Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено из упаковочного элемента Retroviral Psi )
Перейти к навигации Перейти к поиску
Сайт инициации димеризации вируса иммунодефицита человека 1 типа
RF00175.jpg
Идентификаторы
СимволВИЧ-1_DIS
Альт. СимволыRetroviral_psi
РфамRF00175
Прочие данные
Тип РНКЦис-регп
Домен (ы)Вирусы
ТАКТАК: 0000233
Структуры PDBPDBe

Ретровирусный фунтов на квадратный дюйм упаковочный элемент , также известный как сигнал упаковки Ψ РНК , представляет собой цис-действующие РНК элемент идентифицированы в геномах ретровирусами вируса иммунодефицита человека (ВИЧ) [1] и обезьяний вирус иммунодефицита (SIV). [2] Он участвует в регуляции важного процесса упаковки генома ретровирусной РНК в вирусный капсид во время репликации. [3] [4] [5] [6] Последний вирион содержит димер двух идентичных несплицированных копий вирусного генома.

Трехмерное изображение, включающее упаковочный элемент ретровирусного пси. Это модель структуры растворной РНК сайта инициации димеризации ВИЧ-1 в димере петли поцелуя. [7]

В ВИЧ элемент psi имеет длину около 80–150 нуклеотидов и расположен на 5'-конце генома прямо перед кодоном инициации gag . [8] Он имеет известную вторичную структуру, состоящую из четырех шпилек, называемых от SL1 до SL4 (SL для стержневой петли ), которые соединены относительно короткими линкерами. Все четыре петли ствола важны для упаковки генома, и каждая из петель ствола SL1, [8] SL2, [9] SL3 [10] [11] и SL4 [12] была независимо экспрессирована и структурно охарактеризована.

Стеблевая петля 1 (SL1) (также называемая ВИЧ-1_DIS) состоит из консервативной шпилечной структуры с последовательностью палиндромной петли, которая была предсказана и подтверждена мутагенезом. [13] Эта палиндромная петля известна как сайт инициации первичного димера (DIS), поскольку считается, что она способствует димеризации вирусного генома за счет образования промежуточного соединения «целующийся димер». [14] Rfam структура , показанная на основе модели ковариаций.

Было показано, что SL1 может обеспечивать вторичный сайт связывания для вирусного белка Rev. [15] Белок Rev является важным регуляторным белком ВИЧ, который увеличивает стабильность и транспорт несплицированной вирусной РНК. [16]

Стеблевая петля 2 (SL2) (также называемая SD ВИЧ-1) состоит из высококонсервативной 19-нуклеотидной стволовой петли, которая, как было показано с помощью мутагенеза, модулирует эффективность сплайсинга мРНК ВИЧ-1. [17]

Стеблевая петля 3 (SL3) состоит из высококонсервативной 14-нуклеарной петли, которая была предсказана и подтверждена мутагенезом и масс-спектрометрическим детектированием (MS3D). SL3 ВИЧ-1 сам по себе достаточен, чтобы индуцировать гетерологичную РНК в вирусоподобные частицы, но его делеция не устраняет полностью инкапсидацию . [17]

Стеблевая петля 4 (SL4) состоит из высококонсервативной 14-нуклеарной петли, которая расположена сразу после стартового кодона gag . Структура подтверждена мутагенезом и имеет ЯМР и масс-спектрометрическое определение (MS3D). [17] Он также может иметь роли кодирования и некодирования .

Ссылки [ править ]

