Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Экстракция РНК - это очистка РНК из биологических образцов. Эта процедура осложняется повсеместным присутствием ферментов рибонуклеазы в клетках и тканях, которые могут быстро разрушать РНК. [1] В молекулярной биологии используется несколько методов для выделения РНК из образцов, наиболее распространенным из них является экстракция тиоцианата гуанидиния, фенола и хлороформа . [2] [3] Метод лизиса и элюирования на основе фильтровальной бумаги отличается высокой производительностью. [4]

Экстракция РНК в жидком азоте, обычно с использованием ступки и пестика (или специальных стальных устройств, известных как измельчители тканей), также полезна для предотвращения активности рибонуклеазы.

Загрязнение РНКазой [ править ]

Экстракция РНК в экспериментах по молекулярной биологии значительно осложняется присутствием повсеместных и устойчивых РНКаз, которые разрушают образцы РНК. Некоторые РНКазы могут быть чрезвычайно выносливыми, и их инактивация затруднительна по сравнению с нейтрализацией ДНКаз . В дополнение к клеточным РНКазам, которые высвобождаются, в окружающей среде присутствует несколько РНКаз. РНКазы эволюционировали, чтобы выполнять множество внеклеточных функций у различных организмов. [5] [6] [7] Например, РНКаза 7, член суперсемейства РНКазы А , секретируется кожей человека и служит мощной антипатогенной защитой. [8] [9] Для этих секретируемых РНКаз ферментативная активность может даже не быть необходимой для экзаплицирования РНКаз.функция. Например, иммунные РНКазы действуют, дестабилизируя клеточные мембраны бактерий. [10] [11]

Чтобы противостоять этому, оборудование, используемое для экстракции РНК, обычно тщательно очищается, хранится отдельно от обычного лабораторного оборудования и обрабатывается различными агрессивными химическими веществами, разрушающими РНКазы. По той же причине экспериментаторы проявляют особую осторожность, чтобы их голая кожа не касалась оборудования.

См. Также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Пирсон С.Н., Butler JN (2007). «Извлечение РНК из тканей млекопитающих» . Циркадные ритмы . Методы Мол. Биол . Методы молекулярной биологии . 362 . С.  315–27 . DOI : 10.1007 / 978-1-59745-257-1_22 . ISBN 978-1-58829-417-3. PMID  17417019 .
  2. ^ Chomczynski P, N Сакки (2006). «Одностадийный метод выделения РНК кислотной экстракцией тиоцианат-фенол-хлороформ гуанидиния: двадцать с лишним лет спустя». Nat Protoc . 1 (2): 581–5. DOI : 10.1038 / nprot.2006.83 . PMID 17406285 . S2CID 28653075 .  
  3. Перейти ↑ Bird IM (2005). «Извлечение РНК из клеток и тканей». Методы Мол. Med . 108 : 139–48. DOI : 10.1385 / 1-59259-850-1: 139 . ISBN 1-59259-850-1. PMID  16028681 .
  4. ^ FortiusBio Высокопроизводительная фильтровальная бумага для экстракции РНК
  5. ^ Россье, O .; Dao, J .; Чианчиотто, НП (2009). «Секретируемая РНКаза II типа Legionella pneumophila способствует оптимальному внутриклеточному инфицированию Hartmannella vermiformis» . Микробиология . 155 (3): 882–890. DOI : 10.1099 / mic.0.023218-0 . PMC 2662391 . PMID 19246759 .  
  6. ^ Лухтала, N .; Паркер, Р. (2010). «Рибонуклеазы семейства Т2: древние ферменты с разнообразными ролями» . Направления биохимических наук . 35 (5): 253–259. DOI : 10.1016 / j.tibs.2010.02.002 . PMC 2888479 . PMID 20189811 .  
  7. ^ Дайер, KD; Розенберг, Х.Ф. (2006). «РНКазы суперсемейства: Генерация разнообразия и врожденная защита хозяина» . Молекулярное разнообразие . 10 (4): 585–597. DOI : 10.1007 / s11030-006-9028-2 . PMID 16969722 . S2CID 20922592 .  
  8. ^ Хардер, Дж. (2002). «РНКаза 7, новый врожденный противомикробный белок иммунной защиты здоровой кожи человека» . Журнал биологической химии . 277 (48): 46779–46784. DOI : 10.1074 / jbc.M207587200 . PMID 12244054 . 
  9. ^ Köten, B .; Симански, М .; Gläser, R .; Подщун, Р .; Schröder, JM; Хардер, младший (2009). «РНКаза 7 способствует кожной защите от Enterococcus faecium» . PLOS ONE . 4 (7): e6424. DOI : 10.1371 / journal.pone.0006424 . PMC 2712763 . PMID 19641608 .  
  10. ^ Huang, Y. -C .; Лин, Ю. -М .; Chang, T. -W .; Wu, S. -J .; Ли Ю. -С .; Чанг, MD -T .; Chen, C .; Wu, S. -H .; Ляо, Ю.-Д. (2006). «Гибкие и кластерные остатки лизина человеческой рибонуклеазы 7 имеют решающее значение для проницаемости мембраны и антимикробной активности» . Журнал биологической химии . 282 (7): 4626–4633. DOI : 10.1074 / jbc.M607321200 . PMID 17150966 . 
  11. Перейти ↑ Rosenberg, HF (2008). «РНКаза рибонуклеазы и защита хозяина: развивающаяся история» . Журнал биологии лейкоцитов . 83 (5): 1079–87. DOI : 10,1189 / jlb.1107725 . PMC 2692241 . PMID 18211964 .  


Внешние ссылки [ править ]

Двухфазная промывка для решения проблемы повсеместного уноса загрязняющих веществ в коммерческих наборах для экстракции нуклеиновых кислот ; Эрик Джу, Даан Виттерс и Рустем Ф. Исмагилов; Природа, Научные отчеты, 2020.