Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Myoviridae
Фаг S-PM2.png
ТЕМ- изображение вириона Synechococcus Phage S-PM2
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Царство :Дуплоднавирия
Королевство:Heunggongvirae
Тип:Уровирикота
Учебный класс:Caudoviricetes
Заказ:Caudovirales
Семья:Myoviridae
Подсемейства и роды

см. текст

Myoviridae - это семейство бактериофагов отряда Caudovirales . Бактерии и археи служат естественными хозяевами. В настоящее время в этом семействе насчитывается 434 вида, разделенных на пять подсемейств и 168 родов. [1] [2]

Подразделения [ править ]

Подсемейство Tevenvirinae (синоним: Tequatrovirinae ) названо в честь его типового вида фага Enterobacteria T4 . Члены этого подсемейства морфологически неотличимы и имеют умеренно удлиненные головы длиной около 110 нанометров (нм), длинные хвосты 114 нм с воротником, базовые пластины с короткими шипами и шесть длинных изогнутых хвостовых волокон. Роды внутри этого подсемейства делятся на основе морфологии головы: род Tequatrovirus (предварительное название: T4virus ) имеет длину головы 137 нм, а роды рода Schizot4virus - 111 нм. Внутри родов на основе гомологии белков виды были разделены на несколько групп.

Подсемейство Peduovirinae имеет вирионы с диаметром головы 60 нм и хвостом 135 × 18 нм. Эти фаги легко идентифицировать, потому что сжатые оболочки имеют тенденцию соскальзывать с ядра хвоста. Фаг P "является типовым видом.

Подсемейство Spounavirinae - это вирулентные фаги с широким спектром хозяев, которые инфицируют представителей Firmicutes . Они обладают изометрическими головками диаметром 87-94 нм и заметными капсомерами , полосатыми хвостами длиной 140-219 нм и двойной базовой пластиной. На кончике хвоста имеются шаровидные структуры, которые, как сейчас известно, представляют собой шипы базовой пластины и короткие изогнутые волокна хвоста с шестикратной симметрией. Члены этой группы обычно обладают большими (127–142 т.п.н.) неперестановочными геномами с концевой избыточностью 3,1–20 т.п.н. Название этого подсемейства происходит от SPO plus una (латинское для одного).

Галовирусы HF1 и HF2 принадлежат к одному роду, но, поскольку они инфицируют архей, а не бактерии, вероятно, будут помещены в отдельный род после того, как будет определена их классификация. [3]

Группа карликов была предложена на морфологических и геномных основаниях. В эту группу входят фаги Aeromonas salmonicida 56, фаги Vibrio cholerae 138 и CP-T1, фаг Bdellovibrio φ1422 и фаг Pectobacterium carotovorum ZF40. [4] Их общие характеристики включают идентичную морфологию вирионов, характеризующуюся обычно короткими сократительными хвостами, и все они имеют размер генома приблизительно 45 килобаз. Порядок генов в структурной единице генома следующий: терминаза - портал - голова - хвост - базовая пластинка - волокна хвоста.

Вирусология [ править ]

Типичная структура миовируса

Вирусы Myoviridae не имеют оболочки, имеют форму голова-хвост (с шеей). Геномы представляют собой линейную двухцепочечную ДНК длиной около 33–244 килобайт. Геном кодирует от 40 до 415 белков. [1] Он имеет окончательно повторяющиеся последовательности. Содержание GC ~ 35%. Геном кодирует 200–300 белков, которые транскрибируются в оперонах. В геноме может присутствовать 5-гидроксиметилцитозин (вместо тимидина ).

Трубчатый хвост имеет спиральную симметрию и имеет диаметр 16-20 нм. Он состоит из центральной трубы, сократительной оболочки, воротника, базовая пластины, шесть хвостовых штифтов и шести длинных волокон. Он похож на Tectiviridae , но отличается тем, что хвост миовируса является постоянным.

Для сокращения хвоста требуется АТФ . При сокращении оболочки субъединицы оболочки скользят друг по другу и хвост укорачивается до 10-15 нм в длину.

