ↑ Аллен Э, Се З., Густафсон А.М., Сун Г.Х., Спатафора Дж. В., Кэррингтон Дж. С. (декабрь 2004 г.). «Эволюция генов микроРНК путем инвертированной дупликации последовательностей генов-мишеней в Arabidopsis thaliana». Генетика природы . 36 (12): 1282–90. DOI : 10.1038 / ng1478 . PMID 15565108 . S2CID 11997028 .  
  114. ^ Warthmann N, Das S, Ланц C, D Вайгель (май 2008). «Сравнительный анализ локуса микроРНК MIR319a у Arabidopsis и родственных Brassicaceae» . Молекулярная биология и эволюция . 25 (5): 892–902. DOI : 10.1093 / molbev / msn029 . PMID 18296705 . 
  115. ^ Fahlgren N, Jogdeo S, Kasschau KD, Sullivan CM, Chapman EJ, Laubinger S, Смит Л. М., Dasenko M, Givan SA, Вайгель D, Каррингтон JC (апрель 2010). «Эволюция гена микроРНК у Arabidopsis lyrata и Arabidopsis thaliana» . Растительная клетка . 22 (4): 1074–89. DOI : 10.1105 / tpc.110.073999 . PMC 2879733 . PMID 20407027 .  
  116. ^ Caravas J, Friedrich M (июнь 2010). «О клещах и многоножках: недавний прогресс в разрешении основания дерева членистоногих». BioEssays . 32 (6): 488–95. DOI : 10.1002 / bies.201000005 . PMID 20486135 . S2CID 20548122 .  
  117. ^ Kenny NJ, Namigai EK, Marlétaz F, Hui JH, Shimeld SM (декабрь 2015). «Проект геномных сборок и предсказанные дополнения микроРНК литоральных lophotrochozoans Patella vulgata (Mollusca, Patellogastropoda) и Spirobranchus (Pomatoceros) lamarcki (Annelida, Serpulida)» . Морская геномика . 24 (2): 139–46. DOI : 10.1016 / j.margen.2015.07.004 . PMID 26319627 . 
  118. ^ Кок Дж. М., Стерк Л., Рузе П., Скорнет Д., Аллен А. Э., Амуциас Г. и др. (Июнь 2010 г.). «Геном Ectocarpus и независимая эволюция многоклеточности у бурых водорослей» . Природа . 465 (7298): 617–21. Bibcode : 2010Natur.465..617C . DOI : 10.1038 / природа09016 . PMID 20520714 . 
  119. ^ Cuperus JT, Fahlgren N, Каррингтон JC (февраль 2011). «Эволюция и функциональная диверсификация генов MIRNA» . Растительная клетка . 23 (2): 431–42. DOI : 10.1105 / tpc.110.082784 . PMC 3077775 . PMID 21317375 .  
  120. ↑ Ryan JF, Pang K, Schnitzler CE, Nguyen AD, Moreland RT, Simmons DK, Koch BJ, Francis WR, Havlak P, Smith SA, Putnam NH, Haddock SH , Dunn CW, Wolfsberg TG, Mullikin JC, Martindale MQ, Baxevanis AD (декабрь 2013 г.). «Геном гребневика Mnemiopsis leidyi и его значение для эволюции типов клеток» . Наука . 342 (6164): 1242592. DOI : 10.1126 / science.1242592 . PMC 3920664 . PMID 24337300 .  
  121. ^ Максвелл EK, Райан JF, Schnitzler CE, Browne WE, Baxevanis AD (декабрь 2012 г.). «МикроРНК и важные компоненты механизма обработки микроРНК не кодируются в геноме гребневика Mnemiopsis leidyi» . BMC Genomics . 13 (1): 714. DOI : 10.1186 / 1471-2164-13-714 . PMC 3563456 . PMID 23256903 .  
  122. ^ Dimond PF (15 марта 2010). «Терапевтический потенциал миРНК» . Новости генной инженерии и биотехнологии . 30 (6): 1. Архивировано из оригинала 10 июля 2010 года . Проверено 10 июля 2010 года .
  123. ^ Тжаден B, Гудвин SS, Opdyke JA, Guillier M, Fu DX, Готтесман S, Storz G (2006). «Целевое предсказание малых, некодирующих РНК в бактериях» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (9): 2791–802. DOI : 10.1093 / NAR / gkl356 . PMC 1464411 . PMID 16717284 .  
  124. ^ Лю CG, Калин Г.А., Volinia S Кроче CM (2008). «Профилирование экспрессии микроРНК с использованием микрочипов». Протоколы природы . 3 (4): 563–78. DOI : 10.1038 / nprot.2008.14 . PMID 18388938 . S2CID 2441105 .  
  125. ^ Чен С, Ridzon Д.А., Broomer AJ, Чжоу Z, Ли DH, Нгуен JT, Barbisin М, Сей Н. Л., Mahuvakar В. Р., Андерсен М. Р., Лао KQ, KJ Ливак, Guegler КДж (ноябрь 2005 г.). «Количественная оценка микроРНК в режиме реального времени с помощью ОТ-ПЦР« стебель-петля »» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (20): e179. DOI : 10.1093 / NAR / gni178 . PMC 1292995 . PMID 16314309 .  
  126. ^ Shingara Дж, Keiger К, Шелтон Дж, Laosinchai-Вольф Вт, Пауэрс Р, Р Конрад, Браун Д, Е Labourier (сентябрь 2005 г.). «Оптимизированная платформа для выделения и маркировки для точного профилирования экспрессии микроРНК» . РНК . 11 (9): 1461–70. DOI : 10,1261 / rna.2610405 . PMC 1370829 . PMID 16043497 .  
