Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено из Methanococcus jannaschii )
Перейти к навигации Перейти к поиску

Methanocaldococcus jannaschii
Научная классификация
Домен:
Архей
Королевство:
Euryarchaeota
Тип:
Euryarchaeota
Класс:
Метанококки
Заказ:
Methanococcales
Семья:
Methanocaldococcaceae
Род:
Метанокалдококк
Разновидность:
М. jannaschii
Биномиальное имя
Methanocaldococcus jannaschii
Синонимы
  • Methanococcus jannaschii (Джонс, 1983)

Methanocaldococcus jannaschii (ранее Methanococcus jannaschii ) - термофильный метаногенный архей из класса Methanococci . Это был первый археон, чей геном был полностью секвенирован . [1] Секвенирование выявило множество генов, уникальных для архей. Многие пути синтеза метаногенных кофакторов были проработаны биохимически в этом организме [2], как и несколько других метаболических путей, специфичных для архей.

История [ править ]

Methanocaldococcus jannaschii был изолирован из подводного гидротермального источника в Океанографическом институте Вудс-Хоул . [3]

Последовательность [ править ]

Methanocaldococcus jannaschii был секвенирован группой из TIGR под руководством Крейга Вентера [4] с использованием полногеномного секвенирования «дробовиком» . Methanocaldococcus jannaschii был первым представителем архей, чей геном был секвенирован. По словам Вентера, уникальные особенности генома убедительно доказывают, что существует три области жизни . [4]

Таксономия [ править ]

Methanocaldoccus jannaschii является представителем рода Methanocaldococcus (ранее входившим в состав Methanococcus ) и поэтому иногда упоминается как метаноген «класса I» (например, [1] ).

Биология и биохимия [ править ]

Methanocaldococcus jannaschii - термофильный метаноген , то есть он растет за счет образования метана в качестве побочного продукта метаболизма . Он способен расти только на диоксиде углерода и водороде в качестве первичных источников энергии, в отличие от многих других метанококков (таких как Methanococcus maripalidus ), которые также могут использовать формиат в качестве основного источника энергии. [3] В геноме включает в себя множество гидрогенезиса , такие как 5,10-methenyltetrahydromethanopterin гидрогеназа , [5] ферредоксин гидрогеназа (EHA), а также кофермент F420 гидрогеназа . [6]

Протеомные исследования показали, что M. jannaschii содержит большое количество интеинов : 19 были обнаружены одним исследованием. [7]

Многие новые метаболические пути были разработаны в М. jannaschii , в том числе путей для синтеза многих метаногенных кофакторов, [2] рибофлавин , [8] и новых аминокислоты синтеза путей. [ необходима цитата ] Многие пути обработки информации также были изучены в этом организме, например, семейство ДНК-полимераз, специфичных для архей . [9] Информация о однопроходных трансмембранных белках из М. jannaschii была составлена в базе данных Membranome .

Ссылки [ править ]