Жизненный цикл [ править ]

Цикл размножения бактериофага Pseudomonas PAK_P3, род Nankokuvirus
Микрофотография пластикового тонкого среза клетки сальмонеллы с капсидами Phage SPN3US, выстроенными на клеточной мембране. Масштабная линейка: 2000 Å. Предоставлено: Дж. Бернард Хейманн и др. (2020) [5]

Прикрепляясь к клетке-хозяину, вирус использует свою сократительную оболочку как шприц, прокалывая стенку клетки своей центральной трубкой и вводя генетический материал в хозяина. Введенная ДНК берет на себя механизмы транскрипции и трансляции клетки-хозяина и начинает производить новые вирусы. Репликация следует модели репликативной транспозиции. Транскрипция с использованием ДНК-шаблона - это метод транскрипции. Трансляция происходит за счет сдвига рамки рибосомы на -1 . Вирус покидает клетку-хозяина путем лизиса и белков холина / эндолизина / спанина . Бактерии и археислужат естественным хозяином. Путь передачи - пассивная диффузия . [1]

Хотя миовирусы в целом литические , у них отсутствуют гены, необходимые для того, чтобы стать лизогенными , известен ряд видов умеренного климата .

Приложения [ править ]

Поскольку большинство Myoviridae являются литическими, а не умеренными фагами, некоторые исследователи исследовали их использование в качестве терапии бактериальных заболеваний у людей и других животных. [6]

Таксономия [ править ]

Различают следующие пять подсемейств: [2]

  • Eucampyvirinae , состоящий из двух родов и девяти видов.
  • Ounavirinae , содержащий четыре рода и 25 видов
  • Peduovirinae , содержащая 26 родов и 47 видов.
  • Tevenvirinae , содержащая 11 родов и 77 видов.
  • Vequintavirinae , содержащий четыре рода и 18 видов

Кроме того, следующие роды не относятся к подсемейству: [2]

  • Абуовирус
  • Ационнавирус
  • Агриканвирус
  • Ативирус
  • Альционеусвирус
  • Александравирус
  • Анамдонгвирус
  • Анапосвирус
  • Аокуангвирус
  • Афродитавирус
  • Астериусвирус
  • Атлауавирус
  • Аурунвирус
  • Байкалвирус
  • Барбавирус
  • Bcepmuvirus
  • Белламивирус
  • Бендиговирус
  • Биквартавирус
  • Bixzunavirus
  • Бригитвирус
  • Бризовирус
  • Бруновирус
  • Пусанвирус
  • Карпасинавирус
  • Чакрабартивирус
  • Харибдисвирус
  • Чиангмайвирус
  • Cymopoleiavirus
  • Дербиквирус
  • Эльвирус
  • Эмдодекавирус
  • Eneladusvirus
  • Эпонавирус
  • Эрскинвирус
  • Eurybiavirus
  • Фикедуовирус
  • Флаумдравирус
  • Гофдуовирус
  • Госларвирус
  • Хапунавирус
  • Вирус Хэйлунцзян
  • Япетвирус
  • Йодовирус
  • Ионавирус
  • Едунавирус
  • Гилинвирус
  • Джиммервирус
  • Каналоавирус
  • Kleczkowskavirus
  • Лагаффевирус
  • Лейкотеавирус
  • Либанвирус
  • Llyrvirus
  • Лафборовирус
  • Лаббоквирус
  • Машинавирус
  • Мартавирус
  • Мазувирус
  • Метривирус
  • Mieseafarmvirus
  • Мимасвирус
  • Мушувирус
  • Мувирус
  • Миохаловирус
  • Naesvirus
  • Намакавирус
  • Нанкокувирус
  • Нептунвирус
  • Нереусвирус
  • Нерривиквирус
  • Nodensvirus
  • Ноксифервирус
  • Оболенсквирус
  • Отаговирус
  • Пакпунавирус
  • Палеемонвирус
  • Пбунавирус
  • Торфяной вирус
  • Петсувирус
  • Фабкватровирус
  • Фапекоктавирус
  • Phikzvirus
  • Plaisancevirus
  • Полиботосвирус
  • Понтийский вирус
  • Попоффвирус
  • Пунавирус
  • Циндаовирус
  • Раднорвирус
  • Рипдуовирус
  • Risingsunvirus
  • Rosemountvirus
  • Саклейвирус
  • Салацисавирус
  • Сальмондвирус
  • Саскватчвирус
  • Шмиттлоцвирус
  • Сеулвирус
  • Шалавирус
  • Свунавирус
  • Tabernariusvirus
  • Тамкунгвирус
  • Таранисвирус
  • Тефнутвирус
  • Тегунавирус
  • Таумасвирус
  • Тетисвирус
  • Торневирус
  • Тидунавирус
  • Tijeunavirus
  • Toutatisvirus
  • Туланевирус
  • Велламовирус
  • Vhmlvirus
  • Виунавирус
  • Веллингтонвирус
  • Wifcevirus
  • Винклервирус
  • Йокогамавирус
  • Иолосвагвирус