  127. ^ Buermans HP, Ariyurek Y, ван Ommen G, ден Dunnen JT, «т HOEN PA (декабрь 2010). «Новые методы профилирования экспрессии микроРНК на основе секвенирования нового поколения» . BMC Genomics . 11 : 716. DOI : 10.1186 / 1471-2164-11-716 . PMC 3022920 . PMID 21171994 .  
  128. ^ Клоостерман WP, Wienholds E, Ketting РФ, Пластерк RH (2004). «Требования к субстрату для функции let-7 в развивающемся эмбрионе рыбок данио» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (21): 6284–91. DOI : 10.1093 / NAR / gkh968 . PMC 535676 . PMID 15585662 .  
  129. Перейти ↑ Flynt AS, Li N, Thatcher EJ, Solnica-Krezel L, Patton JG (февраль 2007 г.). «Рыбка данио miR-214 модулирует передачу сигналов Hedgehog для определения судьбы мышечных клеток» . Генетика природы . 39 (2): 259–63. DOI : 10.1038 / ng1953 . PMC 3982799 . PMID 17220889 .  
  130. ^ Meister G, M Landthaler, Dorsett Y, Tuschl T (март 2004). «Последовательно-специфическое ингибирование вызванного микроРНК и миРНК молчания РНК» . РНК . 10 (3): 544–50. DOI : 10,1261 / rna.5235104 . PMC 1370948 . PMID 14970398 .  
  131. ^ Клоостерман WP, Lagendijk А.К., Ketting РФ, Мултон JD, Пластерк RH (август 2007). «Направленное ингибирование созревания miRNA с помощью морфолино показывает роль miR-375 в развитии островков поджелудочной железы» . PLOS Биология . 5 (8): e203. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0050203 . PMC 1925136 . PMID 17676975 .  
  132. ^ Gebert НЧ, Rebhan М.А., Crivelli С.Е., Дензлер R, Штоффель М, зал J (январь 2014). «Миравирсен (SPC3649) может ингибировать биогенез miR-122» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (1): 609–21. DOI : 10.1093 / NAR / gkt852 . PMC 3874169 . PMID 24068553 .  
  133. ^ Choi WY, Giraldez AJ, Schier AF (октябрь 2007). «Средства защиты мишеней выявляют ослабление и балансировку агониста и антагониста Nodal с помощью miR-430». Наука . 318 (5848): 271–4. Bibcode : 2007Sci ... 318..271C . DOI : 10.1126 / science.1147535 . PMID 17761850 . S2CID 30461594 .  
  134. ^ Вы Y, Морейра BG, Behlke MA, Owczarzy R (май 2006). «Дизайн зондов LNA, которые улучшают распознавание рассогласования» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (8): e60. DOI : 10.1093 / NAR / gkl175 . PMC 1456327 . PMID 16670427 .  
  135. ^ Lagendijk А.К., Мултон JD, Bakkers J (июнь 2012). «Выявление деталей: полный протокол гибридизации микроРНК in situ для эмбрионов рыбок данио и взрослых тканей» . Биология открытая . 1 (6): 566–9. DOI : 10.1242 / bio.2012810 . PMC 3509442 . PMID 23213449 .  
  136. Перейти ↑ Kaur H, Arora A, Wengel J, Maiti S (июнь 2006 г.). «Термодинамические, противоионные и гидратационные эффекты для включения заблокированных нуклеотидов нуклеиновых кислот в дуплексы ДНК». Биохимия . 45 (23): 7347–55. DOI : 10.1021 / bi060307w . PMID 16752924 . 
  137. ^ Nielsen JA, Lau P, D Марич, Баркер JL Хадсон LD (август 2009). «Интеграция профилей экспрессии микроРНК и мРНК нейрональных предшественников для выявления регуляторных сетей, лежащих в основе начала кортикального нейрогенеза» . BMC Neuroscience . 10 : 98. DOI : 10,1186 / 1471-2202-10-98 . PMC 2736963 . PMID 19689821 .  
  138. ^ Grimson A, Farh KK, Джонстон WK, Garrett-Engele P, Lim LP, Бартель DP (июль 2007). «Специфичность нацеливания микроРНК у млекопитающих: детерминанты за пределами спаривания семян» . Молекулярная клетка . 27 (1): 91–105. DOI : 10.1016 / j.molcel.2007.06.017 . PMC 3800283 . PMID 17612493 .  
  139. ↑ Griffiths-Jones S, Saini HK, van Dongen S, Enright AJ (январь 2008 г.). «miRBase: инструменты для геномики микроРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (выпуск базы данных): D154–8. DOI : 10.1093 / NAR / gkm952 . PMC 2238936 . PMID 17991681 .  
  140. Перейти ↑ Nam S, Li M, Choi K, Balch C, Kim S, Nephew KP (июль 2009 г.). «Интегрированный анализ микроРНК и мРНК (MMIA): веб-инструмент для изучения биологических функций экспрессии микроРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (выпуск веб-сервера): W356–62. DOI : 10.1093 / NAR / gkp294 . PMC 2703907 . PMID 19420067 .  
  141. ^ Artmann S, Юнг К, Bleckmann А, Т Beissbarth (2012). Проверо П. (ред.). «Обнаружение одновременных групповых эффектов в экспрессии микроРНК и связанных наборов генов-мишеней» . PLOS ONE . 7 (6): e38365. Bibcode : 2012PLoSO ... 738365A . DOI : 10.1371 / journal.pone.0038365 . PMC 3378551 . PMID 22723856 .  
  142. ↑ Jiang Q, Wang Y, Hao Y, Juan L, Teng M, Zhang X, Li M, Wang G, Liu Y (январь 2009 г.). «miR2Disease: вручную созданная база данных по нарушению регуляции микроРНК при заболеваниях человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 37. 37 (Выпуск базы данных): D98–104. DOI : 10.1093 / NAR / gkn714 . PMC 2686559 . PMID 18927107 .  
