Межгенный спейсерный анализ ( RISA ) рибосомной РНК ( рРНК ) - это метод анализа микробного сообщества, который предоставляет средства для сравнения различных сред или воздействий лечения без предвзятости, налагаемой культурально-зависимыми подходами. [1] Этот тип анализа часто называют дактилоскопией сообщества . RISA включает ПЦР- амплификацию области оперона гена рРНК между малой ( 16S ) и большой ( 23S ) субъединицами, называемой межгенной спейсерной областью ISR. [2]
Используя олигонуклеотидные праймеры, нацеленные на консервативные области в генах 16S и 23S, фрагменты RISA могут быть получены из большинства доминантных бактерий в образце окружающей среды. Хотя большая часть оперона рРНК выполняет структурную функцию, части межгенной области 16S-23S могут кодировать тРНК в зависимости от вида бактерий. Однако таксономическая ценность ISR заключается в значительной гетерогенности как по длине, так и по нуклеотидной последовательности. В RISA мы пытаемся использовать неоднородность длины ISR, которая, как было показано, находится в диапазоне от 150 до 1500 п.н., при этом большая часть длин ISR находится между 150 и 500 п.н. [3]
Полученный продукт ПЦР будет представлять собой смесь фрагментов, внесенных несколькими доминирующими членами сообщества. Этот продукт подвергают электрофорезу в полиакриламидном геле , и после окрашивания визуализируют ДНК. Результатом является сложный рисунок полос, который обеспечивает профиль, специфичный для сообщества, с каждой полосой ДНК, соответствующей бактериальной популяции в исходной совокупности.
Рекомендации
- ^ Сиглер, Западная Вирджиния; Зейер, Дж. (2002). «Микробное разнообразие и активность на переднем крае двух отступающих ледников». Microb. Ecol . 43 (4): 397–407. DOI : 10.1007 / s00248-001-0045-5 . PMID 11953808 .
- ^ Borneman, J .; Triplett, EW (1997). «Молекулярное микробное разнообразие в почвах Восточной Амазонии: свидетельства необычных микроорганизмов и изменений микробного населения, связанных с обезлесением» . Прил. Environ. Microbiol . 63 (7): 2647–2653. DOI : 10,1128 / AEM.63.7.2647-2653.1997 .
- ^ Сиглер, Западная Вирджиния; Crivii, S; Зейер, Дж (2002). «Бактериальная сукцессия в ледниковых почвах переднего поля, характеризующаяся структурой сообществ, активностью и динамикой оппортунистического роста». Microb. Ecol . 44 (4): 306–316. DOI : 10.1007 / s00248-002-2025-9 . PMID 12399899 .