  1. ^ Рычаг А, Gottlinger Н, Haseltine Вт, Sodroski J (1989). «Идентификация последовательности, необходимой для эффективной упаковки РНК вируса иммунодефицита человека типа 1 в вирионы» . J Virol . 63 (9): 4085–4087. DOI : 10,1128 / JVI.63.9.4085-4087.1989 . PMC  251012 . PMID  2760989 .
  2. ^ Strappe PM, Greatorex J, Thomas J, Biswas P, McCann E, рычаг AM (2003). «Сигнал упаковки вируса иммунодефицита обезьян находится выше основного донора сплайсинга на расстоянии от сайта кэпа РНК, аналогичном таковому у вирусов иммунодефицита человека типов 1 и 2» . J Gen Virol . 84 (9): 2423–2430. DOI : 10.1099 / vir.0.19185-0 . PMID 12917463 . 
  3. ^ Макбрайд МС, Панганибан АТ (1997). «Зависимость положения функциональных шпилек, важных для инкапсидации РНК вируса иммунодефицита человека типа 1 in vivo» . J. Virol . 71 (3): 2050–2058. DOI : 10,1128 / JVI.71.3.2050-2058.1997 . PMC 191293 . PMID 9032337 .  
  4. Перейти ↑ McBride MS, Schwartz MD, Panganiban AT (1997). «Эффективная инкапсидация векторов вируса иммунодефицита человека типа 1 и дальнейшая характеристика цис-элементов, необходимых для инкапсидации» . J. Virol . 71 (6): 4544–4554. DOI : 10,1128 / JVI.71.6.4544-4554.1997 . PMC 191676 . PMID 9151848 .  
  5. ^ Макбрайд МС, Панганибан АТ (1996). «Сайт инкапсидации вируса иммунодефицита человека типа 1 представляет собой многочастичный элемент РНК, состоящий из функциональных шпилечных структур» . J. Virol . 70 (5): 2963–2973. DOI : 10,1128 / JVI.70.5.2963-2973.1996 . PMC 190155 . PMID 8627772 .  
  6. Перейти ↑ Lever AM (2007). Упаковка РНК ВИЧ-1 . Adv. Pharmacol . Успехи фармакологии. 55 . С. 1–32. DOI : 10.1016 / S1054-3589 (07) 55001-5 . ISBN 978-0-12-373610-9. PMID  17586311 .
  7. Перейти ↑ Baba S, Takahashi K, Noguchi S, Takaku H, Koyanagi Y, Yamamoto N, Kawai G (2005). «Структуры РНК раствора сайта инициации димеризации ВИЧ-1 в димерах петли поцелуев и дуплекса с расширенным дуплексом». J Biochem . 138 (5): 583–592. DOI : 10.1093 / Jb / mvi158 . PMID 16272570 . 
  8. ^ a b Лоуренс Д.К., Стовер С.К., Нозницкий Дж., Ву З., Саммерс М.Ф. (2003). «Структура интактного ствола и выпуклости Psi-РНК ВИЧ-1 стебель-петля SL1». J. Mol. Биол . 326 (2): 529–542. DOI : 10.1016 / S0022-2836 (02) 01305-0 . PMID 12559920 . 
  9. ^ Amarasinghe GK, Де Гузман Р. Тернер Р.Б., канцлер KJ, Ву ZR, Summers MF (2000). «Структура ЯМР белка нуклеокапсида ВИЧ-1, связанного с SL2 стебель-петля сигнала упаковки пси-РНК. Значение для распознавания генома». J. Mol. Биол . 301 (2): 491–511. DOI : 10.1006 / jmbi.2000.3979 . PMID 10926523 . 
  10. ^ Zeffman A, Hassard S, Varani G, рычаг A (2000). «Основным сигналом упаковки ВИЧ-1 является расширенная выпуклая петля стебля, структура которой изменяется при взаимодействии с полипротеином Gag». J Mol Biol . 297 (4): 877–893. DOI : 10.1006 / jmbi.2000.3611 . PMID 10736224 . 
  11. ^ Pappalardo L, Kerwood DJ, Pelczer I, Борера PN (1998). «Трехмерное сворачивание шпильки РНК, необходимой для упаковки ВИЧ-1». J. Mol. Биол . 282 (4): 801–818. DOI : 10.1006 / jmbi.1998.2046 . PMID 9743628 . 
  12. ^ Kerwood DJ, Cavaluzzi MJ, Борера PN (2001). «Структура РНК SL4 из сигнала упаковки ВИЧ-1». Биохимия . 40 (48): 14518–14529. DOI : 10.1021 / bi0111909 . PMID 11724565 . 
  13. ^ Berkhout, B; Ван Вамель, Дж. Л. (1996). «Роль шпильки DIS в репликации вируса иммунодефицита человека 1 типа» . Журнал вирусологии . 70 (10): 6723–6732. DOI : 10,1128 / JVI.70.10.6723-6732.1996 . PMC 190715 . PMID 8794309 .  
  14. ^ Скрипкин, Е .; Paillart, JC; Marquet, R .; Ehresmann, B .; Эресманн, К. (1994). «Идентификация первичного сайта димеризации РНК вируса иммунодефицита человека 1 типа in vitro» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 91 (11): 4945–4949. Bibcode : 1994PNAS ... 91.4945S . DOI : 10.1073 / pnas.91.11.4945 . PMC 43906 . PMID 8197162 .  
  15. ^ Гальего J, J Greatorex, Чжан Н, и др. (2003). «Rev специфически связывается с пуриновой петлей в области SL1 лидерной РНК ВИЧ-1» . J. Biol. Chem . 278 (41): 40385–40391. DOI : 10.1074 / jbc.M301041200 . PMID 12851400 . 
  16. ^ Felber, BK; Hadzopoulou-Cladaras, M .; Cladaras, C .; Copeland, T .; Павлакис, GN (1989). «Белок Rev вируса иммунодефицита человека 1 типа влияет на стабильность и транспорт вирусной мРНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 86 (5): 1495–1499. Bibcode : 1989PNAS ... 86.1495F . DOI : 10.1073 / pnas.86.5.1495 . PMC 286723 . PMID 2784208 .  
  17. ^ a b c Abbink, ТЕМ; Беркхоут, Б. (2007). "Структура РНК модулирует эффективность сплайсинга у основного донора сплайсинга вируса иммунодефицита человека типа 1" . Журнал вирусологии . 82 (6): 3090–3098. DOI : 10,1128 / JVI.01479-07 . PMC 2258995 . PMID 18160437 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Страница HIV-1_DIS в Rfam
  • Страница для HIV-1_SD в Rfam
  • Страница ВИЧ-1 SL3 в Rfam
  • Страница для ВИЧ-1 SL4 в Rfam