Наконец, следующие три вида не относятся к роду и подсемейству: [2]

  • Bacillus virus G
  • Вирус бациллы PBS1
  • Вирус Microcystis Ma-LMM01

Предлагаемые роды [ править ]

Следующие роды были предложены, но в настоящее время не ратифицированы Международным комитетом по таксономии вирусов: [3] [7] [8] [9] [10] [11]]

  • Род Bxzunalikevirus ; Типовой вид: Mycobacterium phage Bxz1
    • Разновидность
      • Микобактерии фага Bxz1
      • Микобактерии фага Кали
      • Микобактерии фага Catera
      • Микобактерии фага Myrna
      • Микобактерии фага Ризал
      • Микобактерии фага ScottMcG
      • Микобактерии фага Spud
  • Род Cbasmlikevirus ; типовой вид: фаг Cellulophaga phiSM
    • Разновидность
      • Фаг целлулофага phiSM
      • Фаг целлулофага phi3: 1
      • Фаг целлулофага phi3ST: 2
      • Фаг целлулофага phi38: 2
      • Фаг Cellulophaga phi47: 1
  • Род цианомиовирусов (неофициальный); Типовой вид: Synechococcus phage S-PM2
    • Разновидность
      • Synechococcus фаг S-PM2
      • Синехококк Syn9
      • Прохлорококковый фаг P-SSM2
      • Фаг прохлорококка P-SSM4
  • Род Ellikevirus ; Типовой вид: Pseudomonas phage EL
    • Разновидность
      • Фаг Pseudomonas EL
      • Фаг Pseudomonas OBP
      • Фаг сальмонеллы SPN3US
  • Род Hfunalikevirus ; Типовой вид: Halovirus HF1
    • Разновидность
      • Галовирус HF1
      • Галовирус HF2
  • Род Plpelikevirus (синоним: карликовые миовирусы); типовой вид: фаг Iodobacter phiPLPE
    • Разновидность
      • Фаг Aeromonas 56
      • Фаг Aggregatibacter Aaphi23
      • Бделловибрион фага phi1402
      • Бделловибрион фага phi1422
      • Йодобактерный фаг phiPLPE
      • Фаг Pectobacterium ZF40
      • Вибриофаг 138
      • Вибриофаг CP-T1
      • Фаг иерсиний PY100
  • Род Rv5likevirus ; типовой вид: Escherichia phage rV5
    • Разновидность
      • Энтеробактерии фаг phi92
      • Фаг Escherichia rV5
      • Фаг Escherichia vB_EcoM_FV3
      • Фаг сальмонеллы PVP-SE1
  • Род Sfv и родственники (неофициальные); Типовой вид: Shigella phage SfV
    • Разновидность
      • Фаг Shigella SfV
      • Фаг Escherichia P27