  1. ↑ Кэрол Дж. Булт, Оуэн Уайт, Гэри Дж. Олсен, Ликсин Чжоу, Роберт Д. Флейшманн, Грейнджер Г. Саттон, Джудит А. Блейк, Лиза М. Фицджеральд, Ребекка А. Клейтон, Дженнин Д. Гокейн, Энтони Р. Керлаваж, Брайан А. Догерти, Могила Жан-Франсуа, Марк Д. Адамс, Клаудия И. Райх, Росс Овербек, Юэн Ф. Киркнесс, Кейт Г. Вайншток, Джозеф М. Меррик, Анна Глодек, Джон Л. Скотт, Нил С.М. Геогхаген, Дженис Ф. Вайдман, Джойс Л. Фурманн, Дэйв Нгуен, Тереза ​​Р. Аттербэк, Дженни М. Келли, Джереми Д. Петерсон, Пол В. Садоу, Майкл К. Ханна, Мэтью Д. Коттон, Кевин М. Робертс, Маргарет А. Херст, Брайан П. Кейн, Марк Бородовски, Ханс-Питер Кленк, Клэр М. Фрейзер, Гамильтон О. Смит, Карл Р. Вёзе и Дж. Крейг Вентер (1996). "Полная последовательность генома метаногенного архея,Methanococcus jannaschii ". Science . 273 (5278): 1058–1073. Bibcode : 1996Sci ... 273.1058B . Doi : 10.1126 / science.273.5278.1058 . PMID  8688087 .CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
  2. ^ a b Роберт Х. Уайт (2001). «Биосинтез метаногенных кофакторов». Витамины и гормоны . 61 : 299–337. DOI : 10.1016 / s0083-6729 (01) 61010-0 . PMID 11153270 . 
  3. ^ а б У. Дж. Джонс, Дж. А. Ли, Ф. Майер, К. Р. Вёзе и Р. С. Вулф (1983). « Methanococcus jannaschii sp. Nov., Чрезвычайно термофильный метаноген из подводного гидротермального источника». Архив микробиологии . 136 (4): 254–261. DOI : 10.1007 / BF00425213 .CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
  4. ^ a b Николас Уэйд (23 августа 1996 г.). «Глубокое море дает ключ к разгадке происхождения жизни» . Нью-Йорк Таймс .
  5. ↑ Эрика Дж. Лайон, Сейго Шима, Геррит Буурман, Шантану Чоудхури, Альфред Батшауэр, Клаус Штайнбах и Рудольф К. Тауер (январь 2004 г.). «Инактивация« безметалловой »гидрогеназы (Hmd) из метаногенных архей УФ-А / синим светом» . Европейский журнал биохимии . 271 (1): 195–204. DOI : 10.1046 / j.1432-1033.2003.03920.x . PMID 14686932 . CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
  6. ^ Рудольф K Тауэр, Анны-Кристин Кастэр, Майка Goenrich, Майкл Schick, Такешите Hiromoto & Сеий Шима (2010). «Гидрогеназы из метаногенных архей, никель, новый кофактор и хранение H 2 ». Ежегодный обзор биохимии . 79 : 507–536. DOI : 10.1146 / annurev.biochem.030508.152103 .CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
  7. ^ Wenhong Zhu, Клаудия I. Reich, Гэри Дж Olsen, Кэрол С. Giometti & John R. Yates III (2004). «Протеомика дробовика Methanococcus jannaschii и понимание метаногенеза». Журнал протеомных исследований . 3 (3): 538–548. DOI : 10.1021 / pr034109s . PMID 15253435 . CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
  8. ^ Илька Хаас, Simone Mörtl, Питер Келер, Адальберт Bacher и Маркус Фишер (2003). «Биосинтез рибофлавина в архее: 6,7-диметил-8-рибитиллумазинсинтаза Methanococcus jannaschii ». Европейский журнал биохимии . 270 (5): 1025–1032. DOI : 10.1046 / j.1432-1033.2003.03478.x . PMID 12603336 . CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
  9. ^ Yoshizumi Ишино, Каёко Komori, Исаак К. О. Cann & Yosuke Кога (1998). «Новое семейство ДНК-полимераз, обнаруженное в архее» . Журнал бактериологии . 180 (8): 2232–2236. DOI : 10.1128 / JB.180.8.2232-2236.1998 . PMC 107154 . PMID 9555910 .  CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Гао, Юнсян (ноябрь 2013 г.). «Кристаллизация и предварительный рентгеноструктурный анализ MJ0458, аденилаткиназы из Methanocaldococcus jannaschii » . Acta Crystallographica Раздел F . 69 : 1272–1274. DOI : 10.1107 / S1744309113026638 . PMC  3818051 . PMID  24192367 .
  • Ван, Ю; Сюй, Хуйминь; Белый, Роберт Х. (август 2014 г.). «Биосинтез бета-аланина в Methanocaldococcus jannaschii » . Американское общество микробиологии . 196 : 2869–2875. DOI : 10.1128 / JB.01784-14 . PMC  4135672 . PMID  24891443 .
  • Аллен, Кайл Д .; Сюй, Хуйминь; Белый, Роберт Х. (сентябрь 2014 г.). «Идентификация уникальной радикальной S-аденозилметионинметилазы, вероятно, участвующей в биосинтезе метаноптерина у Methanocaldococcus jannaschii » (PDF) . Журнал бактериологии . 196 (18): 3315–3323. DOI : 10.1128 / JB.01903-14 . PMC  4135684 . PMID  25002541 .
  • Ли, Ын Хе; Ли, Китаик; Хван, Кван Ён (13 декабря 2013 г.). «Структурная характеристика и сравнение больших субъединиц IPM изомеразы и гомоаконитазы из Methanococcus jannaschii ». Acta Crystallographica Раздел D . 70 (4): 922–931. DOI : 10.1107 / S1399004713033762 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Запись вики о микробах для Methano (caldo) coccus jannaschii
  • Запись в браузере генома UCSD для Methanocaldococcus jannaschii
  • Запись в KEGG для Methanocaldococcus jannaschii
  • Типовой штамм Methanocaldococcus jannaschii в Bac Dive - база метаданных по бактериальному разнообразию