  143. ^ Mencía А, Modamio-Høybjør S, Редшау N, Morin М, Mayo-мериноса Ж, Olavarrieta л, Агирре Л.А., дель Кастильо I, стали КП, Dalmay Т, Морено Р, Морено-Пелайо М.А. (май 2009 г.). «Мутации в области зародыша miR-96 человека ответственны за несиндромную прогрессирующую потерю слуха». Генетика природы . 41 (5): 609–13. DOI : 10.1038 / ng.355 . PMID 19363479 . S2CID 11113852 .  
  144. Перейти ↑ Hughes AE, Bradley DT, Campbell M, Lechner J, Dash DP, Simpson DA, Willoughby CE (ноябрь 2011 г.). «Мутация, изменяющая область семян miR-184, вызывает семейный кератоконус с катарактой» . Американский журнал генетики человека . 89 (5): 628–33. DOI : 10.1016 / j.ajhg.2011.09.014 . PMC 3213395 . PMID 21996275 .  
  145. ^ de Pontual L, Yao E, Callier P, Faivre L, Drouin V, Cariou S, Van Haeringen A, Geneviève D, Goldenberg A, Oufadem M, Manouvrier S, Munnich A, Vidigal JA, Vekemans M, Lyonnet S, Henrion- Кауд А., Вентура А., Амиэль Дж. (Сентябрь 2011 г.). «Делеция зародышевой линии кластера miR-17∼92 вызывает дефекты скелета и роста у людей» . Генетика природы . 43 (10): 1026–30. DOI : 10.1038 / ng.915 . PMC 3184212 . PMID 21892160 .  
  146. ^ Võsa U, VOODER Т, Kolde R, Фишер К, Välk К, Tõnisson Н, Roosipuu R, Vilo Дж, Метспалу А, Annilo Т (октябрь 2011 г.). «Идентификация miR-374a как прогностического маркера выживаемости у пациентов с немелкоклеточным раком легких на ранней стадии» . Гены, хромосомы и рак . 50 (10): 812–22. DOI : 10.1002 / gcc.20902 . PMID 21748820 . S2CID 9746594 .  
  147. ^ Akçakaya P, S Эклунд, Kolosenko I, Caramuta S, Ozata DM, Се H, Lindforss U, Olivecrona H, Lui WO (август 2011). «Нарушение регуляции miR-185 и miR-133b связано с общей выживаемостью и метастазированием при колоректальном раке» . Международный журнал онкологии . 39 (2): 311–8. DOI : 10.3892 / ijo.2011.1043 . PMID 21573504 . 
  148. ^ a b Эйкинг А, Рейс Х, Франк М, Геркен Г, Шмид К.В., Карио Э (2016). «MiR-205 и MiR-373 связаны с агрессивным муцинозным колоректальным раком человека» . PLOS ONE . 11 (6): e0156871. Bibcode : 2016PLoSO..1156871E . DOI : 10.1371 / journal.pone.0156871 . PMC 4894642 . PMID 27271572 .  
  149. ^ MicroRNA-21 способствует пролиферации клеток гепатоцеллюлярной карциномы HepG2 посредством репрессии митоген-активируемой протеинкиназы-киназы 3. Guangxian Xu et al, 2013
  150. ^ Джонс К., Нурс JP, Keane С, Бхатнагар А, Ганди МК (январь 2014). «МикроРНК плазмы - биомаркеры реакции на заболевание при классической лимфоме Ходжкина» . Клинические исследования рака . 20 (1): 253–64. DOI : 10.1158 / 1078-0432.CCR-13-1024 . PMID 24222179 . 
  151. ^ Hosseinahli N, Aghapour М, Duijf PH, Baradaran В (август 2018). «Лечение рака с помощью заместительной терапии микроРНК: обзор литературы». Журнал клеточной физиологии . 233 (8): 5574–5588. DOI : 10.1002 / jcp.26514 . PMID 29521426 . S2CID 3766576 .  
  152. ↑ Лю Г, Сун Y, Джи П, Ли X, Когделл Д., Ян Д., Паркер Керриган BC, Шмулевич И., Чен К., Суд А. К., Сюэ Ф, Чжан В. (июль 2014 г.). «MiR-506 подавляет пролиферацию и вызывает старение путем прямого воздействия на ось CDK4 / 6-FOXM1 при раке яичников» . Журнал патологии . 233 (3): 308–18. DOI : 10.1002 / path.4348 . PMC 4144705 . PMID 24604117 .  
  153. ^ Wen SY, Lin Y, Ю. Уо, Цао SJ, Чжан R, Ян XM, Li J, Чжан Ю.Л., Ван YH, Ма М.З., вс WW, Лу XL, Ван JH, Дэн YC, Чжан ZG (февраль 2015). «miR-506 действует как опухолевый супрессор, напрямую воздействуя на фактор транскрипции пути hedgehog Gli3 при раке шейки матки человека». Онкоген . 34 (6): 717–25. DOI : 10.1038 / onc.2014.9 . PMID 24608427 . S2CID 20603801 .  
  154. ^ Loeb, Keith R .; Лоэб, Лоуренс А. (март 2000 г.). «Значение множественных мутаций при раке» . Канцерогенез . 21 (3): 379–385. DOI : 10.1093 / carcin / 21.3.379 . PMID 10688858 . 
  155. ^ Лодиш, Харви; Берк, Арнольд; Kaiser, Chris A .; Кригер, Монти; Бретчер, Энтони; Плоег, Хидде; Амон, Анжелика; Мартин, Келси К. (2016). Молекулярная клеточная биология (8-е изд.). Нью-Йорк: WH Freeman and Company. п. 203. ISBN. 978-1-4641-8339-3.