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c «Вирусная зона» . ExPASy . Проверено 1 июля 2015 года .
  2. ^ a b c d «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.» . talk.ictvonline.org . Международный комитет по таксономии вирусов . Дата обращения 3 мая 2020 .
  3. ^ а б Тан, SL; Наттолл, S; Дьялл-Смит, М. (2004). «Галовирусы HF1 и HF2: свидетельство недавнего большого события рекомбинации» . J Bacteriol . 186 (9): 2810–7. DOI : 10.1128 / JB.186.9.2810-2817.2004 . PMC 387818 . PMID 15090523 .  
  4. ^ Комо, AM; Tremblay, D; Moineau, S; Раттей, Т; Кушкина А.И.; Товкач Ф.И.; Krisch, HM; Акерманн, HW (2012). «Морфология фага повторяет филогенез: сравнительная геномика новой группы миовирусов» . PLOS ONE . 7 (7): e40102. DOI : 10.1371 / journal.pone.0040102 . PMC 3391216 . PMID 22792219 .  
  5. ↑ Дж. Бернард Хейманн, Бинг Ван, Уильям В. Ньюкомб, Веймин Ву, Деннис К. Винклер, Найкян Ченг, Эрин Р. Рейли, Ру-Чинг Ся, Джули А. Томас, Аласдер С. Стивен: Пятнистый капсид Salmonella Giant Phage SPN3US, вероятный промежуточный продукт созревания с новой внутренней оболочкой. В: Вирусы 2020, 12 (9). Гигантские или гигантские фаги специального выпуска, 910. doi: 10.3390 / v12090910 .
  6. ^ Каппарелли, Розанна; и другие. (Август 2007 г.). «Экспериментальная фаговая терапия против Staphylococcus aureus у мышей» . Противомикробные препараты и химиотерапия . 51 (8): 2765–73. DOI : 10,1128 / AAC.01513-06 . PMC 1932491 . PMID 17517843 .  
  7. ^ Сантос, SB; Кропинский, AM; Ceyssens, P. -J .; Ackermann, H. - W .; Виллегас, А .; Lavigne, R .; Крылов, ВН; Карвалью, CM; Феррейра, ЕС; Азередо, Дж. (2011). «Геномная и протеомная характеристика фага сальмонелл широкого диапазона хозяев PVP-SE1: создание нового рода фагов» . Журнал вирусологии . 85 (21): 11265–73. DOI : 10,1128 / JVI.01769-10 . PMC 3194984 . PMID 21865376 .  
  8. ^ Truncaite, L .; Šimoliūnas, E .; Заянчкаускайте, А .; Калиниене, Л .; Mankevičiūte, R .; Staniulis, J .; Клауса, В .; Мешкис, Р. (2012). «Бактериофаг vB_EcoM_FV3: новый член« rV5-подобных вирусов » ». Архив вирусологии . 157 (12): 2431–5. DOI : 10.1007 / s00705-012-1449-х . PMID 22907825 . 
  9. ^ Корнелиссен, А .; Hardies, SC; Шабурова, О.В.; Крылов, ВН; Mattheus, W .; Кропинский, AM; Лавин Р. (2011). «Полная последовательность генома гигантского вируса OBP и сравнительный анализ генома различных KZ-связанных фагов» . Журнал вирусологии . 86 (3): 1844–52. DOI : 10,1128 / JVI.06330-11 . PMC 3264338 . PMID 22130535 .  
  10. ^ Mizuno, CM; Родригес-Валера, Ф .; Kimes, NE; Гай Р. (2013). «Расширение морской виросферы с помощью метагеномики» . PLoS Genetics . 9 (12): e1003987. DOI : 10.1371 / journal.pgen.1003987 . PMC 3861242 . PMID 24348267 .  
  11. ^ Holmfeldt, K .; Солоненко, Н .; Shah, M .; Corrier, K .; Riemann, L .; Верберкмоес, Северная Каролина; Салливан, МБ (2013). «Двенадцать ранее неизвестных родов фагов повсеместно распространены в мировом океане» . Труды Национальной академии наук . 110 (31): 12798–803. DOI : 10.1073 / pnas.1305956110 . PMC 3732932 . PMID 23858439 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Вирусная зона : Myoviridae
  • ICTV
  • Полные геномы Myoviridae