  156. ^ Ху, Н; Гатти, РА (июнь 2011 г.). «МикроРНК: новые игроки в реакции на повреждение ДНК» . J Mol Cell Biol . 3 (3): 151–8. DOI : 10.1093 / jmcb / mjq042 . PMC 3104011 . PMID 21183529 .  
  157. ^ Jasperson KW, Tuohy TM, Neklason DW, Burt RW (июнь 2010). «Наследственный и семейный рак толстой кишки» . Гастроэнтерология . 138 (6): 2044–58. DOI : 10,1053 / j.gastro.2010.01.054 . PMC 3057468 . PMID 20420945 .  
  158. ^ Truninger K, Menigatti M, Luz J, Russell A, Haider R, Gebbers JO, Bannwart F, Yurtsever H, Neuweiler J, Riehle HM, Cattaruzza MS, Heinimann K, Schär P, Jiricny J, Marra G (май 2005). «Иммуногистохимический анализ показывает высокую частоту дефектов PMS2 при колоректальном раке». Гастроэнтерология . 128 (5): 1160–71. DOI : 10,1053 / j.gastro.2005.01.056 . PMID 15887099 . 
  159. ^ Валери Н, Гаспарини П., Фаббри М, Бракони С, Веронезе А, Ловат Ф, Адаир Б, Ваннини I, Фанини Ф, Боттони А, Костинян С, Сандху СК, Нуово Г.Дж., Ольха Х, Гафа Р, Калор Ф, Феррацин М., Ланза Г., Волиния С., Негрини М., Макилхаттон М.А., Амадори Д., Фишел Р., Кроче С.М. (апрель 2010 г.). «Модуляция репарации несовпадений и стабильности генома с помощью miR-155» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (15): 6982–7. Bibcode : 2010PNAS..107.6982V . DOI : 10.1073 / pnas.1002472107 . PMC 2872463 . PMID 20351277 .  
  160. ^ a b c Чжан В., Чжан Дж, Ходли К., Кушваха Д., Рамакришнан В., Ли С., Кан С, Ю Й, Цзян С., Сон Ю, Цзян Т., Чен СС (июнь 2012 г.). «miR-181d: прогнозирующий биомаркер глиобластомы, который подавляет экспрессию MGMT» . Нейроонкология . 14 (6): 712–9. DOI : 10.1093 / neuonc / nos089 . PMC 3367855 . PMID 22570426 .  
  161. ^ Spiegl-Kreinecker S, Пиркер С, Filipits М, Lötsch D, Buchroithner J, J Пичлер, Silye R, S Вайс, Micksche М, Фишер Дж, Бергер Вт (январь 2010). «Экспрессия белка O6-метилгуанин-ДНК-метилтрансферазы в опухолевых клетках предсказывает исход терапии темозоломидом у пациентов с глиобластомой» . Нейроонкология . 12 (1): 28–36. DOI : 10.1093 / neuonc / nop003 . PMC 2940563 . PMID 20150365 .  
  162. ^ Sgarra R, Rustighi А, Tessari М.А., Ди Бернардо Дж, Алтамура S, Фуско А, Manfioletti G, Giancotti В (сентябрь 2004 г.). «Ядерные фосфопротеины HMGA и их связь со структурой хроматина и раком». Письма FEBS . 574 (1–3): 1–8. DOI : 10.1016 / j.febslet.2004.08.013 . PMID 15358530 . S2CID 28903539 .  
  163. ↑ Xu Y, Sumter TF, Bhattacharya R, Tesfaye A, Fuchs EJ, Wood LJ, Huso DL, Resar LM (май 2004 г.). «Онкоген HMG-I вызывает высоко проникающую агрессивную лимфоидную злокачественную опухоль у трансгенных мышей и сверхэкспрессируется при лейкемии человека» . Исследования рака . 64 (10): 3371–5. DOI : 10.1158 / 0008-5472.CAN-04-0044 . PMID 15150086 . 
  164. ^ Боррманн л, Шванбек Р, Т Хейдук, Зеебек В, Р Rogalla, Bullerdiek Дж, Вишневский JR (декабрь 2003 г.). «Белок группы A2 с высокой подвижностью и его производные связывают конкретную область промотора гена репарации ДНК ERCC1 и модулируют его активность» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (23): 6841–51. DOI : 10.1093 / NAR / gkg884 . PMC 290254 . PMID 14627817 .  
  165. ^ Facista А, Нгуен Н, Льюис С, Прасада АР, Рэмси л, Zaitlin В, Nfonsam В, Krouse РС, Бернштейн Н, Payne СМ, Стерн S, Oatman N, Бэнерджи В, С Бернштейн (апрель 2012). «Недостаточная экспрессия ферментов репарации ДНК на ранней стадии развития спорадического рака толстой кишки» . Целостность генома . 3 (1): 3. DOI : 10,1186 / 2041-9414-3-3 . PMC 3351028 . PMID 22494821 .  
  166. ^ Регулирование miR181 семейство зависимых рецепторов CDON опухолевой супрессивной активности в нейробластоме. Gibert B, Delloye-Bourgeois C, Gattolliat CH, Meurette O, Le Guernevel S, Fombonne J, Ducarouge B, Lavial F, Bouhallier F, Creveaux M, Negulescu AM, Bénard J, Janoueix-Lerosey I, Harel-Bellan A, Delattre O, Mehlen P.J Natl Cancer Inst. 2014 13 октября; 106 (11): dju318. DOI: 10.1093 / jnci / dju318. Печать 2014 Ноябрь.
  167. ↑ Chen JF, Murchison EP , Tang R, Callis TE, Tatsuguchi M, Deng Z, Rojas M, Hammond SM, Schneider MD, Selzman CH, Meissner G, Patterson C, Hannon GJ , Wang DZ (февраль 2008 г.). «Целенаправленное удаление Dicer в сердце приводит к дилатационной кардиомиопатии и сердечной недостаточности» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (6): 2111–6. Bibcode : 2008PNAS..105.2111C . DOI : 10.1073 / pnas.0710228105 . PMC 2542870 . PMID 18256189 .  
  168. ^ а б Чжао Ю., Рэнсом Дж. Ф., Ли А., Ведантам V, фон Дрехле М., Мут А. Н., Цучихаши Т., Макманус М. Т., Шварц Р. Дж., Шривастава Д. (апрель 2007 г.). «Нарушение регуляции кардиогенеза, сердечной проводимости и клеточного цикла у мышей, лишенных miRNA-1-2» . Cell . 129 (2): 303–17. DOI : 10.1016 / j.cell.2007.03.030 . PMID 17397913 . 
  169. ^ Тум Т, Galuppo Р, Вольф С, Фидлер Дж, Kneitz S, ван Laake ЛМ, Doevendans П.А., Маммери CL, Borlak Дж, Haverich А, Гросс С, Энджелхардт S, Эртл G, J Bauersachs (июль 2007 г.). «МикроРНК в сердце человека: ключ к репрограммированию гена плода при сердечной недостаточности» . Тираж . 116 (3): 258–67. DOI : 10.1161 / CIRCULATIONAHA.107.687947 . PMID 17606841 . 
  170. ^ Ван Роые Е, Сазерленд Л. Б., Ль N, Williams AH, McAnally Дж, Джерард РД, Ричардсон JA, Олсон RU (ноябрь 2006 года). «Фирменный паттерн стресс-чувствительных микроРНК, которые могут вызывать гипертрофию сердца и сердечную недостаточность» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (48): 18255–60. Bibcode : 2006PNAS..10318255V . DOI : 10.1073 / pnas.0608791103 . PMC 1838739 . PMID 17108080 .  
  171. ^ Tatsuguchi M, Сек ГИ, Каллиса TE, Thomson JM, Чэнь JF, Newman M, Rojas M, Hammond С.М., Ван DZ (июнь 2007). «Экспрессия микроРНК динамически регулируется во время гипертрофии кардиомиоцитов» . Журнал молекулярной и клеточной кардиологии . 42 (6): 1137–41. DOI : 10.1016 / j.yjmcc.2007.04.004 . PMC 1934409 . PMID 17498736 .  
  172. ↑ Zhao Y, Samal E, Srivastava D (июль 2005 г.). «Сывороточный фактор ответа регулирует специфичную для мышц микроРНК, которая нацелена на Hand2 во время кардиогенеза». Природа . 436 (7048): 214–20. Bibcode : 2005Natur.436..214Z . DOI : 10,1038 / природа03817 . PMID 15951802 . S2CID 4340449 .  
  173. ^ Сяо Дж, Ло Х, Линь Х, Чжан И, Лу И, Ван Н, Чжан И, Ян Б., Ван З (апрель 2007 г.). «МикроРНК miR-133 подавляет экспрессию K + -каналов HERG, способствуя удлинению интервала QT в диабетических сердцах» . Журнал биологической химии . 282 (17): 12363–7. DOI : 10.1074 / jbc.C700015200 . PMID 17344217 . 
  174. ↑ Ян Б, Линь Х, Сяо Дж, Лу И, Ло Х, Ли Б, Чжан И, Сюй Ц, Бай И, Ван Х, Чен Г, Ван З (апрель 2007). «Специфическая для мышц микроРНК miR-1 регулирует аритмогенный потенциал сердца, воздействуя на GJA1 и KCNJ2». Природная медицина . 13 (4): 486–91. DOI : 10.1038 / nm1569 . PMID 17401374 . S2CID 1935811 .  
  175. ^ Забочусь, Catalucci Д, Felicetti Ж, Bonci Д, Addario А, галло Р, взрыв М.Л., Segnalini Р, Гу Y, Дальтон Н.Д., Элиа л, Латронико М.В., Hoydal М, Autore С, Руссо М.А., Дорн GW, Эллингсен О, Руис-Лозано П., Петерсон К.Л., Кроче С.М., Пешле С., Кондорелли Дж. (Май 2007 г.). «MicroRNA-133 контролирует гипертрофию сердца». Природная медицина . 13 (5): 613–8. DOI : 10.1038 / nm1582 . PMID 17468766 . S2CID 10097893 .  
  176. ^ Ван Rooij E, Sutherland LB, Qi X, Ричардсон JA, J Hill, Olson EN (апрель 2007). «Контроль стресс-зависимого сердечного роста и экспрессии генов с помощью микроРНК» . Наука . 316 (5824): 575–9. Bibcode : 2007Sci ... 316..575V . DOI : 10.1126 / science.1139089 . PMID 17379774 . S2CID 1927839 .  
  177. ^ Keller T, Boeckel JN, Groß S, Klotsche J, Palapies L, Leistner D, et al. (Июль 2017 г.). «Улучшенная стратификация риска при профилактике с помощью панели выбранных циркулирующих микроРНК» . Научные отчеты . 7 (1): 4511. Bibcode : 2017NatSR ... 7,4511K . DOI : 10.1038 / s41598-017-04040-ш . PMC 5495799 . PMID 28674420 .  
  178. ^ Insull W (январь 2009). «Патология атеросклероза: образование бляшек и реакции бляшек на лечение». Американский журнал медицины . 122 (1 приложение): S3 – S14. DOI : 10.1016 / j.amjmed.2008.10.013 . PMID 19110086 . 
  179. ^ a b c d e f g h i j k l m n o p q Son DJ, Kumar S, Takabe W, Kim CW, Ni CW, Alberts-Grill N, Jang IH, Kim S, Kim W, Won Kang S. , Бейкер А.Х., Вун Со Дж., Феррара К.В., Джо Х. (2013). «Атипичная механочувствительная микроРНК-712, полученная из прерибосомальной РНК, вызывает эндотелиальное воспаление и атеросклероз» . Nature Communications . 4 : 3000. Bibcode : 2013NatCo ... 4.3000S . DOI : 10.1038 / ncomms4000 . PMC 3923891 . PMID  24346612 .
  180. ^ а б Басу Р., Фан Д, Кандалам V, Ли Дж., Дас С. К., Ван X, Болдуин Т. А., Аудит Г. Ю., Кассири З. (декабрь 2012 г.). «Утрата гена Timp3 приводит к образованию аневризмы брюшной аорты в ответ на ангиотензин II» . Журнал биологической химии . 287 (53): 44083–96. DOI : 10.1074 / jbc.M112.425652 . PMC 3531724 . PMID 23144462 .  
  181. Перейти ↑ Libby P (2002). «Воспаление при атеросклерозе». Природа . 420 (6917): 868–74. Bibcode : 2002Natur.420..868L . DOI : 10,1038 / природа01323 . PMID 12490960 . S2CID 407449 .  
  182. ↑ a b Phua YL, Chu JY, Marrone AK, Bodnar AJ, Sims-Lucas S, Ho J (октябрь 2015 г.). «Почечные стромальные miRNAs необходимы для нормального нефрогенеза и выживания мезангиальных клубочков» . Физиологические отчеты . 3 (10): e12537. DOI : 10.14814 / phy2.12537 . PMC 4632944 . PMID 26438731 .  
  183. ^ Maes OC, Chertkow HM, Ван Е, Schipper HM (май 2009). «МикроРНК: последствия для болезни Альцгеймера и других заболеваний ЦНС человека» . Текущая геномика . 10 (3): 154–68. DOI : 10.2174 / 138920209788185252 . PMC 2705849 . PMID 19881909 .  
  184. ↑ Amin ND, Bai G, Klug JR, Bonanomi D, Pankratz MT, Gifford WD, Hinckley CA, Sternfeld MJ, Driscoll SP, Dominguez B, Lee KF, Jin X, Pfaff SL (декабрь 2015 г.). «Потеря мотонейрон-специфической микроРНК-218 вызывает системную нервно-мышечную недостаточность» . Наука . 350 (6267): 1525–9. Bibcode : 2015Sci ... 350.1525A . DOI : 10.1126 / science.aad2509 . PMC 4913787 . PMID 26680198 .  
  185. ^ Schratt G (декабрь 2009 г.). «микроРНК в синапсе». Обзоры природы. Неврология . 10 (12): 842–9. DOI : 10.1038 / nrn2763 . PMID 19888283 . S2CID 3507952 .  
  186. ^ Хоссейнян С, Арефиан А, Рахш-Хоршид Х (2020). «Мета-анализ данных по экспрессии генов подчеркивает синаптическую дисфункцию в гиппокампе мозга при болезни Альцгеймера» . Научные отчеты . 10 (1): 8384. Bibcode : 2020NatSR..10.8384H . DOI : 10.1038 / s41598-020-64452-Z . PMC 7239885 . PMID 32433480 .  
  187. ^ Hommers LG, Domschke K, Deckert J (январь 2015). «Неоднородность и индивидуальность: микроРНК при психических расстройствах». Журнал нейронной передачи . 122 (1): 79–97. DOI : 10.1007 / s00702-014-1338-4 . PMID 25395183 . S2CID 25088900 .  
  188. ^ Фэн - J, G ВС, Ян Дж, Noltner K, Li Вт, Бузин СН, Longmate Дж, Хестон Л.Л., Росси Дж, Sommer СС (июль 2009 г.). Reif A (ред.). «Доказательства Х-хромосомной шизофрении, связанной с изменениями микроРНК» . PLOS ONE . 4 (7): e6121. Bibcode : 2009PLoSO ... 4.6121F . DOI : 10.1371 / journal.pone.0006121 . PMC 2699475 . PMID 19568434 .  
  189. ^ Бевериджа NJ, Гардинер E, Carroll AP, Tooney PA, Cairns MJ (декабрь 2010). «Шизофрения связана с увеличением биогенеза кортикальных микроРНК» . Молекулярная психиатрия . 15 (12): 1176–89. DOI : 10.1038 / mp.2009.84 . PMC 2990188 . PMID 19721432 .  
  190. ^ "Факты об инсульте | cdc.gov" . www.cdc.gov . 15 марта 2019 . Проверено 5 декабря 2019 .
  191. ^ Ринк, Кэмерон; Ханна, Савита (май 2011 г.). «МикроРНК в этиологии и патологии ишемического инсульта» . Физиологическая геномика . 43 (10): 521–528. DOI : 10.1152 / physiolgenomics.00158.2010 . ISSN 1094-8341 . PMC 3110894 . PMID 20841499 .   
  192. ^ Оуян, И-Бин; Старый, Крид М .; Ян, Го-Юань; Жиффар, Рона (1 января 2013 г.). «МикроРНК: инновационные мишени для церебральной ишемии и инсульта» . Текущие целевые показатели по лекарствам . 14 (1): 90–101. DOI : 10,2174 / 138945013804806424 . ISSN 1389-4501 . PMC 3673881 . PMID 23170800 .   
  193. ^ a b c Леволь Дж. М., Нуньес Ю. О., Додд П. Р., Тивари Г. Р., Харрис Р. А., Мэйфилд Р. Д. (ноябрь 2011 г.). «Повышение регуляции микроРНК в мозгу алкоголиков человека» . Алкоголизм, клинические и экспериментальные исследования . 35 (11): 1928–37. DOI : 10.1111 / j.1530-0277.2011.01544.x . PMC 3170679 . PMID 21651580 .  
  194. ^ Tapocik JD, Соломон M, Flanigan M, Meinhardt M, Барбье E, Schank JR, Schwandt M, Sommer WH, Хайлиг M (июнь 2013). «Скоординированная дисрегуляция мРНК и микроРНК в медиальной префронтальной коре головного мозга крыс после истории алкогольной зависимости» . Журнал фармакогеномики . 13 (3): 286–96. DOI : 10.1038 / tpj.2012.17 . PMC 3546132 . PMID 22614244 .  
  195. ^ Gorini G, Нуньес YO, Мэйфилд RD (2013). «Интеграция miRNA и профилирование белков выявляют скоординированные нейроадаптации в мозге зависимых от алкоголя мышей» . PLOS ONE . 8 (12): e82565. Bibcode : 2013PLoSO ... 882565G . DOI : 10.1371 / journal.pone.0082565 . PMC 3865091 . PMID 24358208 .  
  196. ^ Tapocik JD, Барбье E, Flanigan M, Соломон M, Пинкус A, пиллинг A, вс H, Schank JR, король C, Хайлиг M (март 2014). «МикроРНК-206 в медиальной префронтальной коре головного мозга крыс регулирует экспрессию BDNF и употребление алкоголя» . Журнал неврологии . 34 (13): 4581–8. DOI : 10.1523 / JNEUROSCI.0445-14.2014 . PMC 3965783 . PMID 24672003 .  
  197. ^ Lippai D, S Бала, Csák Т, Курт-Джонс Е.А., Сзабо G (2013). «Хроническая индуцированная алкоголем микроРНК-155 способствует нейровоспалению у мышей TLR4-зависимым образом» . PLOS ONE . 8 (8): e70945. Bibcode : 2013PLoSO ... 870945L . DOI : 10.1371 / journal.pone.0070945 . PMC 3739772 . PMID 23951048 .  
  198. ^ а б Ли Дж, Ли Дж, Лю Х, Цинь С., Гуань И, Лю И, Ченг И, Чен Х, Ли В, Ван С., Сюн М., Кужикандатхил Э.В., Йе Дж. Х., Чжан Ц. (сентябрь 2013 г.). «Профиль экспрессии микроРНК и функциональный анализ показывают, что miR-382 является критически новым геном алкогольной зависимости» . EMBO Молекулярная медицина . 5 (9): 1402–14. DOI : 10.1002 / emmm.201201900 . PMC 3799494 . PMID 23873704 .  
  199. ^ Romao JM, Джин W, Додсон М.В., Хаусман GJ, Мур SS, Гуань LL (сентябрь 2011). «Регуляция микроРНК в адипогенезе млекопитающих». Экспериментальная биология и медицина . 236 (9): 997–1004. DOI : 10,1258 / ebm.2011.011101 . PMID 21844119 . S2CID 30646787 .  
  200. ^ Скарновой M, Намлос HM, Noordhuis P, Ван MY, Меса-Сепеда Л.А., Myklebost O (апрель 2012). «Дифференцировка адипоцитов стромальных клеток, происходящих из костного мозга человека, модулируется микроРНК-155, микроРНК-221 и микроРНК-222». Стволовые клетки и развитие . 21 (6): 873–83. DOI : 10,1089 / scd.2010.0503 . ЛВП : 10852/40423 . PMID 21756067 . 
  201. ↑ Zuo Y, Qiang L, Farmer SR (март 2006). «Активация экспрессии CCAAT / энхансер-связывающего белка (C / EBP) альфа с помощью C / EBP beta во время адипогенеза требует ассоциированной с гамма-рецептором репрессии HDAC1 на промоторе гена C / ebp альфа, активируемого пролифератором пероксисом» . Журнал биологической химии . 281 (12): 7960–7. DOI : 10.1074 / jbc.M510682200 . PMID 16431920 . 
  202. ^ Июнь-Хао ET, Гупта RR, Shyh-Чанг N (март 2016). «Lin28 и let-7 в метаболической физиологии старения». Тенденции в эндокринологии и метаболизме . 27 (3): 132–141. DOI : 10.1016 / j.tem.2015.12.006 . PMID 26811207 . S2CID 3614126 .  
  203. ^ Zhu H, Shyh-Chang N, Segrè AV, Shinoda G, Shah SP, Einhorn WS, Takeuchi A, Engreitz JM, Hagan JP, Kharas MG, Urbach A, Thornton JE, Triboulet R, Gregory RI, Altshuler D, Daley GQ (Сентябрь 2011 г.). «Ось Lin28 / let-7 регулирует метаболизм глюкозы» . Cell . 147 (1): 81–94. DOI : 10.1016 / j.cell.2011.08.033 . PMC 3353524 . PMID 21962509 .  
  204. ↑ Frost RJ, Olson EN (декабрь 2011 г.). «Контроль гомеостаза глюкозы и чувствительности к инсулину с помощью семейства микроРНК Let-7» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (52): 21075–80. Bibcode : 2011PNAS..10821075F . DOI : 10.1073 / pnas.1118922109 . PMC 3248488 . PMID 22160727 .  
  205. ^ Теруэль-Монтойя R, Rosendaal FR, Мартинез C (февраль 2015). «МикроРНК в гемостазе» . J Thromb Haemost . 13 (2): 170–181. DOI : 10.1111 / jth.12788 . PMID 25400249 . 
  206. ^ a b Nourse J, Braun J, Lackner K, Hüttelmaier S, Danckwardt S (сентябрь 2018 г.). «Крупномасштабная идентификация функционального нацеливания микроРНК показывает кооперативную регуляцию гемостатической системы» . J Thromb Haemost . 16 (11): 2233–2245. DOI : 10.1111 / jth.14290 . PMID 30207063 . 
  207. ^ Норс J, Danckwardt S (сентябрь 2020). «Новое обоснование для нацеливания на FXI: выводы из гемостатического таргетинга микроРНК для новых антикоагулянтных стратегий» . Pharmacol Ther . 218 : 107676. DOI : 10.1016 / j.pharmthera.2020.107676 . PMID 32898547 . 
  208. ^ Фазан M, Маттики JS (сентябрь 2007). «Повышение оценки функциональных последовательностей человека» . Геномные исследования . 17 (9): 1245–53. DOI : 10.1101 / gr.6406307 . PMID 17690206 . 
  209. ^ Бертоне Р, Stolc В, Ройс ТЕ, Rozowsky JS, городской А.Е., Чжу Х, Ринн ДЛ, Tongprasit Вт, Саманта М, Вайсман S, Герштейн М, М Снайдер (декабрь 2004 г.). «Глобальная идентификация человеческих транскрибируемых последовательностей с массивами генома». Наука . 306 (5705): 2242–6. Bibcode : 2004Sci ... 306.2242B . DOI : 10.1126 / science.1103388 . PMID 15539566 . S2CID 396518 .  
  210. ↑ Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, Otsuki T, Sugiyama T, Irie R и др. (Январь 2004 г.). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека» . Генетика природы . 36 (1): 40–5. DOI : 10,1038 / нг1285 . PMID 14702039 . 
  211. Перейти ↑ Kuhn DE, Martin MM, Feldman DS, Terry AV, Nuovo GJ, Elton TS (январь 2008 г.). «Экспериментальная проверка мишеней miRNA» . Методы . 44 (1): 47–54. DOI : 10.1016 / j.ymeth.2007.09.005 . PMC 2237914 . PMID 18158132 .  
  212. ^ Hüttenhofer A, Schattner P, Poláček N (май 2005). «Некодирующие РНК: надежда или шумиха?». Тенденции в генетике . 21 (5): 289–97. DOI : 10.1016 / j.tig.2005.03.007 . PMID 15851066 . 
  213. Перейти ↑ Qureshi A, Thakur N, Monga I, Thakur A, Kumar M (1 января 2014 г.). «VIRmiRNA: исчерпывающий ресурс для экспериментально подтвержденных вирусных miRNA и их мишеней» . База данных . 2014 : bau103. DOI : 10,1093 / базы данных / bau103 . PMC 4224276 . PMID 25380780 .  
  214. ^ Кумар М. "VIRmiRNA" . Ресурс экспериментальных вирусных miRNA и их мишеней . Центр биоинформатики, CSIR-IMTECH.
  215. ^ Tuddenham L, Jung JS, Чейн-Вун-Ming B, Dölken L, S Пфеффер (февраль 2012). «Глубокое секвенирование малых РНК позволяет идентифицировать микроРНК и другие малые некодирующие РНК вируса герпеса человека 6B» . Журнал вирусологии . 86 (3): 1638–49. DOI : 10,1128 / JVI.05911-11 . PMC 3264354 . PMID 22114334 .  
  216. ↑ Zheng H, Fu R, Wang JT, Liu Q, Chen H, Jiang SW (апрель 2013 г.). «Достижения в методах прогнозирования мишеней микроРНК» . Международный журнал молекулярных наук . 14 (4): 8179–87. DOI : 10.3390 / ijms14048179 . PMC 3645737 . PMID 23591837 .  
  217. Перейти ↑ Agarwal V, Bell GW, Nam JW, Bartel DP (август 2015). «Предсказание эффективных сайтов-мишеней микроРНК в мРНК млекопитающих» . eLife . 4 : e05005. DOI : 10.7554 / eLife.05005 . PMC 4532895 . PMID 26267216 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Определение и классификация miRNA: Ambros V, Bartel B, Bartel DP, Burge CB, Carrington JC, Chen X, Dreyfuss G, Eddy SR, Griffiths-Jones S, Marshall M, Matzke M, Ruvkun G, Tuschl T (март 2003). «Единая система аннотации микроРНК» . РНК . 9 (3): 277–9. DOI : 10,1261 / rna.2183803 . PMC 1370393 . PMID 12592000 .  
  • Научный обзор малых РНК: Baulcombe D (сентябрь 2002 г.). «События ДНК. Микромир РНК». Наука . 297 (5589): 2002–3. DOI : 10.1126 / science.1077906 . PMID 12242426 . S2CID 82531727 .  
  • Открытие lin-4 , первой обнаруженной miRNA: Lee RC, Feinbaum RL, Ambros V (декабрь 1993). «Гетерохронный ген lin-4 C. elegans кодирует малые РНК с антисмысловой комплементарностью lin-14» . Cell . 75 (5): 843–54. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (93) 90529-Y . PMID 8252621 . 

Внешние ссылки [ править ]

  • База данных miRBase
  • miRTarBase , экспериментально подтвержденная база данных взаимодействий микроРНК-мишень.
  • semirna , Веб-приложение для поиска микроРНК в геноме растений.
  • ONCO.IO : Интегральный ресурс для анализа микроРНК и факторов транскрипции при раке.
  • MirOB : MicroRNA нацелена на базу данных и инструмент для анализа и обработки данных.
  • База данных ChIPBase : база данных с открытым доступом для декодирования факторов транскрипции , которые участвовали в транскрипции микроРНК или влияли на нее, из данных ChIP-seq.
  • An animated video of the microRNA biogenesis process.
  • miRNA modulation reagents to enable up-regulation or suppression of endogenous mature microRNA function